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Carina Almeida finished her PhD degree in Biomedical Engineering in 2010, at the University of Minho (UM), in collaboration with the University of Southampton, United Kingdom. From 2010 to 2014 C. Almeida worked as a Post-doctoral researcher at the Center of Biological Engineering (CEB-UM) and the Faculty of Engineering of the University of Porto (FEUP). From 2014 to 2016 she was the CSO at Biomode, a startup company that exploits the commercial potential of technological solutions to the diagnostic market. In 2017, C. Almeida has moved to the National Institute for Agrarian and Veterinary Sciences (INIAV, the national reference laboratory for food safety and animal health) as a Senior Scientist; and since 2020 she also serves as the Head of the Food Safety Unit of INIAV. She is an integrated member of LEPABE (FEUP) since 2021. C. Almeida main research interests are to explore the potential of nucleic acid mimics, in particular for food safety, agrarian and clinical applications. She is also interested on the epidemiological aspects of pathogenic bacteria with human and veterinary impact. During her career C. Almeida has authored or co-authored 80 papers in peer-reviewed international journals, 15 book chapters and 5 patents. She has more than 2400 citations (Google Scholar, December 2024) and an H-index of 22. She is currently supervising or co-supervising 5 PhD students. She participates (or participated) as a PI and as researcher in several FCT-funded projects (POCI-01-0145-FEDER-028659; PTDC/DTP-PIC/4562/2014; POCI-01-0145-FEDER-029628; POCI-01-0145-FEDER-029961; PTDC/BIA-MIC/108811/2008; PIC/IC/82815/2007) and in four European projects (Vibrant, Trice-Rice, NanoDiaBac, and SAFER). She is also engaged on review activities for scientific journal and research funding agencies.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Carina Manuela Fernandes Almeida

Nomes de citação

  • Almeida, Carina
  • C. Almeida

Identificadores de autor

Ciência ID
0711-B3DC-73A7
ORCID iD
0000-0002-0175-1119
Scopus Author Id
35887166600

Endereços de correio eletrónico

  • carina.almeida@iniav.pt (Profissional)

Moradas

  • Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterianária (INIAV - Pólo de Vairão). Rua dos Lagidos, Lugar da Madalena, Vairão, 4485-655, Vila do Conde , Vila do Conde, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Agrárias - Ciências Veterinárias

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2010
Concluído
 Programa doutoral em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Development and application of PNA probes for the detection of specific bacteria by FISH " (TESE/DISSERTAÇÃO)
 n/a
2005
Concluído
 Biologia Aplicada (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
"Genotyping of Candica albicans isolates by Multilocus Sequence Typing and Microsatellites analyses." (TESE/DISSERTAÇÃO)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024/02/01 - Atual Investigador principal (carreira) (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2017/01/17 - 2024/01/31 Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2014/09/01 - 2015/03/31 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2020/07/01 - Atual Director de Unidade Orgânica Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Unidade de Segurança Alimentar, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/01/16 - Atual External collaborator Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2017/01/01 - Atual External collaborator Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
2010/12/21 - 2021/01 Promoter/co-founder of Biomode S.A. Biomode SA, Portugal
2016/11/01 - 2017/01/15 Faculty Research Fellow (Investigador FCT) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2014/11/01 - 2016/10/31 Chief Science Officer at Biomode S.A. Biomode SA, Portugal
2011/04/01 - 2014/10/31 Postdoctoral researcher Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2006/11/01 - 2010/11/30 PhD student Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2006/03/01 - 2006/10/31 Research Fellowship Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2005/03/01 - 2005/11/30 Research intern Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2024/01/06 - 2033/05/31 FutureFoodS - European partnership for a sustainable Future of Food Systems
101136361
Investigador responsável
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
 European Commission
Em curso
2023/03/01 - 2026/02/28 NAMsal: Mímicos de ácidos nucleicos como uma nova ferramenta para o combate de salmonelose na indústria pecuária
2022.07654.PTDC
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Porto, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2022/05 - 2025/12 Renovação/Requalificação do Polo de Inovação de Vairão I
PRR-C05-i03-I-000045
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
 European Commission
Em curso
2021/09 - 2025/05 Valicet: Valorise foods and Improve Competitiveness through Emerging Technologies applied to food by-products within the circular economy framework
PRIMA/0001/2020
Investigador
2022/01/01 - 2024/12/31 APTAcoli - NAM-aptamers for blocking enterotoxins in pig colibacillosis
PTDC/CVT-CVT/4620/2021
Investigador responsável
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/09 - 2024/08 Trace-Rice: Tracing rice and valorizing side streams along mediterranean blockchain
PRIMA, Section I, 1934
Investigador
Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31 Microbial Interactions between Gardnerella, Prevotella, and Atopobium Prior to Incident Bacterial Vaginosis
R01AI146065
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

The University of Alabama at Birmingham, Estados Unidos
Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31 Laboratório de Engenharia de Processos, Ambiente, Biotecnologia e Energia
UIDB/00511/2020
10.54499/UIDB/00511/2020
UIDP/00511/2020
10.54499/UIDP/00511/2020
Investigador
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2022/01 - 2023/06 NAMShield: Controlo de Salmonella spp, na indústria pecuária, através de aptâmeros nanoensapsulados
POCI-01-0247-FEDER-069756
Investigador
Concluído
2021/01 - 2023/05 FLUDS - Desenvolvimento de sistemas baseados em espectroscopia de fluorescência para deteção microbiana
NORTE-01-0247-FEDER-046970
Investigador responsável
Concluído
2018/01/01 - 2022/12/31 VIBRANT: VIral and BacteRial Adhesin Network Training
info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/765042/EU
Orientador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Biomode SA, Portugal
European Commission
Concluído
2018/07/26 - 2021/07/25 NAM4toxins – De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
POCI-01-0145-FEDER-028659
Investigador responsável
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/07/16 - 2021/07/15 ColorISH - Desenvolvimento de um novo método colorimetrico para a deteção rápida de Legionella spp. em amostras de água
POCI-01-0145-FEDER-029961
Investigador
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
Concluído
2018/07/26 - 2020/12/25 PhageSTEC: Development of a formulation of encapsulated bacteriophages to reduce enterotoxigenic E. coli in ruminants
POCI-01-0145-FEDER-029628
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2016/07/01 - 2020/03/31 Coded-FISH: Development of a novel colour-coded RING FISH method: an innovative tool for the detection of antibiotic resistant clinical pathogens
PTDC/DTP-PIC/4562/2014
Investigador responsável
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/07/26 - 2019/07/25 Antisens4CandiB – Application of antisense oligomers for controlling Candida species biofilm formation on medical surfaces
POCI-01-0145-FEDER-028893
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Concluído
2014/01/01 - 2016/12/31 NanoDiaBac - Nanofluidics for ultrafast diagnosis of bacterial infections (EuroNanoMed-II)
ENMed/0003/2014
Investigador
Chalmers tekniska högskola, Suécia

Biomode SA, Portugal

Universidade Católica Portuguesa Escola Superior de Biotecnologia, Portugal
Concluído
2012/02/01 - 2015/07/30 DNA mimics - Desenvolvimento e aplicação de mímicos de DNA para a rápida identificação de microrganismos patogénicos
PIC/IC/82815/2007
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5646-ICCMS/82815/PT
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010/04/01 - 2013/09/30 HELIWATER - Water and associated biofilms as a possible vector for Helicobacter pylori transmission among the human population
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/108811/PT
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006/01/02 - 2006/09/09 SAFER: Surveillance and control of microbiological stability in drinking water distribution networks
EVK1-CT-2002-00108
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

University of Southampton, Reino Unido

Suez Centre International de Recherche sur l'Eau et l'Environnement, França
European Commission Sixth Framework Programme
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2011 - 2013 “SI Qualificação de PME”
NORTE-07-0201-FEDER-025012
Investigador
Biomode SA, Portugal
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Teixeira, João David; Sánchez, Cláudia; Almeida, Carina; Sanches-Silva, Ana; Parpot, Pier. "Classification of apple and pear species from Alcobaça region (Portugal) and their cultivars with machine learning algorithms". 2023.
  2. Teixeira, João David; Mateus, Ana Rita Soares; Parpot, Pier; Sousa, Miguel Leão de; Sánchez, Cláudia; Almeida, Carina; Sanches-Silva, Ana. "Comparison of the phenolics profile of regional and commercial cultivars of apples (Malus domestica) from Alcobaça region (Portugal)". 2023.
  3. Teixeira, João David; Mateus, Ana Rita Soares; Sánchez, Claudia; Parpot, Pier; Almeida, Carina; Sanches-Silva, Ana. "Evaluation of the individual phenolic compounds of regional cultivars of pears (Pyrus communis L.) by Liquid Chromatography combined with High Resolution Mass Spectrometry". 2023.
  4. Teixeira, João David; Sánchez, Claudia; Parpot, Pier; Almeida, Carina; Sanches-Silva, Ana. "Regional apple and pear cultivars from Alcobaça region (Portugal): comparison of the antioxidant properties of the edible part and by-products". 2023.
  5. Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Silva, Sónia; Monteiro, Divanildo Outor; Almeida, Carina. "Aptamers for blocking enterotoxigenic Escherichia coli". 2023.
  6. Rodriguez-Mateos, P.; Rodrigues, C.F.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Dyer, C.E.; Iles, A.; Pamme, N.. "Fish and chips - ifast microfluidic device for E. Coli O157:H7 capture and detection via on-chip fish assay". 2019.
    10.7717/peerj.780
  7. Azevedo, Andreia; Almeida, Carina; Melo, Luís F.; Azevedo, N. F.. "Biofilm formation on a microtiter-plate using artificial urine to mimic catheter-associated urinary tract infections". 2012.
  8. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Guimarães, N.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Maintenance of spiral morphology and formation of biofilms on copper surfaces by water-exposed Helicobacter pylori". Trabalho apresentado em INTERNATIONAL CONFERENCE BIOFILM SYSTEMS, Amsterdam, 2006.
Artigo em revista
  1. Vindeirinho, João M.; Pinho, Eva; Gomes, Licínia; Guiomar, Raquel; Kobialka, Rea Maja; El Wahed, Ahmed Abd; Azevedo, Nuno F.; Almeida, Carina. "RT-RAA with a lateral flow assay readout based on ssDNA hybridization for detection of RNA viruses – the case of SARS-CoV-2". Sensors and Actuators B: Chemical 426 (2025): 136864. https://doi.org/10.1016/j.snb.2024.136864.
    10.1016/j.snb.2024.136864
  2. David S. Freitas; Diana Rocha; Joana Santos; Jennifer Noro; Tânia D. Tavares; Marta O. Teixeira; Daniela Araújo; et al. "NADES-in-Oil Emulsions Enriched with Essential Oils for Cosmetic Application". Processes (2025): https://doi.org/10.3390/pr13020374.
    10.3390/pr13020374
  3. Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Oliveira, Ricardo; Brinks, Erick; Cho, Gyu-Sung; et al. "Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella variicola isolated from patients in Portuguese hospitals: Genomic and phenotypic characterization". The Microbe 5 (2024): 100172. https://doi.org/10.1016/j.microb.2024.100172.
    10.1016/j.microb.2024.100172
  4. Domingues, Rita; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Araújo, Daniela; Almeida, Carina; Cho, Gyu-Sung; Franz, Charles M.A.P.; et al. "Molecular Detection of Carbapenemases in Acinetobacter baumannii Strains of Portugal and Association With Sequence Types, Capsular Types, and Virulence". Clinical Therapeutics 46 12 (2024): e9-e15. https://doi.org/10.1016/j.clinthera.2024.09.005.
    10.1016/j.clinthera.2024.09.005
  5. Ana Rita Soares Mateus; Carmo Serrano; Carina Almeida; Andreia Soares; Violeta Rolim Lopes; Ana Sanches-Silva. "Beyond Thymol and Carvacrol: Characterizing the Phenolic Profiles and Antioxidant Capacity of Portuguese Oregano and Thyme for Food Applications". Applied Sciences (2024): https://doi.org/10.3390/app14198924.
    10.3390/app14198924
  6. Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Application of DNA aptamers to block enterotoxigenic Escherichia coli toxicity in a Galleria mellonella larval model". Frontiers in Chemistry 12 (2024): https://doi.org/10.3389/fchem.2024.1425903.
    10.3389/fchem.2024.1425903
  7. Ana Rita Soares Mateus; João David Teixeira; Sílvia Cruz Barros; Carina Almeida; Sónia Silva; Ana Sanches-Silva. "Unlocking the Potential of Citrus medica L.: Antioxidant Capacity and Phenolic Profile across Peel, Pulp, and Seeds". Molecules (2024): https://doi.org/10.3390/molecules29153533.
    10.3390/molecules29153533
  8. José Mário Sousa; Ana Barbosa; Daniela Araújo; Joana Castro; Nuno Filipe Azevedo; Laura Cerqueira; Carina Almeida. "Evaluation of Simultaneous Growth of Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes in Ground Beef Samples in Different Growth Media". Foods (2024): https://doi.org/10.3390/foods13132095.
    10.3390/foods13132095
  9. Almeida, Carina; Cerqueira, Laura. "Editorial: Molecular diagnostic methods for bacteria and fungi detection". Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 14 (2024): https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1430630.
    10.3389/fcimb.2024.1430630
  10. Araújo, D.; Oliveira, R.; Silva, B.L.; Castro, J.; Ramos, C.; Matos, F.; Almeida, C.; Silva, S.. "Antimicrobial resistance patterns of Staphylococcus spp. isolated from clinical specimens of companion animals in Northern Portugal, 2021–2023". The Veterinary Journal 305 (2024): 106153. https://doi.org/10.1016/j.tvjl.2024.106153.
    10.1016/j.tvjl.2024.106153
  11. Nunes, Bárbara; Barata, Ana Rita; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; da Silva, Gabriela Jorge; Nogueira, Teresa; Saavedra, Maria José; Almeida, Gonçalo. "Occurrence and diversity of Listeria monocytogenes in Portuguese dairy farms". The Microbe 3 (2024): 100063. https://doi.org/10.1016/j.microb.2024.100063.
    10.1016/j.microb.2024.100063
  12. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Barros, Maria Margarida; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In vitro selection of DNA aptamers against staphylococcal enterotoxin A". Scientific Reports 14 1 (2024): https://doi.org/10.1038/s41598-024-61094-3.
    10.1038/s41598-024-61094-3
  13. João M. Vindeirinho; Richard C. Willson; Ricardo Oliveira; Eva Pinho; Raquel Guiomar; Nuno F. Azevedo; Carina Almeida. "The potential of tailed amplicons for SARS-CoV-2 detection in Nucleic Acid Lateral Flow Assays". PLOS ONE (2024): https://doi.org/10.1371/journal.pone.0301234.
    10.1371/journal.pone.0301234
  14. Castro, Joana; Oliveira, Ricardo; Fernandes, Liliana; Carvalho, Isabel; Oliveira, Hugo; Brinks, Erik; Cho, Gyu-Sung; et al. "Molecular characterization and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from ill cats and dogs in Portugal". Veterinary Microbiology 292 (2024): 110056. http://dx.doi.org/10.1016/j.vetmic.2024.110056.
    10.1016/j.vetmic.2024.110056
  15. Daniela Araújo; Ana Rita Silva; Rúben Fernandes; Patrícia Serra; Maria Margarida Barros; Ana Maria Campos; Ricardo Oliveira; et al. "Emerging Approaches for Mitigating Biofilm-Formation-Associated Infections in Farm, Wild, and Companion Animals". Pathogens (2024): https://doi.org/10.3390/pathogens13040320.
    10.3390/pathogens13040320
  16. Oliveira, Ricardo; Barbosa, Ana; Sousa, Mário; Azevedo, Nuno Filipe; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Oliveira, Ricardo; et al. "Using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) to detect Campylobacter spp. in food samples". LWT 198 (2024): 115922. https://doi.org/10.1016/j.lwt.2024.115922.
    Em revisão • 10.1016/j.lwt.2024.115922
  17. Sousa, Mário; Rocha, Rui; Araújo, Daniela; Castro, Joana; Barbosa, Ana; Azevedo, Nuno F.; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina. "A New Peptide Nucleic Acid Fluorescence In Situ Hybridization Probe for the Specific Detection of Salmonella Species in Food Matrices". Foodborne Pathogens and Disease 21 5 (2024): 298-305. http://dx.doi.org/10.1089/fpd.2023.0127.
    10.1089/fpd.2023.0127
  18. Diana Vilas Boas; Joana Castro; Daniela Araújo; Franklin L. Nóbrega; Charles W. Keevil; Nuno F. Azevedo; Maria João Vieira; Carina Almeida. "The Role of Flagellum and Flagellum-Based Motility on Salmonella Enteritidis and Escherichia coli Biofilm Formation". Microorganisms (2024): https://doi.org/10.3390/microorganisms12020232.
    10.3390/microorganisms12020232
  19. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Post-SELEX modifications with locked nucleic acids (LNA) of a SEA-specific DNA aptamer assisted by in silico modelling". Molecular Systems Design & Engineering 9 8 (2024): 847-855. https://doi.org/10.1039/d4me00043a.
    10.1039/d4me00043a
  20. João David Teixeira; Ana Rita Soares Mateus; Claudia Sanchez; Pier Parpot; Carina Almeida; Ana Sanches Silva. "Antioxidant Capacity and Phenolics Profile of Portuguese Traditional Cultivars of Apples and Pears and Their By-Products: On the Way to Newer Applications". Foods (2023): https://doi.org/10.3390/foods12071537.
    10.3390/foods12071537
  21. Maria Margarida Barros; Joana Castro; Daniela Araújo; Ana Maria Campos; Ricardo Oliveira; Sónia Silva; Divanildo Outor-Monteiro; Carina Almeida. "Swine Colibacillosis: Global Epidemiologic and Antimicrobial Scenario". Antibiotics (2023): https://doi.org/10.3390/antibiotics12040682.
    10.3390/antibiotics12040682
  22. Inês Gonçalves de Sousa; Jorge Oliveira; António Mexia; Graça Barros; Carina Almeida; Carla Brazinha; Anna Vega; Carla Brites. "Advances in Environmentally Friendly Techniques and Circular Economy Approaches for Insect Infestation Management in Stored Rice Grains". Foods (2023): https://doi.org/10.3390/foods12030511.
    10.3390/foods12030511
  23. Ana Oliveira; Carla Dias; Ricardo Oliveira; Carina Almeida; Pablo Fuciños; Sanna Sillankorva; Hugo Oliveira. "Paving the way forward: Escherichia coli bacteriophages in a One Health approach". Critical Reviews in Microbiology (2023): https://doi.org/10.1080/1040841X.2022.2161869.
    10.1080/1040841X.2022.2161869
  24. Oliveira, Ana; Dias, Carla; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Fuciños, Pablo; Sillankorva, Sanna; Oliveira, Hugo. "Paving the way forward: Escherichia coli bacteriophages in a One Health approach". Critical Reviews in Microbiology 50 1 (2023): 87-104. http://dx.doi.org/10.1080/1040841x.2022.2161869.
    Publicado • 10.1080/1040841x.2022.2161869
  25. Soares Mateus, Ana Rita; Pena, Angelina; Sendón, Raquel; Almeida, Carina; Nieto, Gonçalo Almeida; Khwaldia, Khaoula; Sanches Silva, Ana. "By-products of dates, cherries, plums and artichokes: A source of valuable bioactive compounds". Trends in Food Science & Technology 131 (2023): 220-243. http://dx.doi.org/10.1016/j.tifs.2022.12.004.
    10.1016/j.tifs.2022.12.004
  26. Araújo, D.; Castro, J.; Matos, F.; Oliveira, R.; Ramos, C.; Almeida, C.; Silva, S.. "Exploring the prevalence and antibiotic resistance profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from clinically ill companion animals from North of Portugal". Research in Veterinary Science 159 (2023): 183-188. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85154612892&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.rvsc.2023.04.009
  27. Sousa, L.G.V.; Almeida, C.; Muzny, C.A.; Cerca, N.. "Development of a Prevotella bivia PNA probe and a multiplex approach to detect three relevant species in bacterial vaginosis-associated biofilms". npj Biofilms and Microbiomes 9 1 (2023): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85162755063&partnerID=MN8TOARS.
    10.1038/s41522-023-00411-6
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  84. Azevedo, N.F.; Bragança, S.M.; Simes, L.C.; Cerqueira, L.; Almeida, C.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Proposal for a method to estimate nutrient shock effects in bacteria". BMC Research Notes 5 (2012): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84864569924&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1756-0500-5-422
  85. Azevedo, N.F.; Jardim, T.; Almeida, C.; Cerqueira, L.; Almeida, A.J.; Rodrigues, F.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Application of flow cytometry for the identification of Staphylococcus epidermidis by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) in blood samples". Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology 100 3 (2011): 463-470. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054101666&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s10482-011-9595-9
  86. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Santos, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Discriminating multi-species populations in biofilms with peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH)". PLoS ONE 6 3 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79953228039&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0014786
  87. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Fernandes, R.M.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for identification of salmonella spp. in a broad spectrum of samples". Applied and Environmental Microbiology 76 13 (2010): 4476-4485. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77954245728&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.01678-09
  88. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Iversen, C.; Fanning, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Development and application of a novel peptide nucleic acid probe for the specific detection of Cronobacter genomospecies (enterobacter sakazakii) in powdered infant formula". Applied and Environmental Microbiology 75 9 (2009): 2925-2930. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-65549111597&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.02470-08
  89. Cerqueira, L.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Jardim, T.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "DNA mimics for the rapid identification of microorganisms by fluorescence in situ hybridization (FISH)". International Journal of Molecular Sciences 9 10 (2008): 1944-1960. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-54349113792&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms9101944
  90. Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Fernandes, I.; Cerqueira, L.; Dias, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Survival of gastric and enterohepatic Helicobacter spp. in water: Implications for transmission". Applied and Environmental Microbiology 74 6 (2008): 1805-1811. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-40849087921&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.02241-07
  91. Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Cerqueira, L.; Dias, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Coccoid form of Helicobacter pylori as a morphological manifestation of cell adaptation to the environment". Applied and Environmental Microbiology 73 10 (2007): 3423-3427. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-34249660577&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.00047-07
Artigo em revista (magazine)
  1. Castro, Joana; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Ana Margarida Duarte; FAGULHA, TERESA; et al. "Coinfecção pelo Vírus da Síndrome Respiratória e Reprodutiva dos Suínos (PRRS), Actinobacillus pleuropneumoniae, Pasteurella multocida e Streptococcus suis 2 - Relato de um caso numa exploração familiar de suínos em Portugal", Revista Portuguesa de Ciências Veterinárias 119, 625, 2024
  2. Garcia E.; G. Abreu; C. Martins; R. Marinho; C. Pereira; L. Carvalho; Almeida, Carina; et al. Autor correspondente: H. Oliveira. "O fogo bacteriano da produção de peras e maçãs: caracterização da situação nacional e nova estratégia de biocontrolo", Vida Rural, 2024
  3. de Sousa, Inês Gonçalves; Campos, Ana Maria; Almeida, Carina; Brites, Carla. "Métodos de deteção da infestação oculta nos grãos de arroz", Vida Rural, 2023, https://www.vidarural.pt/premium/metodos-detecao-infestacao-oculta-arroz/.
  4. Sousa, Inês; Sanches Silva, Ana; Oliveira, Jorge; Almeida, Carina; Almeida, Gonçalo; Barros, Graça; Mexia, António; Brites, Carla. "Prevenção de infestações e contaminações microbiológicas no armazenamento do arroz", Vida Rural, 2022, https://www.vidarural.pt/premium/prevencao-infestacoes-armazenamento-arroz/.
Capítulo de livro
  1. João David Teixeira; Sanches Silva, Ana; Almeida, Carina; Claudia Sánchez. Autor correspondente: Sanches Silva, Ana. "Regulatory framework of clean label food products at European Union". In Clean Label Ingredients and Processes for The Food And Beverage Industry. 2023.
    Aceite para publicação
  2. Gomes, Ana; Bourbon, Ana I.; Peixoto, Ana Rita; Silva, Ana Sanches; Tasso, Ana; Almeida, Carina; Nobre, Clarisse; et al. "Chapter 9 - Strategies for the reduction of sugar in food products". Academic Press, 2022.
    10.1016/B978-0-323-85513-6.00008-6
  3. Gomes, Ana; Bourbon, Ana I.; Peixoto, Ana Rita; Silva, Ana Sanches; Tasso, Ana; Almeida, Carina; Nobre, Clarisse; et al. "New strategies for the reduction of salt and sugar in food products". In Food Structure Engineering and Design for Improved Nutrition, Health and Wellbeing. Elsevier Science, 2022.
    Aceite para publicação
  4. Almeida, C.; Azevedo, N.F.. "An Introduction to Fluorescence in situ Hybridization in Microorganisms". 1-15. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_1
  5. Guimarães, N.M.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.. "FISH Variants". 17-33. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_2
  6. Rocha, R.; Almeida, C.; Azevedo, N.F.. "FISH in Food Samples". 279-290. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_18
  7. Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Detection of Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization Using Peptide Nucleic Acid". In Methods in Molecular Biology, 217-230. Springer US, 2020.
    10.1007/978-1-0716-0243-0_13
  8. Rocha, Rui; Almeida, Carina. "Detection of bacteria by PNA-FISH". In RNA-FISH - METHODS AND PROTOCOLS - Methods in Molecular Biology, editado por Giselbert Hauptmann. Springer, Springer Nature 2020,, 2020.
    Aceite para publicação • 10.7717/peerj.780
  9. Boas, Diana Vilas; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno; Sillankorva, Sanna; Azeredo, Joana. "Techniques to Assess Phage–Biofilm Interaction". In Methods in Molecular Biology, 137-146. Springer New York, 2018.
    10.1007/978-1-4939-8940-9_11
  10. Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina; Melo, L. F.; Azevedo, N. F.. "Role of E. coli on catheter-associated urinary tract infections". Universidade do Minho. Centro de Engenharia Biológica (CEB), 2015.
  11. Almeida, Carina; Azevedo, N.. "Multi-species biofilms". In Clinical Biofilms – current concepts and advanced techniques, 63-75. Braga, Portugal: Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
    Publicado
  12. Boas, Diana Patrícia Andrade Vilas; Alves, Diana; Almeida, Carina; Sillankorva, Sanna; Nicolau, Ana. "Microscopy techniques for the study of biofilm". In Clinical Biofilms: Current Concepts and Advanced Techniques. Braga: Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
    Publicado
  13. Almeida, Carina; Rodrigues, Célia F.; Jorge, Paula; Costa, Ana Rita. "Analysis of biofilm metabolites". In Clinical Biofilms: Current Concepts and Advanced Techniques. Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
  14. Almeida, Carina; Vieira, Maria João; Nicolau, Ana. "31. Técnicas de microscopia para o estudo de biofilmes". In Biofilmes - Na Saúde, No Ambiente, Na Indústria. Publindústria, 2012.
  15. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Cerqueira, L.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "RT-PCR and PNA-FISH as novel methods for the detection of specific microorganisms in heterotrophic biofilm communities". In Bolfilms : coming of age. 2007.
Livro
  1. Azevedo, Nuno F.; Almeida, Carina. Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells. Springer US. 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1115-9 • Editor
  2. Almeida, Carina. Livro de Resumos: 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Ruma à Alimentação do Futuro. Vila do Conde, Portugal: INIAV. 2019.
    Publicado • 10.7717/peerj.780 • Editor
Poster em conferência
  1. Araújo, Daniela; Ana Rita Silva; Ana Cristina Afonso Oliveira; Mira, Nuno Pereira; Sónia Carina Morais da Silva; Almeida, Carina; Castro, Joana. "Lactobacillus strains to counteract Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) infection by using a Galleria mellonella in vivo model". Trabalho apresentado em Microbiotec'23 - Congress of Microbiology and Biotechnology, 2023.
  2. Campos, Ana Maria; de Sousa, Inês Gonçalves; Almeida, Carina; Brites, Carla. "Molecular profiling of hidden insect infestation in stored rice grains: A Comprehensive RT-PCR Approach for Species Discrimination and Limit of Detection Assessment". Trabalho apresentado em Microbiotec - Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023.
  3. Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Beatriz Loureiro; Castro, Joana; Silva, Sónia; Almeida, Carina. "ST8475: a new sequence type identified in methicillin-resistant staphylococci (MRS) in Portugal". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023.
  4. Araújo, Daniela; Castro, Joana; Oliveira, Ricardo; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Carvalho, Isabel; Cho, GS; et al. "Characterization of molecular features and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolates from companion animals in Portugal.". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023.
  5. Vindeirinho, João; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Guiomar, Raquel; Almeida, Carina; Ahmed Abd El Wahed. "On the use of isothermal amplification with a nucleic acid lateral flow assay read-out for the diagnostic of RNA viruses". 2023.
  6. Vindeirinho, João; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Guiomar, Raquel; Ahmed Abd El Wahed; Almeida, Carina. "Recombinase-aided amplification combined with nucleic acid lateral flow read-out for the diagnostic of RNA viruses". 2023.
  7. Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Oliveira, Ricardo; Cho, GS; Franz, C; et al. "Genomic and phenotypic profiling of multidrug- resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella variicola isolated from northern Portuguese hospitals". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023.
  8. Campos, Ana Maria; de Sousa, Inês Gonçalves; Almeida, Carina; Brites, Carla. "Enhancing molecular screening of hidden insect infestation in rice grains by coi barcoding: primer performance and limit of detection". Trabalho apresentado em IV International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2023.
  9. Fokt, Hanna; Cleto, Sara; Oliveira, Hugo; Araújo, Daniela; Castro, Joana; Cerca, Nuno; Vieira, Maria João; Almeida, Carina. Autor correspondente: Castro, Joana. "The Evolution of Bacteriocin Production in Escherichia coliassociated biofilms". Trabalho apresentado em SurfSAFE Conference - Biofilm detection and control in the food industry, 2023.
  10. Vilas Boas, Diana; Araújo, Daniela; Castro, Joana; Azevedo, Nuno Filipe; Vieira, Maria João; Almeida, Carina. "Flagellum and flagellum-based motility role on Salmonella Enteritidis and Escherichia coli biofilm formation". Trabalho apresentado em SurfSAFE Conference - Biofilm detection and control in the food industry, 2023.
  11. Vindeirinho, João; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Guiomar, Raquel; Ahmed Abd El Wahed; Almeida, Carina. "On the development of a molecular diagnostic assay combining nucleic acid amplification and a lateral flow read-out: isothermal methods and polymerase chain reaction as amplification alternative". 2023.
  12. de Sousa, Inês Gonçalves; Campos, Ana Maria; Almeida, Carina; Brites, Carla. "How to detect hidden insect infestation in rice grains?". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2023, 2023.
  13. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of nucleic acid mimic (NAM) aptamers: from de novo SELEX to post-SELEX enhancement". Trabalho apresentado em 5th Doctoral Congress Engineering (DCE23), 2023.
  14. Campos, Ana Maria; de Sousa, Inês Gonçalves; Almeida, Carina; Brites, Carla. "Development of a rapid molecular methodology for the detection of hidden insect infestation in rice". Trabalho apresentado em New advances from PRIMA projects for improving Mediterranean Agro-Food value chains, 2023.
  15. Silva, Sónia; João David Teixeira; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Almeida, Carina; Almeida, Carina. "Production of a safe and natural red extract by Monascus purpureus fungus for food applications". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  16. de Sousa, Inês Gonçalves; Campos, Ana Maria; Almeida, Carina; Brites, Carla. Autor correspondente: Brites, Carla. "Identification of molecular rapid methods for hidden insect infestation determination in rice". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  17. João David Teixeira; Parpot, Pier; Leão de Sousa, Miguel; Almeida, Carina; Sanches Silva, Ana. Autor correspondente: Sanches Silva, Ana. "Antioxidant properties of thirty commercial cultivars of apples from Alcobaça region (Portugal): edible portion versus by-products". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  18. Mário Sousa; Rui Rocha; Araújo, Daniela; Castro, Joana; Ana Barbosa; Azevedo, Nuno Filipe; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina. "Validation of a Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization for the specific detection of Salmonella species in food matrices". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  19. João David Teixeira; Mateus, Ana Rita Soares; Silva, Sónia; Almeida, Carina; Sanches Silva, Ana. Autor correspondente: Almeida, Carina. "Characterization by UHPLC-ToF-MS of phenolic compounds of citron (Citrus medica), an ancient species of the genus Citrus". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  20. João David Teixeira; Almeida, Carina; Mateus, Ana Rita Soares; Silva, Sónia; Sanches Silva, Ana. Autor correspondente: Almeida, Carina. "Towards Citron (Citrus medica L.) valorization: an ancient citrus with excellent antioxidant properties and appreciated aroma". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  21. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. Autor correspondente: Oliveira, Ricardo. "Development of an aptamer based-biosensor for the detection of food toxins". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  22. Nunes, Bárbara; Barata, Ana; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Silva, Gabriela; M. J. Saavedra; Almeida, Gonçalo. "Fecal carriage of Listeria monocytogenes in dairy cows". Trabalho apresentado em Under One Health Concept, 2022.
  23. Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Vieira, Filipa ; Silva, Regina A.; Silva, Regina ; Almeida, Carina. ""Optimisation of a molecular methodology for the detection of virulence factors of enterotoxigenic Escherichia coli in the diagnosis of swine colibacillosis"". 2022.
  24. Sousa, Lúcia G. V.; Almeida, Carina; Muzny, Christina A.; Cerca, Nuno. "The use of a novel PNA-FISH multiplex protocol for bacterial vaginosis diagnosis". Trabalho apresentado em Biofilms and Microbiomes: Global Impact on Public and Ecosystem Health, 2022.
  25. Sousa, Lúcia G. V.; Almeida, Carina; Sharma, Jyoti ; Muzny, Christina A.; Cerca, Nuno. "A new PNA-FISH multiplex approach is capable of detecting bacterial vaginosis-associated species on vaginal samples". Trabalho apresentado em EuroBiofilms 2022, 2022.
  26. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Characterization of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Trabalho apresentado em FEMS Conference on Microbiology, 2022.
  27. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; DeStefano, Jeffrey; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Aptamers For Detection of Staphylococcal Enterotoxins in Food Samples". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  28. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from Northern Portugal". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  29. Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Bárbara Nunes; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José ; Silva, Gabriela; Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of food zoonotic pathogens". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  30. Ballem, Andressa; Almeida, Gonçalo; Almeida, Carina; Fernandes, Conceição; Saavedra, Maria José. "Antibiotic Resistance Profile among Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Isolated from dairy cattle". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  31. João David Teixeira; Parpot, Pier; Claudia Sánchez; Almeida, Carina; Sanches Silva, Ana. Autor correspondente: João David Teixeira. "Evaluation of the antioxidant properties of pears from different Portuguese varieties: edible part versus by-products". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  32. João David Teixeira; Parpot, Pier; Claudia Sánchez; Almeida, Carina; Sanches Silva, Ana. Autor correspondente: João David Teixeira. "Apples from Alcobaça region (Portugal): comparison of the antioxidant properties of the edible part and by-products". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  33. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of the functional 3D conformation of NAM aptamers". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021.
  34. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of single-stranded nucleic acids structure: from the sequence to the three-dimensional docking of aptamers". Trabalho apresentado em World Microbe Forum 2021, 2021.
  35. Vindeirinho, Joao; Pinho, Eva; Oliveira, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "SARS-CoV-2 detection: a simple solution for end-point sensing of RT-PCR products". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021.
  36. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo SELEX of toxin specific aptamers using nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2020, 2020.
  37. Oliveira, Hugo; Ballem, Andressa; Gonçalves, Soraia; Garcia-Meniño, I.; Flament-Simon, S.C.; Blanco, J.E.; Pinto, J.; Almeida, Gonçalo; Almeida, Carina. "Prevalence and Genetic Characterization of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli (STEC) Isolates from cattle in Portugal.". Trabalho apresentado em 30th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 2020.
  38. Sousa, Ana Luísa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "Prediction and design of aptamer structures and their interaction with a target molecule". Trabalho apresentado em Microbiotec 19, 2019.
    10.7717/peerj.780
  39. Oliveira, Ricardo; Ferreira-Bravo, Irani A; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "Application of nucleic acid mimics (NAMs) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro, Vila do Conde, Portugal, 2019.
  40. Oliveira, Ricardo; Ferreira- Bravo, Irani; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "De novo selection of Staphylococcal enterotoxin A-specific aptamers using nucleic acid mimics (NAM)". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
    10.7717/peerj.780
  41. Sousa, Ana Luísa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "Prediction of aptamers´ structures and their interaction with Staphylococcal enterotoxin A". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
    10.7717/peerj.780
  42. Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Fernandes, Ricardo Manuel; Faria, Ana Rita; Silvestre, Óscar Ferreira; Nieder, Jana Berit; Wengel, Jesper; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Application of nucleic acid mimics and spectral imaging to fluorescence in situ hybridization for the characterization of microbial communities". Trabalho apresentado em BioRemid2019 - 2nd International Meeting on New Strategies in Bioremediation Processes, 2019.
  43. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics". Trabalho apresentado em 3rd Doctoral Congress in Engineering, 2019.
  44. Ballem, Andressa; Gonçalves, Soraia; Ferreira, A. I.; Fernandes, C.; Saavedra, Maria J.; Pinto, Carlos; Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Almeida, Gonçalo; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Prevalence of shigatoxigenic Escherichia coli in bovine cattle: a survey in the north region of portugal". Trabalho apresentado em SAlimentar 2019 - 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
    10.7717/peerj.780
  45. Oliveira, Ricardo Bruno Costa; Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Identification of genes associated with beta-lactam resistance in clinical isolates of Gram-negative bacteria". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, 2019.
    10.7717/peerj.780
  46. Azevedo, Andreia S.; Teixeira, H.; Ferreira, R.; Figueiredo, C.; Wengel, J.; Almeida, Carina; Azevedo, N. F.. "Combining nucleic acid mimics and spectral imaging with fluorescence in situ hybridization for the analysis of the gastric micro-biogeography". Trabalho apresentado em Helicobacter, 2019.
    10.7717/peerj.780
  47. Gonçalves, Soraia; Ferreira, Isabel; Guedes, Hugo; Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Almeida, Carina Manuela Fernandes; Afonso, Isabel; Almeida, Gonçalo. "Perfil de resistência a antibióticos de Escherichia coli produtoras e não produtoras da toxina Shiga". Trabalho apresentado em SAlimentar 2019 - 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
    10.7717/peerj.780
  48. Araújo, Daniela; Azevedo, N.; Barbosa, Ana; Almeida, Carina; Rodrigues, M. Elisa; Henriques, Mariana; Silva, Sónia Carina. "2´OMethylRNA EFG1 antisense oligomer to control Candida albicans filamentation". Trabalho apresentado em 15th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society, 2019.
    10.7717/peerj.780
  49. Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Fernandes, R.; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina. "Optimizing locked nucleic acid/2'-o-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LBA/2'OME-FISH) procedures for bacterial detection". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, 2019.
    10.7717/peerj.780
  50. Azevedo, Andreia S.; Sousa, I. M.; Fernandes, R.; Azevedo, N. F.; Almeida, Carina. "Optimizing locked nucleic acid/2-O-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LNA/2OMe-FISH) for bacterial detection". Trabalho apresentado em CHEMPOR 2018 - 13th International Chemical and Biological Engineering Conference, 2018.
    10.7717/peerj.780
  51. Oliveira, Ricardo; Rocha, Rui; Sousa, Mário; Cerqueira, Laura; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Rapid identification of Campylobacter spp. using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) in food samples". Trabalho apresentado em V AEICBAS Biomedical Congress - Abel Salazar Biomedical Sciences Institute (ICBAS), Porto, Portugal, 2017.
  52. Melo, Luís D. R.; Pinto, Graça; Oliveira, Fernando E.; França, Ângela Maria Oliveira Sousa; Boas, Diana Patrícia Andrade Vilas; Almeida, Carina; Sillankorva, Sanna; Cerca, Nuno; Azeredo, Joana. "Disclosing the complexity involved in phage-biofilm interaction: the case study of a Sep1virus phage infecting S. epidermidis". Trabalho apresentado em Book of Abstracts of CEB Annual Meeting 2017, 2017.
    10.7717/peerj.780
  53. Azevedo, Andreia Sofia; Almeida, Carina; Gomes, Luciana Calheiros; Ferreira, Carla; Mergulhão, Filipe J.; Melo, Luís F.; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira. "An in vitro dynamic model of catheter-associated urinary tract infections to investigate the role of uncommon bacteria on the Escherichia coli microbial consortium". Trabalho apresentado em Biofilms 7 - Microbial Works of Art, 2016.
  54. Gerola, Gislaine P.; Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina Manuela Fernandes; Peres, Joana; Mergulhão, Filipe J.; Azevedo, Nuno F.. "Cooperation or conflict? Impact of intraspecific diversity on Escherichia coli biofilms". 2016.
  55. Azevedo, A. S.; Pereira, B.; Almeida, Carina; Melo, Luís F.; Wengel, J.; Azevedo, N. F.. "Detection and discrimination of microorganisms using Locked Nucleic Acid - Fluorescence In Situ Hybridization (LNA-FISH)". Trabalho apresentado em CHEMPOR 2014 - Book of Extended Abstracts of the 12th International Chemical and Biological Engineering Conference, 2014.
  56. Azevedo, Andreia; Almeida, Carina; Melo, L. F.; Azevedo, N. F.. "Interaction between non-disease causing microorganism and E. coli in catheter-associated urinary tract biofilms". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2013, 2013.
  57. Carvalho, Joana; Fokt, Hanna; Cleto, S.; Almeida, Carina; Vieira, M. J.. "Enterobactin : like siderophore gene cluster induction in Cronobacter sakazakii strain". Trabalho apresentado em FEMS 2013 - 5th Congress of European Microbiologists, 2013.
  58. Almeida, Carina; Cerqueira, L.; Azevedo, N. F.; Vieira, M. J.. "Helicobacter pylori : role of water on survival and transmission". Trabalho apresentado em 3rd SCIENTIFIC MEETING OF THE INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, 2012.
  59. Machado, António; Salgueiro, Débora; Almeida, Carina; Henriques, Ana Filipa Frutuoso Mendes; Haesebrouck, Freddy; Vaneechoutte, Mario; Rodrigues, L. R.; Cerca, Nuno. "Detection of Lactobacillus and Gardnerella species in vaginal samples by PNA-FISH". Trabalho apresentado em 6th ASM conference on Biofilms, 2012.
  60. Machado, António; Almeida, Carina; Carvalho, A.; Salgueiro, D.; Vieira, M. J.; Rodrigues, L. R.; Azevedo, N. F.; Cerca, Nuno; Henriques, Ana Filipa Frutuoso Mendes. "Comparison between classical and molecular (FISH and PCR) methods for Lactobacillus spp. detection in Clinical Samples". Trabalho apresentado em Gordon Research Conference on Microbial Adhesion & Signal Transduction, 2011.
  61. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Cerqueira, L.; Bento, Joana C.; Vieira, M. J.; Keevil, C. W.. "Development of a rapid method for Proteus spp. detection in urine by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridisation (PNA)". Trabalho apresentado em European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 2011.
  62. Almeida, Carina; Vieira, M. J.; Keevil, C. W.; Fernandes, R. M.; Azevedo, N. F.. "Characterization of multispecies biofilms by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH)". 2010.
  63. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Discriminating multi-species populations in biofilms with peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH)". 2010.
  64. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Salmonella enterica adhesion to different surfaces in the presence of Echerichia coli – biofilm analyses by fluorescence in situ hybridization using a new peptide nucleic acid probe". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2009, 2009.
  65. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Iversen, C.; Fanning, S.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Development and application of a novel Peptide Nucleic Acid probe for the specific detection of Cronobacter (Enterobacter sakazakii) in powdered infant formula". Trabalho apresentado em 1st International Conference on Cronobacter, 2009.
  66. Azevedo, N. F.; Jardim, T.; Almeida, Carina; Melo, A.; Gomes, C.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Detection of staphylococcus epidermidis on biofilms by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a novel peptide nucleic acid (PNA) probe". Trabalho apresentado em International Symposium on Microbial Ecology (ISME12), 2008.
  67. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "A fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for the detection of Salmonella spp. in biofilms". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2008, 2008.
  68. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Cultivability and viability of enterohepatic and gastric Helicobacter spp. in water: implications for transmission". Trabalho apresentado em Zoonoses and Public Health, 2007.
  69. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Jardim, T.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Development of novel peptide nucleic acid (PNA) probes for the rapid identification of pathogens by fluorescence in situ hybridizationd (FISH)". Trabalho apresentado em CONGRESSO NACIONAL MICRO'07 BIOTEC'07, 2007.
Prefácio / Posfácio
  1. Almeida, Carina; Azevedo, Nuno. "Preface". Prefácio para Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells. Springer US. 2021.
    Publicado
Resumo em conferência
  1. DIAS, CARLA ; Ballem, Andressa; Pinto, Ana; Almeida, Gonçalo; Fuciños, Pablo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José ; et al. Autor correspondente: Oliveira, Hugo. "Prevalence and control of Shiga toxin-producing E. coli: from diversity in dairy cattle to phage therapy. Microbiotec". Trabalho apresentado em Microbiotec 21 - Congress of Microbiology and Biotechnology, LISBOA, 2022.
    Publicado
  2. Margarida Barros; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of DNA aptamers for the detection of foodborne toxins". Trabalho apresentado em 36th EFFoST International Conference 2022, Dublin, 2022.
  3. Vindeirinho, João; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Guiomar, Raquel; Ahmed Abd El Wahed; Almeida, Carina. "The potential of tailed amplicons for SARS-CoV-2 detection in nucleic acid lateral flow assays". 2022.
  4. Dias, Carla; Ballem, Andressa; Ana Pinto; Almeida, Gonçalo; Fuciños, Pablo; Almeida, Carina; M. J. Saavedra; et al. Autor correspondente: Dias, Carla. "Prevalence and control of Shiga toxin-producing E. coli: from diversity in dairy cattle to phage therapy". Trabalho apresentado em Congress of microbiology and Biotechnology 2021 (MicroBiotec21), Lisboa, 2021.
    Publicado
  5. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em 4th Doctoral Congress in Engineering, Porto, 2021.
  6. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Easy-to-use pipeline to predict NAM-aptamers 3D structure and docking". Trabalho apresentado em World Microbe Forum, 2021.
  7. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: enterotoxins and resistance genetic profiles". Trabalho apresentado em Microbiotec'21, 2021.
Tese / Dissertação
  1. Almeida, Carina. "Development and application of PNA probes for the detection of specific bacteria by FISH". Doutoramento, Universidade do Minho, 2010. http://hdl.handle.net/1822/11782.

Artística / Interpretação

Arte visual
  1. Rúben Fernandes; Vindeirinho, João M. ; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Os Vilões Invisíveis.
  2. Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Impacto da Colibacilose Suína: da Quinta ao Homem.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Araújo, Daniela; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina; Henriques, Mariana; Silva, Sónia. 2019. "Antisense Oligomers for controlling Candida albicans infections". Portugal.
    Pendente
  2. Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, NF; Vieira, MJ. 2014. "Peptide Nucleic Acid probe (PNA), Kit and method for detection of Aspergillus fumigatus and applications thereof".
  3. Almeida, Carina; Sousa, José Mário; Rocha, Rui; Cerqueira, Laura; Vieira, Maria João; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira. 2014. "Peptide nucleic acid probe, kit and method for detection and/or quantification of Escherichia coli O157:H7 and applications thereof.".
  4. Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Vieira, Maria João. 2014. "Peptide nucleic acid probe, kit and method for detection and/or quantification of Aspergillus fumigatus and applications thereof".
  5. Vieira, Maria João; Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Soares, José António Baptista Machado; Cerca, Nuno. 2012. "Sondas de ácido péptido nucleico, estojo e método para detectar espécies do género Lactobacillus spp. e/ou Gardnerella spp. e respectivas aplicações". Portugal.
    Expirada
  6. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. 2011. "Peptide nucleicacid probe, kit and method for detection and/or quantification of Salmonella spp. and applications thereof".

Outros

Outra produção
  1. Evaluation of Different Enrichment Broths for Simultaneous Growth of Escherichia Coli O157:H7, Salmonella Spp. And Listeria Monocytogenes in Food Samples. 2023. Sousa, J.M.; Barbosa, A.; Azevedo, N.F.; Cerqueira, L.; Almeida, C.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85177503287&partnerID=MN8TOARS.
    10.2139/ssrn.4332281
  2. Probe4Salmonella Test Kit Certification by AOAC RI. This method has been evaluated in the AOAC® Performance Tested MethodsSM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark.. 2018. De Sousa, José Mário; Rocha, Rui; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
  3. Probe4Monocytogenes Test Kit Certification by AOAC RI. This method has been evaluated in the AOAC® Performance Tested MethodsSM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark. 2017. Rocha, Rui; De Sousa, José Mário; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
  4. Probe4Cronobacter Test Kit Certification by AOAC RI. first product in the world certified by AOAC for Cronocbacter Evaluation under the AOAC® PTM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark;. 2017. Rocha, Rui; De Sousa, José Mário; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/07/12 Country Profile: Portugal RER5029 - Improving Food Safety Through the Early Detection of Microbial Pathogens
International Atomic Energy Agency (Viena, Áustria)
2024/03/15 NAM-aptamers for controlling pig colibacillosis XII Jornadas Internacionais de Suinicultura IAAS-UTAD
UTAD (Portugal)
2024/02/17 O Papel do INIAV na salvaguarda da segurança alimentar nacional 6.º Encontro de Ciência Cândida Madureira
(Portugal)
2022/03 Opening Section of the Seminar “O Futuro da alimentação” Feira AGRO
AGRO (Portugal)
2021/07 Aptamers for food toxins 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics@Portugal (OTP2021)
University of Porto (Porto, Portugal)
2019/01 The challenges of technology transfer: a personal perspective 2019 NanoGateway Winter School
INL (Braga, Portugal)
2018/11 CodedFISH: an innovative tool for the detection of clinical pathogens BMeeting 2018
IPP (Porto, Portugal)
2014/12 Chromoperformance I Encontro Anual de Spin-offs da Universidade do Minho
(Braga, Portugal)
2014/05 Biomode – Biomolecular Determination, SA. Biotecnologia e Bioengenharia: Tecnologias de largo espectro para a especialização inteligente e transferência de valor para a economia
(Braga, Portugal)
2013/03 Biomolecular Determination SA - Entrepreneurship in bioinformatics. Bioinformatics Open Days
(Braga, Portugal)
2013/02 Biomode – Biomolecular Determination, SA. Enterprise Research in Portugal. 3rd Portuguese Meeting of Bioengineering
(Braga, Portugal)
2013/02 From the lab to the market: the challenges for scientists. Special Session Women in Engineering. 3rd Portuguese Meeting of Bioengineering
(Braga, Portugal)
2012/03 Helicobacter pylori: role of water on survival and transmission 3rd Scientific Meeting of Institute for Biotechnology and Bioengineering
Instituto Superior Técnico (Lisboa, Portugal)
2007/09 RT-PCR and PNA-FISH as novel methods for the detection of specific microorganisms in heterotrophic biofilm communities Biofilm Club
(Gregynog, Reino Unido)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2022/07 - Atual Aptamers to control colibacillosis in piglets
Orientador de Maria Margarida Barros
 Programa Doutoral em Ciência Animal (Doutoramento)
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Escola de Ciências Agrárias e Veterinárias, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2021/02 - Atual Microbial Interactions between Gardnerella, Prevotella, and Atopobium Prior to Incident Bacterial Vaginosis
Coorientador de Lúcia Filipa Guimarães Vieira de Sousa
 Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2020/10 - Atual Nucleic acid mimic-based point-of-care test for Covid19 diagnosis
Coorientador
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2018/05 - Atual Shiga toxin-producing E. coli in ruminants: assessing prevalence, animal reservoirs and new bacteriophage-derived control strategies
Coorientador de Andressa Ballen
 Doctoral Program in Chemical and Biological Sciences (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2017/04 - Atual Quantification and categorization of E. coli in food samples by a novel color-coded tag FISH method
Coorientador de Ricardo Manuel Fernandes
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2024/11 - 2028/11 Use of Spatial Transcriptomics to analyze Listeria monocytogenes persistence in biofilms at a drain model from food processing plants
Coorientador
 Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2024/01 - 2028/01 Aptamers for blocking Escherichia coli shiga toxins
Orientador
 Programa doutoral em Engenharia Química e Biológica (Doutoramento)
2023/10 - 2027/10 Exploração de cultivares regionais de maçã e pera para obtenção de alimentos "clean label" e funcionais
Coorientador
 Programa doutoral em Química (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2023/11 - 2026/11 Valorização de subprodutos da indústria alimentar da bacia do Mediterrâneo: desenvolvimento de novos alimentos e embalagens ativas
Coorientador
 Programa doutoral em Ciências Farmacêuticas (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2023/10 - 2024/10 Exploração do potencial dos probióticos na prevenção e tratamento de infeções provocadas por Escherichia coli
Coorientador
 Mestrado em Bioquímica em Saúde, Ramo Bioquímica Aplicada (Mestrado)
2023/09 - 2024/07 Aptamers for enterotoxigenic Escherichia coli
Orientador de Ana Maria da Silva Campos
 Mestrado em Biologia Molecular (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2018/10 - 2023/09 Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins
Orientador de Ricardo Bruno da Costa Oliveira
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/03 - 2022/07/25 Selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
Orientador de Eva Patricia Paiva dos Santos Pinho
Post-doctoral researcher (Outra)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2022/02 - 2022/07 Otimização de uma metodologia molecular para deteção de fatores de virulência de Escherichia coli enterotoxigénica para diagnóstico de colibacilose suína
Orientador de Ana Maria da Silva Campos
Degree in Biomedical Sciences (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Politécnico do Porto, Portugal
2018/07 - 2022 Lab on a Chip for Pathogen Analysis
Coorientador de Pablo Rodriguez Mateos
 ViBrANT International Training Network (Doutoramento)
University of Hull, Reino Unido

Biomode SA, Portugal
2017/10 - 2021/12 Safety and efficacy evaluation of a phage cocktail for the biocontrol of STEC E. coli in food products
Coorientador de Maria da Graça Cerqueira Pinto
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Minho, Portugal
2021/01 - 2021/07 Aptameros para enterotoxina A de Staphylococcus: efeito da incorporação de mímicos de ácidos nucleicos
Coorientador
 Degree in Medical Biothecnology (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Politécnico do Porto, Portugal
2018 - 2019 Tipagem de genes de isolados de Escherichia coli que codificam a toxina shiga
Orientador de Ana Isabel Nunes Janeiro Ferreira
 Degree in Medical Biothecnology (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Instituto Politécnico do Porto, Portugal
2017 - 2019 NAM-CLASI-FISH: a new accurate tool for the analysis of gastric microbiome
Orientador de Andreia Sofia Mateus Azevedo
 Post-doctoral researcher (Outra)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Caracterização de uma coleção de culturas de bactérias láticas de diferentes origens com vista à sua utilização industrial
Orientador de Ana Rita Martins
Degree in Biothecnology (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Instituto Politécnico de Viana do Castelo, Portugal
2013/09 - 2017/12 Development of a universal fixation step for FISH procedures
Coorientador de Rui Rocha
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Biomode SA, Portugal
2016/09 - 2017/11 Design and validation of a peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) method for the detection of Campylobacter spp.
Orientador de Ricardo Bruno da Costa Oliveira
Master n Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015/09 - 2016/12 Validation of a PNA-FISH method for Vibrio detection in food matrices
Orientador de Francisca Marçal Queiroz Pinheiro Guedes
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015/09 - 2016/12 Development and validation of a PNA-FISH method for Aeromonas detection
Orientador de Cátia Filipa Magalhães Ferreira
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013/09 - 2014/11 Characterization of Proteus mirabilis bacteriophages and their action against biofilms
Coorientador de Patrícia Isabel Martins Veiga
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Characterization of antimicrobial metabolites produced by Pseudoalteromonas atlantica
Coorientador de Francisco Ventura
 Master in Biomedical Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Optimizing a multiplex PNA-FISH method for foodborne bacteria
Coorientador de José Mario Sousa
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Interference studies for a PNA-FISH based product (Probe4Pylori)
Coorientador de Teresa Maria Conde Lopes
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Biomode SA, Portugal
2012 - 2013 Conjugates of peptide nucleic acid-biotin for the detection of bacteria using in situ hybridization
Coorientador de Diogo Henrique Fernandes Constante
Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2011 - 2012 Certification of biotechnological processes and products
Coorientador de Vasco Rafael Fernandes dos Santos
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Development of PNA-FISH methods for the detection of food pathogens
Coorientador de Ana Isabel Oliveira Rocha Fontão
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Biomode SA, Portugal
2010 - 2011 Desenvolvimento de sonda de PNA para detecção de Escherichia coli O157:H7 por FISH
Coorientador de José Mário Sousa
 Degree in Applied Biochemistry (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2024/11 - 2024/11 2º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Desafios de Sustentabilidade (2024/11 - 2024/11)
Simpósio (Coorganizador)
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2024/07 - 2024/07 Aplicação de métodos de deteção de fatores de patogenicidade de Escherichia coli, e a sua importância num contexto de Saúde Pública (2024/07 - 2024/07)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2022/03 - 2022/03 O Futuro da Alimentação. Feira AGRO (2022/03 - 2022/03)
Seminário (Membro da Comissão Organizadora)
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2021/05 - 2021/05 Summer School “FISHing for Bacteria” (2021/05 - 2021/05)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Porto, Portugal
2019 - 2019 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro (2019 - 2019)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2013/07/18 - 2013/07/20 FISH - Fundamentals and Applications Workshop (2013)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2014 - 2014 Collaboration in the organization of the “IV International Practical Course - Advanced Practical Course on Biofilms”
Oficina (workshop)
 IV International Practical Course in Biofilms
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2011 Collaboration in the organization, and attendance, of the “Third International Practical Course on Biofilm Sciences”
Oficina (workshop)
 Third International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2009 Collaboration in the organization, and attendance, of the “Second International Practical Course on Biofilm Sciences"
Oficina (workshop)
 Second International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2006 Collaboration in the organization, and attendance, of the “First International Practical Course on Biofilm Sciences”
Oficina (workshop)
 First International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2025/01 Nucleic acid based nanosystem for Human Papillomavirus related lesions
Arguente principal
 Jéssica Lopes Nunes (Doutoramento)
Universidade da Beira Interior, Portugal
2024/12 Aptamers for enterotoxigenic Escherichia coli
Orientador
 Ana Maria Campos (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2024/01/25 Engineering a biosynthetic pathway for high value glycosaminoglycans production in Saccharomyces cerevisiae
Arguente
 Márcia Regina Linhares Couto (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2023/10 Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins
Orientador
 Ricardo Bruno da Costa Oliveira (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2023/10 Integrated Risk Assessment Model for Multiple Mycotoxins in the Food Value Chain: a scientific approach for food security and sustainability
Arguente
 Marta Sofia Carvalho Ferreira Malheiro Leite (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2022/12 Development of targeted delivery platforms against highly metastatic cancers
Arguente principal
 Diana Andrade e Sousa (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2022/07 Evaluation of losses in an Ultra-High-Temperature (UHT) milk processing plant
Arguente
 Inês Martins Oliveira (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal
2021/07 Multi-species biofilms in bacterial vaginosis: ecological interactions and susceptibility to novel antimicrobial agents
Arguente principal
 Aliona Rosca (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2021/07 Evaluation of the packaging process and fat content of UHT milk
Arguente
 Carolina Columbano Couto (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal
2021/07 Aptameros para enterotoxina A de Staphylococcus: efeito da incorporação de mímicos de ácidos nucleicos
Orientador
 Roberto Miguel Pais Pinto (Outro)
Instituto Politécnico do Porto, Portugal
2020/09 The adaptation of Staphylococcus epidermidis commensal and clinical isolates to human blood: the search for molecular diagnostics markers
Vogal
 Susana Maria Pereira Brás (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2018/12 Development of a fast phage-based tool for the detection of nosocomial bacteria
Arguente
 Mariana Jeremias Macedo (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018/12 Caracterização de uma coleção de culturas de bactérias láticas de diferentes origens com vista à sua utilização industrial
Orientador
 Ana Rita Martins (Outro)
Instituto Politécnico de Viana do Castelo, Portugal
2018/03 The use of antisense nucleic acid mimics for suppressing microRNAs involved in Gastric Cancer
Arguente
 Joana Filipa Torrinha Ferreira Lima (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2018 Rapid detection of microorganisms in food containers
Arguente
 Isabel Maria Cruz Pinto Aveleda de Oliveira (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal
2017/12 Metodologia para deteção e diferenciação entre a estirpe vacinal e estirpes selvagens de Salmonella spp. por RT-PCR
Arguente principal
 Bárbara da Costa Branco (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
2017/11 Antisense therapy to control adhesion and filamentation of Candida albicans
Arguente principal
 Nuno Morais Azevedo (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/11 P. aeruginosa adaptation in cystic fibrosis environment challenged by the presence of other bacteria
Arguente principal
 Rosana Isabel Araújo Monteiro (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/11 Design and validation of a peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) method for the detection of Campylobacter spp
Orientador
 Ricardo Bruno da Costa Oliveira (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/07 Unraveling the potential of nucleic acid mimics to target Helicobacter pylori infections - the effect of biological barriers
Arguente
 Rita Sobral Fernandes Machado dos Santos (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2016/11 Validation of a PNA-FISH method for Vibrio detection in food matrices
Orientador
 Francisca Marçal Queiroz Pinheiro Guedes, (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016/11 Development and validation of a PNA-FISH method for Aeromonas detection
Orientador
 Cátia Filipa Magalhães Ferreira (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016/11 The role of prophages on virulence transduction in Acinetobacter baumanii biofilms
Arguente principal
 Rodrigo Pimenta de Oliveira Monteiro (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014/12 Characterization of antimicrobial metabolites produced by Pseudoalteromonas atlantica
Orientador
 Francisco Duarte da Cunha Ventura (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014/11 Virulence of Salmonella enterica Enteritidis biofilms after exposure to disinfectants
Arguente principal
 Maria João Romeu (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013/12 Development of a multiplex assay using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for identification of foodborne pathogens
Orientador
 José Mário Sousa (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011/07 Desenvolvimento de sonda de PNA para detecção de Escherichia coli O157:H7 por FISH
Orientador
 José Mário Sousa (Outro)
Universidade do Minho, Portugal

Arbitragem científica em conferência

Nome da conferência Local da conferência
2023 - 2023 Dare2Change 2023 - Innovation-Driven Agrifood Business Porto
2021 - 2021 Dare2Change 2021 - Innovation-Driven Agrifood Business Porto

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2019 - Atual Jornal of Virology
2017 - Atual Frontiers in Microbiology (1664-302X) Frontiers Media SA
2016 - Atual PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2016 - Atual Virology Journal (1743-422X) Springer (Biomed Central Ltd.)
2016 - Atual Journal of Zhejiang University SCIENCE B (1862-1783) Zhejiang University Press
2016 - Atual Food Control (0956-7135) Elsevier
2015 - Atual Antibiotics (2079-6382) MDPI AG
2015 - Atual International Journal of Food Microbiology (0168-1605) Elsevier
2014 - Atual Infection and Drug Resistance (1178-6973) Dove Medical Press
2013 - Atual Journal of Clinical Microbiology (1098-660X) American Society for Microbiology
2011 - Atual BMC Research Notes (1756-0500) Springer (Biomed Central Ltd.)

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria 		Instituição / Organização Entidade financiadora
2024/03 - Atual Membro do painel de especialistas/avaliadores de projetos. Nacional Science Centre, Chamada OPUS 26+LAP/Weave
Avaliador
2024/03 - Atual Membro do painel de especialistas/avaliadores de projetos, Nacional Science Centre, Polónia, Chamanda SONATA 19.
Avaliador
2023/09 - Atual Avaliadora de projetos, Nacional Science Centre, Polónia, Chamada PRELUDIUM
Especialista
2022 - 2022 Membro do painel de avaliadores de pedidos de extensão de bolsas FCT de doutoramento e de pós-doutoramento - “Bolsas Excecionais de Mitigação de Impactos da COVID-19 nas Atividades de Investigação”
Avaliador
2020 - 2020 Reviewer of H2020 European Commission projects European Commission
2018/07/09 - 2018/07/09 Evaluation of entrepreneurship projects under the scope of the iTeams program, MIT-Portuga Doctoral program
2016 - 2016 Reviewer of H2020 European Commission projects
Avaliador
 European Commission

Consultoria / Parecer

Descrição da atividade Instituição / Organização
2018 - 2018 Expert report on "Quick and accurate methods for bacteria detection" PRESANS, França

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2014 - 2015 Laboratory of Chemical Technology Integrated Master in Biological Engineering (Mestrado integrado) Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015 Engineering Science Topics (Licenciatura) Universidade do Minho, Portugal

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2019 - Atual Part of the scientific committee of the “1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar”, under the subject "Rumo à Alimentação do Futuro"
Membro
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
Distinções

Outra distinção

2014 Series A funds (1.600.000€): The spin-off Biomode SA was award with an investment to support the certification and the market entry
2012 BES National Innovation Contest (60 000€), in the Natural Resources & Food section
2011 Post-Doc fellowship (SFRH/BPD/74480/2010)
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2010 Seed funds (300.000€): The spin-off Biomode was awarded with an investment (InovCapital-ACTec venture fund) intended to support the products development and certification.
2009 Prize for Best Poster - Cronobacter Conference 2009
University College Dublin, Irlanda
2006 PhD fellowship (SFRH/BD/29297/2006)
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2005 Merit scholarship
Universidade do Minho, Portugal
2004 Merit scholarship
Universidade do Minho, Portugal