Identificação pessoal

Nome completo

José Vítor de Castro Vieira

Nomes de citação

• Vieira, Vítor

Identificadores de autor

Ciência ID

7A1C-47B6-BD61

ORCID iD

0000-0001-9604-9586

Endereços de correio eletrónico

• vvieira@ceb.uminho.pt (Profissional)

Domínios de atuação

• Ciências Naturais - Ciências Biológicas
• Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)

	Grau	Classificação
2017/02/01 - 2022/04/28 Concluído	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal "Integrative pathway analysis approaches for cancer research and drug development" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2013 - 2015 Concluído	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal "Desenvolvimento de algorítmos para otimização de estirpes baseados em análise de vias metabólicas" (TESE/DISSERTAÇÃO)	18
2010 - 2013 Concluído	Ciências Biomédicas (Licenciatura) Universidade de Aveiro, Portugal	15

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2014/12/16 - 2017/02/28	Investigador (Investigação)	Universidade do Minho, Portugal
	Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2014/05 - 2014/07	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade do Minho, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/02/01 - 2019/02/01	Assistente Convidado (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal
	Universidade do Minho, Portugal

Outro

	Designação	Financiadores
2014/12 - 2017/02	DeYeastLibrary ERA-IB-2/0003/2013 Bolseiro de Mestrado Universidade do Minho, Portugal	Concluído
2011 - 2014	ToMEGIM: Ferramentas Computacionais para Engenharia Metabólica usando Modelos Integrados de Escala Genómica PTDC/EIA-EIA/115176/2009 Universidade do Minho, Portugal	Concluído

Publicações

Artigo em conferência	Vieira, Vítor. "Development of an Integrated Framework for Minimal Cut Set Enumeration in Constraint-Based Models". Trabalho apresentado em 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, Sevilla, Espanha, 2016. Publicado
Artigo em revista	Vítor Vieira; Christoph Kaleta; Jorge Ferreira; Miguel Rocha. "A pipeline for the reconstruction and evaluation of context-specific human metabolic models at a large-scale". PLOS Computational Biology (2022): https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009294. 10.1371/journal.pcbi.1009294 Vítor Vieira; Miguel Rocha; Alfonso Valencia. "CoBAMP: a Python framework for metabolic pathway analysis in constraint-based models". Bioinformatics (2019): https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz598. 10.1093/bioinformatics/btz598 Vieira, Vítor. "Comparison of pathway analysis and constraint-based methods for cell factory design". BMC Bioinformatics (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12859-019-2934-y. 10.1186/s12859-019-2934-y Vítor Vieira; Jorge Ferreira; Rúben Rodrigues; Filipe Liu; Miguel Rocha. "A Model Integration Pipeline for the Improvement of Human Genome-Scale Metabolic Reconstructions". Journal of Integrative Bioinformatics 16 1 (2019): https://doi.org/10.1515/jib-2018-0068. 10.1515/jib-2018-0068 Vieira, Vítor. "Prediction of overall survival for patients with metastatic castration-resistant prostate cancer: development of a prognostic model through a crowdsourced challenge with open clinical trial data". The Lancet Oncology (2017): http://dx.doi.org/10.1016/s1470-2045(16)30560-5. 10.1016/s1470-2045(16)30560-5 Vieira, Vítor; Maia, Paulo; Rocha, Isabel; Rocha, Miguel. "Development of a Framework for Metabolic Pathway Analysis-Driven Strain Optimization Methods". Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences 9 1 (2017): 46-55. Publicado • 10.1007/s12539-017-0218-7
Capítulo de livro	Jorge Ferreira; Vítor Vieira; Jorge Gomes; Sara Correia; Miguel Rocha. "Troppo - A Python Framework for the Reconstruction of Context-Specific Metabolic Models". 2020. 10.1007/978-3-030-23873-5_18 Vieira, Vítor. "Genome-Scale Metabolic Models". 2019. 10.1016/b978-0-12-801238-3.11514-4 Vieira, Vítor; Maia, Paulo; Rocha, Isabel; Rocha, Miguel. "Development of an Integrated Framework for Minimal Cut Set Enumeration in Constraint-Based Models". In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 193-201. Cham: Springer International Publishing, 2016. Publicado • 10.1007/978-3-319-40126-3_20
Resumo em conferência	Vieira, Vítor; Maia, Paulo; Rocha, Miguel; Rocha, Isabel. "Development of pathway analysis based algorithms for strain optimization". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days, Braga, 2016. Publicado Vieira, Vítor; Maia, Paulo; Rocha, Miguel; Rocha, Isabel. "Comparing knockout strategies from in silico rational strain design tools". Trabalho apresentado em 4th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), Heidelberg, Alemanha, 2015. Publicado

Outros

Outra produção

A pipeline for the reconstruction and evaluation of context-specific human metabolic models at a large-scale. 2021. Vítor Vieira; Jorge Ferreira; Miguel Rocha. https://doi.org/10.1101/2021.07.22.453372. 10.1101/2021.07.22.453372 HABIT – a webserver for interactive T cell neoepitope discovery. 2019. Vieira, Vítor. http://dx.doi.org/10.1101/535716. 10.1101/535716 Minimal cut set enumeration plugin for OptFlux. Software. 2016. Vieira, Vítor; Maia, Paulo; Rocha, Miguel; Rocha, Isabel. https://sourceforge.net/p/optflux/optflux-mcs/.