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Miguel Jesus Nunes Ferreira Ramos concluiu o Doutoramento em Biologia em 2021 pela Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem (LEAF). É atualmente investigador no Departamento de Doenças Infecciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (associado ao Laboratório Nacional de Referência da Resistência a Antimicrobianos). Publicou 14 artigos em revistas especializadas. Organizou 1 evento(s). É coorientador de 1 trabalho de mestrado em curso e coorientou 4 trabalho(s) de conclusão de curso de licenciatura e estágios. Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática, Ciências Médicas e da Saúde com ênfase em Outras Ciências Médicas, Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biologia e Ciências Agrárias. Nas suas atividades profissionais interagiu com mais de 65 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Biological Sciences - Biology of Microorganisms; Agricultural and Forestry Sciences - Plant Genomics; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
MIGUEL DE JESUS NUNES FERREIRA RAMOS

Nomes de citação

  • Ramos, Miguel
  • Ramos, Miguel J. N.

Identificadores de autor

Ciência ID
9A13-9410-5BDE
ORCID iD
0000-0001-5832-0945

Endereços de correio eletrónico

  • mramos@isa.ulisboa.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Médicas e da Saúde - Outras Ciências Médicas
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia
  • Ciências Agrárias

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Italiano Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2016/06/01 - 2021/06/16
Concluído
 Biologia (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
"How sex led to wine: Genomic and post­-transcriptional differences associated to sex in Vitis vinifera sylvestris" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Approved with Distinction and Honour
2011
Concluído
 Mestrado em Biologia Funcional (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
"A Qualidade da Cortiça e a sua Relação com a Expressão Génica no Felógénio de Quercus suber" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17 (out of 20)
2010
Concluído
 Licenciatura em Biologia (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
"Automatização da interacção entre um programa de busca de motivos e um programa de homologia – ProBlast" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 13 (out of 20)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/07/17 - Atual Investigador (Investigação) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal

Outras Carreiras

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/01/23 - 2023/07/14 Consultor de Informática (Categorias e Funções Especificas) Log.Oscon, Portugal
2020/10/09 - 2023/01/20 Técnico Superior (Técnico Superior) GenoMed® - Diagnósticos de Medicina Molecular, S.A., Portugal
GenoMed® - Diagnósticos de Medicina Molecular, S.A., Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2016/06 - Atual Small but important: the role of small RNA in Vitis sex specification
SFRH/BD/110274/2015
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2013/06/01 - 2016/05/31 Single cell genomics and metagenomics-aided cultivation of the unculturable: uncovering the function and metabolic features of Acidobacteria symbionts of marine sponges
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/130434/PT
Centro de Ciências do Mar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2012/05 - 2015/04 VitisSEX- Genetic control of sex evolution in grapevine.
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/119298/PT
Bolseiro de Mestrado
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2023/07/17 - Atual SMARTgNOSTICS - Global Testing & Diagnostics Solutions for antimicrobial resistances
SMARTgNOSTICS
Investigador
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Luísa C. Carvalho; Miguel J. N. Ramos; David Faísca-Silva; Pedro Marreiros; João C. Fernandes; Ricardo Egipto; Carlos M. Lopes; Sara Amâncio. "Modulation of the Berry Skin Transcriptome of cv. Tempranillo Induced by Water Stress Levels". Plants (2023): https://doi.org/10.3390/plants12091778.
    10.3390/plants12091778
  2. Alves, Sofia; Braga, Ângelo; Parreira, Denise; Alhinho, Ana Teresa; Silva, Helena; Ramos, Miguel J. N.; Costa, Maria Manuela Ribeiro; Morais-Cecílio, Leonor. "Genome-wide identification, phylogeny, and gene duplication of the epigenetic regulators in Fagaceae". Physiologia Plantarum 174 5 (2022): http://dx.doi.org/10.1111/ppl.13788.
    10.1111/ppl.13788
  3. Luisa C Carvalho; Miguel Jesus Nunes Ramos; David Faísca-Silva; David van der Kellen; João Carlos Fernandes; Egipto, R.; Carlos M. Lopes; Sara Amâncio. "Developmental Regulation of Transcription in Touriga Nacional Berries under Deficit Irrigation". Plants (2022): https://www.mdpi.com/2223-7747/11/6/827.
    10.3390/plants11060827
  4. Ana Teresa Alhinho; Miguel Jesus Nunes Ramos; Sofia Alves; Margarida Rocheta; Leonor Morais-Cecílio; José Gomes-Laranjo; Rómulo Sobral; Maria Manuela Ribeiro Costa. "The Dynamics of Flower Development in Castanea sativa Mill.". Plants 10 8 (2021): 1538-1538. https://doi.org/10.3390/plants10081538.
    10.3390/plants10081538
  5. Ramos, Miguel J. N.. "Portuguese wild grapevine genome re-sequencing (Vitis vinifera sylvestris)". Scientific Reports 10 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-76012-6.
    10.1038/s41598-020-76012-6
  6. Ramos, Miguel. "Vitis flower types: from the wild to crop plants". PeerJ (2019): http://dx.doi.org/10.7717/peerj.7879.
    10.7717/peerj.7879
  7. Coito JL; Silva H; Ramos MJN; Montez M; Cunha J; Amâncio S; Costa MMR; Rocheta M. "Vitis Flower Sex Specification Acts Downstream and Independently of the ABCDE Model Genes.". Frontiers in plant science (2018): http://europepmc.org/abstract/med/30061913.
    10.3389/fpls.2018.01029
  8. Coito, Joao L.; Ramos, Miguel J. N.; Cunha, Jorge; Silva, Helena G.; Amancio, Sara; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "VviAPRT3 and VviFSEX: Two Genes Involved in Sex Specification Able to Distinguish Different Flower Types in Vitis". Frontiers in Plant Science 8 (2017): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000392866300001&KeyUID=WOS:000392866300001.
    10.3389/fpls.2017.00098
  9. Ramos, Miguel. "Comparative metagenomics reveals the distinctive adaptive features of the Spongia officinalis endosymbiotic consortium". Frontiers in Microbiology 8 (2017): 2499-2499.
    10.3389/fmicb.2017.02499
  10. Ramos, M. J.; Coito, J. L.; Fino, J.; Cunha, J.; Silva, H.; de Almeida, P. G.; Costa, M. M.; et al. "Deep analysis of wild Vitis flower transcriptome reveals unexplored genome regions associated with sex specification". Plant Mol Biol (2016): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27778293.
    10.1007/s11103-016-0553-9
  11. Rocheta, M.; Coito, J. L.; Ramos, M. J.; Carvalho, L.; Becker, J. D.; Carbonell-Bejerano, P.; Amâncio, S.. "Transcriptomic comparison between two Vitis vinifera L. varieties (Trincadeira and Touriga Nacional) in abiotic stress conditions". BMC Plant Biol 16 1 (2016): 224-224. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27733112.
    10.1186/s12870-016-0911-4
  12. Ramos MJ; Coito JL; Silva HG; Cunha J; Costa MM; Rocheta M. "Flower development and sex specification in wild grapevine.". (2014): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000347574400003&KeyUID=WOS:000347574400003.
    10.1186/1471-2164-15-1095
  13. Ramos, M.; Rocheta, M.; Carvalho, L.; Inácio, V.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression of DNA methyltransferases is involved in Quercus suber cork quality". Tree Genetics and Genomes 9 6 (2013): 1481-1492. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84888137077&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s11295-013-0652-6
  14. Ramos, M.; Rocheta, M.; Carvalho, L.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor genes in Quercus suber phellogen: An attempt to correlate with cork quality". BMC Proceedings 5 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84907855179&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1753-6561-5-S7-P169
Poster em conferência
  1. Alhinho, ATA; Ramos, Miguel J. N.; Alves, S; Rocheta, M; Morais­-Cecílio, L; Laranjo, JG; Sobral, R; Costa, MMR. Autor correspondente: Alhinho, ATA. "The dynamics of flower development in Castanea sativa Mill". Trabalho apresentado em National Congress of Biochemistry, 2021.
  2. Ramos, Miguel J. N.; Silva, David F.; Coito, Joao L.; Cunha, J.; Costa, M. Manuela R.; Rocheta, M.. "Characterization of Vitis sex determination mechanisms". Trabalho apresentado em Encontro com a Ciência 2019, 2019.
    10.18411/spc-31-05-2017-18
  3. Silva, David F.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Viegas, Wanda; Rocheta, Margarida. "In silico analysis of transcriptional nucleotide modifications in Vitis vinifera sylvestris". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days, 2018.
  4. Ramos, Miguel J. N.; Silva, David F.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Characterization of Vitis sex determination mechanisms". Trabalho apresentado em Bioinformatics for Plant Biology, 2018.
  5. Silva, David F.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Viegas, Wanda; Rocheta, Margarida. "In silico analysis of transcriptional nucleotide modifications in Vitis vinifera sylvestris". Trabalho apresentado em Encontro com a Ciência, 2018, 2018.
  6. Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Fino, J.; Silva, Helena G.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Paulo, O. S.; Rocheta, Margarida. "Deep analysis of wild Vitis transcriptome". Trabalho apresentado em Encontro com a Ciência 2017, 2017.
  7. Coito, Joao L.; Ramos, Miguel J. N.; Cunha, Jorge; Silva, Helena G.; Amancio, Sara; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "VviAPRT3 and VviFSEX: two genes involved in sex specification able to distinguish different flower types in Vitis". Trabalho apresentado em Encontro com a Ciência 2017, 2017.
  8. Karimi, E.; Ramos, Miguel J. N.; Franco, Telma; Rocha, U. N.; Gonçalves, J.; Reis, M. P.; Costa, Rodrigo. "Uncovering the life-style of the unculturabe: genomics and metagenomics aided cultivation of marine sponge symbionts". Trabalho apresentado em Exploiting Metagenomics Approach in Life Science Research, 2015.
  9. Silva, Helena G.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Rocheta, Margarida; Costa, Maria M. R.. "Patterns of ABCDE gene expression in unisexual flowers of Vitis sylvestris". Trabalho apresentado em Congresso Nacional de Bioquímica, 2014.
  10. Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Silva, Helena G.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Transcriptomic analysis of Vitis flower development and sex specification". Trabalho apresentado em International Congress on Sexual Plant Reproduction, 2014.
  11. Silva, Helena G.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Transcriptomic analysis of wild grapevine flower development and sex specification". Trabalho apresentado em ICREA Workshops: From model system to crops, challenges for a new era in plant biology, 2014.
  12. Ramos, Miguel J. N.; Rocheta, Margarida; Carvalho, L.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor genes in Quercus suber phellogen: an attempt to correlate with cork quality". Trabalho apresentado em IUFRO Tree Biotechnology, 2011.
Tese / Dissertação
  1. Ramos, Miguel. "A Qualidade da Cortiça e a sua Relação com a Expressão Génica no Felogénio de Quercus suber". Mestrado, Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, 2011.
  2. Ramos, Miguel. "Automatização da interacção entre um programa de busca de motivos e um programa de homologia – ProBlast". Licenciatura, Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, 2009.

Outros

Outra produção
  1. The molecular dynamics of flower development in Castanea sativa Mill. – Why does climate matter?. 2021. Alhinho, ATA; Ramos, Miguel J. N.; Alves, S; Rocheta, M; Morais­-Cecílio, L; Laranjo, JG; Sobral, R; Costa, MMR. Autor correspondente: Alhinho, ATA.
  2. RNA editing in inflorescences of wild grapevine unveils association to sex and development. 2020. Miguel J. N. Ramos; David Faísca-Silva; João L. Coito; Jorge Cunha; Helena Gomes Silva; Wanda Viegas; M. Manuela R. Costa; Sara Amâncio; Margarida Rocheta. https://doi.org/10.1101/2020.03.03.974626.
    10.1101/2020.03.03.974626
  3. Portuguese wild grapevine genome re-sequencing (Vitis vinifera sylvestris). 2020. Miguel J N Ramos; João L Coito; David F Silva; Jorge Cunha; M Manuela R Costa; Sara Amâncio; Margarida Rocheta. https://doi.org/10.1101/2020.02.19.955781.
    10.1101/2020.02.19.955781
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019 Essay in Vitis vinifera post-transcriptional regulatory networks
Instituto Superior de Agronomia
2018 Unveiling miRNA role on Vitis flowering, through transcriptomics Bioinformatic Open Days
(Braga, Portugal)
2015 Comparative metagenomics of sponge, seawater and sediment microbiomes reveals sharply distinct taxonomic and functional profiles Congress of Microbiology and Biotechnology
(Évora, Portugal)
2014 Bioinformatics behind Vitis sex Workshop em Bio-optimização
(Lisboa, Portugal)
2011 Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor gene expression in the active phellogen of Quercus suber Sociedade Portuguesa de Fisiologia Vegetal
(Oeiras, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2023 - Atual Comparative genomics to probe virulence mechanisms and evolution in the coffee pathogen Hemileia vastatrix
Coorientador
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2020 - Atual Identificação de metiltransferases e desmetiltransferases de DNA em Castanea sativa
Coorientador
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2020 - Atual Determination of DNA-RNA differences along the leaf development of Vitis vinifera sylvestris
Coorientador
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2017/11 - 2018/10 Natural RNA-editing modifications in nuclear Vitis vinifera transcripts throughout flower development
Coorientador de David Faísca da Silva
 Biologia (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
2017/01 - 2017/07 In silico analysis of transcript expression in grapevine berry skin by RNA-Sequencing
Coorientador de David Faísca da Silva
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
2014/01 - 2014/07 Análise da diversidade genética em Fagáceas utilizando o retrotransposão Corky
Coorientador de Inês Rodrigues da Silva Zêzere
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2010/07/11 - 2010/07/14 Volunteer on European Conference on Operational Research (EURO) - 24 th edition (2010/07/11 - 2010/07/14)
Conferência
 Universidade de Lisboa, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023 - Atual Bioinformatics applications focusing on NGS Biologia Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal