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Pedro Emanuel Ferreira dos Reis Vieira completed the Ph.D. in the end of 2017 at the Universidade de Aveiro. Currently, he is a Postdoc at Universidade do Minho. He (co)-author 20 peer-reviewed publications in international journals and more than 50 conference presentations/proceedings in international conferences. Reviewed 17 papers and he is editor of 1 special issue. He (co-)organized different workshops, advanced courses and conferences. (Co-)supervised 16 theses. Works on Bioinformatics, focusing on developing tools to study marine fauna. Specific interests are the programming language R and DNA(meta)barcoding.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro Emanuel Ferreira dos Reis Vieira

Nomes de citação

  • Vieira, Pedro
  • Pedro E Vieira

Identificadores de autor

Ciência ID
F51E-BBEB-9D95
ORCID iD
0000-0003-4880-3323
Google Scholar ID
CYE5Qm8AAAAJ
Researcher Id
K-7608-2019

Moradas

  • Campus Universitário de Gualtar, Departamento de Biologia, 4710-057, Braga, Braga, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Marinha

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1)
Francês Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2)
Formação
Grau Classificação
2017/10/01 - 2018/05/30
Concluído
 Post-Graduation in Bioinformatics Analysis (Especialização pós-licenciatura)
Especialização em Bioinformatics
Universidad Pablo de Olavide, Espanha
 9/10
2013/03/01 - 2017/10/31
Concluído
 Biology branch Molecular Biology and Genetics (Doutoramento)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Biodiversity and evolution of the coastal peracaridean fauna of Macaronesia and Northeast Atlantic" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado
2010 - 2011
Concluído
 Applied Biology branch in Molecular and Cellular Biology (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Amino acid toxicity in zebrafish" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17
2005/09 - 2010
Concluído
 Biology (Licenciatura)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Estudo do gene msbA na resistência ao tributilestanho (TBT) em Aeromonas molluscorum" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/03/01 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Universidade do Minho, Portugal
Universidade do Minho, Portugal
2012/05 - 2013/02 Investigador (Investigação) Universidade de Aveiro, Portugal
2009 - 2010 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/09/01 - 2019/05 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2020/03 - 2020/03 Crypticism in the marine realm: DNA barcode-based outlook into selected invertebrate taxa of the Eastern Mediterranean
CRE-INV
Investigador responsável
Hellenic Centre for Marine Research (HCMR) , Grécia
Em curso
2009 - 2010 Virulence factors associated with antimicrobial resistance determinants among Escherichia coli and Klebsiella spp. environmental strains: potential impact on public health
ESCMID Research Grants 2010
Student
Universidade de Coimbra, Portugal
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2019/07 - 2022/02 Early detection and monitoring of non-indigenous species (NIS) in coastal ecosystems based on high-throughput sequencing tools
PTDC/BIA-BMA/29754/2017
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/03/01 - 2019/06 Next-Sea: Next generation monitoring of coastal ecosystems in a scenario of global change
NORTE-01-0145-FEDER-0000032
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Universidade do Minho, Portugal
Em curso
2012/05 - 2013/02 DiverseShores - Testing associations between genetic and community diversity in European rocky shore environments
Provided by PTCRIS: 114526
Bolseiro de Investigação
Universidade de Aveiro, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2022/01/26 - Atual Fish-DNA-Monitor: Supporting monitoring and management of fisheries resources in Guinea-Bissau through capacity-building on cutting-edge DNA-based approaches
FCT AGA-KHAN / 541703280 / 2019
Co-PI
Universidade do Minho Centro de Biologia Molecular e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2022/01/01 - Atual Phylogeography and glue-formation genes expression from Sicilian populations of the tube-building Sabellaria alveolata (Polychaeta, Sabellariidae): from local conservation to potential biomaterial insights
.
Investigador
Politechnika Lódzka, Polónia
Em curso
2021/09/01 - Atual ATLANTIDA - Platform for the monitoring of the North Atlantic ocean and tools for the sustainable exploitation of the marine resources
NORTE-01-0145-FEDER-000040
Colaborator
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/01/01 - Atual RIVER2OCEAN: Socio-ecological and biotechnological solutions for the conservation and valorization of aquatic biodiversity in the Minho Region
NORTE-01-0145-FEDER-000068
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 European Regional Development Fund
Em curso
2020/08/30 - Atual Cutting-edge DNA-based approaches for improved monitoring and management of fisheries resources along Magellan-Elcano's Atlantic route
CIRCNA/BRB/0156/2019
Team member
Universidade do Minho Centro de Biologia Molecular e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/01/01 - 2021/10/30 Phylogenetic network inference for bioassessment and conservation
CPCA/A1/7359/2020
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/01/01 - 2021/10/30 Meta-species analyses of patterns of molecular variation in marine fauna
CPCA/A1/7313/2020
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Ana Lavrador; Fábio Amaral; Pedro E. Vieira; Filipe Costa; Sofia Duarte. "Surveillance of non-indigenous invertebrate species through DNA metabarcoding in recreational marinas in the North and Center of Portugal". 2020.
    Publicado • 10.3897/aca.4.e64900
  2. Marcos A. L. Teixeira; Arne Nygren; Ascensão Ravara; Pedro E. Vieira; José Carlos Hernández; Filipe O. Costa. "The small polychaete Platynereis dumerilii revealed as a large species complex with fourteen MOTUs in European marine habitats". 2020.
    10.3897/aca.4.e64937
  3. Bruno R. Sampieri; Pedro E Vieira; Marcos A.L. Teixeira; Antônia C. Z. Amaral; Filipe O. Costa. "Cryptic or cosmopolitan? Unveiling the Laeonereis culveri complex along South American estuaries through DNA barcoding". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
    Publicado
  4. Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa. "Current status of the DNA barcode reference library of non-indigenous marine species occurring in European coastal regions". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
    Publicado
  5. Barbara Leite; Pedro E Vieira; Jesus Troncoso; Filipe O. Costa. "Combining artificial substrates, morphology and DNA metabarcoding for investigating macrozoobenthic communities in NW Iberia". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
    Publicado
  6. Maria Fais; Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ronaldo Sousa; M Hajibabaei; Carlos Alberto Canchaya; Filipe O. Costa. "Patterns of spatial and temporal variation in estuarine meiofaunal communities assessed through DNA metabarcoding: a case study in the Lima estuary (NW Portugal).". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies (SIEBM XX), 2019.
    Publicado
  7. Pedro E Vieira; Pedro Soares; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "Evolutionary insights derived from comprehensive analyses of DNA barcoding diversity in marine members of the superorder Peracarida (Crustacea: Malacostraca)". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
    Publicado
  8. Maria Fais; Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ronaldo Sousa; M Hajibabaei; Carlos Alberto Canchaya; Filipe O. Costa. "Small-scale spatial variation of meiofaunal communities in Rio Lima estuary (NW Portugal) assessed through metabarcoding". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  9. Barbara Leite; Pedro E Vieira; Jesus Troncoso; Filipe O. Costa. "Biomonitoring coastal macrozoobenthic colonization of artificial substrates in NW Iberia using DNA metabarcoding". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  10. Bruno R. Sampieri; Antônia C. Z. Amaral; Pedro E Vieira; Marcos A.L. Teixeira; Filipe O. Costa. "Hidden diversity and deep divergence in a presumed broadly distributed polychaete along the Atlantic coast of Americas". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  11. Adriana E Radulovici; Filipe O. Costa; Hackathon Participants. "New avenues for data curation: hackathon on marine invertebrates". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  12. Pedro E Vieira; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "Status and highlights of the global DNA barcode reference library for marine peracarids (Crustacea: Peracarida).". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  13. Pedro E Vieira; Andrea Desiderato; Sofia L Azevedo; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "Prominent evolutionary divide between Macaronesian islands and nearby continental coasts in multiple peracarids (Crustacea): over 60 suspected new species". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
    Publicado
  14. Pedro E Vieira; Michael Raupach; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "A DNA barcode reference library for the superorder Peracarida (Crustacea) from European coasts". Trabalho apresentado em 7th International Barcode of Life Conference, 2017.
    Publicado
  15. Pedro E Vieira; Michael Raupach; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "Compiling a global DNA barcode reference library for marine amphipods (Crustacea: Amphipoda)". Trabalho apresentado em 18th International Colloquium on Amphipoda, 2017.
    Publicado
  16. Pedro E Vieira; David M Holdich; Nuno Gomes; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "Deeply divergent DNA barcode lineages within Dynamene edwardsi (Isopoda) from the Northeast Atlantic suggest between four to eight cryptic species". Trabalho apresentado em XIX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, Porto, 2016.
    Publicado • 10.3389/conf.fmars.2016.05.00079
  17. Pedro E Vieira; Nuno Gomes; Jorge Lobo; Luisa Borges; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "A DNA barcode reference library for the superorder Peracarida (Crustacea) from the Southern European Atlantic coast". Trabalho apresentado em XIX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2016.
    Publicado • 10.3389/conf.fmars.2016.05.00128
  18. Vieira, Pedro; Nuno Gomes; David M Holdich; Prof. Henrique Queiroga; Filipe Oliveira Costa. "Phylogeographic structure of Dynamene edwardsi (Crustacea: Isopoda) matches remarkably the sequential genesis of the Macaronesian islands". Trabalho apresentado em 6th International Barcode of Life Conference, Guelph, 2015.
    Publicado • 10.1139/gen-2015-0087
Artigo em revista
  1. Teixeira, Marcos A L; Vieira, Pedro E; Ravara, Ascensão; Costa, Filipe O; Nygren, Arne. "From 13 to 22 in a second stroke: revisiting the European Eumida sanguinea (Phyllodocidae: Annelida) species complex". Zoological Journal of the Linnean Society (2022): http://dx.doi.org/10.1093/zoolinnean/zlab100.
    Publicado • 10.1093/zoolinnean/zlab100
  2. Barbara R. Leite; Pedro E. Vieira; Jesús S. Troncoso; Filipe O. Costa. "Comparing species detection success between molecular markers in DNA metabarcoding of coastal macroinvertebrates". Metabarcoding and Metagenomics (2021): https://doi.org/10.3897/mbmg.5.70063.
    10.3897/mbmg.5.70063
  3. Adriana E. Radulovici; Pedro E. Vieira; Sofia Duarte; Marcos A. L. Teixeira; Luisa M. S. Borges; Bruce E. Deagle; Sanna Majaneva; et al. "Revision and annotation of DNA barcode records for marine invertebrates: report of the 8th iBOL conference hackathon". Metabarcoding and Metagenomics (2021): https://doi.org/10.3897/mbmg.5.67862.
    10.3897/mbmg.5.67862
  4. Pedro E. Vieira; Ana S. Lavrador; Manuela I. Parente; Paola Parretti; Ana C. Costa; Filipe O. Costa; Sofia Duarte; Mat Seymour. "Gaps in DNA sequence libraries for Macaronesian marine macroinvertebrates imply decades till completion and robust monitoring". Diversity and Distributions (2021): https://doi.org/10.1111/ddi.13305.
    10.1111/ddi.13305
  5. Bruno R. Sampieri; Pedro E. Vieira; Marcos A. L. Teixeira; Victor C. Seixas; Paulo R. Pagliosa; Antonia Cecília Z. Amaral; Filipe O. Costa. "Molecular diversity within the genus Laeonereis (Annelida, Nereididae) along the west Atlantic coast: paving the way for integrative taxonomy". PeerJ (2021): https://doi.org/10.7717/peerj.11364.
    10.7717/peerj.11364
  6. João T. Fontes; Pedro E Vieira; Torbjørn Ekrem; Pedro Soares; Filipe O. Costa. "BAGS: An automated Barcode, Audit & Grade System for DNA barcode reference libraries". Molecular Ecology Resources 21 2 (2021): https://doi.org/10.1111/1755-0998.13262.
    Publicado • 10.1111/1755-0998.13262
  7. Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ana S. Lavrador; Filipe O. Costa. "Status and prospects of marine NIS detection and monitoring through (e)DNA metabarcoding". Science of The Total Environment 751 141729 (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.141729.
    Publicado • 10.1016/j.scitotenv.2020.141729
  8. Bruno R. Sampieri; Pedro E Vieira; Marcos A.L. Teixeira; Victor C Seixas; Paulo Pagliosa; Antônia C. Z. Amaral; Filipe Oliveira Costa. "Molecular diversity within the genus Laeonereis (Annelida, Nereididae) along the west Atlantic coast". Peer J (2021):
    Acesso aberto • Em revisão
  9. Maria Fais; Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ronaldo Sousa; M Hajibabaei; Carlos Alberto Canchaya; Filipe O. Costa. "Small-scale spatial variation of meiofaunal communities in Lima estuary (NW Portugal) assessed through metabarcoding". Estuarine, Coastal and Shelf Science 238 106683 (2020): http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2020.106683.
    Publicado • 10.1016/j.ecss.2020.106683
  10. Maria Fais; Bruno Bellisario; Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ronaldo Sousa; Carlos Alberto Canchaya; Filipe Oliveira Costa. "Meiofauna metabarcoding in Lima estuary (Portugal) suggests high taxon replacement within a background of network stability". Regional Studies in Marine Science 38 (2020): 101341-101341. https://doi.org/10.1016/j.rsma.2020.101341.
    Publicado • 10.1016/j.rsma.2020.101341
  11. Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa. "Assessment of species gaps in DNA barcode libraries of non-indigenous species (NIS) occurring in European coastal regions". Metabarcoding and Metagenomics 4 e55162 (2020): https://doi.org/10.3897/mbmg.4.55162.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3897/mbmg.4.55162
  12. Leite, B.R.; Pedro E Vieira; Teixeira, M.A.L.; Lobo-Arteaga, J.; Hollatz, C.; Borges, L.M.S.; Duarte, S.; Troncoso, J.S.; Costa, F.O.. "Gap-analysis and annotated reference library for supporting macroinvertebrate metabarcoding in Atlantic Iberia". Regional Studies in Marine Science 36 (2020): 101307. http://dx.doi.org/10.1016/j.rsma.2020.101307.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1016/j.rsma.2020.101307
  13. Bruno R. Sampieri; Tatiana M. Steiner; Priscila C. Baroni; Camila Fernanda da Silva; Marcos A. L. Teixeira; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa; Antônia C. Z. Amaral. "How oogenesis analysis combined with DNA barcode can help to elucidate taxonomic ambiguities: a polychaete study-based approach". Biota Neotropica 20 3 (2020): e20200959. https://doi.org/10.1590/1676-0611-bn-2020-0959.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1590/1676-0611-bn-2020-0959
  14. Marcos A. L. Teixeira; Pedro E Vieira; Fredrik Pleijel; Bruno R. Sampieri; Ascensão Ravara; Filipe O. Costa; Arne Nygren. "Molecular and morphometric analyses identify new lineages within a large Eumida (Annelida) species complex". Zoologica Scripta 49 2 (2019): 222-235. https://doi.org/10.1111/zsc.12397.
    Publicado • 10.1111/zsc.12397
  15. Andrea Desiderato; Filipe O. Costa; Cristiana S. Serejo; Marco Abbiati; Henrique Queiroga; Pedro E Vieira. "Macaronesian islands as promoters of diversification in amphipods: The remarkable case of the family Hyalidae (Crustacea, Amphipoda)". Zoologica Scripta 48 3 (2019): 359-375. https://doi.org/10.1111%2Fzsc.12339.
    Publicado • 10.1111/zsc.12339
  16. Pedro E Vieira; Andrea Desiderato; David M Holdich; Pedro Soares; Simon Creer; Prof. Gary Carvalho; Filipe Oliveira Costa; Prof. Henrique Queiroga. "Deep segregation in the open ocean: Macaronesia as an evolutionary hotspot for low dispersal marine invertebrates". Molecular Ecology 28 (2019): 1784-1800. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.15052.
    Publicado • 10.1111/mec.15052
  17. Pedro E Vieira; Queiroga, H.; Costa, F.O.; Holdich, D.M.. "Distribution and species identification in the crustacean isopod genus Dynamene Leach, 1814 along the North East Atlantic-Black Sea axis". ZooKeys 2016 635 (2016): 1-29. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84997124450&partnerID=MN8TOARS.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3897/zookeys.635.10240
  18. R Hoen; EM Novoa; A López; N Camacho; L Cubells; Pedro E Vieira; Manuel Santos; et al. "Selective inhibition of an apicoplastic aminoacyl-tRNA synthetase from Plasmodium falciparum.". 14 4 (2013): 499-504. http://europepmc.org/abstract/med/23444099.
    Publicado • 10.1002/cbic.201200620
  19. Nuno Mendonça; Joana Ramalho; Pedro E Vieira; Gabriela J da Silva. "Association of plasmid-mediated quinolone resistance and virulence markers in Escherichia coli isolated from water.". 10 2 (2012): 288-294. http://europepmc.org/abstract/med/22717754.
    Publicado • 10.2166/wh.2012.153
Poster em conferência
  1. Ana Sofia Lavrador; Fábio Amaral; Pedro E Vieira; Filipe O Costa; Duarte, Sofia. "Surveillance of non-indigenous invertebrate species through DNA metabarcoding in recreational marinas in the North and Center of Portugal". Trabalho apresentado em 1st DNAQUA International Conference, 2021.
  2. Marcos A.L. Teixeira; Nygren, Arne; Ascensão Ravara; Pedro E Vieira; JC Hernandez; Filipe O Costa. "The small polychaete Platynereis dumerilii revealed as a large species complex with fourteen MOTUs in European marine habitats". Trabalho apresentado em . 1st DNAQUA International Conference, 2021.
  3. João Tadeu Fontes; Pedro E Vieira; Ekrem, Torbjørn; Pedro Soares; Filipe O. Costa. "BAGS: an automated Barcode, Audit & Grade System for DNA barcode reference libraries of animal COI sequences". Trabalho apresentado em TiBE 2020 Metabarcoding and Metagenomics, 2020.
  4. Pedro E Vieira; Ana Sofia Lavrador; Manuela I. Parente; Paola Parretti; Ana C Costa; Filipe O. Costa; Sofia Duarte. "Estado das bibliotecas de referência de DNA barcodes de invertebrados marinhos da Macaronésia". Trabalho apresentado em XIX SPECO, 2020.
  5. Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa. "Current status of the DNA barcode reference library of non-indigenous marine species occurring in European coastal regions". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
  6. Bruno R. Sampieri; Marcos AL Teixeira; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa (7318-9608-6D8C); Antônia C. Z. Amaral. "How cryptic is cryptic? Combining histology with DNA barcoding to elucidate taxonomic ambiguities in polychaete species". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
  7. Bruno R. Sampieri; Pedro E Vieira; Marcos AL Teixeira; Antônia C. Z. Amaral; Filipe O. Costa. "Cryptic or cosmopolitan? Unveiling the Laeonereis culveri complex along South American estuaries through DNA barcoding". Trabalho apresentado em XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019.
  8. Barbara Leite; Pedro E Vieira; Jesus Troncoso; Filipe O. Costa. "Combining artificial substrates, morphology and DNA metabarcoding for investigating marine amphipod communities in NW Iberia". Trabalho apresentado em 18th International Colloquium on Amphipoda, 2019.
  9. Pedro E Vieira; Andrea Desiderato; Filipe O. Costa (7318-9608-6D8C); Prof. Henrique Queiroga. "Distribution patterns of amphipod assemblages along the Iberian Atlantic rocky shores". Trabalho apresentado em 18th International Colloquium on Amphipoda, 2019.
  10. Maria Fais; Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ronaldo Sousa; M Hajibabaei; Carlos Alberto Canchaya; Filipe O. Costa. "Small-scale spatial variation of meiofaunal communities in Rio Lima estuary (NW Portugal) assessed through metabarcoding". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
  11. Barbara Leite; Pedro E Vieira; Jesus Troncoso; Filipe O. Costa. "Biomonitoring coastal macrozoobenthic colonization of artificial substrates in NW Iberia using DNA metabarcoding". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
  12. Bruno R. Sampieri; Pedro E Vieira; Antônia C. Z. Amaral; Marcos AL Teixeira; Filipe O. Costa. "Hidden diversity and deep divergence in a presumed broadly distributed polychaete along the Atlantic coast of Americas". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
  13. Pedro E Vieira; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "Status and highlights of the global DNA barcode reference library for marine peracarids (Crustacea: Peracarida)". Trabalho apresentado em 8th International Barcode of Life Conference, 2019.
  14. Pedro E Vieira; Michael Raupach; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "DNA barcode reference library for the superorder Peracarida (Crustacea) from European coasts". Trabalho apresentado em 7th International Barcode of Life Conference, 2017.
  15. Andrea Desiderato; Pedro E Vieira; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "Cryptic diversity among two different peracaridean morphospecies in the Macaronesia region: implication for MPA management". Trabalho apresentado em Campus do Mar International Science Conference, 2016.
  16. Pedro E Vieira; Jorge Lobo; Maria Fais; Sofia Duarte; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "Compiling a DNA barcode reference library for macrobenthic invertebrate fauna from the southern European Atlantic coast". Trabalho apresentado em Campus do Mar International Science Conference, 2016.
  17. Pedro E Vieira; Nuno Gomes; Jorge Lobo; Luisa Borges; Prof. Henrique Queiroga; Filipe O. Costa. "A DNA barcode reference library for the superorder Peracarida (Crustacea) from the Southern European Atlantic coast". Trabalho apresentado em XIX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2016.
  18. Pedro E Vieira; Filipe O. Costa; Prof. Henrique Queiroga. "Distribution and genetic diversity of the isopod genus Dynamene in rockyshore environments in the NE Atlantic Ocean". Trabalho apresentado em IV Encontro Nacional de Pós-graduação em Ciências Biológicas, 2015.
  19. Nuno Mendonça; Joana Ramalho; Pedro E Vieira; A. Tavares; P. Pereira; Gabriela J da Silva. "Spread of plasmid-mediated quinolone resistance and pathogenic islands in Escherichia coli". Trabalho apresentado em 21st European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2011.
  20. SS Domingues; Pedro E Vieira; I Starikova; Gabriela J da Silva; KM Nielsen. "Biological fitness effects of integrons in the absence of antibiotic selective pressure". Trabalho apresentado em 20th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2010.
  21. Nuno Mendonça; Pedro E Vieira; Joana Ramalho; MJ Saavedra; Gabriela J da Silva. "Antimicrobial resistance of Gram negative bacteria isolated from domestic and food-producing animals". Trabalho apresentado em 20th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2010.
  22. Nuno Mendonça; Joana Ramalho; Pedro E Vieira; A. Tavares; P. Pereira; Gabriela J da Silva. "Ocurrence of plasmid-mediated quinolone resistance genes and extended-spectrum beta-lactamases encoding genes among Gram-negative". Trabalho apresentado em 20th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2010.
Tese / Dissertação
  1. Pedro E Vieira. "Biodiversity and evolution of the coastal peracaridean fauna of Macaronesia and Northeast Atlantic". Doutoramento, Universidade de Aveiro, 2017.
  2. Pedro E Vieira. "Amino acid toxicity in zebrafish". Mestrado, Universidade de Aveiro, 2011.
  3. Pedro E Vieira. "Study and correlation of msbA gene with Aeromonas molluscorum resistance to tributyltin". Licenciatura, Universidade de Aveiro, 2009.

Outros

Outra produção
  1. Molecular evidence for sweeping discontinuity between peracarid (Crustacea) fauna of Macaronesian islands and nearby continental coasts: over fifty candidate endemic species. 2021. Pedro E Vieira; Andrea Desiderato; Sofia L Azevedo; Patricia Esquete; Filipe O Costa; Henrique Queiroga. https://doi.org/10.1101/2021.06.22.449383.
    10.1101/2021.06.22.449383
  2. The spatial network structure of intertidal meiofaunal communities derived from environmental DNA metabarcoding surveys in Northwest Iberia. 2021. Bruno Bellisario; Maria Fais; Sofia Duarte; Pedro E. Vieira; Carlos Canchaya; Filipe O. Costa. https://doi.org/10.1101/2021.03.16.435605.
    10.1101/2021.03.16.435605
  3. BAGS: an automated Barcode, Audit & Grade System for DNA barcode reference libraries.. 2020. João Tadeu Fontes; Pedro E Vieira; Torbjorn Ekrem; Pedro Soares; Filipe Costa. https://doi.org/10.22541/au.159135669.99561145.
    10.22541/au.159135669.99561145
  4. Status and prospects of marine NIS detection and monitoring through (e)DNA metabarcoding. 2020. Sofia Duarte; Pedro E Vieira; Ana Sofia Lavrador; Filipe O. Costa. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.25.114280v1.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2021/02 Novel insights into marine invertebrate biodiversity under a molecular perspective Assemble Plus
2020/12/09 Monitorizar espécies não indígenas em ecossistemas marinhos e costeiros através de abordagens moleculares: estaremos preparados? XIX SPECO
SPECO (Portugal)
2020/12/09 Deteção de espécies de invertebrados não-indígenas na marina de Viana de Castelo através do uso de DNA metabarcoding XIX SPECO
SPECO (Portugal)
2020/12/09 Surveillance of non-indigenous invertebrate species in recreational marinas in the North and Center of Portugal through DNA metabarcoding TiBE 2020 Metabarcoding and Metagenomics
Universidade do Porto (Portugal)
2020/12/09 Assessing the diversity of coastal macroinvertebrate assemblages growing in artificial substrates based on morphology and DNA metabarcoding approaches TiBE 2020 Metabarcoding and Metagenomics
Universidade do Porto (Portugal)
2020/10/26 Are we ready to monitor non-indigenous species in aquatic ecosystems through DNA metabarcoding? XX congress of the Iberian Association of Limnology
(Espanha)
2019/09/10 Patterns of spatial and temporal variation in estuarine meiofaunal communities assessed through DNA metabarcoding: a case study in the Lima estuary (NW Portugal) XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies
University of Minho (Braga, Portugal)
2019/09/10 Combining artificial substrates, morphology and DNA metabarcoding for investigating macrozoobenthic communities in NW Iberia XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies. University of Minho
University of Minho (Braga, Portugal)
2019/09/10 Evolutionary insights derived from comprehensive analyses of DNA barcoding diversity in marine members of the superorder Peracarida (Crustacea: Malacostraca) XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies
University of Minho (Braga, Portugal)
2019/08/26 Broad-scale DNA barcode-based meta-species analyses of patterns of molecular variation in Amphipoda from world's oceans 18th International Colloquium on Amphipoda
University Bourgogne Franche-Comté (Dijon, França)
2019/06/17 Prominent evolutionary divide between Macaronesian islands and nearby continental coasts in multiple peracarids (Crustacea): over 60 suspected new species 8th International Barcode of Life Conference
NTNU University Museum and the Norwegian Biodiversity Information Centre (Trondheim, Noruega)
2019/04 Códigos de barras da vida Open Weekend to highschool students
Departamento de Biologia Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2019/01 The hidden secret of Macaronesia islands: how small crustaceans can answer big questions Biology Department seminars
Departamento de Biologia Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2018/08/08 Aquatic macroinvertebrates diversity and evolution: some novel perspectives after 15 years of DNA barcoding 3rd Central European Symposium for Aquatic Macroinvertebrates Research
University of Lodz (Lodz, Polónia)
2018/07/08 Surveying estuarine meiobenthos through DNA metabarcoding: a pilot study in the Lima estuary (NW Portugal) 3rd Central European Symposium for Aquatic Macroinvertebrates Research
University of Lodz (Polónia)
2017/10/08 Macaronesian islands as drivers of evolutionary diversification of two different peracaridean morphospecies III International Symposium of Ecology and Evolution
University of Federal de Viçosa (Brasil)
2017/09/04 Compiling a global DNA barcode reference library for marine amphipods (Crustacea: Amphipoda) 17th International Colloquium on Amphipoda
University of Trapani (Trapani, Itália)
2017/01 DNA barcoding unravels several cryptic species within the superorder Peracarida in Northeast Atlantic Ocean School of Natural Sciences seminars
Bangor University (Wales) (Bangor, Reino Unido)
2016/09/05 Deeply divergent DNA barcode lineages within Dynamene edwardsi (Isopoda) from the Northeast Atlantic suggest between four to eight cryptic species XIX Iberian Symposium on Marine Biology Studies
University of Porto (Porto, Portugal)
2015/09/07 First insights into phylogenetic relationships among the Atlantic and Mediterranean species of the family Hyalidae. 16th International Colloquium on Amphipoda
University of Aveiro (Aveiro, Portugal)
2015/08/18 Phylogeographic structure of Dynamene edwardsi (Crustacea: Isopoda) matches remarkably the sequential genesis of the Macaronesian islands. 6th International Barcode of Life Conference
University of Guelph (Guelph, Canadá)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021/02 - Atual Exploring the use of environmental DNA to monitor the ichthyofauna and provide data to assist fish stock assessment in the Atlantic
Coorientador
 Ciências (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2021/01 - Atual Optimization of DNA metabarcoding for the early detection and improved monitoring of non-indigenous species (NIS) in Portuguese coastal ecosystems
Coorientador
 Programa Doutoral em Biologia Molecular e Ambiental (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2021/01 - Atual Meta-species screening for genetic divergence and phylogeographic reconstruction in Atlantic marine fish species
Coorientador
 Programa Doutoral em Biologia Molecular e Ambiental (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2021 - Atual Develop a semi-automated system to evaluate species discrimination ability of genetic markers
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020/04 - Atual Development of a user-friendly interface for DNA barcode compilation and assembly of a reference library
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020/01 - Atual Broad-scale DNA barcode-based meta-species analyses of patterns of molecular variation in marine invertebrates
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021/05 - 2021/07 Use of bioinformatics tools to audit a DNA barcoding reference library of marine invasive species from Europe
Coorientador
 Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2021/05 - 2021/07 The use of DNA metabarcoding for the detection and monitoring of exotic species in marine and coastal ecosystems
Coorientador
 Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2021/04 - 2021/07 Compilation of a Macaronesian marine invertebrate species library from a molecular perspective
Orientador
 Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2019/03 - 2019/06 Biodiversity of the marine invertebrates of Moroccan coasts.
Orientador
 Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2019/03 - 2019/06 Biodiversity of the marine invertebrates of the islands of Macaronesia
Orientador
 Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2019/03 - 2019/06 Monitoring of native and non-indigenous species (NIS) in coastal ecosystems based on molecular tools
Coorientador
 Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2019 Compilation, gap analyses and evaluation of species discrimination ability of reference libraries of DNA barcodes
Coorientador
 Bioinformática (Curso de aperfeiçoamento / especialização)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2019 Broad-scale DNA barcode-based meta-species analyses of patterns of molecular variation in marine Amphipoda (Crustacea)
Coorientador
 Bioinformática (Curso de aperfeiçoamento / especialização)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2019 Development of a semi-automated system for auditing and annotation of reference DNA barcode libraries
Coorientador
 Bioinformática (Curso de aperfeiçoamento / especialização)
Universidade do Minho, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2020/02/06 - 2020/03/18 Organizer and tutor of the "R SESSIONS": it consists of 6 advanced courses to learn R - https://cbma.uminho.pt/events/rsessions/ (2020/02/06 - 2020/03/18)
Oficina (workshop) (Presidente da Comissão Organizadora)
 Universidade do Minho Centro de Biologia Molecular e Ambiental, Portugal
2020/02/19 - 2020/02/19 Invited to organize and teach the workshop "Introduction to DNA barcoding Bioinformatics" during the "Bioinformatics Open Days" conference: http://www.bioinformaticsopendays.com/ (2020/02/19 - 2020/02/19)
Oficina (workshop) (Presidente da Comissão Organizadora)
 Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2019/09/09 - 2019/09/12 Staff member and chair of two sessions: "XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies (SIEBM XX)". University of Minho, Braga, Portugal. September 09-12, 2019: 20thsiebm.org. (2019/09/09 - 2019/09/12)
Conferência (Coorganizador)
 Universidade do Minho, Portugal
2019/08/30 - 2019/08/30 Co-organizer and co-tutor of the "BOLD" Workshop that occurred during the "18th International Colloquium on Amphipoda": https://blog.u-bourgogne.fr/ica2019/bold-workshop/ (2019/08/30 - 2019/08/30)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 Université de Bourgogne, França
2015/09/07 - 2015/09/11 Organizing committee. 16th International Colloquium on Amphipoda. 16ica.web.ua.pt. (2015/09/07 - 2015/09/11)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Aveiro, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2021/06/15 - Atual NIS-DNA: developing and implementing DNA-based tools for detection and monitoring of non-indigenous species (NIS) in Portuguese coastal ecosystems
Simpósio
 Biological Invasions in the Red Sea: emerging challenges and opportunities
King Abdullah University of Science and Technology, Arábia Saudita
2021/02/08 - 2021/02/12 Invited as a lecturer to the advanced course: "Plankton in a changing World" from the University of Aveiro
Oficina (workshop)
 Plankton in a changing World
Universidade de Aveiro, Portugal
2020/11 - 2020/11 Noite dos Investigadores: "Será que consegues encontrar espécies invasoras através do seu ADN nos portos de Portugal?".
Outro
 Noite dos Investigadores
2019/06 - 2019/06 Invited to the Hackathon on "Marine invertebrate biodiversity" to compile and edit data from the database BOLD.
Oficina (workshop)
 Hackathon on "Marine invertebrate biodiversity"
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Universitetsbiblioteket, Noruega
2019/02/28 - 2019/03/01 Invited to the DNAquaNet Workshop Meeting "HPC-HTC for metabarcoding" to discuss new bioinformatics tools to analyze metabarcoding data
Oficina (workshop)
 DNAquaNet Workshop Meeting "HPC-HTC for metabarcoding"
IN2P3’s Computing Centre , França
2018/12 - 2018/12 Participation in the DNAquaNet & EnvMetaGen Workshop "Mainstreaming molecular approaches in national environmental monitoring programs of aquatic ecosystems and biodiversity". Porto, Portugal, 2018.
Simpósio
 Mainstreaming molecular approaches in national environmental monitoring programs of aquatic ecosystems and biodiversity
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2021/09/28 Mitochondrial DNA phylogeography of African lineages
Arguente principal
 Luísa Carolina Azevedo de Sá (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Arbitragem científica em conferência

Nome da conferência Local da conferência
2021/01 - 2021/02 1st DNAQUA International Conference DNAqua-Net Management Team & INRAE, France & University of Duisburg-Essen, Germany

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2021/01 - Atual Life MDPI

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2019/02 - 2019/05 Biogeography Geografia e Planeamento (Licenciatura) Universidade do Minho - Campus de Azurém, Portugal
2019/02 - 2019/04 Biodiversity and Global Changes Biologia Aplicada (Licenciatura) Universidade do Minho, Portugal
2018/09 - 2019/02 Molecular Ecology Ecologia (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2019/11 iBOL Barcode bulletin, highlighted in National activities (November 2019): https://ibol.org/barcodebulletin/nation-activities/dna-barcoding-at-the-iberian-symposium-on-marine-biology-studies/ iBOL Barcode bulletin
2019/06/10 Uma equipa, que inclui três investigadores da Universidade do Minho (UMinho) e outros da Universidade de Aveiro, em conjunto com investigadores do Brasil, Itália e Reino Unido, descobriu 34 novas espécies de invertebrados marinhos nos arquipélagos dos Açores, Madeira e Canárias (a Macaronésia), que não existem em mais nenhum local do mundo. Correio do Minho
2019/06/07 Uma equipa das universidades do Minho e Aveiro, em conjunto com investigadores do Brasil, Itália e Reino Unido, descobriu 34 novas espécies de invertebrados marinhos nos arquipélagos dos Açores, Madeira e Canárias (a Macaronésia), que não existem em mais nenhum local do mundo. Correio dos Açores
2019/06/04 Uma equipa das universidades do Minho e Aveiro, em conjunto com investigadores do Brasil,Itália e Reino Unido, descobriu 34 prováveis novas espécies de invertebrados marinhos nos arquipélagos dos Açores, Madeira e Canárias (a Macaronésia), que não existem em mais nenhum local do mundo. Diário do Minho
2019/04 iBOL Barcode bulletin, highlighted in research section (April 2019): https://ibol.org/barcodebulletin/research/the-diversification-and-evolution-of-marine-invertebrates-in-oceanic-islands. doi: 10.21083/ibol.v9i1.5477. iBOL Barcode bulletin

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2020/03 - 2020/03 Euronews What's killing our underwater ecosystems
2019/06/06 - 2019/06/06 UM I&D Programa sobre ciência

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2022 - 2022 animals (2076-2615) MDPI
2021 - 2021 Diversity MDPI
2021 - 2021 Peerj (2167-8359) PeerJ
2021 - 2021 Life (2075-1729) MDPI
2021 - 2021 Zookeys (1313-2970) Pensoft
2020 - 2021 Thalassas: An International Journal of Marine Sciences Springer
2019/01 - 2021 Scientific Reports (2045-2322) Springer Science and Business Media LLC
2019/10 - 2019/12 NeoBiota (1314-2488) Pensoft Publishers
2019/09 - 2019/10 Continental Shelf Research (0278-4343) Elsevier
2019/04 - 2019/08 PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2019/05 - 2019/05 BioInvasions Records (2242-1300) Regional Euro-Asian Biological Invasions Centre Oy - REABIC

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2020/05 - 2020/07 Biologia Aplicada Vitor Alves
2015 - 2015 First insights into phylogenetic relationships among the Atlantic and Mediterranean species of the family Hyalidae Andrea Desiderato