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I am a Master and PhD student in Biomedical Engineering (BME), with 4 years of experience in BME research focused on wearable sensing, biomedical signal processing, and machine learning for BME applications. My professional experience in BME dates back to 2017, starting with my MSc thesis, in which novel contributions were made to the field of human activity recognition. Since 2019, I have been a Researcher at IT, developing research in the field of epileptic seizure detection and prediction at the Pattern and Image Analysis (PIA) group, in collaboration with Hospital de Santa Maria and Hospital Egas Moniz. I have done 1 int'l academic exchange (at the Politecnico di Milano), and participated in 4 research and development projects (one int'l). In my assignments I actively contribute to the training and to the career of young professionals, as shown by the mentoring of 3 MSc thesis, and 29 MSc students. In addition, I collaborated in 2 editions of a MSc-level course on machine learning, and offered 1 int’l and 4 national courses and seminars. My work has also involved relevant associative duties, having served as president of the biomedical engineering student group at FCT/UNL for the 2016-2017 term. I participated in editorial, reviewing, and conference organisation activities, examples including being a reviewer for Int’l Conf. on Pattern Recognition (ICPR) in 2020, and one of the organizers of ENEEB 2016. Throughout my years as a researcher and academic, I co-authored articles in peer-reviewed journals (1 as first author in a Q1 journal and 1 as co-author in a Q2 journal), 3 national and 1 international conference paper (with scientific refereeing), and 1 technical report. I’ve had a fair share of traveling and learning amidst leading BME academia and industry at a national and int'l level, which enabled me to develop an eclectic spirit, and create a solid network of contacts. I also contribute on a regular base with software and other assets made available to the community at large via GitHub.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Mariana Lima Lourinho Teixeira de Abreu
Género
Feminino

Nomes de citação

  • Abreu, Mariana

Identificadores de autor

Ciência ID
FF1F-BCE1-43AD
ORCID iD
0000-0002-9340-6610

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Médica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2019/02/04 - 2023/09/10
Em curso
Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"A Multimodal Approach for Predicting and Monitoring Epilepsy" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2013/09/10 - 2018/11/30
Concluído
Engenharia Biomédica (Mestrado integrado)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
"Bringing Higher Definition to Human Activities Monitoring" (TESE/DISSERTAÇÃO)
17
2016/09 - 2017/02
Frequentou
Biomedical Engineering (Laurea Magistrale)
Especialização em Erasmus
Politecnico di Milano - Milano Leonardo, Itália
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021/10/01 - Atual Investigador (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
(...)
2019/02/01 - 2021/09/30 Investigador (Investigação) Instituto de Telecomunicações, Portugal
Instituto de Telecomunicações, Portugal
2018/02/01 - 2019/01/31 Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Associação Fraunhofer Portugal Research, Portugal
Associação Fraunhofer Portugal Research, Portugal
2017/07 - 2017/09 Estagiário de Investigação (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal
2015/01 - 2015/02 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Biofísica e Engenharia Biomédica, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biofísica e Engenharia Biomédica, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019/04/01 - Atual PreEpiSeizures
PreEpiSeizures
Bolseiro de Doutoramento
Instituto de Telecomunicações, Portugal

Hospital de Santa Maria, Portugal

Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental EPE Serviço de Neurologia, Portugal
Instituto de Telecomunicações
Em curso
2020/01/29 - 2021/12/31 NICE HOME - Non-Invasive Fog-Cloud Enabled HOme Monitoring for Elders
IT EEA/50008 NICE-HOME
Instituto de Telecomunicações Lisboa
Em curso
2019/05/08 - 2020/05/31 ScientIST - Scientific Experiments in Biomedical Engineering Supported by Mobile Devices and IoT
PIP 1018P.05667.1.01/CC3311
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico
Concluído
2018/02/01 - 2018/11/30 HDHAM
BIC/FhP-17/006
Bolseiro de Iniciação Científica
Associação Fraunhofer Portugal Research, Portugal
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2020/02/01 - 2021/09/30 NICE HOME
Investigador
Instituto de Telecomunicações, Portugal
Instituto de Telecomunicações
Em curso
2019/02/01 - 2020/12/31 XIPHY
Bolseiro de Investigação
Instituto de Telecomunicações, Portugal
Xinhuanet Future Media Convergence Institute (FMCI)
Em curso
2018/02 - 2018/12 DEM
Bolseiro de Iniciação Científica
Associação Fraunhofer Portugal Research, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Ana Sofia Carmo; Abreu, Mariana; Hugo Humberto Plácido da Silva; Ana L. N. Fred. "Automatic Detection of Tonic-Clonic and Myoclonic Epileptic Seizures Using Prefrontal Electroencephalography (EEG)". Trabalho apresentado em 34th IEEE CBMS International Symposium on Computer-Based Medical Systems, 2021.
    Submetido
  2. Abreu, Mariana; Barandas, Marília; Leonardo, Ricardo; Gamboa, Hugo. "Detailed Human Activity Recognition based on Multiple HMM". Trabalho apresentado em BIOSTEC, Praga;, 2019.
    Publicado • 10.5220/0007386901710178
Artigo em revista
  1. Abreu, Mariana; Carmo, Ana Sofia; Peralta, Ana Rita; Sá, Francisca; Plácido da Silva, Hugo; Bentes, Carla; Fred, Ana Luísa. "PreEpiSeizures: description and outcomes of physiological data acquisition using wearable devices during video-EEG monitoring in people with epilepsy". Frontiers in Physiology 14 (2023): http://dx.doi.org/10.3389/fphys.2023.1248899.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fphys.2023.1248899
  2. Vicente M. Garção; Mariana Abreu; Ana R. Peralta; Carla Bentes; Ana Fred; Hugo P. da Silva. "A novel approach to automatic seizure detection using computer vision and independent component analysis". Epilepsia (2023): https://doi.org/10.1111/epi.17677.
    10.1111/epi.17677
  3. Larissa Montenegro; Mariana Abreu; Ana Fred; Jose M. Machado. "Human-Assisted vs. Deep Learning Feature Extraction: An Evaluation of ECG Features Extraction Methods for Arrhythmia Classification Using Machine Learning". Applied Sciences 12 15 (2022): 7404-7404. https://doi.org/10.3390/app12157404.
    10.3390/app12157404
  4. Carmo, Ana Sofia; Abreu, Mariana; Fred, Ana Luísa Nobre; da Silva, Hugo Plácido. "EpiBOX: An Automated Platform for Long-Term Biosignal Collection". Frontiers in Neuroinformatics 16 (2022): http://dx.doi.org/10.3389/fninf.2022.837278.
    Publicado • 10.3389/fninf.2022.837278
  5. Mariana Abreu; Ana Sofia Carmo; Ana Franco; Sara Parreira; Beatriz Vidal; Mariana Costa; Ana Rita Peralta; et al. "Mobile Applications for Epilepsy: Where Are We? Where Should We Go? A Systematic Review". Signals (2022): https://www.mdpi.com/2624-6120/3/1/5.
    10.3390/signals3010005
  6. Abreu, Mariana; Fred, Ana; João Valente; Hugo Faria Plácido da Silva; Chen Wang. "Morphological Autoencoders for Apnea Detection in Respiratory Gating Radiotherapy". Computer Methods and Programs in Biomedicine 195 (2020): 105675. https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2020.105675.
    Publicado
  7. Barandas, Marília; Folgado, Duarte; Fernandes, Letícia; Santos, Sara; Abreu, Mariana; Bota, Patrícia; Liu, Hui; Schultz, Tanja; Gamboa, Hugo. "TSFEL: Time Series Feature Extraction Library". SoftwareX 11 (2020): 100456. http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2020.100456.
    10.1016/j.softx.2020.100456
Relatório
  1. Abreu, Mariana; Fred, Ana; Wang, Chen; Hugo Humberto Plácido da Silva. 2020. From Detection to Prediction: A Review of Wearables and Related Devices Applicable to Epilepsy via Peripheral Measurements. https://www.researchgate.net/publication/340279429_From_Seizure_Detection_to_Prediction_A_Review_of_Wearables_and_Related_Devices_Applicable_to_Epilepsy_via_Peripheral_Measurements.
Resumo em conferência
  1. Ana Sofia Carmo; Abreu, Mariana; Hugo Humberto Plácido da Silva; Ana L. N. Fred. "EpiBOX: Uma Nova Abordagem para Aquisições de Longa Duração com Deteção Automática de Crises em Epilepsia.". Trabalho apresentado em 33º Encontro Nacional de Epileptologia, 2021.
    Publicado
  2. Beatriz Vidal; Ricardo Neto; João Matos; Frederico Araújo; Mariana Costa; Ana Catarina Franco; Abreu, Mariana; et al. "Revisão Sistemática e Caracterização de Aplicações Móveis para Registo de Crises Epilépticas em Ambulatório". Trabalho apresentado em 33º Encontro Nacional de Epileptologia, 2021.
    Publicado
  3. Abreu, Mariana; Fred, Ana; João Valente; Hugo Humberto Plácido da Silva. "Detection of Apnea in Respiratory Signals". Trabalho apresentado em International Meeting of the Portuguese Society of Physiology, Lisbon, 2019.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. Abreu, Mariana. "Bringing Higher Definition to Human Activities Monitoring". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2018.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Garção, Vicente; Hugo Humberto Plácido da Silva; Ana L. N. Fred; Abreu, Mariana; RITA MARTINS TERESO BORGES DA SILVA; António Azeitona; Filipa Baltazar; Kihara Pata. 2022. "UNOBTRUSIVE METHOD AND DEVICE FOR SEIZURE DETECTION". Portugal.
    Pendente
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2020/10/04 Workshop Lectured - Physiological Computing 55º Congresso Anual da SBFIS
Sociedade Brasileira de Fisiologia (Brasil)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2019/01/28 - 2019/01/28 Workshop Lectured - Time Series Feature Extraction Library and Machine Learning (2019/01/28 - 2019/01/28)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
Associação Fraunhofer Portugal Research, Portugal
2017/02 - 2017/02 Jortec Biomédica 2017 - One day of talks and round table organised by students for students, where up-and-coming technologies and the recent advancements in biomedicine are portrayed and debated. (2017/02 - 2017/02)
Outro (Presidente da Comissão Organizadora)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2015/09 - 2016/03 Encontro Nacional de Estudantes de Engenharia Biomédica (ENEEB 2016) (2016/03/03 - 2016/03/06)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
Universidade Nova de Lisboa Departamento de Física, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2020/07/20 - 2020/07/20 Workshop Lectured - Signal Processing and Machine Learning
Oficina (workshop)
CEIIA Summer School
Centro de Engenharia e Desenvolvimento, Portugal
2020/04/01 - 2020/05/17 A month-long challenge on seizure prediction using the TUH EEG Seizure dataset.
Concurso
Neureka 2020 Epilepsy Challenge
Temple University Hospital, Estados Unidos
2020/02/29 - 2020/02/29 Workshop Lectured - Introduction to Biomedical Instrumentation and Data Science
Oficina (workshop)
Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
2017/04 - 2018/02 Ebimed Project - Braço Otimizado de Cadeira de Rodas para Pacientes Pós-AVC
Outro

Arbitragem científica em conferência

Nome da conferência Local da conferência
2021/01/10 - 2021/01/15 ICPR 2020 Milão

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2020/02/17 - 2020/06/30 Teaching Assistant in the lab classes for "Machine Learning in Bioengineering" Engenharia Biomédica (Mestrado integrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/09 - 2019/12 Teaching Assistant for the classes "Introduction to Biomedical Engineering" Ciências de Engenharia - Engenharia Biomédica (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2014/03 - 2017/03 Núcleo de Biomédica da Nova Presidente (2016-2017)

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/03/01 - 2021/12/31 MSc Thesis Project - Multimodal Pervasive Monitoring of Epilepsy at Home Vicente Garção
2021/03/01 - 2021/06/01 MLB Course Project - Exploration of Supervised Learning Methods for the Identification of epileptic seizures João Saraiva, Débora Albuquerque
2020/09/15 - 2021/06/01 MSc Thesis Project - Human-Assisted vs Deep learning Feature Extraction: an evaluation of ECG feature extraction methods for arrhythmia classification using machine learning Larissa Montenegro
2020/10/01 - 2021/01/20 PEB Course Project - Self-monitoring Epilepsy Beatriz Filipe, Catarina Passarinho, Joana Vera-Cruz, Manuel Lopes, Miguel Guerreiro
2020/09/30 - 2021/01/20 PEB Course Project - Monitoring Epilepsy During the Night Vicente Garção, Rita Silva, Filipa Baltazar, Guilherme Pata, António Azeitona
2020/02 - 2021/01/18 MSc Thesis Project - EpiBOX: A Novel Approach to Long-Term Data Acquisition with Automatic Seizure Detection in Epilepsy Ana Sofia Cacais do Carmo
2020/10/01 - 2021/01/10 IEB Course Project - Systematic Review of Mobile Applications for Epilepsy Beatriz Vidal, João Matos, Frederico Araújo, Ricardo Neto, Mariana Costa, Guilherme Gaspar
2020/10/01 - 2021/01/10 IEB Course Project - Automatic Detection of Anomalies in ECG Signal Carolina Carvalhal, Inês Brites, Inês Cardoso, Inês Mota, Isabel Macedo, Mariana Pereira
2020/03/01 - 2020/06/30 MLB Course Project - Exploration of Unsupervised Learning Methods for the Identification of epileptic seizures Tomás Cordovil, Pierre Mougenot, Joana Catarino