JOÃO MIGUEL OLIVEIRA PACHECO (5A10-3FAC-8326)

Curriculum Vitae

JOÃO MIGUEL OLIVEIRA PACHECO

JOÃO MIGUEL OLIVEIRA PACHECO. Concluiu o(a) Mestrado em Genética Molecular em 2015 pelo(a) Universidade do Minho e Doctor of Philosophy em Infection Biology em 2020/01/17 pelo(a) University College Dublin. É Investigador Contratado no(a) GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto. Publicou 4 artigos em revistas especializadas. Recebeu 3 prémio(s) e/ou homenagens. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Ciências Naturais::Ciências Biológicas; C. albicans; candidiasis; carbon adaptation; lactate; alternative carbon sources; RLM1; cell wall remodeling; Science & Technology; Candida; Science Slam; .

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: JOÃO MIGUEL OLIVEIRA PACHECO

Nomes de citação

OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO

Identificadores de autor

Ciência ID: 5A10-3FAC-8326
ORCID iD: 0000-0002-1894-3002
Researcher Id: AAJ-9043-2021
Scopus Author Id: 57202267653

Endereços de correio eletrónico

jpacheco@fc.up.pt (Profissional)

Websites

https://www.linkedin.com/in/jmopacheco/ (Rede social)
https://www.fc.up.pt/GreenUPorto/en/integrated-researchers/joao-oliveira-pacheco/ (Profissional)
https://twitter.com/jmopacheco (Rede social)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
Ciências Agrárias - Agricultura, Silvicultura e Pescas - Ciência dos Solos
Ciências Naturais - Ciências Biológicas
Ciências Médicas e da Saúde - Ciências da Saúde - Doenças Infeciosas
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B2)

Formação

	Grau	Classificação
2016/03/01 - 2020/01/17 Concluído	Infection Biology (Doctor of Philosophy) Especialização em Host pathogen interactions, Pathogen Genomics, Transcriptomics University College Dublin, Irlanda "Gene editing and virulence of pathogenic yeast Candida tropicalis" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2015/07 - 2015/09 Concluído	Intern Researcher (Outros) Especialização em Food Science - Molecular biology International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
2015 Concluído	Genética Molecular (Mestrado) Especialização em Sem especialização Universidade do Minho, Portugal "The impact of carbon source in Candida albicans virulence: participation of RLM1 in pathogen host interaction" (TESE/DISSERTAÇÃO)	19 valores

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2020/11/20 - Atual	Investigador Contratado (Investigação)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2017/03 - 2017/03	Investigador visitante (Investigação)	Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie eV Hans-Knöll-Institut, Alemanha
	Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie eV Hans-Knöll-Institut, Alemanha
2016/06 - 2016/06	Investigador visitante (Investigação)	Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie eV Hans-Knöll-Institut, Alemanha
	Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie eV Hans-Knöll-Institut, Alemanha
2015/07 - 2015/09	Estagiário de Investigação (Investigação)	International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
	International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/11/28 - Atual	Assistente (Docente Universitário)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019/10/01 - 2020/03/31	Assistente Convidado (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal
	Universidade do Minho Departamento de Biologia, Portugal
2017 - 2019	Monitor (Docente Universitário)	University College Dublin, Irlanda
	University College Dublin School of Biomolecular and Biomedical Science, Irlanda

Projetos

Projeto

	Designação	Financiadores
2023/06/01 - Atual	Leveraging COPPEr Resistance microbial community for AnTmicrobial byproduct productION: Exploring Soil Microbiome Contamination Interactions interno Investigador responsável GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto Em curso
2023/01/01 - Atual	WHEATBIOME: Unravelling the potential of the wheat microbiome for the development of healthier, more sustainable and resilient wheat-derived food & feed products Grant agreement ID: 101084344 Investigador GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal REQUIMTE LAQV Porto, Portugal	European Commission Em curso
2022 - Atual	2Improve: Boost the potential of resistant indigenous plant growth-promoting rhizobacteria to improve crop productivity and soil quality in Estarreja and Baixo Vouga Lagunar affected agroecosystems OHM-E/2022/Proj. 1 Co-Investigador Responsável (Co-IR) GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal	Labex DRIIHM Centre National de la Recherche Scientifique Em curso
2024/01/01 - 2029/12/31	LivingSoiLL- Healthy Soil to Permanent Crops Living Labs 101157502 Investigador Pós-doutorado GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal	European Commission Em curso
2022/01/24 - 2023/02/28	Green rehabilitation system for burned soils based on the inoculation of native cyanobacteria and microalgae PCIF/RPG/0077/2017 Investigador Pós-doutorado GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2016/03/01 - 2019/09/06	Candida tropicalis and host marker genes in host interaction - From Omics to Patient: Improving Diagnostics of Pathogenic Yeasts Grant agreement ID: 642095 DOI Bolseiro de Doutoramento University College Dublin, Irlanda	European Commission Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Pacheco, João Oliveira; Alves, Rosana Maria Abreu; Rodrigues, Bruno Miguel Cerqueira; Paiva, Sandra; Silva, Sónia Carina; Henriques, Mariana; Pais, Célia; Sampaio, Paula. "Metabolic plasticity as a strategy for virulence: participation of Candida albicans transcription factor RLM1 in host-pathogen interaction". 2017.
Artigo em revista	Caoimhe E. O’Brien; Slavena Vylkova; João Oliveira-Pacheco; Eoin Ó Cinnéide; Max A. B. Haase; Chris Todd Hittinger; Thomas R. Rogers; et al. "Population genomics of the pathogenic yeast Candida tropicalis identifies hybrid isolates in environmental samples". PLOS Pathogens 17 3 (2021): e1009138-e1009138. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009138. 10.1371/journal.ppat.1009138 OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO. "Candida pathogens induce protective mitochondria-associated type I interferon signalling and a damage-driven response in vaginal epithelial cells.". Nature microbiology (2021): https://doi.org/10.1038/s41564-021-00875-2. 10.1038/s41564-021-00875-2 Lombardi, L.; Oliveira-Pacheco, J.; Butler, G.. "Correction: Lombardi et al., "Plasmid-Based CRISPR-Cas9 gene editing in multiple Candida species" [mSphere, 4, 2 (2019) (e00125-19)] DOI:10.1128/mSphere.00125-19". mSphere 5 3 (2020): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85086354274&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/MSPHERE.00494-20 PACHECO, JOÃO. "Recent trends in molecular diagnostics of yeast infections: from PCR to NGS". FEMS Microbiology Reviews (2019): http://dx.doi.org/10.1093/femsre/fuz015. 10.1093/femsre/fuz015 Lisa Lombardi; João Oliveira-Pacheco; Geraldine Butler; Aaron P. Mitchell. "Plasmid-Based CRISPR-Cas9 Gene Editing in Multiple Candida Species". mSphere 4 2 (2019): https://doi.org/10.1128/mSphere.00125-19. 10.1128/mSphere.00125-19 PACHECO, JOÃO. "The Role of Candida albicans Transcription Factor RLM1 in Response to Carbon Adaptation". (2018): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01127/full. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01127 Oliveira-Pacheco, João; Alves, R.; Costa-Barbosa, Augusto; Rodrigues, Bruno Cerqueira; Silva, Patrícia Pereira; Paiva, Sandra; Silva, Sónia Carina; et al. "The role of Candida albicans transcription factor RLM1 in response to carbon adaptation". (2018): http://hdl.handle.net/1822/55726. 10.3389/fmicb.2018.01127
Poster em conferência	OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO; Duarte Crespo, Rute; Mariz-Ponte, Nuno; Anabela Cachada; Fernandes, Tânia R.; Susana M.P. Carvalho; Pereira, Ruth. "How soil properties and agronomic practices affect microbial communities in wheat production". Trabalho apresentado em 12th International Mycological Congress (IMC12), 2024. Nuno Mariz-Ponte; OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO; Inês Moura; Natasha Ortolan; Fernandes, Tânia R.; Pereira, Ruth; Susana M.P. Carvalho. "Isolation and identification of potential Plant growth promoters (PGPs) from Wheat plants cultivated in different Geographic regions.". Trabalho apresentado em Plant BioProTech & IOBC-IR, 2024. Lima, Sonny; OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO; Ganilho, Catarina; Duarte Crespo, Rute; Andreani, Tatiana; Godinho, Mariana; Pereira, Sofia; Pereira, Ruth. "Effect of soil biofertilizer in the functional profile of the soil microbial community through Biolog Assay". Trabalho apresentado em Encontro de Investigação Jovem da U.Porto – IJUP, 2024.
Resumo em conferência	OLIVEIRA-PACHECO, JOÃO; Rodríguez-Seijo, Andrés; Cachada, Anabela; Reis, Luis; Raposo, Jorge; Pissarra, João; Roque, Jessica; et al. "Native soil microalgae and cyanobacteria consortium as a nature-based solution for the immediate protection of burnt soils". Trabalho apresentado em TERRAENVISION 2022, Utrecht, 2022. Publicado
Tese / Dissertação	"Gene editing and virulence of pathogenic yeast Candida tropicalis". Doutoramento, University College Dublin Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Research, 2019. Pacheco, João Miguel Oliveira. "The impact of carbon source in Candida albicans virulence: participation of RLM1 in pathogen host interaction". Mestrado, 2015. http://hdl.handle.net/1822/39738.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2024/08/13	Wheatbiome project: Exploring the crosstalk between soil properties, cultivars, agronomic practices and microbiome for a sustainable wheat production	Joint Conference of ISEH ICEPH & ISEG on Environment and Health ISEH ICEPH & ISEG (Galway, Irlanda)
2024/07/03	Exploring the interactions between soil properties, cultivar, management practices and microbial community physiological profile in wheat production - the WHEATBIOME project	Encontro Anual Ciências dos Solos Sociedade Portuguesa da Ciência dos Solos (Porto, Portugal)
2023/02/27	Native soil microalgae and cyanobacteria consortium as a nature-based solution for the immediate protection of burnt soils.	FCUP (Porto, Portugal)
2023	Native soil microalgae and cyanobacteria consortium as a nature-based solution for the immediate protection of burnt soils.	TERRAenVISION, Campus Utrecht University, Utrecht, The Netherlands. (Utrecht, Países Baixos)
2020/05/07	Gene editing and virulence of pathogenic yeast Candida tropicalis	Host-fungus interactions and virulence CBMA - University of Minho (Braga, Portugal)
2019/04/09	Development of a CRISPR gene editing system for Candida tropicalis	Annual conference of Microbiology Society, Belfast, April 2019 Microbiology Society (Belfast, Reino Unido)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2022 - 2023	Impact of salt stress on maize growth in Baixo Vouga Lagunar agricultural field and isolation of halotolerant rhizosphere, rhizoplane and endophyte bacteria. Coorientador	Environmental Contamination and Toxicology - ERASMUS MUNDUS (Mestrado) GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2021/09/23 - 2022/09/02	Impact of copper on the microbial community of vineyard soil. Orientador	Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/05/07 - 2021/07/16	Evaluation of the impact of consortia of microorganisms isolated from Carpobrotus roots on the resilience of bean plants (Phaseolus vulgaris L.) to saline conditions. Orientador	Biotecnologia (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico de Coimbra Escola Superior Agrária de Coimbra, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2024/11/19 - Atual	Week of "Ciência Viva": GreenUPorto Open Lab 2024 (2024/11/19) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2024/10/24 - Atual	Workshop Co-creation of Living Lab Luso-Galaico. This workshop was organised as part of the European project: LivingSoiLL - Healthy Soil to Permanent Crops Living Labs project. (2024/10/25) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Investigação e de Tecnologias Agro-Ambientais e Biologicas, Portugal
2022/01/11 - Atual	New cycle of International Seminars called "Agrifood talks: what´s shaking the field", where we invented international Researchers, mainly GreenUPorto collaborators, to share the latest news on the field. (2022/01/11 - 2022/07/27) Seminário (Coorganizador)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2023/12/13 - 2025/07/17	A new cycle of seminars has been established to strengthen collaboration efforts between GreenUPorto and CITAB. Event where PhD students and fellowship members presented their work to GreenUPorto community and collaborators. (2024 - 2025) Seminário (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Investigação e de Tecnologias Agro-Ambientais e Biologicas, Portugal
2024/07/03 - 2024/07/05	Encontro Anual das Ciências do Solo 2024. Evento organizado pela Faculdade de Ciências da Universidade do Porto e pelo GreenUPorto, em parceria com a Sociedade Portuguesa da Ciência do Solo a realizar na Universidade do Porto de 3 a 5 de julho de 2024, subordinado ao tema “Solo como pilar de uma só saúde”. (2024/07/03 - 2024/07/07) Conferência (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2023 - 2023	Week of "Ciência Viva": GreenUPorto Open Lab (2023 - 2023) Exposição (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2022/07/21 - 2022/07/22	The international conference - Smart and Circular Agriculture towards Sustainability (SCAS) - organised by GreenUPorto/ Inov4Agro of the Faculty of Sciences of the University of Porto, took place on 21 and 22 July 2022 in Porto and was attended by around 100 participants from 14 countries. (2022/07/21 - 2022/07/21) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2021/03/24 - 2021/12/15	GreenUPorto Scientific Seminars. Event where PhD students and fellowship members presented their work to GreenUPorto community and collaborators. (2021/03/24 - 2021/12/15) Seminário	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2019/05/16 - 2019/05/24	Volunteer organizer of the Opathy final meeting held at La Colle sur Loup (France) during May 16-24, 2019 (2019/05/16 - 2019/05/24) Conferência (Membro da Comissão Organizadora)	University College Dublin, Irlanda
2018/03/13 - 2018/03/16	Organizer of Winter school on Scientific writing held at UCD (Dublin, Ireland) during March 13-16, 2018 (2018/03/13 - 2018/03/16) Oficina (workshop) (Coorganizador)	University College Dublin, Irlanda

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2024/07/15 - 2024/09/20	Introdução ao R e Análise de Metabarcoding Oficina (workshop)	Introdução ao R e Análise de Metabarcoding Universidade do Porto GreenUPorto Centro de Investigação em Produção Agroalimentar Sustentável, Portugal
2024/08/11 - 2024/08/15	12th International Mycological Congress (IMC12). The International Mycological Association, together with the Dutch Mycological Society and in collaboration with the Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, organised the 12th International Mycological Congress (IMC12), which took place on 11-15 August 2024 in Maastricht, Netherlands. The main aims of the International Mycological Congress are to engage the youth, facilitate face-to-face meetings, and to organize hands-on workshops in mycology. Conferência	12th International Mycological Congress (IMC12) International Mycological Association, Países Baixos Netherlands Mycological Society, Países Baixos Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, Países Baixos
2023/07/04 - 2023/07/05	WorkShop Meta_Microbial Oficina (workshop)	WorkShop Meta_Microbial Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental da Madeira, Portugal
2019/05/16 - 2019/05/24	8th FEBS Advanced lecture Course on Human Fungal Pathogen 2019 – Final Opathy consortium meeting, Nice, May 2019 (Poster presentation) Conferência	FEBS Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens
2018/04/15 - 2018/04/19	ASM Candida and Candidiasis, Providence, USA, April 2018 (Poster presentation) Conferência	ASM Candida and Candidiasis American Society for Microbiology, Estados Unidos
2017/05/13 - 2017/05/19	FEBS Advanced lecture Course on Molecular Mechanisms of Host-pathogen Interactions Conferência	FEBS Molecular Mechanisms of Host-pathogen Interactions
2017/03 - 2017/03	Speaker in Science Slam – representing consortium Opathy ITN, Barcelona, March 2017. Concurso	Science Slam Barcelona Centre de Regulació Genòmica, Espanha
2017/03 - 2017/03	Speaker in Science Slam MiCom conference, Jena, March 2017 Conferência	Speaker in Science Slam MiCom conference Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie eV Hans-Knöll-Institut, Alemanha

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2024/12/05	Exploring the use of biological control agents against powdery mildew and anthracnose in strawberry Arguente principal	Gonçalo Manuel Ferreira Dias Correia (Mestrado) GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2022/05/09 - Atual	Frontiers in Nutrion (2296-861X)	Frontiers

Comissão de avaliação

	Descrição da atividade Tipo de assessoria	Instituição / Organização	Entidade financiadora
2023/12/13 - 2024/07/17	Sustainable Agrifood Production Seminars (monthly) Avaliador	GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2023/12/04 - Atual	Curricular Unit of Soil Sciences, in Soil Assessment and Remediation Master's Degree, in the academic year 2023/2024.	CAMB4000 (Mestrado)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/11/28 - 2023/01/16	Curricular Unit of Ecology and Ecotoxicology of Soils, in the master's degree in Soil Assessment and Remediation, in the academic year 2022/2023.	Avaliação e Remediação de Solos (Mestrado integrado)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019/10 - 2020/03	Molecular Biology	Bioquímica (Licenciatura)	Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2020/03	Animal Physiology	Bioquímica (Licenciatura)	Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2020/03	Metabolism and Bioenergetics	Biologia e Geologia (Licenciatura)	Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2019	Molecular Genetics and Biotech	Molecular Genetics and Biotech (Bachelor)	University College Dublin, Irlanda
2017 - 2019	Genetic Basis of Disease	Genetic Basis of Disease (Bachelor)	University College Dublin, Irlanda

Membro de associação

	Nome da associação	Tipo de participação
2017 - Atual	Microbiology Society membership	Membership

Distinções

Prémio

2023	Great Green Minds - 10k for research GreenUPorto, Faculty of Science of University of Porto, Portugal
2019	Travel award funded by Microbiology Society for oral communication at Annual conference of Microbiology Society, Belfast UK, April 2019. Microbiology Society, Reino Unido
2017	1st Place in Science Slam MiCom conference Science Slam MiCom, Alemanha
2017	2nd Place in Science Slam Barcelona BCN Science Slam, Espanha