Carlos Jorge Andrade Mariz Santiago (6016-3A42-8D46)

Curriculum Vitae

Carlos Jorge Andrade Mariz Santiago

Carlos Santiago is an assistant researcher at Institute for Systems and Robotics (ISR/LARSyS) and Invited Assistant Professor at Instituto Superior Tecnico (IST). He has a MSc in Biomedical Engineering and a PhD in Electrical and Computer Engineering from IST, Universidade de Lisboa. Over the past few years, Carlos has worked on several research topics related to image analysis, computer vision, and machine learning, pushing the scientific envelope in key areas such as healthcare and smart cities. These topics are being addressed in the scope of both national and international projects in collaboration with health institutions, industry partners, and other research centers. Specifically, he is working on: breast cancer detection, with Hospital Fernando Fonseca; cardiac MRI segmentation, with Luz Saude; skin cancer prognosis, with I3S Ipatimup; video analysis from multiple cameras, with Italy's National Research Council; efficient deep learning strategies, with the Australian Institute for Machine Learning; and multimodal retrieval and recommendation in e-commerce, with Carnegie Mellon University, Universidade Nova de Lisboa, and FARFETCH. His contribution to these projects is on the development of artificial intelligence systems to help humans seamlessly process large amounts of data using AI. In this context, Carlos has already published 11 papers in top international journals (including 3 papers in IEEE TIP and 1 in IEEE PAMI) and over 20 papers in international conferences. Nowadays, most state-of-the-art methods in computer vision rely on deep neural networks (DNNs). Through his experience with the ongoing projects, Carlos believes that, while DNNs achieve outstanding results, they face a major challenge in real-world problems: most training datasets are either too small, imbalanced, or noisy for DNNs to reach their full potential. These drawbacks will hamper technology transfer of this type of AI models to our everyday life. His research interests aim to address the above challenges by making the learning process of DNNs more efficient and robust, while making these models more interpretable. Achieving these goals has the potential to boost the success of deep learning on many real-world applications.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Carlos Jorge Andrade Mariz Santiago

Nomes de citação

Santiago, Carlos

Identificadores de autor

Ciência ID: 6016-3A42-8D46
ORCID iD: 0000-0002-4737-0020
Google Scholar ID: f17rSrgAAAAJ
Scopus Author Id: 55249635100

Endereços de correio eletrónico

carlos.santiago@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)

Telefones

Telefone

218418270 (Profissional)

Moradas

Instituto Superior Técnico. Av. Rovisco Pais, 1, 1049-001, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

https://sites.google.com/tecnico.ulisboa.pt/carlossantiago (Profissional)
https://scholar.google.com/citations?user=f17rSrgAAAAJ&hl=en (Académico)

Domínios de atuação

Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Médica
Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Eletrotécnica, Eletrónica e Informática

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)

Formação

	Grau	Classificação
2017/07/07 Concluído	Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Segmentation of the Left Ventricle in Cardiac Magnetic Resonance" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Pass with Distinction and Honour
2011/11/04 Concluído	Engenharia Biomédica (Mestrado integrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Adjustment of Deformable Models to Organ Surfaces in 3D Images" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/09/01 - Atual	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

2023/04/17 - 2023/08/31	Investigador Contratado (Investigação)	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2021/02/01 - 2023/04/16	Investigador Contratado (Investigação)	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

2017/08/18 - 2021/01/31	Pós-doutorado (Investigação)	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

2017/05/18 - 2017/08/17	Investigador (Investigação)	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2020/09/01 - Atual	Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2013/05/01 - 2017/04/30	PhD Grant	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal

2012/02/01 - 2013/04/30	Researcher - "HEARTRACK" project	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

2011/05/01 - 2011/10/31	Research grant - "HEARTRACK" project	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

2010/02/01 - 2010/06/30	Research grant - "Dyablo" project	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2018/01/01 - 2019/12/31	MULTIDRONE: MULTIple DRONE platform for media production 731667 Investigador Pós-doutorado Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal University of Bristol, Reino Unido Thales Communications and Security SAS, França Aristotle University of Thessaloniki, Grécia Universidad de Sevilla, Espanha Deutsche Welle, Alemanha Radiotelevisione Italiana, Itália	EU Framework Programme for Research and Innovation ICT Leadership in Enabling and Industrial Technologies Concluído
2016/07/01 - 2019/12/31	SPARSIS: SPARSE MODELING AND ESTIMATION OF MOTION FIELDS PTDC/EEI-PRO/0426/2014 Investigador Pós-doutorado Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal Instituto de Telecomunicações, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2017/08/18 - 2018/12/31	Laboratory for Robotics and Engineering Systems info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876/147329/PT Bolseiro de Pós-Doutoramento Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010/02/01 - 2010/06/28	Dyablo: Models for the Dynamic Behavior of Biological Networks info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/71587/PT Bolseiro de Mestrado Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2023/09 - Atual	Multiple Instance Attention Learning for Multimodal Breast Cancer Diagnosis (MIA-BREAST) 1801P.01295.1.01 2022.04485.PTDC Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2023/01/01 - 2029/12/31	Efficient Deep Learning Strategies for Real-World Datasets 2022.07849.CEECIND Investigador responsável Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2025/02/01 - 2026/01/31	Integration of an Artificial Intelligence Agent in Radiology to Assist in Breast Cancer Diagnosis 2024.07344.IACDC Investigador responsável Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2022/01/01 - 2024/12/31	PT Smart Retail: Portugal como referência para a nova geração de retalho autónomo e inteligente 02/C05-i01.01/2022.PC645440011-00000062 Investigador	Em curso
2020/01/01 - 2023/12/31	Laboratory of Robotics and Engineering Systems UIDP/50009/2020 10.54499/UIDP/50009/2020 Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Agência Regional para o Desenvolvimento da Investigação Tecnologia e Inovação, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2020/09/01 - 2023/08/31	iFetch - Multimodal conversational agents for the online fashion market-place 45920 Investigador Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal Carnegie Mellon University, Estados Unidos	Agência Nacional de Inovação SA European Regional Development Fund Autoridade de Gestão do Programa Operacional Competitividade e Internacionalização Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/02/01 - 2022/12/31	AI4EU: a European Large Collaborative AI Platform and Ecosystem 825619 Investigador Pós-doutorado Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal	EU Framework Programme for Research and Innovation ICT Leadership in Enabling and Industrial Technologies Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia UID/EEA/50009/2019 LA/P/0083/2020 10.54499/LA/P/0083/2020 Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Centro de Ciência e Tecnologia do Ambiente e do Mar, Portugal Agência Regional para o Desenvolvimento da Investigação Tecnologia e Inovação, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2012/02/01 - 2013/04/30	HEARTRACK - Segmentation and tracking of the human heart in 2D and 3D ultrasound data based on a principled combination of the top-down and bottom-up paradigms PTDC/EEA-CRO/103462/2008 Bolseiro de Doutoramento Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Araújo, Diogo; Verdelho, MR; Bissoto, Alceu; Jacinto C Nascimemto; Santiago, Carlos; Barata, Catarina. "Key Patches Are All You Need: A Multiple Instance Learning Framework For Robust Medical Diagnosis". Trabalho apresentado em CVPR 2024: Workshop on Domain adaptation, Explainability, Fairness in AI for Medical Image Analysis (DEF-MIA-AI 2024), Seattle, Washington, USA, 2024. Aceite para publicação Gonçalo Matos; Santiago, Carlos; Costeira, JP; Saldanha, Ricardo; Ernesto Morgado. "Tracking and Counting Apples in Orchards Under Intermittent Occlusions and Low Frame Rates". Trabalho apresentado em CVPR Workshop on Vision for Agriculture, 2024. Tiago Mota; Verdelho, Maria Rita; Diogo José Pereira Araújo; Alceu Bissoto; Santiago, Carlos; Barata, Catarina. "MMIST-ccRCC: A Real World Medical Dataset for the Development of Multi-Modal Systems". Trabalho apresentado em CVPR Data Curation and Augmentation in Enhancing Medical Imaging Applications Workshop, 2024. Lino, Filipa; Santiago, Carlos; Marques, Manuel. "3D Human Pose Estimation with Occlusions: Introducing BlendMimic3D Dataset and GCN Refinement". Trabalho apresentado em CVPR Workshop and Competition on Affective Behavior Analysis in-the-wild, 2024. Miguel Cardoso; Santiago, Carlos; Jacinto C. Nascimento. "Using Counterfactual Information for Breast Classification Diagnosis". Trabalho apresentado em CVPR Domain adaptation, Explainability, Fairness in AI for Medical Image Analysis, 2024. Ciampi, Luca; Santiago, Carlos; Costeira, Joao; Falchi, Fabrizio; Gennaro, Claudio; Amato, Giuseppe. "Unsupervised Domain Adaptation for Video Violence Detection in the Wild". 2023. 10.5220/0011965300003497 Calisto, Francisco Maria; Fernandes, João; Morais, Margarida; Santiago, Carlos; Abrantes, João Maria; Nunes, Nuno; Nascimento, Jacinto C.. "Assertiveness-based Agent Communication for a Personalized Medicine on Medical Imaging Diagnosis". 2023. 10.1145/3544548.3580682 Golub, M.; Santiago, Carlos; Baleia, C.; Lopes, P.; Ferreira, A. M.; Nunes, R. G.; Nascimento, J. C.. "Convolutional Siamese Networks for Myocardial Lesion Classification in T1 Maps". Trabalho apresentado em IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2023. 10.1109/isbi53787.2023.10230508 Diogo, Pedro; Morais, Margarida; Calisto, Francisco Maria; Santiago, Carlos; Aleluia, Clara; Nascimento, Jacinto C.. "Weakly-Supervised Diagnosis and Detection of Breast Cancer Using Deep Multiple Instance Learning". Trabalho apresentado em IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2023. 10.1109/isbi53787.2023.10230448 Morais, Margarida; Calisto, Francisco Maria; Santiago, Carlos; Aleluia, Clara; Nascimento, Jacinto C.. "Classification of Breast Cancer in Mri with Multimodal Fusion". Trabalho apresentado em IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2023. 10.1109/isbi53787.2023.10230686 João Bernardo Morais; Santiago, Carlos; Costeira, Joao Paulo. "Say Yes To The Fetch: Product Retrieval on a Structured Multimodal Catalog.". Trabalho apresentado em AI2ASE Workshop at the AAAI Conference on Artificial Intelligence. 2022, 2022. Sousa, Ricardo Gamelas; Ferreira, Pedro Miguel; Costa, Pedro Moreira; Azevedo, Pedro; Costeira, Joao Paulo; Santiago, Carlos; Magalhaes, Joao; et al. "iFetch". 2021. 10.1145/3475959.3485395 Magalhaes, Joao; Hauptmann, Alexander G.; Sousa, Ricardo G.; Santiago, Carlos. "MuCAI'21: 2nd ACM Multimedia Workshop on Multimodal Conversational AI". 2021. 10.1145/3474085.3478580 Luca Ciampi; Santiago, Carlos; Costeira, JP; Claudio Gennaro; Giuseppe Amato. "Domain Adaptation for Traffic Density Estimation". Trabalho apresentado em International Joint Conference on Computer Vision, Imaging and Computer Graphics Theory and Applications (VISAPP), 2021. Barata, Catarina; Santiago, Carlos. "How Important Is Each Dermoscopy Image?". Trabalho apresentado em Workshop at IEEE Computer Vision and Pattern Recognition, 2020. Publicado • 10.1109/cvprw50498.2020.00379 Luca Ciampi; Santiago, Carlos; João Paulo Costeira; Giuseppe Amato. "Domain Adaptation for Vehicle Counting in Multiple Surveillance Cameras". Trabalho apresentado em Workshop in European Conference on Artificial Intelligence, 2020. Submetido Santiago, Carlos. "Video Analysis Based on Human Pose for Unsupervised Summarization and Retrieval". 2019. 10.1109/cbmi.2019.8877437 Medley, Daniela; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.. "Segmenting the left ventricle in cardiac MRI: from handcrafted to deep region based descriptors". Trabalho apresentado em IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Venice, 2019. Aceite para publicação Medley, Daniela O.; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.. "Segmenting The Left Ventricle In Cardiac In Cardiac MRI: From Handcrafted To Deep Region Based Descriptors". 2019. Publicado • 10.1109/isbi.2019.8759179 Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.; Marques, Jorge S.. "Combining an Active Shape and Motion Models for Object Segmentation in Image Sequences". 2018. 10.1109/icip.2018.8451571 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.; Marques, Jorge S.. "Fast and accurate segmentation of the LV in MR volumes using a deformable model with dynamic programming". 2018. 10.1109/ICIP.2017.8296581 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "A new robust active shape model formulation for cardiac MRI segmentation". 2016. 10.1109/ICIP.2016.7533133 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "Segmentation of the left ventricle in cardiac MRI using a probabilistic data association active shape model". 2015. 10.1109/EMBC.2015.7320078 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "A robust active shape model using an expectation-maximization framework". 2014. 10.1109/ICIP.2014.7026226 Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.; Marques, Jorge S.; Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "Performance evaluation of point matching algorithms for left ventricle motion analysis in MRI". 2013. 10.1109/embc.2013.6610521 Santiago, C.; Marques, J.S.; Nascimento, J.C.. "A Robust Deformable Model for 3D Segmentation of the Left Ventricle from Ultrasound Data". 2013. 10.1007/978-1-4614-5076-4_11 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "3D left ventricular segmentation in echocardiography using a probabilistic data association deformable model". 2013. 10.1109/ICIP.2013.6738125 Santiago, C.; Marques, J.S.; Nascimento, J.. "Robust deformable model for segmenting the left ventriclein 3D volumes of ultrasound data". 2012.
Artigo em revista	Calisto, Francisco Maria; Abrantes, João Maria; Santiago, Carlos; Nunes, Nuno J.; Nascimento, Jacinto C.. "Personalized Explanations for Clinician-AI Interaction in Breast Imaging Diagnosis by Adapting Communication to Expertise Levels". International Journal of Human-Computer Studies 197 103444 (2025): 1-25. https://doi.org/10.1016/j.ijhcs.2025.103444. Publicado • 10.1016/j.ijhcs.2025.103444 Ciampi, Luca; Santiago, Carlos; Falchi, Fabrizio; Gennaro, Claudio; Amato, Giuseppe. "In the Wild Video Violence Detection: An Unsupervised Domain Adaptation Approach". SN Computer Science 5 7 (2024): https://doi.org/10.1007/s42979-024-03126-3. 10.1007/s42979-024-03126-3 Ciampi, Luca; Carrara, Fabio; Totaro, Valentino; Mazziotti, Raffaele; Lupori, Leonardo; Santiago, Carlos; Amato, Giuseppe; Pizzorusso, Tommaso; Gennaro, Claudio. "Learning to count biological structures with raters’ uncertainty". Medical Image Analysis 80 (2022): 102500. http://dx.doi.org/10.1016/j.media.2022.102500. 10.1016/j.media.2022.102500 Francisco Maria Calisto; Carlos Santiago; Nuno Nunes; Jacinto C. Nascimento. "BreastScreening-AI: Evaluating medical intelligent agents for human-AI interactions". Artificial Intelligence in Medicine (2022): https://doi.org/10.1016/j.artmed.2022.102285. 10.1016/j.artmed.2022.102285 Santiago, Carlos; Daniela O. Medley; Jorge dos Santos Salvador Marques; Jacinto C. Nascimento; Carlos Santiago; Jorge S. Marques. "Model-Agnostic Temporal Regularizer for Object Localization Using Motion Fields". IEEE Transactions on Image Processing 31 (2022): 2478-2487. https://doi.org/10.1109/TIP.2022.3155947. Aceite para publicação • 10.1109/TIP.2022.3155947 Medley, Daniela; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.. "CyCoSeg: A Cyclic Collaborative Framework for Automated Medical Image Segmentation". IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence (2021): 1-1. http://dx.doi.org/10.1109/tpami.2021.3113077. 10.1109/tpami.2021.3113077 Calisto, Francisco Maria; Santiago, Carlos; Nunes, Nuno; Nascimento, Jacinto C.. "Introduction of human-centric AI assistant to aid radiologists for multimodal breast image classification". International Journal of Human-Computer Studies 150 (2021): 102607. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijhcs.2021.102607. 10.1016/j.ijhcs.2021.102607 Santiago, Carlos; Barata, Catarina; Sasdelli, Michele; Carneiro, Gustavo; Nascimento, Jacinto C.. "LOW: Training deep neural networks by learning optimal sample weights". Pattern Recognition (2020): 107585. http://dx.doi.org/10.1016/j.patcog.2020.107585. Publicado • 10.1016/j.patcog.2020.107585 Daniela O. Medley; Carlos Santiago; Jacinto C. Nascimento; Santiago, Carlos. "Deep Active Shape Model for Robust Object Fitting". IEEE Transactions on Image Processing 29 (2020): 2380-2394. https://doi.org/10.1109/TIP.2019.2948728. 10.1109/TIP.2019.2948728 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "Fast segmentation of the left ventricle in cardiac MRI using dynamic programming". Computer Methods and Programs in Biomedicine 154 (2018): 9-23. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85033213787&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.cmpb.2017.10.028 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "A new ASM framework for left ventricle segmentation exploring slice variability in cardiac MRI volumes". Neural Computing and Applications 28 9 (2017): 2489-2500. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84968649830&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s00521-016-2337-1 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "2D Segmentation Using a Robust Active Shape Model with the em Algorithm". IEEE Transactions on Image Processing 24 8 (2015): 2592-2601. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84938331289&partnerID=MN8TOARS. 10.1109/TIP.2015.2424311 Santiago, C.; Nascimento, J.C.; Marques, J.S.. "Automatic 3-D segmentation of endocardial border of the left ventricle from ultrasound images". IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics 19 1 (2015): 339-348. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84920903514&partnerID=MN8TOARS. 10.1109/JBHI.2014.2308424
Capítulo de livro	Matos, Gonçalo P.; Oliveira, Tiago G.; Silva, Filipe; Martinho, Francisco; Leão, Miguel; Fonseca, Filipe; Silvestre, José; et al. "An Apple Counting System Robust to Multiple Intermittent Occlusions". In Progress in Artificial Intelligence, 181-192. Springer Nature Switzerland, 2024. 10.1007/978-3-031-73497-7_15 Santiago, Carlos; Correia, Miguel; Verdelho, Maria Rita; Bissoto, Alceu; Barata, Catarina. "Global and Local Explanations for Skin Cancer Diagnosis Using Prototypes". In Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2023 Workshops, 47-56. Springer Nature Switzerland, 2023. 10.1007/978-3-031-47401-9_5 Correia, Miguel; Bissoto, Alceu; Santiago, Carlos; Barata, Catarina. "XAI for Skin Cancer Detection with Prototypes and Non-Expert Supervision". In Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2023 Workshops. Springer Nature Switzerland, 2023. Catarina Barata; Carlos Santiago. "Improving the Explainability of Skin Cancer Diagnosis Using CBIR". 2021. 10.1007/978-3-030-87199-4_52 Medley, Daniela; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.. "Robust Feature Descriptors for Object Segmentation Using Active Shape Models". In Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems, 163-174. Springer International Publishing, 2018. 10.1007/978-3-030-01449-0_14 Marques, Jorge S.; Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.. "A 3D active shape model for left ventricle segmentation in MRI". In Biomedical Image Segmentation, 99-115. CRC Press, 2016. 10.4324/9781315372273-5 "A 3D active shape model for left ventricle segmentation in MRI". 99-115. CRC Press, 2016. Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.; Marques, Jorge S.. "Robust 3D Active Shape Model for the Segmentation of the Left Ventricle in MRI". In Pattern Recognition and Image Analysis, 283-290. Springer International Publishing, 2015. 10.1007/978-3-319-19390-8_32 Santiago, Carlos; Nascimento, Jacinto C.; Marques, Jorge S.. "Non-rigid Object Segmentation Using Robust Active Shape Models". In Articulated Motion and Deformable Objects, 160-169. Springer International Publishing, 2014. 10.1007/978-3-319-08849-5_16 Marques, Jorge S.; Nascimento, Jacinto C.; Santiago, Carlos. "Robust Deformable Models for 2D and 3D Shape Estimation". In Lecture Notes in Computational Vision and Biomechanics, editado por Gonz{\'a, 169-185. Springer Netherlands, 2012. 10.1007/978-94-007-5446-1_7
Poster em conferência	Lino, Filipa; Marques, Manuel; Santiago, Carlos. "3D Human Pose Estimation with Occlusions for Smart Stores". Trabalho apresentado em 2023 LARSyS Annual Meeting, 2023.
Resumo em conferência	Carmona, Joana; Abreu, Rodolfo; Santiago, Carlos; Leal, Alberto; Nascimento, Jacinto C.; Figueiredo, Patrícia. "Classification of epileptic states from fMRI dynamic functional connectivity using machine learning". Trabalho apresentado em 2019 Organization for Human Brain Mapping (OHBM) Annual Meeting, 2019. Submetido Carmona, Joana; Abreu, Rodolfo; Santiago, Carlos; Leal, Alberto; Nascimento, Jacinto C.; Figueiredo, Patrícia. "Classification of sleep stages from fMRI dynamic functional connectivity using deep learning". Trabalho apresentado em 27th Annual Meeting of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), 2019. Publicado
Tese / Dissertação	Santiago, Carlos. "Segmentation of the Left Ventricle in Cardiac Magnetic Resonance". Doutoramento, Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, 2017. Santiago, Carlos. "ADJUSTMENT OF DEFORMABLE MODELS TO ORGAN SURFACES IN 3D IMAGES". Mestrado, Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, 2011.

Propriedade Intelectual

Patente	Francisco Maria Calisto; Santiago, Carlos; Duarte Nuno Jardim Nunes; Jacinto Carlos Nascimento. 2023. "Interactive Agents with an Assertiveness-based Communication Method and System for a Personalized Medicine on Breast Cancer Diagnosis". Portugal. Pendente
Pedido provisório de patente	2023. "SISTEMA DE APRENDIZAGEM MÁQUINA PARA DIAGNÓSTICO DE LESÕES MAMÁRIAS ADAPTÁVEL AO CLÍNICO E BASEADO EM ASSERTIVIDADE". Divulgado

Outros

Conjunto de dados

Lino, Filipa; Santiago, Carlos; Marques, Manuel. BlendMimic3D. 2024.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2025/04/23	Prototype Learning: Designing Explainable Neural Networks	Seminar Universidad Autónoma de Madrid (Madrid, Espanha)
2024/12/11	Artificial Intelligence: Key Concepts and Applications	Webinar: AI and Technology Applications in Landscape Ecology International Association for Landscape Ecology (IALE)-Europe (Portugal)
2024/11/21	Artificial Intelligence: Benefits and Dangers	Semana da Ciência e Tecnologia: Engenharia e Ciência Vão à Escola Colégio Bom Sucesso (Lisboa, Portugal)
2024/10/29	Role of AI in early breast cancer detection	1st International Conference on Young Women’s Breast Cancer and Health Breast Cancer Young Women (BCYW) Foundation (Portugal)
2024/10/17	Artificial Intelligence: Benefits and Dangers	Seminar Escola Damião de Goes (Alenquer, Portugal)
2017/09/20	FAST AND ACCURATE SEGMENTATION OF THE LV IN MR VOLUMES USING A DEFORMABLE MODEL WITH DYNAMIC PROGRAMMING	2017 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP) IEEE
2015/08/27	SEGMENTATION OF THE LEFT VENTRICLE IN CARDIAC MRI USING A PROBABILISTIC DATA ASSOCIATION ACTIVE SHAPE MODEL	2015 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC) IEEE
2015/06/18	ROBUST 3D ACTIVE SHAPE MODEL FOR THE SEGMENTATION OF THE LEFT VENTRICLE IN MRI	IbPRIA 2015: 7th Iberian Conference on Pattern Recognition and Image Analysis
2014/10/30	A robust active shape model using an expectation-maximization framework	2014 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP) IEEE
2014/07/17	NON-RIGID OBJECT SEGMENTATION USING ROBUST ACTIVE SHAPE MODELS	International Conference on Articulated Motion and Deformable Objects 2014

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2025/09/01 - Atual	Data Augmentation Techniques for Graph Data in Healthcare Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/09/01 - Atual	Eyetracking-based guided attention to model cycling perception of safety Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Recovering missing facial patches using text-conditioned generative models Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Manipulation of urban landscapes with generative AI Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Multi-modal AI systems for personalized cancer treatment - Fusion of multiple modalities using Transformers Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Explaining AI models for Medical Image Analysis Using Conformal Predictions Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Multi-modal AI systems for personalized cancer treatment - Contrastive Models and Generative AI to Handle Missing Data Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Semi-automatic segmentation tool for 3D medical images Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Explaining AI models for tumor staging prediction using pathology images Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/02/01 - Atual	Assessing the impact of sex-specific life events on women's brain health Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/09/01 - Atual	Region-Based Models for Robust Medical Image Analysis Orientador	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/09/01 - Atual	Human Pose Estimation in Occluded Scenes from 2D Images Orientador	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/09/01 - Atual	Fruit tracking and counting under multiple intermittent occlusions Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/12/01	Explainable Artificial Intelligence for Skin Cancer Detection: A Prototype-Based Deep Learning Architecture with Non-Expert Supervision Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/12/01	Multi-modal approach for renal cancer prognosis with missing data Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/12/01	Attention segmentation for medical imaging diagnosis Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/12/01	Automatic Identification of Regions of Interest in Dermoscopy Images Using Vision Transformers and Weakly Supervised Learning Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/11/30	Hierarchical classification for diagnostics of breast cancer Orientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/11/30	3D pose estimation with occlusions for smart stores Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/11/30	GAN Inversion for Occlusion Removal in Face Images Orientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/01/01 - 2023/11/20	Interactive Fashion Search and Recommendation Orientador	Engenharia Informática e de Computadores Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/02/01 - 2022/12/22	From clicks to conversations: generating clickstream-based dialogues in fashion e-commerce Orientador	Mestrado em ciências de dados (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09/01 - 2022/11/24	Session-Based Clothing Recommendation with Semantic and Aesthetic Information Orientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09/01 - 2022/11/15	Diagnosis and Detection of Breast Cancer using Deep Multiple Instance Learning Orientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/09/19 - 2022/10/17	Automatic Segmentation of the Left Ventricle in Cardiac Magnetic Resonance using Deep Learning and Shape Statistics Coorientador	Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/02/18 - 2022/06/23	Mimicking the Radiologists workflow in MRI Breast Classification Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/01/01 - 2022/06/17	Machine learning for Breast screening diagnosis Orientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/02/18 - 2021/11	Structured classification of fashion products with deep neural networks Orientador	Engenharia e Ciência de Dados (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/09/01 - 2021/11	Automatic diagnosis of breast cancer with deep neural networks in multimodal images Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/09/01 - 2021/11	Weakly supervised classification and segmentation of breast lesions Orientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/02/01 - 2021/11	Density-based Traffic Counting using Deep Neural Networks Coorientador	Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/10/01 - 2021/01/13	Breast Cancer Detection in Multiview Mammography with Deep Learning Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/02/01 - 2019/06/28	Fish Detection in Image Sequences Coorientador	Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/02/27 - 2019/05/30	Análise comportamental de peixes em caudais de rios Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/02/01 - 2018/11/21	Deep learning of dynamic functional connectivity states during sleep and epilepsy using simultaneous EEG-fMRI Coorientador	Engenharia Biomédica (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2021/10/20 - 2021/10/20	ACM Multimedia 2021 Workshop on Multimodal Conversational AI (2021/10/20 - 2021/10/24) Oficina (workshop) (Coorganizador)

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2018/09/13 - 2018/09/14	6th MultiDrone Consortium Meeting, Lisbon Encontro	6th MultiDrone Consortium Meeting, Lisbon Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2018/06/14 - 2018/06/15	LARSyS Annual Meeting Encontro	LARSyS Annual Meeting Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2018/06/04 - 2018/06/05	5th MultiDrone Consortium Meeting, Turin Encontro	5th MultiDrone Consortium Meeting, Turin Radiotelevisione Italiana, Itália
2018/03/22 - 2018/03/23	SPARSIS project workshop with invited consultants: Prof. Vittorio Murino and Prof. Andrea Cavallaro Oficina (workshop)	SPARSIS project workshop Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2017/05/18 - 2017/05/19	SPARSIS project workshop: visit from consultant Prof. Mario Sznaier and Prof. Octavia I. Camps Oficina (workshop)	SPARSIS project workshop Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2016/10/28 - 2016/10/28	22th edition of the Portuguese Conference On Pattern Recognition Conferência	22th edition of the Portuguese Conference On Pattern Recognition Associação Portuguesa de Reconhecimento de Padrões, Portugal
2016/07/04 - 2016/07/06	Encontro com a Ciência e Tecnologia em Portugal Encontro	Ciência 2016 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2015/07/03 - 2015/07/04	LARSyS Annual Meeting Encontro	LARSyS Annual Meeting Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2013/07/04 - 2013/07/05	LARSyS Annual Meeting Encontro	LARSyS Annual Meeting Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal
2011/10/28 - 2011/10/28	17th edition of the Portuguese Conference on Pattern Recognition Conferência	17th edition of the Portuguese Conference on Pattern Recognition Associação Portuguesa de Reconhecimento de Padrões, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2024/11/23	Vision Transformer for the segmentation of 3D microscopy images Arguente principal	Gonçalo da Silva Dias Moura de Mesquita (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11/16	Personality Prediction through Low-Complexity Classification Models Arguente principal	Pedro Miguel Carvalho Jacinto (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11/15	Impact of Free-Viewing Search on Transformer-Based Goal-Directed Search Arguente principal	Gabriel Duarte Marques (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11/04	Combining Deep Learning and Optimization for MEMS Devices Design Arguente principal	Luís Filipe Martins Tripa (Mestrado) Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2024/11/02	Automatic segmentation of outer retinal layers with deep learning in ophtalmology Arguente principal	João Duarte do Nascimento Dias Afonso (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11/01	Discovering Patterns in Breast Cancer Patients’ Data Arguente principal	Sofia Filipa Saraiva Rebola (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/07/25	Advancements in Image Processing: Bridging Variational Approaches and Mathematical Morphology for Efficient Optimization Solutions Arguente principal	Miguel Faria Amorim (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2024/05/31	Enhancing Underwater Object Detection, Multi-Label Classification, and Out-of-Distribution Detection with Advanced Deep Learning Techniques and Augmentation Methods Arguente principal	Md Sazidur Rahman (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/03/21	Multimodal Cervical Cancer Diagnosis: Deep Learning for Automatic Decision Support Arguente	Tomé Mendes Albuquerque (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2024/02/27	Contrastive Learning for Medical Imaging Arguente principal	Hugo Miguel Pereira Figueiras (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/12/21	Transferring Visual Attributes from Natural Language to Verified Image Generation Arguente principal	Rodrigo João Cruz Valério (Mestrado) Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2023/11/28	Artificial Intelligence Framework for Human-Robot Cooperative Operation through Dynamic Hand Gestures Arguente principal	Luis Alejandro Grajeda Blandon (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/11/28	Post-Stroke Gait Rehabilitation Assistive System Arguente principal	João Paulo de Abrantes Raio e Lucas Lavrador (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/07/06	Monitorização de ensaios dinâmicos através de sistemas de visão Arguente principal	Marco Tiago Araújo Brandão (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/06/16	Developing and Integrating Deep Learning Computer Vision Algorithms for Augmented Reality Assistance in SATCOM Assembly, Integration and Test Arguente principal	Gonçalo Ferreira Balão Silva (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/12/02	Learning to search for and detect objects in foveal images using deep learning Arguente principal	Beatriz de Andrade Milheiro Ribeiro Paula (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/11/25	Pan-Tilt-Zoom Imaging Storage and Retrieval using Wavelets Arguente principal	João Manuel Reis dos Santos Silva (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/11/23	Automatic OCT based retinal blood vessel classification Arguente principal	Daniel Filipe da Encarnação Galhoz (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/11/22	Unsupervised Segmentation of Fluorescent Microscopy Images Using CycleGAN Arguente principal	Alice Henriques da Rosa (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/11/07	Conversational Interactive Recommendation Arguente principal	Alexandre Teixeira Lobato Correia (Mestrado) Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/06/28	Learning to search for objects in foveal images using deep learning Arguente principal	Beatriz Pereira Horta Cabarrão (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/10	Reconhecimento Facial Multiespectral em Ambiente Não Controlado Arguente principal	Pedro Afonso Roque Martins (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/10	Using Multi-Input Deep Learning Networks in Medical Images for the Automatic Detection of Pathological States Arguente principal	Beatriz De Oliveira Noronha Filipe (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/03/05	Deep Learning Tools for Outcome Prediction in Atrial Fibrillation from Cardiac MRI Arguente principal	Ana Catarina Feliciano Lourenço (Mestrado) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2020/09/18	Joint segmentation and diagnosis of skin lesions Arguente principal	Francisco Castelbranco da Silveira de Sena Esteves (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/11/25	Identification of EEG Fingerprints of Simultaneous fMRI in Resting State and Motor Imagery Arguente principal	Marta Antunes Evangelista Loures Xavier (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/06/27	Speech Recognition for a Small Aerial Robot Arguente principal	Ana Catarina Monteiro Ribeiro de Sá (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2020/10/01 - 2021/07/31	Sensors - Special Issue in Image Sensing Detection in Bio-Systems Using Convolutional Neural Networks (1424-8220)	MDPI

Comissão de avaliação

	Descrição da atividade Tipo de assessoria	Instituição / Organização	Entidade financiadora
2020/09/01 - 2020/10/31	Evaluation of project applications for ANI	Agência Nacional de Inovação SA, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2021/11/29 - 2026/01/31	Image Processing and Vision	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/01/08 - 2025/01/16	Inteligência Artificial e Machine Learning em Transportes	Mobilidade 360: Pós-Graduação em Gestão de Transportes (Pós-Graduação)	ISCTE-Instituto Universitário de Lisboa, Portugal
2024/04/15 - 2024/05/31	Processing Big Data	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/09/01 - 2021/02/18	Signals and Systems	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Licenciatura)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/03/07 - 2018/03/07	Workshop on Deep Learning Frameworks	(Outros)	Laboratório de Robótica e Sistemas de Engenharia, Portugal

Tutoria

	Tópico	Nome do aluno
2021/05/01 - Atual	Segmentation of Myocardial Ischemic Lesions in Cardiac MRI	Marc Golub
2020/01/05 - 2020/03/07	Domain Adaptation for Vehicle Counting in Multiple Surveillance Cameras	Luca Ciampi

Distinções

Prémio

2023	Best Paper Award, 3rd International Conference on Image Processing and Vision Engineering (IMPROVE) 2023
2023	Honorable Mention Award, 8th ISIC Skin Image Analysis Workshop@MICCAI 2023
2020	Honorable Mention Award, 5th ISIC Skin Image Analysis Workshop@CVPR 2020 International Skin Image Collaboration, Estados Unidos
2018	NVIDIA GPU Grant NVIDIA Corp, Estados Unidos
2015	Best Paper Award, IbPRIA 2015 Associação Portuguesa de Reconhecimento de Padrões, Portugal