Miguel Machuqueiro (D416-CB5B-AC3D)

Curriculum Vitae

Miguel Machuqueiro

-- In 2003, I completed a Ph.D. in BioOrganic Chemistry at the Univ. of Bern, CH. In the following 6 years, as a pos-doc at ITQB-UNL, I completely changed my scientific path to a new field, towards molecular modelling and simulation. In 2009, I was awarded my first FCT-funded contract as an independent researcher at the Faculty of Sciences, Univ. of Lisbon (FCUL), and the Machuqueiro Lab (http://mms.rd.ciencias.ulisboa.pt) was born. Since then, I have consolidated my scientific independence and transitioned to a group leader status, supported by the funding obtained over the years and the collaboration of many bright young students who have since joined the group. -- During my research career, I have authored and co-authored 96 papers/book chapters in high-impact peer-reviewed international journals, an h-index of 32 (in G.Scholar), and a total number of citations of ~3200, giving an average of ~33 citations per paper. I also supervised 5 postdoc researchers, 14 Ph.D. theses (4 completed & 10 ongoing), and 19 MSc theses. I have secured 4 FCT-funded projects as a PI (PTDC/QUIBIQ/113721/2009: €150k; PTDC/QEQCOM/5904/2014: €185k; 2021.09635.CPCA: €12k; and 2022.15878.CPCA: €10k), 5 as co-PI/Team member (total: €666k; ~100k for my group), which supported the creation of a competitive computational infrastructure (the BioISI cluster with ~2500 cores & ~40 GPU units), which I manage and is currently being shared with several groups of my research unit (BioISI). -- My work on the development of constant-pH MD methodologies applied to the water/membrane interface has become internationally recognized in the area of biomolecular electrostatics. This internationalization is clearly illustrated by the invitation to become editor of PlosOne, JCBC, and JMBi, and to review papers in very prestigious journals like JACS, JCTC, JCIM, Nature Sci. Rep., Biochemistry, JPhysChemLett, JPhysChemB, PlosOne, etc. I have also been invited to give talks at several expert meetings in the USA (''Proton Transfer in Biology'', 2010, CO; ''ACS Fall Meeting'', 2013, Indianapolis, IN; and the ''Protein Electrostatics'' (PE) in 2017, 2019, and 2022, Telluride, CO), and in Europe (''PE'' meetings, 2014, Lisbon, PT; 2016, Berlin, DE; 2018, Belgrade, SR; 2021, Genova, IT, ''webinar''), and 2023, Genova, IT. In addition, I have ~30 other invited oral presentations in national and international venues. I have also organized the international ''Protein Electrostatics'' meeting where the most influential researchers in this field gathered in Lisbon. I represented Portugal in the management committee of two COST Actions, CM1102 ''MultiGlycoNano'' and CA21162 "COZYME", which just started. I am also a member of 2 other ongoing COST Actions (CA18113 and CA21164). I was involved in an NIH grant approval (R01GM073857) in collaboration with Prof. Don Engelman (Yale) and I am also a member of the local cluster at FC.ID/ULisboa for HORIZON-WIDERA-2021-ACCESS-03, Project ID: 101079147 "Twinning for excellence in biophysics of protein interactions and self-assembly (TWIN2PIPSA)". I have a long tradition of participating in presentations for university students, intended to give an overview of the biomolecular modeling scientific area. Concerning the general public, I regularly participate in school presentations, public exhibitions, and other events.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Miguel Machuqueiro

Nomes de citação

Machuqueiro, Miguel

Identificadores de autor

Ciência ID: D416-CB5B-AC3D
ORCID iD: 0000-0001-6923-8744
Google Scholar ID: vMBlK7AAAAAJ
Researcher Id: C-8012-2011
Scopus Author Id: 57221975472

Endereços de correio eletrónico

machuque@ciencias.ulisboa.pt (Profissional)

Telefones

Telefone

217500112 (Profissional)

Moradas

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. Campo Grande, Edifício C8 (sala 8.5.52), 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

http://mms.rd.ciencias.ulisboa.pt/ (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Português	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Francês	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)
Italiano	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)
Alemão	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2003/04/24 Concluído	Doutoramento em Química Bioorgânica (Doutoramento) Universidade de Berna, Suiça "Chemical Models of Zinc-dependent Enzymes: Methyltransferases and Class II Aldolases" (TESE/DISSERTAÇÃO)	5 (0-6)
1998/06/30 Concluído	Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "Simulação do Ciclo de Oxidação e Redução das Ubiquinonas num Modelo de Transporte Electrónico - Aplicação ao Peroxissoma" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15 (0-20)

Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2014/06/15 - 2019/04/30	Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2019/05/01 - Atual	Investigador Auxiliar (CEEC-IND 2017)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal (...)
2009/06/15 - 2014/06/14	Investigador Auxiliar (Ciência 2008)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2006/09/16 - 2009/06/14	Pós-Doutoramento (2º triénio)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2003/09/01 - 2006/09/15	Pós-Doutoramento (1º triénio)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
1999/04/09 - 2003/04/24	Doutoramento em Química Bioorgânica	Universidade de Berna, Suiça
	Universidade de Berna, Suiça
1996/10/01 - 1998/06/30	Estágio de Licenciatura em Bioquímica (FCUL)	Instituto Rocha Cabral, Portugal
	Instituto Rocha Cabral, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2022/03/01 - 2023/02/28	A fast deep learning approach to improve protein pKa predictions 2021.09635.CPCA Investigador responsável Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/07/09 - 2021/04/09	As bases física da doença: O caso da Amiloidose Relacionada com a Diálise Physical Basis of Disease: The case of Dialysis Related Amyloidosis PTDC/FIS-OUT/28210/2017 Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2001/04/01 - 2003/03/31	Model Studies of Zn-dependent Methyltransferases 63802 Bolseiro de Doutoramento	Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung Concluído
1999/04/01 - 2001/03/31	Model Studies of Zn-dependent Methyltransferases 54130 Bolseiro de Doutoramento	Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2019/09 - Atual	Understanding and exploiting the impacts of low pH on micro-organisms - EuroMicropH CMST COST Action CA18113 Investigador	European Commission Em curso
2019 - Atual	Physical Basis of Disease: The case of Dialysis Related Amyloidosis PTDC/FIS-OUT/28210/2017 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019 - Atual	Uncovering blind spots in halogen bonding applications PTDC/QUI-QFI/28455/2017 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019 - Atual	Deal with PAINS: strategies to identify membrane modulators PTDC/BIA-BFS/28419/2017 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019 - Atual	Targeting multi-resistant tuberculosis with new potent isoniazid derivatives: an integrated medicinal chemistry approach PTDC/MED-QUI/29036/2017 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2018/09 - Atual	EUropean TOPology Interdisciplinary Action - Eutopia CMST COST Action CA17139 Investigador	European Commission Em curso
2018/09 - Atual	New diagnostic and therapeutic tools against multidrug resistant tumors - Stratagem CMST COST Action CM17104 Investigador	European Commission Em curso
2019/05/01 - 2025/04/30	Adding pH effects to improve computer-aided drug design CEECIND/02300/2017/CP1387/CT0031 10.54499/CEECIND/02300/2017/CP1387/CT0031 Investigador responsável Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2023/05/01 - 2024/04/30	In silico study of peptidic dendrimers as transfection agents in RNA vaccines 2022.15878.CPCA Investigador responsável Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/03/01 - 2024/02/29	Fármacos de ruténio-péptido: flechas para alvejar seletivamente o cancro da mama PTDC/QUI-QIN/0146/2020 Investigador Universidade de Lisboa Centro de Química Estrutural, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/01/15 - 2021/06/15	Deal with PAINS: strategies to spot membrane modulators PTDC/BIA-BFS/28419/2017	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2019/12/31	Centro de Química e Bioquímica UID/Multi/00612/2019 FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Instituto de Biosistemas & Ciências Integrativas UID/Multi/04046/2019 Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal Universidade do Minho, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2016/04/01 - 2019/09/30	CpHMD-L simulations of pHLIP peptides: design of new tumor-targeted drug delivery systems Provided by PTCRIS: 144544 Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2013/07 - 2016/06	Increasing the realism of membrane modelling in constant-pH molecular dynamics methods: inclusion of electrochemical gradients and lipid titration Provided by PTCRIS: 126847 126847 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído
2011/01/01 - 2014/06/30	Adding realism to the molecular modeling of lipidic membranes: inclusion of pH effects 113721 Provided by PTCRIS: 113721 Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído
2010/01 - 2013/06	Understanding structure-activity relationships in peptide dendrimers using a molecular modelling approach Provided by PTCRIS: 100416 100416 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído
2010/01 - 2013/06	Including protonation effects in the simulation of peptides and proteins in membrane environments Provided by PTCRIS: 104378 104378 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído
2010/01 - 2013/03	Study of pH-dependent protein misfolding using state-of-the-art molecular modeling methods 105238 Provided by PTCRIS: 105238 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído
2011/01/01 - 2012/12/31	Strategic Project - UI 612 - 2011-2012 PEst-OE/QUI/UI0612/2011 Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2006/10/15 - 2009/06/14	MEMBRANE-INDUCED STRUCTURAL CHANGES IN PROTEINS: A COMPUTER SIMULATION STUDY SFRH/BPD/29358/2006 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2003/10/01 - 2006/09/30	EFEITO DO pH E DA OXI-REDUÇÃO NA ESTRUTURA E DINÂMICA DE BIOMOLÉCULAS: ESTUDOS DE MODELAÇÃO MOLECULAR SFRH/BPD/14540/2003 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2018 - 2021	TARGTUB - Targeting multi-resistant tuberculosis with new potent isoniazid derivatives: an integrated medicinal chemistry approach. PTDC/MEDQUI/29036/2017	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Barreto, Carlos; Machuqueiro, Miguel; Bonvin, Alexandre; Moreira, Irina. "Structural and dynamic understanding of the ghrelin receptor high constitutive activity". Trabalho apresentado em MOL2NET 2017, 2017. 10.3390/mol2net-03-05089
Artigo em revista	Filipe E. P. Rodrigues; Tamis Darbre; Miguel Machuqueiro. "High Charge Density in Peptide Dendrimers is Required to Destabilize Membranes: Insights into Endosome Evasion". Journal of Chemical Information and Modeling (2024): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00018. 10.1021/acs.jcim.4c00018 João Franco Machado; Marco Sá; Inês Pires; Miguel Tarita da Silva; Fernanda Marques; Jaime A. S. Coelho; Filipa Mendes; et al. "Dual FGFR-targeting and pH-activatable ruthenium–peptide conjugates for targeted therapy of breast cancer". Dalton Transactions (2024): https://doi.org/10.1039/D4DT00497C. 10.1039/D4DT00497C Fortuna, Andreia; Suzano, Pedro M.S.; Machuqueiro, Miguel; Costa, Paulo J.. "Influence of Iodine Merz-Singh-Kollman Radius on the Calculated Charges and Hydration Free Energies of Iodinated Molecule". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2023): http://dx.doi.org/10.1142/s2737416523500722. Aceite para publicação • 10.1142/s2737416523500722 Ricardo G. Teixeira; Iris C. Salaroglio; Nuno F. B. Oliveira; João G. N. Sequeira; Xavier Fontrodona; Isabel Romero; Miguel Machuqueiro; et al. "Fighting Multidrug Resistance with Ruthenium–Cyclopentadienyl Compounds: Unveiling the Mechanism of P-gp Inhibition". Journal of Medicinal Chemistry (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c01120. 10.1021/acs.jmedchem.3c01120 Tomás F. D. Silva; Hannah Visca; Craig Klumpp; Oleg A. Andreev; Yana K. Reshetnyak; Miguel Machuqueiro. "Arginine Residues Modulate the Membrane Interactions of pHLIP Peptides". Journal of Chemical Information and Modeling (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c00360. 10.1021/acs.jcim.3c00360 Rodnin, Mykola V.; Vasques-Montes, Victor; Kyrychenko, Alexander; Oliveira, Nuno F. B.; Kashipathy, Maithri M.; Battaile, Kevin P.; Douglas, Justin; et al. "Histidine Protonation and Conformational Switching in Diphtheria Toxin Translocation Domain". Toxins 15 7 (2023): 410. http://dx.doi.org/10.3390/toxins15070410. 10.3390/toxins15070410 Silva, Tomás F.D.; Visca, Hannah; Klumpp, Craig; Andreev, Oleg A.; Reshetnyak, Yana K.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Arginine Residues Modulate the Membrane Interactions of pHLIP Peptides". Journal of Chemical Information and Modeling (2023): Em revisão Nuno F. B. Oliveira; Filipe E. P. Rodrigues; João N. M. Vitorino; Patrícia F. N. Faísca; Miguel Machuqueiro. "Interfacial Dynamics and Growth Modes of ß2-Microglobulin Dimers". Journal of Chemical Information and Modeling (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c00399. 10.1021/acs.jcim.3c00399 Pedro M. S. Suzano; Ines D. S. Pires; Tomas F. D. Silva; Nuno F. B. Oliveira; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro. "MembIT - a tool to calculate solute membrane insertions and deformations in molecular dynamics simulations". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2023): https://doi.org/10.1142/S2737416523500254. 10.1142/S2737416523500254 Maria João Álvaro-Martins; Violeta Railean; Filomena Martins; Miguel Machuqueiro; Rita Pacheco; Susana Santos. "Synthesis and the In Vitro Evaluation of Antitumor Activity of Novel Thiobenzanilides". Molecules (2023): https://doi.org/10.3390/molecules28041877. 10.3390/molecules28041877 André M.M. Gomes; Paulo J. Costa; Miguel Machuqueiro. "Recent advances on molecular dynamics-based techniques to address drug membrane permeability with atomistic detail". BBA Advances (2023): https://doi.org/10.1016/j.bbadva.2023.100099. 10.1016/j.bbadva.2023.100099 Beatriz Bueschbell; Pedro R. Magalhães; Carlos A.V. Barreto; Rita Melo; Anke C. Schiedel; Miguel Machuqueiro; Irina S. Moreira. "The World of GPCR dimers – Mapping dopamine receptor D2 homodimers in different activation states and configuration arrangements". Computational and Structural Biotechnology Journal (2023): https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.08.032. 10.1016/j.csbj.2023.08.032 Lucia Jimenez; Victor Mayoral-Varo; Carlos Amenábar; Judit Ortega; João G. N. Sequeira; Miguel Machuqueiro; Cristiana Mourato; et al. "Multiplexed cellular profiling identifies an organoselenium compound as an inhibitor of CRM1 -mediated nuclear export". Traffic (2022): https://doi.org/10.1111/tra.12872. 10.1111/tra.12872 Tomás F. D. Silva; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro. "Increasing the Realism of in Silico pHLIP Peptide Models with a Novel pH Gradient CpHMD Method". Journal of Chemical Theory and Computation (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00880. 10.1021/acs.jctc.2c00880 Claudia Istrate; Jéssica Marques; Pedro Bule; Sílvia Correia; Frederico Aires-da-Silva; Marlene Duarte; Ana Luísa Reis; et al. "In Silico Characterization of African Swine Fever Virus Nucleoprotein p10 Interaction with DNA". Viruses (2022): https://doi.org/10.3390/v14112348. 10.3390/v14112348 João G. N. Sequeira; Filipe E. P. Rodrigues; Telmo G. D. Silva; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro. "Extending the Stochastic Titration CpHMD to CHARMM36m". The Journal of Physical Chemistry B (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c04529. 10.1021/acs.jpcb.2c04529 Pedro B.P.S. Reis; Marco Bertolini; Floriane Montanari; Walter Rocchia; Miguel Machuqueiro; Djork-Arné Clevert. "A Fast and Interpretable Deep Learning Approach for Accurate Electrostatics-Driven pKa Predictions in Proteins". Journal of Chemical Theory and Computation (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00308. 10.1021/acs.jctc.2c00308 Pedro R. Magalhães; Pedro B. P. S. Reis; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Bruno L. Victor. "Optimization of an in Silico Protocol Using Probe Permeabilities to Identify Membrane Pan-Assay Interference Compounds". Journal of Chemical Information and Modeling (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00372. 10.1021/acs.jcim.2c00372 Nuno F. B. Oliveira; Miguel Machuqueiro. "Novel US-CpHMD Protocol to Study the Protonation-Dependent Mechanism of the ATP/ADP Carrier". Journal of Chemical Information and Modeling (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00233. 10.1021/acs.jcim.2c00233 Viegas, Rui M. C.; Mestre, Ana S.; Mesquita, Elsa; Machuqueiro, Miguel; Andrade, Marta A.; Carvalho, Ana P.; Rosa, Maria João. Autor correspondente: Mestre, Ana S.. "Key Factors for Activated Carbon Adsorption of Pharmaceutical Compounds from Wastewaters: A Multivariate Modelling Approach". Water 14 2 (2022): 166. http://dx.doi.org/10.3390/w14020166. Publicado • 10.3390/w14020166 Reis, Pedro B P S; Clevert, Djork-Arné; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKPDB: a protein data bank extension database of pKa and pI theoretical values". Bioinformatics 38 1 (2022): 297-298. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab518. Publicado • 10.1093/bioinformatics/btab518 Loureiro, Joana B.; Ribeiro, Rita; Nazareth, Nair; Ferreira, Tiago; Lopes, Elizabeth A.; Gama, Adelina; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Saraiva, Lucília. "Mutant p53 reactivator SLMP53-2 hinders ultraviolet B radiation-induced skin carcinogenesis". Pharmacological Research 175 (2022): 106026. http://dx.doi.org/10.1016/j.phrs.2021.106026. Publicado • 10.1016/j.phrs.2021.106026 Bueschbell, Beatriz; Caniceiro, Ana Beatriz; Suzano, Pedro M.S.; Machuqueiro, Miguel; Rosário-Ferreira, Nícia; Moreira, Irina S.. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "Network biology and artificial intelligence drive the understanding of the multidrug resistance phenotype in cancer". Drug Resistance Updates 60 (2022): 100811. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2022.100811. Publicado • 10.1016/j.drup.2022.100811 de Faria, Catarina Frazão; Moreira, Tânia; Lopes, Pedro; Costa, Henrique; Krewall, Jessica R.; Barton, Callie M.; Santos, Susana; et al. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Designing new antitubercular isoniazid derivatives with improved reactivity and membrane trafficking abilities". Biomedicine & Pharmacotherapy 144 (2021): 112362. http://dx.doi.org/10.1016/j.biopha.2021.112362. Publicado • 10.1016/j.biopha.2021.112362 Rosário-Ferreira, Nícia; Baptista, Salete J.; Barreto, Carlos A. V.; Rodrigues, Filipe E. P.; Silva, Tomás F. D.; Ferreira, Sara G. F.; Vitorino, João N. M.; et al. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "In Silico End-to-End Protein–Ligand Interaction Characterization Pipeline: The Case of SARS-CoV-2". ACS Synthetic Biology 10 11 (2021): 3209-3235. http://dx.doi.org/10.1021/acssynbio.1c00368. Publicado • 10.1021/acssynbio.1c00368 Silva, Tomás F. D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved Protocol to Tackle the pH Effects on Membrane-Inserting Peptides". Journal of Chemical Theory and Computation 17 7 (2021): 3830-3840. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00020. Publicado • 10.1021/acs.jctc.1c00020 Rodrigues, Filipe E. P.; Figueira, António J.; Gomes, Cláudio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Computational Analysis of the Interactions between the S100B Extracellular Chaperone and Its Amyloid ß Peptide Client". International Journal of Molecular Sciences 22 7 (2021): 3629. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22073629. Publicado • 10.3390/ijms22073629 Cristóvão, Joana S.; Moreira, Guilherme G.; Rodrigues, Filipe E. P.; Carapeto, Ana P.; Rodrigues, Mário S.; Cardoso, Isabel; Ferreira, António E. N.; et al. Autor correspondente: Gomes, Cláudio M.. "Cu2+-binding to S100B triggers polymerization of disulfide cross-linked tetramers with enhanced chaperone activity against amyloid-ß aggregation". Chemical Communications 57 3 (2021): 379-382. http://dx.doi.org/10.1039/d0cc06842j. Publicado • 10.1039/d0cc06842j Oliveira, Nuno F.B.; Rodrigues, Filipe E.P.; Vitorino, João N.M.; Loureiro, Rui J.S.; Faísca, Patrícia F.N.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Predicting stable binding modes from simulated dimers of the D76N mutant of ß2-microglobulin". Computational and Structural Biotechnology Journal 19 (2021): 5160-5169. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.09.003. Publicado • 10.1016/j.csbj.2021.09.003 de Matos, Ana M.; Blázquez-Sánchez, M. Teresa; Bento-Oliveira, Andreia; de Almeida, Rodrigo F. M.; Nunes, Rafael; Lopes, Pedro E. M.; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Rauter, Amélia P.. "Glucosylpolyphenols as Inhibitors of Aß-Induced Fyn Kinase Activation and Tau Phosphorylation: Synthesis, Membrane Permeability, and Exploratory Target Assessment within the Scope of Type 2 Diabetes and Alzheimer’s Disease". Journal of Medicinal Chemistry 63 20 (2020): 11663-11690. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c00841. Publicado • 10.1021/acs.jmedchem.0c00841 Reis, Pedro B. P. S.; Vila-Viçosa, Diogo; Rocchia, Walter; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "PypKa: A Flexible Python Module for Poisson–Boltzmann-Based pKa Calculations". Journal of Chemical Information and Modeling 60 10 (2020): 4442-4448. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00718. Publicado • 10.1021/acs.jcim.0c00718 Oliveira, Nuno F. B.; Pires, Inês D. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved GROMOS 54A7 Charge Sets for Phosphorylated Tyr, Ser, and Thr to Deal with pH-Dependent Binding Phenomena". Journal of Chemical Theory and Computation 16 10 (2020): 6368-6376. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00529. Publicado • 10.1021/acs.jctc.0c00529 Dallavalle, Sabrina; Dobricic, Vladimir; Lazzarato, Loretta; Gazzano, Elena; Machuqueiro, Miguel; Pajeva, Ilza; Tsakovska, Ivanka; Zidar, Nace; Fruttero, Roberta. Autor correspondente: Fruttero, Roberta. "Improvement of conventional anti-cancer drugs as new tools against multidrug resistant tumors". Drug Resistance Updates 50 (2020): 100682. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2020.100682. Publicado • 10.1016/j.drup.2020.100682 Stark, Michal; Silva, Tomás F. D.; Levin, Guy; Machuqueiro, Miguel; Assaraf, Yehuda G.. Autor correspondente: Assaraf, Yehuda G.. "The Lysosomotropic Activity of Hydrophobic Weak Base Drugs is Mediated via Their Intercalation into the Lysosomal Membrane". Cells 9 5 (2020): 1082. http://dx.doi.org/10.3390/cells9051082. Publicado • 10.3390/cells9051082 João Franco Machado; Miguel Machuqueiro; Fernanda Marques; M. Paula Robalo; M. Fátima M. Piedade; M. Helena Garcia; João D. G. Correia; et al. Autor correspondente: Morais, Tânia S.. "Novel “ruthenium cyclopentadienyl”–peptide conjugate complexes against human FGFR(+) breast cancer". Dalton Transactions 49 18 (2020): 5974-5987. https://doi.org/10.1039/D0DT00955E. Publicado • 10.1039/D0DT00955E Magalhães, P. R.; Machuqueiro, M.; Almeida, J. G.; Melo, J. G.; Cordeiro, M. N. D. S.; Cabo-Verde, S.; Gümüs, Z.H.; et al. Autor correspondente: Melo, R.. "Dynamical Rearrangement of Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 upon Antibody Binding: Effects on the Dimerization". Biomolecules 9 11 (2019): 706. http://dx.doi.org/10.3390/biom9110706. Publicado • 10.3390/biom9110706 Laura Guedes; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro; Asma Ressaissi; Rita Pacheco; Maria Luísa Serralheiro. Autor correspondente: Maria Luísa Serralheiro. "Bioactivities of Centaurium erythraea (Gentianaceae) Decoctions: Antioxidant Activity, Enzyme Inhibition and Docking Studies". Molecules (2019): https://doi.org/10.3390/molecules24203795. Publicado • 10.3390/molecules24203795 Assaraf, Yehuda G.; Brozovic, Anamaria; Gonçalves, Ana Cristina; Jurkovicova, Dana; Line, Aija; Machuqueiro, Miguel; Saponara, Simona; et al. Autor correspondente: Vasconcelos, M. Helena. "The multi-factorial nature of clinical multidrug resistance in cancer". Drug Resistance Updates 46 (2019): 100645. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2019.100645. Publicado • 10.1016/j.drup.2019.100645 Rui J. S. Loureiro; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Eugene I. Shakhnovich; Patrícia F. N. Faísca. Autor correspondente: Patrícia F. N. Faísca. "The Early Phase of ß2m Aggregation: An Integrative Computational Study Framed on the D76N Mutant and the ¿N6 Variant". Biomolecules (2019): https://doi.org/10.3390/biom9080366. Publicado • 10.3390/biom9080366 Diogo Vila-Viçosa; Pedro B. P. S. Reis; António M. Baptista; Chris Oostenbrink; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Diogo Vila-Viçosa. "A pH Replica Exchange Scheme in the Stochastic Titration Constant-pH MD Method". Journal of Chemical Theory and Computation (2019): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00030. Publicado • 10.1021/acs.jctc.9b00030 Filipa Pires; Vananélia P. N. Geraldo; Bárbara Rodrigues; António de Granada-Flor; Rodrigo F. M. de Almeida; Osvaldo N. Oliveira, Jr.; Bruno L. Victor; Miguel Machuqueiro; Maria Raposo. Autor correspondente: Maria Raposo. "Evaluation of EGCG Loading Capacity in DMPC Membranes". Langmuir (2019): https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.9b00372. Publicado • 10.1021/acs.langmuir.9b00372 Quintal, Susana; Pires da Silva, Maria João; Martins, Soraia R. M.; Sales, Rita; Félix, Vítor; Drew, Michael G. B.; Meireles, Margarida; et al. Autor correspondente: Calhorda, Maria José. "Molybdenum(ii) complexes with p-substituted BIAN ligands: synthesis, characterization, biological activity and computational study". Dalton Transactions 48 23 (2019): 8449-8463. http://dx.doi.org/10.1039/c9dt00469f. Publicado • 10.1039/c9dt00469f Catarina Dias; João P. Pais; Rafael Nunes; Maria-Teresa Blázquez-Sánchez; Joaquim T. Marquês; Andreia F. Almeida; Patrícia Serra; et al. Autor correspondente: Amélia P. Rauter. "Sugar-based bactericides targeting phosphatidylethanolamine-enriched membranes". Nature Communications 9 1 (2018): https://doi.org/10.1038/s41467-018-06488-4. Publicado • 10.1038/s41467-018-06488-4 Tomás F. D. Silva; Diogo Vila-Viçosa; Pedro B. P. S. Reis; Bruno L. Victor; Matthias Diem; Chris Oostenbrink; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "The Impact of Using Single Atomistic Long-Range Cutoff Schemes with the GROMOS 54A7 Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00758. Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00758 Rafael Nunes; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Paulo J. Costa. Autor correspondente: Paulo J. Costa. "Biomolecular Simulations of Halogen Bonds with a GROMOS Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00278. Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00278 Helena Gaspar; Soraia Bronze; Catarina Oliveira; Bruno L. Victor; Miguel Machuqueiro; Rita Pacheco; Maria João Caldeira; Susana Santos. Autor correspondente: Susana Santos. "Proactive response to tackle the threat of emerging drugs: Synthesis and toxicity evaluation of new cathinones". Forensic Science International 290 (2018): 146-156. https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2018.07.001. Publicado • 10.1016/j.forsciint.2018.07.001 Diogo Vila-Viçosa; Tomás F. D. Silva; Gregory Slaybaugh; Yana K. Reshetnyak; Oleg A. Andreev; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "Membrane-Induced pKa Shifts in wt-pHLIP and Its L16H Variant". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00102. Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00102 Pedro B. P. S. Reis; Diogo Vila-Viçosa; Sara R. R. Campos; António M. Baptista; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "Role of Counterions in Constant-pH Molecular Dynamics Simulations of PAMAM Dendrimers". ACS Omega (2018): https://doi.org/10.1021/acsomega.7b01708. Publicado • 10.1021/acsomega.7b01708 Marques, S. C. R.; Mestre, A. S.; Machuqueiro, M.; Gotvajn, A. Z.; Marinsek, M.; Carvalho, A. P.; Marques, S.C.R.; et al. Autor correspondente: Carvalho, A. P.. "Apple tree branches derived activated carbons for the removal of beta-blocker atenolol". Chemical Engineering Journal Accepted (2018): 669-678. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.01.076. Publicado • https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.01.076 Filipe, Hugo A L; Sousa, Carla; Marques, Joaquim T; Vila-Vicosa, Diogo; de Granada-Flor, Antonio; Viana, Ana S; Santos, M Soledade C S; Machuqueiro, Miguel; de Almeida, Rodrigo F M. Autor correspondente: de Almeida, Rodrigo F M. "Differential targeting of membrane lipid domains by caffeic acid and its ester derivatives.". Free radical biology & medicine 115 (2018): 232-245. http://dx.doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2017.12.002. Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2017.12.002 Brito, Elsa; Gomes, Emma; Fale, Pedro L; Borges, Carlos; Pacheco, Rita; Teixeira, Vitor; Machuqueiro, Miguel; Ascensao, Lia; Serralheiro, Maria Luisa M. Autor correspondente: Fale, Pedro L. "Bioactivities of decoctions from Plectranthus species related to their traditional use on the treatment of digestive problems and alcohol intoxication.". Journal of ethnopharmacology 220 (2018): 147-154. https://doi.org/10.1016/j.jep.2018.04.006. Publicado • 10.1016/j.jep.2018.04.006 Jesus, Ana R.; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Marques, Ana P.; Dore, Timothy M.; Rauter, Amelia P.. Autor correspondente: Dore, Timothy M.. "Targeting Type 2 Diabetes with C-Glucosyl Dihydrochalcones as Selective Sodium Glucose Co-Transporter 2 (SGLT2) Inhibitors: Synthesis and Biological Evaluation". Journal of Medicinal Chemistry 60 2 (2017): 568-579. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6b01134. Publicado • 10.1021/acs.jmedchem.6b01134 Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno; Switala, Jacek; Villanueva, Jacylyn; Rovira, Carme; Fita, Ignacio; Loewen, Peter C.. Autor correspondente: Loewen, Peter C.. "The Catalase Activity of Catalase-Peroxidases Is Modulated by Changes in the pK(a) of the Distal Histidine". Biochemistry 56 17 (2017): 2271-2281. http://dx.doi.org/10.1021/acs.biochem.6b01276. Publicado • 10.1021/acs.biochem.6b01276 Vila-Vicosa, Diogo; Victor, Bruno L.; Ramos, Jorge; Machado, Diana; Viveiros, Miguel; Switala, Jacek; Loewen, Peter C.; et al. Autor correspondente: Martins, Filomena. "Insights on the Mechanism of Action of INH-C-10 as an Antitubercular Prodrug". Molecular Pharmaceutics 14 12 (2017): 4597-4605. http://dx.doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.7b00719. Publicado • 10.1021/acs.molpharmaceut.7b00719 Ressaissi, Asma; Attia, Nebil; Fale, Pedro Luis; Pacheco, Rita; Victor, Bruno L.; Machuqueiro, Miguel; Serralheiro, Maria Luisa M.. Autor correspondente: Serralheiro, Maria Luisa M.. "Isorhamnetin derivatives and piscidic acid for hypercholesterolemia: cholesterol permeability, HMG-CoA reductase inhibition, and docking studies". Archives of Pharmacal Research 40 11 (2017): 1278-1286. https://doi.org/10.1007/s12272-017-0959-1. Publicado • 10.1007/s12272-017-0959-1 Loureiro, Rui J. S.; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Shakhnovich, Eugene I.; Faisca, Patricia F. N.. Autor correspondente: Faisca, Patricia F. N.. "A tale of two tails: The importance of unstructured termini in the aggregation pathway of beta 2-microglobulin". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 85 11 (2017): 2045-2057. http://dx.doi.org/10.1002/prot.25358. Publicado • 10.1002/prot.25358 Silva, Leticia; Rodrigues, Ana Margarida; Ciriani, Marina; Vieira Fale, Pedro Luis; Teixeira, Vitor; Madeira, Paulo; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Marques Serralheiro, Maria Luisa. "Antiacetylcholinesterase activity and docking studies with chlorogenic acid, cynarin and arzanol from Helichrysum stoechas (Lamiaceae)". Medicinal Chemistry Research 26 11 (2017): 2942-2950. http://dx.doi.org/10.1007/s00044-017-1994-7. Publicado • 10.1007/s00044-017-1994-7 Silva, Letícia; Rodrigues, Ana M.; Ciriani, Marina; Falé, Pedro Luís Vieira; Teixeira, Vitor; Madeira, Paulo; Machuqueiro, Miguel; et al. "Antiacetylcholinesterase activity and docking studies with chlorogenic acid, cynarin and arzanol from Helichrysum stoechas (Asteraceae)". (2017): http://hdl.handle.net/10400.21/7396. 10.1007/s00044-018-2159-z Filipe, Luis C. S.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Structuring Peptide Dendrimers through pH Modulation and Substrate Binding". Journal of Physical Chemistry B 120 38 (2016): 10138-10152. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b05905. Publicado • 10.1021/acs.jpcb.6b05905 Teixeira, Vitor H.; Capacho, Ana Sofia C.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "The role of electrostatics in TrxR electron transfer mechanism: A computational approach". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 84 12 (2016): 1836-1843. http://dx.doi.org/10.1002/prot.25166. Publicado • 10.1002/prot.25166 Vilas-Boas, Filipe; Bagulho, Ana; Tenente, Rita; Teixeira, Vitor H.; Martins, Gabriel; da Costa, Goncalo; Jeronimo, Ana; et al. Autor correspondente: Real, Carla. "Hydrogen peroxide regulates cell adhesion through the redox sensor RPSA". Free Radical Biology and Medicine 90 (2016): 145-157. http://dx.doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2015.11.019. Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2015.11.019 Teixeira, Vitor H.; Vila-Vicosa, Diogo; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKa Values of Titrable Amino Acids at the Water/Membrane Interface". Journal of Chemical Theory and Computation 12 3 (2016): 930-934. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b01114. Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b01114 Ressaissi, A.; Attia, N.; Falé, P. L. V.; Pacheco, R.; Teixeira, V. H.; Machuqueiro, M.; Borges, C.; Serralheiro, M. L. M.. Autor correspondente: Serralheiro, M. L. M.. "Aqueous extracts from nopal (Opuntia Ficus-Indica): antiacetylcholinesterase and antioxidant activity from phenolic bioactive compounds". Int J Green Herb Chem 5 (2016): 337-348. http://ijghc.com/download_frontend.php?id=205&table=Green%20Chemistry. Publicado Filipe, Luis C. S.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Exploring the Structural Properties of Positively Charged Peptide Dendrimers". Journal of Physical Chemistry B 120 43 (2016): 11323-11330. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b09156. Publicado • 10.1021/acs.jpcb.6b09156 Magalhaes, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Constant-pH Molecular Dynamics Study of Kyotorphin in an Explicit Bilayer". Biophysical Journal 108 9 (2015): 2282-2290. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2015.03.052. Publicado • 10.1016/j.bpj.2015.03.052 Teixeira, Vitor H.; Ventura, Cristina; Leitao, Ruben; Rafols, Clara; Bosch, Elisabeth; Martins, Filomena; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Molecular Details of INH-C-10 Binding to wt KatG and Its S315T Mutant". Molecular Pharmaceutics 12 3 (2015): 898-909. http://dx.doi.org/10.1021/mp500736n. Publicado • 10.1021/mp500736n Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Constant-pH MD Simulations of an Oleic Acid Bilayer". Journal of Chemical Theory and Computation 11 5 (2015): 2367-2376. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00095. Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b00095 Santos, Hugo A. F.; Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Constant-pH MD Simulations of DMPA/DMPC Lipid Bilayers". Journal of Chemical Theory and Computation 11 12 (2015): 5973-5979. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00956. Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b00956 Carvalheda, C.A.; Campos, S.R.R.; Machuqueiro, M.; Baptista, A.M.. "Correction to "structural effects of pH and deacylation on surfactant protein C in an organic solvent mixture: A constant-pH MD study"". Journal of Chemical Information and Modeling 55 1 (2015): 206-206. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84921826482&partnerID=MN8TOARS. 10.1021/ci5007454 Vila-Vicosa, Diogo; Francesconi, Oscar; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Why a diaminopyrrolic tripodal receptor binds mannosides in acetonitrile but not in water?". Beilstein Journal of Organic Chemistry 10 (2014): 1513-1523. http://dx.doi.org/10.3762/bjoc.10.156. Publicado • 10.3762/bjoc.10.156 Teixeira, Vitor H.; Vila-Vicosa, Diogo; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Protonation of DMPC in a Bilayer Environment Using a Linear Response Approximation". Journal of Chemical Theory and Computation 10 5 (2014): 2176-2184. http://dx.doi.org/10.1021/ct5000082. Publicado • 10.1021/ct5000082 Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Santos, Hugo A. F.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Treatment of Ionic Strength in Biomolecular Simulations of Charged Lipid Bilayers". Journal of Chemical Theory and Computation 10 12 (2014): 5483-5492. http://dx.doi.org/10.1021/ct500680q. Publicado • 10.1021/ct500680q Estacio, Silvia G.; Krobath, Heinrich; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Shakhnovich, Eugene I.; Faisca, Patricia F. N.. Autor correspondente: Faisca, Patricia F. N.. "A Simulated Intermediate State for Folding and Aggregation Provides Insights into Delta N6 beta(2)-Microglobulin Amyloidogenic Behavior". Plos Computational Biology 10 5 (2014): http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003606. Publicado • 10.1371/journal.pcbi.1003606 Mestre, Ana S.; Machuqueiro, Miguel; Silva, Mariline; Freire, Ruben; Fonseca, Isabel M.; Santos, M. Soledade C. S.; Calhorda, Maria Jose; Carvalho, Ana P.. Autor correspondente: Carvalho, Ana P.. "Influence of activated carbons porous structure on iopamidol adsorption". Carbon 77 (2014): 607-615. http://dx.doi.org/10.1016/j.carbon.2014.05.065. Publicado • 10.1016/j.carbon.2014.05.065 Martins, Alice; Santos, Maria S.; Dias, Catarina; Serra, Patricia; Cachatra, Vasco; Pais, Joao; Caio, Joao; et al. Autor correspondente: Rauter, Amelia P.. "Tuning the Bioactivity of Tensioactive Deoxy Glycosides to Structure: Antibacterial Activity Versus Selective Cholinesterase Inhibition Rationalized by Molecular Docking". European Journal of Organic Chemistry 8 (2013): 1448-1459. http://dx.doi.org/10.1002/ejoc.201201520. 10.1002/ejoc.201201520 Filipe, Luis C. S.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Unraveling the Conformational Determinants of Peptide Dendrimers Using Molecular Dynamics Simulations". Macromolecules 46 23 (2013): 9427-9436. http://dx.doi.org/10.1021/ma401574b. Publicado • 10.1021/ma401574b Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Santos, Hugo A. F.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Conformational Study of GSH and GSSG Using Constant-pH Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 117 25 (2013): 7507-7517. http://dx.doi.org/10.1021/jp401066v. Publicado • 10.1021/jp401066v Carvalheda, Catarina A.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Structural Effects of pH and Deacylation on Surfactant Protein C in an Organic Solvent Mixture: A Constant-pH MD Study". Journal of Chemical Information and Modeling 53 11 (2013): 2979-2989. http://dx.doi.org/10.1021/ci400479c. Publicado • 10.1021/ci400479c Henriques, Joao; Costa, Paulo J.; Calhorda, Maria Jose; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Charge Parametrization of the DvH-c(3) Heme Group: Validation Using Constant-(pH,E) Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 117 1 (2013): 70-82. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000313220600008&KeyUID=WOS:000313220600008. Publicado • 10.1021/jp3082134 Vila-Vicosa, Diogo; Campos, Sara R. R.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Reversibility of Prion Misfolding: Insights from Constant-pH Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 116 30 (2012): 8812-8821. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000306989800009&KeyUID=WOS:000306989800009. Publicado • 10.1021/jp3034837 Gamelas, Carla A.; Bandeira, Nuno A. G.; Pereira, Claudia C. L.; Calhorda, Maria Jose; Herdtweck, Eberhardt; Machuqueiro, Miguel; Romao, Carlos C.; Veiros, Luis F.. Autor correspondente: Calhorda, Maria Jose. "Indenyl ring slippage in crown thioether complexes [IndMo(CO)2L]+ and C-S activation of trithiacyclononane: Experimental and theoretical studies". Dalton Transactions 40 40 (2011): 10513-10525. http://dx.doi.org/10.1039/C1DT10607D. 10.1039/c1dt10607d Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Is the prediction of pK(a) values by constant-pH molecular dynamics being hindered by inherited problems?". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 79 12 (2011): 3437-3447. http://dx.doi.org/10.1002/prot.23115. Publicado • 10.1002/prot.23115 Filipe, LCS; Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Unfolding the Conformational Behavior of Peptide Dendrimers: Insights from Molecular Dynamics Simulations". Journal of the American Chemical Society 133 13 (2011): 5042-5052. http://dx.doi.org/10.1021/ja111001v. 10.1021/ja111001v Campos, SRR; Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Constant-pH Molecular Dynamics Simulations Reveal a beta-Rich Form of the Human Prion Protein". Journal of Physical Chemistry B 114 39 (2010): 12692-12700. http://dx.doi.org/10.1021/jp104753t. 10.1021/jp104753t Machuqueiro, M; Campos, SRR; Soares, CM; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Membrane-Induced Conformational Changes of Kyotorphin Revealed by Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 114 35 (2010): 11659-11667. http://dx.doi.org/10.1021/jp104418g. Publicado • 10.1021/jp104418g Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Molecular Dynamics at Constant pH and Reduction Potential: Application to Cytochrome c(3)". Journal of the American Chemical Society 131 35 (2009): 12586-12594. http://dx.doi.org/10.1021/ja808463e. Publicado • 10.1021/ja808463e Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Acidic range titration of HEWL using a constant-pH molecular dynamics method". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 72 1 (2008): 289-298. http://dx.doi.org/10.1002/prot.21923. Publicado • 10.1002/prot.21923 Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "The pH-dependent conformational states of kyotorphin: A constant-pH molecular dynamics study". Biophysical Journal 92 6 (2007): 1836-1845. http://dx.doi.org/10.1529/biophysj.106.092445. Publicado • 10.1529/biophysj.106.092445 Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Constant-pH molecular dynamics with ionic strength effects: Protonation-conformation coupling in decalysine". Journal of Physical Chemistry B 110 6 (2006): 2927-2933. http://dx.doi.org/10.1021/jp056456q. Publicado • 10.1021/jp056456q Fernandez-Lopez, R; Kofoed, J; Machuqueiro, M; Darbre, T. Autor correspondente: Darbre, T. "A selective direct aldol reaction in aqueous media catalyzed by zinc-proline". European Journal of Organic Chemistry 24 (2005): 5268-5276. http://dx.doi.org/10.1002/ejoc.200500352. Publicado • 10.1002/ejoc.200500352 Teixeira, VH; Cunha, CA; Machuqueiro, M; Oliveira, ASF; Victor, BL; Soares, CM; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "On the use of different dielectric constants for computing individual and pairwise terms in Poisson-Boltzmann studies of protein ionization equilibrium". Journal of Physical Chemistry B 109 30 (2005): 14691-14706. http://dx.doi.org/10.1021/jp052259f. Publicado • 10.1021/jp052259f Kofoed, Jacob; Machuqueiro, Miguel; Reymond, Jean-Louis; Darbre, Tamis. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zinc–proline catalyzed pathway for the formation of sugars". Chem. Commun. 13 (2004): 1540-1541. http://dx.doi.org/10.1039/b404465g. 10.1039/b404465g Darbre, Tamis; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zn-Proline catalyzed direct aldol reaction in aqueous media". Chemical Communications 9 (2003): 1090-1091. http://dx.doi.org/10.1039/b301117h. Publicado • 10.1039/b301117h Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zinc mediated methyl transfer from trimethyl phosphate to chelating and non-chelating alkyl thiols. Model for Zn-dependent methyltransferases". Journal of Inorganic Biochemistry 94 1-2 (2003): 193-196. http://dx.doi.org/10.1016/s0162-0134(02)00625-6. 10.1016/s0162-0134(02)00625-6
Capítulo de livro	Salete J. Baptista; Beatriz Bueschbell; Pedro R. Magalhães; António J. Preto; Agostinho Lemos; Nícia Rosário-Ferreira; Anke C. Schiedel; et al. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "Arrestin and G Protein Interactions with GPCRs: A Structural Perspective". In GPCRs as Therapeutic Targets, editado por Annette Gilchrist. Estados Unidos: John Wiley & Sons, Inc., 2022. Publicado • 10.1002/9781119564782.ch5 Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B. P. S.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno L.. Autor correspondente: Victor, Bruno L.. "Identification of Pan-Assay INterference compoundS (PAINS) Using an MD-Based Protocol". In Computational Design of Membrane Proteins, editado por Miguel Machuqueiro; Irina S. Moreira; Joana B. Mourão, 263-271. Springer US, 2021. Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_15 Oliveira, Nuno F. B.; Silva, Tomás F. D.; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKa Calculations in Membrane Proteins from Molecular Dynamics Simulations". In Computational Design of Membrane Proteins, editado por Miguel Machuqueiro; Irina S. Moreira; Joana B. Mourão, 185-195. Estados Unidos: Springer US, 2021. Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_11
Livro	Moreira, Irina S; Machuqueiro, Miguel; Mourão, Joana. Computational Design of Membrane Proteins. 2021. No prelo
Poster em conferência	Sequeira, João G. N.; Roitberg, Adrian; Machuqueiro, Miguel. "Extending the Stochastic titration CpHMD Method to AMBER14SB for Acid-Sensing Ion Channels Modeling". Trabalho apresentado em Hünfeld 2024: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules, 2024. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "In silico study of promising ruthenium metalodrug delivery systems". Trabalho apresentado em 3rd Chem & Biochem Students Meeting, FCUL, Lisboa, Portugal, 2023. Sequeira, João G. N.; Roitberg, Adrian; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Sequeira, João G. N.. "The role of pH in the search for non-opioid analgesics: What we are doing about it and why". Trabalho apresentado em 3rd Chem & BioChem Students Meeting, 2023. Inês Silva Pires; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "In silico study of promising ruthenium metallodrug delivery systems". Trabalho apresentado em 3rd Chem&Biochem, 2023. Pires, I.D.S.; Machuqueiro, Miguel. "How protein pKa predictions are affected by the choice of experimental structure?". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics 2023, Genoa, IT., 2023. Suzano, Pedro; Silva, Tomas F. D.; Pires, Ines D. S.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro; Machuqueiro, Miguel. "MembIT - a Powerful Tool for Analyzing Solute Membrane Insertions and Deformations in MD Simulations". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics Conference, 2023. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "Evaluating the membrane biophysical profile of smart metallodrugs for cancer therapy". Trabalho apresentado em Virtual Winter School on Computational Chemistry, Online Workshop, 2023. Silva, Tomás F.D.; Suzano, Pedro; Pires, I.D.S.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "MembIT - a tool to calculate membrane-insertion properties of solutes". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery system". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022. Sequeira, João G. N.; Link, Wolfgang; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Sequeira, João G. N.. "Searching for CRM1 inhibitors using a HTVS protocol". Trabalho apresentado em 3D-BioInfo-PT annual meeting, 2022. Vitorino, João N. M.; Oliveira, Nuno; Filipe E. P. Rodrigues; Faísca, Patrícia FN; Machuqueiro, Miguel. "Predicting Aggregation-Triggering ¿2m Oligomers With The Help Of MMPBSA Calculations". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022. Oliveira, N. F. B.; Yousef, Mohannad; Machuqueiro, Miguel. "Computational estimation of protein/drug pH-dependent binding affinities". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022. Sequeira, João G. N.; Link, Wolfgang; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Sequeira, João G. N.. "High-throughput virtual screening to identify non-covalent inhibitors of CRM1 with anti-tumoral potential". Trabalho apresentado em 6ª Conferência Anual da RedeSAÚDE, 2022. Suzano, Pedro; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "A Computational Method to Estimate pH Effects in Antitumor Drug Resistance". Trabalho apresentado em 2nd Chem & Biochem Students Meeting, 2022. Sequeira, João G. N.; Link, Wolfgang; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Sequeira, João G. N.. "An ad hoc HTVS protocol to identify new CRM1 non-covalent inhibitors". Trabalho apresentado em 2nd Chem & BioChem Students Meeting, 2022. Ricardo G. Teixeira; Belisario, Dimas C.; Oliveira, Nuno F. B.; Sequeira, João G. N.; Romero, Isabel; Riganti, Chiara; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Valente, Andreia. "Targeting P-gp with Ru-cyclopentadienyl compounds: an approach to overcome cancer multidrug resistance". Trabalho apresentado em CQE Days, 2022. Tânia S. Morais; João Franco Machado; Sá, Marco; Machuqueiro, Miguel; Fernanda Marques; Helena Garcia, Maria; Correia, João D. G.. Autor correspondente: Tânia S. Morais. "Targeted delivery of Ru-cyclopentadienyl complexes to breast cancer cells with FGFR-specific peptides". Trabalho apresentado em 8th Latin American Symposium on Coordination and Organometallic Chemistry (Virtual), 2022. Vitorino, João N. M.; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Vitorino, João N. M.. "PyBindE: Development of a Simple Python MM-PBSA Implementation for Estimating Protein-Protein and Protein-Ligand Binding Energies". Trabalho apresentado em 9º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE 2021), 2021. mol2net-07-12107 Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. Autor correspondente: Magalhães, Pedro R.. "Identification of membrane PAINS via an optimized computational protocol". Trabalho apresentado em 8th EJIBCE, Coimbra, Portugal, 2021. Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved realism of peptide-membrane simulations using a pH-Gradient/CpHMD protocol". Trabalho apresentado em 8º Encontro Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE2021), 2021. Vitorino, João N. M.; Oliveira, N. F. B.; Rodrigues, F. E. P.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Vitorino, João N. M.. "Develop a Simple and Fast MM-PBSA Method Based on DelPhi to Study Protein/Protein Binding Affinities". Trabalho apresentado em Hünfeld 2021: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules, 2021. Suzano, Pedro; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "In silico Study of Acid-Induced Anti-Tumor Drug Resistance". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules 2021, Online Workshop, 2021. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. Autor correspondente: Magalhães, Pedro R.. "Development of a Novel Computational Protocol for the Identification of Membrane PAINS". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules, Hunfeld Online Workshop, 2021. Oliveira, N. F. B.; Machuqueiro, Miguel. "The Role of Electrostatics in the Mechanism of ATP/ADP Carrier Function: An in silico Study". Trabalho apresentado em Hünfeld 2021: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules, 2021. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Computational Methods to Tackle the pH Effects on Membrane-Inserting Peptides". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules 2021, Online Workshop, 2021. João G. N. Sequeira; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: João G. N. Sequeira. "Conformation characterization of the NES-binding groove in CRM1". Trabalho apresentado em Hünfeld 2021: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules, 2021. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Speeding-up the identification of membrane PAINS with a new computational approach". Trabalho apresentado em Ciências Research Day, 2020. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Refining an umbrella-sampling protocol to describe membrane PAINS". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019 (7th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural), Lisboa, Portugal, 2019. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Structural characterization of Aquaporin-1 and evaluation of a PMF based protocol to determine water permeability rates". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019 (7th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Estrutural Compucacional), Lisboa, Portugal, 2019. Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. "pH-dependent membrane crossing mechanism of lipophilic antitumoral drugs". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019, 2019. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Improving in silico membrane pKa calculations of pHLIP peptides,". Trabalho apresentado em EUROPIN Summer School on Drug Design, 2019. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Computational Characterization of Membrane PAINS". Trabalho apresentado em Joint 12th EBSA 10th ICBP-IUPAP Biophysics Congress, Madrid, Spain, 2019. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Computational prediction of water permeability rates in Aquaporin-1". Trabalho apresentado em Joint 12th EBSA congress 10th ICBP-IUPAP Congress, Madrid, Spain, 2019. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "pH Replica Exchange simulations of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em 12th EBSA - IUPAP Biophysics Congress, 2019. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Applying a pHRE method to pHLIP Peptides". Trabalho apresentado em BioISI PhD Symposium, 2019. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Optimization of a computational protocol to characterize membrane PAINS". Trabalho apresentado em Workshop on Integrative Approaches to Protein Folding & Aggregation, Lisboa, Portugal, 2019. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "A pH Replica Exchange approach to pHLIP peptides". Trabalho apresentado em Integrative Approaches to Protein Folding & Aggregation, 2019. Loureiro, Rui João; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Shakhnovich, Eugene; Faísca, Patrícia. "The importance of unstructured termini in the aggregation cascade of beta-2-microglobulin: insights from molecular simulations of D76N mutant". Trabalho apresentado em EJIBCE 2018, 2018. 10.3390/mol2net-04-06085 Barreto, Carlos A.V.; Melo, Rita; Magalhães, Pedro R.; Renault, Pedro; Machuqueiro, Miguel; Moreira, Irina S.. "Understanding Structural and Dynamic Differences of GHSR-Gq nad GHSr-Arr Complexes". Trabalho apresentado em Encontro Jovens Investigadores de Biologia Estrutural e Computacional, 2018. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás; Machuqueiro, Miguel. "pH effects on PG/PC and PS/PC lipid binary mixtures: a CpHMD study". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics Conference, Serbia, Belgrade, 2018. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Slaybaugh, Gregory; Reshetnyak, Yana K.; Andreev, Oleg A.; Machuqueiro, Miguel. "Replica Exchange CpHMD simulations of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018. Vila-Viçosa, Diogo; Reis, Pedro B P S; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. "Coupling enhanced sampling and biased MD simulations with CpHMD". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018. Magalhães, Pedro Rafael; Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás; Machuqueiro, Miguel. "pH effects on PG/PC and PS/PC lipid binary mixtures". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018. 10.3390/mol2net-04-05922 Silva, Tomás F.D.; Reis, Pedro B P S; Victor, Bruno; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Evaluating GROMOS force fields without the twin-range cutoff scheme". Trabalho apresentado em Free Energy Calculations from Molecular Simulation: Aplications in Life and Medical Sciences, 2017. Nunes, Rafael; Pais, João; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Rauter, Amélia P.. "Synthesis of new antibiotic glycosides and computational studies on their interaction with model lipid bilayers". Trabalho apresentado em CQB Day 2016, Lisboa, Portugal, 2016. Nunes, Rafael; Vila-Vicosa, Diogo; Rauter, Amélia P.; Machuqueiro, Miguel. "Sugar-based surfactants as antibacterial agents targeting lipid bilayers: Insights from molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 3o Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE 2015), Coimbra, Portugal, 2015. Nunes, Rafael; Pais, João; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Rauter, Amélia P.. "Novel antibacterial glycosides: synthesis and computational studies on their interaction with model membranes". Trabalho apresentado em 11th International Meeting of the Portuguese Carbohydrate Group and 6th Iberian Carbohydrate Meeting, Viseu, Portugal, 2015. Nunes, Rafael; Pais, João; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Rauter, Amélia P.. "New sugar-based surfactants targetting lipid bilayers: Synthesis and molecular dynamics study". Trabalho apresentado em CQB Day 2015, Lisboa, Portugal, 2015. Nunes, Rafael; Pais, João; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Rauter, Amélia P.. "Synthesis and molecular dynamics study of new membrane-active antibacterial glycosides". Trabalho apresentado em 19th European Symposium on Organic Chemistry, Lisboa, Portugal, 2015. Nunes, Rafael; Vila-Vicosa, Diogo; Rauter, Amélia P.; Machuqueiro, Miguel. "New insights into the interaction of sugar-based surfactants with lipid bilayers from molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 2o Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, Lisboa, Portugal, 2014. Nunes, Rafael; Vila-Vicosa, Diogo; Rauter, Amélia P.; Machuqueiro, Miguel. "A molecular view on the interaction of antibiotic deoxy glycosides with model phospholipid bilayers". Trabalho apresentado em MultyGlycoNano 2014 - COST Action CM1102 Meeting, Siena, Italy, 2014. Nunes, Rafael; Vila-Vicosa, Diogo; Rauter, Amélia P.; Machuqueiro, Miguel. "Interaction of antibacterial sugar-based surfactants with model lipid membranes: Insights from molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em Dynamic nano- and glyco-sciences, COST Action CM1102 spring training school, University of Namur, Belgium, 2014. Nunes, Rafael; Vila-Viçosa, Diogo; Rauter, Amélia P.; Machuqueiro, Miguel. "Molecular dynamics simulations of antimicrobial deoxy glycoside-based surfactants: Micellization and structural insights". Trabalho apresentado em 1o Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, Porto, Portugal, 2013. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "The effect of pH on the interaction between the neuropeptide kyotorphin and a lipid bilayer: a molecular simulation study". Trabalho apresentado em X Girona Seminar on Theoretical and Computational Chemistry for the Modeling of Biochemical Systems: From Theory to Applications, Girona, Spain, 2012. Baptista, António M.; Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel. "Ionization of a neuropeptide unaffected by the membrane environment: simulations of kyotorphin using constant-pH MD and linear response approximation". Trabalho apresentado em Gordon Research Conference on Protons & Membrane Reactions, San Francisco, USA, 2012. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Simulation of explicit bilayers with constant-pH molecular dynamics". Trabalho apresentado em 5th Theoretical Biophysics International Symposium, Madeira, Portugal, 2011. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Constant-pH molecular dynamics simulations of the neuropeptide kyotorphin in a lipid bilayer". Trabalho apresentado em Frontiers in Protein Research Interbio Symposium, Oeiras, Portugal, 2011. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Constant-pH molecular dynamics simulations of explicit membranes: study of peptide-bilayer interactions". Trabalho apresentado em V Spanish-Portuguese Biophysics Congress, Zaragoza, Spain, 2010. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Interaction between kyotorphin and biological membranes: a constant-pH MD study". Trabalho apresentado em Expanding the Frontiers of Molecular Dynamics Simulations in Biology Conference, Barcelona, Spain, 2009.
Resumo em conferência	Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Tackling the realism: A pH gradient approach to transmembrane peptides¿ simulations". Trabalho apresentado em 2022 3D-BioInfo-PT Meeting, Oeiras, 2022. João G. N. Sequeira; Link, Wolfgang; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: João G. N. Sequeira. "HTVS protocol to identify non-covalent inhibitors of CRM1". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, Coimbra, 2021. 10.3390/mol2net-07-12108 João G. N. Sequeira; Filipe E. P. Rodrigues; Telmo G. D. Silva; Pedro B. P. S. Reis; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Extension of the stochastic CpHMD method to the CHARMM36m force field". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, Coimbra, 2021. 10.3390/mol2net-07-12117 Nunes, Rafael; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Costa, Paulo J.. "Improved modeling of halogen-protein interactions in biomolecular simulations using a GROMOS force field". Trabalho apresentado em JOINT 12th EBSA congress and 10th ICBP ¿ IUPAP congress, Madrid, 2019. Publicado • 10.1007/s00249-019-01373-4 Oliveira, Nuno; Pires, Inês; Machuqueiro, Miguel. "New phosphorylated amino acid parametrization to correctly reproduce their acid/base equilibria, including in protein binding events". Trabalho apresentado em EJIBCE-02: Meeting of Young Researchers in Structural Computational Biology, Porto, 2018. 10.3390/mol2net-04-06082 Silva, Tomás; Vila-Viçosa, Diogo; Reshetnyak, Yana; Andreev, Oleg; Machuqueiro, Miguel. "In silico studies on the pH induced membrane insertion of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em EJIBCE 2017, Coimbra, 2017. 10.3390/mol2net-03-05079 Nunes, Rafael; Costa, Paulo J.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "T4 Lysozyme/Halobenzene: A Test System for Modeling Biomolecular Halogen Bonds". Trabalho apresentado em MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, Sciforum Electronic Conference Series, 2017. Publicado • 10.3390/mol2net-03-05075

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PypKa Server: online pK_a predictions and biomolecular structure preparation with precomputed data from PDB and AlphaFold DB. 2024. Pedro Reis; Djork-Arné Clevert; Miguel Machuqueiro. https://doi.org/10.1093/nar/gkae255.
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A new ruthenium-cyclopentadienyl compound as a promising cancer MDR reversing agent. Oral communication given at CQE Days 2023.. 2023. Valente, Andreia; Ricardo G. Teixeira; Maximiano, Inês; Oliveira, N. F. B.; Sequeira, João G. N.; Antunes A; Machuqueiro, Miguel.
Extending the stochastic titration CpHMD to the CHARMM36m and AMBER14SB force fields. Oral Communication given at the 3D-BioInfo-PT annual meeting.. 2022. Sequeira, João G. N.; Filipe E. P. Rodrigues; Telmo G. D. Silva; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel.
High-throughput virtual screening to identify non-covalent inhibitors of CRM1 with potential antitumor. Oral Communication given at the 6ª Conferência Anual da RedeSAÚDE.. 2022. Sequeira, João G. N.; Machuqueiro, Miguel.
CpHMD battle: GROMOS54A7 vs CHARMM36m. Oral communication at the Protein Electrostatics 2022 remote meeting.. 2022. Sequeira, João G. N.; Filipe E. P. Rodrigues; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel.

Atividades

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2021 - 2023	Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems Orientador de Inês Domingos da Silva Pires	Biochemistry (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2023	In silico tumor-targeting technologies for the evasion of acidity-induced multidrug resistance Orientador de Tomás Fernandes da Silva	Theoretical Biochemistry (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2023	A new generation of user-friendly and machine learning-accelerated methods for protein pKa calculations Orientador de Pedro de Brito Pires Santos Reis	Theoretical Biochemistry (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022	PyBindE: Development of a Simple Python MM-PBSA Implementation for Estimating Protein-Protein and Protein-Ligand Binding Energies Orientador de João Nuno Marques Vitorino	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022	Developing a computational method to calculate pH-dependent membrane permeabilities for anti-tumour drugs Orientador de Pedro Miguel Sousa Suzano	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022	High-throughput virtual screening to identify non-covalent inhibitors of CRM1 with anti-tumoral potential Orientador de João Gonçalo Nunes Sequeira	Bioinformatics (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020	Study of the interaction between the amyloid B peptide and the S100B protein using computational techniques Orientador de Filipe Eduardo Pequito Rodrigues	Biochemistry (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020	The role of electrostatics in the mechanism of ATP/ADP Carrier function: an in silico study Orientador de Nuno Filipe Baltazar Maia Costa de Oliveira	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017	Computational study of pH-dependent membrane insertion mechanism of pHLIP peptides Orientador de Tomás Fernandes da Silva	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017	Improving pKa calculations of membrane inserting amino acids using replica exchange CpHMD simulations Orientador de Pedro de Brito Pires Santos Reis	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017	Encapsulamento da Catequina EGCG no Lipossoma: Múltiplas Abordagens Coorientador de Bárbara Rodrigues	Universidade Nova de Lisboa Departamento de Física, Portugal
2011 - 2016	Studying the structural features of peptide dendrimers using a combined computational and experimental approach Coorientador de Luís Carlos Santos Filipe	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2014 - 2015	Synthesis of new antibiotic glycosides and computational studies on their interaction with model lipid bilayers Orientador de Rafael de Santana Nunes	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2015	Molecular modeling and simulation of pH effects in lipid bilayers Orientador de Diogo Ruivo dos Santos Vila Viçosa	Theoretical Biochemistry (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013 - 2014	Cyclodextrins as anti-asthmatic drug carriers: an in silico study Orientador de Bruno Emanuel de Sá Calçada	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 - 2013	Constant-pH MD simulations of higher complexity lipid bilayer models: PA/PC binary mixtures Orientador de Hugo Alexandre Feiteira dos Santos	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2012	Avaliação in silico da tioredoxina redutase como alvo para terapia anti-tumoral Orientador de Ana Sofia Capacho	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2010 - 2011	Study of pH-dependent misfolding of surfactant protein C using state-of-the-art molecular modelling techniques Coorientador de Catarina Carvalheda Santos	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010	Application of QM and MM methodologies to cytochrome c3: charge parametrization of the heme group for classic force fields Orientador de João Manuel Almeida Henriques	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010	Reversibility of prion misfolding by constant-pH molecular dynamics simulations Orientador de Diogo Vila Viçosa	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2023/01/04	Overcoming Multidrug Resistance: search for human P-glycoprotein modulators and insights on drug efflux mechanism Arguente principal	Cátia Alexandra Marques Bonito Ferreira (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/12/12	Analysis of residue interaction networks in molecular dynamics simulations Arguente principal	Gonçalo Miguel Fonseca Monteiro (Mestrado) Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2021/11/30	SARS-CoV-2 membrane protein: from genomic data to structural new insights Arguente principal	Manuel Maria Moura Neves Moreira Pires (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/06/22	Computational studies addressed to multifunctional enzyme complexes Arguente principal	Carla Sílvia Silva Teixeira (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020/12/10	The structural and functional role of CACNG2 mutations in psychiatric disorders Arguente principal	Raquel Pina Gouveia (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2019	Disclosing the aggregation mechanism of ß2-microglobulin in amyloid disease Arguente	Rui Loureiro (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018	Molecular modeling study of beta-lactogrlobulin dimerization: a first step to hypoallergen design for immunotherapy Arguente principal	Lucie da Rocha (Mestrado) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2017	Reversing multidrug resistance (MDR) in cancer cells by targeting P-glycoprotein (Pgp)— Insights into the mechanism of MDR reversal from in silico Pgp modeling Arguente	Ricardo José Ferreira (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2016	Modelação molecular/Bioinformática estrutural da hemaglutinina do virus influenza Arguente principal	Jorge Antunes (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013	Estudos de Inibição Enzimática Arguente principal	Marta Perez Gomes (Doutoramento) Universidade do Porto, Portugal
2013	Theoretical investigation of the energy of olefin- and sila-olefin insertion/ß-H elimination reactions of two late transition metals – DFT MO calculations Arguente	Rita Ferro (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012	Propriedades Electrónicas de Espécies Hidrofóbicas Micro-solvatadas e em Solução Arguente	Margarida Mateus (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011	Molecular Modelling of transmembranar transporters for Chloride Arguente principal	Igor Marques (Mestrado) Universidade de Aveiro, Portugal

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2018 - Atual	Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2737-4165)	World Scientific
2018 - Atual	The Journal of Membrane Biology (0022-2631)	Springer
2013 - Atual	PLOS ONE (1932-6203)	PLOS

Entrevista / Programa (rádio / tv)

	Programa	Tema
2020/10/05 - Atual	90 Segundos de Ciência	Science

Membro de comissão

	Descrição da atividade Tipo de participação	Instituição / Organização
2020/01/01 - 2024/12/31	Member of the Coordination team of the BioISI research unit. Responsible for the Computational Biology Thematic Line. Outro	Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2018/01/01 - 2019/12/31	Member of the Coordination team of the Centro de Química e Bioquímica research unit. Responsible for budget and funding management. Outro	Universidade de Lisboa Centro de Química e Bioquímica, Portugal

Distinções

Prémio

2023	CIÊNCIAS Research Day Award in the field of Chemical Sciences and Technologies Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Outra distinção

2016	Conference grant award (400 Euros) for the participation in the Protein Electrostatics Berlin in Berlin, Germany Technische Universität Berlin Institut für Lebensmitteltechnologie und Lebensmittelchemie, Alemanha
2015	36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call. Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2013	Conference grant award (900 Euros) for the participation in the 246th ACS Meeting in Indianapolis, USA Fundação Luso-Americana, Portugal
2010	Conference grant award (1200 Euros) for the participation in the Proton Transfer Electrostatics in Telluride, CO, USA. Fundação Luso-Americana, Portugal
2009	5 years contract under the Ciência2008 program by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call. Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2006	36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call. Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2003	36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call. Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
1999	48 months grant for doctoral studies awarded by the Swiss National Science Foundation. Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung, Suiça
1997	Prize awarded by the Portuguese office for the Ministry of Education under the program PRODEP for excellence in completion of undergraduate studies. Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal