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Francisco Pina Martins. Completed the Doutoramento in Biologia e Ecologia das Alterações Globais in 2018/04/06 by Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Mestrado in Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento in 2007 by Universidade de Lisboa and Licenciatura in Biologia Ambiental (Marinha) in 2005 by Universidade de Lisboa. Is Invited Assistant Professor in Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa and Invited Assistant Teacher in Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro. Published 15 articles in journals. Organized 1 event(s). Participated in 2 event(s). Co-supervised 4 MSc dissertation(s). Has received 4 awards and/or honors. Participates and/or participated as Research Fellow in 1 project(s), Researcher in 2 project(s) and Technical development in 1 project(s). Works in the area(s) of Exact Sciences with emphasis on Computer and Information Sciences with emphasis on Bioinformatics and Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Evolutionary Biology. In his curriculum Ciência Vitae the most frequent terms in the context of scientific, technological and artistic-cultural output are: DNA barcode; insect calling songs; Insects; Perl; Biogeography; Cape Verde islands; cicadas; Software; FASTA; Sequence Data; molecular phylogenies; conservationa strategies; Phylogeography; Cytochrome oxidase I; NEXUS; sound production; pannaceus complex; Mozambique; concatenation; mitochondrial genes; cpDNA; Phylogenetics; Echium; Phylogeny; cytochrome oxydase; Mitochondrial gene; Macaronesian Region; Teses de mestrado; Biologia molecular; Filogeografia; Filogenia; Bombus terrestris; bumblebees; cytochrome c oxidase subunit; genome-wide markers; introgression; pollination services; RAD sequencing; Association Study; Colour Polymorphism; de novo Genome Assembly; de novo Transcriptome Assembly; Meadow Spittlebug; Adaptive genetic variation; Balancing selection; Candidate gene; Environmental association; Western Mediterranean; Teses de doutoramento - 2018; Sobreiro (Quercus Suber); Biologia evolutiva; Domínio/Área Científica::Ciências Naturais::Ciências Biológicas; .
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Identification

Personal identification

Full name
Francisco Pina Martins

Citation names

  • Pina-Martins, Francisco

Author identifiers

Ciência ID
1E1C-2D9B-5338
ORCID iD
0000-0003-1836-397X
Google Scholar ID
https://scholar.google.pt/citations?user=DwXbSlMAAAAJ&hl=pt-PT&oi=ao

Telephones

Telephone
  • (+351) 217500000 Ext.: 22363 (Professional)

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
  • Natural sciences - Biological Sciences - Evolutionary Biology

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Portuguese (Mother tongue) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
English Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Advanced (C1) Beginner (A1) Beginner (A1) Advanced (C1)
French Beginner (A1) Intermediate (B1) Beginner (A1) Intermediate (B1)
Education
Degree Classification
2018/04/06
Concluded
 Biologia e Ecologia das Alterações Globais (Doutoramento)
Major in Especialidade: Biologia do Genoma e Evolução
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Analyses of the genomic variation to study the Cork Oak evolution and adaptation: from past to future climatic changes" (THESIS/DISSERTATION)
 Aprovado com distinção e louvor
2010 - 2010
Concluded
 A07 - Biologia; A56 - Técnicas de Laboratório (Outros)
Conselho Científco Pedagógico de Formação Contínua, Portugal
2006 - 2007
Concluded
 Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento (Mestrado)
Universidade de Lisboa, Portugal
"Phylogeography of the Species Psammodromus algirus" (THESIS/DISSERTATION)
 18
2005 - 2006
Concluded
 Marcadores Moleculares (Pós-Graduação)
Universidade de Lisboa, Portugal
"Especialização em Marcadores Moleculares" (THESIS/DISSERTATION)
 18
2001 - 2005
Concluded
 Biologia Ambiental (Marinha) (Licenciatura)
Universidade de Lisboa, Portugal
 13
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2016/01/01 - 2018/08/31 Researcher (Research) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2010/02/01 - 2011/05/31 Researcher (Research) Universidade de Lisboa, Portugal
2008/01 - 2010/01 Researcher (Research) Universidade de Lisboa, Portugal
2007/04 - 2007/12 Research Trainee (Research) Universidade de Lisboa, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2018/09/01 - Current Invited Assistant Professor (University Teacher) Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2018/09/01 - Current Invited Adjunct Teacher (Polytechnic Teacher) Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal

Others

Category
Host institution 		Employer
2010/03 - 2010/05 Outra Situação (Técnica) Centro de Formação Ordem de Santiago, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2023/01/01 - 2024/12/31 Microdrygrape – Seeking functional microbiome by assessing impact of water availability in grapevine health, physiological plasticity, and associated soil microbial communities
N/A
Invited Scientist Fellow
Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
 FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências
Ongoing

Contract

Designation Funders
2018 - 2022 PATHOmics: Patogenómica da ferrugem do cafeeiro para descobrir mecanismos de virulência e marcadores de diagnóstico
LISBOA-01-0145-FEDER-029189
Researcher
Universidade de Lisboa, Portugal

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2018 - 2022 KeePace - Seleção de árvores capazes de acompanhar as rápidas alterações ambientais, base para a gestão de montados sustentáveis do século XXI
LISBOA-01-0145-FEDER-029263
Researcher
Universidade de Lisboa, Portugal

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2017/12/01 - 2018/08/31 Limonium spp. como modelo para a apomixia autónoma: caracterização de factores genéticosmoleculares
PTDC/AGR-PRO/4285/2014
Research Fellow
Universidade de Lisboa, Portugal

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2009 - 2011 CONSÓRCIO DE ESTS DE SOBREIRO - DETECÇÃO E VALIDAÇÃO DE POLIMORFISMOS
Sobreiro/0036/2009
Cork Oak ESTs Consortium
Technical development
Universidade de Lisboa, Portugal

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Other

Designation Funders
2020/12/01 - 2021/06/30 "Pathogenomics of coffee leaf rust to probe virulence mechanisms and diagnostic markers"
CPCA/A2/7217/2020
Principal investigator
Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
Outputs

Publications

Conference paper
  1. Tânia Rosado; Duarte Balata; Rani de la Rivière; Vera Manageiro; Dina Carpinteiro; Luís Vieira; Francisco Pina-Martins; et al. "The Role of Cyanobacteria in the Aquatic Resistome". 2022.
    10.3390/blsf2022014032
Conference poster
  1. Paulo, Octávio Salgueiro; Pina-Martins, Francisco; Coelhos, Ana; Costa, Augusta; Marques, Isabel; Batista, Dora; Picó, Xavier; et al. "Keeping pace with fast environmental changes, a science-based approach for sustainable Cork Oak forests". Paper presented in The 2019 Congress of the European Society for Evolutionary Biology, 2019.
  2. Pina-Martins, Francisco; Batista, Dora; Paulo, Octávio S.. "New SNPs mined from ESTs reveal lack of genetic structuring in Cork Oak populations.". Paper presented in X Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2014.
  3. Modesto, Inês S.; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Maria Glushkova; Veloso, M; Paulo, Octávio S.; Batista, Dora. "Population frequency data of SNP markers in cork oak.". Paper presented in IUFRO 2012 conference “Genetics of Fagaceae and Nothofagaceae”, 2012.
  4. Romeiras, Maria; Loureiro, J; Vieria, Ana; Castro, S; Pina-Martins, Francisco; Veloso, M; Moura, M. "Genetic diversity of the Portuguese wild Beta-Patellaria species complex using DNA barcoding and flow cytometry.". Paper presented in International Symposium FloraMac2010, 2010.
  5. Romeiras, Maria; Paulo, Octávio Salgueiro; Coutrim, Helena; Pina-Martins, Francisco; Duarte, M. C.; Pais, M. S.. "Colonization and diversification patterns of Cape Verde endemic Echium L. species.". Paper presented in International Symposium FloraMac2010, 2010.
  6. Romeiras, Maria; Vieria, Ana; Veloso, M; Moura, M; Batista, Dora; Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S.; Duarte, M. C.. "Testing a DNA barcode application on the Portuguese wild relatives of Beta species.". Paper presented in 2nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life., 2010.
  7. Pina-Martins, Francisco; Lopes, Margarida C.; Nunes, Vera L.; Böhme MU; Berendonk TU; Ferrand, Nuno; Paulo, Octávio S.. "Analysis of the genetic structure of Schereiber's green lizard, Lacerta schreiberi – conservation implications for an endemic species". Paper presented in 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology, 2007.
Journal article
  1. Sousa, Filipe; Viegas, Mariana Bray; Costa, Joana; Marques, Isabel; Pina-Martins, Francisco; Simões, Fernanda; Matos, José; et al. Corresponding author: Sousa, Filipe. "Haplotype diversity patterns in Quercus suber (Fagaceae) inferred from cpDNA sequence data". Plant Systematics and Evolution 309 6 (2023): http://dx.doi.org/10.1007/s00606-023-01879-7.
    Open access • 10.1007/s00606-023-01879-7
  2. Rita O Afonso; Francisco Pina-Martins; Vicki Friesen; Zhengxin Sun; Letizia Campioni; Jeremy Madeiros; Mónica C Silva; Robert C Fleischer. "No evidence of inbreeding depression despite a historical severe bottleneck in the endangered Bermuda petrel (Pterodroma cahow)". Journal of Heredity (2023): https://doi.org/10.1093/jhered/esad030.
    10.1093/jhered/esad030
  3. Francisco Pina-Martins; Ana D. Caperta; Sofia I. R. Conceição; Vera L. Nunes; Isabel Marques; Octávio S. Paulo. "A first look at sea-lavenders genomics – can genome wide SNP information tip the scales of controversy in the Limonium vulgare species complex?". BMC Plant Biology 23 1 (2023): http://dx.doi.org/10.1186/s12870-022-03974-2.
    10.1186/s12870-022-03974-2
  4. Jie Zhang; Francisco Pina-Martins; Zu-Shi Jin; Yong-Peng Cha; Zu-Yao Liu; Jun-Chu Peng; Jian-Li Zhao; Qing-Jun Li. "Excessive and asymmetrical removal of heterozygous sites by maxSH biases downstream population genetic inference: Implications for hybridization between two primroses". Journal of Systematics and Evolution (2022): https://doi.org/10.1111/jse.12928.
    10.1111/jse.12928
  5. Telma G. Laurentino; Drew E. Dittmer; Maggie R. Grundler; Francisco Pina-Martins; Janey Haddock; Toby J. Hibbitts; Erica Bree Rosenblum. "Repeated evolution of blanched coloration in a lizard across independent white-sand habitats". Ecology and Evolution (2022): https://doi.org/10.1002/ece3.9555.
    10.1002/ece3.9555
  6. Filipe Sousa; Joana Costa; Carla Ribeiro; Marta Varandas; Francisco Pina-Martins; Fernanda Simões; José Matos; et al. "Population structure in Quercus suber L. revealed by nuclear microsatellite markers". PeerJ 10 (2022): e13565-e13565. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.13565.
    10.7717/peerj.13565
  7. Telma G. Laurentino; Marisa Xavier; Fabrizia Ronco; Francisco Pina-Martins; Iolanda Domingues; Bruno Penha; Marta Dias; et al. "evALLution: making basic evolution concepts accessible to people with visual impairment through a multisensory tree of life". Evolution: Education and Outreach (2021): https://doi.org/10.1186/s12052-021-00143-1.
    10.1186/s12052-021-00143-1
  8. Seabra, Sofia G.; Rodrigues, Ana S.B.; Silva, Sara E.; Neto, Ana Carina; Pina-Martins, Francisco; Marabuto, Eduardo; Thompson, Vinton; et al. Corresponding author: Seabra, Sofia G.. "Population structure, adaptation and divergence of the meadow spittlebug, Philaenus spumarius (Hemiptera, Aphrophoridae), revealed by genomic and morphological data". PeerJ 9 (2021): e11425. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.11425.
    10.7717/peerj.11425
  9. Mathieu Vanhove; Francisco Pina-Martins; Ana Cristina Coelho; Cristina Branquinho; Augusta Costa; Dora Batista; Adriana Príncipe; et al. "Using gradient Forest to predict climate response and adaptation in Cork oak". Journal of Evolutionary Biology (2021): https://doi.org/10.1111/jeb.13765.
    10.1111/jeb.13765
  10. Marabuto, Eduardo; Pina-Martins, Francisco; Rebelo, Maria Teresa; Paulo, Octávio S. "Ancient divergence, a crisis of salt and another of ice shaped the evolution of the west Mediterranean butterfly Euchloe tagis". Biological Journal of the Linnean Society 131 3 (2020): 487-504. http://dx.doi.org/10.1093/biolinnean/blaa129.
    10.1093/biolinnean/blaa129
  11. Pina-Martins, Francisco. "Population genomics of Bombus terrestris reveals high but unstructured genetic diversity in a potential glacial refugium". Biological Journal of the Linnean Society (2020): http://dx.doi.org/10.1093/biolinnean/blz182.
    10.1093/biolinnean/blz182
  12. Francisco Pina-Martins; João Baptista; Georgios Pappas, Jr; Paulo, Octávio Salgueiro. "New insights into adaptation and population structure of cork oak using genotyping by sequencing". Global Change Biology 25 1 (2019): 337-350. https://doi.org/10.1111/gcb.14497.
    10.1111/gcb.14497
  13. Seabra, Sofia G.; Silva, Sara E.; Nunes, Vera L.; Sousa, Vitor C.; Martins, Joana; Marabuto, Eduardo; Rodrigues, Ana S.B.; et al. "Genomic signatures of introgression between commercial and native bumblebees, Bombus terrestris, in Western Iberian Peninsula - implications for conservation and trade regulation". Evolutionary Applications 12 4 (2018): 679-691. http://hdl.handle.net/10400.5/17388.
    DOI: 10.1111/eva.12732
  14. Pina-Martins, Francisco; Silva, Diogo N.; Fino, Joana; Paulo, Octávio S.. "Structure_threader : An improved method for automation and parallelization of programs structure , fastStructure and MavericK on multicore CPU systems". Molecular Ecology Resources 17 6 (2017): e268-e274. http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12702.
    10.1111/1755-0998.12702
  15. Pina-Martins, Francisco; Vieira, Bruno M.; Seabra, Sofia G.; Batista, Dora; Paulo, Octávio S.. Corresponding author: Pina-Martins, Francisco. "4Pipe4 – A 454 data analysis pipeline for SNP detection in datasets with no reference sequence or strain information". BMC Bioinformatics 17 1 (2016): NA-NA.
    Published • 10.1186/s12859-016-0892-1
  16. Rodrigues, Ana S. B.; Silva, Sara E.; Pina-Martins, Francisco; Loureiro, João; Castro, Mariana; Gharbi, Karim; Johnson, Kevin P.; et al. "Assessing genotype-phenotype associations in three dorsal colour morphs in the meadow spittlebug Philaenus spumarius (L.) (Hemiptera: Aphrophoridae) using genomic and transcriptomic resources". BMC Genetics 17 1 (2016): NA-NA. http://hdl.handle.net/10400.3/4718.
    Published • 10.1186/s12863-016-0455-5
  17. Pina-Martins, F.; Paulo, O.S.. "NCBI Mass Sequence Downloader –Large dataset downloading made easy". SoftwareX 5 NA (2016): 80-83.
    Published • 10.1016/j.softx.2016.04.007
  18. Modesto, Inês S.; Miguel, Célia; Pina-Martins, Francisco; Glushkova, Maria; Veloso, Manuela; Paulo, Octávio S.; Batista, Dora. "Identifying signatures of natural selection in cork oak (Quercus suber L.) genes through SNP analysis". Tree Genetics & Genomes 10 6 (2014): 1645-1660. http://hdl.handle.net/10773/22876.
    Published • 10.1007/s11295-014-0786-1
  19. Bradnam, Keith R; Fass, Joseph N; Alexandrov, Anton; Baranay, Paul; Bechner, Michael; Birol, Inanç; Boisvert, Sébastien; et al. "Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species". GigaScience 2 1 (2013): NA-NA.
    Published • 10.1186/2047-217X-2-10
  20. Romeiras, M.M.; Paulo, O.S.; Duarte, M.C.; Pina-Martins, F.; Cotrim, M.H.; Carine, M.A.; Pais, M.S.. "Origin and diversification of the genus echium (Boraginaceae) in the Cape Verde archipelago". Taxon 60 5 (2011): 1375-1385. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054948898&partnerID=MN8TOARS.
  21. Seabra, Sofia G.; Pina-Martins, Francisco; Marabuto, Eduardo; Yurtsever, S.; Halkka, O.; Quartau, José A.; Paulo, Octávio S.. "Molecular phylogeny and DNA barcoding in the meadow-spittlebug Philaenus spumarius (Hemiptera, Cercopidae) and its related species". MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 56 1 (2010): 462-467. http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WNH-4YN5PGC-6&_user=2459694&_coverDate=07%2F31%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000057393&_version=1&_urlVersion=0&_userid=2459694&md5=d81f66c.
    Published • 10.1016/j.ympev.2010.03.023
  22. Romeiras, Maria; Paulo, Octávio S.; Duarte, M. C.; Pina-Martins, Francisco; Pais, M. S.. "Colonization and patterns of diversification of Cape Verde endemic Echium L. species (Boraginaceae)". International Association for Plant Taxonomy - TAXON N/A (2010): 0-0.
    Accepted
  23. Pereira, C.M.; Rosado, J.; Seabra, S.G.; Pina-Martins, F.; Paulo, O.S.; Fonseca, P.J.; Pereira, Carla M.; et al. "Conus pennaceus: A phylogenetic analysis of the Mozambican molluscan complex". African Journal of Marine Science 32 3 (2010): 591-599. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78650463656&partnerID=MN8TOARS.
    Accepted • 10.2989/1814232X.2010.538157
  24. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S.. "Concatenator: Sequence Data Matrices Handling Made Easy". Molecular Ecology Resources 8 6 (2008): 1254-1255. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2008.02164.x/abstract.
    Published • 10.1111/j.1755-0998.2008.02164.x
  25. Fonseca, P.J.; Serrão, E.A.; Pina-Martins, F.; Silva, P.; Mira, S.; Quartau, J.A.; Paulo, O.S.; et al. "The evolution of Cicada songs contrasted with the relationships inferred from mitochondrial DNA (Insecta, hemiptera)". Bioacoustics 18 1 (2008): 17-34. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-52949136924&partnerID=MN8TOARS.
    Published
Thesis / Dissertation
  1. Pina-Martins, Francisco. "Análise molecular de genes implicados no desenvolvimento sexual do Homem por sequenciação de nova geração". Master, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2020. http://hdl.handle.net/10451/45348.
  2. Martins, Francisco Rente de Pina, 1983-. "Analyses of the genomic variation to study cork oak evolution and adaptation : from past to future climatic changes". PhD, 2018. http://hdl.handle.net/10451/34770.
  3. Martins, Francisco Rente de Pina. "Phylogeography of the species Psammodromus algirus". Master, 2007. http://catalogo.ul.pt/F/?func=item-global&doc_library=ULB01&type=03&doc_number=000567658.

Other

Other output
  1. New insights on adaptation and population structure of cork oak using genotyping by sequencing. 2018. F. Pina-Martins; J. Baptista; G. Pappas, Jr; O. S. Paulo. https://doi.org/10.1101/263160.
    10.1101/263160
  2. PyRONA. Software. 2017. Pina-Martins, Francisco; João Baptista; Paulo, Octávio S.. https://github.com/StuntsPT/pyRona.
  3. Radeon-tray. Software. 2013. Pina-Martins, Francisco. https://github.com/StuntsPT/Radeon-tray.
  4. Arch linux User Repository (AUR). AUR Package maintainer for ArchLinux. 2010. Pina-Martins, Francisco. http://aur.archlinux.org/packages.php?SeB=m&L=2&K=Stunts.
  5. Concatenator. Software. 2007. Pina-Martins, Francisco; Paulo, Octávio S.. http://cobig2.fc.ul.pt.
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2020/02/21 Natural selection detection revisited – challenges and insights from automating and massively scaling the process IX Bioinformatics Open Days
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2017/02/24 Acorns of code: The role of bioinformatics in determining the consequences of climate change for cork oak populations. 6th Bioinformatics Open Days
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2016/05/17 Variação genómica do sobreiro (Quercus suber). Implicações da diversidade num cenário de alterações globais JobShop Ciências 2016
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2016/02/19 Adventures of a PhD: Developing software to tackle evolutionary biology problems – performance, automation and reproducibility. 5th Bioinformatics Open Days
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2015/12/21 May the Selection be with you. The interplay of Evolutionary Forces in the Speciation of Timon lepidus. XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
FCT/Nova (Almada, Portugal)
2015/12/21 Uncorking the evolutionary history of cork oak populations. From past fragmentation to present unification – and future uncertainty. XI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
FCT/Nova (Almada, Portugal)
2015/04/09 From Bench to Byte. A Biologist's path to Bioinformatics 4th Bioinformatics open days
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2013/08/22 Making the best of your 454 dataset using the 4Pipe4 analysis pipeline – from an unknown genome to a detailed SNPs analysis: A case study with a Quercus suber dataset. XIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology
European Society for Evolutionary Biology (Lisboa, Portugal)
2013 Analysis of software for the NGS technology: The Survival Guide 24th European Conference on Operational Research
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2019/10/01 - Current Molecular mechanisms underlying cyst growth in human polycystic kidney disease
Co-supervisor
 MScin Human Biology and Environment (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2019/09/01 - Current ANEMIA DAS CÉLULAS FALCIFORMES E MALÁRIA - influência de fatores genéticos na gravidade e interação
Co-supervisor
 MSc in Human Biology and Environment (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2018/10/01 - Current Análise molecular de genes implicados no desenvolvimento sexual do Homem por sequenciação de nova geração
Co-supervisor
 Biologia Humana e Ambiente (Master)
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2019/09/01 - 2021/12/07 Avaliar a genotoxicidade de nanomateriais através do ensaio do micronúcleo: uma comparação interlaboratorial para a sua validação
Co-supervisor
 MSc in Human Biology and Environment (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2019/12/18 - 2020/01/22 RADCamp Lisbon 2020 Workshop for RAD-Seq data analysis (2020/01/22 - 2020/01/22)
Workshop (Co-organisor)
 Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Event participation

Activity description
Type of event 		Event name
Institution / Organization
2010 - 2010 Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia
Conference
 Ciência 2010 - Encontro com a Ciência e Technologia
Ciência Viva, Portugal
2009 - 2009 V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Conference
 V Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Unidade de Investigação em Eco-Etologia; Centro de Biociências, Portugal

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2021/09/01 - 2022/02/18 Bioinformática Prática Bioinformática Prática (Mestrado) Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2021/09/01 - 2022/02/18 Genética e Genómica da Alterações Ambientais Genética e Genómica da Alterações Ambientais (Mestrado) Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2021/02/23 - 2021/08/31 Fundamentos de Epidemiologia Fundamentos de Epidemiologia (Mestrado) Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2020/09/01 - 2021/02/18 Bioinformática Prática Bioinformática Prática (Mestrado) Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2019/09/01 - 2020/10/31 Filogenética MSc in Evolutionary and Development Biology (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/09/01 - 2020/08/30 Bioinformática Prática MSc in Human Biology and Environment (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020/01/22 - 2020/01/22 RADCamp Lisbon 2020 RADCamp Lisbon 2020 (Outros) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal

École Normale Supérieure, France
2019/02/01 - 2019/07/31 Métodos Avançados em Biologia da Conservação II MSc in Conservation Biology (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/02/01 - 2019/07/31 Biologia Animal 2 Licenciatura em Biologia (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/01 - 2019/01/31 Bioinformática Prática MSc in Human Biology and Environment (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017/09/01 - 2018/01/31 Bioinformática Prática MSc in Human Biology and Environment (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2014 Python 101- By biologists for biologists – second edition Extensão e divulgação científica (Curso médio) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 - 2012 Python 101- By biologists for biologists Extensão e divulgação científica (Curso médio) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2010 - 2010 Kits Experimentias para o ensino da Biologia e da Química Outra (Curso médio) Centro de Formação Ordem de Santiago, Portugal
2010 - 2010 1º Curso prático de Filogeografia Aperfeiçoamento (Curso médio) Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2009 - 2009 2º Curso Prático de Análise Filogenética Aperfeiçoamento (Curso médio) Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2009 - 2009 1º Curso Prático de Análise Filogenética Aperfeiçoamento (Curso médio) CoBiG² (Computational Biology and Genomics Group), Portugal

Interview (tv / radio show)

Program Topic
2020/04/01 - 2020/04/01 90 segundos de ciência Estudo usa ciência de dados para analisar o impacto da seleção natural na variabilidade genética das espécies

Other jury / evaluation

Activity description Institution / Organization
2019/09/16 - 2019/09/16 Juri nas provas de Estágio de Licenciatura em Bioinformática de Henrique Costa Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
Distinctions

Award

2023 “Menção Honrosa Reconhecimento da Docência de Excelência em Ciências”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022 “Menção Honrosa Reconhecimento da Docência de Excelência em Ciências”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021 “Menção Honrosa Reconhecimento da Docência de Excelência em Ciências”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 “Menção Honrosa Reconhecimento da Docência de Excelência em Ciências”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 Prémio FCiências.ID, pela excelência da tese de Doutoramento no domínio de investigação das Ciências e Tecnologias da Vida e da Saúde
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
2019 Prémio de Doutoramento em Ecologia - 1º Prémio
Fundação Amadeu Dias, Portugal

Sociedade Portuguesa de Ecologia, Portugal

Other distinction

2020 "Professor do Semestre"
2020 Reconhecimento da Docência de Excelência - categoria TP
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal