Ruben Filipe Afonso (2E1F-5BD9-2BE5)

Curriculum Vitae

Ruben Filipe Afonso

Ruben Afonso concluiu o Doutoramento em Engenharia Electrotécnica e de Computadores em 2024 e o Mestrado em Engenharia Electrónica em 2016, ambos no Instituto Superior Técnico da Universidade de Lisboa. Desenvolve atividade de investigação na interface entre a eletrónica, a bioengenharia e os sistemas inteligentes, com trabalho em técnicas biológicas, bioMEMS, microfluídica, biofísica celular, partículas e sensores magnéticos, citometria de fluxo magnética, deteção celular e bacteriana, biomagnética, sensores spintrónicos e nanopartículas superparamagnéticas. A sua experiência inclui ainda processamento e análise de sinal, classificação, desenvolvimento de algoritmos, sistemas embebidos, instrumentação eletrónica e sistemas de aquisição. Participou em vários projetos de I&D, incluindo GreenAuto, Moore4Medical e Bactometer, assumindo funções de investigador e de co-investigador responsável. Publicou 10 artigos como co-autor em revistas científicas especializadas e é também autor de trabalhos em conferências internacionais nas áreas da instrumentação biomédica, sensores magnetorresistivos, microfluídica e diagnóstico rápido. Orientou 2 dissertações de mestrado e tem atualmente mais 3 orientações em curso. A sua atividade científica inclui ainda participação em júris académicos. O seu percurso combina uma forte base em engenharia eletrónica com aplicação ao desenvolvimento de soluções avançadas para diagnóstico, deteção biológica e sistemas electronicos.

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Identification

Personal identification

Full name: Ruben Filipe Afonso
Gender: Male

Citation names

Afonso, Ruben
R. Afonso

Author identifiers

Ciência ID: 2E1F-5BD9-2BE5
ORCID iD: 0000-0002-7534-6060
Google Scholar ID: LWPOB-gAAAAJ

Knowledge fields

Engineering and Technology - Electrotechnical Engineering, Electronics and Informatics

Education

	Degree	Classification
2018 - 2024/12/16 Concluded	Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Doutoramento) Major in Sem especialidade Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Electronic platforms and signal processing for dynamic magnetic biochips" (THESIS/DISSERTATION)	Pass with Distinction
2013/09 - 2016/10 Concluded	Engenharia Electrónica (Mestrado) Major in Sem especialização Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Campus Taguspark, Portugal "Sistema de gestão e determinação de atitude do ISTNanosat-1" (THESIS/DISSERTATION)	17 valores
2010/09 - 2013/06 Concluded	Ciências de Engenharia - Engenharia Electrónica (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Campus Taguspark, Portugal

Affiliation

Science

	Category Host institution	Employer
2024/05 - Current	Contracted Researcher (Research)	INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal

2023/04 - 2023/09	Contracted Researcher (Research)	INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal

Teaching in Higher Education

	Category Host institution	Employer
2020/09 - 2021/07	Tutor (University Teacher)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

2020/02 - 2020/11	Tutor (University Teacher)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Others

	Category Host institution	Employer
2022 - Current	Founder	FLASH - Rapid Diagnostics, Portugal

2017/03 - Current	Founder	VisionVolt, Portugal

2017 - 2018/08	Bolseiro de Investigação	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2016/07 - 2017/07	Bolseiro de Investigação	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2013/11 - 2014/07	Bolseiro de Iniciação Científica	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Projects

Grant

	Designation	Funders
2017/11 - 2018/08	reTHINK H2020-ICT-21-2014-Nº645342 Research Fellow Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Concluded
2013/11 - 2014/07	INSPECT PTDC/EEI-PRO/3219/2012 Integration into Research Grant Fellow Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Concluded

Contract

	Designation	Funders
2024/04 - Current	GreenAuto: Green innovation for the Automotive Industry C644867037-00000013 Researcher INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal	Ongoing
2023 - 2024/12	Moore4Medical ECSEL/0005/2019 Researcher INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal	Concluded
2023 - 2023	Bactometer 2022-RIS_Innovation-068 Co-Principal Investigator (Co-PI) INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal	Concluded
2015/03/01 - 2021/04/01	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Investigação e Desenvolvimento em Lisboa UID/CEC/50021/2019 SFRH/BPD/110695/2015 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluded

Outputs

Publications

Conference paper

Afonso, R.; Caetano, D.M.; Lorena, R.; Soares, A.R.; Piedade, M.; Tavares, G.; Cardoso, S.. "Multi-Sensor Low-Noise Modular Magnetic Flow Cytometer for Bacteria Detection". 2023.
10.1109/SENSORS56945.2023.10325286
Afonso, R.; Caetano, D.M.; Soares, A.R.; Piedade, M.; Tavares, G.; Cardoso, S.. "Magnetically Triggered Imaging System for Automated Validation of Magnetic Flow Cytometry Observations". 2023.
10.1109/SENSORS56945.2023.10325024
Afonso, Ruben. "Analytical Strategy for Magnetic Flow Cytometry Signals Classification". 2019.
10.1109/ENBENG.2019.8692507

Journal article

Zolotareva, Maria; Cascalheira, Francisco; Afonso, Rúben; Corado, Maria; Martins, Ana; Caneiras, Cátia; Bárbara, Cristina; Teixeira, Miguel Cacho; Caetano, Diogo Miguel. Corresponding author: Zolotareva, Maria. "Fungal DNA-barcoding on a chip: Magnetoresistive biosensors for yeast infection diagnosis". VIEW 6 6 (2025): https://doi.org/10.1002/viw.20250015.
10.1002/viw.20250015
Fabian Näf; Ruben Afonso; Diogo Miguel Caetano; Susana Cardoso; Gonçalo Tavares. "High Performance ZPM-Based AC Readout Platform With Enhanced Carrier Suppression". IEEE Transactions on Instrumentation and Measurement (2025): https://doi.org/10.1109/TIM.2025.3558169.
10.1109/TIM.2025.3558169
C.L. Nogueira; J.C. Sousa; R. Afonso; D.R. Santos; P. Rodrigues; L. Albuquerque; A. Faustino; et al. "Combining droplet microfluidics and magnetoresistive sensors for the rapid and quantitative detection of Klebsiella pneumoniae in urinary tract infections". Sensors and Actuators B: Chemical (2023): http://dx.doi.org/10.1016/j.snb.2023.135175.
10.1016/j.snb.2023.135175
Vania Silverio; Patricia A. G. Canane; Tomas A. Martins; Ruben Afonso; Susana Cardoso; Elsa Batista. "Development of a microfluidic electroosmosis pump on a chip for steady and continuous fluid delivery". Biomedical Engineering / Biomedizinische Technik 68 1 (2023): 79-90. http://dx.doi.org/10.1515/bmt-2022-0051.
10.1515/bmt-2022-0051
Diogo Miguel Caetano; Ruben Afonso; Ana Rita Soares; João Silva; Hanna Iva Busse; Vania Silverio; Taimur Rabuske; et al. "Artificial Neural Networks for GMR-Based Magnetic Cytometry". IEEE Transactions on Instrumentation and Measurement (2023): https://doi.org/10.1109/TIM.2023.3244208.
10.1109/TIM.2023.3244208
Ana R. Soares; R. Afonso; V.C. Martins; C. Palos; P. Pereira; Diogo M. Caetano; Davide Carta; S. Cardoso. "On-site magnetic screening tool for rapid detection of hospital bacterial infections: Clinical study with Klebsiella pneumoniae cells". Biosensors and Bioelectronics: X 11 (2022): 100149-100149. http://dx.doi.org/10.1016/j.biosx.2022.100149.
10.1016/j.biosx.2022.100149
A. Soares; R. Afonso; D. Carta; Caetano, D.M.; V. Martins; G. Tavares; M. Piedade; S. Freitas. Corresponding author: A. Soares. "On-site magnetic screening tool for rapid detection of hospital bacterial infections: clinical study with Klebsiella pneumoniae cells". Biosensors and Bioelectronics: X (2022):
Accepted
"ISTSat-1, a space-based Automatic Dependent Surveillance-Broadcast demonstration CubeSat mission". International Journal of Satellite Communications and Networking (2022): http://dx.doi.org/10.1002/sat.1440.
10.1002/sat.1440
João P. Monteiro; Rui M. Rocha; Alexandre Silva; Rúben Afonso; Nuno Ramos. "Integration and Verification Approach of ISTSat-1 CubeSat". Aerospace 6 12 (2019): 131-131. https://doi.org/10.3390/aerospace6120131.
10.3390/aerospace6120131
Afonso, Ruben. "Automatic System to Count and Classify Bacteria Based on Magnetic Cytometry". IEEE Magnetics Letters 10 (2019): 1-5.
10.1109/LMAG.2019.2953865

Other

Spin-off company

2022. FLASH - Rapid Diagnostics. Biotech. https://www.flash-diagnostics.com.

Activities

Oral presentation

	Presentation title	Event name Host (Event location)
2025	Talktronics: uma conversa com Ruben Afonso	Talktronics N3E (Oeiras, Portugal)
2022	Bactometer - A Electronic Platform for Magnetic Biochips	AIM-11 Meeting Academia de Ciências de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2021	"Electronic Platform for Magnetic Biochips” - Motivation for future MSc and PhD students	INESC MN 2021 Seminar Series INESC MN (Lisboa, Portugal)
2019	Motivation for a compact system capable of autonomously analysing a biological sample	AIM-9 Meeting and Workshop Centro de Caparide (Cascais, Portugal)

Supervision

	Thesis Title Role	Degree Subject (Type) Institution / Organization
2025/12 - Current	TMR-Based Pickups and Electric Guitars Supervisor	INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal
2024/11 - Current	Sample Preparation System for Point-of-Care Multidrug-Resistant Bacteria Detection Lab-on-a-Chip Supervisor	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11 - Current	Advanced Audio Signal Processing and Effects Module Supervisor	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/05 - Current	Electronic Control System for an Unmanned Surface Marine Vehicle Supervisor	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/05 - 2025/11	Development of a Telemetry System for a Motorcycle Prototype Supervisor	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/05 - 2024/06	Power Supply Management for Biomolecular Recognition System Supervisor	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Jury of academic degree

	Topic Role	Candidate name (Type of degree) Institution / Organization
2025/02	Development of a Thermoplastic-based Organ-on-Chip (OOC) device Thesis Member	Ana Beatriz Pedro Santos (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Committee member

	Activity description Role	Institution / Organization
2025 - Current	Secretary of Scientific Council Member	INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal

Course / Discipline taught

	Academic session	Degree Subject (Type)	Institution / Organization
2020/09 - 2021/07	Sistemas Digitais (SD77)	Ciências de Engenharia - Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Licenciatura)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/02 - 2020/09	Sistemas Digitais (SD4)	Engenharia Aeroespacial (Mestrado integrado)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Distinctions

Award

2022	NTT Data eAwards 2022 - Bactometer NTT Data EMEA Ltd, United Kingdom
2019	Prémio de investigação ANACOM-URSI Portugal - ISTSat-1 - The First Portuguese University CubeSat URSI Portugal, Portugal