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Sílvia Carneiro Alves. Concluiu o(a) Licenciatura em Engenharia Agrária - 2º ciclo do curso bi-etápico em 2007 pelo(a) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Bacharelato em Engenharia Agrária - 1º ciclo do curso bi-etápico em 2004 pelo(a) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Bacharelato em Biotecnologia em 2001 pelo(a) Grupo Lusófona, Doctor of Philosophy em Doutoramento em 2015 pelo(a) John Innes Centre e Doctor of Philosophy em Doutoramento em 2015 pelo(a) University of East Anglia. Frequenta o(a) Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências. É Pós-doutorado no(a) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Pólo de Santarém . Publicou 6 artigos em revistas especializadas. Possui 1 capítulo(s) de livros. Recebeu 5 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Bolseiro de Doutoramento em 1 projeto(s), Bolseiro de Investigação em 4 projeto(s) e Bolseiro de Pós-Doutoramento em 1 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática, Ciências Exatas com ênfase em Matemática com ênfase em Estatística e Probabilidades, Ciências Agrárias com ênfase em Biotecnologia Agrária e Alimentar com ênfase em Seleção com Base em Marcadores Moleculares, Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biologia do Desenvolvimento, Ciências Agrárias com ênfase em Biotecnologia Agrária e Alimentar com ênfase em Tecnologia da Manipulação Genética, Ciências Agrárias com ênfase em Biotecnologia Agrária e Alimentar com ênfase em Biotecnologia Agrária e Biotecnologia Alimentar e Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biologia. Nas suas atividades profissionais interagiu com 34 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Agronomy; Agricultural Biotecnhology; Cereal Crops; Pollen flow; GMO; Genetically Modified Organism; Maize; Zea mays; Mon810; Transgenic Crops; Food; Risk assessment; Transgenes; Agrobacterium tumefaciens; Cereal Genetic Transformation; Barley; Hordeum vulgare; Brachypodium; Brachypodium distachyon; Bd21; Golden Promise; Functional Genomics; Genomic Selection; Wheat; Triticum durum; Durum Wheat; Triticum aestivum; Bread Wheat; Pedigree Selection; GBS; Genotyping By Sequence; Plant Breeding; Genetic Marker; Genome; Genetics; Marker-assisted Selection; Biostatistics; Linear Models; Multivariate Models; Breeding Value; Genetic Gain; BLUP; Best Linear Unbiased Prediction; BLUE; Best Linear Unbiased Estimate; Fixed Effects; Random Effects; Trait; Marker Effect; Matrix Algebra; Algorithms; Inbreeding; Estimation; Prediction; Additive Effects; Heritability; Environmental Effects; Accuracy; EBV; Estimated Breeding Value; SNP; GBLUP; Mixed Linear Models; Quantitative Genetics; Breeding Program Simulation; Computer Simulation; Computational Modelling; AlphaSimR; Stochastic Model; Computation; Programming; R Language; Flowering Time; Flowering Transition; Shoot Apical Meristem; Photoperiod Induction Pathway; Temperate Cereals; APETALA1; LEAFY; FLOWERING LOCUS T; Circadian Clock; Environmental Sensing; Signal Transduction; Plant Biology; Plant Genetics; Plant Developmental Biology; Tissue Culture; Gateway-Cloning; Gene Silencing; Plant Biotechnology; Molecular Biology; artificial micro-RNA; Gene Expression; Genetic Engineering; PCR; Salinity; Plant Physiology; Beta maritima; Sea Beet; Somatic Embryogenesis; Callus Induction; Light Signal Transduction; Agrobacterium-mediated Cereal Transformation; Flower Development; Yield; Crop Improvement; .
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Identification

Personal identification

Full name
Sílvia Carneiro Alves

Citation names

  • Alves, Sílvia C.

Author identifiers

Ciência ID
311C-2F74-E3EE
ORCID iD
0000-0001-8587-3377

Email addresses

  • silvia.alves@esa.ipsantarem.pt (Professional)

Addresses

  • Dep. Tecnologia Alimentar, Biotecnologia e Nutrição, Escola Superior Agrária - Instituto Politécnico de Santarém, Quinta do Galinheiro, S. Pedro, 2001-904, Santarém, Santarém, Portugal (Professional)

Websites

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
  • Exact Sciences - Mathematics - Statistics and Probability
  • Agrarian Sciences - Agrarian and Food Biotechnology - Marker Assisted Selection
  • Natural sciences - Biological Sciences - Developmental Biology
  • Agrarian Sciences - Agrarian and Food Biotechnology - GM Technology
  • Agrarian Sciences - Agrarian and Food Biotechnology - Agricultural Biotechnology and Food Biotechnology
  • Natural sciences - Biological Sciences - Biology

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
English Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Portuguese Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Education
Degree Classification
2021
Ongoing
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019
Concluded
 Quantitative methods in plant breeding (Outros)
Major in Quantitative genetics
National Institute of Agricultural Botany, United Kingdom
2018
Concluded
 Advanced Course - Multivariate Statistics for Ecology and Evolution (Outros)
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2018
Concluded
 Data Carpentry Workshop - Genomic Data (Outros)
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2018
Concluded
 Empreendedorismo e Spin-off em Biotecnologia e Recursos Genéticos Animais (Outros)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Pólo de Santarém , Portugal
2017
Concluded
 Summer School - Science Communication (Outros)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências Sociais e Humanas, Portugal
2017
Concluded
 Summer School - R Programming (Outros)
Major in R language
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências Sociais e Humanas, Portugal
2015
Concluded
 Doutoramento (Doctor of Philosophy)
University of East Anglia, United Kingdom

John Innes Centre, United Kingdom
"Floral induction in Brachypodium distachyon" (THESIS/DISSERTATION)
 n/a
2007
Concluded
 Engenharia Agrária - 2º ciclo do curso bi-etápico (Licenciatura)
Major in Produção Hortofrutícola
Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
"Improved Agrobacterium tumefaciens-mediated barley (Hordeum vulgare L.) transformation" (THESIS/DISSERTATION)
 16 (média final licenciatura: 15)
2004
Concluded
 Engenharia Agrária - 1º ciclo do curso bi-etápico (Bacharelato)
Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
"Efeitos da utilizacao de milho geneticamente modificado nos ecossitemas agricolas: Despistagem de transgenes e estudo do fluxo e da vantagem selectiva do polen de variedades de milho Bt" (THESIS/DISSERTATION)
 14
2001
Concluded
 Biotecnologia (Bacharelato)
Major in Biotechnology
Grupo Lusófona, Portugal
"Resposta a salinidade de Beta maritima L. e avaliacao da potencial reversao dos efeitos do cloreto de sodio por diferentes formas de nutricao azotada" (THESIS/DISSERTATION)
 14
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2018 - 2020 Postdoc (Research) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Pólo de Santarém , Portugal
2018 - 2018 Visiting Researcher (Research) The University of Edinburgh The Roslin Institute, United Kingdom
2008 - 2012 Researcher (Research) John Innes Centre - Cell & Developmental Biology Department, United Kingdom
2007 - 2008 Researcher (Research) John Innes Centre - Crop Genetics Department, United Kingdom
2006 - 2006 Research Trainee (Research) John Innes Centre - Crop Genetics Department, United Kingdom
2004 - 2004 Research Trainee (Research) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2000 - 2000 Research Trainee (Research) Instituto Nacional de Investigação Agrária - Estação Agronómica Nacional, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2019 - 2023 Assistant (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2023 Invited Adjunct Teacher (Polytechnic Teacher) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal

Others

Category
Host institution 		Employer
2015 - 2016 Events & Science Communication Pavilhão do Conhecimento - Centro Ciência Viva, Portugal
2003 - 2006 Events & Science Communication Pavilhão do Conhecimento - Centro Ciência Viva, Portugal
Projects

Contract

Designation Funders
2020 - 2020 REMIRUCULA - Caracterização da resistência ao míldio na cultura da Rúcula
PTDC/ASP-PLA/28963/2017
Post-doc
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
 European Union

Governo de Portugal
Concluded
2018 - 2020 FASTBREED - Implementation of a bread and durum wheat breeding program based on genomic selection
ALT20-03-0145-FEDER-000018
Post-doc Fellow
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
 European Union

Governo de Portugal
Concluded
2008 - 2012 Signal integration during floral induction in a new monocot system
SFRH/BD/40575/2007
PhD Student Fellow
John Innes Centre, United Kingdom

University of East Anglia, United Kingdom
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2007 - 2008 BrachyTAG - Genetic transformation of Brachypodium distachyon to study genes controlling shoot development
Marie Curie Host Fellowships (EST)
FP6-2004-MOBILITY-2-19727
Research Fellow
John Innes Centre, United Kingdom
 European Commission Sixth Framework Programme

EU Framework Programme for Research and Innovation Marie Sklodowska-Curie Actions
Concluded
2004 - 2004 Efeitos da utilização de milho geneticamente modificado nos ecossistemas agrícolas: despistagem de transgenes e estudo do fluxo e da vantagem selectiva do polen de variedades de milho Bt
Programa AGRO - Medida 8 - Acção 8.1 - Desenvolvimento Experimental e Demonstração
Research Fellow
Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
 Governo de Portugal
Concluded
2000 - 2000 Projecto PIDDAC 110/98 - Culturas hortícolas alternativas para aproveitamento de solos salgados. Optimização da produção e estudos de qualidade
PIDDAC 110/98
Research Fellow
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
 Governo de Portugal
Concluded

Other

Designation Funders
2006 - 2007 Agrobacterium-mediated barley transformation
Biotechnology Resources for Arable Crop Transformation (BRACT)
Research Fellow
John Innes Centre, United Kingdom
 Biotechnology and Biological Sciences Research Council
Concluded
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Harwood*, Wendy A.; Bartlett, Joanne G.; Alves, Sílvia C.; Perry, Matthew; Smedley, Mark A.; Leyl, Nicola; Snape, John W.. "Barley Transformation Using Agrobacterium-Mediated Techniques". In Transgenic Wheat, Barley and Oats, 137-147. Humana Press, 2008.
    Published • 10.1007/978-1-59745-379-0_9
Conference poster
  1. Alves, Sílvia C.; Seiya Goto; Tomoaki Fujioka; Takahiro Akimoto; Hiromi Masuko-Suzuki; Masao Watanabe; Go Suzuki; Keita Suwabe. "Improving the Agrobacterium-mediated transformation protocol for Brachypodium distachyon". Paper presented in International Plant & Animal Genome - XX Conference, 2012.
  2. Alves, Sílvia C.. "High throughput Agrobacterium-mediated transformation of Brachypodium distachyon (Line Bd21) for insertional mutagenesis". Paper presented in International Plant & Animal Genome - XVI Conference, 2008.
  3. Alves, Sílvia C.. "The Effect of Introns on Transgene Expression in Barley". Paper presented in International Plant & Animal Genome - XVI Conference, 2008.
  4. Alves, Sílvia C.. "High throughput transformation of the temperate grass Brachypodium distachyon (line Bd21) for functional genomics". Paper presented in Garnet2007 meeting, 2007.
  5. Alves, Sílvia C.. "High-throughput Agrobacterium-mediated barley transformation". Paper presented in Plant Transformation Technologies Conference, 2007.
  6. Alves, Sílvia C.. "High-throughput Agrobacterium-mediated transformation". Paper presented in NIAB's Small Grain Cereals meeting, 2007.
  7. Alves, Sílvia C.. "Transformação genética de cevada (Hordeum vulgare L.) mediada por Agrobacterium tumefaciens". Paper presented in 2ª Jornadas de Engenharia Agrária, 2006.
  8. Alves, Sílvia C.; José Leal; Fátima Quedas; António Moutinho; José Mediana de Sousa; Eugénia de Andrade Silva; Fátima Lopes. "Coexistência de milhor GM e convencional - fluxos de pólen". Paper presented in Jornadas do dia das Ciências, 2005.
Journal article
  1. Alves, Sílvia C.; Serra, Octávio. "Previsão dos valores genéticos em programas de melhoramento de trigo (Dossier Técnico)". Vida Rural - Revista Profissional de Agronegócios (2019): 36-39.
    Open access • Published
  2. Alves, Sílvia C.. "Modelos computacionais para a simulação do programa nacional de melhoramento de trigo (Dossier Técnico)". Vida Rural - Revista Profissional do Agronegócio (2019): 40-41.
    Open access • Published
  3. Alves, Sílvia C.; Fernanda Simões; Octávio Serra. "Novas Estratégias no Melhoramento do Trigo". AGROTEC 30 (2019): 66-67.
    Open access • Published
  4. Alves, Sílvia C; Worland, Barbara; Thole, Vera; Snape, John W; Bevan, Michael W; Vain, Philippe. "A protocol for Agrobacterium-mediated transformation of Brachypodium distachyon community standard line Bd21". Nature Protocols 4 5 (2009): 638-649. http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2009.30.
    Published • 10.1038/nprot.2009.30
  5. Thole, Vera; Alves, Sílvia C; Worland, Barbara; Bevan, Michael W; Vain, Philippe. "A protocol for efficiently retrieving and characterizing flanking sequence tags (FSTs) in Brachypodium distachyon T-DNA insertional mutants". Nature Protocols 4 5 (2009): 650-661. http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2009.32.
    Published • 10.1038/nprot.2009.32
  6. Vain, Philippe; Worland, Barbara; Thole, Vera; McKenzie, Neil; Alves, Silvia C.; Opanowicz, Magdalena; Fish, Lesley J.; Bevan, Michael W.; Snape, John W.. "Agrobacterium-mediated transformation of the temperate grass Brachypodium distachyon (genotype Bd21) for T-DNA insertional mutagenesis". Plant Biotechnology Journal 6 3 (2008): 236-245. http://dx.doi.org/10.1111/j.1467-7652.2007.00308.x.
    Open access • Published • 10.1111/j.1467-7652.2007.00308.x
  7. Bartlett, Joanne G; Alves, Sílvia C; Smedley, Mark; Snape, John W; Harwood, Wendy A. "High-throughput Agrobacterium-mediated barley transformation". Plant Methods 4 1 (2008): 22. http://dx.doi.org/10.1186/1746-4811-4-22.
    Open access • Published • 10.1186/1746-4811-4-22
Online resource
  1. Alves, Sílvia C.. JIC-TDNA-BdAA3 Brachypodium distachyon T-DNA Flanking Sequence Tag Brachypodium distachyon genomic clone JIC-TDNA-BdAA3, DNA sequence. Accession No. EF165098. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/EF165098.
  2. Alves, Sílvia C.. JIC-BdAA1-FST1 FST of Brachypodium Bd21 T-DNA insertion lines Brachypodium distachyon genomic clone BdAA1-FST1, DNA sequence. Accession No. ER987315. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/ER987315.
  3. Alves, Sílvia C.. JIC-BdAA13-FST1 FST of Brachypodium Bd21 T-DNA insertion lines Brachypodium distachyon genomic clone BdAA13-FST1, DNA sequence. Accession No. ER987316. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/ER987316.
  4. Alves, Sílvia C.. JIC-BdAA13-FST2 FST of Brachypodium Bd21 T-DNA insertion lines Brachypodium distachyon genomic clone BdAA13-FST2, DNA sequence. Accession No. ER987317. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/ER987317.
  5. Alves, Sílvia C.. JIC-BdAA17-FST2 FST of Brachypodium Bd21 T-DNA insertion lines Brachypodium distachyon genomic clone BdAA17-FST2, DNA sequence. Accession No. ER987318. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/ER987318.
Thesis / Dissertation
  1. Alves, Sílvia C.. "Floral induction in Brachypodium distachyon". PhD, University of East Anglia, 2012.
  2. Alves, Sílvia C.. "Improvement of Agrobacterium-mediated barley transformation". Degree, Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, 2007.
  3. Alves, Sílvia C.. "Efeitos da utilização de milho geneticamente modificado nos ecossistemas agrícolas: despistagem de transgenes e estudo do fluxo e da vantagem selectiva do pólen de variedades de milho Bt.". Degree, Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, 2004.
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2019 Implementation of Genomic Selection in the Portuguese wheat breeding program VIII Bioinformatics Open Days 2019
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2019 Selecção Genómica em Trigo A Europa na minha região
Dia Aberto do Projecto FASTBREED (Elvas, Portugal)
2011 Signal integration during floral induction in a new monocot system CDB Seminar
John Innes Centre (Norwich, United Kingdom)
2007 Transformação genética de cevada (Hordeum vulgare L.) mediada por Agrobacterium tumefaciens n/a
Instituto Politécnico de Santarém - Escola Superior Agrária (Santarém, Portugal)
2006 Improvement of Agrobacterium-mediated barley transformation CG Seminar
John Innes Centre (Norwich, United Kingdom)
2001 Resposta a salinidade de Beta maritima L. e avaliação da potencial reversão dos efeitos do cloreto de sódio por diferentes formas de nutrição azotada n/a
Instituto Superio de Humanidades e Tecnologias (Lisboa, Portugal)

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2022 - 2023 Biologia Microbiana Biologia (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022 - 2023 Genética Agronomia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Genética Agronomia (regime pós-laboral) (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Genética Qualidade Alimentar e Nutrição Humana (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Genética Biologia e Biotecnologia Alimentar (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Fisiologia Vegetal Agronomia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Fisiologia Vegetal Agronomia (regime pós-laboral) (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Fisiologia Vegetal Biologia e Biotecnologia Alimentar (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Novas Temáticas em Nutrição e Alimentação Qualidade Alimentar e Nutrição Humana (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Biologia Vegetal Biologia e Biotecnologia Alimentar (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2022 - 2023 Biodiversidade dos Agro-Ecossistemas Zootecnia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2021 - 2023 Botânica Agronomia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2021 - 2023 Botânica Agronomia (regime pós-laboral) (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2020 - 2023 Recursos Genéticos & Biotecnologia Agrária Engenharia Agronómica (Mestrado integrado) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2023 Genética de Procariotas Biologia (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - 2022 Biologia Qualidade Alimentar e Nutrição Humana (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2021 - 2022 Biologia Mecanização e Tecnologia Agrária (Curso Técnico Superior Profissional) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2021 - 2022 Microbiologia I Agronomia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2021 - 2022 Microbiologia I Qualidade Alimentar e Nutrição Humana (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2020 - 2021 Biologia Zootecnia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2020 - 2021 Biologia Zootecnia (Curso Técnico Superior Profissional) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2020 Microbiologia I Viticultura e Enologia (Curso Técnico Superior Profissional) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2020 Biologia Tecnologias de Produção Integrada em Hortofrutícolas (Curso Técnico Superior Profissional) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2020 Genética Agronomia (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2020 Genética Agronomia (regime pós-laboral) (Licenciatura) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
2019 - 2020 Recursos Genéticos & Biotecnologia Agrária Engenharia Agronómica (Pós-Graduação) Instituto Politécnico de Santarém Escola Superior Agrária, Portugal
Distinctions

Other distinction

2019 Post-doc Researcher
European Union, Belgium

Governo de Portugal, Portugal
2018 Post-doc Research Fellowship
Governo de Portugal, Portugal

European Union, Belgium
2008 Scherago International Student Travel Grant
2008 Ph.D. Research Fellowship
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2007 Marie Curie EST Fellowship
European Commission Sixth Framework Programme, Belgium
2000 Bolsa do Programa de Desenvolvimento Educativo para Portugal
European Union, Belgium

Governo de Portugal, Portugal