Jose Manuel Santos Pereira (6318-BA5F-C83B)

Curriculum Vitae

Jose Manuel Santos Pereira

José Manuel Santos Pereira encontra-se, atualmente, a concluir o Programa Doutoral em Bioquímica, na Universidade de Aveiro, desenvolvendo a tua tese no tópico de desenho computacional de péptidos, com um ênfase em química computacional e desenvolvimento de software científico. Concluiu o Mestrado em Biotecnologia Industrial e Ambiental em 2017 pela Universidade de Aveiro e Licenciatura em Biotecnologia em 2015 pela Universidade de Aveiro. em 2017 participou no Board of European Students of Technology Winter Course, em Paris, França, recebeu uma bolsa Fulbright para participação num projeto internacional de 4 meses na universidade de Rutgers, New Jersey, EUA, e ganhou o prémio TOP3 na European Innovation Academy 2021 pelo seu trabalho no desenvolvimento do programa ProtoSyn.jl, fruto da sua tese de doutoramento. É autor em 2 artigos científicos e participou em mais de 20 conferências.

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Identification

Personal identification

Full name: Jose Manuel Santos Pereira

Citation names

Pereira, Jose M.

Author identifiers

Ciência ID: 6318-BA5F-C83B
ORCID iD: 0000-0001-5622-8010

Websites

https://www.linkedin.com/in/josepereiraua/ (Social media)
https://github.com/JosePereiraUA (Professional)

Knowledge fields

Engineering and Technology - Environmental Biotechnology

Languages

Language	Speaking	Reading	Writing	Listening
English	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)
Portuguese	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)
Spanish; Castilian	Beginner (A1)	Intermediate (B1)	Beginner (A1)	Beginner (A1)

Education

	Degree	Classification
2018/10/01 - 2022/12/31 Ongoing	Bioquímica (Doutoramento) Major in Química Computacional Universidade de Aveiro, Portugal "Computational design of proteins for the selective recognition of small molecules" (THESIS/DISSERTATION)
2017 Concluded	Industrial and Environmental Biotechnology (Mestrado) Universidade de Aveiro, Portugal "Computational optimization of bioadsorbents for the removal of pharmaceuticals from water" (THESIS/DISSERTATION)	18
2015 Concluded	Biotechnology (Licenciatura) Universidade de Aveiro, Portugal "Succinic acid production by Actinobacillus Succinogenes from paper industry hydrolysate" (THESIS/DISSERTATION)	15

Affiliation

Science

	Category Host institution	Employer
2018/02/03 - 2018/10/01	Contracted Researcher (Research)	Universidade de Aveiro, Portugal

Projects

Contract

	Designation	Funders
2019/10/01 - 2020/01/31	Computational design of synthetic PDZ grafts for the selective recognition of Fibronectin II domains Fulbright PhD Student Fellow Rutgers Center for Integrative Proteomics Research, United States	Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT Concluded

Outputs

Publications

Journal article

José M. Pereira; Maria Vieira; Sérgio M. Santos. "Step-by-step design of proteins for small molecule interaction: A review on recent milestones". Protein Science (2021): https://doi.org/10.1002/pro.4098.
10.1002/pro.4098
Pereira, José M.; Calisto, Vânia; Santos, Sérgio M.. "Computational optimization of bioadsorbents for the removal of pharmaceuticals from water". Journal of Molecular Liquids 279 (2019): 669-676. http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2019.01.167.
Open access • Published • 10.1016/j.molliq.2019.01.167

Activities

Oral presentation

	Presentation title	Event name Host (Event location)
2021/07/07	ProtoSyn: A modern approach to protein design	Research Summit 2021 Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2021/03/29	De-novo computational design of peptides for the specific and selective recognition of small molecules	14º Encontro Nacional de Química Física Sociedade Portuguesa de Química (Online, Portugal)
2018/05/15	Protein folding prediction software development	6th PYChem Sociedade Portuguesa de Química (Setúbal)
2017/03/03	Computational optimization of bioadsorbent for the removal of pharmaceuticals from water	CMS 2017: Computer Modelling and Simulation Day Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)

Event organisation

	Event name Type of event (Role)	Institution / Organization
2021/07/21 - 2021/07/21	Academia de Verão 2021 (2021/07/21 - 2021/07/21) Workshop (Co-organisor)	Universidade de Aveiro, Portugal
2021/03/24 - 2021/03/24	CMS 2021: Computer Modeling and Simulation Day (2021/03/24 - 2021/03/24) Meeting (Member of the Organising Committee)	Universidade de Aveiro, Portugal
2020/05/12 - 2020/05/12	Aim to Learn Python (2020/05/12 - 2020/05/12) Workshop (Member of the Organising Committee)	Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
2019/07/09 - 2019/07/09	CMS 2019: Computer Modeling and Simulation Day (2019/07/09 - 2019/07/09) Meeting (Member of the Organising Committee)	Universidade de Aveiro, Portugal
2019/02/27 - 2019/03/13	Python for data science (2019/02/27 - 2019/03/13) Workshop (Co-organisor)	Universidade de Aveiro, Portugal

Event participation

	Activity description Type of event	Event name Institution / Organization
2021/10/06 - 2021/10/07	Apresentação de póster Conference	Jornadas CICECO 2021 Universidade de Aveiro, Portugal
2021/09/10 - 2021/09/10	Start-up incubator program Other	Alchemist Accelerator
2021/07/28 - 2021/07/30	Apresentação de póster Conference	JuliaCON 2021
2021/07/05 - 2021/07/23	Startp-up incubator program Other	EIA Global - European Innovation Academy 2021
2021/06/21 - 2021/06/21	Participação Conference	Aim Further 2021 Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
2021/05/26 - 2021/06/16	Participação Conference	Innovation Now! 2021
2021/05/19 - 2021/05/21	Apresentação de póster Conference	PYCheM 7 Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2020/12/14 - 2020/12/18	Participação Conference	DSPA Insights Week 2020
2020/11/19 - 2020/11/20	Apresentação de póster Conference	Jornadas do CICECO 2020 Universidade de Aveiro, Portugal
2020/11/03 - 2020/11/04	Apresentação de póster Conference	Ciência 2020 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2019/07/24 - 2019/07/26	Apresentação de póster Conference	XXVI Encontro Nacional SPQ Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2019/06/11 - 2019/06/12	Apresentação de póster Conference	Jornadas do CICECO 2019 Universidade de Aveiro, Portugal
2019/01/25 - 2019/01/25	Participação Conference	Encontro sobre Estratégias Inteligentes para Química Computacional Universidade de Coimbra, Portugal
2018/11/05 - 2018/11/11	Voluntariado Exhibition	Web Summit 2018
2018/06/11 - 2018/06/12	Apresentação de póster Conference	Jornadas do CICECO 2018 Universidade de Aveiro, Portugal
2017/09/06 - 2017/09/06	Participação Conference	MACC_17: Methods and applications in computational chemistry Universidade de Coimbra, Portugal
2017/05/24 - 2017/05/24	Participação Conference	III Analytical Chemistry Symposium: Alternative technologies for pharmaceuticals removal from water Universidade de Aveiro, Portugal
2017/04/09 - 2017/04/12	Apresentação de póster Conference	Materiais 2017 Universidade de Aveiro, Portugal

Committee member

	Activity description Role	Institution / Organization
2019/06/04 - 2020/06/04	CAD - Comissão de Alunos de Doutoramento Member	Universidade de Aveiro CICECO, Portugal

Course / Discipline taught

	Academic session	Degree Subject (Type)	Institution / Organization
2021/04/07 - 2021/04/14	Laboratório de Computação e Visualização Científica - Módulo 2: Computational design of peptides	Engenharia Computacional (Mestrado integrado)	Universidade de Aveiro, Portugal

Evaluation committee

	Activity description Role	Institution / Organization	Funding entity
2021/04/14 - 2021/04/14	Biochemistry Day @UA Evaluator	Universidade de Aveiro, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/05/08 - 2019/05/10	Biochemistry Day @UA Evaluator	Universidade de Aveiro, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Interview (newspaper / magazine)

	Activity description	Newspaper / Forum
2021/07/28	ProtoSyn, a solução de software que reduz custos de prototipagem	Diário de Aveiro
2019/07/29	Ferramenta computacional permite o estudo de carvões ativados ao nível atómico	Diário de Aveiro

Interview (tv / radio show)

	Program	Topic
2021/03/29 - 2021/05/29	Explicando o Covi’Dizer	Ciência do novo Sars-Cov-2

Distinctions

Award

2021	European Innovation Academy 2021 - TOP3 award
2019	Prémio Melhor Póster - Jornadas do CICECO 2019 Universidade de Aveiro CICECO, Portugal