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Identification

Personal identification

Full name
Nicia Filipa Rosário Ferreira

Citation names

  • Rosário-Ferreira, Nicia

Author identifiers

Ciência ID
6D10-1944-94E3
ORCID iD
0000-0002-7225-9287

Email addresses

  • nfferreira@cnc.uc.pt (Professional)
  • nirferreira@gmail.com (Personal)

Websites

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
  • Medical and Health Sciences - Medical Biotechnology
  • Natural sciences - Biological Sciences - Biochemistry
  • Medical and Health Sciences - Basic Medicine - Toxicology
  • Medical and Health Sciences - Other Medical Sciences - Forensic Science

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
English Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Portuguese (Mother tongue)
Education
Degree Classification
2017/06/01 - 2023/04/16
Concluded
 Biological Chemistry (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"EXPLORING PROTEIN-PROTEIN AND PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN INFLUENZA VIRUS’ NONSTRUCTURAL PROTEIN 1 (NS1)" (THESIS/DISSERTATION)
2014/09 - 2016/11
Concluded
 Analytical, Clinical and Forensic Toxicology (Mestrado)
Major in Sem especialização
Universidade do Porto Faculdade de Farmácia, Portugal
"Hair Metabolomics Applied to Gender Differentiation" (THESIS/DISSERTATION)
2011/09 - 2014/07
Concluded
 Forensic and Criminal Sciences (Licenciatura)
Instituto Universitário de Ciências da Saúde, Portugal
"Differential Analysis by Sex in Hair: Past Approaches and Future Perspectives" (THESIS/DISSERTATION)
 14
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2023/06/15 - Current Contracted Researcher (Research) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2021/08/05 - 2022/11/04 Contracted Researcher (Research) Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal

Positions / Appointments

Category
Host institution 		Employer
2023/08/17 - Current Co-Founder PURR.AI, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2024/06/16 - 2025/06/16 AGELESS: Targeting GPCR Dimers to Conquer Neurological Diseases
2024.14663.CPCA.A3
Research Fellow
PURR.AI, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing

Contract

Designation Funders
2021/02/01 - 2024/01/31 Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Team Member
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2020/01/01 - 2023/12/31 Applied Molecular Biosciences Unit
UIDP/04378/2020
10.54499/UIDP/04378/2020
UIDB/04378/2020
10.54499/UIDB/04378/2020
Universidade do Porto, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2018/09/03 - 2022/03/04 Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Team Member
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2018/06/15 - 2021/12/14 Aplicação de Deep Learning ao processo de investigação de novas drogas anticancerígenas
PTDC/CCI-BIO/31356/2017
Team Member
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Tecnologia e Ciência, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2018/08/01 - 2021/07/31 Novos antivirais contra Influenza: validação do alvo NS1 e descoberta de compostos líder
PTDC/QUI-OUT/32572/2017
Team Member
Universidade de Coimbra, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2019/01/01 - 2019/12/31 Centro de Química - Coimbra
UID/QUI/00313/2019
Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Química de Coimbra, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2019/01/01 - 2019/12/31 Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas
UID/Multi/04378/2019
154717UID
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Other

Designation Funders
2022/12/01 - 2023/11/30 Molecular-level understanding of receptor binding of engineered high-density lipoprotein particles that chaperone bioactive lipid mediator sphingosine 1-phosphate (S1P)
MCB220005P
Researcher
Ongoing
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Piochi, L.F.; Gaspar, A.T.; Rosário-Ferreira, N.; Preto, A.J.; Moreira, I.S.. "From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes?". In Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, 45-83. Elsevier, 2022.
    10.1016/bs.apcsb.2022.05.006
  2. Rosário-Ferreira, Nícia; Marques-Pereira, Catarina; Gouveia, Raquel P.; Mourão, Joana; Moreira, Irina S.. "Guardians of the Cell: State-of-the-Art of Membrane Proteins from a Computational Point-of-View". In Computational Design of Membrane Proteins, 3-28. Springer US, 2021.
    10.1007/978-1-0716-1468-6_1
  3. Preto, A.J.; Marques-Pereira, C; Baptista, Salete J.; Bueschbell, B.; Barreto, Carlos A.V.; Gaspar, A.T.; Pinheiro, I.; et al. "Targeting GPCRs Via Multi-Platforms Arrays and AI". In Reference Module in Biomedical Sciences. Elsevier, 2021.
    10.1016/b978-0-12-820472-6.00048-7
Conference poster
  1. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "NS1 dimer behavior through a Molecular Dynamics lens". Paper presented in Coimbra Chemistry Centre Day, 2021.
  2. Rosário-Ferreira, Nicia; Guimarães, Victor; Costa, Vítor; Moreira, Irina S. "Boosting network biology using a cutting-edge text-mining approach". Paper presented in Network Biology, 2021.
  3. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "A molecular Dynamics study of non-structural protein1 (NS1)". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2019.
  4. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "A molecular Dynamics study of non-structural protein1 (NS1)". Paper presented in Advances in Computational Biology Conference – Fostering Collaboration Among Women Scientists, 2019.
  5. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "Understanding the role of the non-structural protein I in the pathogenicity of influenza virus using a computational approach". Paper presented in Structural Bioinformatics Course, 2019.
  6. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "An integrative approach to understand protein plasticity – The case of non-structural protein 1 from the influenza virus". Paper presented in PTNMR Satellite Meeting, 2019.
  7. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "A Molecular Dynamics Insight to Non-Structural Protein 1 (NS1) – A Hub Protein Essential for Influenza Infection.". Paper presented in 4th Instruct Biennial Structural Biology Conference, 2019.
  8. Rosário-Ferreira, Nicia; Melo, Rita; Moreira, Irina S; Rui M M Brito. "Outline of a Molecular Dynamics Approach to Non- Structural Protein 1 (NS1) – A Hub Protein essential for Influenza Infection". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
Journal article
  1. Ana M. B. Amorim; Luiz F. Piochi; Ana T. Gaspar; António J. Preto; Nícia Rosário-Ferreira; Irina S. Moreira. "Advancing Drug Safety in Drug Development: Bridging Computational Predictions for Enhanced Toxicity Prediction". Chemical Research in Toxicology (2024): https://doi.org/10.1021/acs.chemrestox.3c00352.
    10.1021/acs.chemrestox.3c00352
  2. Catarina Marques-Pereira; Manuel N. Pires; Raquel P. Gouveia; Nádia N. Pereira; Ana B. Caniceiro; Nícia Rosário-Ferreira; Irina S. Moreira. "SARS-CoV-2 Membrane Protein: From Genomic Data to Structural New Insights". International Journal of Molecular Sciences 23 6 (2022): 2986-2986. https://doi.org/10.3390/ijms23062986.
    10.3390/ijms23062986
  3. Nícia Rosário-Ferreira; Alexandre M. J. J. Bonvin; Irina S. Moreira. "Using machine-learning-driven approaches to boost hot-spot's knowledge". WIREs Computational Molecular Science (2022): https://doi.org/10.1002/wcms.1602.
    10.1002/wcms.1602
  4. Bueschbell, Beatriz; Caniceiro, Ana Beatriz; Suzano, Pedro M.S.; Machuqueiro, Miguel; Rosário-Ferreira, Nícia; Moreira, Irina S.. "Network biology and artificial intelligence drive the understanding of the multidrug resistance phenotype in cancer". Drug Resistance Updates 60 (2022): 100811. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2022.100811.
    10.1016/j.drup.2022.100811
  5. Nícia Rosário-Ferreira; Salete J. Baptista; Carlos A. V. Barreto; Filipe E. P. Rodrigues; Tomás F. D. Silva; Sara G. F. Ferreira; João N. M. Vitorino; et al. "In Silico End-to-End Protein–Ligand Interaction Characterization Pipeline: The Case of SARS-CoV-2". ACS Synthetic Biology (2021): https://doi.org/10.1021/acssynbio.1c00368.
    10.1021/acssynbio.1c00368
  6. Rosário-Ferreira, Nícia; Guimarães, Victor; Costa, Vítor S.; Moreira, Irina S.. "SicknessMiner: a deep-learning-driven text-mining tool to abridge disease-disease associations". BMC Bioinformatics 22 1 (2021): http://dx.doi.org/10.1186/s12859-021-04397-w.
    10.1186/s12859-021-04397-w
  7. Nícia Rosário-Ferreira; Catarina Marques-Pereira; Manuel Pires; Daniel Ramalhão; Nádia Pereira; Victor Guimarães; Vítor Santos Costa; Irina Sousa Moreira. "The Treasury Chest of Text Mining: Piling Available Resources for Powerful Biomedical Text Mining". BioChem 1 2 (2021): 60-80. https://doi.org/10.3390/biochem1020007.
    10.3390/biochem1020007
  8. Nícia Rosário-Ferreira; António J. Preto; Melo R.; Irina Moreira; Rui M. M. Brito. "The Central Role of Non-Structural Protein 1 (NS1) in Influenza Biology and Infection". International Journal of Molecular Sciences (2020): https://www.mdpi.com/1422-0067/21/4/1511.
    10.3390/ijms21041511
Thesis / Dissertation
  1. Nícia Filipa Rosário Ferreira. "Hair Metabolomics Applied to Gender Differentiation". Master, 2016. https://repositorio-aberto.up.pt/handle/10216/86299.

Other

Other output
  1. Arrestin and G Protein Interactions with GPCRs: A Structural Perspective. 2022. Carlos A.V. Barreto; Salete J. Baptista; Beatriz Bueschbell; Pedro R. Magalhães; António J. Preto; Agostinho Lemos; Nícia Rosário-Ferreira; et al. http://dx.doi.org/10.1002/9781119564782.ch5.
    10.1002/9781119564782.ch5
Activities

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2021 - Current Network and System Biology Biologia Celular e Molecular (Mestrado integrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2020/02 - Current Biomedical Text-Mining Biologia Celular e Molecular (Mestrado integrado) CNC.IBILI, Portugal
2020 - Current Biomedical Text-Mining PDBBEB - PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal

CNC.IBILI, Portugal
2024 - 2025 Biochemistry Medicinal Chemistry Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2024 - 2025 Omics for Forensic Sciences Forensic Sciences Instituto Universitário de Ciências da Saúde, Portugal
2024 - 2025 Text-Mining for Forensic Sciences Forensic Sciences Instituto Universitário de Ciências da Saúde, Portugal
2024 - 2025 Applied OMICs Master in Computational Biology Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal

Interview (newspaper / magazine)

Activity description Newspaper / Forum
2022/01 Proteína de membrana SARS-CoV-2: de dados genómicos a novos conhecimentos estruturais EuroCC Portugal
2021/10 Projeto sobre doenças neurológicas vence prémio da Agência Nacional de Inovação
Distinctions

Award

2023 RCE+ awards five awards to young entrepreneurship projects
Região de Coimbra Empreende+, Portugal, Portugal
2023 Ineo start Acceleration Program
Instituto Pedro Nunes, Portugal
2021 Born from Knowledge 2021 "Health and Wellbeing"
Agência Nacional de Inovação SA, Portugal
2017 PhD Fellowship
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2014 Melhor Aluna da Licenciatura 2014
Instituto Universitário de Ciências da Saúde, Portugal

Other distinction

2024 InvestEU Portal e-Pitch – Women entrepreneurs – one of the five selected at the European level.
Bpifrance, France
2024 Top Female Founders
EIT Health, Germany
2022 BfK Acceleration Program: INNOV@RISE
Agência Nacional de Inovação SA, Portugal
2022 Selected for HiTech 2022 program