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Identification

Personal identification

Full name
Bruno Eduardo Vasques Costa

Author identifiers

Ciência ID
7E1C-C1E7-4DD2
ORCID iD
0000-0002-3794-4262
Google Scholar ID
3rj_Z30AAAAJ&hl
Education
Degree Classification
2017/09/03 - 2022/07/01
Ongoing
Computer Science and Engineering (Doutoramento)
Instituto Superior Técnico - Universidade de Lisboa, Portugal
2015
Concluded
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Major in Área de especialização: Biologia Computacional
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Signatures of natural selection in the adaptive immune system of primates" (THESIS/DISSERTATION)
16 valores
2010
Concluded
Licenciatura em Bioquimica (Licenciatura)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"n/a" (THESIS/DISSERTATION)
13
Affiliation

Science

Category
Host institution
Employer
2018/07/01 - 2019/11/30 Researcher (Research) Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
BioResources 4 Sustainability, Portugal
2018/01/01 - 2018/06/30 Researcher (Research) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Others

Category
Host institution
Employer
2019/12/01 - 2025/02/28 PhD Student Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
(...)
2016/06/01 - 2016/08/31 “Molecular regulation of developmental processes in trees" Definição de normas para anotação de meta-dados de experiências de fénotipagem. Bem como gestão de rede informática aquisições. Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Projects

Contract

Designation Funders
2019/01/01 - 2021/06/30 Pathogenomics of coffee leaf rust to probe virulence mechanisms and diagnostic markers
29189/2017
Researcher
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2018/07/01 - 2019/11/30 Biodata.pt - Infraestrutura Portuguesa de Dados Biológicos - Portuguese Biological Data Network
Research Fellow
Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2018/01/01 - 2018/06/30 Biodata.pt - Infraestrutura Portuguesa de Dados Biológicos - Portuguese Biological Data Network
Research Fellow
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2017/10/01 - 2017/12/31 Biodata.pt - Infraestrutura Portuguesa de Dados Biológicos - Portuguese Biological Data Network
Research Fellow
Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2016/09/01 - 2017/09/30 ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences.
Research Fellow
Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Horizon 2020
Ongoing
2016/06/01 - 2016/08/31 Molecular regulation of developmental processes in trees
CP1176/CT0001
Research Fellow
Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2015/09/01 - 2016/05/31 ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences.
Research Fellow
Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal
Horizon 2020
Ongoing
2015/05/01 - 2015/07/31 ProCoGen - Promoting a functional and comparative understanding of the conifer genome- implementing applied aspects for more productive and adapted forests.
Research Fellow
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development Food Agriculture and Fisheries Biotechnology
Concluded
Outputs

Publications

Conference poster
  1. Costa, Bruno Vasques; Chaves, Inês; Miguel, Célia M.; Silva, Mário. "Building the Plant miRNA Service". Paper presented in Elixir all hands 2018, 2018.
    https://doi.org/10.7490/f1000research.1115759.1
  2. Costa, Bruno. "sRNAworkflow: A pipeline for for analysis of large-scale plant small RNA datasets". 2016.
    10.6084/m9.figshare.3122569.v1
Journal article
  1. The BrAPI Consortium; Costa, B. V.. "BrAPI an application programming interface for plant breeding applications". Oxford Press - Bioinformatics (2019): http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz190.
    Published • 10.1093/bioinformatics/btz190
  2. Costa, B.V.; Chaves, I.; Rodrigues, A.S.; Bohn, A.; Miguel, C.M.. "miRPursuit—a pipeline for automated analyses of small RNAs in model and nonmodel plants". FEBS Letters 591 15 (2017): 2261-2268. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85026297551&partnerID=MN8TOARS.
    Open access • Published • 10.1002/1873-3468.12746
Online resource
  1. Costa, Bruno Vasques; Faria, Daniel; Chaves, Inês; Miguel, Célia Miguel. PHENO - the BrAPI endpoint provided by the Portuguese node of ELIXIR. https://brapi.biodata.pt. 2018. https://brapi.biodata.pt.
  2. Pommier C. ; Cwiek H.; Faria, D.; Papoutsoglou, E.; Costa, B.V.; Laporte, M-A.; Chaves I; et al. Plant Phenotype Experiment Ontology (PPEO). 2018. http://purl.org/ppeo.
  3. Costa, Bruno Vasques; Chaves, Inês; Miguel, Célia M.; Silva, Mário G.. Plant sRNA Portal. 2017. https://srna-portal.biodta.pt.
Activities

Event participation

Activity description
Type of event
Event name
Institution / Organization
2019/02/18 - 2019/02/25 Organização, apoio e Lecção de conteudos introdutórios de R para investigadores da unidade Green-IT
Workshop
Workshop de R
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Jury of academic degree

Topic
Role
Candidate name (Type of degree)
Institution / Organization
2023/11/21 Construção de uma ferramenta para pesquisa de variantes genéticas
(Thesis) Arguer
Guilherme Vilhena Clemente Cândido da Silva (Other)
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2020/12/15 Análise, Comparação E Integração Automática Da Anotação Dos Resultados De Testes Genéticos: Anotação Manual Versus Anotação Via Plataforma De Inteligência Artificial.
(Thesis) Main arguer
Rúben Alexandre Albuquerque Santos (Other)
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2023/10/02 - 2024/03/31 Laboratório de Bioinformática Bioinformática (Licenciatura) Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
Distinctions

Other distinction

2016 Best Poster Presentation