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Identification

Personal identification

Full name
Pedro Ferreira

Citation names

  • Ferreira, Pedro

Author identifiers

Ciência ID
851F-D029-B6E6
ORCID iD
0000-0001-7015-5460

Email addresses

  • peferreira@fc.up.pt (Professional)

Knowledge fields

  • Natural sciences - Biological Sciences - Biochemistry
Education
Degree Classification
2017 - 2022
Concluded
 Programa Doutoral em Química (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2023/02/01 - Current Researcher (Research) REQUIMTE LAQV Porto, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2024/02/01 - 2024/07/31 Invited Assistant Professor (University Teacher) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2017/09 - 2022/04/18 Living in extreme conditions: extremozymes for industrial application
SFRH/BD/119206/2016
PhD Student Fellow
REQUIMTE LAQV Porto, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para Ciência e Tecnologia (FCT)
Concluded

Contract

Designation Funders
2024/01/01 - 2024/06/01 Development of an enzymatic technology for green biomining
EHPC-BEN-2023B12-042
Principal investigator
REQUIMTE LAQV Porto, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Partnership for Advanced Computing In Europe
Concluded
2023/03/08 - 2024/03/07 Murderous Venom- An Universal and Affordable Antidote Against Snakebite
EHPC-REG-2022R03-205
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
Partnership for Advanced Computing In Europe
Ongoing
2016/09/01 - 2020/03/01 PLASTICGLOBAL - Avaliação da transferência de agentes químicos mediada por plásticos e dos seus efeitos em redes tróficas de ecossistemas de profundidade, costeiros e estuarinos em cenários de mudanças globais
PTDC/MAR-PRO/1851/2014
Universidade do Porto Faculdade de Desporto, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal

Instituto Português do Mar e da Atmosfera, Portugal

Instituto do Mar, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2019/01/01 - 2019/12/31 Associated Laboratory for Green Chemistry - Clean Technologies and Processes
UID/QUI/50006/2019
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Dom Luiz, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2019/01/01 - 2019/12/31 Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas
UID/Multi/04378/2019
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2011/04/01 - 2014/09/30 SIGNAL - Effects of pollution on estuarine zooplankton-zooplanktivorous fish ecological interactions in relation to climate changes
grant.Provided by PTCRIS: 110331
PTDC/AAC-AMB/110331/2009
110331
Provided by PTCRIS: 110331
Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

Universidade de Coimbra, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Samuel Peña-Díaz; Pedro Ferreira; Maria João Ramos; Daniel E. Otzen. "Mining and engineering activity in catalytic amyloids". 2024.
    10.1016/bs.mie.2024.03.002
Journal article
  1. Pedro Ferreira; Rui P. P. Neves; Filipa P. Miranda; Ana V. Cunha; Remco W. A. Havenith; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "DszA Catalyzes C–S Bond Cleavage through N5–Hydroperoxyl Formation". Journal of Chemical Information and Modeling (2024): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00301.
    10.1021/acs.jcim.4c00301
  2. Alexandre V. Pinto; Pedro Ferreira; Ana V. Cunha; Remco W. A. Havenith; Alexandre L. Magalhães; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "Revisiting the reaction pathways for phospholipid hydrolysis catalyzed by phospholipase A2 with QM/MM methods". Chemical Science (2024): https://doi.org/10.1039/D4SC02315C.
    10.1039/D4SC02315C
  3. Alexandre V. Pinto; Pedro Ferreira; Pedro A. Fernandes; Alexandre L. Magalhães; Maria J. Ramos. "Development of Nanoscale Graphene Oxide Models for the Adsorption of Biological Molecules". The Journal of Physical Chemistry B (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c06037.
    10.1021/acs.jpcb.2c06037
  4. Pedro Ferreira; Pedro Alexandrino Fernandes; Maria João Ramos. "Modern computational methods for rational enzyme engineering". Chem Catalysis 2 10 (2022): 2481-2498. http://dx.doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.036.
    10.1016/j.checat.2022.09.036
  5. P. Ferreira; P.A. Fernandes; M.J. Ramos. "The archaeal non-heme iron-containing Sulfur Oxygenase Reductase". Coordination Chemistry Reviews 455 (2022): 214358-214358. https://doi.org/10.1016%2Fj.ccr.2021.214358.
    10.1016/j.ccr.2021.214358
  6. Pedro Ferreira; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos. "The Catalytic Mechanism of the Retaining Glycosyltransferase Mannosylglycerate Synthase". Chemistry – A European Journal 27 56 (2021): 13998-14006. https://doi.org/10.1002%2Fchem.202101724.
    10.1002/chem.202101724
  7. Rui P. P. Neves; Pedro Ferreira; Fabiola E. Medina; Pedro Paiva; João P. M. Sousa; Matilde F. Viegas; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos. "Engineering of PKS Megaenzymes—A Promising Way to Biosynthesize High-Value Active Molecules". Topics in Catalysis (2021): https://doi.org/10.1007%2Fs11244-021-01490-5.
    10.1007/s11244-021-01490-5
  8. Alexandre V. Pinto; Pedro Ferreira; Rui P. P. Neves; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos; Alexandre L. Magalhães. "Reaction Mechanism of MHETase, a PET Degrading Enzyme". ACS Catalysis (2021): 10416-10428. https://doi.org/10.1021/acscatal.1c02444.
    10.1021/acscatal.1c02444
  9. Pedro Paiva; Fabiola E. Medina; Matilde Viegas; Pedro Ferreira; Rui P. P. Neves; João P. M. Sousa; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "Animal Fatty Acid Synthase: A Chemical Nanofactory". Chemical Reviews (2021): https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.1c00147.
    10.1021/acs.chemrev.1c00147
  10. Marques Sousa, J; Ribeiro Viegas, M; Teixeira Ferreira, P; Coelho Paiva, P; Oliveira, AL; Fernandes, PA; Ramos, MJ. "MOLECULAR BIOINFORMATICS". Revista de Ciência Elementar (2021): https://www.authenticus.pt/P-00Y-FQQ.
    10.24927/rce2021.075
  11. Pedro Ferreira; Nuno M. F. Sousa A. Cerqueira; Pedro Alexandrino Fernandes; Maria João Romão; Maria João Ramos. "Catalytic Mechanism of Human Aldehyde Oxidase". ACS Catalysis 10 16 (2020): 9276-9286. https://doi.org/10.1021/acscatal.0c02627.
    10.1021/acscatal.0c02627
  12. Sérgio F. Sousa; Ana R. Calixto; Pedro Ferreira; Maria J. Ramos; Carmay Lim; Pedro A. Fernandes. "Activation Free Energy, Substrate Binding Free Energy, and Enzyme Efficiency Fall in a Very Narrow Range of Values for Most Enzymes". ACS Catalysis 10 15 (2020): 8444-8453. https://doi.org/10.1021/acscatal.0c01947.
    10.1021/acscatal.0c01947
  13. Ferreira, Pedro. "Proteínas Virais no Protein Data Bank". Revista de Ciência Elementar (2020): http://dx.doi.org/10.24927/rce2020.022.
    10.24927/rce2020.022
  14. João P. M. Sousa; Pedro Ferreira; Rui P. P. Neves; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "The bacterial 4S pathway – an economical alternative for crude oil desulphurization that reduces CO2 emissions". Green Chemistry (2020): https://doi.org/10.1039/D0GC02055A.
    10.1039/D0GC02055A
  15. P. Ferreira; N. M. F. S. A. Cerqueira; C. Coelho; P. A. Fernandes; M. J. Romão; M. J. Ramos. "New insights about the monomer and homodimer structures of the human AOX1". Physical Chemistry Chemical Physics (2019): https://doi.org/10.1039/C9CP01040H.
    10.1039/C9CP01040H
  16. Pedro Ferreira; Nuno M.F.S.A. Cerqueira; Natércia F. Brás; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos. "Parametrization of Molybdenum Cofactors for the AMBER Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00137.
    10.1021/acs.jctc.8b00137
  17. Pedro Paiva; Inês P. D. Costa; Cleide E. Ferreira; Pedro Ferreira; Andreia T. Pereira; Nuno M. F. S. A. Cerqueira; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos. "Studies on neuraminidase inhibition". International Journal of Quantum Chemistry (2018): e25592-e25592. https://doi.org/10.1002%2Fqua.25592.
    10.1002/qua.25592
  18. Pedro Ferreira; Sérgio F. Sousa; Pedro A. Fernandes; Maria João Ramos. "Frontispiece: Improving the Catalytic Power of the DszD Enzyme for the Biodesulfurization of Crude Oil and Derivatives". Chemistry - A European Journal 23 68 (2017): https://doi.org/10.1002/chem.201786864.
    10.1002/chem.201786864
  19. Pedro Ferreira; Sérgio F Sousa; Pedro A Fernandes; Maria Joao Ramos. "Improving the Catalytic Power of the DszD Enzyme for the Biodesulfurization of Crude Oil and Derivatives". Chemistry - A European Journal (2017): https://doi.org/10.1002%2Fchem.201704057.
    10.1002/chem.201704057
  20. Elsa Fonte; Pedro Ferreira; Lúcia Guilhermino. "Temperature rise and microplastics interact with the toxicity of the antibiotic cefalexin to juveniles of the common goby (Pomatoschistus microps): Post-exposure predatory behaviour, acetylcholinesterase activity and lipid peroxidation". Aquatic Toxicology 180 (2016): 173-185. http://dx.doi.org/10.1016/j.aquatox.2016.09.015.
    10.1016/j.aquatox.2016.09.015
  21. Brás NF; Ferreira P; Calixto AR; Jaspars M; Houssen W; Naismith JH; Fernandes PA; Ramos MJ. "The Catalytic Mechanism of the Marine-Derived Macrocyclase PatGmac.". Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) (2016): http://europepmc.org/abstract/med/27389424.
    10.1002/chem.201601670
  22. Natércia F. Brás; Pedro Ferreira; Ana R. Calixto; Marcel Jaspars; Wael Houssen; James H. Naismith; Pedro A. Fernandes; Maria J. Ramos. "Inside Cover: The Catalytic Mechanism of the Marine-Derived Macrocyclase PatGmac (Chem. Eur. J. 37/2016)". Chemistry - A European Journal 22 37 (2016): 12946-12946. https://doi.org/10.1002%2Fchem.201603742.
    10.1002/chem.201603742
  23. Ferreira, P.; Fonte, E.; Soares, M.E.; Carvalho, F.; Guilhermino, L.. "Effects of multi-stressors on juveniles of the marine fish Pomatoschistus microps: Gold nanoparticles, microplastics and temperature". Aquatic Toxicology 170 (2016): 89-103. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84948808730&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.aquatox.2015.11.011
  24. Luís, L.G.; Ferreira, P.; Fonte, E.; Oliveira, M.; Guilhermino, L.. "Does the presence of microplastics influence the acute toxicity of chromium(VI) to early juveniles of the common goby (Pomatoschistus microps)? A study with juveniles from two wild estuarine populations". Aquatic Toxicology 164 (2015): 163-174. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84936934036&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.aquatox.2015.04.018
Activities

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2024 - 2024 Estudo do mecanismo de ativaça o da dor pela toxina MitTx presente no veneno da cobra-coral do Texas
Co-supervisor
 Bioquímica (Degree)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022 - 2023 A origem molecular da dor nociceptiva: compreender o seu mecanismo e desenvolver estratégias para a inibir
Co-supervisor
 Mestrado em Bioquímica (Master)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2019 Estudos sobre a arilalquilamina n-acetiltransferase, uma das enzimas envolvidas na biossintese da melatonina, a hormona reguladora do sono
Co-supervisor
 Bioquímica (Degree)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal