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Miguel Jesus Nunes Ferreira Ramos concluiu o Doutoramento em Biologia em 2021 pela Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem (LEAF). É atualmente investigador no Departamento de Doenças Infecciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (associado ao Laboratório Nacional de Referência da Resistência a Antimicrobianos). Publicou 14 artigos em revistas especializadas. Organizou 1 evento(s). É coorientador de 1 trabalho de mestrado em curso e coorientou 4 trabalho(s) de conclusão de curso de licenciatura e estágios. Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática, Ciências Médicas e da Saúde com ênfase em Outras Ciências Médicas, Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biologia e Ciências Agrárias. Nas suas atividades profissionais interagiu com mais de 65 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Biological Sciences - Biology of Microorganisms; Agricultural and Forestry Sciences - Plant Genomics; .
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Identification

Personal identification

Full name
MIGUEL DE JESUS NUNES FERREIRA RAMOS

Citation names

  • Ramos, Miguel
  • Ramos, Miguel J. N.

Author identifiers

Ciência ID
9A13-9410-5BDE
ORCID iD
0000-0001-5832-0945

Email addresses

  • mramos@isa.ulisboa.pt (Professional)

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
  • Medical and Health Sciences - Other Medical Sciences
  • Natural sciences - Biological Sciences - Biology
  • Agrarian Sciences

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Portuguese Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
English Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Intermediate (B1) Intermediate (B1) Beginner (A1) Intermediate (B1)
French Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1)
Italian Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1)
Education
Degree Classification
2016/06/01 - 2021/06/16
Concluded
 Biologia (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
"How sex led to wine: Genomic and post­-transcriptional differences associated to sex in Vitis vinifera sylvestris" (THESIS/DISSERTATION)
 Approved with Distinction and Honour
2011
Concluded
 Mestrado em Biologia Funcional (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
"A Qualidade da Cortiça e a sua Relação com a Expressão Génica no Felógénio de Quercus suber" (THESIS/DISSERTATION)
 17 (out of 20)
2010
Concluded
 Licenciatura em Biologia (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
"Automatização da interacção entre um programa de busca de motivos e um programa de homologia – ProBlast" (THESIS/DISSERTATION)
 13 (out of 20)
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2023/07/17 - Current Researcher (Research) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal

Other Careers

Category
Host institution 		Employer
2023/01/23 - 2023/07/14 Consultor de Informática (Categorias e Funções Especificas) Log.Oscon, Portugal
2020/10/09 - 2023/01/20 Técnico Superior (Técnico Superior) GenoMed® - Diagnósticos de Medicina Molecular, S.A., Portugal
GenoMed® - Diagnósticos de Medicina Molecular, S.A., Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2016/06 - Current Small but important: the role of small RNA in Vitis sex specification
SFRH/BD/110274/2015
PhD Student Fellow
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2013/06/01 - 2016/05/31 Single cell genomics and metagenomics-aided cultivation of the unculturable: uncovering the function and metabolic features of Acidobacteria symbionts of marine sponges
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/130434/PT
Centro de Ciências do Mar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2012/05 - 2015/04 VitisSEX- Genetic control of sex evolution in grapevine.
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/119298/PT
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Other

Designation Funders
2023/07/17 - Current SMARTgNOSTICS - Global Testing & Diagnostics Solutions for antimicrobial resistances
SMARTgNOSTICS
Researcher
Outputs

Publications

Conference poster
  1. Alhinho, ATA; Ramos, Miguel J. N.; Alves, S; Rocheta, M; Morais­-Cecílio, L; Laranjo, JG; Sobral, R; Costa, MMR. Corresponding author: Alhinho, ATA. "The dynamics of flower development in Castanea sativa Mill". Paper presented in National Congress of Biochemistry, 2021.
  2. Ramos, Miguel J. N.; Silva, David F.; Coito, Joao L.; Cunha, J.; Costa, M. Manuela R.; Rocheta, M.. "Characterization of Vitis sex determination mechanisms". Paper presented in Encontro com a Ciência 2019, 2019.
    10.18411/spc-31-05-2017-18
  3. Silva, David F.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Viegas, Wanda; Rocheta, Margarida. "In silico analysis of transcriptional nucleotide modifications in Vitis vinifera sylvestris". Paper presented in Bioinformatics Open Days, 2018.
  4. Ramos, Miguel J. N.; Silva, David F.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Characterization of Vitis sex determination mechanisms". Paper presented in Bioinformatics for Plant Biology, 2018.
  5. Silva, David F.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Viegas, Wanda; Rocheta, Margarida. "In silico analysis of transcriptional nucleotide modifications in Vitis vinifera sylvestris". Paper presented in Encontro com a Ciência, 2018, 2018.
  6. Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Fino, J.; Silva, Helena G.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Paulo, O. S.; Rocheta, Margarida. "Deep analysis of wild Vitis transcriptome". Paper presented in Encontro com a Ciência 2017, 2017.
  7. Coito, Joao L.; Ramos, Miguel J. N.; Cunha, Jorge; Silva, Helena G.; Amancio, Sara; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "VviAPRT3 and VviFSEX: two genes involved in sex specification able to distinguish different flower types in Vitis". Paper presented in Encontro com a Ciência 2017, 2017.
  8. Karimi, E.; Ramos, Miguel J. N.; Franco, Telma; Rocha, U. N.; Gonçalves, J.; Reis, M. P.; Costa, Rodrigo. "Uncovering the life-style of the unculturabe: genomics and metagenomics aided cultivation of marine sponge symbionts". Paper presented in Exploiting Metagenomics Approach in Life Science Research, 2015.
  9. Silva, Helena G.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Rocheta, Margarida; Costa, Maria M. R.. "Patterns of ABCDE gene expression in unisexual flowers of Vitis sylvestris". Paper presented in Congresso Nacional de Bioquímica, 2014.
  10. Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Silva, Helena G.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Transcriptomic analysis of Vitis flower development and sex specification". Paper presented in International Congress on Sexual Plant Reproduction, 2014.
  11. Silva, Helena G.; Ramos, Miguel J. N.; Coito, Joao L.; Cunha, Jorge; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "Transcriptomic analysis of wild grapevine flower development and sex specification". Paper presented in ICREA Workshops: From model system to crops, challenges for a new era in plant biology, 2014.
  12. Ramos, Miguel J. N.; Rocheta, Margarida; Carvalho, L.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor genes in Quercus suber phellogen: an attempt to correlate with cork quality". Paper presented in IUFRO Tree Biotechnology, 2011.
Journal article
  1. Luísa C. Carvalho; Miguel J. N. Ramos; David Faísca-Silva; Pedro Marreiros; João C. Fernandes; Ricardo Egipto; Carlos M. Lopes; Sara Amâncio. "Modulation of the Berry Skin Transcriptome of cv. Tempranillo Induced by Water Stress Levels". Plants (2023): https://doi.org/10.3390/plants12091778.
    10.3390/plants12091778
  2. Alves, Sofia; Braga, Ângelo; Parreira, Denise; Alhinho, Ana Teresa; Silva, Helena; Ramos, Miguel J. N.; Costa, Maria Manuela Ribeiro; Morais-Cecílio, Leonor. "Genome-wide identification, phylogeny, and gene duplication of the epigenetic regulators in Fagaceae". Physiologia Plantarum 174 5 (2022): http://dx.doi.org/10.1111/ppl.13788.
    10.1111/ppl.13788
  3. Luisa C Carvalho; Miguel Jesus Nunes Ramos; David Faísca-Silva; David van der Kellen; João Carlos Fernandes; Egipto, R.; Carlos M. Lopes; Sara Amâncio. "Developmental Regulation of Transcription in Touriga Nacional Berries under Deficit Irrigation". Plants (2022): https://www.mdpi.com/2223-7747/11/6/827.
    10.3390/plants11060827
  4. Ana Teresa Alhinho; Miguel Jesus Nunes Ramos; Sofia Alves; Margarida Rocheta; Leonor Morais-Cecílio; José Gomes-Laranjo; Rómulo Sobral; Maria Manuela Ribeiro Costa. "The Dynamics of Flower Development in Castanea sativa Mill.". Plants 10 8 (2021): 1538-1538. https://doi.org/10.3390/plants10081538.
    10.3390/plants10081538
  5. Ramos, Miguel J. N.. "Portuguese wild grapevine genome re-sequencing (Vitis vinifera sylvestris)". Scientific Reports 10 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-76012-6.
    10.1038/s41598-020-76012-6
  6. Ramos, Miguel. "Vitis flower types: from the wild to crop plants". PeerJ (2019): http://dx.doi.org/10.7717/peerj.7879.
    10.7717/peerj.7879
  7. Coito JL; Silva H; Ramos MJN; Montez M; Cunha J; Amâncio S; Costa MMR; Rocheta M. "Vitis Flower Sex Specification Acts Downstream and Independently of the ABCDE Model Genes.". Frontiers in plant science (2018): http://europepmc.org/abstract/med/30061913.
    10.3389/fpls.2018.01029
  8. Coito, Joao L.; Ramos, Miguel J. N.; Cunha, Jorge; Silva, Helena G.; Amancio, Sara; Costa, Maria M. R.; Rocheta, Margarida. "VviAPRT3 and VviFSEX: Two Genes Involved in Sex Specification Able to Distinguish Different Flower Types in Vitis". Frontiers in Plant Science 8 (2017): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000392866300001&KeyUID=WOS:000392866300001.
    10.3389/fpls.2017.00098
  9. Ramos, Miguel. "Comparative metagenomics reveals the distinctive adaptive features of the Spongia officinalis endosymbiotic consortium". Frontiers in Microbiology 8 (2017): 2499-2499.
    10.3389/fmicb.2017.02499
  10. Ramos, M. J.; Coito, J. L.; Fino, J.; Cunha, J.; Silva, H.; de Almeida, P. G.; Costa, M. M.; et al. "Deep analysis of wild Vitis flower transcriptome reveals unexplored genome regions associated with sex specification". Plant Mol Biol (2016): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27778293.
    10.1007/s11103-016-0553-9
  11. Rocheta, M.; Coito, J. L.; Ramos, M. J.; Carvalho, L.; Becker, J. D.; Carbonell-Bejerano, P.; Amâncio, S.. "Transcriptomic comparison between two Vitis vinifera L. varieties (Trincadeira and Touriga Nacional) in abiotic stress conditions". BMC Plant Biol 16 1 (2016): 224-224. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27733112.
    10.1186/s12870-016-0911-4
  12. Ramos MJ; Coito JL; Silva HG; Cunha J; Costa MM; Rocheta M. "Flower development and sex specification in wild grapevine.". (2014): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000347574400003&KeyUID=WOS:000347574400003.
    10.1186/1471-2164-15-1095
  13. Ramos, M.; Rocheta, M.; Carvalho, L.; Inácio, V.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression of DNA methyltransferases is involved in Quercus suber cork quality". Tree Genetics and Genomes 9 6 (2013): 1481-1492. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84888137077&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s11295-013-0652-6
  14. Ramos, M.; Rocheta, M.; Carvalho, L.; Graça, J.; Morais-Cecilio, L.. "Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor genes in Quercus suber phellogen: An attempt to correlate with cork quality". BMC Proceedings 5 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84907855179&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1753-6561-5-S7-P169
Thesis / Dissertation
  1. Ramos, Miguel. "A Qualidade da Cortiça e a sua Relação com a Expressão Génica no Felogénio de Quercus suber". Master, Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, 2011.
  2. Ramos, Miguel. "Automatização da interacção entre um programa de busca de motivos e um programa de homologia – ProBlast". Degree, Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, 2009.

Other

Other output
  1. The molecular dynamics of flower development in Castanea sativa Mill. – Why does climate matter?. 2021. Alhinho, ATA; Ramos, Miguel J. N.; Alves, S; Rocheta, M; Morais­-Cecílio, L; Laranjo, JG; Sobral, R; Costa, MMR. Corresponding author: Alhinho, ATA.
  2. RNA editing in inflorescences of wild grapevine unveils association to sex and development. 2020. Miguel J. N. Ramos; David Faísca-Silva; João L. Coito; Jorge Cunha; Helena Gomes Silva; Wanda Viegas; M. Manuela R. Costa; Sara Amâncio; Margarida Rocheta. https://doi.org/10.1101/2020.03.03.974626.
    10.1101/2020.03.03.974626
  3. Portuguese wild grapevine genome re-sequencing (Vitis vinifera sylvestris). 2020. Miguel J N Ramos; João L Coito; David F Silva; Jorge Cunha; M Manuela R Costa; Sara Amâncio; Margarida Rocheta. https://doi.org/10.1101/2020.02.19.955781.
    10.1101/2020.02.19.955781
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2019 Essay in Vitis vinifera post-transcriptional regulatory networks
Instituto Superior de Agronomia
2018 Unveiling miRNA role on Vitis flowering, through transcriptomics Bioinformatic Open Days
(Braga, Portugal)
2015 Comparative metagenomics of sponge, seawater and sediment microbiomes reveals sharply distinct taxonomic and functional profiles Congress of Microbiology and Biotechnology
(Évora, Portugal)
2014 Bioinformatics behind Vitis sex Workshop em Bio-optimização
(Lisboa, Portugal)
2011 Expression analysis of DNA methyltransferase and co-repressor gene expression in the active phellogen of Quercus suber Sociedade Portuguesa de Fisiologia Vegetal
(Oeiras, Portugal)

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2023 - Current Comparative genomics to probe virulence mechanisms and evolution in the coffee pathogen Hemileia vastatrix
Co-supervisor
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2020 - Current Identificação de metiltransferases e desmetiltransferases de DNA em Castanea sativa
Co-supervisor
 Biologia (Degree)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2020 - Current Determination of DNA-RNA differences along the leaf development of Vitis vinifera sylvestris
Co-supervisor
 Biologia (Degree)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2017/11 - 2018/10 Natural RNA-editing modifications in nuclear Vitis vinifera transcripts throughout flower development
Co-supervisor of David Faísca da Silva
 Biologia (Scientific initiation)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
2017/01 - 2017/07 In silico analysis of transcript expression in grapevine berry skin by RNA-Sequencing
Co-supervisor of David Faísca da Silva
 Biologia (Degree)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal
2014/01 - 2014/07 Análise da diversidade genética em Fagáceas utilizando o retrotransposão Corky
Co-supervisor of Inês Rodrigues da Silva Zêzere
 Biologia (Degree)
Universidade de Lisboa Centro de Investigação em Agronomia Alimentos Ambiente e Paisagem, Portugal

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2010/07/11 - 2010/07/14 Volunteer on European Conference on Operational Research (EURO) - 24 th edition (2010/07/11 - 2010/07/14)
Conference
 Universidade de Lisboa, Portugal

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2023 - Current Bioinformatics applications focusing on NGS Biologia Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal