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Professora auxiliar convidada do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro desde 2013. Tem lecionado diversas unidades curriculares, que estão em linha com a sua experiência e interesses científicos, como Bioquímica & Metabolismo, Bioinformática, Engenharia Genética e Cultura de Células e Tecidos, 1º ciclo, e Biologia do RNA, Laboratório de Bioquímica II e Biologia do Genoma e Citometria e Imunologia, 2º ciclo de estudos. Foi responsável pelas UC de Bioinformática e de Citometria e Imunologia. Doutoramento em Biologia desde 2007; 19 artigos publicados em artigos indexados no WoS; 2 publicações em proceedings books; 14 comunicações orais em encontros científicos; 20 comunicações em encontros científicos; organização/participação na organização de cursos/workshops, nomeadamente no curso avançado "Bioinformática para Microbiólogos", já na 3ª edição; Coordenadora de um projeto de investigação financiado (FCT) na área das ciências biológicas-Biologia dos microrganismos; participação como membro de equipa em 4 projetos financiados (FCT) nas áreas do ambiente e alterações climáticas, química e bioquímica; Atualmente é orientadora de 1 aluno de Estágio profissionalizante e 1 de Projeto, Universidade de Aveiro. Tem participado em iniciativas de divulgação científica, em encontros nacionais de estudantes e seminários enquadrados em disciplinas do 1º e 2º ciclos; É revisora científica em artigos com arbitragem internacional; Membro de júris de provas académicas; Participação em júris para avaliação de candidaturas a bolsas de investigação; Vice Diretora do curso de Mestrado em Biologia Molecular e Celular da Universidade de Aveiro; Membro do Conselho Científico; Participou no curso Docência +2020, 2ª edição Organização da UMinho e da UAveiro; Participa no Programa de Tutoria (PT-UA) como tutor, desde novembro de 2020; Tem desenvolvido atividade científica na diversidade de plasmídeos bacterianos e seus genes acessórios, nomeadamente de resistência a antibióticos. Tem interesse na avaliação da função de plasmídeos na adaptação de comunidades microbianas em ambientes naturais impactados pela ação humana. A sua abordagem tem consistido na sequenciação de plasmídeos e análises genómicas comparativas juntamente com associação de metadados. Adicionalmente tem participado em trabalhos onde avalia a atividade antimicrobiana de compósitos sintéticos ou naturais.
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Identification

Personal identification

Full name
Cláudia Oliveira

Citation names

  • Oliveira, Cláudia

Author identifiers

Ciência ID
AA15-5A84-244A
ORCID iD
0000-0002-5947-4361

Telephones

Telephone
  • 234370774 (Professional)

Addresses

  • Biology Department, university of Aveiro, 3810-193 A, Aveiro, Aveiro, Portugal (Professional)

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Knowledge fields

  • Natural sciences - Biological Sciences - Microbiology

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Portuguese (Mother tongue)
English Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2)
Spanish; Castilian Upper intermediate (B2) Upper intermediate (B2) Elementary (A2) Advanced (C1) Elementary (A2)
French Beginner (A1) Elementary (A2) Beginner (A1) Elementary (A2) Beginner (A1)
Education
Degree Classification
2007/07/01
Concluded
 Biologia (Doutoramento)
Major in Não Aplicável
Universidade de Aveiro, Portugal
2001/07/01
Concluded
 Microbiologia Molecular (Mestrado)
Major in Não Aplicável
Universidade de Aveiro, Portugal
1996/07/01
Concluded
 Biologia (Licenciatura)
Major in Não Aplicável
Universidade de Aveiro, Portugal
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2010/03/01 - 2016/06/30 Postdoc (Research) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
2007/03/01 - 2010/02/28 Postdoc (Research) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2013 - 2023 Invited Assistant Professor (University Teacher) Universidade de Aveiro, Portugal

Other Careers

Category
Host institution 		Employer
1997/09/01 - 1999/03/01 Professor do ensino básico e secundário (Professor do ensino básico e secundário) Ministério da Educação, Portugal
Ministério da Educação, Portugal

Others

Category
Host institution 		Employer
2010/04/11 - 2010/07/12 Licença de maternidade Universidade de Aveiro, Portugal
Projects

Contract

Designation Funders
2012/04/02 - 2015/09/30 PhytoMarsh - A Fitosfera de plantas de sapal: um "hot-spot" microbiano pouco explorado
PTDC/AAC-AMB/118873/2010
Researcher
Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2013/06/03 - 2014/12/02 Genes em movimento: Como capturar os genes móveis em comunidades microbianas?
EXPL/BIA-MIC/1567/2012
Principal investigator
Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2010/04/05 - 2013/10/05 SEAGULL - Identificação de fontes difusas de poluição fecal em ambientes naturais: dados para avaliação do risco.
PTDC/AAC-AMB/109155/2008
Researcher
Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal

Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2005/09/05 - 2007/07/01 Estabilidade conformacional de proteinases aspárticas com importãnci biotecnológica e médica - O unfolding/refolding de proteínas diméricas e monoméricas
POCI/QUI/60791/2004
Researcher
Universidade Católica Portuguesa, Portugal

Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
1999 - 2001 How do Organic Solvents Affect Cardosin A and Cardosin B Activity and Structure. The use of Cardosins in New Strategies and New Tactics for Routine Peptide Synthesis.
Praxis/P/QUI/10131/98
Scientific Initiation Fellow
Universidade de Aveiro, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
Outputs

Publications

Conference abstract
  1. Oliveira, Cláudia; Ana Cristina Esteves; Marlene Maria Tourais de Barros; David Pina; Enrique Villar. "Structural stability characterisation of cardosin A from Cynara cardunculus L.: enzymic, spectroscopic and calorimetric studies.". Paper presented in 27th FEBS Congress, Lisboa, 2001.
    Published
Conference paper
  1. Oliveira, Cláudia; Ana Cristina Esteves; Henrique lopes; Rui Miguel Pinheiro Vitorino; Euclides Manuel Vieira Pires; Maria do Rosário Domingues; Marlene Maria Tourais de Barros. "Purification and characterisation of aspartic proteinases from C. cardunculus L". Paper presented in 30th FEBS Congress and the 9th IUBMB Conference., Budapeste, 2005.
    Accepted
Conference poster
  1. Maria Elisabete Costa; Hugo Almeida; Oliveira, Cláudia; Maria Helena V. Fernandes. "Antibacterial Nanostructured Polyurethane Composite Membranes". Paper presented in 29th European Conference on Biomaterials, 2018.
  2. Diana Salvador; Inês Roxo; Oliveira, Cláudia; Elmano Ramalheira; Sonia Ferreira; Isabel da Silva Henriques. "Molecular analysis of 3rd generation cephalosporin-resistant Enterobacteriaceae in Centro Hospitalar do Baixo Vouga, Aveiro.". Paper presented in Microbiotech, 2017.
  3. Susana Araújo; Laura Leite; Marta Tacão; Oliveira, Cláudia; Artur Alves; Isabel da Silva Henriques. "Effect of metal contamination on antibiotic resistance traits in epiphytic bacteria". Paper presented in 3rd International Symposium on the Environmental Dimension of Antibiotic Resistance, 2015.
  4. Marinélia Capela; Oliveira, Cláudia; António Carlos Matias Correia; Maria Helena Fernandes. "Sol-gel bioactive glasses modified with silver: processing and properties". Paper presented in XIIISBPMMat (Sociedade Portuguesa de Materiais), 2014.
  5. Diogo Almeida; Oliveira, Cláudia; António Carlos Matias Correia; Maria Helena Fernandes. "The role of nanoZnO on the bioactive and antibacterial properties of Polyurethane – ZnO composites". Paper presented in 5th International Conference on Advanced Nano Materials (ANM2014), 2014.
  6. Sónia Martins; Alexandra Moura; Oliveira, Cláudia; António Carlos Matias Correia. "The gene pool of sequenced plasmids – what can we learn?". Paper presented in MICROBIOTEC’13, 2013.
  7. Oliveira, Cláudia; Anabela de Oliveira Pereira; Isabel da Silva Henriques; António Carlos Matias Correia. "Conjugative plasmids from seagull feces are diverse in their molecular structure and carry resistance to last resort antibiotics.". Paper presented in FEMS 2013, 2013.
  8. Oliveira, Cláudia; Alexandra Moura; Isabel da Silva Henriques; Linda rogers; Eva Top; António Carlos Matias Correia. "Comparative genomics and resistance phenotypes of IncP-1epsilon plasmids from estuarine waters". Paper presented in International Plasmid Biology Conference, 2012.
  9. Julina Azevedo; Isabel Ramos; Oliveira, Cláudia; Isabel da Silva Henriques; António Carlos Matias Correia. "Unraveling differences between bacterioplankton and bacterioneuston: universal or specific primers?". Paper presented in 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO10 2009), 2009.
  10. Oliveira, Cláudia; Valentina Bresciani; Adelaide Almeida; António Carlos Matias Correia. "Conjugative gene transfer and BHR plasmids from the SML and subsurface waters: an estuary from Portugal as a case study". Paper presented in 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology, 2009.
  11. Ana Cristina Esteves Sarmento; Oliveira, Cláudia; Anabela de Oliveira Pereira; Euclides Manuel Vieira Pires; Marlene Maria Tourais de Barros. "A case study: cardosin A as a model for aspartic proteinases conformational stability". Paper presented in 7th International Conference on Mobile Data Management - Copyright, 2007.
    10.1109/mdm.2006.3
  12. Ana sofia Fraga; Ana Cristina Esteves Sarmento; Oliveira, Cláudia; Euclides Manuel Vieira Pires; Marlene Maria Tourais de Barros. "Unfolding of cardosin A, an aspartic protease, in the presence of TFE/water mixtures". Paper presented in 7th International Conference on Protein Stabilisation, 2007.
Journal article
  1. J.G. Cuadra; S. Molina-Prados; Gladys Mínguez-Vega; Ana.C. Estrada; Tito Trindade; C. Oliveira; M.P. Seabra; et al. "Multifunctional silver-coated transparent TiO2 thin films for photocatalytic and antimicrobial applications". Applied Surface Science 617 (2023): 156519-156519. http://dx.doi.org/10.1016/j.apsusc.2023.156519.
    10.1016/j.apsusc.2023.156519
  2. Matos, Joana C.; Oliveira, Cláudia; Gonçalves, M. Clara. "Daylight Bactericidal Titania Textiles: A Contribution to Nosocomial Infections Control". Molecules 24 10 (2019): 1891. http://dx.doi.org/10.3390/molecules24101891.
    Published • 10.3390/molecules24101891
  3. Capela, M.N.; Tobaldi, D.M.; Oliveira, C.; Pereira, A.; Duarte, A.S.; Seabra, M.P.; Fernandes, M.H.V.. "Bioactivity and antibacterial activity against E-coli of calcium-phosphate-based glasses: Effect of silver content and crystallinity". Ceramics International 43 16 (2017): 13800-13809. http://dx.doi.org/10.1016/j.ceramint.2017.07.100.
    Open access • Accepted • 10.1016/j.ceramint.2017.07.100
  4. Henriques, I.; Tacão, M.; Leite, L.; Fidalgo, C.; Araújo, S.; Oliveira, C.; Alves, A.. "Co-selection of antibiotic and metal(loid) resistance in gram-negative epiphytic bacteria from contaminated salt marshes". Marine Pollution Bulletin 109 1 (2016): 427-434. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84975509592&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.marpolbul.2016.05.031
  5. Oliveira, Cláudia. "Porcelain stoneware with antimicrobial action". Ceramics International (2014): http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0272884213015113.
    10.1016/j.ceramint.2013.11.056
  6. Oliveira, C.S.; Moura, A.; Henriques, I.; Brown, C.J.; Rogers, L.M.; Top, E.M.; Correia, A.. "Comparative genomics of IncP-1e plasmids from water environments reveals diverse and unique accessory genetic elements". Plasmid (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84880608081&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.plasmid.2013.06.002
  7. Azevedo, J.S.N.; Araújo, S.; Oliveira, C.S.; Correia, A.; Henriques, I.. "Analysis of antibiotic resistance in bacteria isolated from the surface microlayer and underlying water of an estuarine environment". Microbial Drug Resistance 19 1 (2013): 64-71. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84872972885&partnerID=MN8TOARS.
    10.1089/mdr.2012.0084
  8. Oliveira, C.S.; Lázaro, B.; Azevedo, J.S.N.; Henriques, I.; Almeida, A.; Correia, A.. "New molecular variants of epsilon and beta IncP-1 plasmids are present in estuarine waters". Plasmid 67 3 (2012): 252-258. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84859896762&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.plasmid.2011.11.002
  9. Azevedo, J.S.N.; Ramos, I.; Araújo, S.; Oliveira, C.S.; Correia, A.; Henriques, I.S.. "Spatial and temporal analysis of estuarine bacterioneuston and bacterioplankton using culture-dependent and culture-independent methodologies". Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology 101 4 (2012): 819-835. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84862651668&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s10482-012-9697-z
  10. Moura, A.; Oliveira, C.; Henriques, I.; Smalla, K.; Correia, A.. "Broad diversity of conjugative plasmids in integron-carrying bacteria from wastewater environments". FEMS Microbiology Letters 330 2 (2012): 157-164. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84859439313&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/j.1574-6968.2012.02544.x
  11. Cardoso, T.; Oliveira, C.; Sarmento, A.C.; Pereira, A.; Nutley, M.A.; Jess, T.; Kelly, S.M.; et al. "Acetonitrile-induced unfolding of porcine pepsin A. A proposal for a critical role of hydration structures in conformational stability". International Journal of Biological Macromolecules 45 3 (2009): 213-220. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67651036201&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijbiomac.2009.05.006
  12. Sarmento, A.C.; Lopes, H.; Oliveira, C.S.; Vitorino, R.; Samyn, B.; Sergeant, K.; Debyser, G.; et al. "Multiplicity of aspartic proteinases from Cynara cardunculus L.". Planta 230 2 (2009): 429-439. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67649470404&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s00425-009-0948-9
  13. Sarmento, A.C.; Oliveira, C.S.; Pereira, A.; Esteves, V.I.; Moir, A.J.G.; Saraiva, J.; Pires, E.; Barros, M.. "Unfolding of cardosin A in organic solvents and detection of intermediaries". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 57 1-4 (2009): 115-122. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-64049089681&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.molcatb.2008.08.004
  14. Oliveira, C.S.; Sarmento, A.C.; Pereira, A.; Correia, I.; Pessoa, J.C.; Esteves, V.I.; Fonseca, H.M.A.C.; Pires, E.; Barros, M.T.. "Non-native states of cardosin A induced by acetonitrile: Activity modulation via polypeptide chains rearrangements". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 61 3-4 (2009): 274-278. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-72149096808&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.molcatb.2009.08.003
  15. Sarmento, A.C.; Oliveira, C.S.; Duarte, A.S.; Pires, E.; Barros, M.T.. "Evaluation of cardosin A as a probe for limited proteolysis in non-aqueous environments - Complex substrates hydrolysis". Enzyme and Microbial Technology 38 3-4 (2006): 415-421. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-28844503160&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.enzmictec.2005.06.010
  16. Shnyrova, A.V.; Oliveira, C.S.; Sarmento, A.C.; Barros, M.T.; Zhadan, G.G.; Roig, M.G.; Shnyrov, V.L.. "Effect of acetonitrile on Cynara cardunculus L. cardosin A stability". International Journal of Biological Macromolecules 39 4-5 (2006): 273-279. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33750181319&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijbiomac.2006.04.007
  17. Sarmento, A.C.; Oliveira, C.S.; Pires, E.M.; Halling, P.J.; Barros, M.T.. "Evaluation of cardosin A as a proteolytic probe in the presence of organic solvents". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 31 4-6 (2004): 137-141. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-8644265982&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.molcatb.2004.09.001
  18. Sarmento, A.C.; Oliveira, C.; Pires, E.; Amado, F.; Barros, M.. "Reverse hydrolysis by cardosin A: Specificity considerations". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 28 1 (2004): 33-37. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-1842535399&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.molcatb.2004.02.001
  19. Pina, D.G.; Oliveira, C.S.; Sarmento, A.C.; Barros, M.; Pires, E.; Zhadan, G.G.; Villar, E.; Gavilanes, F.; Shnyrov, V.L.. "Thermostability of cardosin A from Cynara cardunculus L.". Thermochimica Acta 402 1-2 (2003): 123-134. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0038206893&partnerID=MN8TOARS.
  20. Sarmento, A.C.; Oliveira, C.; Pires, E.; Halling, P.; Barros, M.. "Cardosin A as a model aspartic proteinase for the study of organic solvent effects: An overview on catalytic and structural aspects". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 21 1-2 (2003): 19-23. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0037413445&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/S1381-1177(02)00127-3
Thesis / Dissertation
  1. "IncP-1 plasmids in antibiotic resistant Enterobacteriaceae". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2020. http://hdl.handle.net/10773/30447.
  2. Oliveira, Cláudia. "Staphylococcus spp. presentes em cateteres intravenosos periféricos, seus fatores de virulência e resistência a antibióticos". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2019. http://hdl.handle.net/10773/26900.
  3. Oliveira, Cláudia. "Development of a web tool for the in silico characterization of plasmid data". Master, Universidade do Minho Escola de Engenharia, 2017. http://hdl.handle.net/1822/56109.
  4. Oliveira, Cláudia. "Diversidade de plasmídeos no ambiente e desenvolvimento de ferramentas moleculares para a sua caracterização". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2017. http://hdl.handle.net/10773/18630.
  5. Oliveira, Cláudia. "Molecular characterization of drug resistant clinical isolates". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2017. http://hdl.handle.net/10773/22609.
  6. Oliveira, Cláudia. "Plasmídeos com gama alargada de hospedeiros em ambientes estuarinos.". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2010. http://hdl.handle.net/10773/3515.
  7. Cortez, Maria Teresa de Sousa Coelho. "Abordagem molecular na resolução de problemas com biocorrosão". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2009. http://hdl.handle.net/10773/845.
  8. Oliveira, Cláudia. "Estados Conformacionais da cardosina A". PhD, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2007. http://hdl.handle.net/10773/927.
  9. Oliveira, Cláudia. "Efeito dos solventes orgânicos na estrutura da cardosina A". Master, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2001. http://hdl.handle.net/10773/25754.
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2015/04/23 Plasmids: progresses and challenges Where are we now? SEMINARS IN BIODIVERSITY AND EVOLUTION
Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (porto, Portugal)
2010/09/20 Does the surface microlayer environment select for specific microbial communities? Investigating the role of horizontal gene transfer. Biosphere-Atmosphere Interaction in a Changing Environment: from Local to Global Scale
Centre for Environmental and Marine Studies (CESAM), University of Aveiro (Aveiro, Portugal)
2008/09/03 Bacterioneuston versus bacterioplankton: culture independent approach to screen for broad host range plasmids, antibiotic resistance and integron gene sequences. International Plasmid Biology Conference (IPBC 2008)
The International Society for Plasmid Biology and other Mobile Genetic Elements (ISPB) (Gdansk, Poland)
2005/05/01 Old techniques with nowadays applications and promising perspectives IV Post-Graduation Symposium in Biosciences
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2004 A conformational and functional approach: effects of acetonitrile and chemical denaturants on an aspartic proteinase, cardosin A. ProtStab, 6th International Conference on Protein Stabilization
Applied Biocatalysis of the European Federation of Biotechnology (EFB-ESAB) (Bratislava, Slovakia)
2002/04/30 Studies of enzyme behaviour in non-conventional environments. I Post-Graduation Symposium in Biosciences
Departamento de Biologia, Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2002/04/30 Limited proteolysis in mixed organic-aqueous solvent systems. A new tool for protein structure assessment. I Post-Graduation Symposium in Biosciences
Departamento de Biologia, Universidade de Aveiro (aveiro, Portugal)
2001/06/20 Cardosin A as a model aspartic proteinase for studies of enzyme behaviour in the presence of organic solvents. Applied Biocatalysis 1980-2020: The future impact of modelling proteins and thermodynamics
EFB European Section on Applied Biocatalysis (Trondheim, Norway)
2001 An overview of structural stability studies of proteins: cardosin A a plant aspartic proteinase with antifibrotic potential VIth International Symposium on Experimental Technics
Universidade Católica Portuguesa (viseu, Portugal)
2001 Limited Proteolysis, a tool for structural characterization of proteins. VI International Symposium on Experimental Technics
Centro Regional das Beiras da Universidade Católica Portuguesa (viseu, Portugal)
1997 Peptides with antimicrobiual activity. III International Symposium on Experimental Technics
Universidade de Trás os Montes e Alto Douro (Vila Real, Portugal)

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2022/03/02 - Current Ecology of IncP-1 plasmids and their contribution to dissemination of antibiotic resistance and virulence
Supervisor of Mariana Gameiro
 Projeto (Degree)
Universidade de Aveiro Departamento de Química, Portugal
2022/01/03 - Current Células Natural Killer no contexto da reconstituição imunológica de pacientes com HIV em terapia antiretroviral.
Supervisor of Catarina Alexandra Ramos Fernandes
 Estágio (Degree)
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2020/12/07 - 2021/07/02 Ironing Mycobacterial Infections: the identification and modulation of iron related mechanisms as part of new host-directed therapies
Co-supervisor of Rodrigo de Jesus Eusébio
 Estágio de Licenciatura em Biologia (Other)
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
2019/10/01 - 2020/12/21 Plasmídeos IncP-1 em Enterobacteriaceae resistentes a antibióticos
Supervisor of Sekerani Benedito Chidiamassamba
 Mestrado em Microbiologia (Master)
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
2018/07/19 - 2019/10/01 Staphylococcus spp. present in peripheral intravenous catheters, their virulence factors and antibiotic resistance
Co-supervisor of Vânia Silva Oliveira
 Microbiologia (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2019 - 2019 Resistência Bacteriana a Antibióticos Clinicamente relevantes em Meios Aquáticos Urbanos
Co-supervisor of Laura Pereira
 Projeto (Licenciatura em Biotecnologia) (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal
2016/09/12 - 2017/10/01 Desenvolvimento de uma base de dados e ferramenta web para caracterização in silico de plasmídeos
Co-supervisor
 Bioinformática (Master)
Universidade do Minho, Portugal
2016/10/01 - 2017/07/01 Molecular characterization of antibiotic resistant clinical isolates
Co-supervisor
 Biologia Molecular e Celular (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2015/10/01 - 2017/07/01 Diversidade de plasmídeos no ambiente e desenvolvimento de ferramentas moleculares para a sua caracterização.
Supervisor
 Microbiologia (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2016 - 2017 A review and an update about PCR plasmid typing schemes; IncP-1 plasmids and their relevance in dissemination of antibiotic resistance.
Supervisor of Sekerani Chidimiamassamba
 Pesquisa (Other)
Universidade de Aveiro, Portugal
2016 - 2017 Analysis of microbial communities associated with roots of salt marshes plants involved in metal bioremediation.
Supervisor
 Pesquisa (Degree)
2015 - 2016 Echinocandin resistance and promoted virulence: unveiling its blockade in invasive fungal infections
Supervisor
 Estágio (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal
2015 - 2016 Meta analysis of plasmid genomes
Supervisor of Rui Nunes
 Pesquisa (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal
2014 - 2015 Caracterização de comunidades microbianas associadas a Diopatra neapolitana
Supervisor
 Pesquisa (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal
2013 - 2014 GEMOVE: Genes em movimento: Como capturar os genes móveis em comunidades microbianas?
Supervisor of Sónia Cristina Santos Martins
orientação pós doutoramento
Universidade de Aveiro, Portugal
2009/10/01 - 2010 Plasmídeos com gama alargada de hospedeiros em ambientes estuarinos
Supervisor of Beatriz Lázaro Pinto
 Biotecnologia (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2008/10/01 - 2009/07/01 Abordagem molecular na resolução de problemas com biocorrosão
Supervisor of Maria Teresa de Sousa Coelho Cortez
 Microbiologia (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2007 - 2008 Susceptibilidade a metais pesados de uma população de bacterioneuston resistente a mercúrio.
Supervisor
 Pesquisa (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal
2007 - 2008 Genetic typing and virulence factors in Escherichia coli.
Co-supervisor of Ana Teresa Pinto
Pesquisa (Degree)
Universidade de Aveiro, Portugal

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2022/02/14 - 2022/02/18 curso avançado "Bioinformatics for microbiologists" terceira edição (2022/02/14 - 2022/02/18)
Other (Co-organisor)
 Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2018/07/09 - 2018/07/13 curso avançado “Bioinformatics for microbiologists" (2018/07/09 - 2018/07/13)
Other (Co-organisor)
 Universidade de Aveiro, Portugal
2016/09/12 - 2016/09/16 curso avançado “Bioinformatics for microbiologists" (2016/09/12 - 2016/09/16)
Other (Co-organisor)
 Universidade de Aveiro, Portugal
2013 - 2015 Academia de Verão Participação e organização de atividades. (2013 - 2015)
Other
2014/06/23 - 2014/06/26 Curso Avançado: Bioinformatics, microbial genomes and mobile elements: New perspectives and applications. (2014/06/23 - 2014/06/26)
Other (Co-organisor)
 Universidade de Aveiro, Portugal
2008/01/21 - 2008/01/25 1st MCoMiC. Molecular methods to study complex microbial communities. International Course (2008/01/21 - 2008/01/25)
Other (Member of the Organising Committee)
 Universidade de Aveiro, Portugal
2007/04/01 - 2007/04/01 Descriminação molecular de microorganismos (2007/03/30 - 2007/04/02)
Symposium (Member of the Organising Committee)
 Universidade de Aveiro, Portugal
2006/05/02 - 2006/05/04 I Encontro Nacional de Pós-Graduação em Ciências Biológicas & V Simpósio de Pós-Graduação do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro (2006/05/02 - 2006/05/04)
Symposium (Co-organisor)
 Universidade de Aveiro, Portugal

Event participation

Activity description
Type of event 		Event name
Institution / Organization
2019/04/29 - 2019/04/30 Actividade de Disseminação Científica: "Microbiologia no dia-a-dia"
Exhibition
 xperimenta2019
Universidade de Aveiro, Portugal
2010 - 2015 Atividades de Disseminação de Ciência no âmbito da academia de Verão (anual)
Workshop
 Academia de Verão
2012 - 2012 Atividade desenvolvida: Porque as bactérias evoluem mais rápido do que nós. DBio vai às escolas (divulgação nas escolas secundárias do distrito de Aveiro)

Jury of academic degree

Topic
Role 		Candidate name (Type of degree)
Institution / Organization
2021/12/10 Pesquisa e quantificação de vírus e bactérias por PCR em tempo real
(Thesis) Main arguer
 Daniela Patrícia Crespo Duarte (Master)
Universidade de Aveiro Departamento de Química, Portugal
2021/07/22 HPV na cavidade oral – abordagem de interatómica
(Thesis) Main arguer
 Alexandre Batista Bernardo (Master)
Universidade Católica Portuguesa, Portugal
2021/02/26 Profiling the volatile exometabolome of Pedobacter lusitanus NL19
(Thesis) Main arguer
 Gonçalo André Henriques Figueiredo (Master)
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2021/02/17 Potencial bioativo dos hidrolisados de Mytilus galloprovincialis: efeito das condições de hidrólise e processamento de amostras
(Thesis) Main arguer
 Maria Eduarda Nogueira Moura (Master)
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2019/12 Terapia Fotodinâmica na Inativação de Bacteriófagos com Porfirina e Potenciadores em Águas Residuais
(Thesis) Arguer
 Cristiana Paula Martins da Silva Oliveira (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2019 Phage therapy with phage cocktails in the inactivation of pathogenic bacteria
President of the jury
 Patrícia da Silva Santos (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2019 Porfirinas catiónicas na fotoinativação de vírus no sangue.
President of the jury
 Patrícia da Silva Santos (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2018 Priming events and development of tolerance upon influenza A virus and Staphylococcus aureus infection
(Thesis) Arguer
 Diogo Filipe Rocha Ferreira (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2018 Efficiency of single phage cocktails in the activation of puré and mixed cultures of Salmonella Typhimurium
(Thesis) Arguer
 Pedro Miguel Morgado Rodrigues dos Santos (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2017 Investigating the antibacterial activity of Pedobacter lusitanus NL19
(Thesis) Arguer
 Beatriz Luciana Tavares de Almeida (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2016 Análise in silico de transcriptomas de medula espinal regenerativa
(Thesis) Arguer
 Susana Duarte Barros Lopes Ferreira (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2015 Enzimas extracelulares de Botryosphaeriaceae”
(Thesis) Arguer
 Ana Rita Almeida Pinheiro (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2012 Lichenicidina: Regulação, expressão e bioengenharia em E. coli.
(Thesis) Arguer
 Joana Cristina Pacheco Barbosa (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2012 Bactéria, Archaea e genes de proteorrodopsinas em neuston estuarino
(Thesis) Arguer
 Veronika Lykholat (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2011 Acinetobacter baumannii em meio hospitalar
(Thesis) Arguer
 Maria José da Costa Pinho Silveira (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2011 Emergent viruses in the marine environment Mestrado em Microbiologia
(Thesis) Arguer
 Sónia de Fátima Félix Ferreira de Sousa (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2011 Plano de controlo interno do laboratório de microbiologia
(Thesis) Arguer
 Soraia Pereira Mortágua (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2011 Prevalência da Infecção por Citomegalovírus numa População Obstétrica
(Thesis) Arguer
 Maria Adélia Machado Fernandes Reis (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2011 A citologia e a pesquisa de DNA no diagnóstico da infeção por HPV
(Thesis) Arguer
 Liliana Patrícia Silva Vieira (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2010 Perfil de resistência a antibióticos em isolados de doentes oncológicos
(Thesis) Arguer
 Joana Isabel Ferreira Alexandre (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2010 Prevalência de colonização por MRSA no Centro Hospitalar P. Varzim/V.Conde
(Thesis) Arguer
 Marta Maria Bezerra Valadas (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2009 Pesquisa de integrões classe 1 em isolados clínicos de Gram-negativo
(Thesis) Arguer
 Cátia Raquel Talhas Santos (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2009 Prevalência e resistência de Escherichia coli em ambulatório
(Thesis) Arguer
 Raquel Catarina Saraiva Diaz (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2008 Disseminação de determinantes genéticos de resistência a antibióticos em isolados clínicos de E.coli
(Thesis) Arguer
 Ana Margarida Barata Moreira Paradela (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal
2007 Infeção hospitalar: resistência a antibióticos
(Thesis) Arguer
 Ivelina da Silva (Master)
Universidade de Aveiro, Portugal

Committee member

Activity description
Role 		Institution / Organization
2019/09/01 - Current Vice-Direção do curso de Mestrado Biologia Molecular & Celular
Director
 Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2020/07/07 - 2022/04/01 Conselho Científico da Universidade de Aveiro (Representante dos restantes docentes e investigadores) Comissão permanente para os recursos humanos
Member
 Universidade de Aveiro, Portugal

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2022/02/15 - 2022/02/15 Introduction to Microbial Genomics Curso avançado "Bioinformática para microbiólogos, terceira edição" (Curso de doutoramento (conclusão de unidades curriculares)) Universidade de Aveiro, Portugal
2022/02/14 - 2022/02/14 Hands on session ¿Sequence alignments and search methods" Curso Avançado "Bioinformática para Micrcrobiólogos, terceira edição" Universidade de Aveiro, Portugal
2018/07/09 - 2018/07/13 Hands on session “Sequence alignments and search methods" Bioinformatics for microbiologists (Outros) Universidade de Aveiro, Portugal
2018/07/09 - 2018/07/13 Microbiologic web resources curso avançado bioinformatics for microbiologists (Outros) Universidade de Aveiro, Portugal
2016/09/12 - 2016/09/16 Hands on session “An overview of sequence databases & Sequence alignments” Bioinformatics for microbiologists (Outros) Universidade de Aveiro, Portugal
2014/07/21 - 2014/07/25 Mobile genetic elements: tools and case studies Bioinformatics of microbial genomes and mobile elements: New perspectives and applications Universidade de Aveiro, Portugal
2012/06/18 - 2012/06/22 Mobile genetic elements: tools and case studies Advanced Course Antibiotic Resistance in the Environment (Outros) Universidade de Aveiro, Portugal

Evaluation committee

Activity description
Role 		Institution / Organization Funding entity
2019/06/25 - 2022/06/25 Avaliador externo do Subsistema para a Garantia da Qualidade dos Programas Doutorais (SubGQ_PD) 9204 PROGRAMA DOUTORAL EM BIOLOGIA (3º CICLO)
Evaluator
 Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal

Journal scientific committee

Journal title (ISSN) Publisher
2022 - 2022 Applied Sciences MDPI
2022 - 2022 Materials (1996-1944) MDPI
2021/07/14 - 2021/07/21 international journal of environmental research and public health (1660-4601) MDPI
2021/05/01 - 2021/05/10 Molecules (1420-3049) MDPI
2019 - 2019 Diversity (1424-2818) MDPI AG
2019 - 2019 Coatings (2079-6412) MDPI AG
2019 - 2019 Plasmid (1095-9890) Elsevier
2018 - 2018 BMC Genomics (1471-2164) Springer (Biomed Central Ltd.)
2017 - 2017 Molecular Ecology (1365-294X) Wiley (Blackwell Publishing)
2014/09/30 - 2015/03/12 Frontiers in Microbiology (1664-302X) Frontiers Media SA
2015 - 2015 FEMS Microbiology Letters (1574-6968) Oxford University Press

Other jury / evaluation

Activity description Institution / Organization
2018/04/20 - 2019/06/14 Júri de Avaliação de Candidaturas a Bolsas de Investigação Universidade de Aveiro, Portugal
2019 - 2019 Avaliação de Projetos de Dissertação no âmbito de cursos do 2º ciclo de estudos Universidade de Aveiro, Portugal
2016 - 2018 Avaliação de Relatórios de Estágio Curricular no âmbito de cursos do 1º ciclo de estudos Universidade de Aveiro, Portugal
2015 - 2018 Avaliação de Relatórios da unidade curricular Projeto no âmbito de cursos do 1º ciclo de estudos Universidade de Aveiro, Portugal
2012/07/12 - 2012/07/12 Avaliação de Projetos de Tese de Doutoramento Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal