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António José Preto Martins Gomes. Concluiu o(a) Mestrado em Mestrado em Bioquímica em 2017 pelo(a) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Licenciatura em Filosofia em 2018 pelo(a) Universidade de Coimbra e Licenciatura em Licenciatura em Bioquímica em 2015 pelo(a) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia. É Investigador Contratado no(a) CNC.IBILI. Publicou 6 artigos em revistas especializadas. Possui 2 capítulo(s) de livros. Organizou 4 evento(s). Participou em 6 evento(s). Recebeu 3 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Investigador em 2 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Médicas e da Saúde com ênfase em Biotecnologia Médica, Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática e Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Bioquímica. Nas suas atividades profissionais interagiu com 46 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Machine Learning; Drug ; Feature ; Proteins ; Membrane Proteins; GPCRs; Clinical features; Patient; .
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Identification

Personal identification

Full name
António José Preto Martins Gomes

Citation names

  • Preto, A.J.
  • A. J. Preto

Author identifiers

Ciência ID
CC15-8E98-0FAC
ORCID iD
0000-0003-4203-2230
Google Scholar ID
s0YHYZcAAAAJ
Scopus Author Id
57195053330

Knowledge fields

  • Medical and Health Sciences - Medical Biotechnology
  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
  • Natural sciences - Biological Sciences - Biochemistry

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
English Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Portuguese Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Beginner (A1) Intermediate (B1) Beginner (A1) Beginner (A1)
Education
Degree Classification
2018/11 - 2022/11
Concluded
 Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2020 - 2021
Concluded
 Advanced Pos-University Training in Clinical Neuropsychology (Especialização pós-licenciatura)
Major in Neuropsychology
Cognos - Formação e Desenvolvimento , Portugal
 18
2018
Concluded
 Filosofia (Licenciatura)
Universidade de Coimbra, Portugal
 13.1
2017
Concluded
 Mestrado em Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes" (THESIS/DISSERTATION)
 17.3
2017
Concluded
 Bioquímica (Mestrado)
Major in Sem especialização
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes" (THESIS/DISSERTATION)
 17 valores
2015
Concluded
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A novel bioinformatic approach towards predicting protein phosphorylation sites" (THESIS/DISSERTATION)
 13.4
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2017/11/23 - Current Contracted Researcher (Research) CNC.IBILI, Portugal
2015/01 - 2015/07 Research Trainee (Research) Universidade de Coimbra, Portugal
2014 - 2015 Research Trainee (Research) Universidade de Coimbra, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2019/11 - 2023/11 Deep Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018 - 2021 Deep learning in cancer drug discovery: a pipeline for the generation of new therapies
FCT- POCI-01-0145-FEDER-031356
Researcher
Ongoing
2018 - 2021 Membrane proteins – development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Researcher
2018 - 2021 Membrane proteins ¿ development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
 N/A

Contract

Designation Funders
2021/02/01 - 2024/01/31 Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2021/02/01 - 2024/01/31 Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2019/11/01 - 2022/10/31 Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2019/11/01 - 2022/10/31 Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2018/09/03 - 2022/03/04 Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2018/09/03 - 2022/03/04 Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Luiz Piochi; Ana Teresa Gaspar; Nícia Rosário-Ferreira; António Preto; Irina S. Moreira. "From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes?". 45-83. Elsevier, 2022.
    10.1016/bs.apcsb.2022.05.006
  2. António J. Preto; Pedro Matos-Filipe; José G. de Almeida; Joana Mourão; Irina S. Moreira. "Predicting Hot Spots Using a Deep Neural Network Approach". 2021.
    10.1007/978-1-0716-0826-5_13
  3. Barreto, C.A.V.; Baptista, S.J.; Preto, A.J.; Matos-Filipe, P.; Mourão, J.; Melo, R.; Moreira, I.. "Prediction and targeting of GPCR oligomer interfaces". 105-149. 2020.
    10.1016/bs.pmbts.2019.11.007
  4. Antonio J. Preto, Pedro Matos-Filipe, Panagiotis I. Koukos, Pedro Renault, Sergio F. Sousa, and Irina S. Moreira. "Structural Characterization of Membrane Protein Dimers". In Protein Supersecondary Structures: Methods in Molecular Biology. 2019.
    In press
  5. Preto, A.J.; Matos-Filipe, P.; Koukos, P.I.; Renault, P.; Sousa, S.F.; Moreira, I.S.. "Structural Characterization of Membrane Protein Dimers". 403-436. 2019.
    10.1007/978-1-4939-9161-7_21
  6. Antonio J. Preto, Jose G. Almeida, Joerg Schaarschmidt, Li C. Xue, Irina S. Moreira, Alexandre M.J.J. Bonvin. "Computational Tools for the Structural Characterization of Proteins and Their Complexes from Sequence-Evolutionary Data". In Encyclopedia of Analytical Chemistry: Applications, Theory and Instrumentation, 1-19. 2018.
    Published
Conference paper
  1. Moreira, Irina S.; Koukos, Panos; Melo, Rita; Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Schaarschmidt, Jorg; Trellet, Mikael; et al. "Spoton: A Machine-Learning Approach for Hot-Spot Determination". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.1016/j.bpj.2016.11.284
  2. Moreira, Irina; Almeida, José; Preto, António; Melo, Rita; Gümüs, Zeynep; Costa, Joaquim; Bonvin, Alexandre. "Co-evolution importance on binding Hot-Spot prediction methods". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-02-03889
  3. Filipe, Pedro; Preto, António; Koukos, Panos; Bonvin, Alexandre; Moreira, Irina. "Alpha-helical and beta-sheet membrane- membrane protein dimers: centralizing information". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-03-05107
  4. Bueschbell, Beatriz; Preto, António; Barreto, Carlos; Schiedel, Anke; Moreira, Irina. "Creating a valid in silico Dopamine D2-receptor model for small molecular docking studies". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-03-05088
Conference poster
  1. Caniceiro, A. B.; Büschbell, Beatriz; Preto, A.J.; Barreto, Carlos A.V.; Moreira, I.S.. "MUTPROT database: a mutation overview of GPCR sub-family A17 receptors". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2021.
  2. Gouveia, R. P.; Barreto, Carlos A.V.; Baptista, Salete J.; Preto, A.J.; Caldeira, Gladys Lima; Carvalho, Ana Luisa; Melo, Rita; Irina de Sousa Moreira. "The study of AMPAR: Stargazin interface through molecular dynamics". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2021.
  3. Preto, A.J.; Joana Mourão; José Almeida; Panagiotos I. Koukos; Rita Melo; Irina S. Moreira. "SpotONN : predicting hot spots with minimal information via deep neural networks". Paper presented in Vienna Cost Action, 2019.
  4. Gaspar AC, Pires MN, Preto AJ, Moreira ISM. "Text Mining for Recognition of Cancer Biomarkers". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  5. Matos-Filipe P, Preto AJ, Almeida AJ, Koukos PI, Bonvin AMJJ, Moreira ISM. "MENSAdb: A Major Structural Statistical Analysis of Membrane Protein Dimers". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  6. Pinho X, Preto AJ, Moreira IS. "Machine Learning to Predict Binding Affinity of Ligand-Target Interactions". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  7. Preto AJ, Almeida JG, Lemos A, Kurkcuoglu Z, Melo R, Telle M, Melo A, Cordeiro MNDS, Morra G, Sensoy O, Bonvin AMJJ, Mor. "Evolutionary conservation on dopamine receptors’ interface with intracellular partners". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
  8. Panos K, Moreira IS, Melo R, Almeida JG, Preto, AJ, Schaarschmidt J, Trellet M, Gumus ZH, Costa J, Bonvin AMJJ. "SpotOn: determination of protein-protein binding hotspots". Paper presented in Chemistry As Innovating Sciences, 2016.
  9. Preto AJ, Almeida JG, Melo R, Gumus ZH, Costa J, Bonvin AMJJ, Moreira IS. "Coevolution role on binding hot-spot prediction". Paper presented in Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2016.
Journal article
  1. A. J. Preto; Caniceiro, Ana B.; Francisco Duarte; Fernandes, Hugo; Lino Ferreira; Mourão, Joana; Moreira, Irina S. Corresponding author: Moreira, Irina S. "POSEIDON: Peptidic Objects SEquence-based Interaction with cellular DOmaiNs: a new database and predictor". Journal of Cheminformatics 16 18 (2024): https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-024-00810-7.
    Open access • Published
  2. Luiz Filipe Piochi; Preto, A.J.; Moreira, Irina S. Corresponding author: Moreira, Irina S. "DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity". Bioinformatics 1 39(11) (2023): https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37862234/.
    Open access • Published
  3. Beatriz Caniceiro; Bueschbell, Beatriz; Barreto, Carlos A.V.; A. J. Preto; Moreira, Irina S. Corresponding author: Moreira, Irina S. "MUG: A mutation overview of GPCR subfamily A17 receptors". Computational and Structural Biotechnology Journal 21 (2023): 586-600. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.12.031.
    Published • 10.1016/j.csbj.2022.12.031
  4. A. J. Preto; Paulo C. Correia; Moreira, Irina S.. Corresponding author: Moreira, Irina S.. "DrugTax: package for drug taxonomy identification and explainable feature extraction". Journal of Cheminformatics 14 73 (2022): https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-022-00649-w.
    Open access • Published
  5. António J Preto; Pedro Matos-Filipe; Joana Mourão; Irina S Moreira. "SYNPRED: prediction of drug combination effects in cancer using different synergy metrics and ensemble learning". GigaScience (2022): https://doi.org/10.1093/gigascience/giac087.
    10.1093/gigascience/giac087
  6. Barreto, Carlos A.V.; Baptista, Salete J.; Preto, A.J.; Silvério, Daniel; Moreira, Irina S. "Decoding Partner Specificity of Opioid Receptor Family". Frontiers in Molecular Biosciences 8 (2021): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.715215/full.
    Published • 10.3389/fmolb.2021.715215
  7. A. J. Preto; Irina S. Moreira. "SPOTONE: Hot Spots on Protein Complexes with Extremely Randomized Trees via Sequence-Only Features". International Journal of Molecular Sciences (2020): https://doi.org/10.3390/ijms21197281.
    10.3390/ijms21197281
  8. A. J. Preto; Carlos A. V. Barreto; Salete J. Baptista; José Guilherme de Almeida; Agostinho Lemos; André Melo; M. Nátalia D. S. Cordeiro; et al. "Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors toward G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family". Journal of Chemical Information and Modeling (2020): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00371.
    10.1021/acs.jcim.0c00371
  9. Preto, A.J.. "Understanding the binding specificity of G-protein coupled receptors towards G-proteins and Arrestins: application to the dopamine receptor family". Journal of Chemical Information and Modeling (2020):
    Accepted
  10. Rosário-Ferreira, N.; Preto, A.J.; Melo, R.; Moreira, I.S.; Brito, R.M.M.. "The central role of non-structural protein 1 (NS1) in influenza biology and infection". International Journal of Molecular Sciences 21 4 (2020): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85079907100&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms21041511
  11. Bueschbell, B.; Barreto, C.A.V.; Preto, A.J.; Schiedel, A.C.; Moreira, I.S.. "A complete assessment of dopamine receptor-ligand interactions through computational methods". Molecules 24 7 (2019): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85063758354&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/molecules24071196
  12. Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, Antonio J.; Almeida, Jose G.; Correia, Joao D.G.; Sensoy, Ozge; Moreira, Irina S.. "Computational Approaches in Antibody-drug Conjugate Optimization for Targeted Cancer Therapy". Current Topics in Medicinal Chemistry 18 13 (2018): 1091-1109. http://dx.doi.org/10.2174/1568026618666180731165222.
    10.2174/1568026618666180731165222
  13. Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, António J.; Bueschell, Beatriz; Matos-Filipe, Pedro; Barreto, Carlos; Almeida, José G.; et al. "An overview of antiretroviral agents for treating HIV infection in paediatric population". Current Medicinal Chemistry 25 (2018): http://dx.doi.org/10.2174/0929867325666180904123549.
    10.2174/0929867325666180904123549
  14. Lemos, A.; Melo, R.; Preto, A.J.; Almeida, J.G.; Moreira, I.S.; Cordeiro, M.N.D.S.. "In silico studies targeting G-protein coupled receptors for drug research against Parkinson’s disease". Current Neuropharmacology 16 6 (2018): 786-848. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85052540247&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/1570159X16666180308161642
  15. Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Koukos, Panagiotis I.; Bonvin, Alexandre M.J.J.; Moreira, Irina S.. "Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes 1859 10 (2017): 2021-2039. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2017.07.008.
    10.1016/j.bbamem.2017.07.008
  16. Moreira, Irina S.; Koukos, Panagiotis I.; Melo, Rita; Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Schaarschmidt, Joerg; Trellet, Mikael; et al. "SpotOn: High Accuracy Identification of Protein-Protein Interface Hot-Spots". Scientific Reports 7 1 (2017): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-08321-2.
    10.1038/s41598-017-08321-2
Thesis / Dissertation
  1. Preto, A.J.. "A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes". Master, Universidade de Coimbra, 2017. https://estudogeral.sib.uc.pt/handle/10316/83091.

Other

Other output
  1. SynPred: Prediction of Drug Combination Effects in Cancer using Full-Agreement Synergy Metrics and Deep Learning. 2021. António J. Preto; Pedro Matos-Filipe; Joana Mourão; and Irina S. Moreira. https://doi.org/10.20944/preprints202104.0395.v1.
    10.20944/preprints202104.0395.v1
  2. MENSADB: A Thorough Structural Analysis of Membrane Protein Dimers. 2019. Matos-Filipe, Pedro; Bonvin, Alexandre M. J. J.; Preto, A.J.; Moreira, Irina S.; Koukos, Panagiotis I.; Mourão, J.
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2023/01/04 Drug Design, Artificial Intelligence, Explainability and Deep Learning - How keywords become buzzwords and how they help shape the near future, by António José Preto, organised by Biodata.pt. 3D Biotalks
Biodata.pt (Online, Portugal)
2021/05/07 SynPred: Prediction of Drug Combination 1 Effects in Cancer using Full-Agreement Synergy Metrics and Deep Learning X Bioinformatics Open Days
(Braga, Portugal)
2020/09/19 Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors towards G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family 2nd CIBB Innovative Therapies Retreat 2020
Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (Coimbra, Portugal)
2018/12/21 An in silico Predictor of Protein Dimer Interfaces Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
(Porto, Portugal)

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2022/02/01 - 2022/07/12 Deep Learning applied to IC50 prediction
Co-supervisor
 Licenciatura em Bioquímica (Degree)
Universidade de Coimbra, Portugal
2022/02/01 - 2022/07/12 Machine Learning in Predicting IC50 between Kinases and Ligands
Co-supervisor
 Licenciatura em Bioquímica (Degree)
Universidade de Coimbra, Portugal
2022/02/01 - 2022/07/12 GOBLIN: Graph-Oriented Binding Ligand Interaction Novel predictor
Co-supervisor
 Licenciatura em Bioquímica (Degree)
Universidade de Coimbra, Portugal

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2020/05/01 - 2020/05/23 Webinars cycle during the COVID-19 pandemic, "Para além da pandemia", organised by the National Biochemists' Associaton (ANBIOQ). 1st of May - "Vaccines research and development" - with António Roldão (IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica). 2nd of May - "The science communication challenge" - with Catarina Ramos (Champalimaud Foundation / Fundação Champalimaud) and Sara Sá (Visão Maganize). 23rd of May - "Multi-oriented strategies and computational biochemistry" - with Pedro Beltrão (EMBL-EBI). (2020/05/01 - 2020/05/23)
Conference (Co-organisor)
 Associação Nacional de Bioquímicos, Portugal
2018 - 2018 Organizing member of “Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural” (2018 - 2018)
Conference (Other)
2017 - 2017 Organizing member of “Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural” (2017 - 2017)
Conference (Co-organisor)
2017 - 2017 MYD - Mind Your Data - first edition. Data science centered conference with the participation of Feedzai, Critical Software, Fraunhofer among others (2017 - 2017)
Conference (President of the Organising Committee)
2015 - 2015 Lead Organizer of the IX Biochemistry Student’s Meeting (2015 - 2015)
Meeting (President of the Organising Committee)

Event participation

Activity description
Type of event 		Event name
Institution / Organization
2019/12/26 - Current VII Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, em Lisboa
Conference
 VII EJIBCE
2024/02/05 - 2024/02/05 Using Python to deploy Artificial Intelligence, by António José Preto and Daniel Ramalhão, organised by JEFAI, February 5th and 6th.
Workshop
 JEFAI Artificial Intelligence
2023/02/08 - 2023/02/08 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrugs delivery systems.
Conference
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/11/30 - 2022/11/30 Warm-up sessions for the upcoming Mind Your Data edition.
Conference
 MYD Sessions
JEST - Junior Enterprise for Scient and Technology, Portugal
2022/11/24 - 2022/11/24 Três estudantes de doutoramento falam sobre a sua investigação num ambiente informal de um bar. Inserida na programação da Semana da Ciência e da Tecnologia 2022, está a chegar a próxima edição do PubhD Coimbra. Vamos contar com a participação de três estudantes de doutoramento de áreas muitos distintas da Universidade de Coimbra. É já no dia 24 de novembro, a partir das 22 horas, no Liquidâmbar. Contamos convosco!
Seminar
 PubhD Coimbra
PubhD, Portugal
2022/11/09 - 2022/11/09 "Computer-Guided Development of Novel Drugs Against SARS-CoV-2: From Virtual Screening to the Patents", by Fábio G. Martins
Meeting
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/10/28 - 2022/10/28 4th Annual Meeting of the Centre for Innovative Biomedicine and Biotechnology (CIBB)
Conference
 4th meeting of the CIBB thematic area 'Innovative Therapies'
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2022/10/12 - 2022/10/12 Mariana Valério, Ph.D. student at Protein Modelling Laboratory at ITQB NOVA, Oeiras, presents the talk entitled "Molecular Dynamics Studies of Viral Fusion Proteins”.
Conference
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/09/12 - 2022/09/13 GPU AI programming Bootcamp at Instituto de Sistemas e Robótica. Primarily targeted at the community of Portuguese researchers and students who use GPUs as the main tool for their HPC+AI workloads. The event will be held online next September 12th and 13th. Registration is free. Please see the link below. https://www.openhackathons.org/s/siteevent/a0C5e000005UMhDEAW/se000136
Other
 NCC Portugal AI for Science Bootcamp
NVIDIA Corp, United States

Universidade de Coimbra Instituto de Sistemas e Robótica, Portugal
2022/07/01 - 2022/07/01 "Faster protein pka predictions with deep learning", by Pedro Reis
Conference
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/06/01 - 2022/06/01 "Recent Artificial Intelligence tools and architectures for Structural Biology", by Francisco Fernandes
Conference
 BioData.pt Talks
BioData.pt, Portugal
2022/05/05 - 2022/05/05 An overview of mutations distribution within GPCR sub-family A17 in one database - MUG database, by Beatriz Caniceiro
Conference
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/04/06 - 2022/04/06 Coarse graining molecules: The case of phosphoinositides By: Luís Pedro Borges Araújo
Conference
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2021/12/13 - 2021/12/13 Computational Biology: Different computational biology fields, scientific research and funding - António Preto
Workshop
 Fields of the Future / Áreas do Futuro
Núcleo de Estudantes de Bioquímica da Associação Académica de Coimbra (NEBIOQ/AAC), Portugal
2021/10/19 - 2021/10/19 This is the third of a series of 10 webinars organised by the ELIXIR 3D-BioInfo Community. The series will present the five major aims of the Community around protein structural annotations, protein complexes, protein ligand interactions, protein nucleic acid interactions and protein engineering. See the webinar series page for details.
Conference
 ELIXIR 3D-Bioinfo Community Webinar: Development of models for protein-ligand interactions
2021/05/05 - 2021/05/08 Bioinformatics Open Days - Participation on the event; - Oral Communication; - Workshop Lecturer: "Data-driven Molecular Design: Importance of data interpretation and pipeline interpretability on artificial intelligence targeting biological problems".
Conference
 Bioinformatics Open Days
2020/10/10 - 2020/10/10 Lecturer of Machine Learning Basics with Orange - at the Meet.Lab, organised by "Núcleo de Estudantes de Biologia da Associação Académica de Coimbra". Lecture title: "Dados (Multi)ómicos – da genómica, transcriptómica e proteómica, à mais recente metabolómica, epigenómica e farmacogenómica”
Conference
 Meet.Lab
2020/09/10 - 2020/09/10 Lecturer on Data Science and Artificial Intelligence. 1h theoretical background. 1h practical background. 1h hands-on problem (3h total).
Seminar
 Summer School of Computational Biology, 2020
Universidade de Coimbra, Portugal
2020/05/23 - 2020/05/23 Online Webinar moderator. "Para além da pandemia", organised by ANBIOQ - National Biochemists' Association. Session with Pedro Beltrão (EMBL-EBI). Available at: https://www.youtube.com/watch?v=vzByXWigWi4.
Conference
 "Para além da Pandemia"
ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos, Portugal
2020/02/02 - 2020/02/02 Um dos oradores do debate "AI integrada no futuro da espécie Humana", organizada pela Junior Enterprise for Science and Technology.
Conference
 Mind Your Data
2019/09/07 - 2019/09/07 Structural Biology Summer School at Vienna, Austria followed by poster presentation.
Conference
 COST ACTION 17104
2018/11/05 - 2018/11/08 Web Summit 2018
Conference
 Web Summit
2018 - 2018 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conference
 EJIBCE
2017/03/29 - 2017/03/31 GLISTEN Symposium - GPCR centered conference in the city of Porto, Portugal.
Conference
 GLISTEN
2017 - 2017 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conference
 EJIBCE
2016/09 - 2016/09 Summer school on computational biology techniques. In particular, the attendant performed a course on Molecular Dynamics of Lipid Membranes.
Other
 Computational Biology Summer School
2016 - 2016 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conference
 EJIBCE

Association member

Society Organization name Role
2019/03/17 - Current ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos Presidente da Mesa da Assembleia
2016 - 2018 JEST - Junior Enterprise for Science and Technology Co-founder and Chief Executive Officer
2016 - 2017 Direção Geral da Associação Académica de Coimbra General Coordinator of Market Policies and Entrepreneurship
2013 - 2015 Núcleo de Estudantes de Bioquímica da Associação Académica de Coimbra President, Administrator and member

Committee member

Activity description
Role 		Institution / Organization
2017 - 2018 Académica Startuc - Comission for student entrepreneurship at the University of Coimbra
Other

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2022/03/01 - 2022/03/01 Machine learning - from statistics to artificial intelligence and back Hands-on session: machine learning in genomics and proteomics (Doutoramento) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2021/02/23 - 2021/02/23 Lecturer on the topic: the basics of machine learning for computational biology using orange PDBBEB - PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal
2020/02/24 - 2020/02/24 PDBEB Courses 2019/2020 - Computational Biology Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Evaluation committee

Activity description
Role 		Institution / Organization Funding entity
2015 - 2018 Evaluator at A3ES: "Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior"

Interview (newspaper / magazine)

Activity description Newspaper / Forum
2022/11/03 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o câncer Farma t4h
2022/11/02 Synpred, a plataforma capaz de prever combinações de fármacos anticancerígenos SIC notícias
2022/11/02 Saúde Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Descla
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (UC) desenvolveram uma plataforma na Internet, denominada "Synpred", capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. O Jornal Económico
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Porto Canal
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro CNN Portugal
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Sapo Lifestyle
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Expresso
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Notícias UC
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro. Rádio Comercial
2022/10/31 "Synpred", a plataforma que antecipa a resposta da combinação de fármacos anticancerígenos. A plataforma, desenvolvida pela Universidade de Coimbra, pretende ajudar a definir as melhores "combinações farmacológicas, que operam de forma segura e eficaz". Saúde Online
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro E-Global
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Mais Beiras
2022/10/31 UC desenvolve plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Campeão das Províncias
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro MSN
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro RTP Notícias
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro News Cision
2022/10/31 Coimbra researchers develop platform that predicts the effect of drugs to treat cancer Portugal Posts English
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro - Uma equipa da Universidade de Coimbra desenvolveu a plataforma Synpred com o objetivo de antecipar a resposta biológica da combinação de fármacos anticancerígenos. Observador
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro A nação
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (CNC-UC) desenvolveram uma nova plataforma online, Synpred, capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. VMTV
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Cidade FM
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro M80
2022/10/31 Coimbra: Plataforma prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Terras de Sicó
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Saúde +
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro JM-Madeira
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Smooth FM
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro - de acordo com a Universidade de Coimbra, “esta nova tecnologia representa um avanço na área, constituindo uma plataforma pública interativa que pode ser utilizada de forma intuitiva”. TVI notícias
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (CNC-UC) desenvolveram uma nova plataforma online, Synpred, capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. Atlas da Saúde
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na UC permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro. Atualmente, o desenvolvimento de resistência farmacológica no cancro é uma problemática comum que resulta de uma variedade de fatores, como por exemplo, da sobre-exposição a fármacos anticancerígenos. Rua Direita
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro As Beiras
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro CentroTV
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Rádio Calheta
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Notícias de Coimbra
2022/10/31 Cientistas criam plataforma que prevê efeito de fármacos contra o cancro. Chama-se Synpred e é capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. Notícias ao Minuto
2022/10/31 Site "Synpred" avalia junção de fármacos para tratamento de doenças A Cabra
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro HealthNews
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na U C permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Jornal de Proença
2021/08/18 Analysis of the precarious state of scientific work in Portugal, direct inquire to researchers. Aided in the construction of the enquire as well as with the data analysis and press release writing, as member of "ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos". This resulted in news in several noteworthy Portuguese newspapers. Observador
2021/08/08 Analysis of the precarious state of scientific work in Portugal, direct inquire to researchers. Aided in the construction of the enquire as well as with the data analysis and press release writing, as member of "ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos". This resulted in news in several noteworthy Portuguese newspapers. Público

Mentoring / Tutoring

Topic Student name
2021/09/01 - 2022/10/13 Leveraging Machine Learning to design CPP for therapeutic cargo delivery Francisco Duarte
2022/08/15 - 2022/09/28 A bioinformatics approach for ligand binding prediction Luís Moreira
2022/07/09 - 2022/09/09 UC Summer Internships - Application of Machine Learning Techniques for antiviral compounds' activity prediction Paulo Correia
2022/01/10 - 2022/07/15 in silico perspective on psychedelic studies - characterization of the interaction between small molecules and 5-HT2AR Guilherme Lopes Gabriel
2019/09/15 - 2020/09/15 Workshop de Python - Inteligência Artificial Os nomes do participantes não podem ser divulgados.
2020/02/21 - 2020/02/21 Introduction to R for Machine Learning 25 students - Encontro Nacional de Estudantes de Física
2019/02/01 - 2019/02/28 Modeling Stargazin Raquel Gouveia
2018 - 2019 Text Mining Manuel Pires
2018 - 2019 Text Mining Ana Teresa Gaspar
2018 - 2019 Drug affinity Xavier Pinho
2018 - 2019 Drug Synergy Pedro Matos-Filipe
2018/09 - 2018/09 Machine Learning with Python Computational Biology Summer School selected students (3)
2018/02/25 - 2018/02/25 Python programming for Biochemistry Attending conference (IV Reunião Nacional de Bioquímicos) participants
2018 - 2018 Bioinformática group at Computational Biology Summer School
2017/09 - 2017/09 Machine Learning with R Summer School in Computational Biology selected students (3)
2017 - 2017 Bionformática Group at Computational Biology Summer School
2016 - 2016 Laboratórios de Fisiologia e Biofísica Celular Turma de Licenciatura de Bioquímica da Universidade de Coimbra de Laboratórios de Fisiologia e Biofí
2015 - 2015 Laboratórios de Bioquímica II Turma de Laboratórios de Bioquímica II da Licenciatura de Bioquímica da Universidade de Coimbra
Distinctions

Award

2018 Bolsa de Investigação (BIM POCI-01-0145-FEDER-031356)
2017 BrainHealth 2020 Research Scholarship
2017 3% Best student Award, Master's Degree in Biochemistry
Universidade de Coimbra, Portugal
2013 3% Best students award
Universidade de Coimbra, Portugal