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Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes collaborated with James Kennedy, the creator of the Particle Swarm Optmization (PSO) algorithm during his PhD. He has more than 6,900 citations of his work with two articles with over 2,000 citations each in the field of PSO. His research interests include Evolutionary Computation, Soft Computing, Machine Learning and Artificial Intelligence.
Identification

Personal identification

Full name
Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Citation names

  • Mendes, Rui

Author identifiers

Ciência ID
CD1B-9D4E-3D36
ORCID iD
0000-0002-5321-6863

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
English Advanced (C1) Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2)
French Intermediate (B1) Proficiency (C2) Upper intermediate (B2) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Intermediate (B1) Intermediate (B1) Intermediate (B1) Advanced (C1)
Education
Degree Classification
2004/05/08
Concluded
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
"Population Structure and Particle Swarm Performance" (THESIS/DISSERTATION)
1994
Concluded
 Matemática e Ciências da Computação (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
 16
Projects

Grant

Designation Funders
1994/10/01 - 1998/09/30 UM AMBIENTE DISTRIBUÍDO PARA A PROGRAMAÇÃO EM LÓGICA COM RESTRIÇÕES
PRAXIS XXI/BD/3107/94
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Contract

Designation Funders
2021/01/01 - 2025/12/31 Laboratório Associado de Sistemas Inteligentes
LA/P/0104/2020
10.54499/LA/P/0104/2020
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal

Universidade do Porto Centro de Matemática, Portugal

Universidade do Porto Laboratório de Inteligência Artificial e Ciência de Computadores, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Engenharia Mecânica e Industrial, Portugal

Instituto Politécnico do Cávado e do Ave, Portugal

Instituto Politécnico do Porto Instituto Superior de Engenharia do Porto, Portugal

Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Centro de Tecnologias e Sistemas, Portugal

Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade de Aveiro Centro de Tecnologia Mecânica e Automação, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Informatica e Sistemas, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Minho Instituto de Polímeros e Compósitos, Portugal

Instituto Politécnico do Porto Grupo de Investigação em Engenharia e Computação Inteligente para a Inovação e o Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Eletrónica e Informática de Aveiro, Portugal

Instituto Politécnico do Porto Centro de Investigação em Sistemas Computacionais Embebidos e de Tempo-Real, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2019/01/01 - 2019/12/31 Centro de Engenharia Biológica da Universidade do Minho
UID/BIO/04469/2019
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2019/01/01 - 2019/12/31 Centro de Investigação ALGORITMI
UID/CEC/00319/2019
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2011/04/01 - 2014/09/30 O Transcriptoma da Homeoproteína Oncogénica HOXA9 em Glioblastomas Humanos: Caracterização e Consequências Funcionais
PTDC/SAU-GMG/113795/2009
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Minho Instituto de Investigação em Ciências da Vida e Saúde, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2011/03/01 - 2014/07/31 ToMEGIM: Ferramentas Computacionais para Engenharia Metabólica usando Modelos Integrados de Escala Genómica
PTDC/EIA-EIA/115176/2009
Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal

Universidade do Minho, Portugal

Instituto de Biotecnologia e Bioengenharia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2011/01/01 - 2013/12/31 Projecto Estratégico - UI 752 - 2011-2012
PEst-OE/EEI/UI0752/2011
Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal

Universidade do Minho, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2010/06/01 - 2013/12/31 GAsPar: Ambiente Orientado ao Aspecto para Sistemas Paralelos Heterogéneos
PTDC/EIA-EIA/108937/2008
Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal

Universidade do Minho, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2008/01/01 - 2010/12/31 Procura de regras de alto nível em dobragem e desdobragem de proteínas: das doenças amiloidogénicas à previsão da estrutura proteica
PTDC/BIA-PRO/72838/2006
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Ulster University School of Biomedical Sciences, United Kingdom

Universidade do Minho, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2005/07/01 - 2008/06/30 MOBioPro-Computação inspirada na natureza para a modelação e optimização de processos biotecnológicos
POSC/EIA/59899/2004
Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal

Universidade do Minho, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
Outputs

Publications

Book
  1. Silva, S.; Cortez, P.; Mendes, R.; Pereira, P.J.; Matos, L.M.; Garcia, L.. A Categorical Clustering of Publishers for Mobile Performance Marketing. 2019.
    10.1007/978-3-319-94120-2_14
  2. Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.C.; Moreau, A.. Using deep learning for ordinal classification of mobile marketing user conversion. 2019.
    10.1007/978-3-030-33607-3_7
  3. Pereira, P.J.; Pinto, P.; Mendes, R.; Cortez, P.; Moreau, A.. Using Neuroevolution for Predicting Mobile Marketing Conversion. 2019.
    10.1007/978-3-030-30244-3_31
  4. Pereira, P.J.; Cortez, P.; Mendes, R.. Multi-objective learning of neural network time series prediction intervals. 2017.
    10.1007/978-3-319-65340-2_46
  5. Pereira, R.; Mendes, R.. Current trends in bio-ontologies and data integration. 2013.
    10.1007/978-3-319-00551-5_69
  6. Mendes, R.; Rocha, I.; Pinto, J.P.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. Differential evolution for the offline and online optimization of fed-batch fermentation processes. 2008.
    10.1007/978-3-540-68830-3_13
  7. Rocha, M.; Mendes, R.; Maia, P.; Pinto, J.P.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. Evaluating simulated annealing algorithms in the optimization of bacterial strains. 2007.
  8. Mendes, R.; Kennedy, J.. Stochastic barycenters and beta distribution for gaussian particle swarms. 2007.
  9. Mohais, A.S.; Mendes, R.; Ward, C.; Posthoff, C.. Neighborhood re-structuring in particle swarm optimization. 2005.
    10.1007/11589990_80
  10. Mendes, R.; Neves, J.. What makes a successful society?: Experiments with population topologies in particle swarms. 2004.
Book chapter
  1. Kevin Martins; Rui Mendes. "Cherry-Picking Meta-heuristic Algorithms and Parameters for Real Optimization Problems". 2022.
    10.1007/978-3-031-16474-3_41
  2. João Correia; Rui Mendes. "Neural Complexity Assessment: A Deep Learning Approach to Readability Classification for European Portuguese Corpora". 2021.
    10.1007/978-3-030-91608-4_30
  3. Mendes, R; Cortez, P; Rocha, M; Neves, J; IEEE. "Particle swarms for feedforward neural network training". 1895-1899. 2002.
    10.1109/IJCNN.2002.1007808
Conference paper
  1. Fernandes, G.; Oliveira, N.; Cortez, P.; Mendes, R.. "A realistic scooter rebalancing system via metaheuristics". 2020.
    10.1145/3377929.3389905
  2. Almeida, J.J.; Mendes, R.C.. "Hunting ancestors: A unified approach for discovering genealogical information". 2019.
    10.4230/OASIcs.SLATE.2019.22
  3. Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.; Moreau, A.. "Using Deep Learning for Mobile Marketing User Conversion Prediction". 2019.
    10.1109/IJCNN.2019.8851888
  4. Mendes, R.; Almeida, J.J.. "eOS: The exercise operating system". 2018.
    10.4230/OASIcs.SLATE.2018.5
  5. Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.; Moreau, A.. "A Comparison of Data-Driven Approaches for Mobile Marketing User Conversion Prediction". 2018.
    10.1109/IS.2018.8710472
  6. Pereira, R.T.; Costa, H.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining". 2015.
    10.1109/BIBM.2015.7359907
  7. Rocha, O.; Vilaça, P.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reg4OptFlux: An OptFlux plug-in that comprises meta-heuristics approaches for Metabolic engineering using integrated models". 2014.
    10.1109/NaBIC.2014.6921882
  8. Mendes, R.; Lourenço, A.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. "A framework for the integrated analysis of metabolic and regulatory networks". 2008.
    10.1109/BIBE.2008.4696727
  9. Carneiro, S.; Lourenço, Anália; Mendes, Rui; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C.; Rocha, I.. "Network analysis of an integrated metabolic/regulatory model of Escherichia coli". 2008.
  10. Rocha, M.; Mendes, R.; Maia, P.; Glez-P¿a, D.; Fdez-Riverola, F.. "A platform for the selection of genes in DNA microarraydata using evolutionary algorithms". 2007.
    10.1145/1276958.1277042
  11. Mendes, R.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. "A comparison of algorithms for the optimization of fermentation processes". 2006.
  12. Mendes, R.; Mohais, A.S.. "DynDE: A Differential Evolution for dynamic optimization problems". 2005.
  13. Kennedy, J.; Mendes, R.. "Neighborhood topologies in fully-informed and best-of-neighborhood particle swarms". 2003.
    10.1109/SMCIA.2003.1231342
  14. Mendes, R.; Cortez, P.; Rocha, M.; Neves, J.. "Particle swarms for feedforward neural network training". 2002.
  15. Kennedy, J.; Mendes, R.. "Population structure and particle swarm performance". 2002.
    10.1109/CEC.2002.1004493
  16. Rocha, M.; Mendes, R.; Cortez, P.; Neves, J.. "Sitting guests at a wedding party: Experiments on genetic and evolutionary constrained optimization". 2001.
  17. Rocha, Miguel; Cortez, Paulo, 1971-; Mendes, Rui; Neves, José. "An Architecture for Co-Evolving Agents in the ROBOCUP Simulation League". 1999.
    Published
Journal article
  1. Matos, Luís Miguel; Cortez, Paulo; Mendes, Rui; Moreau, Antoine. "A Deep Learning-Based Decision Support System for Mobile Performance Marketing". International Journal of Information Technology & Decision Making (2022): 1-25. http://dx.doi.org/10.1142/s021962202250047x.
    10.1142/s021962202250047x
  2. Pereira, P.J.; Cortez, P.; Mendes, R.. "Multi-objective Grammatical Evolution of Decision Trees for Mobile Marketing user conversion prediction". Expert Systems with Applications 168 (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85097041616&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.eswa.2020.114287
  3. Paulo Cortez; Pedro José Pereira; Rui Mendes. "Multi-step time series prediction intervals using neuroevolution". Neural Computing and Applications (2019): https://doi.org/10.1007/s00521-019-04387-3.
    10.1007/s00521-019-04387-3
  4. Rocha, O.; Mendes, R.. "JBiclustGE: Java API with unified biclustering algorithms for gene expression data analysis". Knowledge-Based Systems 155 (2018): 83-87. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85046684992&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.knosys.2018.04.024
  5. Rafael Teodósio Pereira; Hugo Costa; Rui Mendes. "An approach towards the reconstruction of regulatory networks". Revista ComInG - Communications and Innovations Gazette 1 2 (2016): 15-15. https://doi.org/10.5902%2F2448190422639.
    10.5902/2448190422639
  6. Rocha, M.; Mendes, R.; Rocha, O.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. "Optimization of fed-batch fermentation processes with bio-inspired algorithms". Expert Systems with Applications 41 5 (2014): 2186-2195. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84890115029&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.eswa.2013.09.017
  7. Rafael Pereira; Rui Mendes. "Integrating Biological Databases in the Context of Transcriptional Regulatory Networks". International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 4 5 (2014): 345-350. http://dx.doi.org/10.7763/ijbbb.2014.v4.368.
    10.7763/ijbbb.2014.v4.368
  8. Rocha, Miguel; Maia, Paulo; Mendes, Rui; Pinto, Jose P.; Ferreira, Eugenio C.; Nielsen, Jens; Patil, Kiran Raosaheb; Rocha, Isabel. "Natural computation meta-heuristics for the in silico optimization of microbial strains". Bmc Bioinformatics 9 (2008):
    10.1186/1471-2105-9-499
  9. Kennedy, James; Mendes, Rui. "Neighborhood topologies in fully informed and best-of-neighborhood particle swarms". Systems, Man, and Cybernetics, Part C: Applications and Reviews, IEEE Transactions on 36 4 (2006): 515-519.
    10.1109/TSMCC.2006.875410
  10. Mendes, R.; Kennedy, J.; Neves, J.. "The fully informed particle swarm: Simpler, maybe better". IEEE Transactions on Evolutionary Computation 8 3 (2004): 204-210. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-3142781923&partnerID=MN8TOARS.
    10.1109/TEVC.2004.826074
  11. Mendes, R; Kennedy, J; Neves, J; IEEE. "Watch thy neighbor or how the swarm can learn from its environment". Proceedings of the 2003 Ieee Swarm Intelligence Symposium (Sis 03) (2003): 88-94.
    10.1109/SIS.2003.1202252