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Identification

Personal identification

Full name
Diogo Filipe Marques Soares
Date of birth
1997/01/12
Gender
Male

Citation names

  • Diogo F. Soares

Author identifiers

Ciência ID
D713-C08C-A84A
ORCID iD
0000-0003-3503-0755
Google Scholar ID
OMpJuA4AAAAJ
Scopus Author Id
57533042700

Email addresses

  • dfsoares@ciencias.ulisboa.pt (Professional)

Addresses

  • Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa - Edifício C6 - Piso 3 - Sala 6.3.30, 1749-016, Campo Grande, Lisboa, Portugal (Professional)

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Portuguese (Mother tongue)
English Upper intermediate (B2) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Elementary (A2) Elementary (A2) Elementary (A2) Elementary (A2)
French Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1)
Education
Degree Classification
2020/10 - 2024
Ongoing
 Informática (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Triclustering Three-way Temporal and Heterogeneous Data: Targeting Predictive and Descriptive Tasks for Biomedical Applications" (THESIS/DISSERTATION)
2018/09 - 2020/11/26
Concluded
 Ciência de Dados (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"LEARNING PREDICTIVE MODELS FROM TEMPORAL THREE-WAY DATA USING TRICLUSTERING: APPLICATIONS IN CLINICAL DATA ANALYSIS" (THESIS/DISSERTATION)
 18
2015/09 - 2018/06
Concluded
 Tecnologias de Informação (Licenciatura)
Major in Gestão [MINOR]
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 16
Affiliation

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2022/02 - Current Invited Assistant (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/17 - 2020/07 Tutor (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2020/10/01 - 2024/09/30 Efficient Algorithms for Temporal Triclustering: Targeting the Challenges of Temporality for Effective Solutions in Biomedical Applications
2020.05100.BD
10.54499/2020.05100.BD
PhD Student Fellow
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2020/03/11 - 2020/09/30 CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems
Grant agreement ID: 818290
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy
Ongoing
2019/09/16 - 2020/03/10 NEUROCLINOMICS2 - Unravelling Prognostic Markers in NEUROdegenerative diseases through CLINical and OMICS data integration
PTDC/EEI-SII/1937/2014
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Contract

Designation Funders
2021/03/01 - Current AIpALS - Modelos Avançados de aprendIzagem para a Previsão do prognóstico na ELA usando perfis de doentes e padrões de progressão da doença
PTDC/CCI-CIF/4613/2020
Researcher
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2021/01/01 - Current BRAINTEASER - BRinging Artificial INTelligencE home for a better cAre of amyotrophic lateral sclerosis and multiple SclERosis
GA n.º 101017598
Researcher
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Horizon 2020
Ongoing
2020/10/01 - Current CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems
Grant agreement ID: 818290
Researcher
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Soares, Diogo; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; Pinto, Susana; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Towards Triclustering-Based Classification of Three-Way Clinical Data: A Case Study on Predicting Non-invasive Ventilation in ALS". In Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 14th International Conference (PACBB 2020), 112-122. Springer International Publishing, 2020.
    10.1007/978-3-030-54568-0_12
Conference paper
  1. Branco, R.; Valente, J.B.; Martins, A.S.; Soares, D.F.; Castanho, E.N.; Madeira, S.C.; Aidos, H.. "Survival Analysis for Multiple Sclerosis: Predicting Risk of Disease Worsening". 2023.
  2. Branco, Ruben; Diogo F. Soares; Andreia S. Martins; Barros Valente, Joana; Eduardo N. Castanho; Sara C. Madeira; Aidos, Helena. "Investigating the Impact of Environmental Data on ALS Prognosis with Survival Analysis". 2023.
  3. Nunes, S.; Sousa, R.T.; Serrano, F.; Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; et al. "Explaining Artificial Intelligence Predictions of Disease Progression with Semantic Similarity". 2022.
  4. Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; Castanho, E.N.; Nunes, S.; Serrano, F.; et al. "Hierarchical Modelling for ALS Prognosis: Predicting the Progression Towards Critical Events". 2022.
Conference poster
  1. Diogo F. Soares; Sara C. Madeira. "Learning Prognostic Models Using a Mixture of Biclustering and Triclustering". Paper presented in Symposium on Intelligent Data Analysis, 2021.
Journal article
  1. Daniela M. Amaral; Diogo F. Soares; Marta Gromicho; Mamede de Carvalho; Sara C. Madeira; Pedro Tomás; Helena Aidos. "Temporal stratification of amyotrophic lateral sclerosis patients using disease progression patterns". Nature Communications (2024): https://doi.org/10.1038/s41467-024-49954-y.
    10.1038/s41467-024-49954-y
  2. Diogo F. Soares; Rui Henriques; Sara C. Madeira. "Comprehensive assessment of triclustering algorithms for three-way temporal data analysis". Pattern Recognition (2024): https://doi.org/10.1016/j.patcog.2024.110303.
    10.1016/j.patcog.2024.110303
  3. Tavazzi, Erica; Longato, Enrico; Vettoretti, Martina; Aidos, Helena; Trescato, Isotta; Roversi, Chiara; Martins, Andreia S.; et al. "Artificial intelligence and statistical methods for stratification and prediction of progression in amyotrophic lateral sclerosis: A systematic review". Artificial Intelligence in Medicine (2023): 102588. http://dx.doi.org/10.1016/j.artmed.2023.102588.
    10.1016/j.artmed.2023.102588
  4. Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Triclustering-based classification of longitudinal data for prognostic prediction: targeting relevant clinical endpoints in amyotrophic lateral sclerosis". Scientific Reports 13 1 (2023): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-33223-x.
    10.1038/s41598-023-33223-x
  5. Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Learning prognostic models using a mixture of biclustering and triclustering: Predicting the need for non-invasive ventilation in Amyotrophic Lateral Sclerosis". Journal of Biomedical Informatics (2022): 104172. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2022.104172.
    10.1016/j.jbi.2022.104172
Thesis / Dissertation
  1. "Learning predictive models from temporal three-way data using triclustering: applications in clinical data analysis". Master, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2020. http://hdl.handle.net/10451/48139.
Activities

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2022/07/11 - 2022/07/14 WideHealth Summer School on Human Factors in Pervasive Health (2022/07/11 - 2022/07/14)
Other (Member of the Organising Committee)
 FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

Conference scientific committee

Conference name Conference host
2023 - 2023 Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics & Biostatistics (CIBB 2023)

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2022/09 - Current Programação I (LTI) / Programming I Tecnologias de Informação (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/02 - 2024/07 Construction of Software Systems / Construção de Sistemas de Software Engenharia Informática (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/02 - 2024/02 Formador no Programa Upskill - Curso de Programação em Outsystems Módulo: Complementos de Programação em Outsystems (API REST & Frontend Mobile) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/08 - 2023/08 Formador no Programa Upskill - Curso de Programação em Outsystems Módulos: Frontend development; Architecting Sustainable Applications Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/02 - 2023/07 Laboratórios de Programação / Programming Labs Engenharia Informática Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/02 - 2022/07 Intelligent Systems/Sistemas Inteligentes (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/02 - 2022/07 Data Mining/Prospeção de Dados (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020/09 - 2021/01 Machine Learning/Aprendizagem Automática (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2020 Production of Technical Documents / Produção de documentos técnicos Engenharia Informática (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/02 - 2019/07 Computer Skills / Informática na ótica do utilizador (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Journal scientific committee

Journal title (ISSN) Publisher
2024 - Current Scientific Reports (Q1) Nature
2023 - Current Pattern Recognition (Q1) Elsevier

Mentoring / Tutoring

Topic Student name
2023 - Current [MSc Thesis] Learning Temporal Associative Classifiers using discriminative triclusters for Biomedical data analysis Alexandre Monforte
2022 - 2023 [MSc Thesis] Learning Temporal Patterns for Patient Stratification in ALS Daniela Amaral
2021 - 2022 [MSc Thesis] Mining Triclusters in Biomedical Data using Formal Concept Analysis Miguel Mimoso

Scientific expedition

Activity description Institution / Organization
2022/02/14 - 2022/02/17 WideHealth Winter School on e-Health & Pervasive Technologies Saints Cyril and Methodius University in Skopje Faculty of Electrical Engineering and Information Technologies, Macedonia
Distinctions

Award

2017 Prémio MaxData - Excelência em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

MaxData, Portugal
2017 Prémio Mérito Académico
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 Prémio MaxData - Excelência em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

MaxData, Portugal
2016 Prémio Mérito Académico
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal