Personal identification

Full name

Diogo Filipe Marques Soares

Gender

Male

Citation names

• Diogo F. Soares

Author identifiers

Ciência ID

D713-C08C-A84A

ORCID iD

0000-0003-3503-0755

Google Scholar ID

OMpJuA4AAAAJ

Scopus Author Id

57533042700

Email addresses

• dfsoares@ciencias.ulisboa.pt (Professional)

Addresses

• Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa - Edifício C6 - Piso 3 - Sala 6.3.38, 1749-016, Campo Grande, Lisboa, Portugal (Professional)

Knowledge fields

• Exact Sciences - Computer and Information Sciences

Languages

Language	Speaking	Reading	Writing	Listening	Peer-review
Portuguese (Mother tongue)
English	Upper intermediate (B2)	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)
Spanish; Castilian	Elementary (A2)	Elementary (A2)	Elementary (A2)	Elementary (A2)
French	Beginner (A1)	Beginner (A1)	Beginner (A1)	Beginner (A1)

	Degree	Classification
2020/10 - 2024/09 Concluded	Informática (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "Triclustering Three-way Temporal and Heterogeneous Data: Targeting Predictive and Descriptive Tasks for Biomedical Applications" (THESIS/DISSERTATION)	Aproved with Distinction and Honor
2018/09 - 2020/11/26 Concluded	Ciência de Dados (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "LEARNING PREDICTIVE MODELS FROM TEMPORAL THREE-WAY DATA USING TRICLUSTERING: APPLICATIONS IN CLINICAL DATA ANALYSIS" (THESIS/DISSERTATION)	18
2015/09 - 2018/06 Concluded	Tecnologias de Informação (Licenciatura) Major in Gestão [MINOR] Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	16

Teaching in Higher Education

	Category Host institution	Employer
2024/09 - Current	Invited Assistant Professor (University Teacher)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/02 - 2024/08	Invited Assistant (University Teacher)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/17 - 2020/07	Tutor (University Teacher)	Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Grant

	Designation	Funders
2020/10/01 - 2024/08/31	Efficient Algorithms for Temporal Triclustering: Targeting the Challenges of Temporality for Effective Solutions in Biomedical Applications 2020.05100.BD 10.54499/2020.05100.BD PhD Student Fellow Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluded
2020/03/11 - 2020/09/30	CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems Grant agreement ID: 818290 Master Student Fellow Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal	H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy Ongoing
2019/09/16 - 2020/03/10	NEUROCLINOMICS2 - Unravelling Prognostic Markers in NEUROdegenerative diseases through CLINical and OMICS data integration PTDC/EEI-SII/1937/2014 Master Student Fellow Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluded

Contract

	Designation	Funders
2021/03/01 - Current	AIpALS - Modelos Avançados de aprendIzagem para a Previsão do prognóstico na ELA usando perfis de doentes e padrões de progressão da doença PTDC/CCI-CIF/4613/2020 Researcher Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Ongoing
2021/01/01 - Current	BRAINTEASER - BRinging Artificial INTelligencE home for a better cAre of amyotrophic lateral sclerosis and multiple SclERosis GA n.º 101017598 Researcher FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	Horizon 2020 Ongoing
2020/10/01 - Current	CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems Grant agreement ID: 818290 Researcher Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy

Publications

Book chapter	Soares, Diogo; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; Pinto, Susana; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Towards Triclustering-Based Classification of Three-Way Clinical Data: A Case Study on Predicting Non-invasive Ventilation in ALS". In Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 14th International Conference (PACBB 2020), 112-122. Springer International Publishing, 2020. 10.1007/978-3-030-54568-0_12
Conference paper	Martins, A.S.; Amaral, D.M.; Castanho, E.N.; Soares, D.F.; Branco, R.; Madeira, S.C.; Aidos, H.. "Predicting the Functional Rating Scale and Self-Assessment Status of ALS Patients with Sensor Data". 2024. Branco, R.; Valente, J.B.; Martins, A.S.; Soares, D.F.; Castanho, E.N.; Madeira, S.C.; Aidos, H.. "Survival Analysis for Multiple Sclerosis: Predicting Risk of Disease Worsening". 2023. Branco, Ruben; Diogo F. Soares; Andreia S. Martins; Barros Valente, Joana; Eduardo N. Castanho; Sara C. Madeira; Aidos, Helena. "Investigating the Impact of Environmental Data on ALS Prognosis with Survival Analysis". 2023. Nunes, S.; Sousa, R.T.; Serrano, F.; Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; et al. "Explaining Artificial Intelligence Predictions of Disease Progression with Semantic Similarity". 2022. Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; Castanho, E.N.; Nunes, S.; Serrano, F.; et al. "Hierarchical Modelling for ALS Prognosis: Predicting the Progression Towards Critical Events". 2022.
Conference poster	Diogo F. Soares; Sara C. Madeira. "Learning Prognostic Models Using a Mixture of Biclustering and Triclustering". Paper presented in Symposium on Intelligent Data Analysis, 2021.
Journal article	Daniela M. Amaral; Diogo F. Soares; Marta Gromicho; Mamede de Carvalho; Sara C. Madeira; Pedro Tomás; Helena Aidos. "Temporal stratification of amyotrophic lateral sclerosis patients using disease progression patterns". Nature Communications (2024): https://doi.org/10.1038/s41467-024-49954-y. 10.1038/s41467-024-49954-y Diogo F. Soares; Rui Henriques; Sara C. Madeira. "Comprehensive assessment of triclustering algorithms for three-way temporal data analysis". Pattern Recognition (2024): https://doi.org/10.1016/j.patcog.2024.110303. 10.1016/j.patcog.2024.110303 Tavazzi, Erica; Longato, Enrico; Vettoretti, Martina; Aidos, Helena; Trescato, Isotta; Roversi, Chiara; Martins, Andreia S.; et al. "Artificial intelligence and statistical methods for stratification and prediction of progression in amyotrophic lateral sclerosis: A systematic review". Artificial Intelligence in Medicine (2023): 102588. http://dx.doi.org/10.1016/j.artmed.2023.102588. 10.1016/j.artmed.2023.102588 Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Triclustering-based classification of longitudinal data for prognostic prediction: targeting relevant clinical endpoints in amyotrophic lateral sclerosis". Scientific Reports 13 1 (2023): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-33223-x. 10.1038/s41598-023-33223-x Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Learning prognostic models using a mixture of biclustering and triclustering: Predicting the need for non-invasive ventilation in Amyotrophic Lateral Sclerosis". Journal of Biomedical Informatics (2022): 104172. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2022.104172. 10.1016/j.jbi.2022.104172
Thesis / Dissertation	"Learning predictive models from temporal three-way data using triclustering: applications in clinical data analysis". Master, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2020. http://hdl.handle.net/10451/48139.

Award

2017	Prémio MaxData - Excelência em Informática Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal MaxData, Portugal
2017	Prémio Mérito Académico Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016	Prémio MaxData - Excelência em Informática Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal MaxData, Portugal
2016	Prémio Mérito Académico Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal