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Identification

Personal identification

Full name
Isabel Portugal

Citation names

  • Portugal, Isabel

Author identifiers

Ciência ID
E310-5746-C205
ORCID iD
0000-0002-7843-0006
Education
Degree Classification
1999
Concluded
 Farmácia (Doutoramento)
Major in Especialidade: Microbiologia
Universidade de Lisboa, Portugal
"Epidemiologia Molecular da Tuberculose Multirresistente em Portugal" (THESIS/DISSERTATION)
Affiliation

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2023/10/30 - Current Associate Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
Projects

Contract

Designation Funders
2018/06/01 - 2021/05/31 Target@TB. Explorando uma nova ferramenta química para desvendar novas terapias e alvos moleculares na tuberculose
PTDC/MED-FAR/30266/2017
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2012/03/21 - 2015/09/30 Epidemiologia molecular, resistência aos antibacilares e patogénese do VIH e da tuberculose em Angola: o Coorte Perinatal de VIH de Angola (APEHC)
PTDC/SAU-EPI/122400/2010
Egas Moniz Cooperativa de Ensino Superior CRL, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2010/03/01 - 2013/08/31 Aumento da capacidade de morte (killing activity) de macrófagos humanos infectados por Mycobacterium tuberculosis multi-resistente (MDRTB): uma nova estratégia quimioterapêutica para combater a tuberculose multi-resistente.
PTDC/SAU-FCF/102807/2008
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Unidade de Ensino e Investigação de Parasitologia Médica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2008/09/01 - 2012/03/31 Epidemiologia molecular de Mycobacterium tuberculosis em Portugal: Implementação e análise de uma base de dados
PTDC/SAU-ESA/71208/2006
Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2008/01/01 - 2011/06/30 Dinâmica fisiológica e mutacional da resistência aos antibióticos em Mycobacterium tuberculosis: a emergência da Tuberculose Multi-Resistente.
PTDC/BIA-MIC/71280/2006
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Unidade de Ensino e Investigação de Parasitologia Médica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
1993 - 1996 Genetic markers for the epidemiology of tuberculosis
Projecto BMH1-CT93-1614
Researcher
Concluded
1987 - 1993 Desenvolvimento de um sistema de clonagem e expressão genética em Micobactérias”
87/403
Researcher
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Portugal, Isabel. "Mycobacterium". In Microbiologia Médica. Lisboa, Portugal: Lidel, Edições Técnicas, Lisboa, Portugal, 2014.
    Published
  2. Portugal, Isabel. "Epidemiologia das Doenças Infecciosas". In Microbiologia Médica. Lisboa, Portugal: Lidel, Edições Técnicas, Lisboa, Portugal., 2014.
    Published
Conference paper
  1. Silva, Carla; Perdigão, João; Jordão, Luísa; Portugal, Isabel. "Identification of the best MIRU-VNTR set technique for MDR-TB and XDR-TB surveillance in Lisbon, Portugal". 2015.
  2. Silva, Carla; Perdigão, João; Jordão, Luísa; Portugal, Isabel. "Studying the metabolic activity of Mycobacterium tuberculosis through a new resazurin reduction based assay". 2015.
  3. Perdigão, João; Clemente, Sofia; Ramos, Jorge; Masakidi, Pedro; Machado, Diana; Silva, Carla; Couto, Isabel; et al. "Drug resistance and genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Luanda, Angola: a molecular epidemiological perspective". 2015.
  4. Perdigão, João; Silva, Hugo; Machado, Diana; Macedo, Rita; Maltez, Fernando; Silva, Carla; Jordão, Luísa; et al. "Genomic diversity of drug-resistant mycobacterium tuberculosis isolates in Lisbon Portugal: towards tuberculosis genomic epidemiology". 2013.
  5. Silva, Carla; Perdigao, Joao; Alverca, Elsa; Matos, António Pedro Alves; Carvalho, Patrícia A; Portugal, Isabel; Jordão, Luísa. "Exploring a link between mycobacteria structure and virulence". 2013.
  6. Perdigão, João; Macedo, Rita; Machado, Diana; Silva, Carla; Jordão, Luísa; Couto, Isabel; Viveiros, Miguel; Portugal, Isabel. "Polymorphism in gidB gene as a genetic marker for the mycobacterium tuberculosis Q1 cluster and implications for the streptomycin resistance level". 2013.
  7. Perdigao, joão; Macedo, Rita; Machado, Diana; Silva, Carla; Jordão, Luísa; Couto, Isabel; Viveiros, Miguel; Portugal, Isabel. "Correlation between streptomycin intermediate-level resistance and gidB mutation in an endemic multidrugresistant tuberculosis cluster". 2013.
  8. Silva, Carla; Perdigao, João; Jordão, Luísa; Portugal, Isabel. "Novel Mutations in pncA, Associated With Catalytic Centre, Might Be Related With PZA High Resistance Profile". 2013.
  9. Perdigao, Joao; Silva, D.; Pereira, V.; Macedo, Rita; Silva, Carla; Machado, Diana; Couto, Isabel; et al. "Dynamics and Development of Extensively Drug-resistant Tuberculosis, Portugal". 2012.
  10. Silva, Carla; Alverca, Elsa; Matos, António Pedro; Carvalho, Patricia A; Portugal, Isabel; Jordão, Luísa. "Morphologic characterization of Mycobacterium tuberculosis circulating strains in a Lisbon hospital". 2012.
  11. Silva, Carla; Perdigao, Joao; Jordão, Luísa; Portugal, Isabel. "Molecular analysis on resistant TB isolates in Portugal". 2012.
  12. Silva, Carla; Perdigão, João; Couto, Isabel; Viveiros, Miguel; Jordão, Luísa; Portugal, Isabel. "Deletion analysis on multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis in Portugal". 2011.
  13. Perdigão, João; João, Inês; Silva, Carla; Portugal, Isabel; Jordão, Luísa. "Characterization of Mycobacterium tuberculosis resistant strains circulating in a Lisbon hospital: a 2 years study". 2011.
Journal article
  1. de Lourdes do Carmo Guimarães Diniz, Jaciara; von Groll, Andrea; Unis, Gisela; Dalla-Costa, Elis Regina; Rosa Rossetti, Maria Lúcia; Vianna, Júlia Silveira; Ramos, Daniela Fernandes; et al. "Whole-genome sequencing as a tool for studying the microevolution of drug-resistant serial Mycobacterium tuberculosis isolates". Tuberculosis 131 (2021): 102137. http://dx.doi.org/10.1016/j.tube.2021.102137.
    10.1016/j.tube.2021.102137
  2. Genestet, Charlotte; Perdigão, João; Herranz, Marta; Maus, Sandra R.; Berland, Jean-Luc; Chiner-Oms, Álvaro; Comas, Iñaki; et al. "Expanded tracking of a Beijing Mycobacterium tuberculosis strain involved in an outbreak in France". Travel Medicine and Infectious Disease 44 (2021): 102167. http://dx.doi.org/10.1016/j.tmaid.2021.102167.
    10.1016/j.tmaid.2021.102167
  3. Salvato, Richard Steiner; Reis, Ana Júlia; Schiefelbein, Sun Hee; Gómez, Michael Andrés Abril; Salvato, Stéphanie Steiner; da Silva, Larissa Vitória; Costa, Elis Regina Dalla; et al. "Genomic-based surveillance reveals high ongoing transmission of multi-drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Southern Brazil". International Journal of Antimicrobial Agents 58 4 (2021): 106401. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2021.106401.
    10.1016/j.ijantimicag.2021.106401
  4. Gómez-González, Paula J.; Perdigao, Joao; Gomes, Pedro; Puyen, Zully M.; Santos-Lazaro, David; Napier, Gary; Hibberd, Martin L.; et al. "Genetic diversity of candidate loci linked to Mycobacterium tuberculosis resistance to bedaquiline, delamanid and pretomanid". Scientific Reports 11 1 (2021): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-98862-4.
    10.1038/s41598-021-98862-4
  5. Verza, Mirela; Scheffer, Mara Cristina; Salvato, Richard Steiner; Schorner, Marcos André; Barazzetti, Fernando Hartmann; de Melo Machado, Hanalydia; Medeiros, Taiane Freitas; et al. "Author Correction: Genomic epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Santa Catarina, Southern Brazil". Scientific Reports 10 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-76386-7.
    10.1038/s41598-020-76386-7
  6. Salvato, Richard Steiner; Costa, Elis Regina Dalla; Reis, Ana Júlia; Schiefelbein, Sun Hee; Halon, Maria Laura; Barcellos, Regina Bones; Unis, Gisela; et al. "First insights into circulating XDR and pre-XDR Mycobacterium tuberculosis in Southern Brazil". Infection, Genetics and Evolution 78 (2020): 104127. http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2019.104127.
    10.1016/j.meegid.2019.104127
  7. Perdigão, João; Gomes, Pedro; Miranda, Anabela; Maltez, Fernando; Machado, Diana; Silva, Carla; Phelan, Jody E.; et al. "Using genomics to understand the origin and dispersion of multidrug and extensively drug resistant tuberculosis in Portugal". Scientific Reports 10 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-59558-3.
    10.1038/s41598-020-59558-3
  8. Conceição, Marília Lima da; Conceição, Emilyn Costa; Furlaneto, Ismari Perini; Silva, Sandro Patroca da; Guimarães, Arthur Emil dos Santos; Gomes, Pedro; Boschiroli, María Laura; et al. "Phylogenomic Perspective on a Unique Mycobacterium bovis Clade Dominating Bovine Tuberculosis Infections among Cattle and Buffalos in Northern Brazil". Scientific Reports 10 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-58398-5.
    10.1038/s41598-020-58398-5
  9. Tatara, Mariana Bento; Perdigão, João; Viveiros, Miguel; Kritski, Afrânio; Silva, Kesia Esther da; Sacchi, Flávia Patussi Correia; de Lima, Camila Camioli; et al. "Genetic Diversity and Molecular Epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Roraima State, Brazil". The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 101 4 (2019): 774-779. http://dx.doi.org/10.4269/ajtmh.19-0324.
    10.4269/ajtmh.19-0324
  10. Perdigão, João; Portugal, Isabel. "Genetics and roadblocks of drug resistant tuberculosis". Infection, Genetics and Evolution 72 (2019): 113-130. http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2018.09.023.
    10.1016/j.meegid.2018.09.023
  11. Campaniço, André; Carrasco, Marta P.; Njoroge, Mathew; Seldon, Ronnett; Chibale, Kelly; Perdigão, João; Portugal, Isabel; et al. "Azaaurones as Potent Antimycobacterial Agents Active against MDR- and XDR-TB". ChemMedChem 14 16 (2019): 1537-1546. http://dx.doi.org/10.1002/cmdc.201900289.
    10.1002/cmdc.201900289
  12. Oppong, Yaa E. A.; Phelan, Jody; Perdigão, João; Machado, Diana; Miranda, Anabela; Portugal, Isabel; Viveiros, Miguel; Clark, Taane G.; Hibberd, Martin L.. "Genome-wide analysis of Mycobacterium tuberculosis polymorphisms reveals lineage-specific associations with drug resistance". BMC Genomics 20 1 (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5615-3.
    10.1186/s12864-019-5615-3
  13. Martins Melo, A; da Silva Filho, RP; von Groll, A; Reis, AJ; Perdigão, J; Portugal, I; da Silva, PEA; Borelli Grecco, F; Orzechowski Xavier, M. "Tuberculosis caused by Mycobacterium pinnipedii in a wild South American sea lion Otaria flavescens stranded in southern Brazil". Diseases of Aquatic Organisms 133 3 (2019): 189-194. http://dx.doi.org/10.3354/dao03342.
    10.3354/dao03342
  14. Perdigão, João; Silva, Carla; Diniz, Jaciara; Pereira, Catarina; Machado, Diana; Ramos, Jorge; Silva, Hugo; et al. "CPLP-TB: a new tuberculosis transnational surveillance tool for the lusophone community". (2019): http://anaisihmt.com/index.php/ihmt/article/view/278.
  15. Pereira, Catarina; Gomes, Pedro; Taveira, Ricardo; Silva, Carla; Maltez, Fernando; Macedo, Rita; Costa, Catarina; et al. "Insights on the Mycobacterium tuberculosis population structure associated with migrants from Portuguese-speaking countries over a three-year period in greater Lisbon, Portugal: Implications at the public health level". (2019): http://hdl.handle.net/10400.18/6351.
    10.1016/j.meegid.2019.03.025
  16. Macedo, Rita; Pinto, Miguel; Borges, Vítor; Nunes, Alexandra; Oliveira, Olena; Portugal, Isabel; Duarte, Raquel; Gomes, João Paulo. "Evaluation of a gene-by-gene approach for prospective whole-genome sequencing-based surveillance of multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis". (2019): http://hdl.handle.net/10400.18/6500.
    10.1016/j.tube.2019.02.006
  17. Perdigão, João; Silva, Carla; Diniz, Jaciara; Pereira, Catarina; Machado, Diana; Ramos, Jorge; Silva, Hugo; et al. "Clonal expansion across the seas as seen through CPLP-TB database: A joint e¿ort in cataloguing Mycobacterium tuberculosis genetic diversity in Portuguese-speaking countries". (2019): http://hdl.handle.net/10400.26/30477.
    10.1016/j.meegid.2018.03.011
  18. Brynildsrud, Ola B.; Pepperell, Caitlin S.; Suffys, Philip; Grandjean, Louis; Monteserin, Johana; Debech, Nadia; Bohlin, Jon; et al. "Global expansion of Mycobacterium tuberculosis lineage 4 shaped by colonial migration and local adaptation". Science Advances 4 10 (2018): eaat5869. http://dx.doi.org/10.1126/sciadv.aat5869.
    10.1126/sciadv.aat5869
  19. Machado D; Antunes J; Simões A; Perdigão J; Couto I; McCusker M; Martins M; et al. "Contribution of efflux to colistin heteroresistance in a multidrug resistant Acinetobacter baumannii clinical isolate.". Journal of medical microbiology (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29717972.
    10.1099/jmm.0.000741
  20. Portugal, Isabel. "Efflux Activity Differentially Modulates the Levels of Isoniazid and Rifampicin Resistance among Multidrug Resistant and Monoresistant Mycobacterium tuberculosis Strains". Antibiotics (2018): http://www.mdpi.com/2079-6382/7/1/18.
    10.3390/antibiotics7010018
  21. Nayak S; Portugal I; Zilberg D. "Analyzing complement activity in the serum and body homogenates of different fish species, using rabbit and sheep red blood cells.". Veterinary immunology and immunopathology (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29678228.
    10.1016/j.vetimm.2018.03.008
  22. Phelan J; de Sessions PF; Tientcheu L; Perdigao J; Machado D; Hasan R; Hasan Z; et al. "Methylation in Mycobacterium tuberculosis is lineage specific with associated mutations present globally.". Scientific reports (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29317751.
    10.1038/s41598-017-18188-y
  23. Coll F; Phelan J; Hill-Cawthorne GA; Nair MB; Mallard K; Ali S; Abdallah AM; et al. "Genome-wide analysis of multi- and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis.". Nature genetics (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29358649.
    10.1038/s41588-017-0029-0
  24. Coll, Francesc; Phelan, Jody; Hill-Cawthorne, Grant A.; Nair, Mridul B.; Mallard, Kim; Ali, Shahjahan; Abdallah, Abdallah M.; et al. "Author Correction: Genome-wide analysis of multi- and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis". (2018): http://hdl.handle.net/10400.7/879.
    10.1038/s41588-018-0074-3
  25. Perdigão, João; Silva, Carla; Diniz, Jaciara; Pereira, Catarina; Machado, Diana; Ramos, Jorge; Silva, Hugo; et al. "Clonal expansion across the seas as seen through CPLP-TB database: a joint effort in cataloguing Mycobacterium tuberculosis genetic diversity in Portuguese-speaking countries". (2018): http://hdl.handle.net/10400.18/5410.
    10.1016/j.meegid.2018.03.011
  26. Macedo, Rita; Nunes, Alexandra; Portugal, Isabel; Duarte, Sílvia; Vieira, Luís; Gomes, João Paulo. "Dissecting whole-genome sequencing-based online tools for predicting resistance in Mycobacterium tuberculosis: can we use them for clinical decision guidance?". (2018): http://hdl.handle.net/10400.18/6253.
    10.1016/j.tube.2018.03.009
  27. Rezayan AH; Hariri S; Azerang P; Ghavami G; Portugal I; Sardari S. "Synthesis of Novel Fluorene Bisamide Derivatives via Ugi Reaction and Evaluation their Biological Activity against Mycobacterium species.". Iranian journal of pharmaceutical research : IJPR (2017): http://europepmc.org/abstract/med/29118816.
  28. Maltez, Fernando; Martins, Teresa; Póvoas, Diana; Cabo, João; Peres, Helena; Antunes, Francisco; Perdigão, João; Portugal, Isabel. "Tuberculose Multirresistente por Estirpes da Família Beijing, em Doentes de Lisboa, Portugal: Estudo Preliminar". (2017): https://www.actamedicaportuguesa.com/revista/index.php/amp/article/view/7882.
    10.20344/amp.7882
  29. Maltez, Fernando; Martins, Teresa; Póvoas, Diana; Cabo, João; Peres, Helena; Antunes, Francisco; Perdigão, João; Portugal, Isabel. "Multidrug-resistant tuberculosis by strains of Beijing family, in patients from Lisbon, Portugal : preliminary report". (2017): http://hdl.handle.net/10451/33892.
    doi.org/10.20344/amp.7882
  30. Perdigão, João; Clemente, Sofia; Ramos, Jorge; Masakidi, Pedro; Machado, Diana; Silva, Carla; Couto, Isabel; et al. "Genetic diversity, transmission dynamics and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Angola". (2017): http://hdl.handle.net/10362/24634.
    https://doi.org/10.1038/srep42814
  31. Perdigão, João; Clemente, Sofia; Ramos, Jorge; Masakidi, Pedro; Machado, Diana; Silva, Carla; Couto, Isabel; et al. "Genetic diversity, transmission dynamics and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Angola". (2017): http://hdl.handle.net/10400.26/18162.
    10.1038/srep42814
  32. Perdigão, João; Clemente, Sofia; Ramos, Jorge; Masakidi, Pedro; Machado, Diana; Silva, Carla; Couto, Isabel; et al. "Genetic diversity, transmission dynamics and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Angola". (2017): http://hdl.handle.net/10400.26/30468.
    10.1038/srep42814
  33. Nakatani, Yoshio; Opel-Reading, Helen K; Merker, Matthias; Machado, Diana; Andres, Sönke; Kumar, S Siva; Moradigaravand, Danesh; et al. "Role of alanine racemase mutations in Mycobacterium tuberculosis D-cycloserine resistance". (2017): http://hdl.handle.net/10362/32683.
    https://doi.org/10.1128/AAC.01575-17
  34. Machado, Diana; Coelho, Tatiane S; Perdigão, João; Pereira, Catarina; Couto, Isabel; Portugal, Isabel; Maschmann, Raquel De Abreu; et al. "Interplay between Mutations and Efflux in Drug Resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis". (2017): http://hdl.handle.net/10362/36684.
    https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00711
  35. Nakatani, Y.; Opel-Reading, H.K.; Merker, M.; Machado, D.; Andres, S.; Kumar, S.S.; Moradigaravand, D.; et al. "Role of alanine racemase mutations in Mycobacterium tuberculosis D-cycloserine resistance". Antimicrobial Agents and Chemotherapy 61 12 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85035036736&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AAC.01575-17
  36. Machado, D.; Coelho, T.S.; Perdigão, J.; Pereira, C.; Couto, I.; Portugal, I.; Maschmann, R.D.A.; et al. "Interplay between mutations and efflux in drug resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis". Frontiers in Microbiology 8 APR (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85018315571&partnerID=MN8TOARS.
    10.3389/fmicb.2017.00711
  37. Rezayan, A.H.; Hariri, S.; Azerang, P.; Ghavami, G.; Portugal, I.; Sardari, S.. "Synthesis of novel fluorene bisamide derivatives via ugi reaction and evaluation their biological activity against Mycobacterium species". Iranian Journal of Pharmaceutical Research 16 2 (2017): 724-752. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85021372486&partnerID=MN8TOARS.
  38. Sardari S; Portugal I; ALKafri A; Moradi D; Ghavami G. "Fragment-Based De Novo Design of Antimycobacterial Agents and In Vitro Potency Evaluation.". Combinatorial chemistry & high throughput screening (2016): http://europepmc.org/abstract/med/26892505.
    10.2174/1386207319666160219113649
  39. Phelan, Jody E.; Coll, Francesc; Bergval, Indra; Anthony, Richard M.; Warren, Rob; Sampson, Samantha L.; Gey van Pittius, Nicolaas C.; et al. "Recombination in pe/ppe genes contributes to genetic variation in Mycobacterium tuberculosis lineages". (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=84959198490&partnerID=8YFLogxK.
    https://doi.org/10.1186/s12864-016-2467-y
  40. Machado, Diana; Pires, David; Perdigão, João; Couto, Isabel; Portugal, Isabel; Martins, Marta; Amaral, Leonard; et al. "Ion channel blockers as antimicrobial agents, efflux inhibitors, and enhancers of macrophage killing activity against drug resistant mycobacterium tuberculosis". (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=84960338991&partnerID=8YFLogxK.
    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0149326
  41. Machado, D.; Pires, D.; Perdigão, J.; Couto, I.; Portugal, I.; Martins, M.; Amaral, L.; Anes, E.; Viveiros, M.. "Ion channel blockers as antimicrobial agents, efflux inhibitors, and enhancers of macrophage killing activity against drug resistant mycobacterium tuberculosis". PLoS ONE 11 2 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84960338991&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0149326
  42. Phelan, J.E.; Coll, F.; Bergval, I.; Anthony, R.M.; Warren, R.; Sampson, S.L.; Gey van Pittius, N.C.; et al. "Recombination in pe/ppe genes contributes to genetic variation in Mycobacterium tuberculosis lineages". BMC Genomics 17 1 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84959198490&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/s12864-016-2467-y
  43. Perdigão, J.; Clemente, S.; Ramos, J.; Masakidi, P.; Machado, D.; Silva, C.; Couto, I.; et al. "Genetic diversity, transmission dynamics, and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Luanda, Angola". International Journal of Mycobacteriology 5 (2016): S38-S39. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85007460173&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijmyco.2016.09.050
  44. Sardari, S.; Portugal, I.; ALKafri, A.; Moradi, D.; Ghavami, G.. "Fragment-based de novo design of antimycobacterial agents and in vitro potency evaluation". Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening 19 3 (2016): 238-245. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84964426571&partnerID=MN8TOARS.
  45. Perdigão, J.; Maltez, F.; Machado, D.; Silva, H.; Pereira, C.; Silva, C.; Couto, I.; Viveiros, M.; Portugal, I.. "Beyond extensively drug-resistant tuberculosis in Lisbon, Portugal: a case of linezolid resistance acquisition presenting as an iliopsoas abscess". International Journal of Antimicrobial Agents 48 5 (2016): 569-570. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84993949871&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijantimicag.2016.07.026
  46. Coll, Francesc; McNerney, Ruth; Preston, Mark D.; Guerra-Assunção, José Afonso; Warry, Andrew; Hill-Cawthorne, Grant; Mallard, Kim; et al. "Rapid determination of anti-tuberculosis drug resistance from whole-genome sequences". (2015): http://hdl.handle.net/10400.18/3554.
    10.1186/s13073-015-0164-0
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Thesis / Dissertation
  1. Taveira, Ricardo Filipe Gaspar. "Análise genotípica e fenotípica de isolados clínicos de Mycobacterium avium-intracellulare". Master, 2019. http://hdl.handle.net/10451/40597.
  2. Macedo, Ana Rita Frazão. "Tuberculosis: new era for diagnosis and surveillance using whole-genome sequencing-based approaches". PhD, 2019. http://hdl.handle.net/10362/76837.
  3. Silva, Carla Marisa Cerqueira da 1985-. "Molecular and biological determinants associated with Mycobacterium tuberculosis strains prevalent in Portugal". PhD, 2017. http://hdl.handle.net/10451/30162.
  4. Silva, Carla. "Molecular and biological determinants associated with Mycobacterium tuberculosis strains prevalent in Portugal". PhD, 2017. http://hdl.handle.net/10400.18/4942.
  5. Pereira, Catarina Isabel Ventura. "Análise Genotípica de Isolados Clínicos de Mycobacterium tuberculosis de imigrantes provenientes da Comunidade de Países de Língua Portuguesa". Master, 2016. http://hdl.handle.net/10451/25757.
  6. Mendes, João António Duarte. "Resistência na tuberculose". Master, 2015. http://hdl.handle.net/10451/27037.
  7. Sotero, Joana Mara Marques. "Análise genotípica de estirpes de Mycobacterium tuberculosis oriundas da Guiné-Bissau". Master, 2015. http://hdl.handle.net/10400.26/9523.
  8. Perdigão, João Ruben Lucas, 1983-. "Molecular and genomic epidemiology of multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Lisbon, Portugal". PhD, 2013. http://hdl.handle.net/10451/8903.
  9. Silva, Carla Marisa Cerqueira da. "Caracterização de estirpes Mycobacterium Tuberculosis da família Lisboa: análise de regiões de diferença e single nucleotide polymorphisms". Master, 2009. http://hdl.handle.net/10362/10559.
  10. Perdigão, João Ruben Lucas. "Tuberculose multirresistente em Lisboa". Master, 2008. http://catalogo.ul.pt/F/?func=item-global&doc_library=ULB01&type=03&doc_number=000566079.
  11. Macedo, Ana Rita Frazão, 1981-. "Tuberculose na Grande Lisboa : análise molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis". Master, 2007. http://hdl.handle.net/10451/1053.

Other

Other output
  1. Tuberculosis across the seas: CPLP-TB - a joint effort in cataloguing mycobacterium tuberculosis genetic diversity in the lusophone space. The Community of Portuguese Language Speaking Countries (CPLP) comprises nine countries across four continents, accounting for 7.2% of the world’s land area, and where tuberculosis (TB) is still a cause of public health concern. A marked variation in TB incidence (23 to 551 cases per 100 000 habitants) can be observed across the different member-states and, despite of this, a considerable gap in t. 2017. Perdigão, João; Silva, Carla; Diniz, Jaciara; Pereira, Catarina; Machado, Diana; Ramos, Jorge; da Silva, Fernanda; et al. http://hdl.handle.net/10400.18/4737.
Activities

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2020 - Current Exploring Global Evolutionary Dynamics of Mycobacterium tuberculosis Towards the Identification of Novel Drug Leads: A Chemogenomic Approach
Co-supervisor
 Doutoramento (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2020 - 2021 Tuberculose e HIV
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2020 - 2021 Evolução da Resistência em Tuberculose
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2020 - 2021 Infecções urinárias nosocomiais e na comunidade
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2014/01/01 - 2020/12/31 Caracterização e estudo da diversidade genómica e transcrptómica de estirpes clínicas de Mycobacterium tuberculosis provenientes de Portugal e Países Africanos de Língua Portuguesa.
Supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2019 - 2020 Whole genome sequencing analysis of a tuberculosis outbreak
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, ERASMUS, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2019 - 2019 Relatório de Estágio. Resistência na Tuberculose
Supervisor
 Análises Clínicas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2018 - 2019 Genotypic and Phenotypic Analysis of Mycobacterium avium-intracellulare Clinical Isolates
Supervisor
 Mestrado em Microbiologia Aplicada da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Universidade de Lisboa, Portugal
2018 - 2019 Diagnóstico laboratorial da Tuberculose resistente
Supervisor
 Mestrado em Análises Clínicas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2018 - 2019 The impact of gene deletion on the capsule of classical and hypervirulent strains of Klebsiella pneumoniae using CellProfiler
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, ERASMUS, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2015 - 2019 Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis strains in a selected metropolitan setting in Portugal
Co-supervisor of Rita Macedo
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2017 - 2018 Resistência na Tuberculose
Supervisor
 Mestrado em Análises Clínicas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2017 - 2017 Transmissão de Tuberculose Multirresistente em Populações Fronteiriças em Mato Grosso do Sul, Brasil
Co-supervisor
 Programa de Doutoramento em Ciências da Saúde (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Faculdade de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Grande Dourados , Brazil
2016 - 2017 Desenvolvimento de software para análise e caracterização molecular de organismos do complexo Mycobacterium tuberculosis.
Co-supervisor
 Doutoramento Sanduíche de Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Universidade Federal do Rio Grande, Brazil
2011 - 2017 Estudo dos determinantes genéticos e biológicos associados às estirpes de Mycobacterium tuberculosis predominantes em Portugal
Supervisor
 Doutoramento em Farmácia, Microbiologia (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2016 - 2016 Tuberculosis: new era for diagnosis and surveillance using whole-genome sequencing-based approaches
Supervisor
 Biologia (PhD)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2015 - 2016 Análise Genotípica de isolados clínicos de Mycobacterium tuberculosis de imigrantes provenientes da Comunidade de Países de Língua Portuguesa
Supervisor
 Mestrado em Microbiologia Aplicada (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2015 - 2015 Análise genotípica de estirpes de Mycobacterium Tuberculosis oriundas da Guiné-Bissau
Supervisor
 Biologia Molecular em Saúde (Master)
Escola Superior de Saúde Egas Moniz, Portugal
2015 - 2015 Epidemiologia molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis multirresistentes e análise genómica e evolutiva do desenvolvimento de mutações associadas à resistência a fármacos
Co-supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2014 - 2015 Resistência na Tuberculose
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2013 - 2013 Molecular and genomic epidemiology of multydrug-resistant mycobacterium tuberculosis
Supervisor
 Farmácia (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2012 - 2013 A terapêutica da tuberculose: problemas e soluções
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2009 - 2013 Caracterização molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis da família Lisboa
Supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2012 - 2012 Molecular and biological determinants associated with Mycobacterium tuberculosis strain prevalent in Portugal
Supervisor
 Farmácia (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2011 - 2012 Assessment of Infrared and Intrisic Fluoresecence Spectroscopy for morphological characterization of microbiological contamination in sterile drug products
Co-supervisor
 Master Degree in Pharmaceutical Engineer (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2011 - 2012 Plasmids Exchange in Gram positive bacteria living on human skin
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2011 - 2012 A tuberculose multirresistente / extensivamente resistente e o VIH
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2011 - 2012 Evolução da tuberculose em Portugal na última década
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2009 - 2010 Tuberculose e HIV
Supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2009 - 2010 A tuberculose extensivamente resistente
Supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2009 - 2010 A Tuberculose e a problemática da resistência
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2009 - 2010 Associação TB/HIV
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2008 - 2010 Mapeamento das sequências IS6110 no genoma de estirpes da Família Lisboa de Mycobacterium tuberculosis
Supervisor of Cláudia Margarida Simões Pinto
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2010 studo dos determinantes genéticos e biológicos associados às estirpes de Mycobacterium tuberculosis predominantes em Portugal
Supervisor of Carla Silva
2008 - 2009 Tuberculose e HIV
Supervisor of Ana Rute Sabino
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2007 - 2009 Staphylococcus aureus resistente à Meticilina
Supervisor
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2007 - 2009 Caracterização de estirpes Mycobacterium tuberculosis da família Lisboa - análise de Regiões de Diferença e Single Nucleotide Polymorphisms
Supervisor
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2007 - 2008 Tipificação de estirpes de Mycobacterium tuberculosis utilizando o PCR
Supervisor of Ana Catarina Milho
 Graduation in Microbiology (Degree)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2008 Tuberculose na Grande Lisboa, Análise molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis
Supervisor of Rita Macedo
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2008 Tuberculose Multirresistente em Lisboa
Supervisor of João Perdigão
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2005 - 2006 Estudo da resistência de estirpes de Mycobacterium tuberculosis por análise mutacional dos genes asociados à resistência
Supervisor of João Ruben Lucas Perdigão
 Pos-graduation in Biology (Specialization course)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2004 - 2006 Caracterização molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis da família Lisboa”
Supervisor of João Perdigão
2004 - 2005 Aplicação de técnicas de biologia molecular na caracterização epidemiológica de estirpes de Mycobacterium tuberculosis
Supervisor of Ana Rita Macedo
 Graduation in Chemistry (Degree)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2001 - 2002 Tipificação molecular de stipres por RFLP-IS6110 e desenvolvimento de uma técnica de diagnóstico rápido de resistências para Mycobacterium tuberculosis”
Supervisor of Luís Barreiro
 Graduation in Biotechnology Engineer (Degree)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2001 - 2002 Identificação e tipificação genética de estirpes de M. tuberculosis
Supervisor
 Graduation in Biotechnology Engineer (Degree)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2001 - 2002 Identificação e tipificação genética de estirpes de M. tuberculosis
Supervisor of Filipe Fernandes
 Graduation in Biotechnology Engineer, (Degree)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2001 - 2002 Identificação e tipificação genética de estirpes de M. tuberculosis
Supervisor
 Graduation in Biotechnology Engineer (Degree)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2000 - 2001 Caracterização molecular de isolados clínicos de Mycobacterium tuberculosis – identificação e epidemiologia
Supervisor of Gonçalo Nuno Nunes da Silva Rebelo de Andrade
 Graduation in Microbial Biology and Genetics. (Degree)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
1997 - 1998 Tipificação de estirpes de Mycobacterium tuberculosis utilizando o PCR
Supervisor of Sara Maia
 Graduation in Microbial Biology and Genetics (Degree)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Event organisation

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2004 - Current Cultura Celular (2004 - 2004)
Other (Co-organisor)
2020/01/31 - 2020/01/31 2º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias Não Tuberculosas, (2020/01/31 - 2020/01/31)
Symposium (Co-organisor)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2020 - 2020 1º Curso de Microbiologia: Exame Microbiológico de Produtos Urogenitais, da Colheita ao Resultado (2020)
Other (Co-organisor)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Ordem dos Farmaceuticos, Portugal
2011 - 2011 Workshop: Phage and Mycobacterial Molecular Biology (2011 - 2011)
Workshop (Co-organisor)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal

Jury of academic degree

Topic
Role 		Candidate name (Type of degree)
Institution / Organization
2020 HIV, tuberculosis and co-infection among migrant populations living in Portugal,
(Thesis) Main arguer
 Ana Maria Pinho Tavares (PhD)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Universidade do Porto, Portugal
2019 Epidemiologia Molecular e Estudo dos Determinantes Genéticos de Resistência e virulência em Isolados Clínicos de Klebsiella spp
(Thesis) Main arguer
 Cátia Sofia Gabriel Caneiras (PhD)
Universidade de Lisboa, Portugal
2019 Genotypic and Phenotypic Analysis of Mycobacterium avium-intracellulare Clinical Isolates
(Thesis) Main arguer
 Ricardo Taveira (Master)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2019 Estudo da frequência de infecções por O Impacto da antibioterapia no tratamento de bactérias produtoras de Carbapenemases.
(Thesis) Main arguer
 Rita Fernandes Gralha (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2018 Evolution and adaptation of Streptococcus pneumonia population in the era of expanded conjugate vaccines
(Thesis) Main arguer
 Catarina Isabel Brandão Candeias (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2018 Estudo da frequência de infecções por Neisseria gonorrhoeae e prevalência da resistência aos antimicrobianos
(Thesis) Main arguer
 Alexandra Cristina Domingos Rodrigues (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2017 Interação entre matrizes utilizadas em sistemas de purificação de águas residuais e bactérias multirresistentes
(Thesis) Main arguer
 Sandra Cesteiro Lima da Silva (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2015 Molecular tools in the diagnostic and epidemiology of infections caused by members of Mycobacterium avium Complex
(Thesis) Main arguer
 Célia Leão (PhD)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2014 Mycobacterium tuberculosis with the endocytic/antigen presentation pathway on macrophages and dendritic cells
Thesis Member
 David Rodrigues Pires (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2014 Human factors required for Mycobacterium tuberculosis macrophage infection
Thesis Member
 Nuno Baltasar Carmo (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2014 Estudo do papel da imunidade inata nas infecções por micobactérias
(Thesis) Main arguer
 Liliana Nunes Branco (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2014 Estudo do papel da imunidade inata nas infecções por micobactérias.
(Thesis) Main arguer
 Sara Ferreira de Sousa (Master)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2012 Deteção de micobactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis: abordagens moleculares para o diagnóstico da tuberculose bovina.
(Thesis) Main arguer
 Cláudia Teixeira Pereira (Master)
Instituto Superior de Ciências da Saúde Egas Moniz, Portugal
2011 Evaluation de marqueurs génétiques du complexe Mycobacterium tuberculosis combinée à lútilisation d’outils bioinformatiques: apport en épidémiologie et phylogénie de la tuberculose
(Thesis) Main arguer
 Julie Millet (PhD)
Faculté des Science Exactes et Naturelles, L’Université des Antilles et de la Guyane, Guadeloupe
2011 intitulada Aplicação de sistemas moleculares na detecção rápida de MDR-TB e XDR-TB.
(Thesis) Main arguer
 Samuel Francisco (Master)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
2010 The role of the efflux mechanisms in multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis
(Thesis) Main arguer
 Liliana Rodrigues (PhD)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2010 relatório de estágio do mestrado em Análises Clínicas
(Thesis) Main arguer
 Sandra Ferreira da Silva (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2010 Estudo molecular da resistência à rifampicina do complexo Mycobacterium tuberculosis numa população da Guiné-Bissau.
(Thesis) Main arguer
 Ana Filipa Sutre (Master)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2009 Dinâmica fisiológica e mutacional da multirresistência em Mycobacterium tuberculosis.
(Thesis) Main arguer
 Diana Machado (Master)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
2008 The links between membrane actin assembly by mycobacterial phagosomes and phagosome maturation, macrophage activation and pathogen killing
Thesis Member
 Luisa Jordão (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2008 Efluxo de Brometo de Etídio no complexo Mycobacterium avium: correlação com a resistência intrínseca aos antibióticos em estirpes de origem clínica.
(Thesis) Main arguer
 Ana Daniela Sampaio (Master)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2007 intitulada Genetic diversity in Mycobacterium tuberculosis, the Beijing/W family.
(Thesis) Main arguer
 Olga Mestre (Master)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2006 Diagnóstico precoce da tuberculose multirresistente em Lisboa.
(Thesis) Main arguer
 Liliana Rodrigues (Master)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2007 - 2007 Curso de pós-graduação: Diagnóstico Molecular da Tuberculose Curso de pós-graduação (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
2006 - 2006 Diagnóstico Laboratorial da Tuberculose Curso de pós-graduação (Licenciatura) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Centro de Estudos de Vetores e Doenças Infeciosas Doutor Francisco Cambournac, Portugal
2004 - 2004 Microscopia Fluorescente e Técnicas de Marcação Curso de pós-graduação (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
Distinctions

Award

2009 Melhor Comunicação Oral no Simpósio temático S2 – Cell and Tissue Engineering, Biomaterials and Nanobiotechnologies,
2009 Prémio SPP SPP/SEPAR/Vitória FAES Pharma
2003 Prémio Prof. Doutor Rui Carrington da Costa