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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Paulo Jorge Ferreira de Matos Costa

Nomes de citação

  • Costa, Paulo J.

Identificadores de autor

Ciência ID
1A1B-A2B9-8D44
ORCID iD
0000-0002-0492-6666
Google Scholar ID
fYNyPJwAAAAJ
Researcher Id
B-4623-2008

Endereços de correio eletrónico

  • pjcosta@ciencias.ulisboa.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Química
Formação
Grau Classificação
2007/02/23
Concluído
Química (Doutoramento)
Especialização em Especialidade: Química Inorgânica
Universidade de Lisboa, Portugal
"Estudos Teóricos da Reactividade de Compostos de Elementos de Transição" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Louvor e distinção
2002
Concluído
Química (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Theoretical Studies of the Electronic Structure of Organometallic Complexes " (TESE/DISSERTAÇÃO)
16 (0-20)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021/11 - Atual Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2020/05/01 - 2021/10 Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2015/05/02 - 2020/04/30 Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013/04/01 - 2015/03/30 Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Universidade de Aveiro Unidade de Investigação de Química Orgânica Produtos Naturais e Agroalimentares, Portugal
Universidade de Aveiro Unidade de Investigação de Química Orgânica Produtos Naturais e Agroalimentares, Portugal
2007/04/01 - 2013/03/31 Pós-doutorado (Investigação) Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
2003 - 2003 Estagiário de Investigação (Investigação) Université de Strasbourg, França
Université de Strasbourg, França
2001/09/01 - 2002/06/30 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2002 - 2002 Estagiário de Investigação (Investigação) Istituto di Chimica dei Composti OrganoMetallici, Itália
Istituto di Chimica dei Composti OrganoMetallici, Itália

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2022/09/01 - Atual Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2020/09 - 2021/09 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2003/01/01 - 2007/02/01 PhD student (Grant) Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2022 - Atual Structure-based database screening to support decision-making for endocrine disruptor identification
2021.09731.CPCA
Investigador
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2022 - Atual Development of novel nucleotide and sugar diphosphate mimetics as potential antibacterial agents targeting the peptidoglycan biosynthetic pathway
EXPL/MED-QUI/1017/2021
Investigador
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/06 - 2021/12 Uncovering blind spots in halogen bonding applications
PTDC/QUI-QFI/28455/2017
LISBOA-01- 0145-FEDER-028455
Investigador responsável
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018 - 2020/04 Deal with PAINS: strategies to spot membrane modulators
PTDC/BIA-BFS/28419/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018 - 2020/04 INSILNANOBIOSOL - In Silico nanobiosolutions: computational design of bioactive Metal complexes and polyoxometalates for medical applications
PTDC/QUI-QFI/29236/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2015/05 - 2020/04 Halogen bonds in (bio)chemical systems: a theoretical approach for ‘real world’ applications
IF/00069/2014/CP1216/CT0006
Investigador responsável
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2017 - 2019 Study of Metal-catalyzed C–H functionalization
FCT/CHINA-BILATERAL
Investigador
2014/01 - 2014/12 Phosphorylation-induced conformational switch of the amyloid precursor protein intracellular domain: a new approach using molecular dynamics simulations
EXPL/QEQ-COM/0821/2013
Investigador responsável
Universidade de Aveiro Unidade de Investigação de Química Orgânica Produtos Naturais e Agroalimentares, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010/06 - 2013/12 Development of azacalix(hetero)arene transporters for mediated anionic flux across membranes: a novel approach for studying ionic passive diffusion
PTDC/QUI-QUI/101022/2008
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008/01 - 2011/12 Molecular design of novel aza-bridged calixarene receptors for medicinal chemistry: encapsulation of lanthanide ions and chiral resolution of drugs.
PTDC/QUI/68582/2006
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2009 - 2010 Self-assembled Redox and Photochemically Active Metallomacrocycles as Molecular Devices.
Programa Luso-Britânico de Investigação Conjunta
Investigador
Concluído
2007/01 - 2009/12 Modelling the reactivity of transition metal complexes
POCI/QUI/58925/2004
Investigador
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006 - 2007 Photochemical and photophysical properties of organometallic compounds involved in molecular devices
Bilateral Program PESSOA
Investigador
Concluído
2005 - 2006 Reaction mechanisms catalyzed by organometallic complexes with industrial relevance
Acção nº A-3/05
Investigador
Concluído
2005 - 2006 Computational study of the hydrogen activation by transition metal complexes
Program GRICES/CNR
Investigador
2003 - 2004 Excited State Dynamics in Polymetallic Clusters
GRICES/CNRS
Investigador
Concluído
2002 - 2003 Acções Integradas Luso-Espanholas Acção E-16/01
Acção E-16/01
Investigador
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Costa, Paulo J.; Bernardo Henriques. "Targeting acetylcholinesterase with halogenated ligands: finding halogen bonding hotspots". Trabalho apresentado em Meeting of Young Researchers in Structural Computational Biology, 2019.
    10.3390/mol2net-05-06777
  2. Rafael Nunes; Nuno M. Xavier; Paulo J. Costa. "In silico design of halogenated carbohydrate mimetics as potential halogen-bonding ligands". Trabalho apresentado em Young Researchers in Structural Computational Biology (EJIBCE2018), 2018.
    10.3390/mol2net-04-06125
  3. Rafael Nunes; Paulo J. Costa; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro. "T4 Lysozyme/Halobenzene: A Test System for Modeling Biomolecular Halogen Bonds". Trabalho apresentado em Young Researchers in Structural Computational Biology (EJIBCE2017), 2017.
    10.3390/mol2net-03-05075
Artigo em revista
  1. Franco Machado, João; Cordeiro, Sandra; Duarte, Joana N.; Costa, Paulo J.; Mendes, Paulo J.; Garcia, Maria Helena; Baptista, Pedro V.; Fernandes, Alexandra R.; Morais, Tânia S.. "Exploiting Co(III)-Cyclopentadienyl Complexes To Develop Anticancer Agents". Inorganic Chemistry 63 13 (2024): 5783-5804. http://dx.doi.org/10.1021/acs.inorgchem.3c03696.
    Publicado • 10.1021/acs.inorgchem.3c03696
  2. Veiros, Luis F.; Costa, Paulo J.; Martins, Frederico F.; Pi, Chao; Cui, Xiuling; Calhorda, Maria José. "The Challenging Reaction of Cyclopropenones with Benzamide Catalyzed by Rh(III): A Computational Study". Organometallics 43 6 (2024): 653-664. http://dx.doi.org/10.1021/acs.organomet.3c00499.
    Publicado • 10.1021/acs.organomet.3c00499
  3. Fortuna, Andreia; Suzano, Pedro M. S.; Machuqueiro, Miguel; Costa, Paulo J.. "Influence of Iodine Merz–Singh–Kollman Radius on the Calculated Charges and Hydration Free Energies of Iodinated Molecules". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2024): 1-11. http://dx.doi.org/10.1142/s2737416523500722.
    No prelo • 10.1142/s2737416523500722
  4. Teixeira, Ricardo G.; Stefanelli, Alessia; Pilon, Adhan; Warmers, Rebecca; Fontrodona, Xavier; Romero, Isabel; Costa, Paulo J.; et al. "Paraptotic Cell Death as an Unprecedented Mode of Action Observed for New Bipyridine-Silver(I) Compounds Bearing Phosphane Coligands". Journal of Medicinal Chemistry (2024): http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c01036.
    No prelo • 10.1021/acs.jmedchem.3c01036
  5. Fortuna, Andreia; Costa, Paulo J.. "Assessment of Halogen Off-Center Point-Charge Models Using Explicit Solvent Simulations". Journal of Chemical Information and Modeling 63 23 (2023): 7464-7475. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.3c01561.
    Publicado • 10.1021/acs.jcim.3c01561
  6. Šivickyte, Ona; Costa, Paulo J.. "Intrinsic bond strength index as a halogen bond interaction energy predictor". Physical Chemistry Chemical Physics 25 26 (2023): 17535-17546. http://dx.doi.org/10.1039/d2cp04786a.
    Publicado • 10.1039/d2cp04786a
  7. Realista, Sara; Costa, Paulo J.; Maia, Luisa B.; Calhorda, Maria José; Martinho, Paulo N.. "Mechanistic insights into the electrochemical reduction of CO2 to CO on Ni(salphen) complexes". Inorganic Chemistry Frontiers 10 14 (2023): 4175-4189. http://dx.doi.org/10.1039/d3qi00424d.
    Publicado • 10.1039/d3qi00424d
  8. Costa, Paulo J.; Martins, Frederico F.; Pi, Chao; Cui, Xiuling; Calhorda, Maria José. "C–H functionalization of quinoline N-oxides catalyzed by Pd(ii) complexes: a computational study". Physical Chemistry Chemical Physics 25 34 (2023): 22755-22767. http://dx.doi.org/10.1039/d3cp02445h.
    Publicado • 10.1039/d3cp02445h
  9. Gomes, André M.M.; Costa, Paulo J.; Machuqueiro, Miguel. "Recent advances on molecular dynamics-based techniques to address drug membrane permeability with atomistic detail". BBA Advances 4 (2023): 100099. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbadva.2023.100099.
    Publicado • 10.1016/j.bbadva.2023.100099
  10. Fortuna, Andreia; Gonçalves-Pereira, Rita; Costa, Paulo J.; Jorda, Radek; Vojácková, Veronika; Gonzalez, Gabriel; Heise, Niels V.; et al. "Synthesis and Exploitation of the Biological Profile of Novel Guanidino Xylofuranose Derivatives". ChemMedChem 17 14 (2022): e202200180. http://dx.doi.org/10.1002/cmdc.202200180.
    Publicado • 10.1002/cmdc.202200180
  11. Máximo, Patrícia; Colaço, Miriam; Pauleta, Sofia R.; Costa, Paulo J.; Pischel, Uwe; Parola, A. Jorge; Basílio, Nuno. "Photomodulation of ultrastable host–guest complexes in water and their application in light-controlled steroid release". Organic Chemistry Frontiers 9 (2022): 4238-4249. http://dx.doi.org/10.1039/d2qo00423b.
    Publicado • 10.1039/d2qo00423b
  12. Fortuna, Andreia; Costa, Paulo J.. "Optimized Halogen Atomic Radii for PBSA Calculations Using Off-Center Point Charges". Journal of Chemical Information and Modeling 61 7 (2021): 3361-3375. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00177.
    10.1021/acs.jcim.1c00177
  13. Santos, Filipa C.; Costa, Paulo J.; Garcia, M. Helena; Morais, Tânia S.. "Binding of RuCp complexes with human apo-transferrin: fluorescence spectroscopy and molecular docking methods". BioMetals 34 5 (2021): 1029-1042. http://dx.doi.org/10.1007/s10534-021-00325-w.
    10.1007/s10534-021-00325-w
  14. Nunes, Rafael Santana; Vila-Viçosa, Diogo; Costa, Paulo J.. "Halogen Bonding: An Underestimated Player in Membrane–Ligand Interactions". Journal of the American Chemical Society 143 11 (2021): 4253-4267. http://dx.doi.org/10.1021/jacs.0c12470.
    10.1021/jacs.0c12470
  15. Brown, Ryan K.; Hooper, Thomas N.; Rekhroukh, Feriel; White, Andrew J. P.; Costa, Paulo J.; Crimmin, Mark R.. "Alumination of aryl methyl ethers: switching between sp2 and sp3 C–O bond functionalisation with Pd-catalysis". Chemical Communications 57 88 (2021): 11673-11676. http://dx.doi.org/10.1039/d1cc05408b.
    10.1039/d1cc05408b
  16. Andreia Fortuna; Paulo J. Costa; M. Fátima M. Piedade; M. Conceição Oliveira; Nuno M. Xavier. "Synthesis of Triazole-Containing Furanosyl Nucleoside Analogues and Their Phosphate, Phosphoramidate or Phoshonate Derivatives as Potential Sugar Diphosphate or Nucleotide Mimetics". ChemPlusChem 85 8 (2020): 1676-1691. https://doi.org/10.1002/cplu.202000424.
    10.1002/cplu.202000424
  17. Pilon, Adhan; Brás, Ana Rita; Côrte-Real, Leonor; Avecilla, Fernando; Costa, Paulo J.; Preto, Ana; Garcia, M. Helena; Valente, Andreia. "A New Family of Iron(II)-Cyclopentadienyl Compounds Shows Strong Activity against Colorectal and Triple Negative Breast Cancer Cells". Molecules 25 7 (2020): 1592. http://dx.doi.org/10.3390/molecules25071592.
    Acesso aberto • 10.3390/molecules25071592
  18. Thomas N. Hooper; Ryan K. Brown; Feriel Rekhroukh; Martí Garçon; Andrew J. P. White; Paulo J. Costa; Mark R. Crimmin; et al. "Catalyst control of selectivity in the C–O bond alumination of biomass derived furans". Chemical Science 11 30 (2020): 7850-7857. https://doi.org/10.1039/D0SC01918F.
    10.1039/D0SC01918F
  19. Nunes, Rafael; Vila-Viçosa, Diogo; Costa, Paulo J.. "Tackling Halogenated Species with PBSA: Effect of Emulating the s-Hole". Journal of Chemical Theory and Computation 15 7 (2019): 4241-4251. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00106.
    10.1021/acs.jctc.9b00106
  20. Costa, Paulo J.; Nunes, Rafael; Vila-Viçosa, Diogo. "Halogen bonding in halocarbon-protein complexes and computational tools for rational drug design". Expert Opinion on Drug Discovery 14 8 (2019): 805-820. http://dx.doi.org/10.1080/17460441.2019.1619692.
    10.1080/17460441.2019.1619692
  21. Ana I. Vicente; Xinwey Wu; Yannick Ortin; Liliana P. Ferreira; Maria de Deus Carvalho; Sara Realista; Andrew Barker; et al. "Directing self-assembly in solution towards improved cooperativity in Fe(iii) complexes with amphiphilic tridentate ligands". Dalton Transactions 48 13 (2019): 4239-4247. https://doi.org/10.1039/C9DT00032A.
    10.1039/C9DT00032A
  22. Nunes, Rafael; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Costa, Paulo J.. "Biomolecular Simulations of Halogen Bonds with a GROMOS Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation 14 10 (2018): 5383-5392. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00278.
    10.1021/acs.jctc.8b00278
  23. Hartl, František; Bakker, Maarten J.; Santos, Vanessa F.; Costa, Paulo J.; Calhorda, Maria José. "Accurate Description of Low-Lying Excited States in a Series of Photoreactive Clusters [Os3(CO)10(a-diimine)] by DFT Calculations". Inorganic Chemistry 57 18 (2018): 11704-11716. http://dx.doi.org/10.1021/acs.inorgchem.8b01847.
    10.1021/acs.inorgchem.8b01847
  24. Gonçalves-Pereira, Rita; Pereira, Margarida P.; Serra, Sofia G.; Loesche, Anne; Csuk, René; Silvestre, Samuel; Costa, Paulo J.; Oliveira, M. Conceição; Xavier, Nuno M.. "Furanosyl Nucleoside Analogues Embodying Triazole or Theobromine Units as Potential Lead Molecules for Alzheimer's Disease". European Journal of Organic Chemistry 2018 20-21 (2018): 2667-2681. http://dx.doi.org/10.1002/ejoc.201800245.
    10.1002/ejoc.201800245
  25. Cabrita, Ivânia R.; Florindo, Pedro R.; Costa, Paulo J.; Oliveira, M. Conceição; Fernandes, Ana C.. "Hydrophosphonylation of aldehydes catalyzed by cyclopentadienyl ruthenium(II) complexes". Molecular Catalysis 450 (2018): 77-86. http://dx.doi.org/10.1016/j.mcat.2018.03.001.
    10.1016/j.mcat.2018.03.001
  26. Costa, Paulo J.. "The halogen bond: Nature and applications". Physical Sciences Reviews 2 11 (2017): 20170136. http://dx.doi.org/10.1515/psr-2017-0136.
    10.1515/psr-2017-0136
  27. Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.. "Structure, bonding and reactivity of seven-coordinate allylic Mo(II) and W(II) complexes". Coordination Chemistry Reviews 344 (2017): 83-100. http://dx.doi.org/10.1016/j.ccr.2016.12.010.
    10.1016/j.ccr.2016.12.010
  28. Pedro R. Florindo; Paulo J. Costa; M. F. M. Piedade; M. Paula Robalo. "pH-Switchability and Second-Order Nonlinear Optical Properties of Monocyclopentadienylruthenium(II)/iron(II) Tetrazoles/Tetrazolates: Synthesis, Characterization, and Time-Dependent Density Functional Theory Calculations". Inorganic Chemistry 56 12 (2017): 6849-6863. https://doi.org/10.1021%2Facs.inorgchem.7b00138.
    10.1021/acs.inorgchem.7b00138
  29. Lopes, João; Alves, David; Morais, Tânia S.; Costa, Paulo J.; Piedade, M. Fátima M.; Marques, Fernanda; Villa de Brito, Maria J.; Helena Garcia, M.. "New copper(I) and heteronuclear copper(I)–ruthenium(II) complexes: Synthesis, structural characterization and cytotoxicity". Journal of Inorganic Biochemistry 169 (2017): 68-78. http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2017.01.007.
    10.1016/j.jinorgbio.2017.01.007
  30. Nunes, Rafael; Costa, Paulo J.. "Ion-Pair Halogen Bonds in 2-Halo-Functionalized Imidazolium Chloride Receptors: Substituent and Solvent Effects". Chemistry - An Asian Journal 12 5 (2017): 586-594. http://dx.doi.org/10.1002/asia.201601690.
    Publicado • 10.1002/asia.201601690
  31. Batista, Daniela; Schwarz, Stefan; Loesche, Anne; Csuk, René; Costa, Paulo J.; Oliveira, M. Conceição; Xavier, Nuno M.. "Synthesis of glucopyranos-6'-yl purine and pyrimidine isonucleosides as potential cholinesterase inhibitors. Access to pyrimidine-linked pseudodisaccharides through Mitsunobu reaction". Pure and Applied Chemistry 88 4 (2016): 363-379. http://dx.doi.org/10.1515/pac-2016-0102.
    Publicado • 10.1515/pac-2016-0102
  32. Pedro R. Florindo; Diane M. Pereira; Pedro M. Borralho; Paulo J. Costa; M. F. M. Piedade; Cecília M. P. Rodrigues; Ana C. Fernandes. "New [(¿5-C5H5)Ru(N–N)(PPh3)][PF6] compounds: colon anticancer activity and GLUT-mediated cellular uptake of carbohydrate-appended complexes". Dalton Trans. 45 30 (2016): 11926-11930. https://doi.org/10.1039%2Fc6dt01571a.
    10.1039/c6dt01571a
  33. Ahmed Zubi; Ashley Wragg; Simon Turega; Harry Adams; Paulo J. Costa; Vítor Félix; Jim A. Thomas. "Correction: Modulating the electron-transfer properties of a mixed-valence system through host–guest chemistry". Chemical Science 6 7 (2015): 4373-4374. https://doi.org/10.1039%2Fc5sc90026c.
    10.1039/c5sc90026c
  34. Ahmed Zubi; Ashley Wragg; Simon Turega; Harry Adams; Paulo J. Costa; Vítor Félix; Jim A. Thomas. "Modulating the electron-transfer properties of a mixed-valence system through host–guest chemistry". Chemical Science 6 2 (2015): 1334-1340. https://doi.org/10.1039%2Fc4sc02799j.
    10.1039/c4sc02799j
  35. Baratta, Walter; Baldino, Salvatore; Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.; Esposito, Gennaro; Herdtweck, Eberhardt; Magnolia, Santo; et al. "CNN Pincer Ruthenium Catalysts for Hydrogenation and Transfer Hydrogenation of Ketones: Experimental and Computational Studies". Chemistry – A European Journal 20 42 (2014): 13603-13617. http://dx.doi.org/10.1002/chem.201402229.
    10.1002/chem.201402229
  36. Costa, Paulo J.; Marques, Igor; Félix, Vítor. "Interaction of a calix[4]arene derivative with a DOPC bilayer: Biomolecular simulations towards chloride transport". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes 1838 3 (2014): 890-901. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2013.11.021.
    10.1016/j.bbamem.2013.11.021
  37. Marques, Igor; Colaço, Ana R.; Costa, Paulo J.; Busschaert, Nathalie; Gale, Philip A.; Félix, Vítor. "Tris–thiourea tripodal-based molecules as chloride transmembrane transporters: insights from molecular dynamics simulations". Soft Matter 10 20 (2014): 3608. http://dx.doi.org/10.1039/c3sm52140k.
    10.1039/c3sm52140k
  38. White, Nicholas G.; Costa, Paulo J.; Carvalho, Sílvia; Félix, Vítor; Beer, Paul D.. "Increased Halide Recognition Strength by Enhanced Intercomponent Preorganisation in Triazolium Containing [2]Rotaxanes". Chemistry - A European Journal 19 52 (2013): 17751-17765. http://dx.doi.org/10.1002/chem.201303122.
    10.1002/chem.201303122
  39. Wilson, Tom; Costa, Paulo J.; Félix, Vítor; Williamson, Mike P.; Thomas, Jim A.. "Structural Studies on Dinuclear Ruthenium(II) Complexes That Bind Diastereoselectively to an Antiparallel Folded Human Telomere Sequence". Journal of Medicinal Chemistry 56 21 (2013): 8674-8683. http://dx.doi.org/10.1021/jm401119b.
    10.1021/jm401119b
  40. Cunha, Bárbara M.P.; Trindade, Inês N.; Couto, Narciso A.S.; Costa, P.J.; Rodrigues, P.; Barros, M.T.; Costa, M.L.; et al. "Gas-phase interaction between nickel (II) and nitrobenzyl azides: An ESI-MSn study". International Journal of Mass Spectrometry 351 (2013): 27-36. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijms.2013.05.012.
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  58. Lourenço, Leandro M. O.; Tomé, João P. C.; Domingues, Maria R. M.; Domingues, Pedro; Costa, Paulo J.; Félix, Vítor; Neves, Maria G. P. M. S.; Cavaleiro, José A. S.. "Synthesis and differentiation of a- and ß-glycoporphyrin stereoisomers by electrospray tandem mass spectrometry". Rapid Communications in Mass Spectrometry 23 21 (2009): 3478-3483. http://dx.doi.org/10.1002/rcm.4262.
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  75. Pereira, Cláudia C. L.; Costa, Paulo J.; Calhorda, Maria José; Freire, Cristina; Rodrigues, Sandra S.; Herdtweck, Eberhardt; Romão, Carlos C.. "Ring Slippage vs Charge Transfer in the Reductive Chemistry of [IndMo(CO)2(a-diimine)]+Cations". Organometallics 25 22 (2006): 5223-5234. http://dx.doi.org/10.1021/om050986r.
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  76. Dazinger, Georg; Torres-Rodrigues, Marta; Kirchner, Karl; Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.. "Formation of pyridine from acetylenes and nitriles catalyzed by RuCpCl, CoCp, and RhCp derivatives – A computational mechanistic study". Journal of Organometallic Chemistry 691 21 (2006): 4434-4445. http://dx.doi.org/10.1016/j.jorganchem.2006.03.004.
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  78. Bardají, Manuel; Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.; Jones, Peter G.; Laguna, Antonio; Reyes Pérez, M.; Villacampa, M. D.. "Synthesis, Structural Characterization, and Theoretical Studies of Gold(I) and Gold(I)-Gold(III) Thiolate Complexes:  Quenching of Gold(I) Thiolate Luminescence". Inorganic Chemistry 45 3 (2006): 1059-1068. http://dx.doi.org/10.1021/ic051168u.
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  79. José Calhorda, Maria; Costa, Paulo J.; Crespo, Olga; Gimeno, M. Concepción; Jones, Peter G.; Laguna, Antonio; Naranjo, Mar; et al. "Group 11 complexes with the bis(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)methane ligand. How secondary bonds can influence the coordination environment of Ag(i): the role of coordinated water in [Ag2(µ-L)2(OH2)2](OTf)2". Dalton Trans. 34 (2006): 4104-4113. http://dx.doi.org/10.1039/b605034d.
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  80. Veiros, Luís F.; Prazeres, Ângela; Costa, Paulo J.; Romão, Carlos C.; Kühn, Fritz E.; José Calhorda, Maria. "Olefin epoxidation with tert-butyl hydroperoxide catalyzed by MoO2X2L complexes: a DFT mechanistic study". Dalton Transactions 11 (2006): 1383. http://dx.doi.org/10.1039/b515484g.
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  81. Chong, Daesung; Nafady, Ayman; Costa, Paulo Jorge; Calhorda, Maria José; Geiger, William E.. "Anodic Preparation of [Re2Cp2(CO)6]2+:  A Dimeric Dication that Provides the Powerful One-Electron Oxidant [ReCp(CO)3]+". Journal of the American Chemical Society 127 45 (2005): 15676-15677. http://dx.doi.org/10.1021/ja055045k.
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  82. Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.; Hartl, František; Vergeer, Frank W.. "A new interpretation of the bonding properties and UV–vis spectra of [M3(CO)12] clusters (M=Ru, Os): a TD-DFT study". Comptes Rendus Chimie 8 9-10 (2005): 1477-1486. http://dx.doi.org/10.1016/j.crci.2004.07.006.
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  83. Cui, Xiuling; Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.; Delgado, Rita; Drew, Michael G. B.; Félix, Vítor. "Structure, Characterization, and Metal-Complexation Properties of a New Tetraazamacrocycle Containing Two Phenolic Pendant Arms". Helvetica Chimica Acta 87 10 (2004): 2613-2628. http://dx.doi.org/10.1002/hlca.200490235.
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  84. Aguado, Javier E.; Calhorda, Maria José; Costa, Paulo J.; Crespo, Olga; Félix, Vitor; Gimeno, M. Concepción; Jones, Peter G.; Laguna, Antonio. "Synthesis and Theoretical Studies of a Double Helical Complex with the Ligand 4',4'''-Bis(ferrocenyl)-2,2':6',2'':6'',2''':6''',2''''-quinquepyridine". European Journal of Inorganic Chemistry 2004 15 (2004): 3038-3047. http://dx.doi.org/10.1002/ejic.200400057.
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  85. Vergeer, Frank W.; Matousek, Pavel; Towrie, Michael; Costa, Paulo J.; Calhorda, Maria J.; Hartl, František. "Low-Lying Excited States and Primary Photoproducts of[Os3(CO)10(s-cis-L)] (L=Cyclohexa-1,3-diene, Buta-1,3-diene)] Clusters Studied by Picosecond Time-Resolved UV/Vis and IR Spectroscopy and by Density Functional Theory". Chemistry - A European Journal 10 14 (2004): 3451-3460. http://dx.doi.org/10.1002/chem.200400086.
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  86. Pessoa, João Costa; Calhorda, Maria J.; Cavaco, Isabel; Costa, Paulo J.; Correia, Isabel; Costa, Dina; Vilas-Boas, Luís F.; et al. "N-Salicylideneamino acidato complexes of oxovanadium(iv). The cysteine and penicillamine complexes". Dalton Transactions 18 (2004): 2855. http://dx.doi.org/10.1039/b404305g.
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  87. Calhorda, Maria J; Costa, Paulo J; Drew, Michael G.B; Félix, Vitor; Gamelas, Carla A; Gonçalves, Isabel S; Pereira, Cláudia C.L; et al. "Cyanide–isocyanide isomers in polynuclear complexes. Reactivity and theoretical studies". Inorganica Chimica Acta 356 (2003): 297-307. http://dx.doi.org/10.1016/s0020-1693(03)00274-3.
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  88. José Calhorda, Maria; Costa, Paulo J.. "The H...H interaction in the solid state structure of HMn(CO)5". CrystEngComm 4 64 (2002): 368-372. http://dx.doi.org/10.1039/b202430f.
    10.1039/b202430f
Capítulo de livro
  1. Costa, Paulo J.. "Transmembrane Anion Transport Mediated by Halogen Bonds: Using Off-Center Charges". In Computational Design of Membrane Proteins, 273-284. Springer US, 2021.
    10.1007/978-1-0716-1468-6_16
  2. Costa, Paulo J.. "3. The Halogen bond: Nature and Applications". In Chemical Synergies, 81-106. Alemanha: De Gruyter, 2018.
    10.1515/9783110482065-003
  3. Costa, Paulo J.; Nunes, Rafael. "Advances in the Computational Modeling of Halogen Bonds in Biochemical Systems". In Frontiers in Computational Chemistry: Volume 4, 144-183. BENTHAM SCIENCE PUBLISHERS, 2018.
    Publicado • 10.2174/9781681084411118040006
  4. Calhorda, M.J.; Costa, P.J.. "Weak Hydrogen Bonding". In Comprehensive Inorganic Chemistry II, 341-357. Oxford, Reino Unido: Elsevier, 2013.
    Publicado • 10.1016/B978-0-08-097774-4.00912-8
Edição de número de revista
  1. Costa, Paulo J.. "Special Issue "Halogen Bonding: Insights from Computational Tools"". Molecules (2020): https://www.mdpi.com/journal/molecules/special_issues/halogen_bonding.
    Publicado • Editor
Resumo em conferência
  1. Paulo J. Costa; D. Vila-Vicosa; Rafael Nunes. "Tackling halogenated species in biomolecular systems with force field methods: MD sampling and PBSA solvation energies". Trabalho apresentado em JOINT 12th EBSA congress and 10th ICBP – IUPAP congress, Madrid, 2019.
    Publicado • https://doi.org/10.1007/s00249-019-01373-4
  2. Rafael Nunes; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Paulo J. Costa. "Improved modeling of halogen-protein interactions in biomolecular simulations using a GROMOS force field". Trabalho apresentado em JOINT 12th EBSA congress 10th ICBP – IUPAP congress, Madrid, 2019.
    Publicado
  3. Costa, Paulo J.. "Folding of cyclic peptides stabilized by halogen bonds". Trabalho apresentado em JOINT 12th EBSA congress 10th ICBP – IUPAP congress, Madrid, 2019.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. Costa, Paulo J.. "Estudos Teóricos da Reactividade de Compostos de Elementos de Transição". Doutoramento, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2007.
  2. Costa, Paulo J.. "Theoretical Studies of the Electronic Structure of Organometallic Complexes". Licenciatura, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2002.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/01/19 Tackling halogen bonds with “simple” force field methods: are we there yet? Universität Duisburg-Essen Theorie-Kolloquium WS 2023/24
Universität Duisburg-Essen (Duisburg, Alemanha)
2023/01/26 Studying molecular recognition phenomena using computational tools: the case of halogenated drugs First Meeting of the European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections (EURESTOP)
(Lisbon, Portugal)
2020/11/02 Can membrane-drug interactions be mediated by halogen bonds? 4th International Symposium on Halogen Bonding (ISXB-4)
Stellenbosch University (Stellenbosch, África do Sul)
2019/11/15 Phosphonate - Phosphite Tautomerization: a Key Step in the Hydrophosphonylation of Aldehydes Catalyzed by Ruthenium(II) Complexes 4th International Symposium on Frontiers of Organic Synthesis
Wang Yanxing International Conference Center, Huaqiao University (Xiamen, China)
2019/09/02 Molecular Dynamics simulations of halogen bond-mediated biomolecular recognition events 1st International Conference on Noncovalent Interactions (ICNI-2019)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências (Lisbon, Portugal)
2019/09/02 Tackling halogen bonds with computational methods: from anion binding affinity to solvation free energies 1st International Conference on Noncovalent Interactions (ICNI-2019)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências (Lisbon, Portugal)
2018/07 In silico design of halogenated carbohydrate mimetics as potential halogen-bonding ligands ICS Iberian Day – satellite event of the 29th International Carbohydrate Symposium (ICS 2018)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências (Lisbon, Portugal)
2018/06 Halogen Bonds in (Bio)molecular Systems: A Deeper Look into Force Field Methods 3rd International Symposium on Halogen Bonding (ISXB-3)
Clemson University (Greenville, South Carolina, Estados Unidos)
2017/12 T4 Lysozyme/Halobenzene: A Test System for Modeling Biomolecular Halogen Bonds 5º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE 2017)
Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2017/11 Challenges in the computational modelling of halogen bonds 2nd International Symposium on Frontiers of Organic Synthesis
Wang Yanxing International Conference Center, Huaqiao University (Xiamen, China)
2017/11 Challenges in the computational modelling of halogen bonds Zhengzou University Seminars
Zhengzou University (Zhengzou, China)
2017/07 Modeling Halogen Bonds: Relevance in (Bio)Chemical Systems XXV edição do Encontro Nacional da SPQ (XXV-EN)
Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia (Lisbon, Portugal)
2016/03 Homogeneous Electroreduction of CO2 with Ni(II) Schiff-Base Complexes: Insights From DFT Calculations 4th CARISMA Meeting – Catalytic Routines for Small Molecule Activation
(Ljubljana, Eslovénia)
2014/12 From ‘simple’ anion recognition phenomena to ‘complex’ biological systems EJIBCE 2014 - Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Faculdade de Ciências Universidade de Lisboa (Lisbon, Portugal)
2012/04 Exploring halogen bonds: from "simple" supramolecular chemistry applications to biological systems X Jornadas CICECO / IX CICECO Meeting
Aveiro University (Aveiro, Portugal)
2007/12 DFT mechanistic studies on the catalytic activity of MoO2Cl2: the story of an oxidant performing reductions! 7th Inorganic Chemistry Conference
(Fátima, Portugal)
2005/09 DFT study of Olefin-Type Bonding on Ruthenium Complexes COST D24 Project Number: D24/0014/02 Working Group Meeting
(Budapest, Hungria)
2005/04 TD-DFT study of Au(I) and mixed Au(I)-Au(III) polynuclear complexes COST D14/0001/99 Working Group Workshop - Functional Transition Metal Complexes: Theory and Experiment
(Presqu'ile de Giens 'La Badine', França)
2005/01 Luminescense of Au(I) and mixed Au(I)-Au(III) complexes: a TD-DFT study Meeting of the COST Working Group D29/0012/24
(Lisbon, Portugal)
2004/07 Ni-Fe hydrogenase: a DFT study of the activation step Meeting of the COST Working Group D24/0014/02
(Munich, Alemanha)
2004/04 Theoretical study of photochemical reactivity of MeReO3 Meeting of the COST Working Group D14/0001/99
(Stuttgart, Alemanha)
2003/01 Can theoretical studies help to elucidate the [NiFe] Hydrogenases enzymatic mechanism? ITQB Lunch Time Seminar
Institute of Chemical and Biological Technology (ITQB) (Oeiras, Portugal)
2002/06 The H...H interaction in the crystal structure of HMn(CO)5 Meeting of the COST Working Group D14/0001/99
Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências (Lisbon, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2023 - Atual Tunning the balance between the affinity and selectivity in DNA-G4-targeting molecules using a multidisciplinary approach
Coorientador de Bárbara Bahls Bruni
PhD in Pharmacy - Pharmaceutical and Therapeutic Chemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2021/02 - Atual Towards a framework to unify in silico methods to support decision-making for chemical risk assessments: application in endocrine disruptors
Coorientador de Bruno Emanuel de Sá Calçada
PhD in Computational Biochemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020/03/01 - Atual Tackling solvation and permeability using computational methods: the role of noncovalent interactions
Orientador de Andreia Jesus Lopes Fortuna
PhD in Chemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - Atual Charge-assisted halogen bonds: new computational methodologies towards applications in drug-design
Orientador de Rafael de Santana Nunes
PhD in Chemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/09/01 - 2024/01/29 What drives the membrane permeability of drugs? A study on untackled effects
Orientador de André Miguel Miranda Gomes
Master in Medicinal and Biopharmaceutical Chemistry (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2021/09 - 2024/01 Improved drug discovery: towards an energy-based criterion to characterize ligand interactions with biomolecular targets
Orientador de Tiago Gonçalves Dias
Master Programme in Biochemistry and Biomedicine (Mestrado)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2020/09 - 2022/01/06 New perspectives for halogen bonding: insights from computational tools
Orientador de Ona Sivickyte
MSc in Chemistry (Mestrado)
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2019/09 - 2021/01 Targeting proteins with halogenated drugs: new strategies to probe halogen-bonding hotspots
Orientador de Bernardo Miguel Vagarinho Henriques
MSc in Chemistry (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/12 - 2020/02/29 blindspotsXBapps - Uncovering blind spots in halogen bonding applications
Orientador de Andreia Jesus Lopes Fortuna
BIM student under the project PTDC/QUI-QFI/28455/2017) (Outra)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/05 - 2020/01 A Catalytic Method to Form Carbon-Carbon Bonds by Coupling of Two Carbon-Fluorine Bonds
Orientador de Dr. Feriel Rekhroukh
Secondment of a Marie-Curie Post-doc Fellow from Imperial College London (Outra)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020 blindspotsXBapps - Uncovering blind spots in halogen bonding applications
Orientador de Diogo Vila-Viçosa
Post-Doc researcher under the project PTDC/QUI-QFI/28455/2017 (Outra)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020 Xbonds4biochem - Halogen bonds in (bio)chemical systems: a theoretical approach for ‘real world’ applications
Orientador de Ona ¿Sivickyte
Bachelor student under the project IF/00069/2014 (Outra)
2018 - 2018 Xbonds4biochem - Halogen bonds in (bio)chemical systems: a theoretical approach for ‘real world’ applications
Orientador de Diogo Vila-Viçosa
Post-Doc researcher under the project IF/00069/2014 (Outra)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2018 Síntese e design racional de guanidine açúcares como novos potenciais inibidores de cinases com interesse terapêutico
Coorientador de Andreia Jesus Lopes Fortuna
MSc in Chemisty (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2018 Modeling C-Br...pi interactions in halogenated sugar mimetics
Orientador de Ona ¿Sivickyte
BSc in Chemistry (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Previsão das propriedades espectroscópicas de clusters de Os
Orientador de Vanessa Farelo dos Santos
Exchange with Universidade Federal do Rio de Janeiro (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Metal to pi-ligand migration: Computational studies of C-C coupling reactions
Orientador de Alexandra Miskizak
Bilateral FCUL - Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) (UPMC) (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017 Xbonds4biochem - Halogen bonds in (bio)chemical systems: a theoretical approach for ‘real world’ applications
Orientador de Rafael de Santana Nunes
BIM student under the project IF/00069/2014 (Outra)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2016 Interacções proteína:ligando via ligações de halogéneo: uma nova abordagem com vista a aplicações em design de fármacos
Coorientador de Ricardo João de Melo Rosa
BSc (“Licenciatura”) final project (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2016 - 2016 Diretos ao alvo: Virtual Screening de potenciais fármacos usando uma biblioteca de compostos com interesse terapêutico
Orientador de Carla Filipa Duarte Antunes
BSc (“Licenciatura”) final project (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2014 Phosphorylation­induced conformational switch of the amyloid precursor protein intracellular domain: a new approach using molecular dynamics simulations
Orientador de João Ramiro Alavedra Mendes Robalo
BIM student under the project EXPL/QEQ-COM/0821/2013 (Outra)
Universidade de Aveiro, Portugal
2014 - 2014 Phosphorylation­induced conformational switch of the amyloid precursor protein intracellular domain: a new approach using molecular dynamics simulations
Orientador de Cátia Sofia Ribeiro Sousa
BIM student under the project EXPL/QEQ-COM/0821/2013 (Outra)
Universidade de Aveiro, Portugal
2014 - 2014 Phosphorylation­induced conformational switch of the amyloid precursor protein intracellular domain: a new approach using molecular dynamics simulations
Orientador de Pedro Miguel Rocha Cardoso Nunes da Costa
BIM student under the project EXPL/QEQ-COM/0821/2013 (Outra)
Universidade de Aveiro, Portugal
2010 - 2010 Desenvolvimento de protocolos de docking para complexos droga:DNA-quadruplexos
Coorientador de Soraia Mascarenhas
Universidade de Aveiro, Portugal
2010 - 2010 Desenvolvimento de protocolos de docking para complexos droga:DNA-quadruplexos
Coorientador de Vânia Filipa Martins Faustino
Universidade de Aveiro, Portugal
2009 - 2010 Estudo Computacional dos Mecanismos de Transporte de Aniões por Receptores Sintéticos Através de Membranas
Coorientador de Sara Ferreira Carvalho
Bolsas de Integração na Investigação - BII (Outra)
Universidade de Aveiro, Portugal
2009 - 2010 Estudo Computacional dos Mecanismos de Transporte de Aniões por Receptores Sintéticos Através de Membranas
Coorientador de Manuela Ermelinda Lopes Lago
Bolsas de Integração na Investigação - BII” (Outra)
Universidade de Aveiro, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2024/02/28 - Atual Química Divertida: Demo of funny experiments for children, focusing on the concept of atoms and molecules, aiming at seeding the interest in science and highlighting that everything we see is made by chemical compounds. (2024/02/28 - 2024/02/28)
Exposição
Escola EB1/JI de Casal dos Apréstimos, Portugal
2019/12/20 - 2020/12/20 Co-organizer of "Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural" (EJIBCE) 2019 (http://ejibce.github.io/) (2019/12/20 - 2019/12/20)
Simpósio (Coorganizador)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2006/02/21 - 2006/02/23 Local Organizing Committee of Stereocat 06 Annual Workshop – COST Chemistry Action D24, Sustainable Chemical Processes: Stereoselective Transition Metal-Catalyzed Reactions (2006/02/21 - 2006/02/23)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2023/09/29 - 2023/09/29 From structure to function - 3D visualization of the molecules of life
Exposição
Researcher’s Night – Noite Europeia dos Investigadores 2023
Museu Nacional de História Natural e da Ciência , Portugal
2023/05/03 - 2023/05/03 From structure to function - 3D visualization of the molecules of life
Exposição
FCUL Open Day
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/05/04 - 2022/05/04 From structure to function - 3D visualization of the molecules of life
Exposição
Dia Aberto FCUL
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/10/27 - 2021/10/27 Computational Chemistry
Festival
CIÊNCIAS Research Day, OPEN LABS Initiative
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016/04/27 - 2016/04/27 Simulação computacional em Química e Bioquímica
Exposição
FCUL Open Day
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2015/11/27 - 2015/11/27 Simulação Computacional em Química e Bioquímica
Exposição
Semana da C&T
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2015/09/25 - 2015/09/25 Simulação Computacional em Química e Bioquímica
Exposição
Researcher’s Night – Noite Europeia dos Investigadores
Museu Nacional de História Natural e da Ciência , Portugal
2013/04 - 2013/04 2nd Workshop on Lipidomics
Oficina (workshop)
2nd Workshop on Lipidomics
Universidade de Aveiro, Portugal
2012/05 - 2012/05 1st Workshop on Lipidomics
Oficina (workshop)
1st Workshop on Lipidomics
Universidade de Aveiro, Portugal
2010/09 - 2010/09 Short course "Lipid dynamics in bilayers and membranes: a primer” and "Why lipids are structured the way they are" lectured at the Faculty of Sciences, University of Lisbon by Prof. Thomas H. Haines of the Rockefeller University in New York, USA
Outro
Short course "Lipid dynamics in bilayers and membranes: a primer” and "Why lipids are structured the way they are"
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2006/06 - 2006/06 Post-graduation Course “Transition Elements of Biological Importance – Survey II” lectured at the Faculty of Sciences, University of Lisbon by Prof. R. Keese, Professor Emeritus of the Department of Chemistry and Biochemistry, University of Bern
Outro
Post-graduation Course “Transition Elements of Biological Importance – Survey II”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2004/10 - 2004/11 Post-graduation Course “Biological Oxidants and Antioxidants: a Chemical Perspective”, lectured at the Faculty of Sciences, University of Lisbon by Prof. Keith U. Ingold, Fellow of the Royal Society (London) and Scientist of the National Research Council of Canada
Outro
Post-graduation Course “Biological Oxidants and Antioxidants: a Chemical Perspective”
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação
Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2024/01/29 What drives the membrane permeability of drugs? A study on untackled effects
Orientador
André Miguel Miranda Gomes (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2024/01/29 Improved drug discovery: towards an energy-based criterion to characterize ligand interactions with biomolecular targets
Orientador
Tiago Gonçalves Dias (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/01/22 Characterization of protein-protein interactions involving G protein-coupled receptor 143 by computational and pharmacological methods
Arguente
Beatriz Theresa Ruth Büschbell (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2023/08/21 A Deep Learning Approach for Protein-Ligand Binding Motifs Prediction using Sequence Derived Information
Arguente principal
Ana Catarina Almeida Carregado e Martins Marques Pereira (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2023/07/25 Rational Development of New Biocatalysts for the Production of Parkinson Disease Drugs
Arguente principal
Juliana Ferreira Rocha (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal
2022/12/22 Complexos de Ruténio(II) como plataforma para o desenvolvimento de PROTACs multivalentes
Arguente principal
Filipe André Jesus Silva (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2022/01/06 New perspectives for halogen bonding: insights from computational tools
Orientador
Ona Sivickyte (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/03/04 Development of metal-linked proteolysis targeting chimeras
Arguente principal
Beatriz Marto Vieira (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2021/02/26 Decoding partner specificity in opioid receptor family
Arguente principal
Daniel José Vasconcelos Silvério (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2021/01/15 Targeting proteins with halogenated drugs: new strategies to probe halogen-bonding hotspots
Orientador
Bernardo Miguel Vagarinho Henriques (Mestrado)
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2014/11/21 Cyclodextrins as anti-asthmatic drug carriers: an in silico study
Arguente principal
Bruno Emanuel de Sá Calçada (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013/12/19 Transmembrane transport of chloride by squaramides: an in silico study
Arguente principal
Ana Rita Freitas Colaço (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
2013/12/13 Theoretical investigation of the energy of olefin-and sila -olefin insertion/ß-H elimination reactions of two late transition metals - DFT MO calculations
Arguente principal
Rita Leonor Veiga da Silva e Veiga Ferro (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria
Instituição / Organização Entidade financiadora
2021 - 2021 Evaluator of the "BBSRC Discovery Fellowship 2021"
Avaliador
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Reino Unido Biotechnology and Biological Sciences Research Council
2018 - 2018 Evaluator of “Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica” (Scientific and Technological Research Projects )
Avaliador
Ministerio de Ciencia, Tecnologia e Innovacion Productiva, Argentina, Argentina Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica, Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica
2017 - 2017 Evaluator of “Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica” (Scientific and Technological Research Projects )
Avaliador
Ministerio de Ciencia, Tecnologia e Innovacion Productiva, Argentina, Argentina Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica, Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica
2016 - 2017 Evaluator of “Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica” (Scientific and Technological Research Projects )
Avaliador
Ministerio de Ciencia, Tecnologia e Innovacion Productiva, Argentina, Argentina Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica, Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/06/15 - 2023/06/16 MM/PBSA to estimate ligand-binding affinities 3D-BioInfo-PT Advanced Workshop (Outros) Universidade de Coimbra, Portugal
2022/12/20 - 2022/12/20 Compound Databases and Computational Virtual Screenings Intermediate Workshop - 3D- BioInfo-PT Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2022/09/21 - 2022/09/22 Molecular Docking Course Introductory Workshop - 3D-BioInfo-PT (Outros) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/02 - 2021/03 Chemical Systems and Reactivity - Halogen bonds and other unusual noncovalent interactions Mestrado em Química (Mestrado) Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2020 - 2020 Docking methodologies module, Medicinal Chemistry of Nucleotides and Nucleosides Course Mestrado em Química (Mestrado) Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2018 - 2018 Exercises Classes of Inorganic Biochemistry Inorganic Biochemistry (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Exercises Classes of Inorganic Biochemistry Inorganic Biochemistry (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Docking methodologies module, Medicinal Chemistry of Nucleotides and Nucleosides Course Medicinal Chemistry of Nucleotides and Nucleosides (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2016 Docking methodologies module, Medicinal Chemistry of Nucleotides and Nucleosides Course Medicinal Chemistry of Nucleotides and Nucleosides (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2015 Laboratory Classes of General Chemistry General Chemistry (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2015 Laboratory Classes of Chemistry Chemistry (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2015 Exercises Classes of Inorganic Biochemistry Inorganic Biochemistry (Mestrado)
2011 - 2011 Electronic Structure Methods module, Computational Chemistry Course Computational Chemistry (Mestrado) Universidade de Aveiro Departamento de Química, Portugal
2008 - 2008 Electronic Structure Methods module, Computational Chemistry Course Computational Chemistry (Mestrado) Universidade de Aveiro Departamento de Química, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2021/03 Press release on the interaction of halogenated drugs with membranes Info Ciências
2013/10/21 Opinion article on the Chemistry Nobel Prize 2013 Online Journal, University of Aveiro

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2015/01/01 - Atual Co-Founder of the Computational Chemistry Group of the Portuguese Chemical Society (https://computacional.spq.pt/) Co-Founder
2000/01/01 - Atual Member of the Portuguese Chemical Society Member

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação
Instituição / Organização
2019 - Atual Vice-Coordinator of the Biological Chemistry thematic line
Outro
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal

Outro júri / avaliação

Descrição da atividade Instituição / Organização
2007 - Atual Referee in the following peer-reviewed journals: Journal of the American Chemical Society, Journal of Chemical Theory and Computation, Dalton Transactions, Organic & Biomolecular Chemistry, RSC Advances, European Journal of Inorganic Chemistry, Journal of Organometallic Chemistry, Journal of Molecular Structure, Computational and Theoretical Chemistry, International Journal of Quantum Chemistry, PCCP, Chem, Crystals, Molecules.