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Filipe de Portugal da Silveira Teixeira de Sousa. Concluiu o Doutoramento em Biologia em 2015 pela Göteborgs Universitet, tem Mestrado em Plant Diversity - Taxonomy and Evolution stream concluído em em 2007 pela University of Reading e Licenciatura em em Biologia concluída em 2005 pela Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. É investigador a termo certo e professor auxiliar convidado na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Filipe de Portugal da Silveira Teixeira de Sousa

Nomes de citação

  • Sousa, Filipe

Identificadores de autor

Ciência ID
4711-41AD-D52F
ORCID iD
0000-0003-4681-8951

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia da Evolução das Espécies

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Francês Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1)
Alemão Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1)
Sueco Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2015
Concluído
 Doctor of Philosophy (Doutoramento)
Göteborgs Universitet, Suécia
"Next-generation Molecular Systematics and Evolution - insights into Medicago" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 pass
2013
Concluído
 Biologia (Licence)
Especialização em Biologia
Göteborgs Universitet, Suécia
"Towards a better understanding of phylogenetic incongruence: new sampling and analysis strategies" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2007
Concluído
 MSc Plant Diversity - Taxonomy and Evolution stream (Mestrado)
University of Reading, Reino Unido
"A Revision of Apuleia Martius (Leguminosae: Cassieae)" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 distinction
2005
Concluído
 Licenciatura em Biologia (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Influência de factores ecológicos abióticos na distribuição hierárquica da Fitodiversidade: O exemplo do Parque Nacional da Peneda-Gerês" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 13 valores
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/05/01 - Atual Investigador (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2020/11/05 - 2022/09/30 Investigador Contratado (Investigação) Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2016/09/01 - 2019/12/31 Pós-doutorado (Investigação) Centro de Ciências do Mar, Portugal
2016/02/01 - 2016/06/30 Pós-doutorado (Investigação) Centro de Ciências do Mar, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/09/01 - 2024/02/29 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/11/01 - 2023/04/30 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022 - 2023 prestação de serviços: Identificação molecular para avaliação sazonal de atum enlatado em Portugal FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, Portugal
2010/07/15 - 2015/05/30 Doutorando Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
2009 - 2010 prestação de serviço: Condução de visitas guiadas no Jardim Botânico da Universidade de Lisboa (Politécnica) Universidade de Lisboa Museu Nacional de História Natural, Portugal
Jardim Botânico de Lisboa, Portugal
2008/10/01 - 2009/09/30 Bolsa de Investigação Científica Projecto IMBAMBA - Implementar o acesso à informação sobre biodiversidade e a gestão de colecções botânicas em Angola Instituto de Investigação Científica Tropical, Portugal
2007/10/15 - 2008/04/15 Bolsa de Estágio em Horticultura Jerusalem Botanical Gardens, Israel
2005 - 2006 prestação de serviço: Condução de visitas guiadas no Jardim Botânico da Universidade do Porto Universidade do Porto Departamento de Botânica, Portugal
Jardim Botânico da Universidade do Porto, Portugal
2005/02/01 - 2005/07/31 Estágio de Investigação Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2019/01/01 - 2019/12/31 Centre of Marine Sciences
UID/Multi/04326/2019
Centro de Ciências do Mar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2012/11/12 - 2015/06/30 Incongruence among gene phylogenies in an evolutionary context - a study case in Medicago
FO2012-1112
Investigador responsável
Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
 Stiftelsen Lars Hiertas Minne
Concluído
2011 - 2015/06/30 Development of a cheap and rapid gene enrichment method for systematics
NA
Investigador responsável
Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
 Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Sousa, Filipe de; Bertrand, Yann J.K.; Zizka, Alexander; Cangrén, Patrik; Oxelman, Bengt; Pfeil, Bernard E.. "Chloroplast genome and nuclear loci data for 71 Medicago species". Data in Brief 54 (2024): 110540. http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.110540.
    10.1016/j.dib.2024.110540
  2. Sousa, Filipe; Viegas, Mariana Bray; Costa, Joana; Marques, Isabel; Pina-Martins, Francisco; Simões, Fernanda; Matos, José; et al. "Haplotype diversity patterns in Quercus suber (Fagaceae) inferred from cpDNA sequence data". Plant Systematics and Evolution 309 6 (2023): http://dx.doi.org/10.1007/s00606-023-01879-7.
    10.1007/s00606-023-01879-7
  3. Almeida, Susana C.; Neiva, João; Sousa, Filipe; Martins, Neusa; Cox, Cymon J.; Melo-Ferreira, José; Guiry, Michael D.; Serrão, Ester A.; Pearson, Gareth A.. "A low-latitude species pump: Peripheral isolation, parapatric speciation and mating-system evolution converge in a marine radiation". Molecular Ecology (2022): http://dx.doi.org/10.1111/mec.16623.
    10.1111/mec.16623
  4. Sousa, Filipe; Costa, Joana; Ribeiro, Carla; Varandas, Marta; Pina-Martins, Francisco; Simoes, Fernanda; Matos, Jose; et al. "Population structure in Quercus suber L. revealed by nuclear microsatellite markers". PeerJ (2022): https://publons.com/wos-op/publon/54722417/.
    10.7717/PEERJ.13565
  5. Sousa, Filipe; Civán, Peter; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.. "The Chloroplast Land Plant Phylogeny: Analyses Employing Better-Fitting Tree- and Site-Heterogeneous Composition Models". Frontiers in Plant Science 11 (2020): http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2020.01062.
    10.3389/fpls.2020.01062
  6. Sousa, Filipe; Civán, Peter; Brazão, João; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.. "The mitochondrial phylogeny of land plants shows support for Setaphyta under composition-heterogeneous substitution models". PeerJ 8 (2020): e8995. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.8995.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.8995
  7. Sousa, Filipe; Foster, Peter G.; Donoghue, Philip C. J.; Schneider, Harald; Cox, Cymon J.. "Nuclear protein phylogenies support the monophyly of the three bryophyte groups (Bryophyta Schimp.)". New Phytologist (2018): http://dx.doi.org/10.1111/nph.15587.
    Publicado • 10.1111/nph.15587
  8. Sousa, Filipe; Neiva, João; Martins, Neusa; Jacinto, Rita; Anderson, Laura; Raimondi, Peter T.; Serrão, Ester A.; Pearson, Gareth A.. "Increased evolutionary rates and conserved transcriptional response following allopolyploidization in brown algae". Evolution 73 1 (2018): 59-72. http://dx.doi.org/10.1111/evo.13645.
    Publicado • 10.1111/evo.13645
  9. Abreu, Narjara Lopes de; Alves, Ruy José Válka; Cardoso, Sérgio Ricardo Sodré; Bertrand, Yann J.K.; Sousa, Filipe; Hall, Climbiê Ferreira; Pfeil, Bernard E.; Antonelli, Alexandre. "The use of chloroplast genome sequences to solve phylogenetic incongruences in Polystachya Hook (Orchidaceae Juss)". PeerJ 6 (2018): e4916. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.4916.
    Publicado • 10.7717/peerj.4916
  10. Eriksson, Jonna S.; de Sousa, Filipe; Bertrand, Yann J. K.; Antonelli, Alexandre; Oxelman, Bengt; Pfeil, Bernard E.. "Allele phasing is critical to revealing a shared allopolyploid origin of Medicago arborea and M. strasseri (Fabaceae)". BMC Evolutionary Biology 18 1 (2018): http://dx.doi.org/10.1186/s12862-018-1127-z.
    Publicado • 10.1186/s12862-018-1127-z
  11. Sousa, F.; Bertrand, Y. J. K.; Doyle, J. J.; Oxelman, B.; Pfeil, B. E.. "Using Genomic Location and Coalescent Simulation to Investigate Gene Tree Discordance in Medicago L.". Systematic Biology 66 6 (2017): 934-949. http://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syx035.
    Publicado • 10.1093/sysbio/syx035
  12. Eriksson, J.S.; Blanco-Pastor, J.L.; Sousa, F.; Bertrand, Y.J.K.; Pfeil, B.E.. "A cryptic species produced by autopolyploidy and subsequent introgression involving Medicago prostrata (Fabaceae)". Molecular Phylogenetics and Evolution 107 (2017): 367-381. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2016.11.020.
    Publicado • 10.1016/j.ympev.2016.11.020
  13. de Sousa, Filipe; Bertrand, Yann J. K.; Pfeil, Bernard E.. "Patterns of phylogenetic incongruence in Medicago found among six loci". Plant Systematics and Evolution 302 5 (2016): 493-513. http://dx.doi.org/10.1007/s00606-016-1278-6.
    Publicado • 10.1007/s00606-016-1278-6
  14. Bertrand, Yann J. K.; Scheen, Anne-Cathrine; Marcussen, Thomas; Pfeil, Bernard E.; de Sousa, Filipe; Oxelman, Bengt. "Assignment of Homoeologs to Parental Genomes in Allopolyploids for Species Tree Inference, with an Example from Fumaria (Papaveraceae)". Systematic Biology 64 3 (2015): 448-471. http://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syv004.
    Publicado • 10.1093/sysbio/syv004
  15. Nilsson, R.H.; Tedersoo, L.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Hartmann, M.; Unterseher, M.; Porter, T.M.; et al. "A comprehensive, automatically updated fungal ITS sequence dataset for reference-based chimera control in environmental sequencing efforts". Microbes and Environments 30 2 (2015): 145-150. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84931464569&partnerID=MN8TOARS.
    10.1264/jsme2.ME14121
  16. de Sousa, Filipe; Bertrand, Yann J. K.; Nylinder, Stephan; Oxelman, Bengt; Eriksson, Jonna S.; Pfeil, Bernard E.. "Phylogenetic Properties of 50 Nuclear Loci in Medicago (Leguminosae) Generated Using Multiplexed Sequence Capture and Next-Generation Sequencing". PLoS ONE 9 10 (2014): e109704. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0109704.
    Publicado • 10.1371/journal.pone.0109704
  17. Nilsson, R. Henrik; Hyde, Kevin D.; Pawlowska, Julia; Ryberg, Martin; Tedersoo, Leho; Aas, Anders Bjørnsgard; Alias, Siti A.; et al. "Improving ITS sequence data for identification of plant pathogenic fungi". Fungal Diversity 67 1 (2014): 11-19. http://dx.doi.org/10.1007/s13225-014-0291-8.
    Publicado • 10.1007/s13225-014-0291-8
  18. Bengtsson-Palme, J.; Ryberg, M.; Hartmann, M.; Branco, S.; Wang, Z.; Godhe, A.; De Wit, P.; et al. "Improved software detection and extraction of ITS1 and ITS2 from ribosomal ITS sequences of fungi and other eukaryotes for analysis of environmental sequencing data". Methods in Ecology and Evolution 4 10 (2013): 914-919. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84885611996&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/2041-210X.12073
  19. De Sousa, F.; Figueiredo, E.; Smith, G. F.. "Vitaceae - A new and an overlooked record of Cyphostemma in Angola". Bothalia 41 2 (2011): http://dx.doi.org/10.4102/abc.v41i2.62.
    Publicado • 10.4102/abc.v41i2.62
  20. De Sousa, F.; Figueiredo, E.; Smith, G.F.. "The genus Cyphostemma (Planch.) Alston (Vitaceae) in Angola". Bradleya 29 (2011): 79-92. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85040191964&partnerID=MN8TOARS.
  21. Sousa, Filipe; Figueiredo, Estrela; Smith, Gideon F.. "Cyphostemma mendesii (Vitaceae), a new species from Angola". Phytotaxa 7 (2010): 35-39.
    Publicado
  22. de Sousa, Filipe de Portugal S. T.; Lewis, Gwilym P.; Hawkins, Julie A.. "A revision of the South American genus Apuleia (Leguminosae, Cassieae)". Kew Bulletin 65 2 (2010): 225-232. http://dx.doi.org/10.1007/s12225-010-9213-4.
    Publicado • 10.1007/s12225-010-9213-4
Poster em conferência
  1. Galhofa, Davide; Sousa, Filipe; António Onofre Soares; Borges, Isabel; Oliveira, L.; Bielza, P.; Seabra, Sofia G.; Figueiredo, Elisabete; Paulo, Octavio. "DNA barcoding and phylogeny of Miridae specimens from the Azores, mainland Portugal and Spain, based on mithochodrial COI sequences". Trabalho apresentado em XIX ENBE Annual Meeting of the Portuguese Association for Evolutionary Biology, 2023.
  2. Galhofa, Davide; Viegas, Mariana; Sousa, Filipe; André Filipe Henriques; Sousa, Paulo; Pina-Martins, Francisco; Vanhove, Mathieu; et al. "Genotyping by Sequencing brings new insights into the population structure and local adaptation of Holm Oak". Trabalho apresentado em Frontiers in E3: 9th cE3c Annual Meeting, 2023.
  3. Sousa, F.; Neiva, João; Anderson, Laura; Raimondi, Peter T.; Martins, Neusa; Serrão, Ester A.; Pearson, Gareth A.. "Evolutionary rates and expression patterns in allopolyploid brown algae". Trabalho apresentado em Evolution meeting, 2017.
  4. Catarino, Luís; Figueira, Rui; ana isabel correia; joana A. Abreu; Sousa, Filipe; dulce ferreira; joão tavares; et al. "Valuing and giving access to the botanical collections of Angola: The IMBAMBA project". Trabalho apresentado em Iº Encontro Nacional sobre a Flora e Vegetação de Angola, 2011.
  5. Sousa, Filipe; Honrado,. "Abiotic ecological factors and the hierarchical distribution of phytodiversity: an example from northern Portugal". Trabalho apresentado em IAVS, 2005.
Pré-impressão
  1. Vieira, Ana Rita; Sousa, Filipe de; Bilro, João; Viegas, Mariana Bray; Svanbäck, Richard; Gordo, Leonel S.; Paulo, Octávio S.. "Mitochondrial genomes of the European sardine (Sardina pilchardus) reveal Pliocene diversification, extensive gene flow and pervasive purifying selection". 2024. http://dx.doi.org/10.22541/au.172167233.36734857/v1.
    10.22541/au.172167233.36734857/v1
Relatório
  1. Sousa, Filipe; Sequeira, V.; Gordo, Leonel Serrano; Paulo, Octavio; Vieira, Ana Rita. 2022. TUNAPRINT 2.0: Molecular identification of tuna species used by the Portuguese canning industry. Progress Report. https://ulisboa-my.sharepoint.com/personal/arivieira_fc_ul_pt/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Farivieira%5Ffc%5Ful%5Fpt%2FDocuments%2FAna%20Rita%20Documents%2FPROJECTOS%2FTUNAPRINT%5FOCEAN%C3%81RIO%2FTUNAPRINT%202%2E0%5FDez2021%2FRELAT%C3%93RIOS%2FTUNAPRINT%202%2E0%5FRelatorioPontoSituacao%5FDez2022%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Farivieira%5Ffc%5Ful%5Fpt%2FDocuments%2FAna%20Rita%20Documents%2FPROJECTOS%2FTUNAPRINT%5FOCEAN%C3%81RIO%2FTUNAPRINT%202%2E0%5FDez2021%2FRELAT%C3%93RIOS.

Outros

Conjunto de dados
  1. Sousa, Filipe; Civán, Peter; Brazão, João; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.. Data from the article "The mitochondrial phylogeny of land plants shows support for Setaphyta under non-stationary substitution models".
    10.5281/zenodo.3554148
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019/07/12 The monophyly of Bryophytes is supported by nuclear and plastidial protein phylogenies IAB-iMoss Meeting
Real Jardín Botanico, Madrid (Madrid, Espanha)
2017/06 Are Bryophytes monophyletic? - Evidence from Organellar and Nuclear Protein-Coding Genes Evolution meeting
Society of Systematic Biologists (Portland, OR, Estados Unidos)
2013/01 A coalescent-based test to distinguish between paralogy, hybridisation and lineage sorting International Legume Conference
Universidade de Joanesburgo (Joanesburgo, África do Sul)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2023/10/01 - Atual Detection of selection and codon evolution in phylogenomic datasets
Orientador
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2022/12/01 - Atual Estudo da interação entre moduladores da homeostasia do ferro na insuficiência cardíaca
Coorientador
 Mestrado em Biologia Humana e Ambiente (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/12/01 - 2024/01/09 Estudo da contribuição de genes com funções no Sistema Nervoso na manifestação da insuficiência cardíaca
Coorientador
 Mestrado em Biologia Humana e Ambiente (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/10 - 2019/06/30 Reconstructing the evolutionary history of the Palmophyllales, a group of multicellular deep sea green algae
Orientador
Universidade do Algarve - Campus de Gambelas, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2014/08 - 2014/11 Organização do encontro "Systematikdagarna", 2014 (2014/11 - 2014/11)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
 Göteborgs Universitet, Suécia

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2022 - 2022 Journal of Biogeography
2022 - 2022 Mitochondrial DNA Part B: Resources
2020 - 2020 Journal of Systematics and Evolution
2020 - 2020 Frontiers in Ecology and Evolution
2019 - 2019 New Phytologist
2018 - 2018 PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2018 - 2018 Molecular Biology and Evolution (1537-1719) Oxford University Press
2017 - 2017 Webbia (2169-4060) Informa UK (Taylor & Francis)
2016 - 2016 Systematic Botany (1548-2324) American Society of Plant Taxonomists
2012 - 2012 Candollea (0373-2967) BioOne (Society of Conservatoire at Jardin Botaniques de la Ville de Geneve)

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/10/07 - 2024/10/23 Bioinformática Prática Bioinformática Prática (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/01/23 - 2023/02/03 Seminários em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento Seminários em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/11/28 - 2022/12/16 Genética e Genómica das Alterações Ambientais Genética e Genómica das Alterações Ambientais (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/09/23 - 2022/10/21 Biologia Evolutiva Biologia Evolutiva Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2021/09/13 - 2022/10/14 Filogenética Filogenética (Mestrado) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2013 - 2014 Florística Floristics (Bachelor) Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
2013 - 2014 Biologia Base course in Biology (Bachelor) Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
2011 - 2013 Farmacologia Botanical Pharmacology (Bachelor) Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
2010 - 2013 Sistemática Advanced Systematics (Master) Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia
2011 - 2012 Botânica World Plant Diversity (Master) Göteborgs universitet Institutionen för Biologi och Miljövetenskap, Suécia

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2009 - Atual CERCiência - Ciência em Rede membro fundador, tesoureiro

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2012/01/01 - 2014/12/31 Representante dos doutorandos na comissão para a Igualdade do Departamento de Ciências Biológicas e do Ambiente, Universidade de Gotemburgo
Membro