???global.info.a_carregar???
PEDRO SIMÕES RUAS. Concluiu o Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional em 2019 pela Universidade de Lisboa-Faculdade de Ciências, a Licenciatura em Bioquímica em 2014 pela Universidade do Porto-Faculdade de Ciências e Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar. Frequenta o Doutoramento em Informática pela Universidade de Lisboa-Faculdade de Ciências desde 2020/10. É bolseiro de doutoramento e encontra-se associado à Universidade de Lisboa-Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala (LASIGE). Atua nas áreas de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação e em Bioinformática.
Ler resumo completo ↓
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
PEDRO SIMÕES RUAS

Nomes de citação

  • RUAS, PEDRO

Identificadores de autor

Ciência ID
5A15-C96E-F9E1
ORCID iD
0000-0002-1293-4199

Endereços de correio eletrónico

  • psruas@fc.ul.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Ciências da Informação
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A2) Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A2) Utilizador independente (B2)
Formação
Grau Classificação
2020/10 - 2024/10
Em curso
 Informática (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
2017/09 - 2019/07/26
Concluído
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Especialização em Sem especialização
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Exploring Biomedical Ontologies, Personalized PageRank and Semantic Similarity in the Entity Linking task " (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18/20
2014/10 - 2017/04/05
Concluído
 Parasitologia Médica (Mestrado)
Especialização em Sem especialização
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
"Association of efflux pump inhibitors with antileishmanial drugs as na alternative treatment for leishmaniasis." (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17/20
2011/09 - 2014/07
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
15/20
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/11/26 - Atual Investigador (Investigação) Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/07/27 - 2019/11/25 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2019/11/26 - Atual Dest: Deep Semantic Tagger
PTDC/CCI-BIO/28685/2017
Bolseiro de Investigação
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
 Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Ruas, P.; Andrade, V.D.T.; Couto, F.M.. "LASIGE-BioTM at MESINESP2: Entity linking with semantic similarity and extreme multi-label classification on Spanish biomedical documents". 2021.
  2. Ruas, P.; Neves, A.; Andrade, V.D.T.; Couto, F.M.. "Lasigebiotm at cantemist: Named entity recognition and normalization of tumour morphology entities and clinical coding of Spanish health-related documents". 2020.
  3. Ruas, P.; Lamúrias, A.; Couto, F.M.. "Towards a multilingual corpus for named entity linking evaluation in the clinical domain". 2020.
  4. He, J.; Nguyen, D.Q.; Akhondi, S.A.; Druckenbrodt, C.; Thorne, C.; Hoessel, R.; Afzal, Z.; et al. "An Extended Overview of the CLEF 2020 ChEMU Lab: Information Extraction of Chemical Reactions from Patents". 2020.
  5. Ruas, P.; Lamurias, A.; Couto, F.M.. "LasigeBioTM team at CLEF2020 ChEMU evaluation lab: Named Entity Recognition and Event extraction from chemical reactions described in patents using BioBERT NER and RE". 2020.
Artigo em revista
  1. Márcia Barros; Pedro Ruas; Diana Sousa; Ali Haider Bangash; Francisco M. Couto. "COVID-19 recommender system based on an annotated multilingual corpus". Genomics & Informatics (2021): https://doi.org/10.5808/gi.21008.
    10.5808/gi.21008
  2. "Creating Recommender Systems Datasets in Scientific Fields". Proceedings of the 27th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery & Data Mining (2021): http://dx.doi.org/10.1145/3447548.3470805.
    10.1145/3447548.3470805
  3. "Lasige-BioTM at ProfNER: BiLSTM-CRF and contextual Spanish embeddings for Named Entity Recognition and Tweet Binary Classification". Proceedings of the Sixth Social Media Mining for Health (#SMM4H) Workshop and Shared Task (2021): http://dx.doi.org/10.18653/v1/2021.smm4h-1.21.
    10.18653/v1/2021.smm4h-1.21
  4. Pedro Ruas; Andre Lamurias; Francisco M. Couto. "Linking chemical and disease entities to ontologies by integrating PageRank with extracted relations from literature". Journal of Cheminformatics (2020): https://doi.org/10.1186/s13321-020-00461-4.
    10.1186/s13321-020-00461-4
  5. Áurea Gabriel; Ana Valério-Bolas; Joana Palma-Marques; Patrícia Mourata-Gonçalves; Pedro Ruas; Tatiana Dias-Guerreiro; Gabriela Santos-Gomes. "Cutaneous Leishmaniasis: The Complexity of Host’s Effective Immune Response against a Polymorphic Parasitic Disease". Journal of Immunology Research 2019 (2019): 1-16. https://doi.org/10.1155/2019/2603730.
    10.1155/2019/2603730
  6. Andre Lamurias; Pedro Ruas; Francisco M. Couto. "PPR-SSM: personalized PageRank and semantic similarity measures for entity linking". BMC Bioinformatics 20 1 (2019): https://doi.org/10.1186%2Fs12859-019-3157-y.
    10.1186/s12859-019-3157-y
Capítulo de livro
  1. Pedro Ruas. "Deep Semantic Entity Linking". 2021.
    10.1007/978-3-030-72240-1_81
Tese / Dissertação
  1. RUAS, PEDRO. "Exploring biomedical ontologies, personalized pagerank and semantic similarity in the entity linking task". Mestrado, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2019. https://repositorio.ul.pt/handle/10451/39624.
  2. RUAS, PEDRO. "Association of efflux pump inihibitors with antileishmanial drugs as an alternative treatment for leishmaniasis". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, 2017. https://run.unl.pt/handle/10362/20657.

Outros

Outra produção
  1. Towards a multilingual corpus for Named Entity Linking evaluation in the clinical domain (video). A Youtube video with the presentation of the short paper "Towards a multilingual corpus for Named Entity Linking evaluation in the clinical domain" in the context of the Semantic Indexing and Information Retrieval for Health 2020 workshop held in conjunction with the 42nd European Conference on Information Retrieval (ECIR2020). 2020. RUAS, PEDRO. https://www.youtube.com/watch?v=1SE7PY3sFtA.
  2. COVID-19: A Semantic-Based Pipeline for Recommending Biomedical Entities. 2020. Marcia Afonso Barros; Andre Lamurias; Diana Sousa; Pedro Ruas; Francisco M. Couto. https://doi.org/10.18653%2Fv1%2F2020.nlpcovid19-2.20.
    10.18653/v1/2020.nlpcovid19-2.20
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2020/04/14 Towards a multilingual corpus for Named Entity Linking evaluation in the clinical domain Semantic Indexing and Information Retrieval for Health from heterogeneous content types and languages (SIIRH) 2020 - Workshop held in conjunction with the 42nd European Conference on Information Retrieval (ECIR2020)
(Online due to Covid-19)

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2020/04 - 2020/04 Review of submitted papers to the Workshop 'Semantic Indexing and Information Retrieval for Health from heterogeneous content types and languages 2020'
Membro
Distinções

Prémio

2011 Prémio de mérito do Ministério da Educação e Ciência