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Pedro Paiva graduated in Biochemistry (2012) in the University of Porto, holds a MSc degree in Biochemistry (2014) and a PhD in Sustainable Chemistry / Medical Biochemistry and Biophysics (M2B) from the same University. From 2022-2023, he was a Post-Doctoral fellow at the High Performance Computing in Molecular Modelling group of LAQV/REQUIMTE. Currently, he is a Post-Doctoral Researcher at the Faculty of Sciences of the University of Porto. His main research area is Computational Biochemistry, with a particular interest in the study of catalytic mechanisms of enzymes, using Molecular Dynamics and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics methods.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro Miguel Coelho Paiva

Nomes de citação

  • Paiva, Pedro

Identificadores de autor

Ciência ID
A319-EC13-BE88
ORCID iD
0000-0002-7003-6055
Google Scholar ID
https://scholar.google.pt/citations?user=YNdZC-oAAAAJ&hl=pt-PT
Researcher Id
Q-6851-2019

Endereços de correio eletrónico

  • pedro.paiva@fc.up.pt (Profissional)

Moradas

  • Faculdade de Ciências da Universidade do Porto - Departamento de Química e Bioquímica, Rua do Campo Alegre, S/N, 4169-007, Porto, Porto, Portugal (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Química
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2017/11/01 - 2022/04/29
Concluído
 Sustainable Chemistry / Medical Biochemistry and Biophysics (M2B) (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Aveiro, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal
"Understanding the hFAS Enzyme - a Promising Anticancer Target" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado por Unanimidade
2014
Concluído
 Mestrado em Bioquímica (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"O papel do córtex pré-frontal medial no processamento de working memory: estimulação optogenética local e modulação farmacológica dos recetores de dopamina D2 para a reversão de défices" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18 valores
2012
Concluído
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Caracterização morfológica e funcional das células endoteliais e musculares lisas do tecido cavernoso de ratazana em cultura por microscopia confocal: Papel dos recetores purinérgicos" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 16 valores
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/02/07 - Atual Investigador Contratado (Investigação) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/06/16 - 2023/02/06 Pós-doutorado (Investigação) REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/11/01 - 2022/04/29 PhD Student of Sustainable Chemistry / Medical Biochemistry and Biophysics (M2B) REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
2015/12/01 - 2017/10/31 Postgraduate researcher REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
2013/09/23 - 2015/09/30 Team member developing the project “Modulation of fronto-hippocampal circuit oscillations: neurophysiological and behavioral correlates” (Ref: FCT: PTDC/NEU-SCC/1516/2012) Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal
2011/09/20 - 2012/09/07 BSc student developing the project “Functional and morphological characterization of cultured rat cavernous tissue’s endothelial and smooth muscular cells by confocal microscopy: The role of purinergi Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2023/05/30 - Atual Biodegrading unsatured polyesters - establishing the enzymatic catalytic mechanism of Pseudomonas sp. MIS38 lipase
2022.15579.CPCA.A2
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2023/02/07 - Atual NOVO NORDISK FONDEN's Challenge Programme 2022 - Center for enzymatic deconstruction of thermoset plastics for a sustainable society, En'Zync
0072891
Investigador Pós-doutorado
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
 Novo Nordisk Fonden
Em curso
2022/05/01 - 2023/04/30 Adsorption of the enzyme PETase on solid PET
petaseonpet
Investigador Pós-doutorado
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
Jülich Aachen Research Alliance (JARA)
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Paiva, Pedro. "Engineering of PKS Megaenzymes—A Promising Way to Biosynthesize High-Value Active Molecules". Topics in Catalysis (2021): http://dx.doi.org/10.1007/s11244-021-01490-5.
    10.1007/s11244-021-01490-5
  2. Pedro Paiva; Fabiola E. Medina; Matilde Viegas; Pedro Ferreira; Rui P. P. Neves; João P. M. Sousa; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "Animal Fatty Acid Synthase: A Chemical Nanofactory". Chemical Reviews (2021): https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.1c00147.
    10.1021/acs.chemrev.1c00147
  3. Jordi Soler; Pedro Paiva; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes; Marie Brut. "Unraveling the cGAS catalytic mechanism upon DNA activation through molecular dynamics simulations". Physical Chemistry Chemical Physics (2021): https://doi.org/10.1039/D1CP00378J.
    10.1039/D1CP00378J
  4. Pedro Paiva; Maria J. Ramos; Pedro A. Fernandes. "Assessing the validity of DLPNO-CCSD (T) in the calculation of activation and reaction energies of ubiquitous enzymatic reactions". Journal of Computational Chemistry (2020): https://doi.org/10.1002/jcc.26401.
    10.1002/jcc.26401
  5. Paiva, Pedro. "Proteínas Virais no Protein Data Bank". Revista de Ciência Elementar (2020): http://dx.doi.org/10.24927/rce2020.022.
    10.24927/rce2020.022
  6. Paiva, Pedro. "Bidirectional optogenetic modulation of prefrontal-hippocampal connectivity in pain-related working memory deficits". Scientific Reports (2019): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-47555-0.
    10.1038/s41598-019-47555-0
  7. Paiva, Pedro. "Human Fatty Acid Synthase: A Computational Study of the Transfer of the Acyl Moieties from MAT to the ACP Domain". ChemCatChem (2019): http://dx.doi.org/10.1002/cctc.201900548.
    10.1002/cctc.201900548
  8. Paiva, Pedro. "Benchmark of Density Functionals for the Calculation of the Redox Potential of Fe3+/Fe2+ Within Protein Coordination Shells". Frontiers in Chemistry (2019): http://dx.doi.org/10.3389/fchem.2019.00391.
    10.3389/fchem.2019.00391
  9. Paiva, Pedro. "Selective optogenetic inhibition of medial prefrontal glutamatergic neurons reverses working memory deficits induced by neuropathic pain". PAIN (2019): http://dx.doi.org/10.1097/j.pain.0000000000001457.
    10.1097/j.pain.0000000000001457
  10. Paiva, Pedro. "Cover Image, Volume 118, Issue 9". International Journal of Quantum Chemistry 118 9 (2018): e25633-e25633. https://doi.org/10.1002%2Fqua.25633.
    10.1002/qua.25633
  11. Paiva, Pedro; Costa Inês, P. D.; Ferreira Cleide, E.; Ferreira, Pedro; Pereira Andreia, T.; Cerqueira Nuno, M. F. S. A.; Fernandes Pedro, A.; Ramos Maria, J.. "Studies on neuraminidase inhibition". International Journal of Quantum Chemistry 118 9 (2018): e25592-e25592. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000428413300014&KeyUID=WOS:000428413300014.
    10.1002/qua.25592
  12. Paiva, Pedro; Sousa, Sérgio F.; Ramos, Maria J.; Fernandes, Pedro A.. "Understanding the Catalytic Machinery and the Reaction Pathway of the Malonyl-Acetyl Transferase Domain of Human Fatty Acid Synthase". ACS Catalysis (2018): 4860-4872. https://doi.org/10.1021/acscatal.8b00577.
    10.1021/acscatal.8b00577
Poster em conferência
  1. Paiva, Pedro; Ramos, Maria João; Fernandes, Pedro Alexandrino. "A computational study of the Fatty Acid Synthase: the catalytic mechanism of the Malonyl-Acetyl Transferase domain". Trabalho apresentado em 7th International Iberian Biophysics Congress, 2021.
  2. Fonseca, Rita Maria; Paiva, Pedro. "Study of the enzyme Phosphoenolpyruvate Carboxylase as a step towards the development of a biological-based CO2 capture device". Trabalho apresentado em 13th Meeting of Young Researchers of the University of Porto (IJUP2020), 2020.
  3. Pereira, Ana Raquel; Paiva, Pedro; Galhardo, Vasco; Monteiro, Clara; Cardoso-Cruz, Helder. "Optogenetic neuromodulation of prefrontal-hippocampal theta connectivity reverses pain-related working-memory deficits". Trabalho apresentado em 9th i3S Annual Meeting, 2019.
  4. Faria, Joana; Paiva, Pedro; Galhardo, Vasco; Monteiro, Clara; Cardoso-Cruz, Helder. "Abnormal prefrontal-hippocampal connectivity supports pain-related working memory deficits". Trabalho apresentado em XVI Meeting of the Portuguese Society for Neurosciences, 2019.
  5. Mineiro, Fábio; Paiva, Pedro. "Computational study of the PhaA enzyme, a key for the synthesis of bioplastics". Trabalho apresentado em 12th Meeting of Young Researchers of the University of Porto (IJUP2019), 2019.
  6. Faria, Joana; Paiva, Pedro; Galhardo, Vasco; Monteiro, Clara; Cardoso-Cruz, Helder. "Abnormal prefrontal-hippocampal connectivity supports pain-related working memory deficits". Trabalho apresentado em 7th i3S Annual Meeting, 2018.
  7. Laranjeira, Inês; Paiva, Pedro; Monteiro, Clara; Cardoso-Cruz, Helder; Galhardo, Vasco. "Selective optogenetic inhibition of prelimbic excitatory neurons during delay-period reverses pain-related working memory deficits". Trabalho apresentado em XV Meeting of the Portuguese Society for Neurosciences, 2017.
  8. Paiva, Pedro; Sérgio Filipe Maia de Sousa (2D13-FC03-3173); Ramos, Maria João; Fernandes, Pedro Alexandrino. "A QM/MM study of human Malonyl-Acetyl Transferase". Trabalho apresentado em Dynapeutics International Summer School 2016, 2016.
  9. Paiva, Pedro; Cardoso-Cruz, Helder; Dourado, Margarida; Monteiro, Clara; Galhardo, Vasco. "Optogenetic inhibition of mPFC pyramidal population improves working memory performance in a delayed non-matching to sample task". Trabalho apresentado em XIV Meeting of the Portuguese Society for Neurosciences, 2015.
  10. Dourado, Margarida; Cardoso-Cruz, Helder; Paiva, Pedro; Monteiro, Clara; Galhardo, Vasco. ""Activation of dopaminergic D2/D3 receptors reverses hippocampus-related working memory deficit induced by neuropathic pain". Trabalho apresentado em 4th Encontro de Doutorandos da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto, 2014.
  11. Dourado, Margarida; Cardoso-Cruz, Helder; Paiva, Pedro; Monteiro, Clara; Galhardo, Vasco. "Activation of dopaminergic D2/D3 receptors reverses hippocampus-related working memory deficit induced by neuropathic pain". Trabalho apresentado em 4th I3S Annual Meeting, 2014.
Pré-impressão
  1. Pedro Paiva; Luís M. C. Teixeira; Ren Wei; Weidong Liu; Jens P. Morth; Peter Westh; Allan R. Petersen; et al. "The Catalytic Mechanism of the Plastic-Degrading Enzyme Urethanase UMG-SP2". 2024. https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-rwq71.
    10.26434/chemrxiv-2024-rwq71
Tese / Dissertação
  1. Paiva, Pedro. "The role of medial prefrontal cortex in working memory: local optogenetic stimulation and pharmacological modulation of dopamine D2 receptors in the reversal of impairments". Mestrado, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2014. https://hdl.handle.net/10216/86977.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2018/11 Understanding the Catalytic Machinery of the Malonyl-Acetyl Transferase Domain of Human Fatty Acid Synthase International Conference on Catalysis Science, Engineering & Technology
International Association of Advanced Materials (IAAM) (Estocolmo, Suécia)
2016/02 Neuraminidase: a quest for new inhibitors 9th Meeting of Young Researchers of the University of Porto (IJUP2016)
University of Porto (Porto, Portugal)

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2023/02 - Atual Studies for degradation of polyurethanes João Lucas Duarte Mendes
2022/09 - Atual Biodegradation of PET plastic Francisca da Rocha Andrade
2022/07 - 2022/11 Reaction mechanism of Polyester Hydrolase (PE-H) investigated using molecular simulations Samah Nassir
2019/10/01 - 2020/11/10 Understanding Phosphoenolpyruvate carboxylase catalysis as a step to the engineering of a CO2 capture device Rita Maria Bolota Velho Pires da Fonseca
2018/11/01 - 2019/09/06 Optimizing the Production Of Bioplastics: A Computational Study of the Catalytic Mechanism of Pha A of Zooglea Ramigera Fábio Domingos Dias Mineiro
2019/03 - 2019/07 Unravelling how cGAS catalyze 2’,3’-cGAMP after DNA activation. An MD and QM/MM approach Jordi Soler i Parpal
Distinções

Outra distinção

2023 Review Editor of the journal "Frontiers in Chemistry"
2018 Journal Cover in the International Journal of Quantum Chemistry, "Studies on neuraminidase inhibition"