Jorge dos Santos Oliveira (B815-6E71-E324)

Curriculum Vitae

Jorge dos Santos Oliveira

JORGE DOS SANTOS OLIVEIRA. Completed the Mestrado integrado in Engenharia Biológica in 2013 by Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico and Doutoramento in PhD in Biotechnology from Northeast Biotechnology Network Program (RENORBIO) in 2018/05/31 by Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Is Chief Technical Officer - Technical Coordinator in BioData.pt, Invited Assistant Professor in Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico and Researcher in Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa. Currently is focused on several health data related projects, namely the EU Digital Europe Funded Genomic Data Infrastructure where he is responsible for the technical implementation of the infrastructure in Portugal.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Jorge dos Santos Oliveira
Género: Masculino

Nomes de citação

OLIVEIRA, JORGE

Identificadores de autor

Ciência ID: B815-6E71-E324
ORCID iD: 0000-0001-6425-2176

Endereços de correio eletrónico

jorge.oliveira@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)

Websites

biodata.pt (Profissional)
https://web.tecnico.ulisboa.pt/jorge.oliveira/ (Pessoal)

Domínios de atuação

Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Ciências da Engenharia e Tecnologias

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B2)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2022/01 - 2022/10 Concluído	Executive Masters in Management of Research Infrastructures (Pós-Graduação) Università degli Studi di Milano-Bicocca, Itália
2015/05/01 - 2018/05/31 Concluído	PhD in Biotechnology from Northeast Biotechnology Network Program (RENORBIO) (Doutoramento) Especialização em Biotechnology in Natural Resources Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Brasil "Prospection of genes related to hydrocarbon biodegradation and surfactant production using computational approaches" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2013 Concluído	Engenharia Biológica (Mestrado integrado) Especialização em Bioinformática Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Identification of microRNAs and analysis of their expression in Eucalyptus globulus" (TESE/DISSERTAÇÃO)

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/01/01 - Atual	Investigador (Investigação)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2018/06/01 - 2021/06/30	Pós-doutorado (Investigação)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2015 - 2018	Investigador (Investigação)	Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Brasil
	Universidade Federal do Rio Grande do Norte Centro de Biociências, Brasil
2014/05 - 2015	Investigador visitante (Investigação)	Laboratório Nacional de Computação Científica, Brasil
	Laboratório Nacional de Computação Científica, Brasil
2011/06/01 - 2014	Investigador (Investigação)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/01/01 - Atual	Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/09/13 - Atual	Chief Technical Officer - Technical Coordinator	BioData.pt, Portugal
	Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2023/11 - Atual	Genomic Data Infrastructure - Providing access to genomic data to improve research, policy making and healthcare across Europe 101081813 Investigador	European Union
2018/08/01 - 2021/08/31	Biodata.pt - Portuguese Infrastructure of Biological Data 022231 Bolseiro de Investigação Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2015/06/01 - 2018/05/31	Prospection of genes related to hydrocarbon biodegradation and surfactant production using computational approaches PPG-RENORBIO Universidade Federal do Rio Grande do Norte Centro de Biociências, Brasil	Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Concluído
2015/07/01 - 2015/10/31	Large-Scale Data Management in Cloud Environments (DataStorm) EXCL/EEI-ESS/0257/2012 Bolseiro de Investigação Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2014/06 - 2015/05	Prospection of genes related to hydrocarbon biodegradation and surfactant production using computational approaches E-26/101.230/2014 Laboratório Nacional de Computação Científica, Brasil	Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro
2012/03 - 2015/02	CAMP - Computational Analysis of MicroRNAs in Plants 122534 Provided by PTCRIS: 122534	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2010/03 - 2013/08	Did you ask for something small? The microRNAs power in a Eucalyptus tension world! (the microEGo project) 98179 Provided by PTCRIS: 98179	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Projeto

	Designação	Financiadores
2019/01/01 - 2019/12/31	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Investigação e Desenvolvimento em Lisboa UID/CEC/50021/2019 Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2021/09 - 2023/07	ELIXIR-CONVERGE - Connect and align ELIXIR Nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services 871075 Investigador	European Commission Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista

Flora D'Anna; Niclas Jareborg; Mijke Jetten; Minna Ahokas; Pinar Alper; Robert Andrews; Korbinian Bösl; et al. "A research data management (RDM) community for ELIXIR [version 1; peer review: 2 approved with reservations]". (2024): https://f1000research.com/articles/13-230/v1.
10.12688/f1000research.146301.1
Cláudia P Godinho; Margarida Palma; Jorge Oliveira; Marta N Mota; Miguel Antunes; Miguel C Teixeira; Pedro T Monteiro; Isabel Sá-Correia. "The N.C.Yeastract and CommunityYeastract databases to study gene and genomic transcription regulation in non-conventional yeasts". FEMS Yeast Research 21 6 (2021): https://doi.org/10.1093/femsyr/foab045.
10.1093/femsyr/foab045
Pais, Pedro; Oliveira, Jorge; Almeida, Vanda; Yilmaz, Melike; Monteiro, Pedro T.; Teixeira, Miguel C.. "Transcriptome-wide differences between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces cerevisiae var. boulardii: Clues on host survival and probiotic activity based on promoter sequence variability". Genomics 113 2 (2021): 530-539. http://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.11.034.
Publicado • 10.1016/j.ygeno.2020.11.034
Araújo, W. J.; Oliveira, J. S.; Araújo, S. C. S.; Minnicelli, C. F.; Silva-Portela, R. C. B.; da Fonseca, M. M. B.; Freitas, J. F.; et al. "Microbial Culture in Minimal Medium With Oil Favors Enrichment of Biosurfactant Producing Genes". Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 8 (2020): http://dx.doi.org/10.3389/fbioe.2020.00962.
10.3389/fbioe.2020.00962
Monteiro, Pedro T; Oliveira, Jorge; Pais, Pedro; Antunes, Miguel; Palma, Margarida; Cavalheiro, Mafalda; Galocha, Mónica; et al. "YEASTRACT+: a portal for cross-species comparative genomics of transcription regulation in yeasts". Nucleic Acids Research 48 D1 (2019): D642-D649. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz859.
Acesso aberto • Publicado • 10.1093/nar/gkz859
Amanda P. Napp; José Evandro S. Pereira; Jorge S. Oliveira; Rita C.B. Silva-Portela; Lucymara F. Agnez-Lima; Maria C.R. Peralba; Fátima M. Bento; et al. "Comparative metagenomics reveals different hydrocarbon degradative abilities from enriched oil-drilling waste". Chemosphere 209 (2018): 7-16. https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2018.06.068.
10.1016/j.chemosphere.2018.06.068
Guerra AB; Oliveira JS; Silva-Portela RCB; Araújo W; Carlos AC; Vasconcelos ATR; Freitas AT; et al. "Metagenome enrichment approach used for selection of oil-degrading bacteria consortia for drill cutting residue bioremediation.". Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29353803.
10.1016/j.envpol.2018.01.014
Jorge S. Oliveira; Wydemberg J. Araújo; Ricardo M. Figueiredo; Rita C. B. Silva-Portela; Alaine de Brito Guerra; Sinara Carla da Silva Araújo; Carolina Minnicelli; et al. "Biogeographical distribution analysis of hydrocarbon degrading and biosurfactant producing genes suggests that near-equatorial biomes have higher abundance of genes with potential for bioremediation". BMC Microbiology 17 1 (2017): https://doi.org/10.1186%2Fs12866-017-1077-4.
10.1186/s12866-017-1077-4
Oliveira JS; Araújo W; Lopes Sales AI; Brito Guerra Ad; Silva Araújo SC; de Vasconcelos AT; Agnez-Lima LF; Freitas AT. "BioSurfDB: knowledge and algorithms to support biosurfactants and biodegradation studies.". (2015): http://europepmc.org/abstract/med/25833955.
10.1093/database/bav033
OLIVEIRA, JORGE. "A Computational Approach for MicroRNA Identification in Plants". J Data Mining Genomics Proteomics (2013): http://omicsonline.org/a-computational-approach-for-microrna-identification-in-plants-combining-genome-based-predictions-with-rna-seq-data-2153-0602.1000130.php?aid=14889.
10.4172/2153-0602.1000130

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2016/12/01	A study on eco-geographical influence on hydrocarbon-degrading and surfactant producing gene diversity using public-data	XXI Encontro de Genética do Nordeste (Recife, Brasil)
2014/12/01	Biosurfactants and Biodegradation Database	5th International Symposium in Biochemistry of Macromolecules and Biotechnology Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (Natal, Brasil)

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2021/02/04 - 2021/02/04	First National Summit to raise awareness and gather scientists addressing microbiome research in Portugal, organized by The Portuguese Microbiome Community Conferência	First Microbiome PT Summit BioData.pt, Portugal Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2020/01/14 - 2020/01/14	Value Creation For Heathcare System's Genomics Data Encontro	Team Meeting BioData.pt Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal
2019/05/29 - 2019/05/29	Community Yeastract: a comparative genomics cool platform for the analysis of transcriptional regulatory networks in yeast species Encontro	Cools Tools Meeting BioData.pt, Portugal
2019/02/21 - 2019/02/22	YEASTRACT+: a comparative genomics platform for the analysis of transcriptional regulatory networks in yeast species Conferência	Bioinformatics Open Days Universidade do Minho, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2019/10	Unveiling the molecular basis of S. boulardii probiotic activity: through the construction of a global promoter survey computational tool and transcriptomics analyses Arguente principal	Maria Vanda Pinto de Almeida Sá Dias (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal