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Célia P.F. Domingues is a PhD student at INIAV (National Institute for Agrarian and Veterinary Research) and cE3c (Centre for Ecology, Evolution and Environmental Change of the University of Lisbon & CHANGE - Institute for Global Change and Sustainability).
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Célia Patrícia Ferreira Domingues Rebelo

Nomes de citação

  • Domingues, C. P. F.
  • Célia P. F. Domingues
  • Domingues, Célia

Identificadores de autor

Ciência ID
3416-6299-1379
ORCID iD
0000-0003-2970-010X

Endereços de correio eletrónico

  • celia.domingues@iniav.pt (Profissional)

Moradas

  • Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2022/03/01 - 2026/02/28
Em curso
 Biodiversity, Genetics and Evolution (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/05/22 - 2023/05/26
Concluído
 Climate Change Adaptation (Outros)
Universidade de Lisboa Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2023/03/20 - 2023/03/24
Concluído
 DNA Metabarcoding: how to design and analyse next-generation data for biodiversity monitoring (Outros)
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2023/01/23 - 2023/01/27
Concluído
 Production of Science Communication Activities (Outros)
Universidade de Lisboa Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2022/11/07 - 2022/11/11
Concluído
 Scientific Writing and Communication (Outros)
Universidade de Lisboa Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2022/05/30 - 2022/06/03
Concluído
 Experimental Design and Reproducibility in Science (Outros)
Universidade de Lisboa Centro de Ecologia Evolução e Alterações Ambientais, Portugal
2021/01/18 - 2021/03/20
Concluído
 Analyzing Data with Python (Outros)
International Business Machines Corp, Estados Unidos
2020/11/30 - 2020/12/21
Concluído
 High-Dimensional Data Analysis (Outros)
Harvard University T H Chan School of Public Health, Estados Unidos
2020/11/29 - 2020/12/18
Concluído
 Statistical Inference and Modeling for High-throughput Experiments (Outros)
Harvard University T H Chan School of Public Health, Estados Unidos
2020/10/06 - 2020/11/03
Concluído
 Data Science: Inference and Modeling (Outros)
Harvard University T H Chan School of Public Health, Estados Unidos
2017/09/05 - 2019/11/25
Concluído
 Bioinformatics and Computational Biology (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Virulence genes and antibiotic resistance genes in microbiomes of human populations – a network perspective" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2017/10/28 - 2017/10/29
Concluído
 Introduction to the R Programming Language (Outros)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013/09/25 - 2017/06/09
Concluído
 Biology (Licenciatura)
Especialização em Molecular Biology and Genetics
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2022/03/01 - 2026/02/28 Evolutionary dynamics of bacterial genomes and metagenomes
UI/BD/153078/2022
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso

Outro

Designação Financiadores
2022/06/01 - 2024/12/31 GenoPhenoTraits - Genomic and phenotypic traits contributing to persistence of Listeria monocytogenes in food processing environment
PTDC/BAA-AGR/4194/2021
Investigador
Universidade Católica Portuguesa Centro Regional do Porto, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/11/01 - 2022/02/28 CIAinVET: Food-producing animals as reservoirs of resistance to Critically Important Antibiotics
PTDC/CVT-CVT/28469/2017
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Francisco Dionisio; Teresa Nogueira. "Multi-Drug Resistance in Bacterial Genomes—A Comprehensive Bioinformatic Analysis". International Journal of Molecular Sciences (2023): https://doi.org/10.3390/ijms241411438.
    10.3390/ijms241411438
  2. João S. Rebelo; Célia P. F. Domingues; Teresa Nogueira; Francisco Dionisio. "Plasmids Increase the Competitive Ability of Plasmid-Bearing Cells Even When Transconjugants Are Poor Donors, as Shown by Computer Simulations". Microorganisms (2023): https://doi.org/10.3390/microorganisms11051238.
    10.3390/microorganisms11051238
  3. João S. Rebelo; Célia P. F. Domingues; Francisco Dionisio. "Plasmid Costs Explain Plasmid Maintenance, Irrespective of the Nature of Compensatory Mutations". Antibiotics (2023): https://doi.org/10.3390/antibiotics12050841.
    10.3390/antibiotics12050841
  4. Francisco Dionisio; Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Francisca Monteiro; Teresa Nogueira. "The Impact of Non-Pathogenic Bacteria on the Spread of Virulence and Resistance Genes". International Journal of Molecular Sciences 24 3 (2023): 1967. http://dx.doi.org/10.3390/ijms24031967.
    Publicado • 10.3390/ijms24031967
  5. Daniel Silva; Célia P. F. Domingues; João F. Figueiredo; F Dionisio; Ana Botelho; Nogueira, Teresa. "Estuarine Aquacultures at the Crossroads of Animal Production and Antibacterial Resistance: A Metagenomic Approach to the Resistome". Biology (2022): https://www.mdpi.com/2079-7737/11/11/1681.
    10.3390/biology11111681
  6. Helena Darmancier; Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Ana Amaro; Francisco Dionísio; Joël Pothier; Octávio Serra; Teresa Nogueira. "Are Virulence and Antibiotic Resistance Genes Linked? A Comprehensive Analysis of Bacterial Chromosomes and Plasmids". Antibiotics 11 6 (2022): 706-706. https://doi.org/10.3390/antibiotics11060706.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/antibiotics11060706
  7. Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Francisca Monteiro; Teresa Nogueira; Francisco Dionisio. "Harmful behaviour through plasmid transfer: a successful evolutionary strategy of bacteria harbouring conjugative plasmids". Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences (2022): https://doi.org/10.1098/rstb.2020.0473.
    Publicado • 10.1098/rstb.2020.0473
  8. João S. Rebelo; Célia P. F. Domingues; Francisca Monteiro; Teresa Nogueira; Francisco Dionisio. "Bacterial persistence is essential for susceptible cell survival in indirect resistance, mainly for lower cell densities". PLOS ONE (2021): https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246500.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1371/journal.pone.0246500
  9. João S. Rebelo; Célia P. F. Domingues; Francisco Dionisio; Manuel C. Gomes; Ana Botelho; Teresa Nogueira. "COVID-19 Lockdowns May Reduce Resistance Genes Diversity in the Human Microbiome and the Need for Antibiotics". International Journal of Molecular Sciences (2021): https://doi.org/10.3390/ijms22136891.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/ijms22136891
  10. Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Joël Pothier; Francisca Monteiro; Teresa Nogueira; Francisco Dionisio. "The Perfect Condition for the Rising of Superbugs: Person-to-Person Contact and Antibiotic Use Are the Key Factors Responsible for the Positive Correlation between Antibiotic Resistance Gene Diversity and Virulence Gene Diversity in Human Metagenomes". Antibiotics 10 5 (2021): 605. https://doi.org/10.3390/antibiotics10050605.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/antibiotics10050605
  11. Domingues, C. P. F.; Rebelo, J. S.; Dionisio, F.; Botelho, A.; Nogueira, T.. "The Social Distancing Imposed To Contain COVID-19 Can Affect Our Microbiome: a Double-Edged Sword in Human Health". mSphere 5 5 (2020): http://dx.doi.org/10.1128/msphere.00716-20.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1128/msphere.00716-20
Entrada de enciclopédia
  1. Dionisio, F; Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Francisca Monteiro; Nogueira, Teresa. "The Role of Commensal and other Non-Pathogenic Bacteria". In Scholarly Community Encyclopedia, 2023. https://encyclopedia.pub/entry/40892.
Poster em conferência
  1. Célia P. F. Domingues; João S. Rebelo; Dionisio, Francisco; Nogueira, Teresa. "Co-ocorrência de genes de resistência a antibióticos: localização em plasmídeos nos microorganismos patogénicos prioritários". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2024, 2024.
  2. Daniel G. Silva; Célia P. F. Domingues; João Figueiredo; Dionisio, Francisco; Ana Botelho; Nogueira, Teresa. "Potencial epidémico de aquaculturas portuguesas através de uma perspetiva Uma Só Saúde: análise metagenómica do resistoma". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2024, 2024.
  3. Daniel G. Silva; Célia P. F. Domingues; João Figueiredo; Francisco Dionisio; Ana Botelho; Nogueira, Teresa. "Metagenomic analysis of the resistome of Portuguese aquacultures and its epidemic potential". Trabalho apresentado em 2nd Microbiome PT Summit, 2023.
  4. Daniel G. Silva; Célia P. F. Domingues; João Figueiredo; Francisco Dionisio; Ana Botelho; Nogueira, Teresa. "Metagenomic study of bacterial resistance and its epidemic potential in estuarine aquaculture farms in Portugal". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  5. Daniel G. Silva; Célia P. F. Domingues; João F. Figueiredo; Dionisio, Francisco; Ana Botelho; Nogueira, Teresa. "Microbiome and resistome dynamics of Portuguese estuarine aquacultures". Trabalho apresentado em XVIII National Meeting of Evolutionary Biology, 2022.
  6. Daniel G. Silva; Célia P. F. Domingues; Dionisio, Francisco; Ana Rosa Botelho; Nogueira, Teresa. "Estuarine Aquacultures at the Crossroads of Animal Production and Antibacterial Resistance A Metagenomic Approach to the Resistome". Trabalho apresentado em MicroSummit 2022, 2022.
  7. Daniel Silva; João Figueiredo; Célia P. F. Domingues; Francisco Dionisio; Ana Maulvault; Florbela Soares; Patricia Anacleto; Ana Botelho; Teresa Nogueira. "Antibiotic resistance determinants in estuarine aquacultures in Portugal". Trabalho apresentado em IC2AR 2022 - 5th International Caparica Conference in Antibiotic Resistance 2022, 2022.
  8. Silveira, H. D. ; Domingues, C. P. F.; Rebelo, J. S.; Amaro, A.; Dionísio, F.; Nogueira, T.. "Genomic dynamics of virulence and antibiotic resistance in bacterial genomes". Trabalho apresentado em 17th Annual Meeting of the Portuguese Association for Evolutionary Biology, 2021.
  9. Domingues, C. P. F.; Rebelo, J. S.; Nogueira, T.; Pothier, J.; Monteiro, F.; Dionisio, F.. "Why is there a positive correlation between the diversity of virulence and antibiotic-resistance genes?". Trabalho apresentado em RECOMB 2021 - 25th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2021.
  10. Rebelo, J. S.; Domingues, C. P. F.; Monteiro, F.; Nogueira, T.; Dionisio, F.. "Plasmid transfer as a weapon against plasmid-free cells - a strategy that leads to plasmid maintenance". Trabalho apresentado em RECOMB 2021 - 25th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2021.
  11. Rebelo, J. S.; Domingues, C. P. F.; Monteiro, F.; Nogueira, T.; Dionisio, F.. "Long life of persistent cells – faults and errors resulting in a power-law decay". Trabalho apresentado em Ciências Research Day, 2020.
  12. Rebelo, J. S.; Domingues, C. P. F.; Dionisio, F.; Botelho, A.; Nogueira, T.. "How the measures imposed due to COVID-19 influence the human microbiome?". Trabalho apresentado em Ciências Research Day, 2020.
  13. Domingues, C. P. F.; Rebelo, J. S.; Nogueira, T.; Pothier, J.; Monteiro, F.; Dionisio, F.. "Ratio between contagion probability and resistance genes loss rate is key for the emergence of a positive correlation between the diversity of virulence and antibiotic-resistance genes". Trabalho apresentado em Ciências Research Day, 2020.
  14. Domingues, C. P. F.; Rebelo, J. S.; Dionisio, F; Botelho, A.; Nogueira, T.. "The Distancing Imposed To Contain COVID-19 Can Affect Our Microbiome: a Double-Edged Sword in Human Health". Trabalho apresentado em 6th Annual Meeting 2020 Frontiers in E3, 2020.
  15. Domingues, C.P.F.; Rebelo, J.S.; Nogueira, T.; Pothier, J.; Dionísio, F.. "Correlation between virulence and antibiotic resistance: a study through computational simulations". Trabalho apresentado em VIII Jornadas de Investigação em Biologia, 2020.
  16. Rebelo, J.S.; Domingues, C.P.F.; Dionísio, F.. "Indirect resistance to ampicillin – a computational approach to understand the role of persistence". Trabalho apresentado em VIII Jornadas de Investigação em Biologia, 2020.
  17. Domingues, C.P.F.; Nogueira, T.; Dionísio, F.. "Virulence genes and antibiotic resistance genes in microbiomes of human populations – a network perspective". Trabalho apresentado em XV Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2019.
Tese / Dissertação
  1. Domingues, Célia. "Virulence genes and antibiotic resistance genes in microbiomes of human populations – a network perspective". Mestrado, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2019.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/10/24 Genomic dynamics and evolution of antibiotic resistance in microbial ecosystems Evolving Microbes and Global Health
Gulbenkian Institute for Molecular Medicine
2024/10/24 Conjugative plasmids as biological weapons of donor bacterial cells Evolving Microbes and Global Health
Gulbenkian Institute for Molecular Medicine,
2022/12/16 Long-term plasmid maintenance - plasmids used as weapons in bacterial competition XVIII National Meeting of Evolutionary Biology
Universidade do Minho
2022/09/08 The ecology of indirect resistance to antibiotics 5th International Caparica Conference in Antibiotic Resistance 2022
NOVA School of Science and Technology
2022/09/05 Genomic dynamics and evolution of antibiotic resistance and bacterial virulence 5th International Caparica Conference in Antibiotic Resistance 2022
NOVA School of Science and Technology
2022/06/27 Unrevealing plasmids through (meta)genomics SciMonday
INIAV
2022/01/13 The plasmid paradox demands a paradoxical solution Encontros Scientia cE3c
2021/10/21 Implications of human interactions on our metagenomes Seminários em Bioinformática e Biologia Computacional
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
2021/10/03 Impact of COVID-19 measures on resistance genes diversity in the human microbiome and antibiotic administration Frontiers in E3 - 7th Annual Meeting
Centre for Ecology, Evolution and Environmental Changes - cE3c (Portugal)
2021/10/01 Are you sure you know why certain plasmids have the ability to transfer between bacteria? Frontiers in E3 - 7th Annual Meeting
Centre for Ecology, Evolution and Environmental Changes - cE3c (Portugal)
2021/05/13 Are bacterial pathogenicity and antibiotic resistance linked? VI Ciclo de Conferências em Biotecnologia
Universidade da Beira Interior (Portugal)
2021/05/12 The dark side of conjugative plasmids Encontros Scientia cE3c
2021/02/02 Human connections drive the evolution of metagenomes with virulence and antibiotic-resistance genes Alphy 2021
(França)
2020/12/16 Human microbiome evolution and antibiotic resistance in pandemic times XVI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2020/12/16 Bacterial persistance: an evolutionary mechanism or a set of error in lucky bacteria? XVI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2020/12/16 Human social interactions shape the distribution of pathogenicity and antibiotic resistance genes (Awarded as Best Short Talk) XVI Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2020/11/19 Antibiotics and social interactions shape human metagenomes Genómica Estrutural e Evolutiva
Instituto Politécnico de Setúbal - Escola Superior de Tecnologia do Barreiro
2020/10/19 Human metagenomes: from antibiotics to its consequences Seminários em Bioinformática e Biologia Computacional
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
2020/10/01 Understanding the correlation between virulence and antibiotic resistance genes in human metagenomes through computational simulations 6th Annual Meeting 2020 Frontiers in E3
2020/10/01 The advantage of dying slowly - the impact of persistence in indirect resistance 6th Annual Meeting 2020 Frontiers in E3
2019/10/24 Pathogenic and antibiotic resistance genes - How are they correlated? Seminários em Bioinformática e Biologia Computacional
Universidade de Lisboa - Faculdade de Ciências

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021/02/08 - 2021/05/07 Computational approach on the dynamics of growth and conjugation in bacteria
Coorientador
 Estudo Orientado em Biologia Molecular e Genética (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/02/08 - 2021/05/07 Estimation of the number of transconjugants using computer simulations
Coorientador
 Estudo Orientado em Biologia Molecular e Genética (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/02/08 - 2021/05/07 Simulation of plasmid transfer on solid surfaces
Coorientador
 Estudo Orientado em Biologia Molecular e Genética (Iniciação científica)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2018/07/23 - 2018/07/27 Volunteer at the organizing committee of the 11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (2018/07/23 - 2018/07/27)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/03/14 - 2018/03/16 7th Bioinformatic Open Days (2018/03/14 - 2018/03/16)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Minho, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2024/03/27 - 2024/03/27 Deciphering the Microbiome: Research and Applications in Early Human Development
Simpósio
Applied Microbiology International, Reino Unido
2023/10/26 - 2023/10/27 2nd Microbiome PT Summit
Conferência
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2023/07/03 - 2023/07/10 Clinical and Environmental Metagenome Analysis
Oficina (workshop)
 Rice Global Paris Center (Paris)
Rice University, Estados Unidos
2022/12/15 - 2022/12/16 XVIII National Meeting of Evolutionary Biology
Encontro
 XVIII ENBE
Universidade do Minho, Portugal
2021/10/27 - 2021/10/27 One Health EJP Dissemination Workshop on Metagenomics
Oficina (workshop)
2021/08/29 - 2021/09/01 25th International Conference on Research in Computational Molecular Biology
Conferência
 RECOMB 2021
Università degli Studi di Padova, Itália
2021/02/04 - 2021/02/04 1st Microbiome PT Summit
Encontro
BioData.pt, Portugal
2021/01/26 - 2021/01/27 Inhomogeneous random networks
Conferência
Institut Curie, França

Institut Henri Poincaré, França
2020/11/18 - 2020/11/18 3rd Workshop on Human BioMonitoring in Portugal
Oficina (workshop)
2020/06/22 - 2020/06/25 24th International Conference on Research in Computational Molecular Biology
Conferência
 RECOMB 2020
Università degli Studi di Padova, Itália
2018/03/14 - 2018/03/14 Understanding Microbial Dynamics and Interventions with Mathematical Models
Oficina (workshop)
Universidade do Minho, Portugal
2017/10/26 - 2017/11/09 Persuasion and Influencing Course
Outro
 Speak and Lead
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2014/02/24 - 2014/03/06 II Jornadas de Investigação em Biologia
Encontro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2021/04/08 - 2021/04/09 Fundamentals of R, statistical analysis and data treatment course given to students of the Master in Applied Microbiology (7h duration) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Distinções

Prémio

2020 Best Short Talk (Human social interactions shape the distribution of pathogenicity and antibiotic resistance genes) - XVI Portuguese Meeting of Evolutionary Biology
Universidade de Aveiro, Portugal

Outra distinção

2020 Most read paper September 2020 - mSphere
American Society for Microbiology, Estados Unidos
2020 Top most read paper October-December 2020 - mSphere
American Society for Microbiology, Estados Unidos