Sofia de Oliveira Dias Duarte (BC1B-B8AB-73BC)

Curriculum Vitae

Sofia de Oliveira Dias Duarte

Sofia de Oliveira Dias Duarte. Completed the Mestrado integrado in Microbiologia Aplicada in 2011 by Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Doutoramento in Biotecnologia e Biociências in 2018/04/16 by Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Licenciatura in Psicologia in 2005 by Universidade de Lisboa Faculdade de Psicologia and Licenciatura in Biologia in 2009 by Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências. Is Researcher in Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento. Published 14 articles in journals. Has 2 section(s) of books. Organized 1 event(s). Participated in 8 event(s). Supervised 5 MSc dissertation(s) e co-supervised 1. Supervised 1 work(s) of course completion of LSc/BSc e co-supervised 1. Has received 4 awards and/or honors. Participates and/or participated as PhD Student Fellow in 1 project(s) and Researcher in 1 project(s). Works in the area(s) of Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Molecular Biology, Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Molecular Biology, Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Microbiology, Medical and Health Sciences with emphasis on Medical Biotechnology with emphasis on Health-Related Biotechnology, Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Biochemistry, Medical and Health Sciences with emphasis on Basic Medicine, Medical and Health Sciences with emphasis on Medical Biotechnology with emphasis on Gene-based Diagnostics and Therapeutic Interventions, Natural sciences with emphasis on Biological Sciences with emphasis on Genetics and Heredity, Medical and Health Sciences with emphasis on Medical Biotechnology with emphasis on Technologies Involving the Manipulation of Cells, Tissues, Organs or the Whole Organism, Exact Sciences with emphasis on Physical Sciences with emphasis on Optics, Engineering and Technology with emphasis on Civil Engineering with emphasis on Municipal and Structural Engineering and Engineering and Technology with emphasis on Nano-technology. In their professional activities interacted with 142 collaborator(s) co-authorship of scientific papers. In his curriculum Ciência Vitae the most frequent terms in the context of scientific, technological and artistic-cultural output are: Microbiologia; Saccharomyces bayanus; Saccharomyces cerevisiae; Etanol; Cálcio; Live delivery vectors; Escherichia coli; Lactococcus lactis; Lactobacillus; Lactococcus; PCR; cDNA; mRNA; CRISPR-Cas9; Gibson Assembly; Biobricks; Knockouts; HPLC; Recombineering; ELISA; Bacillus pasteurii; Urease; Förster Resonance Energy Transfer; Synthetic Biology; Cloning; pDNA engineering; Protein engineering; Strain engineering; Recombinant proteins; Recombinant DNA; Recombinant strains; Plasmid Copy Number; Site-directed mutagenesis; Homologous recombination; Fusion protein; Cell factory; Metabolic engineering; Random mutagenesis; Genome engineering; Restriction enzymes; Agarose gel; Quantitative real-time PCR; Plasmid DNA; Genomic DNA; Reverse transcription qPCR; Reverse transcription; Proteins; Nucleic Acid purification; Nucleic acid quantification; Metabolite quantification; Lactic Acid Bacteria; Gram-positive bacteria; Gram-negative bacteria; Yeast; Animal cells; Stem cells; Cell factories; Heat shock transformation; Electroporation; Curcumin; DNA vaccines; Cytokines; Liposomes; Liposomes/pDNA complex; Comparative genomics; Sequence analysis; Confocal microscopy; Biocimentation; Biological Engineering and Biotechnology - Biotechnology; Systems Biology; Therapeutic agents; Cancer; pTRKH3; Ribosome Binding Site; Enzymes; Microfluidics; Soil; Pore clogging; Ground improvement; Clays; Tensile strength; Porosimetry; Osmotic effects on clay; Biocement; Bacteria; Rehabilitation; Protection; Porous media; Urease-based biocementation; Nanomedicine; Diabetes; Biodegradable polymeric nanoparticles; Synthetic biology; Lactic acid bacteria; A

Ler resumo completo ↓

Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Sofia de Oliveira Dias Duarte

Nomes de citação

Duarte, Sofia
Duarte, Sofia O. D.
Duarte, Sofia Oliveira Dias
Duarte, S. O.
Duarte, S.
Duarte, S. O. D.
Duarte, Sofia O.

Identificadores de autor

Ciência ID: BC1B-B8AB-73BC
ORCID iD: 0000-0002-7945-1474

Endereços de correio eletrónico

sofia.duarte@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)

Telefones

Telefone

218419130 (Profissional)

Moradas

IBB-Institute for Bioengineering and Biosciences, BioEngineering Research Group, Instituto Superior Técnico. Av. Rovisco Pais, 1, 1049-001, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

https://orcid.org/0000-0002-7945-1474 (Profissional)
http://ibb.tecnico.ulisboa.pt/resSOD.html (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Diagnóstico e Terapias de Base Genética
Ciências Médicas e da Saúde - Medicina Básica
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade
Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Tecnologias que envolvem a Manipulação de Células,Tecidos,Órgãos ou todo o Organismo
Ciências Exatas - Física - Ótica
Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Civil - Engenharia Municipal e de Estruturas
Ciências da Engenharia e Tecnologias - Nanotecnologia

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)
Francês	Utilizador elementar (A2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador elementar (A2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador elementar (A2)

Formação

	Grau	Classificação
2013/06/01 - 2018/04/16 Concluído	Biotecnologia e Biociências (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Lactic acid bacteria as cell factories: A synthetic biology approach for plasmid DNA and recombinant protein production" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Approved with Distinction
2009 - 2011 Concluído	Microbiologia Aplicada (Mestrado integrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "The role of calcium in Saccharomyces sp. response to ethanol stress" (TESE/DISSERTAÇÃO)	18
2006 - 2009 Concluído	Biologia (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)	17
2000 - 2005 Concluído	Psicologia (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Psicologia, Portugal "N/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/04/10 - Atual	Investigador (Investigação)	Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2022/03/21 - 2022/12/31	Investigador (Investigação)	Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2019/02/01 - 2021/09/30	Investigador Contratado (Investigação)	Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2018/07/01 - 2019/01/31	Investigador (Investigação)	Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2011/12/01 - 2013/05/31	Investigador (Investigação)	Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2013/06/01 - 2018/04/16	PhD scolarship	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	Associação para o Desenvolvimento do Instituto Superior Técnico, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2013/06/01 - 2017/12/31	HETEROLOGOUS PRODUCTION OF CURCUMIN BY PROBIOTIC LACTIC ACID BACTERIA TOWARDS GASTROINTESTINAL CANCER THERAPY SFRH/BD/84267/2012	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2015 - 2016	A Synthetic Biology based approach to construct a Lactic Acid Bacteria/artificial plasmid platform for the production of plasmid DNA and recombinant proteins UID/BIO/04565/2013 Bolseiro de Doutoramento Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010/05/05 - 2013/05/04	SYNBIOBACTHER - Synthetic biology approaches to engineer "therapeutic" bacteria info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/102863/PT Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade do Minho, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2021/01/01 - 2025/12/31	Institute for Health and Bioeconomy LA/P/0140/2020 10.54499/LA/P/0140/2020 Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2018/07/01 - 2021/09/30	LactoSynt: Lactic Acid Bacteria as Cell Factories: a Synthetic Biology Approach for Plasmid DNA and Recombinant Protein Production PTDC/BTM-SAL/28624/2017 Investigador Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2019/12/31	Institute for Bioengineering and Biosciences UID/BIO/04565/2019 Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/01/01 - 2012/12/31	Strategic Project - LA 23 - 2011-2012 PEst-OE/EQB/LA0023/2011 Instituto de Biotecnologia e Bioengenharia, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Minho, Portugal Universidade do Algarve, Portugal Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal Universidade do Minho Laboratório de Paisagens Património e Território, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Cláudia Viegas; Duarte, Sofia; joão lourenço; ana grenha; Fonte, Pedro. "Optimization of mPEG-PLGA nanoparticles for antibody encapsulation as a potential plataform for lung cancer treatment by inhalation". Trabalho apresentado em 6th CiiEM Congress, 2023. Francisco Dias; Borges, Inês; Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel António Amaro; Cardoso, Rafaela. "Comparison of experimental techniques for biocementation of sands considering homogeneous volume distribution of precipitated calcium carbonate". Trabalho apresentado em EUNSAT2020, Lisbon, 2020. Aceite para publicação Albuquerque, D. C.; Cardoso, R.; Monteiro, G. A.; Duarte, S. O.; Martins, V. C.; Cardoso, S.. "Towards a portable magnetoresistive biochip for urease-based biocementation monitoring". 2019. 10.1109/ENBENG.2019.8692505
Artigo em revista	Mahesh Kumar; Tarun Virmani; Girish Kumar; Rohitas Deshmukh; Ashwani Sharma; Sofia Duarte; Pedro Brandão; Pedro Fonte. "Nanocarriers in Tuberculosis Treatment: Challenges and Delivery Strategies". Pharmaceuticals (2023): https://doi.org/10.3390/ph16101360. 10.3390/ph16101360 Cláudia Viegas; Ana B. Patrício; João Prata; Leonor Fonseca; Ana S. Macedo; Sofia O. D. Duarte; Pedro Fonte. "Advances in Pancreatic Cancer Treatment by Nano-Based Drug Delivery Systems". Pharmaceutics (2023): https://doi.org/10.3390/pharmaceutics15092363. 10.3390/pharmaceutics15092363 Cardoso, Rafaela; Borges, Inês; Joana Vieira Paulino; Duarte, Sofia O. D. ; Gabriel A. Monteiro. "Interactions between clay minerals, bacteria growth and urease activity on biocementation of soils". Applied Clay Science (2023): Acesso aberto • Aceite para publicação Gabriel A. Monteiro; Sofia O. D. Duarte. "The Effect of Recombinant Protein Production in Lactococcus lactis Transcriptome and Proteome". Microorganisms 10 2 (2022): 267-267. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020267. 10.3390/microorganisms10020267 Cardoso, Rafaela; Arbabzadeh, Emad; de Lima, Jonathan Tenório; Flores-Colen, Inês; Pereira, Manuel F.C.; Costa e Silva, Matilde; Duarte, Sofia O.D.; Monteiro, Gabriel A.. "The influence of stone joints width and roughness on the efficiency of biocementation sealing". Construction and Building Materials 283 (2021): 122743. http://dx.doi.org/10.1016/j.conbuildmat.2021.122743. 10.1016/j.conbuildmat.2021.122743 Sofia Duarte; Gabriel A. Monteiro. "Plasmid Replicons for the Production of Pharmaceutical-Grade pDNA, Proteins and Antigens by Lactococcus lactis Cell Factories". International Journal of Molecular Sciences (2021): https://www.mdpi.com/1422-0067/22/3/1379. Publicado • 10.3390/ijms22031379 Cardoso, Rafaela; Pedreira, Rita; Duarte, Sofia O.D.; Monteiro, Gabriel A.. "About calcium carbonate precipitation on sand biocementation". Engineering Geology 271 (2020): 105612. http://dx.doi.org/10.1016/j.enggeo.2020.105612. 10.1016/j.enggeo.2020.105612 Monteiro, G. A.; Duarte, S. O.; Martins, M. C.; Andrade, S. M.; Prazeres, D. M.. "High copy number plasmid engineering for biopharmaceutical-grade pDNA production in Lactococcus lactis". Journal of Biotechnology 305 (2019): S23-S24. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.092. Publicado • 10.1016/j.jbiotec.2019.05.092 Felício, Filipe; Silverio, Vania; Duarte, Sofia; Galvão, Ana; Monteiro, Gabriel; Cardoso, Susana. "Preliminary tests on a microfluidic device to study pore clogging during biocementation". E3S Web of Conferences 92 (2019): 11018. http://dx.doi.org/10.1051/e3sconf/20199211018. Acesso aberto • Publicado • 10.1051/e3sconf/20199211018 Duarte, Sofia O. D. ; Martins, Maria C.; Andrade, Sílvia M.; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel A.. "Plasmid Copy Number of pTRKH3 in Lactococcus lactis is Increased by Modification of the repDE Ribosome-Binding Site". Biotechnology Journal 14 8 (2019): 1800587. http://dx.doi.org/10.1002/biot.201800587. Acesso aberto • Publicado • 10.1002/biot.201800587 Cardoso, Rafaela; Pires, Inês; Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel A.. "Effects of clay's chemical interactions on biocementation". Applied Clay Science 156 (2018): 96-103. http://dx.doi.org/10.1016/j.clay.2018.01.035. Publicado • 10.1016/j.clay.2018.01.035 Silva IN; Duarte S; Moreira LM; Monteiro GA. "Draft Genome Sequence of the Plasmid-Free Lactococcus lactis subsp. lactis Strain LMG 19460.". Genome announcements (2017): http://europepmc.org/abstract/med/28428305. Publicado • 10.1128/genomeA.00210-17 Alves, Cláudia P. A.; Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel A.; Prazeres, Duarte Miguel F.. "Use of an Escherichia coli pgi knockout strain as a plasmid producer". BioPharm International 28 2 (2016): 38-42. https://www.biopharminternational.com/use-e-coli-pgi-knockout-strain-plasmid-producer. Acesso aberto • Publicado Magalhães, Salomé; Duarte, Sofia; Monteiro, Gabriel A.; Fernandes, Fábio. "Quantitative Evaluation of DNA Dissociation from Liposome Carriers and DNA Escape from Endosomes During Lipid-Mediated Gene Delivery". Human Gene Therapy Methods 25 5 (2014): 303-313. http://dx.doi.org/10.1089/hgtb.2014.080. Publicado • 10.1089/hgtb.2014.080
Capítulo de livro	Duarte, Sofia O D; Monteiro, Gabriel A. "A Real-Time Quantitative PCR Protocol for the Quantification of Plasmid Copy Number in Lactococcus lactis". In Methods in Molecular Biology. 2023. 10.1007/978-1-0716-3358-8_12 Cardoso, Rafaela; Pedreira, Rita; Duarte, Sofia; Monteiro, Gabriel; Borges, Hugo; Flores-Colen, Inês. "Biocementation as Rehabilitation Technique of Porous Materials". In New Approaches to Building Pathology and Durability, 99-120. Springer Singapore, 2016. Publicado • 10.1007/978-981-10-0648-7_5
Poster em conferência	Cláudia Viegas; Duarte, Sofia; ana grenha; Fonte, Pedro. "Microparticles containing antibody loaded mPEG-PLGA nanoparticles for lung cancer treatment by inhalation". Trabalho apresentado em XVth Spanish-Portuguese Conference on Controlled Drug Delivery, 2024. paulo dias; josé santos; diogo antunes; Duarte, Sofia; Moreira, Leonilde; Gabriel António Amaro Monteiro. "Graph-based and Gene-based Pangenome of Lactococcus lactis and Lactococcus cremoris". Trabalho apresentado em 3rd iBB Workshop, 2023. joão saavedra; Duarte, Sofia; ana rita silva-santos; Duarte Miguel de França Teixeira dos Prazeres; ana azevedo. "Scalable purification of bacteriophages preparations". Trabalho apresentado em 3rd iBB Workshop, 2023. Cláudia Viegas; Duarte, Sofia; joão lourenço; ana grenha; Fonte, Pedro. "Optimization of spray-dried mPEG-PLGA nanoparticles for antibody loading as a potential inhalable treatment of lung cancer". Trabalho apresentado em 3rd iBB Workshop, 2023. ana brasileiro patricio; Duarte, Sofia; Fernandes-Platzgummer, Ana; Carreira, Maria Catarina; vania silverio; Fonte, Pedro. "Microfluidic platform for co-encapsulation of cells and therapeutic proteins for regenerative medicine applications". Trabalho apresentado em 3rd iBB Workshop, 2023. Duarte, Sofia; João Prata; rui borges; Fonte, Pedro. "Development of nanostructured lipid carriers for therapeutic proteins delivery". Trabalho apresentado em 3rd iBB Workshop, 2023. Dionísio, Tiago; Duarte, Sofia; vanessa machado ; joão botelho; josé joão mendes; Fonte, Pedro; pedro brandao. "Fighting endodontic infections: preliminary results on a nanodentistry approach". Trabalho apresentado em 2nd Egas Moniz One Health Symposium, 2023. Cláudia Viegas; Duarte, Sofia; joão lourenço; ana grenha; Fonte, Pedro. "Formulations of mPEG-PLGA nanoparticles dry powder for subsquent antibody loading aimed at lung cancer treatment by inhalation". Trabalho apresentado em X Congresso Iberoamericano de Ciências Farmacêuticas, 2023. ana brasileiro patricio; Duarte, Sofia; Silverio, Vania; Fonte, Pedro. "Development of microfluidic platform for the production of cell-loaded microcarriers". Trabalho apresentado em UT Austin Portugal Annual Conference 2023, 2023. Patrício, Ana; Duarte, Sofia; Silverio, Vania; Fonte, Pedro. "Fabrication of cell-loaded delivery systems for regenerative medicine applications using microfluidics". Trabalho apresentado em 3rd Chem&Biochem Students Meeting, 2023. cláudia viegas; Duarte, Sofia; joão lourenço; ana grenha; Fonte, Pedro. "Development of inhalable mPEG-PLGA nanoparticles for antibody loading as a strategy for lung cancer treatment". Trabalho apresentado em 3rd Chem&Biochem Students Meeting, 2023. joão saavedra; Duarte, Sofia; ana rita silva-santos; Duarte Miguel de França Teixeira dos Prazeres; ana margarida azevedo. "Scalable purification of bacteriophages preparations". Trabalho apresentado em 3rd Chem&Biochem Students Meeting, 2023. cláudia viegas; Duarte, Sofia; joão lourenço; ana grenha; Fonte, Pedro. "Polymeric nanoparticles for antibody loading as a potential inhalable treatment for lung cancer". Trabalho apresentado em Ciencia 2023, 2023. Paulo dias; José Miguel Miquelão Santos; Antunes, Diogo; Duarte, Sofia; Moreira, Leonilde M; Prazeres, Duarte Miguel F.; Gabriel A. Monteiro. "Comparative Genomics and Pangenomics analyses of the Lactococcus lactis and Lactococcus cremoris species: development of a new in silico pipeline". Trabalho apresentado em 2nd iBB workshop, 2022. José Miguel Miquelão Santos; Gabriel A. Monteiro; Prazeres, Duarte Miguel F.; Duarte, S.. "Deletion of the nth lactococcal nuclease gene of Lactococcus lactis subsp. lactis LMG19460 using a two-plasmid CRISPR/Cas9-based genome editing system". Trabalho apresentado em 2nd iBB workshop, 2022. Alexandre Furtado; Gabriel A. Monteiro; Duarte, S.. "A synthetic biology approach to engineering high copy number plasmids for biopharmaceutical-grade pDNA production in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em 2nd iBB workshop, 2022. Duarte, S.; Bruno Costa; Paulo Dias; Moreira, Leonilde M; Prazeres, Duarte Miguel F.; Pedro pinheiro; Gonçalo justino; Gabriel A. Monteiro. "Exometabolome analysis of Lactococcus lactis LMG19460 – focus on the characterization of a novel ferulic acid pathway". Trabalho apresentado em 3º Bioiberoamerica, Ibero-American Congress on Biotechnology, 2022. Duarte, Sofia O. D. ; Bruno Costa; 031C-B4B2-0B2E; Moreira, Leonilde M; Prazeres, Duarte Miguel F.; Pinheiro, Pedro F.; Justino, Gonçalo C.; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Characterization of a novel ferulic acid pathway in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em Microbiotec21, 2021. 031C-B4B2-0B2E; 3510-7BD2-BCD1; Antunes, Diogo; Duarte, Sofia O. D. ; Moreira, Leonilde M; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Genome Sequence and Annotation of Lactococcus lactis Strain LMG 19460 and Novel Strains IST-LL01 and IST-LL02". Trabalho apresentado em Microbiotec21, 2021. 031C-B4B2-0B2E; Diogo de Lucena; Bruno Costa; Duarte, Sofia O. D. ; Pinheiro, Pedro F.; Justino, Gonçalo C.; Moreira, Leonilde M; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Reconstruction of the Metabolic Network of Lactococcus lactis strains IL1403 and LMG 19460". Trabalho apresentado em Microbiotec21, 2021. Silva, Bruno; Duarte, Sofia O. D. ; Moreira, Leonilde M; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Screening of Lactic Acid Bacteria strains for Electrotransformation Efficiency". Trabalho apresentado em Microbiotec21, 2021. 3510-7BD2-BCD1; Duarte, Sofia O. D. ; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Deletion of the nuclease gene nth leads to a decrease in plasmid DNA yields in Lactococcus lactis subsp. lactis LMG19460". Trabalho apresentado em 13th International Symposium on Lactic Acid Bacteria, 2021. Duarte, Sofia O. D. ; 031C-B4B2-0B2E; Moreira, Leonilde M; Prazeres, Duarte Miguel F.; Pinheiro, Pedro F.; Justino, Gonçalo C.; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Identification of the ferulic acid metabolism in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em 13th International Symposium on Lactic Acid Bacteria, 2021. 031C-B4B2-0B2E; Diogo de Lucena; Duarte, Sofia O. D. ; Pinheiro, Pedro F.; Moreira, Leonilde M; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Reconstruction of the Metabolic Network of Lactococcus lactis LMG 19460". Trabalho apresentado em 13th International Symposium on Lactic Acid Bacteria, 2021. Silva, Bruno; Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel António Amaro. "A high copy number plasmid with a high level of heterologous protein expression for Lactic Acid Bacteria". Trabalho apresentado em 13th International Symposium on Lactic Acid Bacteria, 2021. Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Redesign of Lactococcus lactis genome for increasing pDNA and recombinant protein production using a CRISPR/Cas9 strategy". Trabalho apresentado em 2021 Synthetic Biology: Engineering, Evolution & Design (SEED), 2021. 3510-7BD2-BCD1; Duarte, Sofia O. D. ; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel António Amaro. "Application of a CRISPR/Cas9-based genome editing system for improved biopharmaceutical grade plasmid DNA and recombinant protein production in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em 5th Applied Synthetic Biology in Europe, 2020. Santos, José; Monteiro, Gabriel António Amaro; Prazeres, Miguel; Duarte, Sofia Oliveira Dias. "Application of a CRISPR/Cas9-based genome editing system for improved biopharmaceutical grade plasmid DNA and recombinant protein yields in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em ASBE V - Applied Synthetic Biology in Europe, 2020. Silva, Bruno; Duarte, Sofia O. D. ; Monteiro, Gabriel António Amaro. "A high copy number plasmid with a high level of heterologous protein expression for Lactic Acid Bacteria". Trabalho apresentado em 5th Applied Synthetic Biotechnology in Europe, 2020. Pires, Rita; Monteiro, Gabriel; Prazeres, Miguel; Duarte, Sofia. "Genome editing for improvement of food-grade lactic acid bacteria". Trabalho apresentado em Microbiotec’19 Congress of Microbiology and Biotechnology 2019, 2019. Sancho, Stefany; Monteiro, Gabriel; Prazeres, Miguel; Moreira, Leonilde; Duarte, Sofia. "Screening of Lactic Acid Bacteria strains for biopharmaceutical-grade plasmid and recombinant protein production". Trabalho apresentado em Microbiotec’19 Congress of Microbiology and Biotechnology 2019, 2019. Santos, José; Monteiro, Gabriel; Prazeres, Duarte; Duarte, Sofia. "Adaptation of a one-plasmid genome editing system for increased production of biopharmaceutical grade recombinant molecules in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em Microbiotec’19 Congress of Microbiology and Biotechnology 2019, 2019. Duarte, Sofia O. D. ; Martins, Maria C.; Andrade, Sílvia M.; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel A.. "Engineering high copy number plasmids for pharmaceutical-grade pDNA production in Lactococcus lactis". Trabalho apresentado em BIOTEC 2019, Congreso Nacional de Biotecnologia, 2019. Albuquerque, D. C.; Cardoso, R.; Monteiro, G. A.; Duarte, S. O.; Martins, V. C.; Cardoso, S.. "Towards a portable magnetoresistive biochip for urease-based biocementation monitoring". Trabalho apresentado em 6th IEEE Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG 2019), 2019. Duarte, Sofia O. D. ; Alves, Cláudia P. A.; Martins, Maria C.; Cipriano, Diana; Silva, Inês N.; Moreira, Leonilde M.; Prazeres, Duarte Miguel F.; Monteiro, Gabriel A.. "Is increased plasmid DNA production in the Escherichia coli pgi knockout strain GALG20 linked to unintentional genomic deletions?". Trabalho apresentado em Microbiotec’15 Congress of Microbiology and Biotechnology 2015, 2015. Martins, Maria C.; Duarte, Sofia O. D. ; Andrade, Sílvia; Santos, José A.; Prazeres, Duarte Miguel F.; Monteiro, Gabriel A.. "Redesign of Lactic Acid Bacteria for plasmid DNA production". Trabalho apresentado em Microbiotec’15 Congress of Microbiology and Biotechnology 2015, 2015. Duarte, S.; Rodrigues, L.; Monteiro, G.. "Heterologous production of curcumin by probiotic lactic acid bacteria towards gastrointestinal cancer therapy". Trabalho apresentado em E3 Forum-Education, Employment & Entrepreneurship Conference, 2014. Duarte, S. O. D.; Paulo, J.; Machado, D.; Rocha, I.; Mergulhão, F. J. M.; Rodrigues, L. R; Monteiro, G. A.. "A synthetic biology approach to engineer "therapeutic" bacteria". Trabalho apresentado em MicroBiotec’13 Congress of Microbiology and Biotechnology 2013, 2013. Magalhães, Salomé; Duarte, Sofia; Monteiro, Gabriel A.; Prieto, Manuel; Fernandes, Fábio. "Trafficking Studies of plasmid DNA through Förster Resonance Energy Transfer". Trabalho apresentado em MicroBiotec’13 Congress of Microbiology and Biotechnology 2013, 2013. Magalhães, Salomé; Duarte, Sofia; Monteiro, Gabriel A.; Prieto, Manuel; Fernandes, Fábio. "Plasmid DNA delivery followed through Förster Resonance Energy Transfer". Trabalho apresentado em 9th EBSA European Biophysics Congress, 2013. Duarte, Sofia; Rodrigues, Lígia; Monteiro, Gabriel A.. "Heterologous production of curcumin by probiotic lactic acid bacteria towards gastrointestinal cancer therapy". Trabalho apresentado em E3 Forum-Education, Employment & Entrepreneurship Conference, 2013.
Tese / Dissertação	Duarte, Sofia. "Lactic acid bacteria as cell factories: A synthetic biology approach for plasmid DNA and recombinant protein production". Doutoramento, Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, 2018. Duarte, Sofia de Oliveira Dias; Monteiro, Gabriel António Amaro; Tenreiro, Ana Maria Moura Pires de Andrade, 1952-. "The role of calcium in Saccharomyces sp. response to ethanol stress". Mestrado, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2011. http://hdl.handle.net/10451/4029.

Outros

Outra produção

One-plasmid based CRISPR-Cas9 editing for gene deletion in Lactococcus lactis. 2021. José Miguel Miquelão Santos; Gabriel António Amaro Monteiro; Duarte Miguel de França Teixeira dos Prazeres; Sofia de Oliveira Dias Duarte. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-306012/v1.
10.21203/rs.3.rs-306012/v1
Cover Picture: Biotechnology Journal 8/2019. Cover Picture: Biotechnology Journal 8/2019. 2019. Duarte, Sofia O. D. ; Martins, Maria C.; Andrade, Sílvia M.; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel A.. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/biot.201970081.
10.1002/biot.201970081

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2024/01/26	Optimizing nanostructured lipid carriers as therapeutic protein delivery systems	IX Clinical Biochemistry Workshop (Portugal)
2024/01	Microparticles containing antibody encapsulated in mPEG-PLGA nanoparticles intended for lung cancer treatment by inhalation	IX Clinical Biochemistry Workshop (Portugal)
2023/07/13	Scalable purification of bacteriophages preparations	3rd Chem&Biochem Students Meeting (Portugal)
2023/07/07	Optimization of mPEG-PLGA nanoparticles for antibody encapsulation as a potential plataform for lung cancer treatment by inhalation	6th CiiEM Congress Egas Moniz School of Health & Science (Portugal)
2023/07/05	Microfluidic fabrication of cell-loaded delivery systems for regenerative medicine applications	6th CiiEM Congress Egas Moniz School of Health & Science (Portugal)
2022/12/19	Lactococcus lactis as cell factories for the advanced manufacturing of biopharmaceuticals	i4HB Kick-off meeting (Portugal)
2022/09/23	A synthetic biology approach to engineering high copy number plasmids for biopharmaceutical-grade pDNA production in Lactococcus lactis	2nd iBB workshop (Portugal)
2022/04/07	Engineering of a high copy number plasmid for a high level of heterologous protein expression	3º Bioiberoamerica, Ibero-American Congress on Biotechnology (Portugal)
2022/04/07	Development of a multiple plasmid system, CRISPR/Cas9-based, for genome editing of Lactococcus lactis subsp. lactis LMG19460	3º Bioiberoamerica, Ibero-American Congress on Biotechnology (Portugal)
2022/04/07	Redesign of Lactococcus lactis genome for increasing pDNA and recombinant protein production using a CRISPR/Cas9 strategy	3º Bioiberoamerica, Ibero-American Congress on Biotechnology (Portugal)
2021/11/26	Targeted removal of the nth nuclease gene from Lactococcus lactis subsp. lactis LMG19460 and its effects on plasmid DNA yield	Microbiotec21 (Portugal)
2021/11/25	A sustainable alternative for cheese production – a synthetic biology approach for chymosin production using recombinant Lactic Acid Bacteria	Microbiotec21 (Portugal)
2020/11/02	Increasing pDNA and recombinant protein production by Lactococcus lactis using a CRISPR/Cas9 strategy for genome redesign	5th Applied Synthetic Biotechnology in Europe (Países Baixos)
2019/09	Increasing plasmid copy number of PTRKH3 in Lactococcus lactis for biopharmaceutical-grade pDNA production	ECCE12/ECAB5 (European Congress of Chemical Engineering/ European Congress of Applied Biotechnology) (Florence, Itália)
2019/06	Preliminary tests on a microfluidic device to study pore clogging during biocementation	7th International Symposium on Deformation Characteristics of Geomaterials (Glasgow, Reino Unido)
2019/04	High copy number plasmid engineering for biopharmaceutical-grade pDNA production in Lactococcus lactis	European Biotechnology Congress 2019 (Valencia, Espanha)
2018/09/12	A synthetic biology approach for a safe and cost-effective pDNA and recombinant protein production using L. lactis	ESBES 2018, 12th European Symposium on Biochemical Engineering Sciences (Lisbon, Portugal)
2016/06/06	Engineering Lactic Acid Bacteria to improve plasmid DNA and protein production	BioIberoAmerica 2016 (Salamanca, Espanha)
2016/06	Melhoramento de um solo arenoso através de bio-cimentação [Improvement of a sandy soil through biocementation]	15CNG/8CLBG (15º Congresso Nacional de Geotecnia - 8º Congresso Luso-Brasileiro de Geotecnia 2016) (Porto, Portugal)
2015/03	Biocementation as rehabilitation technique	ISBP2015 1st International Symposium on Building Pathology (Porto, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2022/09 - 2023/12	Scalable production of bacteriophages preparations Coorientador
2021/09/01 - 2022/10	A sustainable alternative for cheese production – a synthetic biology approach for chymosin production using recombinant Lactic Acid Bacteria Orientador de Alexandre Furtado	Microbiologia Aplicada (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2021/09/01 - 2022/10	CRISPR/Cas9-based genome editing of Lactic Acid Bacteria for the improvement of curcumin production Orientador de Bruno Costa	Bioengenharia e Nanossistemas (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2021/02 - 2022/07	Evolution of the endonuclease nth in Lactobacillales species Coorientador
2022/02/01 - 2022/04/01	A synthetic biology approach for engineering a reporter plasmid for testing Lactococcus lactis knockout strains Orientador	Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2018/09/01 - 2019/12	Screening of Lactic Acid Bacteria strains for biopharmaceutical-grade plasmid and recombinant protein production Orientador de Stefany Dias Sancho	Microbiologia (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/07/01 - 2019/11	CRISPR/Cas9-based genome editing of lactic acid bacteria for the improvement of biopharmaceutical-grade plasmid and recombinant protein production Orientador de José Miguel Miquelão Santos	Microbiologia (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/07/01 - 2019/11	Lactic acid bacteria as producers of pharmaceutical-grade molecules: genetic engineering tools for improvement of Lactococcus lactis strains Orientador de Rita Pereira Coutinho Relvas Pires	Biotecnologia (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2018/07/01 - 2018/09/12	Participation in the Organizing Committee of the ESBES2018 symphosium. (2018/09/09 - 2018/09/12) Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2023 - 2023	Course “Advanced course on biomedical imaging”, organized by UTAustin Portugal Outro
2023 - 2023	Course “Utilização de extintores”, organized by Instituto Superior Técnico Outro
2023 - 2023	Course “Manual de segurança para laboratórios”, organized by Instituto Superior Técnico Outro
2023 - 2023	Course “Revisão sistemática da literatura”, organized by Instituto Superior Técnico Outro
2023 - 2023	Online symposium “The Landscape of Cancer Research”, organized by Technology Networks Simpósio
2023 - 2023	Webinar “Discover New Ways To Increase Your Throughput for Metabolic Stability Assays”, organized by Technology Networks Seminário
2023 - 2023	Webinar “Quality considerations for plasmid DNA as a starting material for cell and gene therapies”, organized by RegMedNet Seminário
2023 - 2023	Webinar “Powder Caking: Understanding Different Caking Behaviors and the Influence of Humidity”, organized by MicroMeritics Seminário

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2023/12/12	Purification of plasmid DNA using steric exclusion chromatography Arguente principal	Mariana Silva (Mestrado)
2023/11/29	Phage therapy to treat bacterial infections in Hidradenitis suppurativa patients Arguente principal	Madalena Almeida (Mestrado)
2023/11/24	Nanotecnologia aplicada à regeneração de feridas Arguente principal	Ana Rita Amaro (Mestrado)
2023/11/17	Improving strategies to develop anti-Candida treatments based on the vaginal species L. gasseri: from molecular approaches to physiological analyses Arguente principal	Gabriela Fontebasso (Mestrado)
2022/10	Quality control of phage formulations during GMP manufacturing Arguente principal	Catarina Silva (Mestrado)
2021/11/22	Lactic acid fermentation of industrial residues from the macroalga Gelidium corneum towards the improvement of protein content and nutritional value Arguente principal	Matilde Narciso (Mestrado)
2021/07/15	Cloning And Expression Of Human Recombinant Proteins - Initial steps for an enzymatic reactor to mimic drug metabolism Arguente principal	Josimar Cruz (Mestrado)

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2023 - Atual	Pharmaceutical Patent Analyst
2023 - Atual	JSMCentral
2022 - Atual	Microbial Cell Factories
2022 - Atual	Journal of Chromatography B
2021/04 - Atual	Scientific Reports	Nature
2020/02/25 - Atual	Marine Georesources & Geotechnology

Consultoria / Parecer

	Descrição da atividade	Instituição / Organização
2020 - 2021	Co-management of the logistics of the IST-COVID laboratory, which provided PCR tests for SARS-CoV-2 detection to the entire IST academic community

Distinções

Outra distinção

2011	Menção honrosa por melhor classificação no 1º ano do mestrado em Microbiologia Aplicada Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2010	Menção honrosa por melhor classificação no 3º ano da licenciatura em Biologia Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009	Menção honrosa por melhor classificação no 2º ano da licenciatura em Biologia Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2008	Menção honrosa por melhor classificação no 1º ano da licenciatura em Biologia Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal