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Cláudia Patrícia Almeida Alves completed her PhD in Biotechnology and Biosciences at Universidade de Lisboa, Instituto Superior Técnico, on May 14, 2021, following her Master's degree in Biological Engineering (2014) and her Bachelor's degree in Engineering Sciences - Biological Engineering (2013) from the same institution. She is currently a Postdoc in FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências. She has published 11 journal articles and 1 book chapter, organized 1 event, participated in 2 others, and served as an examiner on 4 Master's thesis juries. Her research spans Engineering and Technology (Industrial Biotechnology, Bioprocessing Technologies, Fermentation), Biological Sciences (Molecular Biology), and Medical Biotechnology (Gene-based Diagnostics and Therapeutics). Currently, she investigates the role of Inverted Formin 2 (INF2) in the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) exit from the endoplasmic reticulum (ER) and its degradation pathways—key processes in cystic fibrosis research.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Cláudia Patrícia Almeida Alves

Nomes de citação

  • Alves, Cláudia
  • Alves, CPA
  • Cláudia P.A. Alves

Identificadores de autor

Ciência ID
EE1A-A713-343E
ORCID iD
0000-0002-5626-9100
Scopus Author Id
57188665467

Domínios de atuação

  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial - Tecnologias de BioProcessamento
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial - Fermentação
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Diagnóstico e Terapias de Base Genética

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2016/09/12 - 2021/05/14
Concluído
 Biotecnologia e Biociências (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
""Escherichia coli Genome Engineering For Improved Minicircle Production"" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Pass with distinction
2014
Concluído
 Mestrado Integrado em Engenharia Biológica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Development of a method for the purification of minicircles" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 16
2013
Concluído
 Ciências de Engenharia - Engenharia Biológica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 13
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024/04/22 - Atual Pós-doutorado (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2021/11/01 - 2022/03/31 Investigador Contratado (Investigação) Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2015/09/01 - 2016/08/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2015/02/01 - 2015/05/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/06 - 2022/11 Research Assistant (independent contractor) Self-employed, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/06 - 2021/09 Volunteer research assistant Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2016/09 - 2020/10 PhD student Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/05 - 2020/03 Visiting PhD student Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
University of Florida Department of Microbiology and Cell Science, Estados Unidos
2014/12/13 - 2015/01/31 Volunteer research assistant Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2016/09/01 - 2020/10/31 CRISPR/Cas9-based engineering of Escherichia coli for BioBrick based minicircles
PD/BD/116842/2016
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2018/10/01 - 2022/04/30 Lactic acid bacteria as cell factories: a Synthetic Biology approach for plasmid DNA and recombinant protein production
PTDC/BTM-SAL/28624/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/09/01 - 2021/12/31 Biorecognition as a Tool for the Functionalization of Cellulose-based Materials with Biomolecules and Nanostructures
PTDC/CTM-CTM/30790/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31 Institute for Bioengineering and Biosciences
UID/BIO/04565/2019
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Ulpiano, Cristiana; Alves, Claudia A. P.; Silva-Santos, A. Rita; Serra, Joana; da Silva, Claudia L.; Monteiro, Gabriel A.. "RNAi as a tool to inhibit the angiogenic potential of human Mesenchymal Stem/Stromal Cells in malignancy". Trabalho apresentado em 6th IEEE Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), 2019.
    10.1109/enbeng.2019.8692558
Artigo em revista
  1. Cláudia P.A. Alves; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Recombination efficiency measurement by real-time PCR: A strategy to evaluate ParA-mediated minicircle production". Analytical Biochemistry 628 (2021): 114285-114285. https://doi.org/10.1016/j.ab.2021.114285.
    10.1016/j.ab.2021.114285
  2. Serra, Joana; Alves, Cláudia P. A.; Cabral, Joaquim M. S.; Monteiro, Gabriel A.; Silva, Cláudia L.; Prazeres, Duarte Miguel F.. "Minicircle-based expression of vascular endothelial growth factor in mesenchymal stromal cells from diverse human tissues". The Journal of Gene Medicine 23 (2021): e3342. http://dx.doi.org/10.1002/jgm.3342.
    10.1002/jgm.3342
  3. Alves, Cláudia P. A.; Prazeres, Duarte Miguel F.; Monteiro, Gabriel A.. "Minicircle Biopharmaceuticals-An Overview of Purification Strategies". Frontiers in Chemical Engineering 2 (2021): 612594. http://dx.doi.org/10.3389/fceng.2020.612594.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fceng.2020.612594
  4. Silva-Santos, A. Rita; Alves, Cláudia P.A.; Monteiro, Gabriel; Azevedo, Ana M.; Prazeres, Duarte Miguel F.. "Multimodal chromatography of supercoiled minicircles: A closer look into DNA-ligand interactions". Separation and Purification Technology 212 (2019): 161-170. http://dx.doi.org/10.1016/j.seppur.2018.11.015.
    Publicado • 10.1016/j.seppur.2018.11.015
  5. Serra, Joana; Alves, Cláudia P.A.; Brito, Liliana; Monteiro, Gabriel A.; Cabral, Joaquim M.S.; Prazeres, Duarte Miguel F.; da Silva, Cláudia L.. "Engineering of Human Mesenchymal Stem/Stromal Cells with Vascular Endothelial Growth Factor-Encoding Minicircles for Angiogenic Ex Vivo Gene Therapy". Human Gene Therapy 30 3 (2019): 316-329. http://dx.doi.org/10.1089/hum.2018.154.
    Publicado • 10.1089/hum.2018.154
  6. Alves, Cláudia P. A.; Šimcíková, Michaela; Brito, Liliana; Monteiro, Gabriel A.; Prazeres, Duarte Miguel F.. "Production and Purification of Supercoiled Minicircles by a Combination of In Vitro Endonuclease Nicking and Hydrophobic Interaction Chromatography". Human Gene Therapy Methods 29 4 (2018): 157-168. http://dx.doi.org/10.1089/hgtb.2018.046.
    Publicado • 10.1089/hgtb.2018.046
  7. Silva-Santos, A. Rita; Alves, Cláudia P.A.; Prazeres, Duarte Miguel F.; Azevedo, Ana M.. "A process for supercoiled plasmid DNA purification based on multimodal chromatography". Separation and Purification Technology 182 (2017): 94-100. http://dx.doi.org/10.1016/j.seppur.2017.03.042.
    Publicado • 10.1016/j.seppur.2017.03.042
  8. Šimcíková, Michaela; Alves, Cláudia P. A.; Brito, Liliana; Prather, Kristala L. J.; Prazeres, Duarte M. F.; Monteiro, Gabriel A.. "Improvement of DNA minicircle production by optimization of the secondary structure of the 5'-UTR of ParA resolvase". Applied Microbiology and Biotechnology 100 15 (2016): 6725-6737. http://dx.doi.org/10.1007/s00253-016-7565-x.
    Publicado • 10.1007/s00253-016-7565-x
  9. Alves, Cláudia P.A.; Šimcíková, Michaela; Brito, Liliana; Monteiro, Gabriel A.; Prazeres, Duarte Miguel F.. "Development of a nicking endonuclease-assisted method for the purification of minicircles". Journal of Chromatography A 1443 (2016): 136-144. http://dx.doi.org/10.1016/j.chroma.2016.03.035.
    Publicado • 10.1016/j.chroma.2016.03.035
  10. Alves, C.P.A.; Duarte, S.O.D.; Monteiro, G.A.; Prazeres, D.M.F.. "Use of an E. coli pgi Knockout Strain as a Plasmid Producer". BioPharm International 29 2 (2016): 38-42. https://www.biopharminternational.com/view/use-e-coli-pgi-knockout-strain-plasmid-producer.
    Acesso aberto • Publicado
  11. Silva-Santos, A.R.; Alves, C.P.A.; Prazeres, D.M.F.; Azevedo, A.M.. "Separation of plasmid DNA topoisomers by multimodal chromatography". Analytical Biochemistry 503 (2016): 68-70. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84964681172&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1016/j.ab.2016.03.012
Capítulo de livro
  1. Alves, Cláudia P. A.; Prazeres, Duarte Miguel F.; Monteiro, Gabriel A.. "Real-Time PCR Method for Assessment of ParA-Mediated Recombination Efficiency in Minicircle Production". In Methods in Molecular Biology, 117-131. Springer US, 2023.
    10.1007/978-1-0716-3358-8_10
Poster em conferência
  1. Alves, CPA; Oliveira, João; Ferreira, João F.; Pedemonte, Nicoletta; Tomati, Valeria; Carlos M. Farinha. "Exploring the cellular pathways to promote rescue of mutant CFTR in cystic fibrosis". Trabalho apresentado em 23rd Convention of Investigators in Cystic Fibrosis, 2025.
  2. Ferreira, João F.; Alves, CPA; Pedemonte, Nicoletta; Tomati, Valeria; Carlos M. Farinha. "The inverted formin INF2 in the regulation of CFTR expression and trafficking". Trabalho apresentado em 20th ECFS Basic Science Conference, 2025.
  3. Ferreira, João F.; Alves, CPA; Pedemonte, Nicoletta; Tomati, Valeria; Carlos M. Farinha. "Exploring the cellular pathways to promote rescue of mutant CFTR in cystic fibrosis". Trabalho apresentado em 22nd Convention of Investigators in Cystic Fibrosis, 2024.
  4. Cláudia P.A. Alves; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Development of a real-time PCR method to evaluate ParA-mediated recombination efficiency in minicircle production". Trabalho apresentado em ESBES 2021, virtual conference, 2021.
  5. Cláudia P.A. Alves; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Determination of recombination efficiency by real-time PCR - a strategy to evaluate minicircle production". Trabalho apresentado em Microbiotec'19 Congress of Microbiology and Biotechnology, 2019.
  6. Cláudia P.A. Alves; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Improving minicircle DNA production by in silico re-design of the ParA resolvase untranslated region". Trabalho apresentado em ESBES 2018, 12th European Symposium on Biochemical Engineering Sciences, 2018.
  7. A. Rita Silva-Santos; Cláudia P. A. Alves; Gabriel A. Monteiro; Ana M. Azevedo; Duarte Miguel F. Prazeres. "Multimodal chromatography of supercoiled minicircles: a closer look into DNA-ligand interactions". Trabalho apresentado em ESBES 2018, 12th European Symposium on Biochemical Engineering Sciences, 2018.
  8. Cláudia P.A. Alves; Michaela Simcikova; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Optimization of ParA resolvase untranslated region - a strategy to boost minicircle DNA production". Trabalho apresentado em Microbiotec'17 Congress of Microbiology and Biotechnology, 2017.
  9. Cláudia P.A. Alves; Michaela Simcikova; Liliana Brito; Kristala L. J. Prather; Gabriel A. Monteiro; Duarte Miguel F. Prazeres. "Development of a Nuclease-assisted Method for the Purification of Minicircles". Trabalho apresentado em Microbiotec’15 Congress of Microbiology and Biotechnology, 2015.
  10. A. Rita Silva-Santos; Cláudia P.A. Alves; Ana M. Azevedo; Duarte Miguel F. Prazeres. "Separation of plasmid DNA topoisomers by multimodal chromatography". Trabalho apresentado em Microbiotec’15 Congress of Microbiology and Biotechnology, 2015.
  11. Sofia O.D. Duarte; Cláudia P.A. Alves; Maria C. Martins; Diana Cipriano; Inês N. Silva; Leonilde M. Moreira; Duarte Miguel F. Prazeres; Gabriel A. Monteiro. "Is increased plasmid DNA production in the Escherichia coli pgi knockout GALG20 strain linked to unintentional genomic deletions?". Trabalho apresentado em Microbiotec’15 Congress of Microbiology and Biotechnology, 2015.
  12. Liliana Brito; Michaela Simcikova; Joana Boura; Ana Marisa Salgueiro; Cláudia Alves; António Fiarresga; Cláudia Lobato da Silva; et al. "Transient engineered human Mesenchymal Stem Cells to promote angiogenesis". Trabalho apresentado em iMed Lisbon, 2014.
Tese / Dissertação
  1. Alves, CPA. "Escherichia coli genome engineering for improved minicircle production". Doutoramento, Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, 2021.
  2. Alves, CPA. "Development of a method for the purification of minicircles". Mestrado, Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, 2014.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019 Improving minicircle DNA production in E. coli - in vivo analysis of recombination efficiency after re-design of ParA resolvase 5'-UTR Microbiotec'19 Congress of Microbiology and Biotechnology
(Coimbra, Portugal)
2016 Purification of supercoiled minicircles by a nicking endonuclease-assisted hydrophobic interaction chromatography method BioIberoAmerica
(Salamanca, Espanha)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2017/06/02 - 2018/09/12 Participation in the Organizing Committee of the 12th Symposium of the European Society of Biochemical Engineering Sciences (ESBES2018) (2018/09/09 - 2018/09/12)
Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2018/09/18 - 2018/09/22 Cell Culture-based Viral Vaccines Course, 3rd Edition
Oficina (workshop)
European Society Of Animal Cell Technology, Alemanha
2017/09/24 - 2017/09/28 Animal Cell Technology course, 7th edition
Oficina (workshop)
European Society Of Animal Cell Technology, Alemanha

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2025/12/04 Improving Plasmid DNA Production: Comparative Analysis of Escherichia coli GALG20 and MG1655 Strains
Arguente
 Íris Vaz de Lacerda (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/11/27 Advancing plasmid DNA purification: influence of plasmid size on steric exclusion chromatography using 3D-printed matrices
Arguente
 Patrícia Alexandra Ribeiro Boto (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/11/12 Continuous alkaline lysis of plasmid-containing E. coli cells using an oscillatory flow reactor
Arguente
 Carla Cristina dos Reis Lopes (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2023/11/28 3D-Printed Matrices for the Purification of Plasmid DNA
Arguente
 Joana da Costa Silva (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/11 - 2022/03 Daniela Muntean
2021/11 - 2022/03 Gonçalo Damas
2018 - 2018 Cristiana da Silva Ulpiano
2018 - 2018 Tiago Miguel Ricardo Ligeiro
2017 - 2017 Marisa Mariano Faustino
2015 - 2015 Ana Rita da Silva Santos