Nuno Miguel Formiga Borges (4D1C-299C-14B6)

Curriculum Vitae

Nuno Miguel Formiga Borges

Nuno Borges is Auxiliary Researcher at the Marine and Environmental Sciences Centre - Polytechnic Institute of Setúbal (MARE-IPS). He is Invited Adjunct Professor of Microbiology (Environmental and Food) and Food Safety in Aquaculture at the Setúbal School of Technology, Polytechnic Institute of Setúbal (EST-IPS), Portugal. He graduated in biochemistry at the Faculty of Sciences, University of Lisbon (Portugal) in 1999. He obtained his Ph.D. degree in biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB), New University of Lisbon (Portugal) in 2004, and was a postdoctoral fellow at the ITQB (Portugal), Universidad Autónoma de Madrid (Spain), and Kyoto University (Japan) from 2004 to 2008. He was then awarded the Research Scientist contract "Ciência" (2008-2019) at the ITQB. From 2019 to 2021, he was a doctorate Researcher at the Institute for Bioengineering and Biosciences, Instituto Superior Técnico (Portugal). He has published 34 articles in peer-reviewed international journals, with an h-index of 21 and an i-10 index of 27. His published work has been cited more than 1,400 times, being welcomed by highly ranked, multidisciplinary, and specialized journals such as Annual Reviews in Animal Biosciences, Environmental Microbiology, Nature communications, Microbiological Research, and applied and Environmental Microbiology. Since 2007, he has contributed as reviewer for several indexed journals, including Extremophiles, J. Bacteriology, and Research in Microbiology. Since 2010, he has supervised 4 Ph.D., 2 M.Sc., and 4 undergraduate students (1 ongoing) in the framework of 16 R&D projects (2 as principal investigator). He was invited to deliver 5 oral communications in international conferences. He co-organized one international congress (400 participants) and was engaged as a co-organizer or participant in several dissemination activities. Dr. Borges's interest in the development of microbiome-derived applications to improve food production led him to perform advanced research on the beneficial symbionts of land plants and fish. In 2022, he started a novel aquaculture and molecular microbiology laboratory at EST-IPS. Currently, he is focused on the suppression of shellfish/fish diseases caused by opportunistic bacteria in aquaculture using microbiome therapy to sustainably manage human-made ecosystems.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Nuno Miguel Formiga Borges

Nomes de citação

Borges, Nuno

Identificadores de autor

Ciência ID: 4D1C-299C-14B6
ORCID iD: 0000-0002-3277-8517

Endereços de correio eletrónico

nuno.borges@estsetubal.ips.pt (Profissional)
nuno.borges@estsetubal.ips.pt (Pessoal)

Moradas

Instituto Politécnico de Setúbal, Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Departamento de Sistemas e Informática. Campus IPS, Estefanilha, 2914-508, Setúbal, Setúbal, Portugal (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Agrárias - Agricultura, Silvicultura e Pescas

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)

Formação

	Grau	Classificação
2018/08/09 Concluído	Contabilidade e Administração (Licenciatura) Instituto Politécnico de Lisboa Instituto Superior de Contabilidade e Administração de Lisboa, Portugal	16/20
2004 Concluído	Biochemistry (Doutoramento) Especialização em Especialidade: Bioquímica Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal "The Role of Mannosylglycerate in Thermo- and Osmo-adaptation of Rhodothermus Marinus: Biosynthesis, Regulation and Applications" (TESE/DISSERTAÇÃO)
1998/10/19 Concluído	Biochemistry (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal	16/20

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023 - Atual	Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação)	MARE-IPS (Marine and Environmental Sciences Centre - Polytechnic Institute of Setúbal, Portugal), Portugal

2021/10/01 - 2022/06/30	Investigador Contratado (Investigação)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2018/03/28 - 2021/09/30	Investigador Contratado (Investigação)	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2008/03/01 - 2018/02/28	Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

2004/08/01 - 2008/02/29	Pós-doutorado (Investigação)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/03/01 - Atual	Professor Adjunto Convidado (Docente Ensino Superior Politécnico)	Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
	Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2007/10/01 - 2008/02/29	UNDERSTANDING HOW THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA SENSE AND RESPOND TO STRESS SFRH/BPD/36653/2007	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2004/08/01 - 2007/07/31	HEAT STRESS RESPONSE IN RHODOTHERMUS MARINUS: CHEMICAL AND MOLECULAR CHAPERONES IN THERMO AND OSMO- -ADAPTATION SFRH/BPD/14841/2003	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
1999/10/01 - 2003/09/30	METABOLISMO DE CARBOHIDRATOS E RESPECTIVA ENZIMOLOGIA EM ARQUEBACTÉRIAS HIPERTERMÓFILAS PRAXIS XXI/BD/19868/99	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2023/06/21 - 2029/06/20	Untitled CEECINST/00036/2021/CP2776/CT0004 10.54499/CEECINST/00036/2021/CP2776/CT0004 Investigador Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31	Institute for Health and Bioeconomy LA/P/0140/2020 10.54499/LA/P/0140/2020 Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31	Institute for Health and Bioeconomy LA/P/0140/2020 10.54499/LA/P/0140/2020 Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal Universidade do Porto, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2022/01/01 - 2023/12/31	Harnessing the catalyst power of host-microbe interactions: a quest for novel chitinases from octocoral symbionts EXPL/BIA-MIC/0286/2021 10.54499/EXPL/BIA-MIC/0286/2021 Investigador Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2023/12/31	Applied Molecular Biosciences Unit UIDP/04378/2020 10.54499/UIDP/04378/2020 UIDB/04378/2020 10.54499/UIDB/04378/2020 Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal Universidade do Porto, Portugal Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/09/29 - 2022/09/28	Exploiting the healing capacity of nature?s microbiomes for improved fish larviculture PTDC/BIA-MIC/31996/2017 Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Instituto Português do Mar e da Atmosfera, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/03/28 - 2022/09/09	Exploiting the healing capacity of nature´s microbiomes for improved fish larviculture (MicroControl) PTDC/BIA-MIC/31996/2017 Investigador Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2018/10/12 - 2022/06/30	Unravelling the biosynthesis of inositol-phospholipids in M. tuberculosis as a crucial step towards the development of novel anti-tuberculosis drugs PTDC/BIA-BQM/31031/2017 Investigador Universidade NOVA de Lisboa, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/10/12 - 2022/06/30	Unravelling the biosynthesis of inositol-phospholipids in M. tuberculosis as a crucial step towards the development of novel anti-tuberculosis drugs PTDC/BIA-BQM/31031/2017 Universidade Nova de Lisboa, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Molecular, Structural and Cellular Microbiology UID/CBQ/04612/2019 Universidade Nova de Lisboa Molecular Structural and Cellular Microbiology, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Molecular, Structural and Cellular Microbiology UID/CBQ/04612/2019 Universidade Nova de Lisboa, Portugal Universidade Nova de Lisboa Molecular Structural and Cellular Microbiology, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2013/07/01 - 2016/06/30	NMR Net - National Facility for Nuclear Magnetic Resonance: from Molecular Structure and Dynamics to Protein Function, Cell Physiology, and Metabolomics RECI/BBB-BQB/0230/2012 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2013 - 2016	Structural investigation of the anti-tuberculosis drug target phosphatidylinositol phosphate synthase PTDC/BBB-BEP/2532/2012 Bolseiro de Pós-Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2013/05/01 - 2015/10/31	Structural investigation of the anti-tuberculosis drug target phosphatidylinositol phosphate synthase (PIPS) PTDC/BBB-BEP/2532/2012 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010/03/01 - 2013/08/31	Nitrogen-fixing biofertilizers for gramineous crops PTDC/AGR-AAM/100577/2008 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008/03/01 - 2013/02/28	Understanding how hyperthermophilic archaea sense and respond to heat stress: the role of unique polyolphosphodiester compounds PTDC/BIA-MIC/71146/2006 Investigador Pós-doutorado Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008/03/01 - 2013/02/28	Understanding how hyperthermophilic archaea sense and respond to heat stress CONT_DOUT/35/ITQB/2621/6099/ 9/2006 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010 - 2013	Nitrogen-fixing biofertilizers for gramineous crops. PTDC/AGR-AAM/100577/2008 Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/01/01 - 2012/12/31	Strategic Project - LA 4 - 2011-2012 PEst-OE/EQB/LA0004/2011 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal Universidade Nova de Lisboa Medical School, Portugal Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008/05/05 - 2012/04/30	Understanding how hyperthermophilic microorganisms cope with heat stress: the role of unique polyolphosphodiester compounds PTDC/BIA-MIC/71146/2006 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008 - 2010	Molecular Adaptation to Extreme Environments: Structural Studies of Proteins Involved in the Synthesis of Osmolytes in (hyper)thermophylic micro-organisms PTDC/QUI/71142/2006 Bolseiro de Investigação	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005/01/01 - 2008/04/30	Nature´s shields to environmental stress. Biosynthesis of compatible solutes in extremely radiation-resistant Rubrobacter spp. POCI/BIA-MIC/56511/2004 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005 - 2008	Strategies of life adaptation to hot environments: Heat and osmotic stress responses in the extremely thermophilic bacterium Rhodothermus marinus POCI/BIA-MIC/59310/2004 Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005 - 2008	Lessons from the physiology of hyperthermophilic microorganisms: potential of new biomolecules to inhibit protein misfolding and aggregation POCI V.5.1 A004/2005 POCI V.5.1 A004/2005 Bolseiro de Pós-Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia N/A
2005 - 2008	Nature´s shields to environmental stress. Biosynthesis of compatible solutes in extremely radiation-resistant Rubrobacter spp. POCI/BIA-MIC/56511/2004 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005/06/15 - 2007/10/14	Strategies of life adaptation to hot environments: Heat and osmotic stress responses in the extremely thermophilic bacterium Rhodothermus marinus POCI/BIA-MIC/59310/2004 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2004 - 2006	HOTSOLUTES - New applications for compatible solutes from extremophiles COOP-CT-2003-508644 Bolseiro de Pós-Doutoramento	European Commission
2001 - 2004	Towards the Utilization of Cell-Reactors for the Production of Mannosylglycerate, an Enzyme Stabilizer from Hyperthermophiles POCTI 35715/BIO/2000 Bolseiro de Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2001 - 2004	Exploiting New Solutes from Hyperthermophiles for the Preservation of Biomaterials: Cell Factories for Production of Hypersolutes QLK3-CT-2000-00640 Bolseiro de Doutoramento
2000 - 2002	Exploração de Solutos de Organismos Hipertermófilos com vista à sua Utilização como Estabilizantes de Enzimas PRAXIS/P/BIO/12082/1998 Bolseiro de Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
1996 - 1999	Extremophiles as Cell Factories BIO 4-CT 960488 Bolseiro de Doutoramento	European Commission
1996 - 1999	Estratégias Bioquímicas de Termo-Estabilização em Microrganismos Hipertermófilos PRAXIS/2/2.1/BIO/1109/95 Bolseiro de Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
1994 - 1998	Microrganismos em Ambientes Extremos: Mecanismos de Adaptação PRAXIS/2/2.1/BIO/20/94 Bolseiro de Iniciação Científica	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Galhanas, D.; Mata, Ana M. T.; Borges, Nuno; Simões, Manuela; Manuela Silvestre; Salgado, R.. "Effect of oyster pseudofaeces on water and oyster quality during the cultivation process". Beja, 2024. Aceite para publicação
Artigo em revista	Nobre, Rodrigo N.; Esteves, Ana M.; Borges, Nuno; Rebelo, Sara; Liu, Yaqi; Mancia, Filippo; Santos, Helena. "Production and Purification of Phosphatidylinositol Mannosides from Mycobacterium smegmatis Biomass". Current Protocols 2 6 (2022): http://dx.doi.org/10.1002/cpz1.458. 10.1002/cpz1.458 Borges, Nuno. "Bacteriome Structure, Function, and Probiotics in Fish Larviculture: The Good, the Bad, and the Gaps.". Annual review of animal biosciences (2020): https://doi.org/10.1146/annurev-animal-062920-113114. 10.1146/annurev-animal-062920-113114 Borges, Nuno. "Metagenome-Assembled Genome Sequences of Three Uncultured Planktomarina sp. Strains from the Northeast Atlantic Ocean.". Microbiology resource announcements (2020): https://europepmc.org/articles/PMC7082456. 10.1128/mra.00127-20 Borges, Nuno; Pastor, José M.; Borges, Nuno; Pagán, Juan P.; Castaño-Cerezo, Sara; Csonka, Laszlo N.; Goodner, Bradley W.; et al. "Fructose metabolism in Chromohalobacter salexigens: interplay between the Embden-Meyerhof-Parnas and Entner-Doudoroff pathways". Microbial Cell Factories 18 1 (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12934-019-1178-x. 10.1186/s12934-019-1178-x Esteves, A.M.; Graça, G.; Peyriga, L.; Torcato, I.M.; Borges, N.; Portais, J.-C.; Santos, H.. "Combined transcriptomics–metabolomics profiling of the heat shock response in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus". Extremophiles 23 1 (2019): 101-118. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85056482652&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s00792-018-1065-0 Faria, C.; Borges, N.; Rocha, I.; Santos, H.. "Production of mannosylglycerate in Saccharomyces cerevisiae by metabolic engineering and bioprocess optimization". Microbial cell factories 17 1 (2018): 178-178. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85056705726&partnerID=MN8TOARS. 10.1186/s12934-018-1023-7 Castanheira, N.L.; Dourado, A.C.; Pais, I.; Semedo, J.; Scotti-Campos, P.; Borges, N.; Carvalho, G.; Barreto Crespo, M.T.; Fareleira, P.. "Colonization and beneficial effects on annual ryegrass by mixed inoculation with plant growth promoting bacteria". Microbiological Research 198 (2017): 47-55. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85013661457&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.micres.2017.01.009 Rodrigues, M.V.; Borges, N.; Santos, H.. "Glycerol phosphate cytidylyltransferase stereospecificity is key to understanding the distinct stereochemical compositions of glycerophosphoinositol in Bacteria and Archaea". Applied and Environmental Microbiology 83 1 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85009964403&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/AEM.02462-16 Castanheira, N.; Dourado, A.C.; Kruz, S.; Alves, P.I.L.; Delgado-Rodríguez, A.I.; Pais, I.; Semedo, J.; et al. "Plant growth-promoting Burkholderia species isolated from annual ryegrass in Portuguese soils". Journal of Applied Microbiology 120 3 (2016): 724-739. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84959038102&partnerID=MN8TOARS. 10.1111/jam.13025 Jorge, C.D.; Borges, N.; Bagyan, I.; Bilstein, A.; Santos, H.. "Potential applications of stress solutes from extremophiles in protein folding diseases and healthcare". Extremophiles 20 3 (2016): 251-259. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84963670607&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s00792-016-0828-8 Jorge, C.D.; Borges, N.; Santos, H.. "A novel pathway for the synthesis of inositol phospholipids uses cytidine diphosphate (CDP)-inositol as donor of the polar head group". Environmental Microbiology 17 7 (2015): 2492-2504. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84937073217&partnerID=MN8TOARS. 10.1111/1462-2920.12734 Nádia Castanheira; Ana Catarina Dourado; Paula Isabel Alves; Alícia Maria Cortés-Pallero; Ana Isabel Delgado-Rodríguez; Ângela Prazeres; Nuno Borges; et al. "Annual ryegrass-associated bacteria with potential for plant growth promotion". Microbiological Research 169 9-10 (2014): 768-779. http://dx.doi.org/10.1016/j.micres.2013.12.010. 10.1016/j.micres.2013.12.010 Borges, N.; Jorge, C.D.; Gonçalves, L.G.; Gonçalves, S.; Matias, P.M.; Santos, H.. "Mannosylglycerate: structural analysis of biosynthesis and evolutionary history". Extremophiles 18 5 (2014): 835-852. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84929510245&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s00792-014-0661-x Nogly, P.; Gushchin, I.; Remeeva, A.; Esteves, A.M.; Borges, N.; Ma, P.; Ishchenko, A.; et al. "X-ray structure of a CDP-alcohol phosphatidyltransferase membrane enzyme and insights into its catalytic mechanism". Nature Communications 5 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84903147718&partnerID=MN8TOARS. 10.1038/ncomms5169 Esteves, A.M.; Chandrayan, S.K.; McTernan, P.M.; Borges, N.; Adams, M.W.W.; Santos, H.. "Mannosylglycerate and di-myo-inositol phosphate have interchangeable roles during adaptation of Pyrococcus furiosus to heat stress". Applied and Environmental Microbiology 80 14 (2014): 4226-4233. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84903182320&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/AEM.00559-14 Quintas, P.O.; Cepeda, A.P.; Borges, N.; Catarino, T.; Turner, D.L.. "Relative importance of driving force and electrostatic interactions in the reduction of multihaem cytochromes by small molecules". Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics 1827 6 (2013): 745-750. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84875943702&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.bbabio.2013.02.006 Faria, C.; Jorge, C.D.; Borges, N.; Tenreiro, S.; Outeiro, T.F.; Santos, H.. "Inhibition of formation of a-synuclein inclusions by mannosylglycerate in a yeast model of Parkinson's disease". Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 1830 8 (2013): 4065-4072. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84877839143&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.bbagen.2013.04.015 Gonçalves, L.G.; Borges, N.; Serra, F.; Fernandes, P.L.; Dopazo, H.; Santos, H.. "Evolution of the biosynthesis of di-myo-inositol phosphate, a marker of adaptation to hot marine environments". Environmental Microbiology 14 3 (2012): 691-701. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84857855641&partnerID=MN8TOARS. 10.1111/j.1462-2920.2011.02621.x Gonçalves, S.; Esteves, A.M.; Santos, H.; Borges, N.; Matias, P.M.. "Three-dimensional structure of mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase from thermus thermophilus HB27: A new member of the haloalcanoic acid dehalogenase superfamily". Biochemistry 50 44 (2011): 9551-9567. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80155206893&partnerID=MN8TOARS. 10.1021/bi201171h Brito, J.A.; Borges, N.; Vonrhein, C.; Santos, H.; Archer, M.. "Crystal structure of archaeoglobus fulgidus CTP:Inositol-1-phosphate cytidylyltransferase, a key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in (hyper)thermophiles". Journal of Bacteriology 193 9 (2011): 2177-2185. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79955532914&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/JB.01543-10 Gonçalves, S.; Esteves, A.M.; Borges, N.; Santos, H.; Matias, P.M.. 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Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 66 11 (2010): 1463-1465. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78149345319&partnerID=MN8TOARS. 10.1107/S1744309110032677 Gonçalves, S.; Borges, N.; Esteves, A.M.; Victor, B.L.; Soares, C.M.; Santos, H.; Matias, P.M.. "Structural analysis of Thermus thermophilus HB27 mannosyl-3- phosphoglycerate synthase provides evidence for a second catalytic metal ion and new insight into the retaining mechanism of glycosyltransferases". Journal of Biological Chemistry 285 23 (2010): 17857-17868. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77952938697&partnerID=MN8TOARS. 10.1074/jbc.M109.095976 Gonçalves, S.; Borges, N.; Santos, H.; Matias, P.M.. "Crystallization and preliminary x-ray analysis of mannosyl-3- phosphoglycerate synthase from thermus thermophilus HB27". Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 65 10 (2009): 1014-1017. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-70350312647&partnerID=MN8TOARS. 10.1107/S1744309109032576 Rodrigues, M.V.; Borges, N.; Almeida, C.P.; Lamosa, P.; Santos, H.. "A unique ß-1,2-mannosyltransferase of Thermotoga maritima that uses di-myo-inositol phosphate as the mannosyl acceptor". Journal of Bacteriology 191 19 (2009): 6105-6115. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-70349096860&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/JB.00598-09 Rodrigues, M.V.; Borges, N.; Henriques, M.; Lamosa, P.; Ventura, R.; Fernandes, C.; Empadinhas, N.; et al. "Bifunctional CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-inositol: Inositol-1-phosphate transferase, the key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in several (hyper)thermophiles". Journal of Bacteriology 189 15 (2007): 5405-5412. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-34547629796&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/JB.00465-07 Cardoso, F.S.; Castro, R.F.; Borges, N.; Santos, H.. "Biochemical and genetic characterization of the pathways for trehalose metabolism in Propionibacterium freudenreichii, and their role in stress response". Microbiology 153 1 (2007): 270-280. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33846305426&partnerID=MN8TOARS. 10.1099/mic.0.29262-0 Borges, N.; Gonçalves, L.G.; Rodrigues, M.V.; Siopa, F.; Ventura, R.; Maycock, C.; Lamosa, P.; Santos, H.. "Biosynthetic pathways of inositol and glycerol phosphodiesters used by the hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus in stress adaptation". Journal of Bacteriology 188 23 (2006): 8128-8135. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33751559039&partnerID=MN8TOARS. 10.1128/JB.01129-06 Borges, N.; Marugg, J.D.; Empadinhas, N.; Da Costa, M.S.; Santos, H.. "Specialized Roles of the Two Pathways for the Synthesis of Mannosylglycerate in Osmoadaptation and Thermoadaptation of Rhodothermus marinus". Journal of Biological Chemistry 279 11 (2004): 9892-9898. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-1642279326&partnerID=MN8TOARS. 10.1074/jbc.M312186200 Borges, N.; Ramos, A.; Raven, N.D.H.; Sharp, R.J.; Santos, H.. "Comparative study of the thermostabilizing properties of mannosylglycerate and other compatible solutes on model enzymes". Extremophiles 6 3 (2002): 209-216. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0036599177&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s007920100236 Empadinhas, N.; Marugg, J.D.; Borges, N.; Santos, H.; Da Costa, M.S.. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii: Biochemical and genetic characterization of key enzymes". Journal of Biological Chemistry 276 47 (2001): 43580-43588. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0035941355&partnerID=MN8TOARS. 10.1074/jbc.M108054200 Cánovas, D.; Borges, N.; Vargas, C.; Ventosa, A.; Nieto, J.J.; Santos, H.. "Role of N-gama-acetyldiaminobutyrate as an enzyme stabilizer and an intermediate in the biosynthesis of hydroxyectoine". Applied and Environmental Microbiology 65 9 (1999): 3774-3779. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0032586949&partnerID=MN8TOARS. Silva, Z.; Borges, N.; Martins, L.O.; Wait, R.; Da Costa, M.S.; Santos, H.. "Combined effect of the growth temperature and salinity of the medium on the accumulation of compatible solutes by Rhodothermus marinus and Rhodothermus obamensis". Extremophiles 3 2 (1999): 163-172. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0033136552&partnerID=MN8TOARS. 10.1007/s007920050112
Capítulo de livro	Santos, H; Lamosa, P.; Borges, Nuno; Gonçalves, L.G.; Pais, T.M.; Rodrigues, M.V.. "Organic compatible solutes of prokaryotes that thrive in hot environments: the importance of ionic compounds for thermostabilization". In Extremophiles Handbook. 2011. Publicado • 10.1007/978-4-431-53898-1_23 Santos, Helena; Lamosa, Pedro; Faria, Tiago Q.; Borges, Nuno; Neves, ClÉlia. "The Physiological Role, Biosynthesis, and Mode of Action of Compatible Solutes from (Hyper)Thermophiles". In Physiology and Biochemistry of Extremophiles, 86-103. American Society of Microbiology, 2007. 10.1128/9781555815813.ch7 Santos, H.; Lamosa, P.; Borges, N.. "Characterization and Quantification of Compatible Solutes in (Hyper)thermophilic Microorganisms". 2006. 10.1016/S0580-9517(08)70011-4

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2021/02/04	Oral Poster Presentation: Identification and characterization of bacteria with hydrolytic and antibacterial activities isolated from gilthead sea bream (Sparus aurata) for application as probiotics in larviculture.	1st Microbiome PT Summit BioData.pt and ELIXIR-PT, Online event (Lisbon, Portugal)
2012/09/11	Biosynthesis, evolution and role of unique compatible solutes in heat stress adaptation of marine hyperthermophiles	The 9th International Conference on Extremophiles, September, 10-13, 2012, Sevilla, Spain (Sevilla, Espanha)
2011/09/11	Role, evolution, and regulation of the synthesis of di-myo-inositol-phosphate in hyperthermophiles	The 11th International Conference on Thermophiles Research, September, 11-16, 2011, Big Sky, Montana, EUA. (Montana, Estados Unidos)
2008/09/10	Kinetic and structural characterization of the enzymes involved in the synthesis of di-myo-inositol-phosphate in Archaeoglobus fulgidus.	The 7th International Conference on Extremophiles, 7-11, September, 2008, Cape Town, South africa (Cape Town, África do Sul)
2005/12/01	The role of compatible solutes in osmoadaptation and thermoadaptation of the thermophilic bacterium Rhodothermus marinus: Biosynthesis and regulation	MICRO’05:BIOTEC’05, 30 Nov-3 Dec, 2005, Póvoa do Varzim, Portugal. (Póvoa do Varzim, Portugal)
2004/09/20	Specialized roles of the two pathways for the synthesis of mannosylglycerate in osmoadaptation and thermoadaptation of Rhodothermus marinus	The 5th international conference on extremophiles, 19-23, September, 2004, Cambridge, Maryland, EUA. (Maryland, Estados Unidos)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023 - Atual	Jeinny Caetano (Undergraduate student) Análise da presença de celulose em ETAR: Caso de estudo ETAR Setúbal Orientador	Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
2023 - 2023	Fábio Guerreiro (Undergraduate Student) Produção de uma Ração com Proteína de Cavala para Robalos e Douradas Orientador	Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
2023 - 2023	Diogo Colimão (Undergraduate Student) Produção de ração para aquacultura Orientador	Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
2020 - 2020	André Magalhães (Master Student) Exploiting the healing capacity of nature´s microbiomes for improved fish well-being in aquaculture Coorientador de André Magalhães	Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal
2013 - 2018	Nádia Castanheira (PhD Student) Nitrogen-fixing biofertilizers for gramineous crops Orientador de Nádia Castanheira	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2014 - 2017	Cristiana Faria (PhD Student) Development of cell factories for the efficient production of mannosylglycerate, a thermolyte with great potential in biotechnology Coorientador de Cristiana Faria	Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2010 - 2014	Ana M Esteves (PhD Student) Unravelling the regulatory mechanisms in thermo-adaptation of hyperthermophilic archaea Coorientador de Ana M Esteves	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2013 - 2013	Rute Pinto (Undergraduate Student) Cloning, expression and purification of a protein involved in the synthesis of a compound accumulated in heat tress response in hyperthermophiles. Orientador de Rute Pinto	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2007 - 2011	Marta V Rodrigues (PhD Student) Heat Stress Adaptation in Hyperthermophiles: Biosynthesis of Inositol-Containing Compatible Solutes Coorientador de Marta V Rodrigues	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2009 - 2010	Cristiana Silva Faria (Master Student) Engineering Saccharomyces cerevisiae for the production of mannosylglycerate - a yeast model for assessing its application in protein stabilization Coorientador de Cristiana Faria	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2008 - 2009	Sónia Neto (Master Student) Unravelling Cell-to-Cell Communication in Archaea Coorientador de Sónia Neto	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2006 - 2006	Mafalda Henriques (Undergraduate Student) Bifunctional CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/ CDP inositol:inositol-1-phosphate transferase, the key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in several (hyper)thermophiles Coorientador de Mafalda Henriques	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2023 - 2023	"A Celebration of Structural Biology" 14 April 2023, Academia da Ciências de Lisboa, Lisbon, Portugal, Organization: Maria Salomé Pais, Helena Santos, Nuno Borges e Ana Esteves. (2023 - 2023) Seminário (Coorganizador)	Academia das Ciências de Lisboa, Portugal
2014 - 2014	"Bioprospecting hot springs in Azores Meeting" October 2014, CiiMAR, Porto, Portugal. H. Santos, V. Vasconcelos, N. Borges, F. do Valle. (2014 - 2014) Encontro (Coorganizador)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2010/09/12 - 2010/09/16	The 8th International Conference on Extremophiles, September, 12-16, 2010, Ponta Delgada, Azores, Portugal. H. Santos (Chair), N. Borges (Co-chair), P. Lamosa (Co-chair). (2010/09/12 - 2010/09/16) Congresso (Coorganizador)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2023 - 2023	SIMBA - Sustainable Innovation of Microbiome Applications in the Food System, University of Copenhagen, Denmark, 28 September 2023. Simpósio	SIMBA - Sustainable Innovation of Microbiome Applications in the Food System IT-Universitet i København, Dinamarca
2023 - 2023	LIFE INVASAQUA organizado pelo CINEA-IPS (Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, IPS) e LIFE INVASAQUA (Universidade de Évora/MARE/ARNET), 10 março 2023 Simpósio	LIFE INVASAQUA Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
2019 - 2019	Keep in Touch 2019, May 23, 2019, Instituto Superior Técnico, Lisbon, Portugal Outro	Keep in Touch 2019 Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019 - 2019	Dia do Mar, Museu Nacional de História Natural e da Ciência, 16 November 2019, Lisbon, Portugal	Dia do Mar Museu Nacional de História Natural e da Ciência, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2019/12	Patricia Lobato Calafate Paula, Assessment of antimicrobial activities of marine bacteria against human pathogens Arguente principal	Patricia Lobato Calafate Paula (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2024 - Atual	Co-coordinator and teaches laboratory practical in the Curricular Unit “Food Safety in Aquaculture"	(Mestrado)	Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Portugal
2022 - Atual	Coordinator and teaches theory in the Curricular Unit “Environmental and food microbiology"	(Curso Técnico Superior Profissional)	Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Portugal
2021 - Atual	Coordinator and teaches theory in the Curricular Unit "Environmental Microbiology"	(Licenciatura)	Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Portugal
2022 - 2022	Teaches laboratory practical in the Curricular Unit "Biochemistry"	(Licenciatura)	Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia de Setúbal, Portugal
2005 - 2005	The Role of Compatible Solutes in Osmoadaptation and Thermoadaptation of the Thermophilic Bacterium Rhodothermus marinus (Module: Microbiology of Extreme Environments)	(Doutoramento)	Centro de Neurociências e Biologia Celular at Coimbra University, Portugal
2005 - 2005	Proteomics: Principles and Applications (Module: Metabolic engineering)	(Licenciatura)	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Revisão ad hoc de artigos em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2023 - Atual	Reviews in Aquaculture (1753-5123)	wiley
2022 - Atual	Scientific Reports (2045-2322)	Nature
2021 - Atual	3 Biotech (2190-5738)	Springer
2021 - Atual	Microbiome (2049-2618)	Springer Nature
2009 - Atual	Extremophiles (1433-4909)	Springer-Verlag
2009 - Atual	Research in Microbiology (0923-2508)	Elsevier

Distinções

Prémio

2007	Prémio Câmara Pestana 2007 Instituto Bacteriológico Câmara Pestana and GlaxoSmithKline, Portugal