Jose Manuel Santos Pereira (6318-BA5F-C83B)

Curriculum Vitae

Jose Manuel Santos Pereira

José Manuel Santos Pereira encontra-se, atualmente, a concluir o Programa Doutoral em Bioquímica, na Universidade de Aveiro, desenvolvendo a tua tese no tópico de desenho computacional de péptidos, com um ênfase em química computacional e desenvolvimento de software científico. Concluiu o Mestrado em Biotecnologia Industrial e Ambiental em 2017 pela Universidade de Aveiro e Licenciatura em Biotecnologia em 2015 pela Universidade de Aveiro. em 2017 participou no Board of European Students of Technology Winter Course, em Paris, França, recebeu uma bolsa Fulbright para participação num projeto internacional de 4 meses na universidade de Rutgers, New Jersey, EUA, e ganhou o prémio TOP3 na European Innovation Academy 2021 pelo seu trabalho no desenvolvimento do programa ProtoSyn.jl, fruto da sua tese de doutoramento. É autor em 2 artigos científicos e participou em mais de 20 conferências.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Jose Manuel Santos Pereira

Nomes de citação

Pereira, Jose M.

Identificadores de autor

Ciência ID: 6318-BA5F-C83B
ORCID iD: 0000-0001-5622-8010

Websites

https://www.linkedin.com/in/josepereiraua/ (Rede social)
https://github.com/JosePereiraUA (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Ambiental

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Português	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2018/10/01 - 2022/12/31 Em curso	Bioquímica (Doutoramento) Especialização em Química Computacional Universidade de Aveiro, Portugal "Computational design of proteins for the selective recognition of small molecules" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2017 Concluído	Industrial and Environmental Biotechnology (Mestrado) Universidade de Aveiro, Portugal "Computational optimization of bioadsorbents for the removal of pharmaceuticals from water" (TESE/DISSERTAÇÃO)	18
2015 Concluído	Biotechnology (Licenciatura) Universidade de Aveiro, Portugal "Succinic acid production by Actinobacillus Succinogenes from paper industry hydrolysate" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/02/03 - 2018/10/01	Investigador Contratado (Investigação)	Universidade de Aveiro, Portugal

Projetos

Projeto

	Designação	Financiadores
2019/10/01 - 2020/01/31	Computational design of synthetic PDZ grafts for the selective recognition of Fibronectin II domains Fulbright Bolseiro de Doutoramento Rutgers Center for Integrative Proteomics Research, Estados Unidos	Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista

José M. Pereira; Maria Vieira; Sérgio M. Santos. "Step-by-step design of proteins for small molecule interaction: A review on recent milestones". Protein Science (2021): https://doi.org/10.1002/pro.4098.
10.1002/pro.4098
Pereira, José M.; Calisto, Vânia; Santos, Sérgio M.. "Computational optimization of bioadsorbents for the removal of pharmaceuticals from water". Journal of Molecular Liquids 279 (2019): 669-676. http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2019.01.167.
Acesso aberto • Publicado • 10.1016/j.molliq.2019.01.167

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2021/07/07	ProtoSyn: A modern approach to protein design	Research Summit 2021 Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2021/03/29	De-novo computational design of peptides for the specific and selective recognition of small molecules	14º Encontro Nacional de Química Física Sociedade Portuguesa de Química (Online, Portugal)
2018/05/15	Protein folding prediction software development	6th PYChem Sociedade Portuguesa de Química (Setúbal)
2017/03/03	Computational optimization of bioadsorbent for the removal of pharmaceuticals from water	CMS 2017: Computer Modelling and Simulation Day Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2021/07/21 - 2021/07/21	Academia de Verão 2021 (2021/07/21 - 2021/07/21) Oficina (workshop) (Coorganizador)	Universidade de Aveiro, Portugal
2021/03/24 - 2021/03/24	CMS 2021: Computer Modeling and Simulation Day (2021/03/24 - 2021/03/24) Encontro (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Aveiro, Portugal
2020/05/12 - 2020/05/12	Aim to Learn Python (2020/05/12 - 2020/05/12) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
2019/07/09 - 2019/07/09	CMS 2019: Computer Modeling and Simulation Day (2019/07/09 - 2019/07/09) Encontro (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Aveiro, Portugal
2019/02/27 - 2019/03/13	Python for data science (2019/02/27 - 2019/03/13) Oficina (workshop) (Coorganizador)	Universidade de Aveiro, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2021/10/06 - 2021/10/07	Apresentação de póster Conferência	Jornadas CICECO 2021 Universidade de Aveiro, Portugal
2021/09/10 - 2021/09/10	Start-up incubator program Outro	Alchemist Accelerator
2021/07/28 - 2021/07/30	Apresentação de póster Conferência	JuliaCON 2021
2021/07/05 - 2021/07/23	Startp-up incubator program Outro	EIA Global - European Innovation Academy 2021
2021/06/21 - 2021/06/21	Participação Conferência	Aim Further 2021 Universidade de Aveiro CICECO, Portugal
2021/05/26 - 2021/06/16	Participação Conferência	Innovation Now! 2021
2021/05/19 - 2021/05/21	Apresentação de póster Conferência	PYCheM 7 Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2020/12/14 - 2020/12/18	Participação Conferência	DSPA Insights Week 2020
2020/11/19 - 2020/11/20	Apresentação de póster Conferência	Jornadas do CICECO 2020 Universidade de Aveiro, Portugal
2020/11/03 - 2020/11/04	Apresentação de póster Conferência	Ciência 2020 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2019/07/24 - 2019/07/26	Apresentação de póster Conferência	XXVI Encontro Nacional SPQ Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2019/06/11 - 2019/06/12	Apresentação de póster Conferência	Jornadas do CICECO 2019 Universidade de Aveiro, Portugal
2019/01/25 - 2019/01/25	Participação Conferência	Encontro sobre Estratégias Inteligentes para Química Computacional Universidade de Coimbra, Portugal
2018/11/05 - 2018/11/11	Voluntariado Exposição	Web Summit 2018
2018/06/11 - 2018/06/12	Apresentação de póster Conferência	Jornadas do CICECO 2018 Universidade de Aveiro, Portugal
2017/09/06 - 2017/09/06	Participação Conferência	MACC_17: Methods and applications in computational chemistry Universidade de Coimbra, Portugal
2017/05/24 - 2017/05/24	Participação Conferência	III Analytical Chemistry Symposium: Alternative technologies for pharmaceuticals removal from water Universidade de Aveiro, Portugal
2017/04/09 - 2017/04/12	Apresentação de póster Conferência	Materiais 2017 Universidade de Aveiro, Portugal

Comissão de avaliação

	Descrição da atividade Tipo de assessoria	Instituição / Organização	Entidade financiadora
2021/04/14 - 2021/04/14	Biochemistry Day @UA Avaliador	Universidade de Aveiro, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/05/08 - 2019/05/10	Biochemistry Day @UA Avaliador	Universidade de Aveiro, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2021/04/07 - 2021/04/14	Laboratório de Computação e Visualização Científica - Módulo 2: Computational design of peptides	Engenharia Computacional (Mestrado integrado)	Universidade de Aveiro, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

	Descrição da atividade	Jornal / Forum
2021/07/28	ProtoSyn, a solução de software que reduz custos de prototipagem	Diário de Aveiro
2019/07/29	Ferramenta computacional permite o estudo de carvões ativados ao nível atómico	Diário de Aveiro

Entrevista / Programa (rádio / tv)

	Programa	Tema
2021/03/29 - 2021/05/29	Explicando o Covi’Dizer	Ciência do novo Sars-Cov-2

Membro de comissão

	Descrição da atividade Tipo de participação	Instituição / Organização
2019/06/04 - 2020/06/04	CAD - Comissão de Alunos de Doutoramento Vogal	Universidade de Aveiro CICECO, Portugal

Distinções

Prémio

2021	European Innovation Academy 2021 - TOP3 award
2019	Prémio Melhor Póster - Jornadas do CICECO 2019 Universidade de Aveiro CICECO, Portugal