Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes (CD1B-9D4E-3D36)

Curriculum Vitae

Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes collaborated with James Kennedy, the creator of the Particle Swarm Optmization (PSO) algorithm during his PhD. He has more than 6,900 citations of his work with two articles with over 2,000 citations each in the field of PSO. His research interests include Evolutionary Computation, Soft Computing, Machine Learning and Artificial Intelligence.

Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Nomes de citação

Mendes, Rui

Identificadores de autor

Ciência ID: CD1B-9D4E-3D36
ORCID iD: 0000-0002-5321-6863

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)
Francês	Utilizador independente (B1)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador proficiente (C1)

Formação

	Grau	Classificação
2004/05/08 Concluído	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal "Population Structure and Particle Swarm Performance" (TESE/DISSERTAÇÃO)
1994 Concluído	Matemática e Ciências da Computação (Licenciatura) Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal	16

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
1994/10/01 - 1998/09/30	UM AMBIENTE DISTRIBUÍDO PARA A PROGRAMAÇÃO EM LÓGICA COM RESTRIÇÕES PRAXIS XXI/BD/3107/94 Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2021/01/01 - 2025/12/31	Laboratório Associado de Sistemas Inteligentes LA/P/0104/2020 10.54499/LA/P/0104/2020 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal Universidade do Porto Centro de Matemática, Portugal Universidade do Porto Laboratório de Inteligência Artificial e Ciência de Computadores, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal Universidade Nova de Lisboa Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Engenharia Mecânica e Industrial, Portugal Instituto Politécnico do Cávado e do Ave, Portugal Instituto Politécnico do Porto Instituto Superior de Engenharia do Porto, Portugal Universidade de Aveiro, Portugal Universidade Nova de Lisboa Centro de Tecnologias e Sistemas, Portugal Universidade de Coimbra, Portugal Universidade de Aveiro Centro de Tecnologia Mecânica e Automação, Portugal Universidade de Coimbra Centro de Informatica e Sistemas, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal Universidade do Minho Instituto de Polímeros e Compósitos, Portugal Instituto Politécnico do Porto Grupo de Investigação em Engenharia e Computação Inteligente para a Inovação e o Desenvolvimento, Portugal Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Eletrónica e Informática de Aveiro, Portugal Instituto Politécnico do Porto Centro de Investigação em Sistemas Computacionais Embebidos e de Tempo-Real, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2019/12/31	Centro de Engenharia Biológica da Universidade do Minho UID/BIO/04469/2019 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Centro de Investigação ALGORITMI UID/CEC/00319/2019 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/04/01 - 2014/09/30	O Transcriptoma da Homeoproteína Oncogénica HOXA9 em Glioblastomas Humanos: Caracterização e Consequências Funcionais PTDC/SAU-GMG/113795/2009 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Instituto de Investigação em Ciências da Vida e Saúde, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/03/01 - 2014/07/31	ToMEGIM: Ferramentas Computacionais para Engenharia Metabólica usando Modelos Integrados de Escala Genómica PTDC/EIA-EIA/115176/2009 Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal Universidade do Minho, Portugal Instituto de Biotecnologia e Bioengenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/01/01 - 2013/12/31	Projecto Estratégico - UI 752 - 2011-2012 PEst-OE/EEI/UI0752/2011 Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010/06/01 - 2013/12/31	GAsPar: Ambiente Orientado ao Aspecto para Sistemas Paralelos Heterogéneos PTDC/EIA-EIA/108937/2008 Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal Universidade do Minho, Portugal Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008/01/01 - 2010/12/31	Procura de regras de alto nível em dobragem e desdobragem de proteínas: das doenças amiloidogénicas à previsão da estrutura proteica PTDC/BIA-PRO/72838/2006 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal Ulster University School of Biomedical Sciences, Reino Unido Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005/07/01 - 2008/06/30	MOBioPro-Computação inspirada na natureza para a modelação e optimização de processos biotecnológicos POSC/EIA/59899/2004 Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Fernandes, G.; Oliveira, N.; Cortez, P.; Mendes, R.. "A realistic scooter rebalancing system via metaheuristics". 2020. 10.1145/3377929.3389905 Almeida, J.J.; Mendes, R.C.. "Hunting ancestors: A unified approach for discovering genealogical information". 2019. 10.4230/OASIcs.SLATE.2019.22 Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.; Moreau, A.. "Using Deep Learning for Mobile Marketing User Conversion Prediction". 2019. 10.1109/IJCNN.2019.8851888 Mendes, R.; Almeida, J.J.. "eOS: The exercise operating system". 2018. 10.4230/OASIcs.SLATE.2018.5 Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.; Moreau, A.. "A Comparison of Data-Driven Approaches for Mobile Marketing User Conversion Prediction". 2018. 10.1109/IS.2018.8710472 Pereira, R.T.; Costa, H.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining". 2015. 10.1109/BIBM.2015.7359907 Rocha, O.; Vilaça, P.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reg4OptFlux: An OptFlux plug-in that comprises meta-heuristics approaches for Metabolic engineering using integrated models". 2014. 10.1109/NaBIC.2014.6921882 Mendes, R.; Lourenço, A.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. "A framework for the integrated analysis of metabolic and regulatory networks". 2008. 10.1109/BIBE.2008.4696727 Carneiro, S.; Lourenço, Anália; Mendes, Rui; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C.; Rocha, I.. "Network analysis of an integrated metabolic/regulatory model of Escherichia coli". 2008. Rocha, M.; Mendes, R.; Maia, P.; Glez-P¿a, D.; Fdez-Riverola, F.. "A platform for the selection of genes in DNA microarraydata using evolutionary algorithms". 2007. 10.1145/1276958.1277042 Mendes, R.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. "A comparison of algorithms for the optimization of fermentation processes". 2006. Mendes, R.; Mohais, A.S.. "DynDE: A Differential Evolution for dynamic optimization problems". 2005. Kennedy, J.; Mendes, R.. "Neighborhood topologies in fully-informed and best-of-neighborhood particle swarms". 2003. 10.1109/SMCIA.2003.1231342 Mendes, R.; Cortez, P.; Rocha, M.; Neves, J.. "Particle swarms for feedforward neural network training". 2002. Kennedy, J.; Mendes, R.. "Population structure and particle swarm performance". 2002. 10.1109/CEC.2002.1004493 Rocha, M.; Mendes, R.; Cortez, P.; Neves, J.. "Sitting guests at a wedding party: Experiments on genetic and evolutionary constrained optimization". 2001. Rocha, Miguel; Cortez, Paulo, 1971-; Mendes, Rui; Neves, José. "An Architecture for Co-Evolving Agents in the ROBOCUP Simulation League". 1999. Publicado
Artigo em revista	Matos, Luís Miguel; Cortez, Paulo; Mendes, Rui; Moreau, Antoine. "A Deep Learning-Based Decision Support System for Mobile Performance Marketing". International Journal of Information Technology & Decision Making (2022): 1-25. http://dx.doi.org/10.1142/s021962202250047x. 10.1142/s021962202250047x Pereira, P.J.; Cortez, P.; Mendes, R.. "Multi-objective Grammatical Evolution of Decision Trees for Mobile Marketing user conversion prediction". Expert Systems with Applications 168 (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85097041616&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.eswa.2020.114287 Paulo Cortez; Pedro José Pereira; Rui Mendes. "Multi-step time series prediction intervals using neuroevolution". Neural Computing and Applications (2019): https://doi.org/10.1007/s00521-019-04387-3. 10.1007/s00521-019-04387-3 Rocha, O.; Mendes, R.. "JBiclustGE: Java API with unified biclustering algorithms for gene expression data analysis". Knowledge-Based Systems 155 (2018): 83-87. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85046684992&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.knosys.2018.04.024 Rafael Teodósio Pereira; Hugo Costa; Rui Mendes. "An approach towards the reconstruction of regulatory networks". Revista ComInG - Communications and Innovations Gazette 1 2 (2016): 15-15. https://doi.org/10.5902%2F2448190422639. 10.5902/2448190422639 Rocha, M.; Mendes, R.; Rocha, O.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. "Optimization of fed-batch fermentation processes with bio-inspired algorithms". Expert Systems with Applications 41 5 (2014): 2186-2195. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84890115029&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.eswa.2013.09.017 Rafael Pereira; Rui Mendes. "Integrating Biological Databases in the Context of Transcriptional Regulatory Networks". International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 4 5 (2014): 345-350. http://dx.doi.org/10.7763/ijbbb.2014.v4.368. 10.7763/ijbbb.2014.v4.368 Rocha, Miguel; Maia, Paulo; Mendes, Rui; Pinto, Jose P.; Ferreira, Eugenio C.; Nielsen, Jens; Patil, Kiran Raosaheb; Rocha, Isabel. "Natural computation meta-heuristics for the in silico optimization of microbial strains". Bmc Bioinformatics 9 (2008): 10.1186/1471-2105-9-499 Kennedy, James; Mendes, Rui. "Neighborhood topologies in fully informed and best-of-neighborhood particle swarms". Systems, Man, and Cybernetics, Part C: Applications and Reviews, IEEE Transactions on 36 4 (2006): 515-519. 10.1109/TSMCC.2006.875410 Mendes, R.; Kennedy, J.; Neves, J.. "The fully informed particle swarm: Simpler, maybe better". IEEE Transactions on Evolutionary Computation 8 3 (2004): 204-210. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-3142781923&partnerID=MN8TOARS. 10.1109/TEVC.2004.826074 Mendes, R; Kennedy, J; Neves, J; IEEE. "Watch thy neighbor or how the swarm can learn from its environment". Proceedings of the 2003 Ieee Swarm Intelligence Symposium (Sis 03) (2003): 88-94. 10.1109/SIS.2003.1202252
Capítulo de livro	Kevin Martins; Rui Mendes. "Cherry-Picking Meta-heuristic Algorithms and Parameters for Real Optimization Problems". 2022. 10.1007/978-3-031-16474-3_41 João Correia; Rui Mendes. "Neural Complexity Assessment: A Deep Learning Approach to Readability Classification for European Portuguese Corpora". 2021. 10.1007/978-3-030-91608-4_30 Mendes, R; Cortez, P; Rocha, M; Neves, J; IEEE. "Particle swarms for feedforward neural network training". 1895-1899. 2002. 10.1109/IJCNN.2002.1007808
Livro	Silva, S.; Cortez, P.; Mendes, R.; Pereira, P.J.; Matos, L.M.; Garcia, L.. A Categorical Clustering of Publishers for Mobile Performance Marketing. 2019. 10.1007/978-3-319-94120-2_14 Matos, L.M.; Cortez, P.; Mendes, R.C.; Moreau, A.. Using deep learning for ordinal classification of mobile marketing user conversion. 2019. 10.1007/978-3-030-33607-3_7 Pereira, P.J.; Pinto, P.; Mendes, R.; Cortez, P.; Moreau, A.. Using Neuroevolution for Predicting Mobile Marketing Conversion. 2019. 10.1007/978-3-030-30244-3_31 Pereira, P.J.; Cortez, P.; Mendes, R.. Multi-objective learning of neural network time series prediction intervals. 2017. 10.1007/978-3-319-65340-2_46 Pereira, R.; Mendes, R.. Current trends in bio-ontologies and data integration. 2013. 10.1007/978-3-319-00551-5_69 Mendes, R.; Rocha, I.; Pinto, J.P.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. Differential evolution for the offline and online optimization of fed-batch fermentation processes. 2008. 10.1007/978-3-540-68830-3_13 Rocha, M.; Mendes, R.; Maia, P.; Pinto, J.P.; Rocha, I.; Ferreira, E.C.. Evaluating simulated annealing algorithms in the optimization of bacterial strains. 2007. Mendes, R.; Kennedy, J.. Stochastic barycenters and beta distribution for gaussian particle swarms. 2007. Mohais, A.S.; Mendes, R.; Ward, C.; Posthoff, C.. Neighborhood re-structuring in particle swarm optimization. 2005. 10.1007/11589990_80 Mendes, R.; Neves, J.. What makes a successful society?: Experiments with population topologies in particle swarms. 2004.