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Alexandra Nunes, PhD (Biology - Molecular Genetics). Researcher at the Genomics and Bioinformatics Unit of the Department of Infectious Diseases of the Portuguese National Institute of Health (INSA). ANunes published 66 peer-reviewed papers (2737 citations; h-index 26) (34 since 2018), 20 as first (co-)author and 4 as corresponding author, including a The New England Journal of Medicine, Nature Medicine, Nature Microbiology and Matter, two revisions (one by invitation), 9 preprints, and more than 10 publications in national scientific journals (https://orcid.org/0000-0001-6449-8053). ANunes is recipient of 8 awards/honors, including the European ERA-NET PathoGenoMics Ph.D. Award 2011, which recognizes "up to three of the most remarkable and outstanding PhD theses in the field of genome research on human-pathogenic microorganisms". ANunes has participated (as PI or collaborator) in 24 collaborative research projects at national and international level, including 3 on behalf of the OneHealth approach (OneHealth EJP-JRP13-R2-AMR2.22-FED AMR; OneHealth EJP-JRP24-FBZSH9-BEONE; OneHealth EJP-JRP21-R2-ET2-TELE-Vir) funded by Horizon 2020, TITANGEL (as PI) funded by FCT/Portugal, and HERA (ECDC/HERA/2021/021 ECD.12236) funded by ECDC. Currently, ANunes participates in four projects, such as the EU4Health projects GENEO (EU4H-PJG ID-101113460, for enhancing national infrastructures and capacities for WGS-based surveillance and outbreak investigation activities) and DURABLE (EU4H-2021-PJ4 ID-101102733, for delivering a European unified response against Epidemics). In 2019, she was nominee as the Portuguese National Molecular Surveillance Focal Point for the European Reference Laboratory Network for Tuberculosis (ERLTB-Net) - ECDC. Being proficient in cell culture, microbiology, genomics, transcriptomics and bioinformatics, with total access to the NIH sequencing core-facility, ANunes scientific activity focuses on "microbial genomics" of pathogens with impact on public health, in particular for: i) epidemiological surveillance of diverse pathogens; ii) outbreaks investigation; iii) microbial evolution and within-patient adaptation studies; iv) establishment of genotype-phenotype relationships; v) identification of emergent pathogen threats; vi) analysis of relevant phenotypic traits; and vii) development of novel antimicrobial compounds or drug-delivery systems. She is also involved in the development and implementation of bioinformatic automated and flexible solutions for an integrative surveillance of multiple bacterial and viral pathogen agents. Since 2020, ANunes has been continuously involved in the genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal. Recently, as a member of Genomics and Bioinformatics Unit of INSA, she was awarded with the Gold Medal for Distinguished Services from the Ministry of Health, on behalf of scientific advice towards the pandemics control. She is also a member of the COST Action CA21145 "EURESTOP - European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections". So far, ANunes has (co-)supervised 27 students, including 1 Post-doc, 1 PhD, 9 MSc, 15 bachelor projetcs and 1 Eramus student. ANunes is an invited professor at the Faculty of Veterinary Medicine (FMV) (since 2018) and at School of Psychology and Life Sciences (EPCV) (since 2021) at the Lusófona University (ULusófona). As such, ANunes is the institutional liaison between the Infectious Diseases Department of INSA and the FMV-ULusófona on behalf of research studies under the One Health context. Since 2024, she is a member of the Animal and Veterinary Research Centre (CECAV) research unit.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Alexandra Isabel Cardoso Nunes

Nomes de citação

  • Nunes, Alexandra
  • Nunes, A.

Identificadores de autor

Ciência ID
CE12-369F-B36D
ORCID iD
0000-0001-6449-8053
Google Scholar ID
https://scholar.google.com/citations?user=VayjObQAAAAJ&hl=pt-PT&authuser=2
Researcher Id
ABE-3699-2020
Scopus Author Id
13411244100

Endereços de correio eletrónico

  • alexandra.nunes@insa.min-saude.pt (Profissional)
  • p5825@ulusofona.pt (Profissional)

Moradas

  • Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge | Portuguese National Institute of Health, Avenida Padre Cruz, 1649-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)
  • Centro Universitário Lisboa, Campo Grande, 376, 1749-024, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Médicas e da Saúde - Ciências da Saúde - Doenças Infeciosas
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia da Evolução das Espécies
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde
  • Ciências Agrárias - Ciências Veterinárias

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2010 - 2015
Concluído
Tracking molecular interactions during host-cell invasion by Chlamydia trachomatis (Pós-doutoramento)
Especialização em Molecular Biology
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2006 - 2010
Concluído
Biologia (Doutoramento)
Especialização em Genética Molecular (especialidade)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Genomic and Transcriptomic Features of Chlamydia trachomatis: Tracking the Basis for the Ecological Success" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Aprovada por unanimidade
2004
Concluído
Química aplicada (ramo Biotecnologia) (Licenciatura)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)
16 (dezasseis) valores
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2015 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2010 - 2015 Pós-doutorado (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2004 - 2006 Estagiário de Investigação (Investigação) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2018 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2021 - 2022 Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Ciências e Tecnologias da Saúde, Portugal
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Ciências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2015 - 2016 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2011 - 2012 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Escola Superior de Saúde da Cruz Vermelha Portuguesa, Portugal
Escola Superior de Saúde da Cruz Vermelha Portuguesa, Portugal

Outras Carreiras

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2015 - Atual Técnico Superior (Técnico Superior) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2022 - Atual Responsible for the genomic surveillance of Campylobacter spp. at the Portuguese NIH Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2021 - Atual Institutional liaison between the Infectious Diseases Department of INSA and the Faculty of Veterinary Medicine of Lusófona University on behalf of research studies under the One Health context Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2020 - Atual Member of the Portuguese network for SARS-CoV-2 genomics (Consortium) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2016 - Atual Responsible for the genomic research area on Human Papilloma Virus at the Portuguese NIH Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2020 - 2022 Member of the NIH Emergency Response to the Laboratory Diagnosis of COVID-19 in Portugal Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2025/03/01 - 2029/02/28 Leveraging Campylobacter coli genomics for enhanced surveillance and antimicrobial resistance understanding: novel schemes and applications
2024.05639.BDANA
Orientador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2025/01/01 - 2028/12/31 Dynamic evolution of Campylobacter jejuni resistance: Impact of subclinical antibiotic concentrations
2024.06414.BDANA
Orientador
Universidade da Beira Interior Centro de Investigação em Ciências da Saúde, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2024/10/01 - 2028/09/30 Backyard animal production in Portugal: using microbial genomics in a One Health approach to explore associated risk factors and antimicrobial resistance
2024.05032.BDANA
Orientador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Ciência Animal e Veterinária, Portugal

Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2024 - 2025 Exploring the potential of whey-derived antimicrobial peptides: identification, production, and applications
FMVULusófona_MIMV2024_Peptides
Orientador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Cooperativa de Formação e Animação Cultural CRL
Em curso
2024 - 2025 Tracking Salmonella spp. and Antimicrobial Resistance in National and Imported Meats: Evaluating Food Safety Standards in Portuguese Retail
FMVULusófona_MIMV2024_Meats
Orientador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Cooperativa de Formação e Animação Cultural CRL
Em curso
2011 - 2015 Tracking molecular interactions during host-cell invasion by Chlamydia trachomatis
SFRH/BPD/75295/2010
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006 - 2010 Evaluation of the Biological Role of Chlamydia trachomatis Polymorphic Membrane Proteins
SFRH/BD/25651/2005
Bolseiro de Doutoramento
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2023 - 2027 DURABLE - Delivering a Unified Research Alliance of Biomedical and public health Laboratories against Epidemics
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Em curso
2022/11 - 2026/10 GENEO - Sustainable use and integration of enhanced infrastructure into routine genome-based surveillance and outbreak investigation activities in Portugal
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Em curso
2024 - 2025 DryBeefA - Investigating the quality and microbiological parameters of dry-aged beef within the industry context
FMVULusófona_DryBeefA
Investigador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Cooperativa de Formação e Animação Cultural CRL
Em curso
2023 - 2025 Food safety risks from backyard animals raised for non-commercial purpose - a pilot study
FMVULusófona_Backyard
Investigador responsável
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Cooperativa de Formação e Animação Cultural CRL
Em curso
2022/11 - 2024/12 ResisCampyOH - Multidrug resistant Campylobacter jejuni and Campylobacter coli in Portugal: a One Health study to understand the sources, transmission and persistence
FMVULusófona_ResisCampyOH
Investigador responsável
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Cooperativa de Formação e Animação Cultural CRL
Em curso
2023/01/02 - 2024/07/01 NuMicroArt - The triad of nutrition, intestinal microbiota and Rheumatoid Arthritis - An exploratory pilot study
2022.07462.PTDC
Investigador
Associação para a Investigação e Desenvolvimento da Faculdade de Medicina, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/01/01 - 2022/12/31 BeONE - Building integrative tools for OneHealth Surveillance
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2020/01/01 - 2022/12/31 TELE-VIR: Point-of-incidence toolbox for emerging virus threats
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2020/01/01 - 2022/12/31 FED-AMR: The role of free extracellular DNA in dissemination of antimicrobial resistance over ecosystem boundaries along the food/feed chain
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2020/01/01 - 2022/12/31 DiSCoVer - Discovering the Sources of Salmonella, Campylobacter, VTEC and Antimicrobial Resistance
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2020/01/01 - 2022/12/31 COVRIN - One Health research integration on SARS-CoV-2 emergence, risk assessment and preparedness
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2018/10/01 - 2022/09/30 Clinical significance of Mycobacterium tuberculosis cell wall structural diversity: contribution to novel mechanisms of antibiotic resistance and relevance towards tuberculosis progression and treatment.
PTDC/BIA-MIC/31233/2017
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/10/01 - 2022/09/30 TITANGEL - Development and evaluation of a surfactant-hydrogel for preventing direct contact transmitted infections
PTDC/BIA-MIC/31561/2017
Investigador responsável
Associação para a Investigação e Desenvolvimento da Faculdade de Medicina, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2021/09 - 2022/09 HERA - Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) national infrastructures and capacities to respond to the Covid-19 pandemic in Portugal
ECDC/HERA/2021/021 ECD.12236
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2020/04 - 2021 Genetic diversity of the novel coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) in Portugal
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2015 - 2020/12/31 ANTARES - Anthrax analysis and screening in soils
GRANT_NUMBER: ANTARES
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Laboratory of Bromatology and Biological Defense of the Ministry of National Defense
Concluído
2017 - 2020/12 NiPharmin: a new antibacterial scaffold and biological applications.
Decision 287954
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
Jane ja Aatos Erkon Säätiö
Concluído
2018 - 2020/05 TraSyph - Tracing the Treponema pallidum genetic footprints associated with syphilis outcomes and stages
TraSyph
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Concluído
2017 - 2020 GenomePT - National Laboratory for Genome Sequencing and Analysis
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union
Concluído
2017 - 2018/05 Genome-scale scrutiny of chlamydial antigens
Chlantigens
Investigador
Genocea Biosciences, Inc
Concluído
2015 - 2017/12 EMERGE - Efficient response to highly dangerous and emerging pathogens at EU level
HP-JA-2014/JA-04-2014/677066
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
European Union,
Concluído
2014 - 2015/06 Novel approach to "understand" syphilis
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011 - 2014/08/31 Characterisation of host cell pathways altered by effectors of Brucella, Chlamydia, and Coxiella: identification of novel therapeutic targets
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010 - 2013/07/31 Functional analyses of inclusion membrane proteins of Chlamydia trachomatis
PTDC/SAU-MII/099623/2008
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010 - 2013/07/31 A novel bacterial system involved in copper tolerance
PTDC/BIA-PRO/098882/2008
Investigador
Universidade de Lisboa Instituto Dom Luiz, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010 - 2013/03/31 Tracking the synthesis of the Chlamydia cell wall - a biological paradox in intracellular and evasive bacteria
PTDC/BIA-MIC/100747/2008
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008 - 2011/04/30 Microarray-based surveying of Chlamydia trachomatis chromosomal mosaics
PTDC/BIA-BCM/71117/2006
Investigador
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2022 - Atual A One Health study to understand the sources, transmission and persistence of foodborne zoonotic diseases.
FMVULusófona_FBZoonOH
Investigador responsável
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Gonçalves, Carlota; Silveira, Leonor; Rodrigues, João; Furtado, Rosália; Ramos, Sónia; Nunes, Alexandra; Pista, Ângela. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Phenotypic and Genotypic Characterization of Escherichia coli and Salmonella spp. Isolates from Pigs at Slaughterhouse and from Commercial Pork Meat in Portugal". Antibiotics (2024): https://doi.org/10.3390/antibiotics13100957.
    Publicado • 10.3390/antibiotics13100957
  2. Lodhia, Zohra; Cordeiro, Dora; Correia, Cristina; João, Inês; Carreira, Teresa; Vieira, Luís; Nunes, Alexandra; et al. "Distribution of Chlamydia trachomatis ompA - genotypes over three decades in Portugal". Sexually Transmitted Infections (2024): sextrans-2024. http://dx.doi.org/10.1136/sextrans-2024-056166.
    Publicado • 10.1136/sextrans-2024-056166
  3. Calado, Rita D.A.; Mendes, Bárbara B.; Conniot, João; Ravasco, João M.J.M.; Sobral, Daniel; Ferreira, Carolina; Ferreira, Rita; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Preclinical assessment of an antibiotic-free cationic surfactant-based cellulose hydrogel for sexually and perinatally transmitted infections". Matter 7 6 (2024): 2205-2235. http://dx.doi.org/10.1016/j.matt.2024.04.002.
    Publicado • 10.1016/j.matt.2024.04.002
  4. Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Alves, Frederico; Liassine, Nadia; Lowe, David M.; Benejat, Lucie; Ducounau, Astrid; et al. "Erratum for Nunes et al., “Recurrent Campylobacter jejuni Infections with In Vivo Selection of Resistance to Macrolides and Carbapenems: Molecular Characterization of Resistance Determinants”". Microbiology Spectrum 11 6 (2023): http://dx.doi.org/10.1128/spectrum.03121-23.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1128/spectrum.03121-23
  5. Bettencourt, Célia; Nunes, Alexandra; Nogueira, Paulo; Duarte, Sílvia; Silva, Catarina; Gomes, João Paulo; Simões, Maria João. "Epidemiology and genetic diversity of invasive Neisseria meningitidis strains circulating in Portugal from 2003 to 2020". International Microbiology (2023): http://dx.doi.org/10.1007/s10123-023-00463-w.
    Publicado • 10.1007/s10123-023-00463-w
  6. Borges, Vítor; Duque, Mariana Perez; Martins, João Vieira; Vasconcelos, Paula; Ferreira, Rita; Sobral, Daniel; Pelerito, Ana; et al. "Viral genetic clustering and transmission dynamics of the 2022 mpox outbreak in Portugal". Nature Medicine 29 10 (2023): 2509-2517. http://dx.doi.org/10.1038/s41591-023-02542-x.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1038/s41591-023-02542-x
  7. Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Alves, Frederico; Liassine, Nadia; Lowe, David M.; Benejat, Lucie; Ducounau, Astrid; et al. "Recurrent Campylobacter jejuni Infections with In Vivo Selection of Resistance to Macrolides and Carbapenems: Molecular Characterization of Resistance Determinants". Microbiology Spectrum 11 4 (2023): http://dx.doi.org/10.1128/spectrum.01070-23.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1128/spectrum.01070-23
  8. Silveiro, Cátia; Marques, Mariana; Olivença, Francisco; Pires, David; Mortinho, Diana; Nunes, Alexandra; Pimentel, Madalena; Anes, Elsa; Catalão, Maria João. "CRISPRi-mediated characterization of novel anti-tuberculosis targets: mycobacterial peptidoglycan modifications promote beta-lactam resistance and intracellular survival". Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 13 (2023): https://doi.org/10.3389/fcimb.2023.1089911.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fcimb.2023.1089911
  9. Alves, Frederico; Castro, Rita; Pinto, Miguel; Nunes, Alexandra; Pomba, Constança; Oliveira, Manuela; Silveira, Leonor; Gomes, João Paulo; Oleastro, Mónica. "Molecular epidemiology of Clostridioides difficile in companion animals: Genetic overlap with human strains and public health concerns". Frontiers in Public Health 10 (2023): http://dx.doi.org/10.3389/fpubh.2022.1070258.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fpubh.2022.1070258
  10. Cochicho, Daniela; Nunes, Alexandra; Sobral, Daniel; Gomes, João P.; Esteves, Susana; Mendonça, Joana; Vieira, Luis; et al. "Distribution and Clinical Significance of HPV16 Variants in Head and Neck Squamous Cell Carcinomas: Data from a Portuguese Cohort and Systematic Review". Pathobiology 90 5 (2023): 333-343. http://dx.doi.org/10.1159/000529723.
    Publicado • 10.1159/000529723
  11. Kislaya, Irina; Casaca, Pedro; Borges, Vítor; Sousa, Carlos; Ferreira, Bibiana I.; Fonte, Ana; Fernandes, Eugénia; et al. "Comparative Effectiveness of COVID-19 Vaccines in Preventing Infections and Disease Progression from SARS-CoV-2 Omicron BA.5 and BA.2, Portugal". Emerging Infectious Diseases 29 3 (2023): 569-575. https://doi.org/10.3201/eid2903.221367.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3201/eid2903.221367
  12. Alves, Frederico; Cano, Manuela; Brondani, Greice; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica. "Airborne spores' dissemination of a swine associated Clostridioides difficile clone". Anaerobe 78 (2022): 102651. http://dx.doi.org/10.1016/j.anaerobe.2022.102651.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1016/j.anaerobe.2022.102651
  13. Cochicho, Daniela; Nunes, Alexandra; Gomes, João Paulo; Martins, Luís; Cunha, Mário; Medeiros-Fonseca, Beatriz; Oliveira, Paula; et al. "Characterization of the Human Papillomavirus 16 Oncogenes in K14HPV16 Mice: Sublineage A1 Drives Multi-Organ Carcinogenesis". International Journal of Molecular Sciences 23 20 (2022): 12371. http://dx.doi.org/10.3390/ijms232012371.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/ijms232012371
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  67. Gomes, João P.; Bruno, William J.; Nunes, Alexandra; Santos, Nicole; Florindo, Carlos; Borrego, Maria J.; Dean, Deborah. "Evolution ofChlamydia trachomatisdiversity occurs by widespread interstrain recombination involving hotspots". Genome Research 17 1 (2006): 50-60. http://dx.doi.org/10.1101/gr.5674706.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1101/gr.5674706
  68. Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Bruno, William J.; Borrego, Maria J.; Florindo, Carlos; Dean, Deborah. "Polymorphisms in the Nine Polymorphic Membrane Proteins of Chlamydia trachomatis across All Serovars: Evidence for Serovar Da Recombination and Correlation with Tissue Tropism". Journal of Bacteriology 188 1 (2006): 275-286. http://dx.doi.org/10.1128/jb.188.1.275-286.2006.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1128/jb.188.1.275-286.2006
Artigo em revista (magazine)
  1. Ramos, Sónia; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Bactérias zoonóticas multirresistentes, numa perspetiva "One Health"", Revista Lusófona de Ciência e Medicina Veterinária: II Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona - Edição Especial, 2024, https://doi.org/10.60543/rlcmv.v15i.9264.
  2. Rosa, Rute; Nunes, Alexandra; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Lima, Ana; Mota, Joana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Frequência e caracterização fenotípica de estirpes de Campylobacter coli em suínos abatidos para consumo Humano em Portugal", Revista Lusófona de Ciência e Medicina Veterinária: II Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona - Edição Especial, 2024, https://doi.org/10.60543/rlcmv.v15i.9244.
  3. Campana, Sara; Fernandes, Gonçalo; Patrício, Rui; Alves, Margarida; Lecis, Roberta; Ropio, Joana; Valença, Andreia; et al. "Salmonella spp. serovars isolated from healthy Leopard geckos (Eublepharis macularius) in Lisbon, Portugal", Revista Lusófona de Ciência e Medicina Veterinária: II Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona - Edição Especial, 2024, https://doi.org/10.60543/rlcmv.v15i.9246.
  4. Nunes, Alexandra; Gomes, João P.. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Dinâmica de transmissão de Clostridioides difficile – exemplos de abordagens One Health", Revista Lusófona de Ciência e Medicina Veterinária: I Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona - Edição Especial, 2022, https://doi.org/10.60543/rlcmv.v13i1.8569.
  5. Pelerito, Ana; Nunes, Alexandra; Grilo, Teresa; Isidro, Joana; Silva, Catarina; Ferreira, Ana Cristina; Valdezate, Sylvia; et al. "Genetic Characterization of Brucella spp.", ToxOmics, 2021, http://hdl.handle.net/10362/129671.
    https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.740068
  6. Nunes, Alexandra; et al.. "INSA and the emergency response to the laboratory diagnosis of COVID-19 in Portugal", Boletim Epidemiológico Observações, 2020, http://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/7255/1/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia12-2020_artigo2.pdf.
  7. Isidro, Joana; Santos, Andrea; Nunes, Alexandra; Borges, Vítor; Silva, Catarina; Vieira, Luís; Mendes, Aristides L; et al. "Resistance of Clostridium difficile from ribotype 017 to imipenem: contribution of the whole genome sequencing", Boletim Epidemiológico Observações, 2018, http://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/5692/1/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia10-2018_artigo3.pdf.
  8. Pinto, Miguel; Borges, Vítor; Antelo, Minia; Pinheiro, Miguel; Nunes, Alexandra; Azevedo, Jacinta; Borrego, Maria José; et al. "Novel genomic approach to decode syphilis", Boletim Epidemiológico Observações, 2018, https://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/5690/1/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia10-2018_artigo1.pdf.
  9. Nunes, Alexandra; Bettencourt, Célia; Simoes MJ. "Whole genome sequencing as a tool for molecular epidemiology: characterization of Neisseria meningitidis serogroup W strains isolated in Portugal", Boletim Epidemiológico Observações, 2018, https://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/5695/1/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia10-2018_artigo6.pdf.
  10. Macedo, Rita; Pinto, Miguel; Borges, Vitor; Nunes, Alexandra; Isidro, Joana; Duarte, Sílvia; Vieira, Luís; Gomes, JP. "New era on the surveillance of multidrug resistant tuberculosis in Portugal: whole genome sequencing", Boletim Epidemiológico Observações, 2018, http://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/5693/1/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia10-2018_artigo4.pdf.
  11. Nunes, Alexandra. "A Sequenciação Total do Genoma na monitorização de surtos: exemplo do grande surto da Doença dos Legionários em Vila Franca de Xira", Magazine SPM, 2017, https://spmicrobiologia.files.wordpress.com/2017/04/2017610-04.pdf.
  12. Pelerito, Ana; Nunes, Alexandra; Coelho, S; Piedade, C; Paixão, Paulo; Cordeiro, Rita; Sampaio, Daniel; et al. "Burkholderia pseudomallei: primeiro caso de melioidose em Portugal", Boletim Epidemiológico Observações, 2015, https://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/3236/3/observacoesNEspecia6-2015_artigo2.pdf.
  13. J. Rodrigues, Carlos; Reis, Lúcia; Cordeiro, Dora; João, I; Dinis, M; Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; et al. "Vigilância laboratorial das infeções por Neisseria gonorrhoeae em Portugal, 2004-2013", Boletim Epidemiológico Observações, 2014, https://repositorio.insa.pt/bitstream/10400.18/2382/3/Boletim_Epidemiologico_Observacoes_N10_2014_artigo8.pdf.
  14. J. Borrego, Maria; Paulino, A; Ferreira, MA; Nunes, Alexandra; P. Gomes, João; Florindo, Carlos; Viegas, S. "Laboratory Diagnose of Sexually Transmitted Infections", Trabalhos da Sociedade Portuguesa de Dermatologia e Venereologia , 2008
Edição de número de revista
  1. Ramos, Sónia; Nunes, Alexandra. "Special issue: Antibiotic Resistance, Virulence Profile and Genomic Analysis among Multidrug-Resistant Bacteria Isolated from Humans and Animals". Antibiotics (ISSN 2079-6382). (2023): https://www.mdpi.com/journal/antibiotics/special_issues/0709XE60N7.
    Editor convidado
Poster em conferência
  1. Fernandes, Gonçalo; Patrício, Rui; Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Belas, Adriana. "ZOONOTIC GRAM-NEGATIVE BACTERIA FROM THE ORAL CAVITY AND CLOACA OF HEALTHY LEOPARD GECKOS (EUBLEPHARIS MACULARIUS)". Trabalho apresentado em 6th International Conference on Avian, Herpetological, Exotic Mammal, Zoo and Wildlife Medicine, Ghent, Belgium, 20-24 May, 2024.
  2. Nunes, Alexandra; Azevedo, Mónica; Lemos, Maria L.; Amaro, Ana; Clemente, Lurdes; Leão, Célia; Ragimbeau, Catherine ; et al. "Multi-country outbreak of multi-drug resistant Campylobacter coli ST-10042 strain (2018-2023)". Trabalho apresentado em The 34th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), Barcelona, Spain, 27-30 April, 2024.
  3. Martins, Inês; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Ferreira, Susana. "Insights into Antimicrobial Resistance Evolution in Aliarcobacter butzleri under Subclinical Ciprofloxacin Exposure". Trabalho apresentado em 18th Congress of the International Union of Microbiological Societies (IUMS), Florence, Italy, 23-25 October 23-25, 2024.
  4. Smolders, Joaquim; Patrício, Rui; Valença, Andreia; Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Belas, Adriana. "ESBL/pAmpC-producing Enterobacteriaceae from healthy bearded dragons (Pogona Vitticepts): Preliminary results". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2024, Lisbon, Portugal, 05 July, 2024.
  5. Balbino, Carolina; Cordas, Matilde; Rosa, Rute; Santos, Isabel; Silva, Mariana C.; Belas, Adriana; Alves, Margarida; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Investigation of multidrug-resistant enteric bacteria in pigs produced for human consumption – Is there a risk for Public Health?". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2024, Lisbon, Portugal, 05 July, 2024.
  6. Carvalho, Miguel; Balbino, Carolina; Martins, Margarida; Borges, Mariana; Cordas, Matilde; Silveira, Leonor; Santos, Isabel; et al. "Evaluation of resistant enteric bacteria in raw meat from Portuguese retail stores". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2024, Lisbon, Portugal, 05 July, 2024.
  7. Lodhia, Zohra; Cordeiro, Dora; Correia, Cristina; João, Inês; Carreira, Teresa; Vieira, Luís; Nunes, Alexandra; et al. "DISTRIBUTION OF CHLAMYDIA TRACHOMATIS OMPA-GENOTYPES OVER THREE DECADES IN PORTUGAL". Trabalho apresentado em 37th IUSTI EUROPE CONGRESS 2024, 11-14 September, 2024.
  8. Pista, Ângela; Silveira, Leonor; Costa, Sara; Rosa, Rute; Gonçalves, Carlota; Alves, Margarida; Belas, Adriana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Multidrug-resistant Escherichia coli and Salmonella spp. in pigs slaughtered for human consumption, a potential source for humans?". Trabalho apresentado em The 2nd International Electronic Conference on Microbiology (online), 01-15 December, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.30729.01121
  9. Martins, Inês; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Ferreira, Susana. "Evolution of Aliarcobacter butzleri under Low Ciprofloxacin Concentrations Associated with the Selection of Multidrug-Resistant Mutants". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7-9 December, 2023.
  10. Carrilho, João P.; Candeias, Nuno R.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "NiPharmins: novel low resistance-inducing antimicrobials with antibiofilm activity against Staphylococcus aureus". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7-9 December, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.15080.69124
  11. Ramos, Sónia; Lemos, Leonor M.; Di Bella, Ludovica; Marques, Selma; Penteado, Margarida; Alves, Margarida; Belas, Adriana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Characterization of Campylobacter spp. isolates from poultry slaughtered for human consumption in Portugal". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7-9 December, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.32092.16003
  12. Carrilho, João P.; Cruz, Pedro; Candeias, Nuno R.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "NiPharmins: novel low resistance-inducing antimicrobials with antibiofilm activity against Staphylococcus aureus". Trabalho apresentado em The 2nd International Electronic Conference on Microbiology (online), 01-15 December, 2023.
  13. Silveiro, C.; Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; ANES, ELSA; Catalão, Maria João. "CRISPRi-mediated depletion of distinctive PG modifications promotes beta-lactam hypersusceptibility phenotypes in M. tuberculosis". 2023.
  14. Campana, Sara; Fernandes, Gonçalo; Patrício, Rui; Alves, Margarida; Lecis, Roberta; Ropio, Joana; Valença, Andreia; et al. "Salmonella spp. serovars isolated from healthy Leopard geckos (Eublepharis macularius) in Lisbon, Portugal". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.19404.39042
  15. Penteado, Margarida; Ramos, Sónia; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Lima, Ana; Mota, Joana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Evaluation of multidrug resistant Campylobacter spp. strains isolated from poultry slaughtered for human consumption in Portugal". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.26115.27688
  16. Rosa, Rute; Nunes, Alexandra; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Lima, Ana; Mota, Joana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Prevalence and phenotypic characterization of strains of Campylobacter coli in pigs slaughtered for human consumption in Portugal". Trabalho apresentado em FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.11120.64001
  17. Bettencourt, Célia R.; Nunes, Alexandra; Simões, Maria J.; VigLab-DM.. "Epidemiology of invasive meningococcal disease in Portugal from 2012 to 2022". Trabalho apresentado em 16th Congress of The European Meningococcal and Haemophilus Disease Society (EMGM), Dubrovnik, Croatia, 29th May to 1st June, 2023.
  18. Fernandes, Gonçalo; Campana, Sara; Patrício, Rui; Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Belas, Adriana. "Zoonotic Salmonella spp. isolated from healthy Leopard Geckos (Eublepharis Macularius): in vivo study". Trabalho apresentado em Montenegro International Veterinary Congress (XIXª Edition), Santa Maria da Feira, Portugal, 13-14 October, 2023.
  19. Ferreira, Rita; Coelho, Luis; Sobral, Daniel; Dourado, João; Isidro, Joana; Mixão, Verónica; Pinto, Miguel; et al. "Performance of metagenomics NGS probe-based pathogen detection in clinical samples". Trabalho apresentado em 3rd Symposium of the National Research Infrastructure for Genome Sequencing and Analysis (GenomePT Symposium 2023), Portuguese National Institute of Health, Lisbon, Portugal, 17th November, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.23888.72963
  20. Pista, Ângela; Silveira, Leonor; Gonçalves, Carlota; Costa, Sara; Carolino, Catarina; Santo, Bianca; Rosa, Rute; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Are Food-Producing Animals a Source of Multidrugresistant E. coli and Salmonella spp.?". Trabalho apresentado em 6th Egas Moniz International Scientific Congress (CiiEM) - Immediate and Future Challenges to Foster One Health, Almada, Portugal, 5-7 July, 2023.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.35447.60322
  21. Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; Pires, David; Silveiro, Cátia; ANES, ELSA; João Paulo Gomes; Catalão, Maria João. "Decoding Beta-lactam Susceptibility Patterns in Mycobacterium tuberculosis Clinical Strains". Trabalho apresentado em 32nd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID 2022), Lisbon, Portugal, 23-26 April, 2022.
  22. Olivença, Francisco; Ferreira, Cláudia; Silveiro, Cátia; Nunes, Alexandra; Gomes, João Paulo; Catalão, Maria João. "Anticipating Mycobacterial Beta-lactam Resistance: Do we know the whole story?". Trabalho apresentado em 32nd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID 2022), Lisbon, Portugal, 23-26 April, 2022.
  23. Borges, Vítor; Isidro, Joana; Ferreira, Rita; Duarte, Sílvia; Santos, Daniela; Vieira, Luís; Pinto, Miguel; et al. "Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Portugal: supporting evidence-informed public health decision-making". Trabalho apresentado em 32nd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), Lisbon, Portugal, 23-26 April, 2022.
  24. Mixão V; Borges V; Swart-Coipan C; Brendebach H; Tausch S; Larsen FG; Joensen K; et al. "BeONE: Building Integrative Tools for One Health Surveillance". Trabalho apresentado em OneHealth EJP Joint PMC POC Meeting, Stockholm, 21-22 November, 2022.
  25. Borges, Vitor; Isidro, Joana; Ferreira, Rita; Duarte, Sílvia; Santos, Daniela; Vieira, Luís; Pinto, Miguel; et al. "Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Portugal: supporting evidence-informed public health decision-making". Trabalho apresentado em 3rd INSA's Young Researcher Day, Lisbon, Portugal, 8 November, 2022.
  26. Alves, Bárbara; Calado, Rita; Rodrigues, João C.; Jorge, João; Abdul, Sházia; Guerreiro, Íris; Portela, Raquel; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "NiPharmins as efficacious prophylactic options to prevent Staphylococcal infections". Trabalho apresentado em 3rd INSA's Young Researcher Day, Lisbon, Portugal, 8 November, 2022.
  27. Ferreira, Carolina; Calado, Rita; Rodrigues, João C.; Vaz, Winchil; Gomes, João P.; Vieira, Otília; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Prophylactic potential of quaternary ammonium surfactants against Streptococcus agalactiae vertical transmission". Trabalho apresentado em 3rd INSA's Young Researcher Day, Lisbon, Portugal, 8 November, 2022.
  28. Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; Pires, David; Silveiro, Cátia; Ferreira, Cláudia; Miragaia, Maria; et al. "WGS-based Dual Strategy Identifies Lipoproteins with PBP Activity as Potential Targets to Enhance Beta-lactam Activity in Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em 3rd INSA's Young Researcher Day, Lisbon, Portugal, 8 November, 2022.
  29. Alves, Frederico; Nunes, Alexandra; Castro, Rita; Sequeira, António; Moreira, Olga; Matias, Rui; Rodrigues, João C.; et al. "Assessment of the Transmission Dynamics of Clostridioides difficile in a Farm Environment Reveals the Presence of a New Toxigenic Strain Connected to Swine Production". Trabalho apresentado em 3rd Day of INSA's Young Researcher, Lisbon, Portugal, 8 November, 2022.
    DOI: 10.13140/RG.2.2.15500.12165
  30. Ramos, Sofia; Santana, Miguel; Nunes, Alexandra. "Bioinformatic analysis of Claudin genes family as therapeutic targets for pancreatic adenocarcinoma". Trabalho apresentado em ISCB-Latin America SolBio BioNetMX Conference on Bioinformatics 2022, Juriquilla, Mexico, 3-7 November, 2022.
  31. Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; Pires, David; Silveiro, Cátia; Ferreira, Cláudia; Miragaia, Maria; et al. "WGS-based Dual Strategy for the Identification of Key Targets to Enhance Beta-lactam Activity in Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em Conference on Drug Development to Meet the Challenge of AMR 2022, Dublin, Ireland, 4-7 October, 2022.
  32. Olivença, Francisco; Pires, David; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; ANES, ELSA; Gomes, João Paulo. "Finding Key Genomic Markers of Beta-lactam Susceptibility in Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC'21 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2021, 23-26 November, 2021.
  33. Ferreira, Cláudia; Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; Gomes, João Paulo; Catalão, Maria João. "Ascertaining mycobacterial inducible resistance to peptidoglycan synthesis inhibitors". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC'21 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2021, 23-26 November, 2021.
  34. Castro, Rita; Alves, Frederico; Silveira, Leonor; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica. "Diversity and dynamics of Clostridioides difficile in a farm environment". Trabalho apresentado em One Health EJP Annual Scientific Meeting 2021, Copenhagen, Denmark, 9-11 June, 2021.
  35. Calado, Rita; Mendes, Bárbara B.; Conniot, João; Gomes, João P.; Conde, João; Nunes, Alexandra; Vieira, Otília. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "QAS-hydrogels as a promising microbicide against sexually and perinatal transmitted infections". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC'21 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2021, 23-26 November, 2021.
  36. Alves, Bárbara; Calado, Rita; Guerreiro, Íris; Portela, Raquel; Sobral, Rita; Rijo, Patricia; Gomes, João P.; Candeias, Nuno R.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Evaluation of the genetics underlying a putative acquisition of antimicrobial resistance to novel alkylaminophenols". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC'21 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2021, 23-26 November, 2021.
  37. Ferreira, Carolina; Calado, Rita; Vieira, Otília; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Are quaternary ammonium surfactants a good prophylatic option against Streptococcus agalactiae vertical transmission?". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC'21 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2021, 23-26 November, 2021.
  38. Calado, Rita; Rijo, Patricia; Candeias, Nuno R.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Increased antibacterial properties of indoline-derived phenol Mannich bases". Trabalho apresentado em 31st European Congress of Clinical Microbology and Infectious Diseases (ECCMID), 9-12 July, 2021.
  39. Calado, Rita; Vieira, Otília; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Are quaternary ammonium surfactants good prophylatic options for Neisseria gonorrhoeae "superbug"?". Trabalho apresentado em 31st European Congress of Clinical Microbology and Infectious Diseases (ECCMID), 9-12 July, 2021.
  40. Kislaya, Irina; Rodrigues, EF; Borges, V; Gomes, JP; Sousa, C; Almeida, JP; Peralta-Santos, A; Nunes, B; PT-Covid-19 Group. "Delta variant and mRNA Covid-19 vaccines effectiveness: higher odds of vaccine infection breakthroughs". Trabalho apresentado em European Scientific Conference on Applied Infectious Disease Epidemiology (ESCAIDE) (online), 16-19 November, 2021.
  41. Francisco Olivença; David Pires; Nunes, Alexandra; Elsa Anes; Macedo, Rita; João Paulo Gomes; Maria João Catalão; et al. "Inhibition of Peptidoglican Biosynthesis as a strategy against drug-resistant Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em Symposium of Research on Tuberculosis and Nontuberculous Mycobacteria in Portugal, 2021.
  42. Olivença, Francisco; Pires, David; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; Anes, Elsa; Gomes, João P.; Catalão, Maria J.. "The combination of carbapnems and clavulanic acid efficiently inhibits Mycobacetrium tuberculosis clinical isolates". Trabalho apresentado em iMed.ULisboa Meeting 2021 (online), Lisbon, Portugal, June-July, 2021.
  43. Olivença, Francisco; Nunes, Alexandra; Macedo, Rita; Pires, David; Silveiro, Cátia; Anes, Elsa; Gomes, João P.; Catalão, Maria J.. "Repurposing Beta-lactams in Tuberculosis: a Valuable Therapeutic Alternative Against Drug-Resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em New Health Challenges at ULisboa, Lisbon, Portugal, 29-30 November, 2021.
  44. Olivença, Francisco; Pires, David; Carmo, Nuno; Macedo, Rita; Nunes, Alexandra; Gomes, João Paulo; Anes, Elsa; Catalão, Maria João. "Inhibition of Peptidoglycan Biosynthesis as a Strategy Against Drug-resistant Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC 19 - Congress of Microbiology and Biotechnology' 19, Coimbra, Portugal, 5-7 December, 2019.
  45. Olivença, Francisco; Pires, David; Carmo, Nuno; Macedo, Rita; Nunes, Alexandra; Gomes, João Paulo; Anes, Elsa; Catalão, Maria João. "Shifting the Paradigm: Repurposing Beta-lactam Antibiotics Against Drug-Resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em The Great Wall Symposium 2019, Paris, France, 25-27 September, 2019.
  46. Bettencourt, Célia; Nunes, Alexandra; Simões, Maria J.. "Neisseria meningitidis serogroup W in Portugal: a 16-year story". Trabalho apresentado em 15th European Meningococcal and Haemophilus Disease Society, Lisbon, Portugal, 27-30 May, 2019.
  47. Bettencourt, Célia; Nunes, Alexandra; Simões, Maria J.. "First case of a noninvasive infection caused by Neisseria meningitidis serogroup X in Portugal". Trabalho apresentado em 15th European Meningococcal and Haemophilus Disease Society, Lisbon, Portugal, 27-30 May, 2019.
  48. Nunes, Alexandra; Costa, Micael; Isidro, Joana; Santos, Andrea; Gomes, João P.; Costa, Paulo M.; Oleastro, Mónica. "Genomic epidemiology study of multidrug resistant Campylobacter coli isolated in the context of One Health". Trabalho apresentado em 1st Annual Scientific Meeting of the One Health European Joint Programme on Foodborne Zoonoses, Antimicrobial Resistance and Emerging Threats., Dublin, Irland, 22-24 May, 2019.
  49. Macedo, Rita; Isidro, Joana; Pinto, Miguel; Nunes, Alexandra; Borges, Vitor; Gomes, João P.. "Strengthening Mycobacterium tuberculosis surveillance through culture-independent whole-genome sequencing". Trabalho apresentado em 12th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers 2019 (IMMEM XII), Dubrovnik, Croatia, 18-21 September, 2019.
  50. Lehours, Philippe; Oleastro, Mónica; Nunes, Alexandra; Liassine, Nadia; Lowe, David M.; Godbole, Gauri. "Recurrent Campylobacter jejuni infections with in vivo selection of resistance to macrolides and carbapenems: molecular characterization of resistance determinants". Trabalho apresentado em 28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), Madrid, Spain, 21-24 April, 2018.
  51. Macedo, Rita; Nunes, Alexandra; Duarte, Sílvia; Vieira, Luís; Gomes, João P.. "Can we use bioinformatics platforms for predicting M. tuberculosis resistance?". Trabalho apresentado em 28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID 2018), Madrid, Spain, 21-24 April, 2018.
  52. Azevedo, Aleksandra; Nunes, Alexandra; Roque, Carla; Costa, Inês; Gomes, João P.; Lopo, Sílvia. "Molecular studies on HSV: replication rate, infection capacity and progeny". Trabalho apresentado em 19th ESCV, Lisbon, Portugal, 14-17 September, 2016.
  53. Sampaio, Daniel A.; Borges, Vitor; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Gomes, João P.; Vieira, Luís. "Sequencing and bioinformatics analysis of 161 genomes from 18 public health-related microbial strains". Trabalho apresentado em Applied Bioinformatics and Public Health Microbiology, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, UK, 6-8 May, 2015.
  54. Witherden, Elizabeth A.; Bajanca-Lavado, Maria P.; Tristram, Stephen G.; Nunes, Alexandra. "The role of inter-species recombination of the ftsI gene on the dissemination of altered penicillin-binding protein 3 mediated resistance in Haemophilus influenzae and Haemophilus haemolyticus (2014 ASA Travel Award)". Trabalho apresentado em 15th Annual Meeting of Australian Society for Antimicrobials, Melbourne, Australia, 20-22 February, 2014.
  55. Oleastro, Mónica; Rocha, Raquel; Nunes, Alexandra; Vale, Filipa F.; Vieira, Luís; Sampaio, Daniel A.; Dias, Ricardo. "Genomic features of ulcerogenic Helicobacter pylori strains isolated from children". Trabalho apresentado em XXVIIth International Workshop on Helicobacter & Microbiota in Inflammation & Cancer, European Helicobacter Study Group (EHSG), Rome, Italy, 10-13 September, 2014.
  56. Borrego, Maria J.; Gomes, João P.; Rodrigues, João C.; Cordeiro, Dora; Reis, Lúcia; Diniz, Margarida; Nunes, Alexandra; et al. "Vigilância laboratorial das infeções por Neisseria gonorrhoeae in Portugal". Trabalho apresentado em IV National Meeting of Public Health, Lisbon, Portugal, 2-3 October, 2014.
  57. Borges, Vitor; Ferreira, Rita; Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Effect of long-term laboratory propagation on Chlamydia trachomatis genome dynamics". Trabalho apresentado em 6th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, San Antonio, Texas, USA, 19-22 March, 2013.
  58. Ferreira, Rita; Borges, Vitor; Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Insights into the molecular characterization of Chlamydia trachomatis plasmid". Trabalho apresentado em 6th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, San Antonio, Texas, USA, 19-22 March, 2013.
  59. Nunes, Alexandra; Ménard, Armelle; Mégraud, Francis; Oleastro, Mónica. "Positive selection in the evolution of Helicobacter pylori outer membrane proteins". Trabalho apresentado em XXVth International Workshop on Helicobacter and Related Bacteria in Chronic Digestive Inflammation and Gastric Cancer, Ljubljana, Slovenia, 13-15 September, 2012.
  60. Ferreira, Rita; Borges, Vitor; Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Transcriptomic analysis of plasmid and plasmid-related chromosomal ORFs in Chlamydi atrachomatis strains with different cell-appetence". Trabalho apresentado em 5th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Redondo Beach, California, USA, 18-21 March, 2011.
  61. Borges, Vitor; Ferreira, Rita; Nunes, Alexandra; Nogueira, Paulo; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Normalization strategies for real-time expression data in Chlamydia trachomatis". Trabalho apresentado em 5th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Redondo Beach, California, USA, 18-21 March, 2011.
  62. Nunes, Alexandra; Ferreira, Rita; Borges, Vitor; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Molecular features underlying the higher ecological success of C. trachomatis E and F genotypes". Trabalho apresentado em 5th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Redondo Beach, California, USA, 18-21 March, 2011.
  63. Oliveira, Mário; Postolache, Gabriela; Geraldes, Vera; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Silva, Vitor; Laranjo, Sérgio; et al. "Time course of ionic and gap junctional remodelling induced by short-term rapid atrial pacing". Trabalho apresentado em Arrhythmia Meeting 2010, Lisbon, Portugal, February, 2010.
    10.1109/iembs.2011.6090739
  64. Oliveira, Mário; Postolache, Gabriela; Geraldes, Vera; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Tavares, Cristiano ; Laranjo, Sérgio; Nogueira da Silva, M.; Rocha, Isabel. "Alterations in atrial ion channel and connexin gene expression induced by autonomic stimulation: a potential substrate for neurogenic atrial fibrillation". Trabalho apresentado em European Society of Cardiology (ESC) Congress 2010, Stockholm, Sweden, 28 August to 1st September, 2010.
  65. Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Florindo, Carlos; Borges, Vitor; Gomes, João P.. "ompA variants in STI: purifying selection or escape from immune pressure?". Trabalho apresentado em 4th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Little Rock, EUA, 20-23 March, 2009.
  66. Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Florindo, Carlos; Gomes, João P.. "Evolutionary Dynamics of Chlamydia trachomatis Key Antigen". Trabalho apresentado em National Congress of Microbiology and Biotechnology (MICROBIOTEC'09), Vilamoura, Portugal, 28-30 November, 2009.
    10.1145/1569901.1570157
  67. Florindo, Carlos; Nunes, Alexandra; Ferreira, Maria A.; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Clonal trait of the two most prevalent C. trachomatis serovars". Trabalho apresentado em 6th Meeting of the European Society for Chlamydia Research 2008, Aarhus, Denmark, 1-4 July, 2008.
  68. Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; Ferreira, Maria A.; Azevedo, Jacinta; Santo, Isabel; Gomes, João P.; Borrego, Maria J.. "Lymphogranuloma venereum: unusual infections during 2007 in Portugal". Trabalho apresentado em 6th Meeting of the European Society for Chlamydia Research 2008, Aarhus, Denmark, 1-4 July, 2008.
  69. Nunes, Alexandra; Gomes, João P.; Mead, Sara; Florindo, Carlos; Correia, Helena; Borrego, Maria J.; Dean, Deborah. "Transcriptomics of the 9 pmp family for Chlamydia trachomatis reference and clinical E strains". Trabalho apresentado em 3rd Biannual Meeting of Chlamydia Basic Research Society, Louisville, USA, 23-26 March, 2007.
  70. Viegas, Sílvia; Gomes, João P.; Florindo, Carlos; Nunes, Alexandra; Ferreira, Maria A.; Paulino, Arminda; Borrego, Maria J.. "Chlamydia trachomatis genotypes and infection rates in Lisbon, 1991-2005". Trabalho apresentado em 17th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases and 25th International Congress of Chemotherapy, Munich, Germany, 31 March to 3 April, 2007.
  71. Florindo, Carlos; Gomes, João P.; Azevedo, Jacinta; Santo, Isabel; Viegas, Sílvia; Nunes, Alexandra; Reigado, Vera; Borrego, Maria J.. "Use of PCR in the diagnosis of early syphilis". Trabalho apresentado em National Congress of Microbiology and Biotechnology (MICRO'07-BIOTEC'07), Lisbon, Portugal, 29 November to 2 December, 2007.
  72. Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; Correia, Helena; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Comparative gene expression analysis of the pmp family for Chlamydia trachomatis reference versus clinical strains". Trabalho apresentado em National Congress of Microbiology and Biotechnology (MICRO'07-BIOTEC'07), Lisbon, Portugal, 29 November to 2 December, 2007.
  73. Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Genomic and Transcriptomic analyses of Chlamydia trachomatis membrane proteins - presented at the". Trabalho apresentado em 1st INSA's Young Researcher Day, Lisbon, Portugal, 18 May, 2006.
  74. Viegas, Sílvia; Florindo, Carlos; Ferreira, Maria A.; Paulino, Arminda; Azevedo, Jacinta; Santo, Isabel; Nunes, Alexandra; Gomes, João P.; Borrego, Maria J.. "Trends in Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae infections". Trabalho apresentado em 12th International Congress on Infectious Diseases, Lisboa, Portugal, 15-18 June, 2006.
  75. Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Borrego, Maria J.; Dean, Deborah. "Transcriptomics of the Chlamydia trachomatis nine polymorphic membrane protein family". Trabalho apresentado em 2nd Biannual Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Indianapolis, 23-25 April, 2005.
  76. Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; Borrego, Maria J.; Dean, Deborah. "Genomic analysis of the nine polymorphic membrane protein genes for the 19 Chlamydia trachomatis reference serovars and recent clinical isolates". Trabalho apresentado em 2nd Biannual Meeting of the Chlamydia Basic Research Society, Indianapolis, 23-25 April, 2005.
  77. Florindo, Carlos; Nunes, Alexandra; Gomes, João P.; Borrego, Maria J.. "Comparative genomics and molecular characterization of the nine polymorphic membrane proteins for the 18 Chlamydia trachomatis serovars". Trabalho apresentado em Congresso Nacional de Microbiologia e Biotecnologia, MICRO'05-BIOTEC'05, Póvoa de Varzim, Portugal, 30 November to 3 December, 2005.
  78. Nunes, Alexandra; Florindo, Carlos; Borrego, Maria J.; Gomes, João P.. "Comparative developmental transcriptome analysis of the nine polymorphic membrane proteins for serovars representing two Chlamydia trachomatis biovars". Trabalho apresentado em National Congress of Microbiology and Biotechnology (MICRO'05-BIOTEC'05), Póvoa de Varzim, Portugal, 30 November to 3 December, 2005.
Pré-impressão
  1. Santos, João Dourado; Sobral, Daniel; Pinheiro, Miguel; Isidro, Joana; Bogaardt, Carlijn; Pinto, Miguel; Eusébio, Rodrigo; et al. "INSaFLU-TELEVIR: an open web-based bioinformatics suite for viral metagenomic detection and routine genomic surveillance". 2023. http://dx.doi.org/10.21203/rs.3.rs-3556988/v1.
    10.21203/rs.3.rs-3556988/v1
  2. Kislaya, Irina; Casaca, Pedro; Borges, Vítor; Sousa, C; Ferreira, BI; Fernandes, E; Dias, CM; et al. "SARS-CoV-2 BA.5 vaccine breakthrough risk and severity compared with BA.2: a case-case and cohort study using Electronic Health Records in Portugal". 2022. https://doi.org/10.1101/2022.07.25.22277996.
    10.1101/2022.07.25.22277996
  3. Isidro, Joana; Borges, Vítor; Pinto, Miguel; Ferreira, Rita; Sobral, Daniel; Nunes, Alexandra; Santos, João D.; et al. "First draft genome sequence of Monkeypox virus associated with the suspected multi-country outbreak, May 2022 (confirmed case in Portugal)". 2022. https://virological.org/t/first-draft-genome-sequence-of-monkeypox-virus-associated-with-the-suspected-multi-country-outbreak-may-2022-confirmed-case-in-portugal/799.
  4. Isidro, Joana; Borges, Vítor; Pinto, Miguel; Ferreira, Rita; Sobral, Daniel; Nunes, Alexandra; Santos, João D.; et al. "Multi-country outbreak of Monkeypox virus: genetic divergence and first signs of microevolution". 2022. https://virological.org/t/multi-country-outbreak-of-monkeypox-virus-genetic-divergence-and-first-signs-of-microevolution/806.
  5. Gomes, João P; Isidro, Joana; Borges, Vítor; Pinto, Miguel; Sobral, Daniel; Santos, João; Mixão, Verónica; et al. "Multi-country outbreak of monkeypox virus: phylogenomic characterization and signs of microevolution". 2022. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1700947/v1.
  6. Tatu Rimpilainen; Alexandra Nunes; Rita Calado; Ana Fernandes; Joana Andrade; Epole Ngolle; Gabriella Spengler; et al. Autor correspondente: Alexandra Nunes. "Increased Antibacterial Properties of Indoline-Derived Phenolic Mannich Bases". 2021. https://doi.org/10.26434/chemrxiv.14184929.
    10.26434/chemrxiv.14184929
  7. Borges, V; Isidro, J; Trovão, NS; Duarte, S; Cortes-Martins, H; Martiniano, H; Gordo, I; et al. "The early dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in Portugal". 2021. http://dx.doi.org/10.1101/2021.02.22.21252216.
    10.1101/2021.02.22.21252216
  8. Silvestre, Inês; Borges, Vitor; Duarte, Silvia; Nunes, Alexandra; Sobral, Rita; Vieira, Luis; P. Gomes, João; J. Borrego, Maria. "Global gene expression analysis of Streptococcus agalactiae at exponential growth phase". 2020. http://dx.doi.org/10.1101/2020.11.13.381939.
    10.1101/2020.11.13.381939
  9. Silvestre, Inês; Borges, Vitor; Duarte, Silvia; Nunes, Alexandra; Sobral, Rita; Vieira, Luis; P. Gomes, João; J. Borrego, Maria. "Genomic insights on DNase production in Streptococcus agalactiae ST17 and ST19 strains". 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.09.418327.
Resumo em conferência
  1. Silva, Vanessa; Caniça, Manuela; Nunes, Alexandra; Gomes, João P.; Poeta, Patrícia; Igrejas, Gilberto. "Wildlife as key reservoirs of Staphylococcus aureus genetic variants - work published by MDPI in Proceedings of the 3rd International Electronic Conference on Diversity , 15–17 October". 2024.
    Publicado
  2. Carrilho, João P.; Candeias, Nuno R.; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "NiPharmins: novel low resistance-inducing antimicrobials with antibiofilm activity against Staphylococcus aureus - work published on Conference Abstracts Book of Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7th-9th December". 2023.
    Publicado
  3. Ferreira, Rita; Coelho, Luís; Sobral, Daniel; Dourado, João; Isidro, Joana; Mixão, Verónica; Pinto, Miguel; et al. "Performance of metagenomics NGS probe-based pathogen detection in clinical samples - work published on Conference Abstracts Book of the 3rd Symposium of the National Research Infrastructure for Genome Sequencing and Analysis - GenomePT Symposium 2023, Lisbon, Portugal, 17th November". 2023.
    Publicado
  4. Ramos, Sónia; Lemos, Leonor M.; Di Bella, Ludovica; Marques, Selma; Penteado, Margarida; Alves, Margarida; Belas, Adriana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Characterization of Campylobacter spp. isolates from poultry slaughtered for human consumption in Portugal - work published on Conference Abstracts Book of Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7th-9th December". 2023.
    Publicado
  5. Martins, Inês; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Ferreira Susana. "Evolution of Aliarcobacter butzleri under Low Ciprofloxacin Concentrations Associated with the Selection of Multidrug-Resistant Mutants - work published on Conference Abstracts Book of Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7th-9th December". 2023.
    Publicado
  6. Bettencourt, Célia R.; Nunes, Alexandra; Simões, Maria J.; VigLab-DM.. "Epidemiology of invasive meningococcal disease in Portugal from 2012 to 2022 - work published on Conference Abstracts Book of the 16th Congress of The European Meningococcal and Haemophilus Disease Society (EMGM), Dubrovnik, Croatia, 29th May to 1st June". 2023.
    Publicado
  7. Coelho, Luís; Ferreira, Rita; Sobral, Daniel; Dourado, Joao; Isidro, Joana; Mixão, Verónica; Pinto, Miguel; et al. "Probe-based Metagenomics: an added value for clinical decision? - work published on Conference Abstracts Book of Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23), Covilhã, Portugal, 7th-9th December". 2023.
    Publicado
  8. Pista, Ângela; Silveira, Leonor; Gonçalves, Carlota; Costa, Sara; Carolino, Catarina; Santo, Bianca; Rosa, Rute; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Are food-producing animals a source of multidrug-resistant E. coli and Salmonella spp.? - work published on Conference Abstracts Book of the 6th International Congress of CiiEM - Immediate and Future Challenges to Foster One Health, Almada, Portugal, 5th-7th July". 2023.
    Publicado
  9. Rosa, Rute; Nunes, Alexandra; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Lima, Ana; Mota, Joana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Prevalence and phenotypic characterization of strains of Campylobacter coli in pigs slaughtered for human consumption in Portugal - work published on Conference Abstracts Book of FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May". 2023.
    Publicado
  10. Penteado, Margarida; Ramos, Sónia; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Mota, Joana; Pedroso, Laurentina; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Evaluation of multidrug resistant Campylobacter spp. strains isolated from poultry slaughtered for human consumption in Portugal - work published on Conference Abstracts Book of FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May". 2023.
    Publicado
  11. Campana, Sara; Fernandes, Gonçalo; Patrício, Rui; Alves, Margarida; Lecis, Roberta; Ropio, Joana; Valença, Andreia; et al. "Salmonella spp. serovars isolated from healthy Leopard geckos (Eublepharis macularius) in Lisbon, Portugal - work published on Conference Abstracts Book of FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May". 2023.
    Publicado
  12. Ferreira, Rita; Coelho, Luís; Sobral, Daniel; Dourado, João; Isidro, Joana; Pinto, Miguel; Mixão, Verónica; et al. "Performance of metagenomics NGS probe-based pathogen detection in clinical samples - work published on Conference Abstracts Book of the 25º European Society for Clinical Virology (ESCV 2023), Milano, Italy, 30 August - 2 September". 2023.
    Publicado
  13. Ramos, Sónia; Nunes, Alexandra. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Multi-resistant zoonotic bacteria, from a "One Health" perspective - work published on Conference Abstracts Book of FMVet Research Meetings 2023, Lisbon, Portugal, 19th May". 2023.
    Publicado
  14. Pista, Ângela; Silveira, Leonor; Costa, Sara; Rosa, Rute; Gonçalves, Carlota; Alves, Margarida; Belas, Adriana; et al. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Multidrug-resistant Escherichia coli and Salmonella spp. in pigs slaughtered for human consumption, a potential source for Humans? - published by MDPI in Proceedings of The 2nd International Electronic Conference on Microbiology (ECM 2023), 01-15 December". 2023.
    Publicado
  15. Fernandes, Gonçalo; Campana, Sara; Patrício, Rui; Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Gomes, João P.; Nunes, Alexandra; Belas, Adriana. "Zoonotic Salmonella spp. isolated from healthy Leopard Geckos (Eublepharis Macularius): in vivo study - work published on Conference Proceedings Book of Montenegro International Veterinary Congress (XIXª Edition), Santa Maria da Feira, Portugal, 13-14 October". 2023.
    Publicado
  16. Martins, Inês; Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Ferreira, Susana. "Potential impact of low ciprofloxacin concentrations in the promotion of resistance in Aliarcobacter butzleri - published by MDPI in Proceedings of the 3rd International Electronic Conference on Antibiotics (ECA 2023), 1–15 December". 2023.
    Publicado
  17. Nunes, Alexandra; Gomes, João P.. Autor correspondente: Nunes, Alexandra. "Transmission dynamics of Clostridioides difficile ¿ examples of One Health approaches - work published on Conference Abstracts Book of FMVet Research Meetings 2022, Lisbon, Portugal, 25th July". 2022.
    Publicado
  18. Nunes, Alexandra; Costa, Micael; Isidro, Joana; Santos, Andrea; Gomes, João P.; Costa, Paulo M.; Oleastro, Mónica. "Genomic epidemiology study of multidrug resistant Campylobacter coli isolated in the context of One Health - work published in Proceedings of the 1st Annual Scientific Meeting of the One Health European Joint Programme on Foodborne Zoonoses, Antimicrobial Resistance and Emerging Threats., Dublin, Irland, 22-24 May -". 2019.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. Alves, Bárbara André. "Novel alkylaminophenols as antibacterial agents against Staphylococcus aureus infections". Mestrado, 2022. http://hdl.handle.net/10362/134990.
  2. Ferreira, Carolina Borges. "Evaluation of Quaternary Ammonium Surfactants as prophylactic options for Streptococcus agalactiae infections". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2022. http://hdl.handle.net/10362/132855.
  3. Azevedo, Aleksandra; Azevedo, Aleksandra Inês Mazurek Vieira de. "Molecular studies on HSV: replication rate, infection capacity and progeny". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2016. http://hdl.handle.net/10362/21594.
  4. Nunes, Alexandra Isabel Cardoso; Nunes, Alexandra. "Genomic and transcriptomic features of Chlamydia trachomatis. Tracking the basis for the ecological success". Doutoramento, 2010. http://hdl.handle.net/10362/5292.

Propriedade Intelectual

Pedido provisório de patente
  1. 2024. "European Patent entitled "SURFACTANT-BASED HYDROGEL, METHODS AND USES THEREOF" (Application number: EP24160080.8)".
    Protegido

Outros

Conjunto de dados
  1. Pelerito, Ana; Nunes, Alexandra; Núncio, M. Sofia; P. Gomes, João. Genome-scale approach to study the genetic relatedness among Brucella melitensis strains - wgMLST schema for Brucella melitensis. https://doi.org/10.5281/zenodo.3575026.
  2. Nunes, Alexandra; Oleastro, Mónica; Alves, Frederico; Liassine, Nadia; Lowe, David M.; Benejat, Lucie; Ducounau, Astrid; et al. Recurrent Campylobacter jejuni infections with in vivo selection of resistance to macrolides and carbapenems - assembly dataset. https://doi.org/10.5281/zenodo.7684724. 2023.
Outra produção
  1. Human Genetics - Oncobiology (didactic material). 2022. Ramos, Sofia; Nunes, Alexandra.
Software
  1. Nunes, Alexandra. "in-silico-typing". 2021.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/10/16 Wildlife as key reservoirs of Staphylococcus aureus genetic variants The 3rd International Electronic Conference on Diversity (IECD 2024 Conference): Biodiversity of Animals, Plants and Microorganisms (online), 15-17 October
2024/09/17 Genomics applied to infectious diseases Dia Internacional do Microrganismo 2024
Faculdade de Ciências da Saúde, Universidade da Beira Interior (Covilhã, Portugal)
2024/07/17 FROM SUBCLINICAL CIPROFLOXACIN CONCENTRATIONS TO INCREASED RESISTANCE: UNDERSTANDING THE EVOLUTIONARY PATHWAYS OF ARCOBACTER BUTZLERI XIX Annual CICS-UBI Symposium
(Covilhã, Portugal)
2024/06/26 Genetic characterization of Staphylococcus aureus isolates from hedgehogs: understanding wildlife microbial ecology 1st Symposium Environmental cHANges, Conservation biology, and Evolution - ENHANCE
Molecular Phylogenetic lab of the Department of Life and Environmental Sciences of the Polytechnic University of Marche (Ancona, Italy) (Ancona, Itália)
2024/05/02 Importance of surveillance of infectious diseases on sheep farms 36th Estremoz International Agricultural Fair (FIAPE 2024), within the scope of the Colloquium entitled “The importance of sheep farming in the rural world”
(Estremoz, Portugal)
2023/12 Probe-based Metagenomics: an added value for clinical decision? Congress of Microbiology and Biotechnology 2023 (MICRO-BIOTEC'23)
(Covilhã, Portugal)
2023/11/03 To kiss or not to kiss? That is the question... (Invited Speaker) III Seminário One Health - Uma Só Saúde , Uma Só Medicina na prevenção, diagnóstico e tratamento
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária (Lisbon, Portugal)
2023/06 Characterization of Campylobacter spp. Isolated from animals slaughtered for human consumption: A public health problem in Portugal? Congresso de Saúde Pública 23
Sociedade Portuguesa de Saúde Pública (Lisbon, Portugal)
2023/05/19 Multi-resistant zoonotic bacteria, from a “One Health” perspective (Invited Speaker) FMVet Research Meetings 2023 - II Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona
(Lisbon, Portugal)
2023/05/02 Genomic biotechnology applied to infectious diseases (Invited Speaker) VII Ciclo de conferências em Biotecnologia
UBIOTEC - Núcleo de Estudantes de Biotecnologia da Universidade da Beira Interior (Covilhã, Portugal)
2023/04/15 SARS-CoV-2 variants: should we still fear them? (Invited Speaker) Jornadas da Saúde de Elvas - COVID-19, consequências e desafios
Sociedade Portuguesa de Esclerose Múltipla (SPEM) (Elvas, Portugal)
2023 Performance of metagenomics NGS probe-based pathogen detection in clinical samples 25º ESCV 2023
European Society for Clinical Virology (Milão, Itália)
2023 Potential impact of low ciprofloxacin concentrations in the promotion of resistance in Aliarcobacter butzleri 3rd International Electronic Conference on Antibiotics - Rise of Antibiotic Resistance: Mechanisms Involved and Solutions to Tackle it
2023 Uncovering Beta-Lactam Susceptibility Patterns in Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis through Whole-Genome Sequencing. Universidade de Coimbra Life Sciences Awards
(Coimbra, Portugal)
2022/11/08 Multi-country outbreak of monkeypox virus: from the first viral genome sequence to phylogenomic characterization and microevolution 3rd Day of INSA's Young Researcher
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP (Lisbon, Portugal)
2022/07/25 Transmission dynamics of Clostridioides difficile - examples of One Health approaches (Invited Speaker) FMVet Research Meetings
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária (Lisbon)
2022/06 Genomic epidemiology study of multidrug resistant Campylobacter coli isolated in the context of One Health the 4th Joint meeting on AMR for the FWD-Network and EURL-AR Network
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) (Dinamarca)
2022/01/04 How to combat antimicrobial resistance in STIs
School of Psychology and Life Sciences, Lusófona University (Lisbon, Portugal)
2021/12/13 Assessment of the diversity and dynamics of Clostridioides difficile in a farm environment reveals the presence of a dominant new toxigenic strain connected to swine production INSA ConVida (13th session)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP (Lisboa, Portugal)
2021/11/19 Development of novel compounds for specific applications - The Importance of Antimicrobials in the One Health Era I Webinar One Health Day Antimicrobial Awareness Week
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária (Lisboa, Portugal)
2021/10/29 Development of new drug delivery vehicles
School of Psychology and Life Sciences, Lusófona University (Lisbon, Portugal)
2021/10/13 Biodegradable polymeric hydrogels as an effective vaginal microbicide delivery system 3rd NMS Symposium. Chronic diseases and Translacional science
Nova Medical School, CEDOC (Lisboa, Portugal)
2021/01/14 Microbiology importance in Veterinary - One Health perspective Microbiology I Seminar
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária (Lisboa, Portugal)
2020/01/31 Inhibition of Peptidoglycan Biosynthesis as a Strategy against Drug-resistant Mycobacterium tuberculosis II Research Symposium on Tuberculosis and Non-Tuberculous Mycobacteria in Portugal
Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2020/01 Whole-genome sequencing of infectious agents in the National Institute of Health - Towards a One Health approach
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária (Lisboa, Portugal)
2017/12 WGS-based laboratory workflows for diagnosing Tuberculosis Journal Club
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal (Lisbon, Portugal)
2016/11/10 Noval Genomic Approach to Decode the Causing Agent of Syphilis Portuguese NIH Seminars
Portuguese National Institute of Health (INSA) (Lisbon, Portugal)
2016/11 3-years experience overview of using NGS in Infectious Diseases: WGS-based and RNA-Seq studies 3rd Illumina NGS Platform Users Meeting, INSA
(Lisbon, Portugal)
2016/05/11 Using NGS in Infectious Diseases Next Generation Sequencing Workshop, SOQUÍMICA/Agilent
(Lisbon, Portugal)
2016/03 Phylogenomic Characterization Of The Causative Strain Of One Of The Largest Worldwide Outbreaks Of Legionnaires' Disease Occurred In Portugal In 2014 11th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM XI)
(Estoril, Portugal)
2016 Resistance to imipenem in endemic clone of Clostridium difficile ribotype 017 XIII National Congress for HIV, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
(Coimbra, Portugal)
2015/03 Genomic and transcriptomic evaluation of the tropism-specific adaptation of Chlamydia trachomatis to epithelial cells unveils the impact of CT135 loss on the expression of multiple virulence-associated genes 7th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society (CBRS)
(New Orleans, Louisiana, Estados Unidos)
2015/01 Disclosing molecular determinants of aminoglycosides resistance in Campylobacter spp. 1st International Caparica Conference in Antibiotic Resistance
(Portugal)
2011/06 Genomic and Transcriptomic Features of Chlamydia trachomatis: Tracking the Basis for the Ecological Success 4th Congress of European Microbiologists, FEMS 2011
(Geneva, Suiça)
2011/03 Adaptive evolution of the Chlamydia trachomatis dominant antigen reveals distinct evolutionary scenarios for B- and T-cell epitopes: worldwide survey 5th Biennial Meeting of the Chlamydia Basic Research Society (CBRS)
(Redondo Beach, California, Estados Unidos)
2009/11 Evolutionary dynamics of Chlamydia trachomatis key antigen National Congress of Microbiology and Biotechnology (MICROBIOTEC-09)
(Vilamoura, Portugal)
2009/05/04 Applications of Bioinformatics to Genomics II Technology Journeys
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal (Monte da Caparica, Portugal)
2008/07/16 Genomic and Transcriptomic Approaches for studying Outer Membrane Proteins of Chlamydia trachomatis Department of Life Sciences, FCT/UNL
(Monte da Caparica, Portugal)
2008/03 Genomic and Transcriptomic Approaches for studying Outer Membrane Proteins of Chlamydia trachomatis 47th European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Postgraduate Technical Workshop entitled "Gene expression during infection"
(Siena, Itália)
2008/01/05 Evolution of Chlamydia trachomatis: different "stories" per infected organ? Journal Club
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal (Lisbon, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024/10/01 - Atual Backyard animal production in Portugal: using microbial genomics in a One Health approach to explore associated risk factors and antimicrobial resistance
Orientador de Ana Filipa Marques do Carmo Correia Esteves
Saúde Integrada (One Health) (Doutoramento)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Ciência Animal e Veterinária, Portugal

Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2024 - Atual Investigation of multidrug-resistant enteric bacteria in pigs produced for human consumption – Is there a risk for Public Health?
Orientador de Carolina Simões Balbino
Bioquímica (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2024 - Atual Food safety risks from backyard animals raised for non-commercial purposes
Orientador de Bruno Morberck Baroni
Biotecnologia (Mestrado)
Universidade da Beira Interior, Portugal
2024 - Atual Exotic animal parks - A potential risk of zoonosis transmission?
Orientador de Andreia Gabriela Lopes Rodrigues
Biologia Molecular e Genética (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024 - Atual Exploring the potential of whey-derived antimicrobial peptides: identification, production, and applications
Coorientador de Tomás Gonçalves Pereira Moita
Veterinary Medicine (Mestrado)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2024 - Atual Dynamic evolution of Campylobacter jejuni resistance: Impact of subclinical antibiotic concentrations
Coorientador de Inês Margarida Cardoso Martins
Biomedicina (Doutoramento)
Universidade da Beira Interior Centro de Investigação em Ciências da Saúde, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2024 - Atual Leveraging Campylobacter coli genomics for enhanced surveillance and antimicrobial resistance understanding: novel schemes and applications
Orientador de Mónica Alexandra Gonçalves Azevedo
Biology (Doutoramento)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024 - Atual Tracking Salmonella spp. and Antimicrobial Resistance in National and Imported Meats: Evaluating Food Safety Standards in Portuguese Retail
Coorientador de Inês Filipa Pinto da Cruz
Veterinary Medicine (Mestrado)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2023 - Atual NiPharmins as prophylactic options in preventing bone infections
Orientador de Sházia Majid Abdul
Biochemistry (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2022 - Atual Evaluation of multidrug resistance in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli strains isolated from different poultry species slaughtered for human consumption in Portugal.
Orientador de Margarida Ferreira Penteado
Veterinary Medicine (Mestrado)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2022 - Atual Phenotypic characterization of multidrug-resistant strains of Campylobacter coli and Campylobacter jejuni in pigs raised and slaughtered for human consumption in Portugal.
Orientador de Rute Alexandra Simões Rosa
Veterinary Medicine (Mestrado)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2024/02 - 2024/07 Phenotypic and genotypic characterization of Clostridioides difficile strains of clinical and environmental origin
Coorientador de Inês Alexandra Baptista Gonçalves
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2024/02 - 2024/07 Detection and identification of nontuberculous mycobacterium (NTM) species in animals
Coorientador de Bruno Dinarte Mirrado de Sousa
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2024/02 - 2024/07 Molecular characterization of genetic modifiers of kidney disease in sickle cell disease
Coorientador de Maria Manuel Pereira Mascarenhas dos Santos
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Genética Humana, Portugal
2024/02 - 2024/07 Surveillance of the SARS-CoV-2 virus in Portugal: genetic variability 4-years after the begining of the pandemic
Orientador de Gonçalo Filipe Durão Gonçalves
Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2024/02 - 2024/07 Effectiveness comparison in detecting drepanocytic mutation using various molecular biology methodologies
Coorientador de Maria Arraiolos e Grafanhate
Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Genética Humana, Portugal
2024/02 - 2024/07 One Health study on raw poultry and pork meat for human consumption
Orientador de Matilde Mourato de Azevedo Cordas
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2024/02 - 2024/07 Comparative assays of molecular biology methodologies in the implementation of metagenomics strategies to support clinical decision-making.
Coorientador de Tatiana Alexandra Peceguina Catronga
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2023 - 2024 Sub-clinical antibiotic concentrations on the promotion of Aliarcobacter butzleri resistance
Coorientador de Inês Margarida Cardoso Martins
Ciências Biomédicas (Doutoramento)
Universidade da Beira Interior, Portugal
2023 - 2023 DriVE - Development of novel drug delivery vehicles
Orientador de Pedro Gil Matos da Cunha Cruz
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2023 - 2023 One Health study to understand the sources, transmission and persistence of foodborne zoonotic diseases - focus on pigs
Orientador de Sara Beatriz Ribeiro Costa
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2023 - 2023 One Health study to understand the sources, transmission and persistence of foodborne zoonotic diseases - focus on broilers
Coorientador de Ana Catarina Ferreira Carolino
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2023 - 2023 One Health study to understand the sources, transmission and persistence of foodborne zoonotic diseases - focus on turkeys
Coorientador de Bianca Bem Santo
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2023 - 2023 Decoding the mechnisms of action of NiPharmins
Orientador de João Pedro Nunes Carrilho
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2023 - 2023 Multidrug-resistant Campylobacter jejuni and Campylobacter coli in Portugal: a One Health study to understand sources and transmission
Orientador de Ludovica Di Bella (Eramus student)
Veterinary Medicine (Outra)
Università degli Studi di Sassari Dipartimento di Medicina Veterinaria, Itália

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2020/09 - 2022/01 Evaluation of quaternary ammonium surfactants as prophylatics options for Streptococcus Agalactiae infections
Orientador de Carolina Borges Ferreira
Genética Molecular e Biomedicina (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022 - 2022 Bioinformatic analysis of Claudin gene expression profiles in patients with pancreatic adenocarcinoma
Orientador de Miguel Santana
Biology (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2022 - 2022 NiPharmins as prophylactic options in preventing bone infections
Orientador de João Jorge
Biology (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2020 - 2022 Evaluation of the genetics underlying a putative acquisition of antimicrobial resistance to novel antibacterial aminoalkylphenols agents (NiPharmins)
Orientador de Bárbara André Alves
Molecular Genetics and Biomedicine (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2020 - 2022 Evaluation of Clostridium difficile in companion animals
Coorientador de Rita Castro
Veterinary Medicine (Mestrado)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2019 - 2022 TITANGEL: Development and evaluation of a surfactant-hydrogel for preventing direct contact transmitted infections
Orientador de Rita Diogo Almeida Calado (Recruited Pos-Doc Researcher)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2019 - 2020 Isolation and characterization of Campylobacter spp and Clostridium difficile isolates from dogs and cats
Coorientador de Rita Castro
Veterinary Medicine (Iniciação científica)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2018 - 2019 Nipharmin - a new antibacterial scaffold and biological applications: Evaluation of the genetics underlying the putative antimicrobial resistance (AMR) to Nipharmins
Coorientador de Joana Andrade
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2015 - 2017 Molecular studies on HSV: replication rate, infection capacity and progeny
Coorientador de Aleksandra Inês Mazurek Vieira de Azevedo
Genética Molecular e Biomedicina (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2022/11/08 - 2022/11/08 Organization of the 3rd Day of INSA's Young Researcher 2022 (2022/11/08 - 2022/11/08)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2017 - 2017 Organization of the course entitled "Sequenciação de Nova Geração/Bioinformática no estudo de Doenças Infecciosas: conceitos gerais e aplicações" (2017 - 2017)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2023/11/17 - 2023/11/17 Attend to the different lectures about the advances and impact of WGS in different areas in Portugal
Simpósio
3rd Symposium of the National Research Infrastructure for Genome Sequencing and Analysis - GenomePT Symposium 2023
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2023/09/27 - 2023/09/29 ECDC GenEpi-BioTrain (Block 3/wave 2) training on antimicrobial resistance (AMR) of MRSA, CRE and C. difficile. This course aimed to strengthen the skills in genomic epidemiology and public health bioinformatics in the field of AMR focusing specifically on carbapenem- and/or colistin- resistant Enterobacterales (CCRE), methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), and Clostridiodes difficile.
Oficina (workshop)
GenEpi-BioTrain: SARS-CoV-2 and influenza viruses (Block 3/wave 1)
European Centre for Disease Prevention and Control, Suécia

Statens Serum Institut, Dinamarca
2016/11/14 - 2016/11/17 Epidemiology and Biostatistics Course applied to health research (13th edition)
Oficina (workshop)
EPISTAT
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2012 - 2012 Biosafety Training Course in Laboratories of Level 2 (BSL-2) and 3 (BSL-3)
Oficina (workshop)
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2008/04/16 - 2008/04/20 European Surveillance of Sexually Transmitted Infections (ESSTI) Laboratory Training Course on Bacterial Sexually Transmitted Infections Diagnostics
Oficina (workshop)
Public Health England Sexually Transmitted Bacteria Reference Unit, Reino Unido
2008/03/02 - 2008/03/05 Postgraduate Technical Workshop entitled "Gene expression during infection"
Oficina (workshop)
European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Suiça

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação
Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2024/07/11 One Health Study on Raw Meat for Human Consumption
Orientador
Matilde Mourato de Azevedo Cordas (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2024/06/27 Effectiveness comparison in detecting drepanocytic mutation using various molecular biology methodologies
Orientador
Maria Arraiolos e Grafanhate (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2024/06/27 Surveillance of the SARS-CoV-2 virus in Portugal: genetic variability 4-years after the begining of the pandemic
Orientador
Gonçalo Filipe Durão Gonçalves (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2024/04/24 O papel das bombas de efluxo na resistência aos antimicrobianos em isolados clínicos de Neisseria gonorrhoeae
Arguente principal
Teresa Alexandra Dias Paulino (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2023/12/15 Genomic diversity and resistance profile of Mycobacterium avium complex clinical isolates circulating in Portugal in the last 8 years
Arguente principal
Joana Inês Conceição Rodrigues (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
2023/07/27 Development of novel drug delivery vehicles
Orientador
Pedro Gil Matos da Cunha Cruz (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2023/07/10 NiPharmins: novel low resistance-inducing antimicrobials with antibiofilm activity against Staphylococcus aureus
Orientador
João Pedro Nunes Carrilho (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2023/07/10 One Health study to understand the sources, transmission and persistence of foodborne zoonotic diseases - focus on pigs
Orientador
Sara Beatriz Ribeiro Costa (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2023/02/08 Drugs repositioning to decrease resistance mediated by efflux pumps in Neisseria gonorrhoeae and other Gram-negative bacteria
Arguente principal
Inês Lima Vítor (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal
2022/12/29 Endolysins encapsulation in lipid nanoparticles for targeting Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Arguente principal
Tiago Marques Gonçalves (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2022/07/29 NiPharmins as prophylactic options in preventing bone infections
Orientador
João Miguel Jorge (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2022/07/06 Bioinformatic analysis of Claudin gene expression profiles in patients with pancreatic adenocarcinoma
Orientador
Miguel Arez Santana (Outro)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2022/06/22 Expression studies of scwdA, scwdB and scwdC Staphylococcus aureus genes involved in response to cell Wall stress
Arguente principal
Sara Filipa Tavares Cardoso (Outro)
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/02/25 Novel alkylaminophenols as antibacterial agents against Staphylococcus aureus infections
Orientador
Bárbara André Alves (Mestrado)
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/01/12 Evaluation of Quaternary Ammonium Surfactants as Prophylactic options for Streptococcus agalactiae infections
Orientador
Carolina Borges Ferreira (Mestrado)
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2023 - Atual Guest Editor for Antibiotics Special Issue on "Antibiotic Resistance, Virulence Profile and Genomic Analysis Among Multidrug-Resistant Bacteria Isolated from Humans and Animals"
2022 - Atual Associate Editor for Frontiers in Microbiology (Evolutionary and Genomic Microbiology)
2016 - Atual Editorial Board Member of Annals of Infectious Disease and Epidemiology

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria
Instituição / Organização Entidade financiadora
2024/07/03 - 2024/07/05 Jury of the panel for evaluation of Best Poster at FMVet Research Meetings 2024 - III Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona
Avaliador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária
2023/05/09 - 2023/05/19 Jury of the panel for evaluation of Best Poster at FMVet Research Meetings 2023 - II Encontro de Investigação da FMV da Universidade Lusófona (https://doi.org/10.60543/rlcmv.v15i.9271)
Avaliador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023 - Atual Introduction to scientific research Mestrado Integrado em Medicina Veterinária (Mestrado integrado) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2023 - Atual Project Biologia (Licenciatura) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2021 - Atual Human Genetics Biologia (Licenciatura) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2021 - Atual Human Genetics Bioquímica (Licenciatura) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2021 - Atual Project Bioquímica (Licenciatura) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2019 - Atual Microbiology I Mestrado Integrado em Medicina Veterinária (Mestrado integrado) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2018 - Atual Microbiology II Mestrado Integrado em Medicina Veterinária (Mestrado integrado) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2021 - 2022 Human Genetics Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Mestrado integrado) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Ciências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2021 - 2022 Project Biologia (Licenciatura) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2019 - 2020 Food Safety and Higiene I Mestrado Integrado em Medicina Veterinária (Mestrado integrado) Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2017 - 2017 Trainer on the "Sequenciação de Nova Geração/Bioinformática no estudo de Doenças Infecciosas: conceitos gerais e aplicações" Course Sequenciação de Nova Geração/Bioinformática (Curso de Especialização Tecnológica) Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2015 - 2016 Microbiology Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2011 - 2012 Microbiology Enfermagem (Licenciatura) Escola Superior de Saúde da Cruz Vermelha Portuguesa, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2024/03/07 - Atual European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Member
2024/01 - Atual Animal and Veterinary Research Centre (CECAV), Faculty of Veterinary Medicine, Lusófona University - Lisbon University Centre, Portugal Integrated member
2024 - Atual International Association for Food Protection (IAFP) Member
2023 - Atual COST Action CA21145 "EURESTOP - European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections" Working Group Member
2010 - Atual Portuguese National Institute of Health Scientific Council Member
2020 - 2021 Research Center for Biosciences & Health Technologies (CBIOS), Lusófona University Research Member

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação
Instituição / Organização
2021 - Atual Member of the "INSA ConVida" Committee, which organizes periodical scientific sessions and workshops with the main purpose of promoting synergies between young researchers and encouraging the scientific spirit at the Portuguese National Institute of Health (INSA).
Membro
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2021 - Atual Coordinator of the Human Genetics curricular unit of the Bachelor in Biology
Coordenador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Escola de Psicologia e Ciências da Vida, Portugal
2021 - Atual Coordinator of the Human Genetics curricular unit of the Bachelor in Biochemistry
Coordenador
2020/03 - Atual Member of the Task force in charge of monitoring the emergence and dissemination of SARS-CoV-2 genetic variants in Portugal
Membro
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
2019 - Atual Co-coordinator of the Microbiology I curricular unit of the Integrated Master's in Veterinary Medicine
Coordenador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2018 - Atual Co-coordinator of the Microbiology II curricular unit of the Integrated Master's in Veterinary Medicine
Coordenador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2022 - 2023 Member of the Task force responsible for the genomic surveillance of the mpox virus on behalf of the 2022 multi-country outbreak.
Membro
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Núcleo de Bioinformática, Portugal
2021 - 2022 Coordinator of the Human Genetics curricular unit of the Integrated Masters in Pharmaceutical Sciences
Coordenador
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias Centro de Investigação em Biociências e Tecnologias da Saúde, Portugal
2019/02 - 2019/02 Portuguese Oficial Contact Point (OCP) for Molecular Surveillance Activities for the European Reference Laboratory Network for Tuberculosis (ERLTB-Net) - ECDC European Centre for Disease Prevention and Control, Suécia

Outro júri / avaliação

Descrição da atividade Instituição / Organização
2018 - 2019 Presidente de júri em procedimento concursal de seleção internacional para a contratação de doutorado para Projeto de investigação com referência PTDC/BIA/MIC/31561/2017, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., ao abrigo do Decreto-Lei n.º 57/2016, de 29 de agosto, alterado pela Lei n.º 57/2017 de 19 de julho. Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal
2017 - 2018 Membro de júri para atribuição da Bolsa de Investigação com a Ref.ª GenomePT (projecto 22184), a desenvolver no Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA, I.P.), Departamento de Genética Humana, Unidade de Tecnologia e Inovação, no âmbito do projecto GenomePT do Roteiro Nacional de Infraestruturas de Investigação, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT). Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge IP Departamento de Doenças Infeciosas, Portugal

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2024 - Atual Microorganisms MDPI
2024 - Atual Future Microbiology
2024 - Atual Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
2022 - Atual Life Sciences
2022 - Atual Environmental Microbiology
2020 - Atual BMC Microbiology
2020 - Atual Trends in Microbiology
2020 - Atual Infection and Drug Resistance
2020 - Atual Scientific Reports
2019 - Atual PLoS ONE
2019 - Atual Journal of Molecular Graphics and Modelling
2018 - Atual Evolutionary Bioinformatics
2018 - Atual Infection Genetics and Evolution (MEEGID)
2018 - Atual Frontiers in Microbiology
2017 - Atual Journal of Antimicrobial Chemotherapy
2017 - Atual Microbial Cell
2016 - Atual Austin Journal Infectious Diseases
2016 - Atual Genome Biology and Evolution
2016 - Atual BMC Infectious Diseases
2015 - Atual International Journal of STD &AIDS
2014 - Atual Scandinavian Journal Infectious Diseases
Distinções

Prémio

2024 Best Oral Presentation Award for "Genetic characterization of S. aureus isolates from hedgehogs: understanding wildlife microbial ecology", at 1st ENHANCE symposium of DISVA's Molecular Phylogenetic lab, Polytechnic University of Marche (Ancona, Italy)
1 st virtual symposium organized by the Molecular Phylogenetic lab of the Department of Life and Environmental Sciences of the Polytechnic University of Marche (Ancona, Italy), Itália
2023 Honorable Mention for best poster presented "Evaluation of multidrug resistant Campylobacter spp. strains isolated from poultry slaughtered for human consumption in Portugal", at FMVet Research Meetings 2023
FMVet Research Meetings - Faculty of Veterinary Medicine, Lusófona University, Portugal
2023 João Monjardino Prize 2022 for paper "Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the multinational outbreak of the monkeypox virus in 2022" (best work in "Viral diseases", developed on a national scientific institution)
2023 UC-Life Sciences Award to F. Olivença for the paper "Uncovering Beta-Lactam Susceptibility Patterns in Clinical Isolates of M. tuberculosis through WGS", recognizing PhD students who are authors of the best international article published in Biology field
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2022 Gold Medal for Distinguished Services from the Ministry of Health for healthcare professionals during the COVID-19 pandemic
Ministério da Saúde, Portugal
2014 International Award "2014 ASA Travel Award" for the poster "The role of inter-species recombination of the gene FTSI on the dissemination of altered penicillin-binding protein 3 mediated resistance in Haemophilus influenzae and Haemophilus haemolyticus"
Australian Society for Antimicrobials, Austrália
2011 European PathoGenoMics PhD Award 2011 (that recognizes "up to three of the most remarkable and outstanding PhD theses in the field of genome research on human-pathogenic microorganisms").
European Research Area (ERA-NET), Portugal