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Pedro T. Monteiro is an Associate Professor at the Departament of Computer Science and Engineering of Instituto Superior Técnico (IST) - Universidade de Lisboa and a researcher at INESC-ID Lisboa (ARSR scientific area). His current research interests include formal and static analysis of qualitative models of biological regulatory networks. In particular, through the use of formal verification techniques like model checking and temporal logic, for the exploration of interesting dynamical behaviours of qualitative biological models. He is also interested in exploring the structure of Boolean functions to study how their choice impacts the dynamics of logical models, and to develop model revision procedures. In this context, he is involved on the development of http://ginsim.org, a computer tool for the modeling and simulation of genetic regulatory networks, and http://epilog-tool.org, a computer tool for the modeling, simulation and visualisation of logical models for epithelial pattern formation. He also belongs to http://CoLoMoTo.org (Consortium for Logical Models and Tools), a consortium of research groups interested in logical modelling. He is also deeply involved in the continuous maintenance and development of http://yeastract-plus.org, a portal of repositories of regulatory associations for S.cerevisiae, pathogenic Candida species and non-conventional yeast species, with new visualization and computational tools to enable cross-species comparison of regulatory networks.
Identification

Personal identification

Full name
Pedro T Monteiro

Citation names

  • Monteiro, Pedro T

Author identifiers

Ciência ID
FD1C-1FB0-AF6F
ORCID iD
0000-0002-7934-5495
Google Scholar ID
Xl4c8q0AAAAJ

Websites

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
Education
Degree Classification
2006 - 2010
Concluded
Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Towards an integrative approach for the modeling and formal verification of biological regulatory networks" (THESIS/DISSERTATION)
Approved unanimously
2006 - 2010
Concluded
Bioinformatique (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, France
"Towards an integrative approach for the modeling and formal verification of biological regulatory networks" (THESIS/DISSERTATION)
Approved
2005 - 2006
Concluded
PhD Program in Computational Biology (PDBC) (Outros)
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
Approved
2003 - 2005
Concluded
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Sistema de gestão da informação dos mecanismos de regulação genómica do organismo Saccharomyces cerevisiae" (THESIS/DISSERTATION)
Approved unanimously
2004
Concluded
Molecular Microbiology: exploring bioinformatics (Pós-Graduação)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Affiliation

Science

Category
Host institution
Employer
2012/12 - Current Researcher (Research) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2011/04 - 2012/11 Postdoc (Research) Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2010/06 - 2011/03 Postdoc (Research) Instituto de Medicina Molecular, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution
Employer
2020 - Current Associate Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2016/09 - 2020/08 Assistant Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2014/02 - 2016/08 Invited Assistant Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2012/02 - 2012/07 Invited Assistant Professor (University Teacher) Universidade Nova de Lisboa Instituto Superior de Estatística e Gestão de Informação, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2017/07 - Current BioData.pt - Portuguese Biological Data Network
ROTEIRO/0098/2013
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2020/01/01 - 2023/06/30 LAIfeBlood - Inteligência Artificial para a Gestão do Sangue
Principal investigator
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2019/01/01 - 2022/06/30 Data2Help: Ciência de Dados para Optimização de Serviços de Emergência Médica
DSAIPA/AI/0044/2018
Researcher
Instituto Nacional de Emergência Médica IP, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Instituto Superior Técnico Centro de Estudos de Gestão, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2018/10 - 2021/09 MIXEDUP - Targeting pathogenesis and engineering cell factories: by developing mixed regulatory-metabolic genomic models in yeasts
PTDC/BII-BIO/28216/2017
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2016/07 - 2019/12 CoMEDy - A COmputational Modelling platform for Epithelial DYnamics to explore the role of epithelial-mesenchymal transition and stemness acquisition in cancer recurrence
PTDC/BEX-BCB/0772/2014
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2016/03 - 2019/08 CANTROL - Deciphering the mechanisms of transcriptional regulation that control antifungal drug resistance in the pathogenic yeast Candida glabrata: aiming the development of improved diagnosis and therapeutic approaches
PTDC/BBB-BIO/4004/2014
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2016/07/01 - 2019/06/30 ERGODiC - Formal methods for the analysis of modular gEnetic ReGulatOry network DynamiCs
PTDC/EEI-CTP/2914/2014
Principal investigator
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2014 - 2016 DATASTORM - Tratamento de Dados em Larga-escala em Ambientes Nuvem
EXCL/EEI-ESS/0257/2012
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2008/01/01 - 2010/12/31 Dyablo: Modelos para o Comportamento Dinâmico de Redes Biológicas
PTDC/EIA/71587/2006
PhD Student Fellow
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2006/01/02 - 2008/01/01 Elucidação das complexas redes de regulação que actuam na levedura sujeita a drogas/stresse químico: abordagens de expressão genómica e de bioinformática
PDCT/BIO/56838/2004
PhD Student Fellow
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2005/01/01 - 2007/12/31 DBYeast: Infraestruturas e algoritmos para análise e identificação de redes de regulação genética
POSC/EIA/57398/2004
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
Distinctions

Award

2024 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 22/23 + Analysis and Synthesis of Algorithms 22/23
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023 IST Excellence in Teaching Award: Analysis and Synthesis of Algorithms 21/22
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022 Prémios Científicos ULisboa/CGD - Menção Honrosa
Universidade de Lisboa, Portugal
2022 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 20/21 + Analysis and Synthesis of Algorithms 20/21
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021 Prémios Científicos ULisboa/CGD - Menção Honrosa
Universidade de Lisboa, Portugal
2021 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 19/20
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 18/19
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 17/18 + Foundations of Programming 17/18
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 16/17 + Foundations of Programming 16/17
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2014 IST Excellence in Teaching Award: Object Oriented Programming 12/13
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013 Investigador FCT 2013 - Starting grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2012 PAAMS’12 award - Scientific Excellence
2007 Sartorius award - Innovation in Microbiology/Biotechnology

Other distinction

2020 Top 5 at ITC 2019: International Timetabling Competition
2010 Postdoctoral grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2006 Doctoral grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal