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João Correia is the co-founder and head of cheminformatics development at OmniumAI, as well as an invited teaching assistant at the Catholic University of Portugal in Braga. He earned his Ph.D. in Informatics from the University of Minho in 2024, his Master’s in Bioinformatics from the same institution in 2018, and his Bachelor’s in Bioengineering from the University of Trás-os-Montes e Alto Douro in 2016. His research focuses on developing artificial intelligence approaches for chemical data.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
João Filipe Silva Correia

Nomes de citação

  • Correia, João

Identificadores de autor

Ciência ID
7A14-E57B-6C35
ORCID iD
0000-0001-5190-4825
Google Scholar ID
JhT55LQAAAAJ
Researcher Id
rid96249
Scopus Author Id
58472400800

Endereços de correio eletrónico

  • jfscorreia95@gmail.com (Pessoal)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2019/10/01 - 2024/12/20
Concluído
 Programa Doutoral em Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
"DeepRetro: a computational framework for retrosynthesis and pathway design towards optimizing compound bioproduction" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2018
Concluído
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"HIV-TB-Host Protein Interaction Network" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2016
Concluído
 Bioengenharia (Licenciatura)
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Escola de Ciências da Vida e do Ambiente, Portugal
"n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/10/07 - 2022/11/05 Investigador visitante (Investigação) EMBL Heidelberg Genome Biology, Alemanha
EMBL Heidelberg Genome Biology, Alemanha
2019/02/01 - 2020/01/31 Investigador (Investigação) Universidade do Minho, Portugal
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2025/01 - Atual Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2024/02 - 2025/01 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2023/09/11 - 2024/03/10 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024/05/15 - Atual Head of Cheminformatics Development OmniumAI - Inteligência Artificial e Ciências de Dados, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2020/02/01 - 2024/03/31 DeepRetro: a computational framework for retrosynthesis and pathway design towards optimizing compound bioproduction
101784260
Bolseiro de Doutoramento
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2019/02/01 - 2020/01/31 Development of machine learning-based tools for the selection and design of chemical compounds
814408
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Horizon 2020
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2024/05/15 - Atual Green Computing - Optimization of AutoML Processes
16/C16-i02/2023
Investigador
OmniumAI - Inteligência Artificial e Ciências de Dados, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. João Correia; Vítor Pereira; Miguel Rocha. "Combining Evolutionary Algorithms with Reaction Rules Towards Focused Molecular Design". 2023.
    10.1145/3583131.3590413
  2. João Correia; Rafael Carreira; Vitor Pereira; Miguel Rocha. "Predicting the number of biochemical transformations needed to synthesize a compound". 2022.
    10.1109/ijcnn55064.2022.9892124
  3. Joao Capela; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha. "Development of Deep Learning approaches to predict relationships between chemical structures and sweetness". 2022.
    10.1109/ijcnn55064.2022.9891992
  4. Delora Baptista; João Correia; Bruno Pereira; Miguel Rocha. "A Comparison of Different Compound Representations for Drug Sensitivity Prediction". 2021.
    10.1007/978-3-030-86258-9_15
  5. Tiago Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha. "Combining Multi-objective Evolutionary Algorithms with Deep Generative Models Towards Focused Molecular Design". 2021.
    10.1007/978-3-030-72699-7_6
  6. João Correia; Tiago Resende; Delora Baptista; Miguel Rocha. "Artificial Intelligence in Biological Activity Prediction". 2019.
    10.1007/978-3-030-23873-5_20
Artigo em revista
  1. Correia, João; Capela, João; Rocha, Miguel. "Deepmol: an automated machine and deep learning framework for computational chemistry". Journal of Cheminformatics 16 1 (2024): https://doi.org/10.1186/s13321-024-00937-7.
    Publicado • 10.1186/s13321-024-00937-7
  2. Delora Baptista; João Correia; Bruno Pereira; Miguel Rocha. "Evaluating molecular representations in machine learning models for drug response prediction and interpretability". Journal of Integrative Bioinformatics 0 0 (2022): https://doi.org/10.1515%2Fjib-2022-0006.
    10.1515/jib-2022-0006
  3. Tiago Sousa; João Correia; Vítor Pereira; Miguel Rocha. "Generative Deep Learning for Targeted Compound Design". Journal of Chemical Information and Modeling 61 11 (2021): 5343-5361. https://doi.org/10.1021%2Facs.jcim.0c01496.
    10.1021/acs.jcim.0c01496
Poster em conferência
  1. Correia, João; Capela, João; Pereira, Vítor; Rocha, Miguel. "DeepMol: a python-based machine and deep learning framework for drug discovery". Trabalho apresentado em XII Bioinformatics Open Days, 2023.
Tese / Dissertação
  1. "DeepRetro: A computational framework for retrosynthesis and pathway design towards optimizing compound bioproduction". Doutoramento, 2024.
  2. "HIV-TB-Host Protein Interaction Network". Mestrado, 2018.

Outros

Empresa spin-off
  1. 2021. Omniumai - Inteligência Artificial e Ciências de Dados, Lda. https://www.omniumai.com/home.
Software
  1. Correia, João; Capela, João; Rocha, Miguel. "Deepmol: an automated machine and deep learning framework for computational chemistry". Universidade do Minho. GitHub / Pypi. 2024.
  2. Correia, João; Rocha, Miguel. "BioCatalyzer: a rule-based tool to predict compound metabolism". Universidade do Minho. GitHub / Pypi. 2024.
  3. Correia, João; Pereira, Vítor; Rocha, Miguel. "ReactEA: Combining Evolutionary Algorithms With Reaction Rules Towards Focused Molecular Design". Universidade do Minho. GitHub / Pypi. 2023.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2023/07 Combining Evolutionary Algorithms with Reaction Rules Towards Focused Molecular Design The Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO) 2023
2022/07 Predicting the number of biochemical transformations needed to synthesize a compound International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN) 2022
2019/11/21 WP3 - Chemical Synthesis of New Products - Shikifactory100 Data Science Portugal - #64
(Braga, Portugal)
2019/06/28 Artificial Intelligence in Biological Activity Prediction PACBB 2019 : 13th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics
(Ávila, Espanha)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2021/07 - 2021/07 S2M2: "Summer School in Metabolic Modeling" (2021/07 - 2021/07)
2018/03 - 2018/03 VII Bioinformatics Open Days (2018/03 - 2018/03)

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2023/03 - 2023/03 Conducted a workshop titled 'Introduction to Chemoinformatics using DeepMol' at the XII Bioinformatics Open Days, held at the University of Minho, Braga, Portugal, in 2023 XII Bioinformatics Open Days
2023/02/06 - 2023/02/06 Invited lecturer for the "A begginer-friendly introduction to Python" class of the Bioinformatics in Heath Sciences course on Ferbruary 6th 2023.
2021/04 - 2021/04 Conducted a workshop titled 'Introduction to Chemoinformatics' at the X Bioinformatics Open Days, held at the University of Minho, Braga, Portugal, in 2021 X Bioinformatics Open Days

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/09 - 2024/12 Deep Learning - Degree in Applied Data Science (Licenciatura) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2024/09 - 2024/12 Natural Language Processing - Degree in Applied Data Science (Licenciatura) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2024/09 - 2024/09 Technologies of Behaviour Analysis - Degree in Applied Data Science (Licenciatura) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2024/02 - 2024/05 Machine Learning - Degree in Applied Data Science (Licenciatura) Universidade Católica Portuguesa - Braga, Portugal
2023/09 - 2024/01 Bioinformatics Laboratory - Bioinformatics (Master) (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2023/09 - 2024/01 Bioinformatics - Biomedical Engineering (Integrated Master) (Mestrado integrado) Universidade do Minho, Portugal
2023/09 - 2024/01 Intelligent Systems for Bioinformatics - Bioinformatics (Master) (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2023/09/04 - 2023/09/09 Artificial Intelligence for the Life Sciences by OmniumAI (Outros) OmniumAI - Inteligência Artificial e Ciências de Dados, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2020/01/01 - 2020/12/31 NEBIUM - Núcleo de Estudos de Bioinformática da Universidade do Minho Presidente do Conselho Fiscal

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2019 - Atual Mentoring of 11 Master's Students in AI for Computational Chemistry .