Ana Catarina Almeida Carregado e Martins Marques Pereira (7B1B-CE46-DE69)

Curriculum Vitae

Ana Catarina Almeida Carregado e Martins Marques Pereira

Catarina Marques-Pereira is interested in several areas of Natural Sciences with emphasis on Biological Sciences. She developed skills in Biochemistry, having experience in Microbiology and Computational Biology. Subjects of interest are, among others, Microbiology, Artificial Intelligence, Machine-Learning and Protein-Drug Interactions.

Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Ana Catarina Almeida Carregado e Martins Marques Pereira

Nomes de citação

Marques-Pereira, Catarina

Identificadores de autor

Ciência ID: 7B1B-CE46-DE69
ORCID iD: 0000-0001-6840-8991

Endereços de correio eletrónico

amarques@cnc.uc.pt (Profissional)
catarina.103@gmail.com (Pessoal)

Telefones

Telemóvel

962076915 (Pessoal)

Moradas

UC Biotech, Cantanhede- Coimbra, 3060-197, Cantanhede, Coimbra, Portugal (Profissional)

Websites

http://www.moreiralab.com/ (Académico)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Outras ciências biológicas

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)
Francês	Utilizador elementar (A2)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A2)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B2)		Utilizador elementar (A2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador elementar (A2)

Formação

	Grau	Classificação
2020/11/01 - 2025/05/30 Em curso	Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal "Cutting-Edge Virus-Host Interactome Discovery: A Multi-Omics AI Driven Approach" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2020/09/15 - 2023/07/15 Concluído	Biologia Computacional (Mestrado) Universidade de Coimbra, Portugal "A Deep Learning Approach for Protein-Ligand Binding Motifs Prediction using Sequence Derived Information" (TESE/DISSERTAÇÃO)	17/20
2017/09/11 - 2019/07/07 Concluído	Bioquímica (Mestrado) Universidade de Coimbra, Portugal "The role of Serratomolides produced by bacteria of genus Serratia in nematicidal activity" (TESE/DISSERTAÇÃO)	18/20
2014/09/08 - 2017/07/06 Concluído	Biologia (Licenciatura) Universidade de Coimbra, Portugal	15/20
2011/09/11 - 2014/07/30 Concluído	High School (Ensino secundário) Especialização em Curso Científico-Humanístico de Ciências e Tecnologias Colégio da Imaculada Conceição, Portugal	16/20

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2020/11/01 - 2024/06/09	Investigador (Investigação)	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	Universidade de Coimbra, Portugal
2020/03/02 - 2020/10/31	Investigador Contratado (Investigação)	CNC.IBILI, Portugal
	CNC.IBILI, Portugal
2019/07/01 - 2019/12/31	Investigador Contratado (Investigação)	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	Universidade de Coimbra, Portugal
2017/08/24 - 2017/09/11	Estagiário de Investigação (Investigação)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra, Portugal
2016/06 - 2016/08	Estagiário de Investigação (Investigação)	Universidade de Coimbra, Portugal
	ABASTENA- Sociedade Abastecedora de Madeiras, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2024/01 - 2024/01	Summer Course -Introduction to Informatics in Biotechnology	Universidade do Estado do Amazonas, Brasil
	Universidade do Estado do Amazonas, Brasil
2017/06/30 - 2017/07/17	Summer University Monitor	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2021/02/01 - 2024/12/31	Cutting-Edge Virus-Host Interactome Discovery: A Multi- Omics AI Driven Approach DSAIPA/DS/0118/2020 Bolseiro de Investigação CNC.IBILI, Portugal Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal Universidade de Coimbra, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2020/03/02 - 2021/12/31	Deep learning in the discovery of cancer medicines: a pipeline for the generation of new therapies POCI-01-0145-FEDER-031356 Bolseiro de Investigação CNC.IBILI, Portugal	CNC.IBILI Concluído
2019/07/01 - 2019/12/31	Recognition of microbial functional communities and assessment of the mineralizing potential (bioleaching) for hightech critical metals ERA-MIN/0002/2015 Bolseiro de Investigação Universidade de Coimbra, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista	Catarina Marques-Pereira; Almeida, Tomás; Rosário-Ferreira, Nícia; Amorim, Ana; Pinto, Helena; Vaz, Cátia; Francisco, Alexandre; Moreira, Irina S.. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "ViralBindPredict: Empowering Viral Protein-Ligand Binding Sites through Deep Learning and Protein Sequence-Derived Insights". GIGA-D-25-00033 (2025): Submetido Catarina Marques-Pereira; Pires, Manuel N.; Gouveia, Raquel P.; Pereira, Nádia; Caniceiro, Ana B.; Rosário-Ferreira, Nícia; Moreira, Irina S.. "SARS-CoV-2 Membrane Protein: From Genomic Data to Structural New Insights". International Journal of Molecular Sciences 23 6 (2022): 2986. https://doi.org/10.3390/ijms23062986. 10.3390/ijms23062986 Catarina Marques-Pereira; Proença, Diogo N.; Morais, Paula V.. Autor correspondente: Proença, Diogo N.. "The Role of Serratomolide-like Amino Lipids Produced by Bacteria of Genus Serratia in Nematicidal Activity". Pathogens 11 2 (2022): 10.3390/pathogens11020198. 10.3390/pathogens11020198 Rosário-Ferreira, Nícia; Catarina Marques-Pereira; Pires, Manuel; Ramalhão, Daniel; Pereira, Nádia; Guimarães, Victor; Santos Costa, Vítor; Moreira, Irina S.. "The Treasury Chest of Text Mining: Piling Available Resources for Powerful Biomedical Text Mining". BioChem 1 2 (2021): 60-80. https://doi.org/10.3390/biochem1020007. 10.3390/biochem1020007 Catarina Marques-Pereira; Proença, Diogo Neves; Morais, Paula Vasconcelos. Autor correspondente: Proença, Diogo Neves. "Genome Sequences of Serratia Strains Revealed Common Genes in Both Serratomolides Gene Clusters". Biology 9 12 (2020): 482. https://doi.org/10.3390/biology9120482. Publicado • 10.3390/biology9120482
Capítulo de livro	Preto, António J.; Catarina Marques-Pereira; Baptista, Salete J.; Bueschbell, Beatriz; Barreto, Carlos A. V.; Gaspar, Ana T.; Pinheiro, Ian; et al. "Targeting GPCRs Via Multi-Platform Arrays and AI". In Comprehensive Pharmacology, 135-162. Elsevier, 2022. Publicado • 10.1016/b978-0-12-820472-6.00048-7 Catarina Marques-Pereira; Pires, Manuel N.; Moreira, Irina S.. "Discovery of Virus-Host interactions using bioinformatic tools". In Biomolecular Interactions Part B, 169-198. Elsevier, 2022. Publicado • 10.1016/bs.mcb.2022.02.001 Rosário-Ferreira, Nícia; Catarina Marques-Pereira; Gouveia, Raquel P.; Mourão, Joana; Moreira, Irina S.. "Guardians of the Cell: State-of-the-Art of Membrane Proteins from a Computational Point-of-View". In Computational Design of Membrane Proteins, 3-28. Portugal: Springer US, 2021. Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_1
Poster em conferência	Catarina Marques-Pereira; Gaspar, Ana T.; Preto, António J.; Moreira, Irina S.. "Deep Learning Approach for Protein-Ligand Binding Motifs Prediction using Sequence Derived Information". Trabalho apresentado em 3D-BioInfo-PT Meeting, December 2022, poster presentation, 2022. Catarina Marques-Pereira; Pires, Manuel; Gouveia, Raquel P.; Pires, Nádia; Caniceiro, Beatriz; Rosário-Ferreira, Nícia; Moreira, Irina S.. "SARS-CoV-2 Membrane Protein: From Genomic Data to Structural New Insights". Trabalho apresentado em 8th Meeting of Young Researchers in Structural Computational Biology, December 2021, 2021. Catarina Marques-Pereira; Proença, Diogo N.. "The role of Serratomolides produced by bacteria of genus Serratia in nematicidal activity". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology (MicroBiotec), November 2019, Microbial-Host Interactions: poster 460., 2019.
Tese / Dissertação	"A Deep Learning Approach for Protein-Ligand Binding Motifs Prediction using Sequence Derived Information". Mestrado, Universidade de Coimbra, 2023. https://estudogeral.uc.pt/handle/10316/110357?mode=full. Marques, Ana. "The role of Serratomolides produced by bacteria of genus Serratia in nematicidal activity". Mestrado, Universidade de Coimbra, 2019. https://hdl.handle.net/10316/88125.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2023/06	Workshop- The importance of Machine Learning in Structural Biology.	3D-BioInfo-PT Advanced Workshop Presentation Universidade do Minho (Minho, Portugal)
2023/05	Workshop- The importance of Machine Learning in Structural Biology.	NEBioq, Núcleo de Estudantes de Bioquímica Workshop Presentation Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2023/03	Workshop- The importance of Machine Learning in Structural Biology.	13th Bioinformatic Open Days, May 2023, Workshop Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2021/12	Conference Oral Presentation- SARS-CoV-2 membrane protein: from genomic data to structural new insights.	International conference of Microbiology- Microbiotec´21 Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2021/05	Conference Oral Presentation- SARS-CoV-2 membrane protein: from genomic data to structural new insights.	10th Bioinformatic Open Days, May 2021, Oral Presentation Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2019/03	Class Presentation- The role of Serratomolides produced by bacteria of genus Serratia in nematicidal activity.	Microbiology class of Master in Biochemistry Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2017/07	Class Demonstration - Technics in Palynology	Summer University 2017 Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2023/12 - 2023/12	Organization of the 3D-BioInfo-PT 2023 Meeting (2023/12 - 2023/12) Encontro (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Coimbra, Portugal
2021/05 - 2021/05	Organization of the 10th Bioinformatic Open Days, May 2021 (2021/05 - 2021/05) Conferência (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Coimbra, Portugal
2019/12/04 - 2019/12/07	Organization of the international conference on Microbiology- Microbiotec´19 from 4 to 7 December 2019, at the University of Coimbra. (2019/12/04 - 2019/12/07) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Sociedade Portuguesa de Microbiologia, Portugal
2017/03/19 - 2017/03/19	Secretary on the general assembly of Abastena, on March 19, 2017. (2017/06/30 - 2017/07/17)	ABASTENA- Sociedade Abastecedora de Madeiras, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2023/12 - 2023/12	Participation on the 3D-BioInfo-PT 2023 Conferência	3D-BioInfo-PT Meeting, December 2023 Universidade de Coimbra, Portugal
2023/05 - 2023/05	Participation on the 13th Bioinformatic Open Days Conferência	13th Bioinformatic Open Days Universidade de Coimbra, Portugal
2022/12 - 2022/12	Participation in the 3D-BioInfo-PT Meeting 2022 Encontro	3D-BioInfo-PT Meeting Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2021/12 - 2021/12	Participation on the 8th Meeting of Young Researchers in Structural Computational Biology Encontro	8th Meeting of Young Researchers in Structural Computational Biology Universidade de Coimbra, Portugal
2021/05 - 2021/05	Participation on the 10th Bioinformatic Open Days, May 2021 Conferência	10th Bioinformatic Open Days Universidade de Coimbra, Portugal
2020/02/24 - 2020/02/28	Participation in the course "Computational Biology" of the doctoral program in Experimental Biology and Biomedicine (PDBEB). Oficina (workshop)	"Computational Biology"- PDBEB CNC.IBILI, Portugal
2019/12/04 - 2019/12/07	Participation on the international conference of Microbiology- Microbiotec´19 from 4 to 7 December 2019, at the University of Coimbra. Conferência	Microbiotec´19 Universidade de Coimbra, Portugal
2019/09/17 - 2019/09/17	Participation in the exhibition of Environmental Microbiology Laboratory during the Day of the Microorganism in September 17, 2019. Exposição	Dia do Microorganismo Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2018/09/17 - 2018/09/17	Participation in the exhibition of Environmental Microbiology Laboratory during the Day of the Microorganism in September 17, 2018. Exposição	Dia do Microorganismo Universidade de Coimbra, Portugal
2018/09/05 - 2018/09/14	Attendence in the Summer School in Computational Biology, held in September 2018. Outro	Summer School in Computational Biology Universidade de Coimbra, Portugal
2015/12/03 - 2015/12/04	Participation in the IBILI Annual Meeting, from 3 to 4 December 2015 - "New trends in Biomedical research". Conferência	New trends in Biomedical research CNC.IBILI, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2024/01 - 2024/01	Summer Course - Introduction to Informatics in Biotechnology	Summer Course	Universidade do Estado do Amazonas, Brasil

Tutoria

	Tópico	Nome do aluno
2017/06/30 - 2017/07/17	Monitor of the Summer University 2017 of the University of Coimbra	15 participants from the Summer University Department of Life Sciences

Distinções

Outra distinção

2022	Quadro de Mérito UC Universidade de Coimbra, Portugal