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Biologist and researcher in the field of Systems Biology. Holds a Bachelor of Science degree in Biology (branch of Molecular Biology and Genetics, with a minor in Informatics) from the Faculty of Sciences of the University of Lisbon and a Master of Science degree in Biotechnology from the NOVA School of Science and Technology of NOVA University Lisbon. His scientific interests concern the usage of molecular and computational tools in the modelling of complex biological systems and the study of their relation with human health and heredity. Has research experience in the field of epigenetics and gene regulation, and metabolomics, and has collaborated with the private sector in the improvement of vaccine production through biochemical modelling and deep learning techniques.
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Identification

Personal identification

Full name
MÁRIO GIL POIARES RODRIGUES DE OLIVEIRA

Citation names

  • Gil P. Oliveira
  • Mário Gil Poiares Rodrigues de Oliveira
  • Poiares-Oliveira, Gil

Author identifiers

Ciência ID
D019-5596-42E2
ORCID iD
0000-0003-4638-2879
AuthenticusID
R-00K-EQM
Google Scholar ID
IvGHLzkAAAAJ
Researcher Id
AAE-9440-2021
Scopus Author Id
57932405100

Email addresses

  • gil.oliveira@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)
  • gpo@biodata.pt (Profissional)

Telephones

Telefone
  • (+351) 213100318 (Profissional)

Addresses

  • Room 401, INESC-ID, Rua Alves Redol, 9, 1000-029, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

Knowledge fields

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Diagnóstico e Terapias de Base Genética
  • Ciências Médicas e da Saúde - Medicina Básica - Genética Humana
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Tecnologias que envolvem a Manipulação de Células,Tecidos,Órgãos ou todo o Organismo

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Português (Mother tongue)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Education
Degree Classification
2019/09 - 2022/06/28
Concluído
 Biotecnologia (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Development of a novel hybrid genome-scale modelling method and showcase with HEK293 cell cultures" (THESIS/DISSERTATION)
 16
2016/09 - 2019/06/21
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Major in Biologia Molecular e Genética com Minor em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 14
Affiliation

Ciência

Category
Host institution 		Employer
2025/03/18 - Current Investigador Contratado (Investigação) BioData.pt, Portugal
2023/06/05 - 2025/03/17 Investigador Contratado (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
BioData.pt, Portugal
2022/09/07 - 2023/03/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2021/01 - 2022/07/31 Investigador (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
2020/08/25 - 2020/12 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal

Docência no Ensino Superior

Category
Host institution 		Employer
2025/04/28 - 2025/06/27 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Cargos e Funções

Category
Host institution 		Employer
2023 - Current ELIXIR Portugal Deputy Node Coordinator BioData.pt, Portugal
BioData.pt, Portugal
(...)
2023 - Current ELIXIR Portugal Deputy Training Coordinator BioData.pt, Portugal
BioData.pt, Portugal
(...)

Outros

Category
Host institution 		Employer
2017 - 2018/01 Project Management Department Member - Life Sciences Júnior Empresa Ciências, Portugal
Projects

Bolsa

Designation Funders
2021/10/01 - 2022/03/31 SILICOMEDIA - In silico culture or feed media design based on prior metabolic knowledge: Application to the Production phase of a mammalian cell line
LAQV/BI/006/2021
Bolseiro de Investigação
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Departamento de Química, Portugal
GlaxoSmithKline Biologicals SA
Concluído

Projeto

Designation Funders
2025/05/01 - Current MALDIBANK - Multi-domain Open MALDI Spectra Archive for Identification of Microorganisms
101188201
Investigador
BioData.pt, Portugal
 European Commission
Em curso
2024/09/10 - Current GLIM-BioData – Gateway for Living Data Management
RE-C05-i08
RI/00138/2024
Investigador
BioData.pt, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2024/02/01 - Current ELIXIR-STEERS
101131096
Investigador
BioData.pt, Portugal
 European Commission
Em curso
2024/01/01 - Current ELIXIR Training Platform (24-TECH-Training)
2024-TECH-Training
Investigador
BioData.pt, Portugal
 ELIXIR
Em curso
2024/01/01 - Current DATAREX - Data Management for Research in ELIXIR
2023-COMM-DATAREX
Investigador
BioData.pt, Portugal
 ELIXIR
Em curso
2023/12 - Current ELIXIR Train-The-Trainer CoS
2024-PEOPLE-TtT
Investigador
BioData.pt, Portugal
 ELIXIR
Em avaliação
2024/01 - 2024/07 Building bridges to foster the ambition to reach the frontiers of science with global significance and impact: collaboration between the Office of Data Science Strategy (ODSS) at the US National Institutes of Health (NIH) and ELIXIR
ELIXIR Staff Exchange NIH/ODSS
Investigador
BioData.pt, Portugal
 ELIXIR
Concluído
Outputs

Publicações

Artigo em revista
  1. Ramos, João R. C.; Pinto, José; Gil Poiares-Oliveira; Peeters, Ludovic; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. Autor correspondente: Oliveira, Rui. "Deep hybrid modeling of a HEK293 process: Combining long short-term memory networks with first principles equations". Biotechnology and Bioengineering (2024): http://dx.doi.org/10.1002/bit.28668.
    Open access • Publicado • 10.1002/bit.28668
  2. Ramos, João R. C.; Gil P. Oliveira; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. "Genome-scale modeling of Chinese hamster ovary cells by hybrid semi-parametric flux balance analysis". Bioprocess and Biosystems Engineering (2022): http://dx.doi.org/10.1007/s00449-022-02795-9.
    10.1007/s00449-022-02795-9
Poster em conferência
  1. Gil Poiares-Oliveira; Jorge dos Santos Oliveira; Peixoto, L.; Daniel Faria. "Ready for BioData Management?". 2025.
    10.5281/zenodo.15102389
  2. Gil Poiares-Oliveira. "BioData.pt Data Stewardship Wizard". 2024.
    10.5281/zenodo.14288138
  3. Gil Poiares-Oliveira. "DMPortal". 2024.
    10.5281/zenodo.14288023
  4. Estima, Cláudia; Marques, Madalena; Gil Poiares-Oliveira; Ana Espada de Sousa; Gama-Carvalho, Margarida. Autor correspondente: Estima, Cláudia. "Dissecting the role of miR-34c-5p in Human CD4+ T cells". Paper presented in XLVIII Annual Meeting of the Portuguese Society for Immunology, 2023.
  5. Estima, Cláudia; Marques, Madalena; Gil Poiares-Oliveira; B. Farias, Guilherme; Ana E Sousa; Gama-Carvalho, Margarida. Autor correspondente: Estima, Cláudia. "The impact of miR-34c-5p on the transcriptome of Human CD4+ T cells". Paper presented in RNA in Disease - IX ptRNA Meeting, 2023.
Recurso online
  1. ELIXIR. Research Data Management Kit. A deliverable from the EU-funded ELIXIR-CONVERGE project (grant agreement 871075).. 2021. https://rdmkit.elixir-europe.org.
Tese / Dissertação
  1. "Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2022. https://hdl.handle.net/10362/142477.
Website
  1. Poiares-Oliveira, Gil. BioData.pt. 2024. https://biodata.pt.

Outros

Conjunto de dados
  1. Ramos, João R. C.; Poiares-Oliveira, Gil; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. CHO hybrid semi-parametric flux balance analysis (HybridFBA) implementation code in MATLAB. ResearhGate. 2022.
    10.13140/RG.2.2.32550.64326
Activities

Apresentação oral de trabalho

Presentation title Event name
Host (Event location)
2022/09/13 Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale GSK Vaccines Staff Meeting
GlaxoSmithKline Biologicals SA (Rixensart, Bélgica)
2022/02 Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale Jornadas de Investigação do DQ e DCV
Departamentos de Química e Ciências da Vida da NOVA School of Science and Technology (Caparica, Portugal)

Organização de evento

Event name
Type of event (Role) 		Institution / Organization
2023/09/01 - 2023/12/27 Membro da Comissão Organizadora do 2nd Microbiome PT Summit (2023/10/26 - 2023/10/27)
Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)
 BioData.pt, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2025/04/28 - 2025/06/27 Bases de Dados (Databases) Ciências de Engenharia - Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/03/08 - 2025/03/08 All of the genes, none of the code (Workshop at XX ENEEB) (Outros)
2024/09/30 - 2024/10/01 Health Research Data Management Programa Doutoral do Centro Académico de Medicina de Lisboa (ramo de Medicina; ramo de Ciências Biomédicas; ramo de Ciências e Tecnologias da Saúde) (Doutoramento) BioData.pt, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2024/03/16 - 2024/03/16 Computational Tools and Resources for the Life Sciences (Workshop at ITQB NOVA) (Outros) Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
2024/02/24 - 2024/02/24 Computational Tools and Resources for Biomedicine (Workshop at XIX ENEEB) (Outros) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/01/29 - 2024/01/30 Ready for BioData Management? Intensive Course at CCMAR BioData.pt, Portugal

Centro de Ciências do Mar, Portugal

Membro de associação

Society Organization name Role
2017 - 2019/06 AEFCL - Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa Membro da Direção

Membro de comissão

Activity description
Role 		Institution / Organization
2024/03 - Current Editorial Board Member - RDMkit
Membro
 ELIXIR, Reino Unido
2019 - 2020 Membro Suplente - Comissão Pedagógica da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Outro
 Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2016 - 2019/09 Conselho Pedagógico da Licenciatura em Biologia - Departamentos de Biologia Animal e Biologia Vegetal da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016/09 - 2019/06 Comissão de Curso da Licenciatura em Biologia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2019 Membro do Conselho de Escola - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2019 Comissão ad-hoc de Boas Práticas Pedagógicas - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2018 Membro do Conselho Pedagógico - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Distinctions

Outra distinção

2024 Membro Efetivo da Ordem dos Biólogos
Ordem dos Biólogos, Portugal
2019 Membro Graduado da Ordem dos Biólogos
Ordem dos Biólogos, Portugal