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Gil Poiares Oliveira is a Molecular and Computational Biologist, holding a BSc in Biology with a Minor in Informatics from the Faculty of Sciences of the University of Lisbon, and a MSc in Biotechnology from the NOVA School of Science and Technology of NOVA University Lisbon. His main scientific interests lie in understanding complex biological systems and applying that knowledge towards the development of novel biotechnological approaches to tackle human disease. He has had biomedical research experience in both laboratorial and computational settings, for academia, industry, and research infrastructures. His formal scientific career started in 2020 with fundamental biomedical research in the field of epigenetics at the João Lobo Antunes Institute for Molecular Medicine (FMUL-ULisboa), studying the effects of 3D DNA structures in the rescuing of splicing junctions in genes associated with spinal muscular atrophy. Between 2021 and 2022, he conducted applied research under the supervision of Prof. Rui Oliveira, at the Department of Chemistry of the NOVA School of Science and Technology, in collaboration with GSK Biologicals. He developed a digital twin of the HEK293 cell line metabolism, using hybrid genome-scale modelling approaches towards high-yield vaccine production, a venture that earned him a research fellowship at the University, in addition to his Master's dissertation. Between 2022 and 2023, he deepened his knowledge and experience in genomics, focusing on RNA-seq pipelines, and advanced NGS/ONT sequencing systems, through a research partnership with BioISI (Ciências ULisboa) under the scientific advisement of Prof. Margarida Gama-Carvalho (DQB, Ciências ULisboa). From 2023 to 2025, he worked at BioData.pt—the national biological data research infrastructure and national node of ELIXIR—where he was appointed Deputy Node Coordinator and Deputy Training Coordinator, and was engaged in a number of European projects and ELIXIR activities as a bioinformatics and research data management (RDM) expert. Namely, he was a work-package co-leader in the ELIXIR Train-the-Trainer implementation study devoted to fostering trainers at the European level, a member of the EU INFRATECH project MALDIBANK, which seeks to revolutionise the future of microbial identification using MALDI-TOF technology and artificial intelligence (AI). At the national level, he is one of the authors and trainers of BioData.pt’s “Ready for BioData.pt Management?” capacity building programme on RDM for the life and health sciences, having co-organised training courses throughout the country. He is still a member of the editorial board of the RDMkit, a web portal for RDM best practices to enable FAIR data by design. Currently, he is a researcher at INESC-ID within the Information and Decision Support Systems scientific area and is part of the Life and Health Technologies thematic line, using single and multiomics approaches to leverage biological knowledge out of large datasets. In 2025 and 2026, he also served as a Teaching Assistant with the Department of Computer Science and Engineering of the Instituto Superior Técnico. He's the co-author of three research articles in ISI-indexed publications, one of which in a Q1 journal, in addition to one paper in preprint and one upcoming book chapter on omics data management.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
MÁRIO GIL POIARES RODRIGUES DE OLIVEIRA

Nomes de citação

  • Gil P. Oliveira
  • Mário Gil Poiares Rodrigues de Oliveira
  • Poiares-Oliveira, Gil

Identificadores de autor

Ciência ID
D019-5596-42E2
ORCID iD
0000-0003-4638-2879
AuthenticusID
R-00K-EQM
Google Scholar ID
IvGHLzkAAAAJ
Researcher Id
AAE-9440-2021
Scopus Author Id
57932405100

Endereços de correio eletrónico

  • gil.oliveira@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)
  • gil.poiares@inesc-id.pt (Profissional)

Telefones

Telefone
  • (+351) 213100300 Ext.: 2512 (Profissional)

Moradas

  • INESC-ID, Rua Alves Redol, 9, 1000-029, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Diagnóstico e Terapias de Base Genética
  • Ciências Médicas e da Saúde - Medicina Básica - Genética Humana
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Tecnologias que envolvem a Manipulação de Células,Tecidos,Órgãos ou todo o Organismo

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2025/10/02 - 2029/10/02
Em curso
Bioengineering and Biosciences (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/09 - 2022/06/28
Concluído
Biotechnology (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Development of a novel hybrid genome-scale modelling method and showcase with HEK293 cell cultures" (TESE/DISSERTAÇÃO)
16
2016/09 - 2019/06/21
Concluído
Biology (Licenciatura)
Especialização em Biologia Molecular e Genética com Minor em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
14
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2025/09/02 - Atual Investigador (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2025/03/18 - 2025/10/14 Investigador Contratado (Investigação) BioData.pt, Portugal
2023/06/05 - 2025/03/17 Investigador Contratado (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
BioData.pt, Portugal
2022/09/07 - 2023/03/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2021/01 - 2022/07/31 Investigador (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
2020/08/25 - 2020/12 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2026/02/18 - Atual Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/04/28 - 2025/06/27 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2023 - 2025/10/14 ELIXIR Portugal Deputy Node Coordinator BioData.pt, Portugal
BioData.pt, Portugal
(...)
2023 - 2025/10/14 ELIXIR Portugal Deputy Training Coordinator BioData.pt, Portugal
BioData.pt, Portugal
(...)

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2017 - 2018/01 Project Management Department Member - Life Sciences Júnior Empresa Ciências, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2021/10/01 - 2022/03/31 SILICOMEDIA - In silico culture or feed media design based on prior metabolic knowledge: Application to the Production phase of a mammalian cell line
LAQV/BI/006/2021
Bolseiro de Investigação
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Departamento de Química, Portugal
GlaxoSmithKline Biologicals SA
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2025/11/10 - 2026/05/10 Coffee Flower
2022.01547.PTDC
Investigador
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade Federal de Viçosa, Brasil

Universidade Federal de Lavras, Brasil

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Universidade Federal do Espírito Santo, Brasil

Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2025/05/01 - 2025/10/15 MALDIBANK - Multi-domain Open MALDI Spectra Archive for Identification of Microorganisms
Investigador
BioData.pt, Portugal
European Commission
Em curso
2024/09/10 - 2025/10/15 GLIM-BioData – Gateway for Living Data Management
RI/00138/2024
Investigador
BioData.pt, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2024/02/01 - 2025/10/15 ELIXIR-STEERS
Investigador
BioData.pt, Portugal
European Commission
Em curso
2024/01/01 - 2025/10/15 ELIXIR Training Platform (24-TECH-Training)
Investigador
BioData.pt, Portugal
ELIXIR
Em curso
2024/01/01 - 2025/10/15 DATAREX - Data Management for Research in ELIXIR
Investigador
BioData.pt, Portugal
ELIXIR
Em curso
2023/12 - 2025/10/15 ELIXIR Train-The-Trainer CoS
2024-PEOPLE-TtT
Investigador
BioData.pt, Portugal
ELIXIR
Em curso
2024/01 - 2024/07 Building bridges to foster the ambition to reach the frontiers of science with global significance and impact: collaboration between the Office of Data Science Strategy (ODSS) at the US National Institutes of Health (NIH) and ELIXIR
Investigador
BioData.pt, Portugal
ELIXIR
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Alper, Pinar; D'Anna, Flora; Droesbeke, Bert; Andrabi, Munazah; Andrade Buono, Rafael; Bianchini, Federico; Bösl, Korbinian; et al. Autor correspondente: Coppens, Frederik. "RDMkit: A research data management toolkit for life sciences". Patterns 6 9 (2025): 101345. https://doi.org/10.1016/j.patter.2025.101345.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1016/j.patter.2025.101345
  2. Ramos, João R. C.; Pinto, José; Gil Poiares-Oliveira; Peeters, Ludovic; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. Autor correspondente: Oliveira, Rui. "Deep hybrid modeling of a HEK293 process: Combining long short-term memory networks with first principles equations". Biotechnology and Bioengineering (2024): http://dx.doi.org/10.1002/bit.28668.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1002/bit.28668
  3. Ramos, João R. C.; Gil P. Oliveira; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. "Genome-scale modeling of Chinese hamster ovary cells by hybrid semi-parametric flux balance analysis". Bioprocess and Biosystems Engineering 45 (2022): 1889-1904. http://dx.doi.org/10.1007/s00449-022-02795-9.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1007/s00449-022-02795-9
Capítulo de livro
  1. Pina-Martins, Francisco; Poiares-Oliveira, Gil; Oliveira, Jorge; Pesquita, Catia. Autor correspondente: Pina-Martins, Francisco. "FAIR Omics Data Management: Overview, Challenges, and Best Practices". In Omics Approaches in Biomedicine and Biotechnology, editado por Gama-Carvalho, Margarida; Figueiredo, Andreia; Francisco R. Pinto, 187-204. Cham, Suiça: Springer, 2026.
    Publicado • 10.1007/978-3-032-18966-0_9
Poster em conferência
  1. Gil Poiares-Oliveira; Jorge S. Oliveira; Luciana Peixoto; Daniel Faria. "Ready for BioData Management? Capacity building for Portuguese researchers in research data management". 2025.
    10.5281/zenodo.15981232
  2. OLIVEIRA, JORGE; Cisneiros, Miguel; Santos, Miguel; Silva, Jorge M.; Poiares-Oliveira, Gil; Faria, Daniel; SILVA, MÁRIO J; Freitas, Ana T.. "Advancing FEGA Portugal". Trabalho apresentado em ELIXIR All Hands Meeting 2025, 2025.
    10.7490/f1000research.1120225.1
  3. Poiares-Oliveira, Gil; Jorge S. Oliveira; Peixoto, Luciana; Faria, Daniel. Autor correspondente: Faria, Daniel. "Ready for BioData Management? Capacitating Portuguese researchers in research data management.". 2025.
    10.7490/F1000RESEARCH.1120205.1
  4. Gil Poiares-Oliveira. "BioData.pt Data Stewardship Wizard". 2024.
    10.5281/zenodo.14288138
  5. Gil Poiares-Oliveira. "DMPortal". 2024.
    10.5281/zenodo.14288023
  6. Gil Poiares-Oliveira; Jorge dos Santos Oliveira; Peixoto, L.; Daniel Faria. "Ready for BioData Management?". Trabalho apresentado em BioData.pt | ELIXIR Portugal All Hands 2024, 2024.
    10.5281/zenodo.15102388
  7. Estima, Cláudia; Marques, Madalena; Gil Poiares-Oliveira; Ana Espada de Sousa; Gama-Carvalho, Margarida. Autor correspondente: Estima, Cláudia. "Dissecting the role of miR-34c-5p in Human CD4+ T cells". Trabalho apresentado em XLVIII Annual Meeting of the Portuguese Society for Immunology, 2023.
  8. Estima, Cláudia; Marques, Madalena; Gil Poiares-Oliveira; B. Farias, Guilherme; Ana E Sousa; Gama-Carvalho, Margarida. Autor correspondente: Estima, Cláudia. "The impact of miR-34c-5p on the transcriptome of Human CD4+ T cells". Trabalho apresentado em RNA in Disease - IX ptRNA Meeting, 2023.
Pré-impressão
  1. Estima, Cláudia; Luta, Raquel; Faria Araújo, Tomás; Ferreira-Fernandes, Carolina; Poiares-Oliveira, Gil; Paulo-Pedro, Margarida; Marques, Madalena; Sousa, Ana E; Gama-Carvalho, Margarida. Autor correspondente: Gama-Carvalho, Margarida. "miR-34c-5p is a novel regulator of T cell differentiation that targets FOXP3". 2025. https://doi.org/10.1101/2025.07.25.665590.
    10.1101/2025.07.25.665590
Recurso online
  1. ELIXIR. Research Data Management Kit. A deliverable from the EU-funded ELIXIR-CONVERGE project (grant agreement 871075).. 2021. https://rdmkit.elixir-europe.org.
Tese / Dissertação
  1. "Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2022. https://hdl.handle.net/10362/142477.
Website
  1. Poiares-Oliveira, Gil. BioData.pt. 2024. https://biodata.pt.

Outros

Conjunto de dados
  1. Ramos, João R. C.; Poiares-Oliveira, Gil; Dumas, Patrick; Oliveira, Rui. CHO hybrid semi-parametric flux balance analysis (HybridFBA) implementation code in MATLAB. ResearhGate. 2022.
    10.13140/RG.2.2.32550.64326
Outra produção
  1. Training Data Stewards for Life Sciences - Introduction to Data lifecycle. 2025. Inês Chaves; Poiares-Oliveira, Gil.
    10.5281/zenodo.17232807
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2025/05/06 GLIM-BioData: Portal para a Gestão de Dados da Vida e Saúde Jornadas FCCN
Fundação para a Computação Científica Nacional (Coimbra, Portugal)
2022/09/13 Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale GSK Vaccines Staff Meeting
GlaxoSmithKline Biologicals SA (Rixensart, Bélgica)
2022/02 Development of a HEK293 Cell-line Digital Twin Based on Hybrid Semi-Parametric Modeling at the Genome-Scale Jornadas de Investigação do DQ e DCV
Departamentos de Química e Ciências da Vida da NOVA School of Science and Technology (Caparica, Portugal)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2024/10/02 - 2024/10/04 BioData.pt | ELIXIR-PT All Hands 2024 (2024/10/02 - 2034/10/02)
Encontro (Coorganizador)
BioData.pt, Portugal
2023/09/01 - 2023/12/27 2nd Microbiome PT Summit Organising Committee Member (2023/10/26 - 2023/10/27)
Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)
BioData.pt, Portugal
2023/11/13 - 2023/11/14 BioData.pt | ELIXIR-PT All Hands 2023 (2023/11/13 - 2023/11/14)
Encontro (Coorganizador)
BioData.pt, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2026/02/18 - Atual Biomedical Decision and Information Technology Engenharia Biomédica (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/12/03 - 2025/12/03 ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer Università degli Studi della Campania Luigi Vanvitelli, Itália

ELIXIR, Reino Unido
2025/10/09 - 2025/10/10 Ready for BioData Management? Intensive Course at the University of Coimbra (Outros) BioData.pt, Portugal
2025/07/03 - 2025/07/04 Ready for BioData Management? Intensive Course at CIIMAR (Outros) BioData.pt, Portugal
2025/04/28 - 2025/06/27 Bases de Dados (Databases) Ciências de Engenharia - Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2025/03/08 - 2025/03/08 All of the genes, none of the code (Workshop at XX ENEEB) (Outros)
2024/09/30 - 2024/10/01 Health Research Data Management Programa Doutoral do Centro Académico de Medicina de Lisboa (ramo de Medicina; ramo de Ciências Biomédicas; ramo de Ciências e Tecnologias da Saúde) (Doutoramento) BioData.pt, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2024/03/16 - 2024/03/16 Computational Tools and Resources for the Life Sciences (Workshop at ITQB NOVA) (Outros) Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
2024/02/24 - 2024/02/24 Computational Tools and Resources for Biomedicine (Workshop at XIX ENEEB) (Outros) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/01/29 - 2024/01/30 Ready for BioData Management? Intensive Course at CCMAR BioData.pt, Portugal

Centro de Ciências do Mar, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2017 - 2019/06 AEFCL - Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa Membro da Direção

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação
Instituição / Organização
2025/10 - Atual Member of the Council of Delegates
Membro
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2024/03 - Atual Editorial Board Member - RDMkit
Membro
ELIXIR, Reino Unido
2019 - 2020 Membro Suplente - Comissão Pedagógica da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Outro
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2016 - 2019/09 Pedagogical Council of the Biology BSc
Membro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016/09 - 2019/06 Comissão de Curso da Licenciatura em Biologia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2019 Member of the School Council of the Faculty of Sciences of the University of Lisbon
Membro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2019 Comissão ad-hoc de Boas Práticas Pedagógicas - Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
Membro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2018 Member of the Pedagogical Council of the Faculty of Sciences of the University of Lisbon
Membro
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Distinções

Outra distinção

2024 Full Member of the Ordem dos Biólogos
Ordem dos Biólogos, Portugal
2019 Graduate Member of the Ordem dos Biólogos
Ordem dos Biólogos, Portugal