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Filipe Pereira completed the PhD in Genetics in 2009 and BSc in Biologia in 2003 by Faculty of Science, University of Porto (FCUP). He was a researcher at Institute of Molecular Pathology and Immunology of the University of Porto (IPATIMUP) and Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research (CIIMAR). Currently is Assistant Professor at University of Trás-os-Montes and Alto Douro (UTAD). MAIN ACHIEVEMENTS: · Publication of 67 papers in international scientific periodicals with referees, 40 as first, senior or corresponding author, h-index of 29, ~3300 citations. Top journals of the research area: Science, PLoS Genetics, Nucleic Acids Research, Molecular Biology and Evolution · Publication of 5 book chapters, 11 papers in conference proceedings · Invention of a method for species identification protected by a patent · Principal investigator of 6 research projects (total budget over 500 000 EUR) · Teaching experience in 4 faculty courses (PhD, MSc, BSc) · Development and curation of 7 public databases (over 10 000 users per year) · Invited for 15 talks in national and international meetings and institutions · 28 oral communications and 37 posters in national and international conferences · Supervisor or co-supervisor of 2 postdocs, 6 PhD and 10 MSc students · Reviewer for > 50 scientific journals and 7 international funding agencies · Organizer of 2 scientific conferences
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Filipe Adão Macedo Pereira

Nomes de citação

  • Pereira, Filipe

Identificadores de autor

Ciência ID
F713-6054-417F
ORCID iD
0000-0001-8950-1036
Google Scholar ID
http://scholar.google.com/citations?user=sUfn29YAAAAJ
Researcher Id
F-6391-2010

Endereços de correio eletrónico

  • fpereirapt@gmail.com (Profissional)
  • filipep@utad.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia da Evolução das Espécies

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2018 - 2019
Concluído
 Master of Business Administration (MBA) (Outros)
Universidade do Porto Porto Business School, Portugal
2009 - 2013
Concluído
 Post-doctoral researcher (Pós-doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2004 - 2009
Concluído
 Genética (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Genetic diversity and structural organization of the mammalian mtDNA: functional and phylogenetic implications" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado por unanimidade
1999 - 2003
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/02/20 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2013 - Atual Topic Editor International Journal of Molecular Science, Reino Unido
2019 - 2023 Visiting Researcher Centro de Ecologia Funcional, Portugal
Centro de Ecologia Funcional, Portugal
2014 - 2023 Visiting Researcher Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2013/07/01 - 2018/06/30 Researcher. Investigator FCT program (1st call, 2012). Portuguese Science and Technology Foundation (FCT) Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2013 - 2018 Invited Assistant Professor Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009/01/06 - 2013/06/30 Post doctoral researcher Granted by FCT (SFRH/BPD/44637/2008) Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2004/09/01 - 2008/09/01 PhD student Granted by FCT (SFRH/BD/19585/2004) Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2004/03/01 - 2004/08/31 Research Fellowship Granted by ADI (Agência de Inovação) Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2003/09/01 - 2004/02/29 Research internship Granted by PRODEP III Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2023/03/01 - 2026/02/28 A variação das ovelhas domésticas Ibéricas: um estudo arqueogenético
2022.04843.PTDC
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/06/01 - 2021/03/30 Development of the CoV2ID platform for sharing data on COVID-19 detection and treatment protocols
60
Investigador responsável
Universidade de Coimbra, Portugal
 EOSCsecretariat.eu. European Union's Horizon Programme call H2020-INFRAEOSC-05-2018-2019
Em curso
2020/05/18 - 2020/08/18 Implementation of rapid endpoint PCR systems for SARS-CoV-2 detection in conventional molecular biology laboratories
029_596289414
Investigador responsável
Universidade de Coimbra, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019 - 2019 Development of a broad-range DNA-based method for the identification of marine species in food products
Idfoodplex
Investigador responsável
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 ASSEMBLE Plus Translational Access
Concluído
2016 - 2019 NOVELMAR - Novel marine products with biotechnological applications
NOVELMAR
Investigador
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Norte Portugal Regional Operational Programme (NORTE 2020), European Regional Development Fund (ERDF)
Concluído
2016 - 2018 MarInfo - Integrated Platform for Marine Data Acquisition and Analysis
marinfo
Investigador responsável
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Norte Portugal Regional Operational Programme (NORTE 2020), European Regional Development Fund (ERDF)
Concluído
2017 - 2017 Development of a genetic assay for detection of transgenic fishes in food and environmental samples
2
Investigador responsável
European Marine Biological Research Infrastructure Cluster (EMBRIC) Transnational Access
Concluído
2016 - 2017 Aprender a conhecer o ambiente marinho de Portugal - BioMar PT
PT02_Aviso6_0003
Investigador responsável
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 EEA Grants
Concluído
2014/03 - 2016/02 Structure of the HIV genome: novel frameworks for clinical diagnosis and anti-retroviral therapeutics
123636
Provided by PTCRIS: 123636
Investigador responsável
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/05 - 2013/11 The causes and consequences of mitochondrial DNA deletions in animal cells
100881
Provided by PTCRIS: 100881
Investigador responsável
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2011/01/01 - 2012/12/31 Projecto Estratégico - LA 3 - 2011-2012
PEst-C/SAU/LA0003/2011
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2009 - 2011 Detection, identification and quantification of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus
2
Investigador responsável
Portuguese Ministry of Agriculture, Rural Development and Fisheries
Concluído
2007/10/01 - 2010/09/30 ANÁLISE TRANS-ESPECÍFICA DO IMPACTO FISIOLÓGICO DE GENES INACTIVADOS
PTDC/CVT/64154/2006
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2007/10 - 2010/09 A TRANS-SPECIFIC GENOMIC ANALYSIS TO COMPREHEND THE PHYSIOLOGICAL IMPACT OF INACTIVATED GENES
Provided by PTCRIS: 64154
64154
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2006 - 2010 Escola de Ciências da Vida e da Saúde no âmbito da Universidade Júnior da Universidade do Porto
2
Investigador responsável
Concluído
2006 - 2007 Concurso Ciência Viva VI - Ensino experimental das ciências na escola
PVI-1450
Investigador responsável
Ciência Viva
2004 - 2005 GENCERT: Male and female lineages of domestic animals of economic interest
2
Bolseiro de Investigação
Portuguese Innovation Agency (ADI)
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Pereira, Filipe; Alves, Cíntia; Couto, Cátia; Díaz, Lourdes López; Parra, David; Furfuro, Sandra; Aler, Mercedes; et al. "Species identification in routine casework samples using the SPInDel kit". 2019.
    10.1016/j.fsigss.2019.09.070
  2. Amaral, C.R.L.; Bitencourt, A.; Teixeira, C.; Pereira, F.; Silva, D.A.; Amorim, A.; Carvalho, E.F.. "Probing the potential of the Shark Panel InDel multiplex v2.0 on the forensic identification of batoid elasmobranchs". 2017.
    10.1016/j.fsigss.2017.09.106
  3. Amaral, C.R.L.; Maciel, V.A.; Pereira, F.; Mazzoni, R.; Silva, D.A.; Amorim, A.; Carvalho, E.F.. "Genetic diversity of freshwater fishes from the South American Atlantic Rainforest: The case study of the genus Phalloceros". 2015.
    10.1016/j.fsigss.2015.09.240
  4. Amaral, C.R.L.; Pereira, F.; Loiola, S.; Silva, D.A.; Amorim, A.; Carvalho, E.F.. "The shark panel: An InDel multiplex for shark species identification". 2015.
    10.1016/j.fsigss.2015.09.171
  5. Alves, Cíntia; Pereira, Rui; Prieto, Lourdes; Amorim, António; Pereira, Filipe. "Results of the GHEP-ISFG collaborative exercise for the taxonomic identification of forensic samples using the SPInDel method". 2015.
    10.1016/j.fsigss.2015.09.074
  6. Pereira, Filipe. "Microevolution in a Natural Population of Daphnia longispina Exposed to Acid Mine Drainage". Trabalho apresentado em Interdisciplinary Studies on Environmental Chemistry — Biological Responses to Contaminants, 2010.
  7. Pereira, Filipe. "Mitochondrial DNA haplotyping in Portuguese pig breeds and applications in the traceability of processed products". Trabalho apresentado em 6th International Symposium on the Mediterranean Pig, 2007.
  8. Frigi, S.; Yacoubi, B.; Pereira, F.; Pereira, L.; Cherni, L.; Amorim, A.; Elgaaied, A.B.. "mtDNA lineages in two Tunisian Berber communities: Comparing diversities between villages and towns". 2006.
    10.1016/j.ics.2005.09.032
  9. Soares, P.A.; Pereira, F.; Brion, M.; Alves, C.; Richards, M.; Carracedo, A.; Amorim, A.; Gusmão, L.. "Relative Y-STR mutation rates estimated from the variance inside SNP defined lineages". 2006.
    10.1016/j.ics.2005.09.173
Artigo em revista
  1. João Monteiro; Clive A. Marks; Patrícia C. Braga; Raquel L. Bernardino; Marco G. Alves; Alexandre Lobo-da-Cunha; Arnaldo Videira; Filipe Pereira. "The role of ion homeostasis imbalance due to citrate accumulation in fluoroacetic acid (FAA) toxicity in Neurospora crassa". Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology (2023): https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2023.109661.
    10.1016/j.cbpc.2023.109661
  2. Filipa Moreira; Miguel Arenas; Arnaldo Videira; Filipe Pereira. "Evolution of TOP1 and TOP1MT Topoisomerases in Chordata". Journal of Molecular Evolution (2023): https://doi.org/10.1007/s00239-022-10091-z.
    10.1007/s00239-022-10091-z
  3. Filipe Pereira. "Molecular dynamics and intrinsic disorder analysis of the SARS-CoV-2 Nsp1 structural changes caused by substitution and deletion mutations". Molecular Simulation 48 13 (2022): 1192-1201. http://dx.doi.org/10.1080/08927022.2022.2075546.
    10.1080/08927022.2022.2075546
  4. Filipe Pereira. "Geographical contrasts of Y-chromosomal haplogroups from wild and domestic goats reveal ancient migrations and recent introgressions". Molecular Ecology 31 16 (2022): 4364-4380. http://dx.doi.org/10.1111/mec.16579.
    10.1111/mec.16579
  5. Filipa Moreira; Miguel Arenas; Arnaldo Videira; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Evolutionary History of TOPIIA Topoisomerases in Animals". Journal of Molecular Evolution (2022): https://doi.org/10.1007/s00239-022-10048-2.
    10.1007/s00239-022-10048-2
  6. J. Monteiro; D. Pratas; A. Videira; F. Pereira. Autor correspondente: F. Pereira. "Revisiting the Neurospora crassa mitochondrial genome". Letters in Applied Microbiology (2021): https://doi.org/10.1111/lam.13538.
    10.1111/lam.13538
  7. Filipa Moreira; Miguel Arenas; Arnaldo Videira; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Molecular Evolution of DNA Topoisomerase III Beta (TOP3B) in Metazoa". Journal of Molecular Evolution 89 6 (2021): 384-395. https://doi.org/10.1007/s00239-021-10011-7.
    10.1007/s00239-021-10011-7
  8. Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "SARS-CoV-2 variants lacking ORF8 occurred in farmed mink and pangolin". Gene 784 (2021): 145596-145596. https://doi.org/10.1016/j.gene.2021.145596.
    10.1016/j.gene.2021.145596
  9. Pereira, Filipe. Autor correspondente: Pereira, Filipe. "SARS-CoV-2 variants combining spike mutations and the absence of ORF8 may be more transmissible and require close monitoring". Biochemical and Biophysical Research Communications (2021): https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2021.02.080.
    No prelo • 10.1016/j.bbrc.2021.02.080
  10. Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Evolutionary dynamics of the SARS-CoV-2 ORF8 accessory gene". Infection, Genetics and Evolution 85 (2020): 104525-104525. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104525.
    10.1016/j.meegid.2020.104525
  11. Inês Ribeiro; Mariana Girão; Diogo A. M. Alexandrino; Tiago Ribeiro; Chiara Santos; Filipe Pereira; Ana P. Mucha; et al. "Diversity and Bioactive Potential of Actinobacteria Isolated from a Coastal Marine Sediment in Northern Portugal". Microorganisms 8 11 (2020): 1691-1691. https://doi.org/10.3390/microorganisms8111691.
    10.3390/microorganisms8111691
  12. Pereira F. Autor correspondente: Pereira F. "SARS-CoV-2 variants lacking a functional ORF8 may reduce accuracy of serological testing.". Journal of immunological methods (2020): http://europepmc.org/abstract/med/33137303.
    10.1016/j.jim.2020.112906
  13. Amorim A; Pereira F; Alves C; García O. "Species assignment in forensics and the challenge of hybrids.". Forensic science international. Genetics (2020): http://europepmc.org/abstract/med/32615399.
    10.1016/j.fsigen.2020.102333
  14. Campos, Edwina; Cuéllar, Jorge; Salvador, Omar; García-Trejo, Erick A.; Pereira, Filipe. Autor correspondente: Pereira, Filipe. "The genetic diversity and phylogeography of Mexican domestic sheep". Small Ruminant Research 187 (2020): 106109. http://dx.doi.org/10.1016/j.smallrumres.2020.106109.
    10.1016/j.smallrumres.2020.106109
  15. João Monteiro; Arnaldo Videira; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Quantification of Neurospora crassa mitochondrial DNA using quantitative real-time PCR". Letters in Applied Microbiology (2020): https://doi.org/10.1111/lam.13294.
    10.1111/lam.13294
  16. Amaral CRL; Chaves ACS; Borges Júnior VNT; Pereira F; Silva BM; Silva DA; Amorim A; Carvalho EF; Rocha CFD. "Correction: Amphibians on the hotspot: Molecular biology and conservation in the South American Atlantic Rainforest.". PloS one (2020): http://europepmc.org/abstract/med/31940396.
    10.1371/journal.pone.0227329
  17. Amaral, Cesar R. L.; Chaves, Anna C. S.; Borges Júnior, Vitor N. T.; Pereira, Filipe; Silva, Bruna M.; Silva, Dayse A.; Amorim, António; Carvalho, Elizeu F.; Rocha, Carlos F. D.. "Amphibians on the hotspot: Molecular biology and conservation in the South American Atlantic Rainforest". PLOS ONE 14 10 (2019): e0224320. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0224320.
    10.1371/journal.pone.0224320
  18. Brooke E Hjelm; Brandi Rollins; Ling Morgan; Adolfo Sequeira; Firoza Mamdani; Filipe Pereira; Joana Damas; et al. "Splice-Break: exploiting an RNA-seq splice junction algorithm to discover mitochondrial DNA deletion breakpoints and analyses of psychiatric disorders". Nucleic Acids Research (2019): https://doi.org/10.1093/nar/gkz164.
    10.1093/nar/gkz164
  19. Girão, Mariana; Ribeiro, Inês; Ribeiro, Tiago; Azevedo, Isabel C.; Pereira, Filipe; Urbatzka, Ralph; Leão, Pedro N.; Carvalho, Maria F.. "Actinobacteria Isolated From Laminaria ochroleuca: A Source of New Bioactive Compounds". Frontiers in Microbiology 10 (2019): http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2019.00683.
    10.3389/fmicb.2019.00683
  20. Rocha, Miguel; Antas, Paulo; Castro, L. Filipe C.; Campos, Alexandre; Vasconcelos, Vítor; Pereira, Filipe; Cunha, Isabel. "Comparative Analysis of the Adhesive Proteins of the Adult Stalked Goose Barnacle Pollicipes pollicipes (Cirripedia: Pedunculata)". Marine Biotechnology 21 1 (2018): 38-51. http://dx.doi.org/10.1007/s10126-018-9856-y.
    10.1007/s10126-018-9856-y
  21. Diogo Pratas; Morteza Hosseini; Gonçalo Grilo; Armando Pinho; Raquel Silva; Tânia Caetano; João Carneiro; Filipe Pereira. "Metagenomic Composition Analysis of an Ancient Sequenced Polar Bear Jawbone from Svalbard". Genes 9 9 (2018): 445-445. https://doi.org/10.3390/genes9090445.
    10.3390/genes9090445
  22. Chiara Santos; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Identification of plant species using variable length chloroplast DNA sequences". Forensic Science International: Genetics 36 (2018): 1-12. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2018.05.009.
    10.1016/j.fsigen.2018.05.009
  23. Alexandrino, Diogo A.M.; Ribeiro, Inês; Pinto, Luís M.; Cambra, Rafael; Oliveira, Rui S.; Pereira, Filipe; Carvalho, Maria F.. "Biodegradation of mono-, di- and trifluoroacetate by microbial cultures with different origins". New Biotechnology 43 (2018): 23-29. http://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2017.08.005.
    10.1016/j.nbt.2017.08.005
  24. Cátia Castro; Maria Amorim; Filipa Moreira; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "A method to assemble DNA fragments mimicking junctions of transgenic elements: Application to the AquAdvantage salmon". Food Control 82 (2017): 179-183. https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2017.06.037.
    10.1016/j.foodcont.2017.06.037
  25. Marks CA; Malcolm Clark; David Obendorf; Graham P. Hall; Inês Soares; Filipe Pereira; Marks, Clive A.; et al. "Trends in anecdotal fox sightings in Tasmania accounted for by psychological factors". Conservation biology : the journal of the Society for Conservation Biology 31 6 (2017): 1450-1458. http://europepmc.org/abstract/AGR/IND605856478.
    10.1111/cobi.12944
  26. Miguel Arenas; Keith A. Crandall; Filipe Pereira; Manuela Oliveira; Nadia Pinto; Alexandra M. Lopes; Veronica Gomes; Angel Carracedo; Antonio Amorim. "Forensic genetics and genomics: Much more than just a human affair". PLOS Genetics (2017): https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006960.
    10.1371/journal.pgen.1006960
  27. Amaral, Cesar R. L.; Pereira, Filipe; Silva, Dayse A.; Amorim, António; de Carvalho, Elizeu F.. "The mitogenomic phylogeny of the Elasmobranchii (Chondrichthyes)". Mitochondrial DNA Part A 29 6 (2017): 867-878. http://dx.doi.org/10.1080/24701394.2017.1376052.
    10.1080/24701394.2017.1376052
  28. Filipa Moreira; João Carneiro; Pereira, Filipe. Autor correspondente: Pereira, Filipe. "A proposal for standardization of transgenic reference sequences used in food forensics". Forensic Science International: Genetics (2017): http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.04.022.
    10.1016/j.fsigen.2017.04.022
  29. Chiara Santos; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Design and evaluation of PCR primers for amplification of four chloroplast DNA regions in plants". Conservation Genetics Resources (2017): https://doi.org/10.1007%2Fs12686-016-0605-0.
    10.1007/s12686-016-0605-0
  30. Alves, C.; Pereira, R.; Prieto, L.; Aler, M.; Amaral, C.R.L.; Arévalo, C.; Berardi, G.; et al. Autor correspondente: Pereira, F.. "Species identification in forensic samples using the SPInDel approach: A GHEP-ISFG inter-laboratory collaborative exercise". Forensic Science International: Genetics 28 (2017): 219-224. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85015396612&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigen.2017.03.003
  31. Carneiro, J.; Resende, A.; Pereira, F.; Pereira, Filipe. Autor correspondente: Pereira, F.. "The HIV oligonucleotide database (HIVoligoDB)". Database 2017 1 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85016066677&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/database/bax005
  32. Belmonte FR; Martin JL; Frescura K; Damas J; Pereira F; Tarnopolsky MA; Kaufman BA. "Digital PCR methods improve detection sensitivity and measurement precision of low abundance mtDNA deletions.". (2016): http://europepmc.org/abstract/med/27122135.
  33. Carneiro, J.; Pereira, F.; Carneiro J; Pereira F. Autor correspondente: Pereira F. "EbolaID: An Online Database of Informative Genomic Regions for Ebola Identification and Treatment". PLoS Neglected Tropical Diseases 10 7 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84980319963&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pntd.0004757
  34. Pereira, F.; Duarte-Pereira, S.; Silva, R.M.; Da Costa, L.T.; Pereira-Castro, I.. "Evolution of the NET (NocA, Nlz, Elbow, TLP-1) protein family in metazoans: Insights from expression data and phylogenetic analysis". Scientific Reports 6 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85003583805&partnerID=MN8TOARS.
    10.1038/srep38383
  35. Resende, A.; Gonçalves, J.; Muigai, A.W.T.; Pereira, F.; Resende A; Gonçalves J; Muigai AW; Pereira F. Autor correspondente: Pereira F. "Mitochondrial DNA variation of domestic sheep (Ovis aries) in Kenya". Animal Genetics 47 3 (2016): 377-381. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84954306846&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/age.12412
  36. Joana Gonçalves; Clive A. Marks; David Obendorf; António Amorim; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. "Reply to Sarre et al. Defining specificity in DNA detection of wildlife". Forensic Science International: Genetics 16 (2015): e1-e2. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2014.10.024.
    10.1016/j.fsigen.2014.10.024
  37. Damas, J.; Samuels, D.C.; Carneiro, J.; Amorim, A.; Pereira, F.. Autor correspondente: Pereira, F.. "Mitochondrial DNA Rearrangements in Health and Disease-A Comprehensive Study". Human Mutation 35 1 (2014): 1-14. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84890797290&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/humu.22452
  38. Marks, C.A.; Obendorf, D.; Pereira, F.; Edwards, I.; Hall, G.P.. "Opportunistically acquired evidence is unsuitable data to model fox (Vulpes vulpes) distribution in Tasmania". Wildlife Society Bulletin 38 4 (2014): 757-766. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84904444655&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/wsb.448
  39. Moreira, C.; Van Asch, B.; Fonseca, L.; Pereira-Castro, I.; Silva, R.; Azevedo, L.; Mota, M.; et al. Autor correspondente: Pereira, F.. "The mitochondrial genome of the pinewood nematode (Bursaphelenchus xylophilus) lineage introduced in Europe". Mitochondrial DNA 25 6 (2014): 420-421. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84902453456&partnerID=MN8TOARS.
    10.3109/19401736.2013.809438
  40. Gonçalves, J.; Marks, C.A.; Obendorf, D.; Amorim, A.; Pereira, F.. Autor correspondente: Pereira, F.. "A multiplex PCR assay for identification of the red fox (Vulpes vulpes) using the mitochondrial ribosomal RNA genes". Conservation Genetics Resources 7 1 (2014): 45-48. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84922607571&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s12686-014-0343-0
  41. Marks, C.A.; Edwards, I.; Obendorf, D.; Pereira, F.; Hall, G.P.. "Did 'precautionary' 1080 baiting have a realistic potential to eradicate Red Fox (Vulpes vulpes) in Tasmania without in situ monitoring data?". Ecological Management and Restoration (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84906398685&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/emr.12121
  42. Dong, D.W.; Pereira, F.; Barrett, S.P.; Kolesar, J.E.; Cao, K.; Damas, J.; Yatsunyk, L.A.; Johnson, F.B.; Kaufman, B.A.. "Association of G-quadruplex forming sequences with human mtDNA deletion breakpoints". BMC Genomics 15 1 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84906922263&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2164-15-677
  43. Gonçalves, J.; Marks, C.A.; Obendorf, D.; Amorim, A.; Pereira, F.. "The risks of using "species-specific" PCR assays in wildlife research: The case of red fox (Vulpes vulpes) identification in Tasmania". Forensic Science International: Genetics 11 1 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84901923037&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigen.2014.03.009
  44. Marks, C.A.; Obendorf, D.; Pereira, F.; Edwards, I.; Hall, G.P.. "The dispersion and detection patterns of mtDNA-assigned red fox Vulpes vulpes scats in Tasmania are anomalous". Journal of Applied Ecology 51 4 (2014): 1033-1040. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84904418784&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/1365-2664.12278
  45. Damas, J.; Carneiro, J.; Amorim, A.; Pereira, F.. "MitoBreak: The mitochondrial DNA breakpoints database". Nucleic Acids Research 42 D1 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84891787763&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkt982
  46. Pereira, F.; Moreira, C.; Fonseca, L.; van Asch, B.; Mota, M.; Abrantes, I.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "New Insights into the Phylogeny and Worldwide Dispersion of Two Closely Related Nematode Species, Bursaphelenchus xylophilus and Bursaphelenchus mucronatus". PLoS ONE 8 2 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84873646517&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0056288
  47. Carneiro, J.; Pereira, F.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "SPInDel: A multifunctional workbench for species identification using insertion/deletion variants". Molecular Ecology Resources 12 6 (2012): 1190-1195. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84867506608&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/1755-0998.12011
  48. Gonçalves, J.; Pereira, F.; Amorim, A.; Van Asch, B.. "New method for the simultaneous identification of cow, sheep, goat, and water buffalo in dairy products by analysis of short species-specific mitochondrial DNA targets". Journal of Agricultural and Food Chemistry 60 42 (2012): 10480-10485. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84867806242&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jf3029896
  49. Damas, J.; Carneiro, J.; Gonçalves, J.; Stewart, J.B.; Samuels, D.C.; Amorim, A.; Pereira, F.. Autor correspondente: Pereira, F.. "Mitochondrial DNA deletions are associated with non-B DNA conformations". Nucleic Acids Research 40 16 (2012): 7606-7621. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84869477659&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gks500
  50. Van Asch, B.; Pereira, F.; Santos, L.S.; Carneiro, J.; Santos, N.; Amorim, A.. "Mitochondrial lineages reveal intense gene flow between Iberian wild boars and South Iberian pig breeds". Animal Genetics 43 1 (2012): 35-41. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84855642252&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/j.1365-2052.2011.02222.x
  51. Van Asch, B.; Silva Santos, L.; Carneiro, J.; Pereira, F.; Amorim, A.. "Identification of mtDNA lineages of Sus scrofa by multiplex single base extension for the authentication of processed food products". Journal of Agricultural and Food Chemistry 59 13 (2011): 6920-6926. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79960067625&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jf201283r
  52. Pereira, Filipe; Carneiro, João; Barbara van Asch. "A guide for mitochondrial DNA analysis in non-human forensic investigations". Open Forensic Science Journal 3 (2010): 33-44. https://benthamopen.com/ABSTRACT/TOFORSJ-3-33.
    Publicado
  53. Pereira, F.; Carneiro, J.; Matthiesen, R.; Van Asch, B.; Pinto, N.; Gusmão, L.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "Identification of species by multiplex analysis of variable-length sequences". Nucleic Acids Research 38 22 (2010): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78650444073&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkq865
  54. van Asch, B.; Alves, C.; Santos, L.; Pinheiro, R.; Pereira, F.; Gusmão, L.; Amorim, A.. "Genetic profiles and sex identification of found-dead wolves determined by the use of an 11-loci PCR multiplex". Forensic Science International: Genetics 4 2 (2010): 68-72. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-73249138577&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigen.2009.05.003
  55. Van Asch, B.; Pinheiro, R.; Pereira, R.; Alves, C.; Pereira, V.; Pereira, F.; Gusmão, L.; Amorim, A.. "A framework for the development of STR genotyping in domestic animal species: Characterization and population study of 12 canine X-chromosome loci". Electrophoresis 31 2 (2010): 303-308. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-74549162840&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/elps.200900389
  56. Pereira, F.; Queirós, S.; Gusmão, L.; Nijman, I.J.; Cuppen, E.; Lenstra, J.A.; Consortium, E.; et al. Autor correspondente: Pereira, F.. "Tracing the history of goat pastoralism: New clues from mitochondrial and y chromosome DNA in North Africa". Molecular Biology and Evolution 26 12 (2009): 2765-2773. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-70450231699&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/molbev/msp200
  57. Azevedo, L.; Carneiro, J.; van Asch, B.; Moleirinho, A.; Pereira, F.; Amorim, A.. "Epistatic interactions modulate the evolution of mammalian mitochondrial respiratory complex components". BMC Genomics 10 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67650927396&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2164-10-266
  58. van Asch, B.; Alves, C.; Gusmão, L.; Pereira, V.; Pereira, F.; Amorim, A.. "A new autosomal STR nineplex for canine identification and parentage testing". Electrophoresis 30 2 (2009): 417-423. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-63649095695&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/elps.200800307
  59. Chessa, B.; Pereira, F.; Arnaud, F.; Amorim, A.; Goyache, F.; Mainland, I.; Kao, R.R.; et al. "Revealing the history of sheep domestication using retrovirus integrations". Science 324 5926 (2009): 532-536. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-65449129292&partnerID=MN8TOARS.
    10.1126/science.1170587
  60. Pereira, F.; Carneiro, J.; Amorim, A.; Pereira F; Carneiro J; Amorim A. Autor correspondente: Pereira, F.. "Identification of species with DNA-based technology: Current progress and challenges". Recent Patents on DNA and Gene Sequences 2 3 (2008): 187-200. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-70350236393&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/187221508786241738
  61. Pereira, F.; Soares, P.; Carneiro, J.; Pereira, L.; Richards, M.B.; Samuels, D.C.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "Evidence for variable selective pressures at a large secondary structure of the human mitochondrial DNA control region". Molecular Biology and Evolution 25 12 (2008): 2759-2770. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-56449124495&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/molbev/msn225
  62. Pereira, F.; Carneiro, J.; Soares, P.; Maciel, S.; Nejmeddine, F.; Lenstra, J.A.; Gusmão, L.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "A multiplex primer extension assay for the rapid identification of paternal lineages in domestic goat (Capra hircus): Laying the foundations for a detailed caprine Y chromosome phylogeny". Molecular Phylogenetics and Evolution 49 2 (2008): 663-668. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-55149091106&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ympev.2008.08.026
  63. van Asch, B.; Alves, C.; Pereira, F.; Gusmão, L.; Amorim, A.. "A new autosomal STR multiplex for canine genotyping". Forensic Science International: Genetics Supplement Series 1 1 (2008): 628-629. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-50349084059&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigss.2007.10.043
  64. Arnaud, F.; Caporale, M.; Varela, M.; Biek, R.; Chessa, B.; Alberti, A.; Golder, M.; et al. "A paradigm for virus-host coevolution: Sequential counter-adaptations between endogenous and exogenous retroviruses". PLoS Pathogens 3 11 (2007): 1716-1729. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-37349005478&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.ppat.0030170
  65. Pereira, Filipe; Meirinhos, José; Amorim, António; Pereira, Luísa. Autor correspondente: Pereira, Filipe. "Analysis of inter-specific mitochondrial DNA diversity for accurate species identification". International Congress Series 1288 (2006): 103-105. http://dx.doi.org/10.1016/j.ics.2005.09.125.
    10.1016/j.ics.2005.09.125
  66. Pereira, F.; Davis, S.J.M.; Pereira, L.; McEvoy, B.; Bradley, D.G.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "Genetic signatures of a Mediterranean influence in Iberian Peninsula sheep husbandry". Molecular Biology and Evolution 23 7 (2006): 1420-1426. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33745623627&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/molbev/msl007
  67. Frigi, S.; Pereira, F.; Pereira, L.; Yacoubi, B.; Gusmão, L.; Alves, C.; Khil, H.K.e.; et al. "Data for Y-chromosome haplotypes defined by 17 STRs (AmpFLSTR® Yfiler™) in two Tunisian Berber communities". Forensic Science International 160 1 (2006): 80-83. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33745234085&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.forsciint.2005.05.007
  68. Alonso, A; Albarran, C; Martin, P; Garcia, P; Capilla, J; Garcia, O; de la Rua, C; et al. "Usefulness of microchip electrophoresis for the analysis of mitochondrial DNA in forensic and ancient DNA studies". Electrophoresis 27 24 (2006): 5101-5109.
    10.1002/elps.200600331
  69. Pereira, F.; Pereira, L.; Van Asch, B.; Bradley, D.G.; Amorim, A.. Autor correspondente: Pereira, F.. "The mtDNA catalogue of all Portuguese autochthonous goat (Capra hircus) breeds: High diversity of female lineages at the western fringe of European distribution". Molecular Ecology 14 8 (2005): 2313-2318. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-21244460361&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/j.1365-294X.2005.02594.x
  70. van Asch, B.; Pereira, L.; Pereira, F.; Santa-Rita, P.; Lima, M.; Amorim, A.. "MtDNA diversity among four Portuguese autochthonous dog breeds: A fine-scale characterisation". BMC Genetics 6 (2005): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-26444602094&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2156-6-37
Capítulo de livro
  1. Araújo, Ricardo; Pereira, Filipe; Asch, Barbara van. "Applications of DNA-Based Methods in Food Forensics". In Security Science and Technology, 493-517. WORLD SCIENTIFIC (EUROPE), 2016.
    10.1142/9781786340788_0020
  2. Pereira, Filipe; Pereira, F.; Amorim, A.N.; Van Asch, B.. "Genetic and DNA-based techniques". 2013.
    10.1016/B978-0-444-59562-1.00008-6
  3. Pereira, Filipe; Amorim, António. Autor correspondente: Pereira, Filipe. "Evolution: Viruses". In Brenner's Encyclopedia of Genetics, 566-568. Elsevier: New York, 2013.
    Publicado • 10.1128/9781555817626.ch3
  4. Pereira, F.; Amorim, A.. "Origin and Spread of Goat Pastoralism". 2010.
    10.1002/9780470015902.a0022864
  5. van Asch, B.; Luísa pereira; Pereira, Filipe; António Amorim. "Mitochondrial DNA lineages of the Portuguese Podengo autochthonous dog breed". In The Portuguese Podengo, editado por Vítor Veiga, 264-274. 2005.
    Publicado
Poster em conferência
  1. Rocha, Miguel; Antas, Paulo; Vasconcelos, Vitor; Cunha, Isabel; Pereira, Filipe; Rocha, M.S.; Vasconcelos, Vitor; Pereira, Filipe; Cunha, Isabel. "Characterization of Pollicipes pollicipes cement protein genes". Trabalho apresentado em IJUP 2015 - 8º Encontro de Jovens Investigadores da U.PORTO, 2015.
  2. Moreira, Filipa; Pereira, Filipe. "Development of a multiplex PCR assay for detection of genetically modified plants". Trabalho apresentado em III Aeicbas Biomedical Congress, 2015.
Pré-impressão
  1. Okiemute B. Omoru; Filipe Pereira; Sarath Chandra Janga; Amirhossein Manzourolajdad. "Evidence for a long-range RNA-RNA interaction between ORF8 and Spike of SARS-CoV-2". 2021. https://doi.org/10.1101/2021.11.09.467911.
    10.1101/2021.11.09.467911
  2. Nijman IJ; Rosen BD; Zheng Z; Jiang Y; Cumer T; Daly KG; Bâlteanu VA; et al. "Phylogeny and distribution of Y-chromosomal haplotypes in domestic, ancient and wild goats". 2020. http://europepmc.org/abstract/PPR/PPR113423.
    10.1101/2020.02.17.952051
Recurso online
  1. Chiara Santos; João Carneiro; Filipe Pereira. Autor correspondente: Filipe Pereira. A web-based platform of nucleotide sequence alignments of plants. 2019. https://doi.org/10.1101/617035.
    10.1101/617035
  2. Pereira, Filipe. PlantAligDB: A database of curated nucleotide sequence alignments for plants. 2018. http://plantaligdb.portugene.com/.
  3. Pereira, Filipe. Catalogue of reference sequences for transgenic elements (GMORefSeq). 2017. http://portugene.com/GMOTables/cgi-bin/GMOTablesHome.cgi.
  4. Pereira, Filipe. EbolaID Database Project (EbolaID). 2016. http://ebolaid.portugene.com/.
  5. Pereira, Filipe. The mitochondrial DNA breakpoints database (MitoBreak). 2014. http://mitobreak.portugene.com.
Tese / Dissertação
  1. Pereira, Filipe. "Genetic diversity and structural organization of the mammalian mtDNA: functional and phylogenetic implications". Doutoramento, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2009.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Pereira, Filipe. 2006. "Process for animal species identification in samples with genetic material based on mitochondrial DNA size variation". Portugal.
    Concedida/Emitida
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019 Species identification in routine casework samples using the SPInDel kit. 28th International Congress of International Society for Forensic Genetics (ISFG). 9 -13 September 2019, Prague, Czech Republic
2018 Variations of the mitogenome's control region in domestic sheep of the State of Mexico. 4° Congreso de Ciencia, Educación Y Tecnología. National Autonomous University of Mexico ,19-22 June 2018, Mexico.
2018 Mitochondrial DNA evolutionary breakpoints are associated with non-B DNA conformations Portugaliæ Genetica, 18 edition, 22-23 March 2018, Porto, Portugal
2018 Mitochondrial DNA mutations in health and disease MitoXT meeting, Coimbra, Portugal,
2018 Mitochondrial DNA rearrangements in health and disease MitoPorto. International symposium. Porto, Portugal.
2018 When secondary comes first: the role of DNA secondary structures in mitochondrial genomes Portugaliæ Genetica, 18 edition, Porto, Portugal
2018 Aplicações da genética forense não humana XIX Jornadas de Biologia Aplicada, Braga, Portugal
2018 Development of a genetic assay for detection of transgenic fishes in food and environmental samples Institut Pasteur, Paris, France. EMBRIC Transnational Access Workshop.
2017 The archaeogenetics of Estonian sheep – what do we know so far? EAA Annual Meeting 2017. Maastricht, Netherlands, 30.08.–03.09.2017
2017 Diversity of Actinomycetes from a Coastal Marine Sediment in Northern Portugal IJUP 2017 –10º Edição Encontro de Investigação Jovem, Porto, Portugal, 8-10 de Fevereiro de 2017.
2017 Development of DNA-based tests for detection of wild and transgenic species Marine Scotland Science (MSS), Aberdeen, UK
2017 New genetic assays for the identification of wild, domestic and transgenic species Institute of Marine Biology, Biotechnology and Aquaculture, Hellenic Centre for Marine Research (HCMR), Crete, Greece.
2017 Construção de bases de dados de livre acesso na Internet para deteção e tratamento de doenças: o caso do EbolaID Ciência 2017 - Encontro com a Ciência e Tecnologia em Portugal, Lisboa, Portugal
2016 The archaeogenetics of domestic sheep and goats Institute of History and Archaeology. University of Tartu, Estonia
2016 Genotoxicidade: o teste dos micronúcleos Externato S. Miguel de Refojos, Cabeceiras de Basto
2016 Genética e Evolução Escola Secundária Garcia de Orta
2015 Results of the GHEP-ISFG collaborative exercise for the taxonomic identi¿cation of forensic samples using the SPInDel method 26th Congress of the International Society for Forensic Genetics, 31 August – 5 September, 2015, Krakow, Poland
2015 Identification of HIV-1, HCV and HBV using multiplex PCR XXXIX Portuguese Genetics Conference, 25-27 May, 2015, Braga, Portugal
2015 A new method for the detection of genetically modified plants using multiplex PCR IJUP 2015 - 8º Encontro de Jovens Investigadores da U.PORTO, 13-15 May, 2015, Portugal
2015 Identification of transgenic fishes using multiplex PCR. IJUP 2015 - 8º Encontro de Jovens Investigadores da U.PORTO, 13-15 May, 2015, Portugal
2015 Characterization of Pollicipes pollicipes cement protein genes IJUP 2015 - 8º Encontro de Jovens Investigadores da U.PORTO, 13-15 May, 2015, Portugal
2014 Non-B DNA conformations, genomic rearrangements and disease II AEICBAS Biomedical Congress
2014 Genética, genómica e evolução Lycée Français International de Porto
2010 A new method for detection of compositional strand asymmetries in vertebrate mitochondrial genomes Portugaliae Genética, 13 edition, 19-19 March, 2010, Porto. Portugal
2010 The mitochondrial genome of Bursaphelenchus xylophilus, the pinewood nematode 30th International ESN Symposium. 19-23 September 2010, Vienna, Austria
2009 Secondary structures in mitochondrial DNA: inferring functional constraints from evolutionary patterns III Encontro Ciência em Portugal – Ciência 2009, 30 July 2009, Lisboa, Portugal
2009 Detecção, identificação e quantificação do nemátode-da-madeira-do-pinheiro, Bursaphelenchus xylophilus 6º Congresso Nacional Florestal Nacional, 6-9 October 2009, Ponta Delgada, Açores, Portugal
2008 Revealing the history of animal domestication and migrations using endogenous retroviruses Cold Spring Harbor Retroviruses meeting. 19-24 May 2008, New York, USA
2008 A comparative approach to the evolution of mitochondrial DNA: the animal control region paradigm Portugaliæ Genetica, 11 edition, 27-28 March 2008, Porto, Portugal
2008 A utilidade da Genética na investigação forense Secondary school Colégio de Nossa Senhora da Apresentação. Calvão, Aveiro, Portugal
2007 Mitochondrial DNA haplotyping in Portuguese pig breeds and applications in the traceability of processed products 6th Symposium on Mediterranean Pig. 11-13 October 2007, Capo d’Orlando, Sicília, Itália
2007 SPecies IDentification multiplex: a process for animal species identification in samples with genetic material based on mitochondrial DNA size variation Academy Day. i-techpartner North of Portugal, 2 October 2007, Porto, Portugal
2007 CANIplex: a PCR multiplex system for canine DNA profiling Academy Day. i-techpartner North of Portugal, 2 October 2007, Porto, Portugal
2006 Determinação dos padrões de diversidade genética do DNA mitocondrial e sua aplicabilidade na identificação de espécies animais IV Encontro de Marcadores Moleculares. 23-24 November 2006, Vila Real, Portugal
2006 Novo método para a identificação de espécies baseado em diferenças de tamanho de segmentos do DNA mitocondrial. I Encontro Nacional de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. 2-4 May 2006. Aveiro, Portugal
2006 A highly conserved hexanucleotide motif triggers the formation of tandem repeats in the mammalian mitochondrial DNA control region Portugaliæ Genetica, 9th edition, 16-18 March 2006, Porto, Portugal
2005 Linhagens mitocondriais de Canis lupus: diversidade e filogeografia II Congresso Luso-Espanhol do Lobo Ibérico, ESA-IPCB, 10-13 November 2005, Castelo Branco, Portugal
2005 Mitochondrial DNA lineages in five Portuguese dog breeds and a mixed-breed population: does diversity reveal different artificial selection pressures? 9ª Reunião Anual da Sociedade Portuguesa de Genética Humana, 10-12 November 2005, Cascais, Portugal
2005 Mitochondrial DNA lineages in five Portuguese dog breeds and a mixed-breed population: does diversity reveal different artificial selection pressures? 9ª Reunião Anual da Sociedade Portuguesa de Genética Humana, 10-12 November 2005, Cascais, Portugal
2005 The Origin and Diversity of Portuguese Sheep Breeds XV Congresso de Zootecnia e I Congresso Ibero-Americano de Zootecnia, 3-4 November, Vila Real, Portugal
2005 Analysis of inter-specific mitochondrial DNA diversity for accurate species identification 21st International Congress of the International Society for Forensic Genetics, 13-17 September 2005, Ponta Delgada, Portugal
2005 Relative Y-STR mutation rates estimated from the variance inside SNP defined lineages 21st International Congress of the International Society for Forensic Genetics, 13-17 September 2005, Ponta Delgada, Portugal
2005 Extensive conservation of secondary structures in the human mtDNA control region Portugaliæ Genetica, 8th edition, 17-19 March 2005, Porto, Portugal
2005 Genetics Secondary school Escola da Ponte. Vila das Aves, Portugal. Semana da Ciência e Tecnologia, Ciência Viva.

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2018 - 2023 Unravelling the role of topoisomerases in mitochondrial DNA rearrangements.
Orientador de Filipa Isabel Menezes Moreira
 Ciências Biomédicas (Doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2018 - 2022 Assessing the impact of fluoroacetic acid on mitochondrial function using Neurospora crassa as a model organism
Orientador de João Pedro Silva Monteiro
 Ciências Biomédicas (Doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2018 - 2022 Maternal genetic diversity in Mexican domestic ovine contemporary criollos and novohispanic: bases to sustentainable production
Coorientador de Victoria Campos
Producción y de la Salud Animal (Doutoramento)
Universidad Nacional Autónoma de México, México
2017 - 2021 Biodegradation of widely used fluorinated pesticides
Coorientador de Diogo Alves da Mota Alexandrino
 Contaminação e Toxicologia Ambientais (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2018 Investigation of the microbial community associated with the fluoracetate-producing plant Dichapetalum cymosum and of the presence of fluorinase gene in its microbiome
Coorientador de Sandra Vicente
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2018 Development of new tools for the identification of plants using chloroplast DNA sequences
Orientador de Chiara Gabriele Santos
 Biologia (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017 The mtDNA of Mexican domestic sheep
Coorientador de Victoria Campos
 Maestría en Ciencias de la Producción y de la Salud Animal (Mestrado)
Universidad Nacional Autónoma de México, México
2015 - 2016 Marine Actinobacteria from the Northern Portuguese Coast: isolation, identification and investigation of their bioactive potential
Coorientador
 Toxicologia e Contaminação Ambientais (Mestrado)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2015 - 2016 Study of the microbiome of the fluoroacetate producing plant Dichapetalum cymosum: Investigation of microbial community
Coorientador de Zita Diana Marinho Couto
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2016 Desenvolvimento de métodos moleculares para identificação de peixes transgénicos
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2015 In vitro detection of non-canonical mitochondrial DNA conformations
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2015 Development of multiplex PCR assays for the detection of genetically modified plants
Orientador de Filipa Isabel Menezes Moreira
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015 Supervision of Research internship in Biochemistry
Orientador
 Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015 Supervision of Research internship in Applied Statistics
Orientador
 Estatística Aplicada (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015 Molecular targets involved in the goose barnacle Pollicipes pollicipes (Cirripedia) larvae metamorphosis and settlement
Coorientador
 Biologia Celular e Molecular (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015 In vitro detection of non-canonical mitochondrial DNA conformations
Orientador de João Pedro Silva Monteiro
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015 Development of multiplex PCR assays for the detection of genetically modified plants
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013 - 2014 New method for the simultaneous identification of pathogenic human viruses using multiplex PCR
Orientador
 Biologia Molecular e Genética (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 - 2013 Identification of plant species using variable length chloroplast DNA sequences
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2012 Supervision of Research internship in Biology
Orientador
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2006 - 2007 Supervision of research internship in Biology
Orientador
 Biologia (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2015 - 2017 Coordination of an inter-laboratory collaborative exercise for evaluation of the Species Identi¿cation by Insertions/Deletions (SPInDel) method. The exercise was organized by the Working Commission of the Spanish and Portuguese-Speaking Working Group of the International Society for Forensic Genetics (GHEP-ISFG) and included 24 participating laboratories from 10 countries. The results were described in Alves et al. Forensic Science International: Genetics. 28(2017) 219–224. (2015 - 2017)
Outro (Coorganizador)
2010/03/18 - 2010/03/19 Portugaliæ Genética, 13th edition. (2010/03/18 - 2010/03/19)
Congresso (Coorganizador)
 Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2007/07/04 - 2007/07/06 II Encontro Nacional de Pós-Graduação em Ciências Biológicas Biblioteca Municipal Almeida Garrett, Porto (2007/07/04 - 2007/07/06)
Congresso (Coorganizador)

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2023/12/12 Identification and characterization of bioactive secondary metabolites from the filamentous fungus Neurospora crassa
Arguente principal
 Patrícia Alexandra Soares Sequeira (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2023/12/07 Development and validation of a protocol to analyse in StarQ Punch reference samples collected with a swab
Arguente principal
 Ana Isabel Soares da Fonseca (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/08/25 The identification of plant DNA in metagenomic samples
Arguente principal
 Kairi Raime (Doutoramento)
Tartu Ulikool Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Estónia
2015/12/07 Testing the reliability of ancestral populations estimated on data from complete human genomes using different mixing algorithms
Arguente principal
 João Daniel de Almeida Vieira (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013/10/30 Selective constraints and expression pattern of the ataxin-3 like 1 retrogene
Arguente principal
 Andreia Patrícia de Sousa Pinto (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2021 - Atual Journal of Translational Medicine
2021 - Atual Forensic Sciences Research
2021 - Atual Heliyon
2021 - Atual Infection Genetics and Evolution
2021 - Atual Evolutionary Bioinformatics
2021 - Atual Microorganisms
2021 - Atual LWT - Food Science and Technology
2021 - Atual Future Virology
2021 - Atual ZooKeys
2021 - Atual Molecular and Cellular Probes
2021 - Atual Cellular Immunology
2021 - Atual Informatics in Medicine Unlocked
2021 - Atual Free Radical Biology and Medicine
2021 - Atual Diagnostic Microbiology & Infectious Disease
2021 - Atual International Journal of Biological Macromolecules
2021 - Atual Genomics
2021 - Atual Vaccine
2021 - Atual Gene
2021 - Atual Frontiers in Virology
2021 - Atual Frontiers in Microbiology
2021 - Atual Journal of Biomolecular Structure & Dynamics
2021 - Atual Molecular Biology Reports (MOLE)
2021 - Atual Journal of Molecular Evolution
2021 - Atual Viruses
2020 - Atual Molecular and Cellular Probes
2020 - Atual ZooKeys
2020 - Atual Future Virology
2020 - Atual LWT - Food Science and Technology
2020 - Atual Microorganisms
2020 - Atual Evolutionary Bioinformatics
2020 - Atual Infection Genetics and Evolution
2020 - Atual Heliyon
2020 - Atual Forensic Sciences Research
2020 - Atual Journal of Translational Medicine
2020 - Atual Scientific African
2020 - Atual Sustainability
2020 - Atual Animals
2020 - Atual Molecules
2019 - Atual BioTechniques (1940-9818) Future Science Ltd
2019 - Atual Investigative Genetics (2041-2223) Springer (Biomed Central Ltd.)
2018 - Atual Animal Genetics (1365-2052) Wiley (Blackwell Publishing)
2018 - Atual AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY (1684-5315) Academic Journals
2018 - Atual Wildlife Society Bulletin (1938-5463) Wiley (John Wiley & Sons)
2018 - Atual Forensic Science International Genetics (1872-4973) Elsevier
2018 - Atual Food Control (0956-7135) Elsevier
2016 - Atual Small Ruminant Research (0921-4488) Elsevier
2016 - Atual Biochemical Genetics (1573-4927) Springer-Verlag
2016 - Atual ZOOLOGICAL SCIENCE (2212-3830) BioOne (Zoological Society of Japan)
2016 - Atual African Journal of Ecology (1365-2028) Wiley (Blackwell Publishing)
2015 - Atual BMC Evolutionary Biology (1471-2148) Springer (Biomed Central Ltd.)
2015 - Atual International Journal of Legal Medicine (1437-1596) Springer-Verlag
2015 - Atual Journal of Virological Methods (0166-0934) Elsevier
2015 - Atual Mitochondrial DNA (1940-1744) Informa UK (Taylor & Francis)
2015 - Atual PeerJ (2167-8359) PeerJ
2015 - Atual Diagnostics (2075-4418) MDPI AG
2014 - Atual Scientific Reports (2045-2322) Springer Science and Business Media LLC
2013 - Atual PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2013 - Atual Journal of Animal Breeding and Genetics (1439-0388) Wiley (Blackwell Publishing)
2013 - Atual Biological Journal of the Linnean Society (1095-8312) Oxford University Press
2012 - Atual Journal of Heredity (1471-8505) Oxford University Press
2012 - Atual Livestock Science (1871-1413) Elsevier
2010 - Atual Nucleic Acids Research (1362-4962) Oxford University Press
2010 - Atual PLoS Genetics (1553-7404) Public Library of Science
2008 - Atual Molecular Phylogenetics and Evolution (1095-9513) Elsevier
2008 - Atual Molecular Genetics and Metabolism (1096-7206) Elsevier
2007 - Atual Genes (2073-4425) MDPI AG
2006 - Atual Invertebrate Systematics (1445-5226) CSIRO Publishing
2005 - Atual Journal of Integrative Agriculture (2095-3119) Elsevier
2000 - Atual The Scientific World JOURNAL (1537-744X) Hindawi (The Scientific World)

Consultoria / Parecer

Descrição da atividade Instituição / Organização
2022 - Atual Consultant at DeciBio Analytics DeciBio LLC, Estados Unidos
2013 - 2018 Member of the independent scientific review panel of the Tasmanian fox eradication program of the Australian government (http://www.tasmanianfox.com/).

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/02/01 - Atual Molecular Genetics, Biotechology, Forensic Genetics, Bioinformatics Genética e Biotecnologia (Licenciatura) Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2018 - 2021 Organismos transgénicos Engenharia Agrícola (Mestrado) Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2018 - 2018 Workshop in Forensic Genetics. Spanish and Portuguese-Speaking Working Group of the International Society for Forensic Genetics (GHEP-ISFG). Faculty of Sciences of the University of Porto, Portugal. Lecturing on “Species identification in forensics (SPInDel approach)”.
2008 - 2018 Forense genética não humana Genética Forense (Mestrado integrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Workshop Non-human DNA, a "new" challenge!?. Laboratório da Polícia Cientifica. Lisboa, Portugal. Lecturing on real cases of forensic genetics.
2013 - 2013 Formal and Population Genetics. GABBA - Graduate Program (PhD) in Areas of Basic and Applied Biology. Biologia Básica e Aplicada (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2009 Genética básica e aplicada Desenvolvimento Motor (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Desporto, Portugal
2008 - 2008 Workshop “Genética populacional em Malária: Parasitas, vectores e humanos”. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal. Lecturing on “Population Genetics”. Teaching on population genetics data analysis (practical lessons).
2006 - 2006 Identificação Genética. ABZ da Genética Humana da Sociedade Portuguesa de Genética Humana. (Especialização pós-licenciatura)

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2017 Há um teste para detectar salmão transgénico e é português Público
2017 Investigadores do CIIMAR ganham acesso a plataformas de investigação internacionais UP
2017 Na Tasmânia, a caça à raposa não passou de uma caça aos gambozinos Público
2017 CIIMAR deteta falha no programa de erradicação da raposa na Tasmânia UP
2017 Cientistas portugueses oferecem base de dados sobre o vírus do ébola Público
2013 Cientistas da U.Porto abrem caminho no tratamento de doença dos pinheiros UP
2006 Cientistas do Porto criam teste rápido para identificação de espécies Público

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2017 - Atual RTP Jornal da Tarde Base de Dados sobre o vírus Ébola criada por investigadores da U.Porto
2017 - Atual SIC - Jornal da tarde Investigadores da U.Porto desenvolvem base de dados mundial sobre o vírus Ébola
2017 - Atual Antena 1 - Os Dias do Futuro Base de dados EbolaID
2017 - Atual Antena 1 - Ponto de Partida Ébola: Ameaça Global?

Outro júri / avaliação

Descrição da atividade Instituição / Organização
2021 - 2021 Martí Franquès Cofund Doctoral Programme 2021 Call. Member of the Evaluation Panel. Universitat Rovira i Virgili, Espanha
2021 - 2021 PASIFIC Postdoctoral Fellowships Programme (https://pasific.pan.pl/). Member of the Evaluation Panel - Life Sciences. Polska Akademia Nauk, Polónia
2021 - 2021 Call for PhD scholarships. Evaluator. Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, do Governo Regional dos Açores. , Portugal
2019 - 2019 Reviewer - Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, do Governo Regional dos Açores. Call for Postdoc scholarships in companies. Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, do Governo Regional dos Açores. , Portugal
2018 - 2019 Reviewer - Agência Nacional de Inovação, S.A. (ANI). Projetos de I&D Industrial à Escala Europeia e em Copromoção. Agência Nacional de Inovação, S.A. (ANI). Projetos de I&D Industrial à Escala Europeia e em Copromoção., Portugal
2017 - 2017 International Foundation for Science (IFS) research grants. Evaluator. International Foundation for Science, Suécia
2015 - 2015 The National Science Centre. Poland. Research projects. Evaluator. Polska Akademia Nauk, Polónia
2014 - 2015 Member of the evaluation panel, Biological Sciences – Postdoc scholarships. Call for PhD and Postdoc scholarships 2014, 2015. Portuguese Science and Technology Foundation (FCT). Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2014 - 2014 Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, do Governo Regional dos Açores. Call for Postdoc scholarships. Evaluator. Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, do Governo Regional dos Açores. , Portugal
2013 - 2013 Member of the evaluation panel, Biological Sciences II. Call for PhD and Postdoc scholarships 2013 - Portuguese Science and Technology Foundation (FCT) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2011 - 2011 French National Research Agency (ANR). Review of research projects. Agence nationale de la recherche, França
2009 - 2010 Projectos Pluridisciplinares para estímulo à Iniciação. Evaluator. Universidade do Porto, Portugal
Distinções

Prémio

2018 Publons Peer Review Award 2018 for placing in the top 1% reviewers worldwide in Multidisciplinary area.
2018 Individual prize - Business Ignition Program. University of Porto.
Universidade do Porto Porto Business School, Portugal
2004 Young Researcher SPGH 2004 - Honorable Mention